Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398241.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1544.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4118
ACGTcount: A:0.28, C:0.09, G:0.10, T:0.26
Warning! 1147 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:307 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1--1719 Score: 1693
Period size: 171 Copynumber: 10.1 Consensus size: 172
* * * *
1 AGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAA-TGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGC-TT
* * * * * *
65 TTTTTGTATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTA-AAAAAA
65 TTTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAAT-TATAAAAAA
* * *
129 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* ** * *
173 AATAATAAGGCTTTTGAAGGAATTTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAACAGG-TTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTTT
* * * * * * * * * *
237 TTCCGCATGTTTCTCAAAGCAAGTATTTAATTATAGCCTGTTTTAA-TAAAAATCACAAAATAAT
66 TTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTATAAAA-AAT
* * *
301 TCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAGCCATTAAAAGCG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** * * *
344 GGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAA-TGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTTT
* * * * * * *
408 TTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTGTAGTCT-TCTTTAACAAAAAA-TGTAAAAAAT
66 TTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAT-TTTAACAAAAAATTATAAAAAAT
* *
471 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** ** * * *
514 AGTAATAAGTTTTTTGAAAAAATGGGTCACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACA--CTTG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTT-
* * * * *
577 TTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATC-AACAATGTA-AAAAA
65 TTTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAAT-TATAAAAA
**
640 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
685 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAAATGGATT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACA-GGCTT
* * * * ** *
750 TTTTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAGGTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAT
65 TTTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTATAAAAAAT
* * *
815 TCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
858 AATAACAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAACGGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTTT
* * * * * *
923 TTCTGCATGTTTCCCAAAGCAAGTATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-AAAAAA-TATAAAATAAT
66 TTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTATAAAA-AAT
* * *
986 TCAACTTAATATCAATTATGAGATTATAAAACTATTAAAAGCG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** * *
1029 GGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATGAACTTTTCTTCTCAATGAA-TGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTTT
* * * * * *
1093 TTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCT-TCTTTAACAAAAAA-TGTAAAAAAT
66 TTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAT-TTTAACAAAAAATTATAAAAAAT
* *
1156 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTG
130 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * *
1199 AGTAATAAGTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACA--CATG
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGC-TT
* ** *
1262 TTTCTTCACGTTTCTTGAGG-TAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATC-AAAAATGTA-AAAA
65 TTTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAAT-TATAAAA
*
1324 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
127 AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * *
1370 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAA-TGGCTTT
1 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTTT
* ** * * * * * * *
1434 TTCTACATATTTCCCAAGG-TAGACAATCACTTA-ATGTCTGTTTTAACAAAAAAATGTGAAAAA
66 TTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAG-CATTCAATTATA-GTCTATTTTAACAAAAAATTAT-AAAAA
* * ** * *
1497 ATTCAACTTAAAATCAATTATTAGGTTAT--AACTGTTTAAGGCA
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * * *
1540 AATAATAA-GCTTTTTGAAGGAATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAAAG-A-ATGCTT
1 AGTAATAAGGC-TTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTT
* * * * * *
1602 GTTTCTCCATGTTTCTTAA-G-ATAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAAGTA-AAA
65 -TTTCTGCACGTTTCTCAAGGCA-AG-CATTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATTATAAA
* * * *
1664 AAATTAAACTTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACG
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
1711 AGTAATAAG
1 AGTAATAAG
1720 CCTTNNNNNN
Statistics
Matches: 1279, Mismatches: 227, Indels: 82
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 44 0.03
170 413 0.32
171 543 0.42
172 134 0.10
173 143 0.11
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (172 bp):
AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAACAGGCTTT
TTCTGCACGTTTCTCAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTATAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:645 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--1723 Score: 2032
Period size: 341 Copynumber: 5.0 Consensus size: 341
*
1 AGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGC-TTT
* * * * * * *
66 TTTTGTATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
65 TTTTGCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATT
* * * ** *
131 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTGAAGGAAT
** * * * * * * * *
196 TTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAACAGGTT-TTTCCGCATGTTTCTCAAAGCAAG
194 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACA-CTTGTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAA
* * * * *
260 TATTTAATTATAGCCTGTTTTAAT-AAAAAT-CACAAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGAG
258 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTA-AAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
323 ATTATAAAGCCATTAAAAGCG
321 ATTATAAAACAATTAAAAGCG
* * * ** *
344 GGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
* *
409 TTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTGTAGTCT-TCTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC
66 TTTGCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTGT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAATTC
* * **
473 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGTTTTTTGAAAAAATG
130 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTGAAGGAATG
* * * * *
538 GGTCACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACTTGTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAACA
195 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACTTGTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAACA
* *
603 TTCAATTATAGTCTATTTTAATCAACAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
260 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
668 TAAAATAATTTAAAGCG
325 TAAAACAATTAAAAGCG
* * * *
685 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAAATGGATT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATG--AATGGCTT
* * * * * ** * *
750 TTTTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAGGTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAT
64 TTTTTGCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTGTTTTAACAAAAAA-TGTAAAAAAT
* * * * *
815 TCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAA-TCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGA
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGT-GAATAATAAGGTTTTTGAAGGA
* * * * * *
879 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAACGGGCTT-TTTCTGCATGTTTCCCAAAGC
192 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAAC--ACTTGTTTCTGCATGTTTCTCAAGGT
** * * * * *
943 AAGTATTCAATTATAGCCTGTTTTAA-AAAAAATATAAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGA
255 AAACATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA
*
1007 GATTATAAAACTATTAAAAGCG
320 GATTATAAAACAATTAAAAGCG
* * * * **
1029 GGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAAT-GAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAG-ACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTT
*
1093 TTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCT-TCTTTAACAAAAAATGTAAAAAATT
65 TTTTGCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTGT-TTTAACAAAAAATGTAAAAAATT
* *
1157 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGTTTTTTGAAGGAAT
129 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTGAAGGAAT
* * * * ** *
1222 GGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACATGTTTCTTCACGTTTCTTGAGGTAGAC
194 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACTTGTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAAC
*
1287 ATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
259 ATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
*
1352 ATAAAACAATTTAAAGCG
324 ATAAAACAATTAAAAGCG
* *
1370 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
* * * * *
1435 TCTACATATTTCCCAAGGTAGACAATCACTTA-ATGTCTGTTTTAACAAAAAAATGTGAAAAAAT
66 TTTGCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATA-GTCTGTTTTAAC-AAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * ** *
1499 TCAACTTAAAATCAATTATTAGGTTAT--AACTGTTTAAGGCAAATAATAAGCTTTTTGAAGGAA
128 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTGAAGGAA
* * ** * * * *
1562 TGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAATGCTTGTTTCTCCATGTTTCTTAAGATAGA
193 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACTTGTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAA
* * * *
1627 CATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAAGTAAAAAAATTAAACTTTAAATCAATTATGAGAT
258 CATTCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
1692 TATAAAACTATTTAAAA-CG
323 TATAAAAC-AATTAAAAGCG
1711 AGTAATAAGCCTT
1 AGTAATAAGCCTT
1724 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1171, Mismatches: 187, Indels: 46
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
339 2 0.00
340 38 0.03
341 632 0.54
342 126 0.11
343 139 0.12
344 194 0.17
345 37 0.03
346 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (341 bp):
AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
TTTGCATGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAATAATAAGGTTTTTGAAGGAATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACTTGTTTCTGCATGTTTCTCAAGGTAAACAT
TCAATTATAGTCTGTTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACAATTAAAAGCG
Found at i:1373 original size:685 final size:681
Alignment explanation
Indices: 1--1708 Score: 2549
Period size: 685 Copynumber: 2.5 Consensus size: 681
* * * *
1 AGTAATAAGCCTTTCGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGG-ATTT
*
66 TTTTGTATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
65 TTTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATT
* *
131 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAACCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
130 CAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
** * * *
196 TTGTGACTATAAATAGACTTTTCTTCTTAATGAACAGG-TTTTTCCGCATGTTTCTCAAAGCAAG
195 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAAC-GGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAAGCAAG
* *
260 TATTTAATTATAGCCTGTTTTAATAAAAATCACAAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGAGAT
259 TATTCAATTATAGCCTGTTTTAAAAAAAAT-A-AAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGAGAT
* * *
325 TATAAAGCCATTAAAAGCGGGTAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATAGACTTTTC
322 TATAAAACTATTAAAAGCGGGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATAGACTTTTC
*
390 TTATCAATGAATGGCTTTTTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTGTAGTCTTCTTTAAC
387 TTATCAATGAATGGCTTTTTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTTCTTTAAC
455 AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAAT
452 AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAAT
*
520 AAGTTTTTTGAAAAAATGGGTCACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACTTGTTTCTTCA
517 AAGTTTTTTGAAAAAATGGGTCACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACATGTTTCTTCA
*
585 CGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAACAATGTAAAAAAATTCAACTTA
582 CGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTA
*
650 AAATCAATTATGAGATTATAAAATAATTTAAAGCG
647 AAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
*
685 AGTAATAAGACTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAAAATGGATT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATG--AATGGATT
** * * *
750 TTTTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAGGTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAT
64 TTTTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
* *
815 TCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAATCGAATAACAAGGCTTTTGAAGGAA
129 TCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAA
880 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAACGGGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAAGCAA
194 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAAC-GGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAAGCAA
945 GTATTCAATTATAGCCTGTTTTAAAAAAAATATAAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGAGAT
258 GTATTCAATTATAGCCTGTTTTAAAAAAAATA-AAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGAGAT
1010 TATAAAACTATTAAAAGCGGGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAAT-GAACTTTT
322 TATAAAACTATTAAAAGCGGGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATAG-ACTTTT
*
1074 CTTCTCAATGAATGGCTTTTTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTTCTTTAA
386 CTTATCAATGAATGGCTTTTTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTTCTTTAA
1139 CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAA
451 CAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAA
** *
1204 TAAGTTTTTTGAAGGAATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACATGTTTCTTC
516 TAAGTTTTTTGAAAAAATGGGTCACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACATGTTTCTTC
* *
1269 ACGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
581 ACGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTT
1334 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
646 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
*
1370 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTT
1 AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTT
* * * * * * * * * *
1435 TCTACATATTTCCCAAGG-TAGACAATCACTTA-ATGTCTGTTTTAACAAAAAAATGTGAAAAAA
66 TTTGCATGTTTCTCGAGGCAAG-CATTTAATTATA-GTCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAA
* * * ** ** *
1498 TTCAACTTAAAATCAATTATTAGGTTAT--AACTGTTTAAGGCAAATAATAA-GCTTTTTGAAGG
128 TTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAAGGC-TTTTGAAGG
* * * * * * **
1560 AATGGGTGACTTTAAATGGACTTTTCTTGTCAAAGAA-TGCTTGTTTCTCCATGTTT-CTTAAG-
192 AATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAACGGCTT-TTTCTGCATGTTTCCCAAAGC
* ** *
1622 ATAGACATTCAATTATAGTATGTTTTAATCAAAAAAGTAAAAA-AATTAAACTTTAA-ATCAATT
256 A-AG-TATTCAATTATAGCCTGTTTTAA--AAAAAA-TAAAAATAATTCAAC-TTAATATCAATT
1685 ATGAGATTATAAAACTATTTAAAA
315 ATGAGATTATAAAACTA-TTAAAA
1709 CGAGTAATAA
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 73, Indels: 33
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
679 1 0.00
680 10 0.01
681 34 0.04
682 92 0.10
683 59 0.06
684 93 0.10
685 589 0.63
686 57 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (681 bp):
AGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGGATTTT
TTTGCATGTTTCTCGAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTC
AACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAACCGAATAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTTAATGAACGGCTTTTTCTGCATGTTTCCCAAAGCAAGTA
TTCAATTATAGCCTGTTTTAAAAAAAATAAAAATAATTCAACTTAATATCAATTATGAGATTATA
AAACTATTAAAAGCGGGCAATAAGGCTTTTGAAGAAATGATTGACTATAAATAGACTTTTCTTAT
CAATGAATGGCTTTTTTTGCACGTTTCCCAAGGCAAACAATCACTTATAGTCTTCTTTAACAAAA
AATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCGTTTAAAGTGAGTAATAAGT
TTTTTGAAAAAATGGGTCACTCTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAACACATGTTTCTTCACGTT
TCTCGAGGTAAACATTCAATTATAGTCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCG
Done.