Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397352.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1178.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 42928
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Warning! 3285 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:386 original size:172 final size:173
Alignment explanation
Indices: 1--412 Score: 407
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 173
* * *
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTGTTTTACATTTGTGGTTAAA
1 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTGTGGTTAAA
** * * * *
64 ACAGATTATATTTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCTACTATTATCAAGAAAAA
66 ACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCTACCATTATCAAGAAAAA
* * * *
129 ATTATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGCAAGACTTATTGCCCCC
131 ATTATATATAGTCACTCAAGCCTTCGCAAGACTTATTACCCAC
* * * * * *
172 TTTAAA-TAGTTTTATAATCTCATGATTGATTTGAA-ATTAATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAA
1 TTTAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTGTGGTTAA
* * *
235 AATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCAAAAAACGTGAAGC-AAAGCC-ATCCATTGAT-AAG-A
65 AACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCTA-CCATT-ATCAAGAA
* * * *
296 GAAGTTAGTATATAGTCACTCAAG-CTCTCG-AACGTCTTATTACGCAC
128 AAAATTA-TATATAGTCACTCAAGCCT-TCGCAA-GACTTATTACCCAC
* * * *
343 TTTAAATTATTTTATAATCTTATTATTAATTTTAAGTTTAA--TTTTTTTACATTTATGGTTAAA
1 TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTGTGGTTAAA
*
406 ACTGATT
66 ACAGATT
413 TAGGAAACAC
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 37, Indels: 21
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
170 38 0.20
171 98 0.51
172 58 0.30
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (173 bp):
TTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTTTACATTTGTGGTTAAA
ACAGATTATAACTGAATGTCTACCTCAAAAAACGTGAAGCAAAAGCCTACCATTATCAAGAAAAA
ATTATATATAGTCACTCAAGCCTTCGCAAGACTTATTACCCAC
Found at i:1187 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 416--2426 Score: 1332
Period size: 171 Copynumber: 11.8 Consensus size: 170
406 ACTGATTTAG
* * * * * * * * *
416 GAAACACGAAGCAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCTCTCAAG-CTGTTG-
1 GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACT-TCGA
* * *
479 AAGACC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTT
65 AAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
543 A-TATTTTTGGTTAAAATAGATTTTATTTGAATGTCTGCC-TCA
129 ACT-TTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
** * * * * *
585 GGAGGCATGAAGTAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACT-AA-ACCTTC-
1 -GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGA-CTTCG
* * * * *
647 AAATGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGGTTTTGAGTTGAATTTTTT
64 AAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * *
712 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGAC-TAA
128 TACTTTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * * * * *
755 GGAAACGTGATGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACACAAGCCTTTGA
1 -GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGA
* * ** * *
820 AAGCCTTATTACTCTCCTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTT
65 AAGCCTTATTACTC-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * *
884 GTAC-TTTTCA-TTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTCT-CCCTAA
128 -TACTTTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
** * * * *
925 GGAAATGTGAAGCAAAA-ATCATCCATTGGTC-AGAGAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT
1 -GAAACATGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAC-TT
* * * *
988 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT
62 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * *
1052 TTACTTTTTTTGTTAAAATATGTTATAACTGAATGTCTGCCTCGA
127 TTACTTTTTTAGTTAAAATA-GTTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* ** * * *
1097 GAAACATTAATTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCTCGAGACTTCGAA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAA
* * * * * *
1162 AGCCCTATAACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-
66 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * * *
1226 TATTTTTAATTAAAACAGACTT-TATTTGAATATGTG-CTTAA
131 T-TTTTTAGTTAAAATAG--TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * *
1267 GAAAACTTGAAGTAAAAGCTATCCATTAGTAAGACAAGTCCATTTATAATCACTTAA-ACCTTCA
1 G-AAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGA-CTTCG
* * * * * *
1331 AAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTGAATGTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * ** * *
1396 ACGTTTTTGGTTACAACAGAAGATAATTGACTGTTTGTCTTGA
129 ACTTTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * * * *
1439 GAAACGTGAAACAAATGCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACTTAAGCCATT-AA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAC-TTCGA
* * * *
1503 AAGCC---TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTA
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * * * **
1565 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTCAATGTCTT-TCTCAA
130 CTTTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGT-TTGCCTTGA
* * * * * * * * * *
1607 GAAACGTGAAGCAAAA-ATCGTCTATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATTGTTACTCAAGCCATT-G
1 GAAACATGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAC-TTCG
* * * * *
1670 AAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * *
1735 AAATTTTT-GATTGAAATGAATTATAACTGAATGTTTGCCTTGG
129 ACTTTTTTAG-TTAAAAT-AGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
1778 GAAATATGAAGTAAAAAAC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-ACCTTCG
1 GAAACATGAAG-CAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGA-CTTCG
* * ** * *
1841 ATAGCCTTATTGCTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
1906 ACATTTTTGGTGAAAATCTA-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGG
129 ACTTTTTTAGTTAAAA--TAGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * *
1949 GAAACATGAAGCAAAATCTATCCATTCGCAAGGAAAGTCCATTTATTA-TCACTCAAGCCGTCGA
1 GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGACTTCGA
* *
2013 AAGCCTTAATACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTGTTTTT
65 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTT
* * * *
2076 A-TATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGACTATTTACCTTGA
129 ACT-TTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* ** * * ** **
2119 GAAACGTGAAATAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTC-ATTCTTTCG
1 GAAACATG-AAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAC-TTCG
* * * * *
2183 AAAGCCTTATTACCCCCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
** * * * * *
2248 A-TATTTTTAGTTAAAGCAGATTATATTTAAATCTCTGCC-TCA
129 ACT-TTTTTAGTTAAAATAG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * * * * *
2290 GGAAAAAAGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTTAATTAAGTCGTT-G
1 -GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGAC-TTCG
* ** * ** * *
2354 AAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGCATTTATAAACTTGTAATT-ATTTTTAAGTTGGATTGTTT
64 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTT
*
2418 TACATTTTT
128 TACTTTTTT
2427 GACTGAAACA
Statistics
Matches: 1458, Mismatches: 317, Indels: 131
0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 138 0.09
169 26 0.02
170 350 0.24
171 850 0.58
172 88 0.06
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
GAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGACTTCGAA
AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
TTTTTTAGTTAAAATAGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGA
Found at i:1464 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 427--2624 Score: 1633
Period size: 342 Copynumber: 6.4 Consensus size: 338
417 AAACACGAAG
* * * * * * * *
427 CAAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCTCTCA-AGCTGTTG-AAGACCTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGA-CT-TCGAAAGCCCTATTA
* *
490 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
64 CTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * ** * * *
555 AAAATAGATTTTATTTGAATGTCTGCCTCAGGAGGCATGAAGTAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAA
129 AAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTAAG-A
* * * * * *
620 AAGTCTATTTATAGTCACT-AAACCTTCAAATGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATC
193 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * *
684 TCATAATTGGTTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTT
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTT-AAA-AGATTATAATTGACTGTTT
* * **
749 GAC-TAAGGAAACGTGATG
321 GCCTTGA-GAAACGTGAAA
* * * * * * * * *
767 CGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AGACTTCGAAAGCCCTATTAC
* ** * * * * * **
832 TCTCCTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTTGTACTTTTCATT
65 TC-CCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * ** * *
896 AAAACAGATTATATTT-AAAGTCTCCCTAAGGAAATGTGAAGCAAAA-ATCATCCATTGGTCAGA
129 AAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGGTAAGA
* *
959 GAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAA
193 -AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * * * * *
1023 TCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATGTTATAACTGAATGT
256 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGA--TTATAATTGACTGT
* * * * *
1088 CTGCCTCGAGAAACATTAAT
319 TTGCCTTGAGAAACGTGAAA
* * * * *
1108 TAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCTCGAGACTTCGAAAGCCCTATAAC
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AGACTTCGAAAGCCCTATTAC
* * **
1173 TCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTA
65 TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * *
1238 AAACAGACTT-TATTTGAATATGTGCTTAAGAAAACTTGAAGTAAAAGCTATCCATTAGTAAGAC
130 AAACAGA-TTATATTTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTAAGA-
* * * * * *
1302 AAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATC
193 AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * **
1367 TCATAATCGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTGGTTACAACAGAAGATAATTGACTGTTT
258 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTA-AA-AGATTATAATTGACTGTTT
*
1432 GTCTTGAGAAACGTGAAA
321 GCCTTGAGAAACGTGAAA
* * * * * * *
1450 CAAATGCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACTTAAGCCATT-AAAAG-CC--TTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAGAC-TTCGAAAGCCCTATTA
* * * *
1511 CTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTT
64 CTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * * * *
1576 AAAACAGATTATATTTCAATGTCTTTCTCAA-GAAACGTGAAGCAAAA-ATCGTCTATTGGTAAA
129 AAAACAGATTATATTTGAATGTC-TGCTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGGT-AA
* * * * * * * *
1639 AAAAGTTCATTTATTGTTACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTACA
191 GAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
1703 ATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTAAAATTTTT-GATTGAAATGAATTATAACTGAA
255 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTAG-TT-AAAAG-ATTATAATTGAC
* ** *
1766 TGTTTGCCTTGGGAAATATGAAG
316 TGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAA
* ** * * * *
1789 TAAAAAACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGATAGCCTTATTGC
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGA-CTTCGAAAGCCCTATTAC
* ** * * * * *
1854 TCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGA
65 TCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTA
* * * * * * *
1919 AAATC-TATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GGGAAACATGAAGCAAAATCTATCCATTCGCAAGG
130 AAA-CAGATTATATTTGAATGTCTG-CTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTAA-G
* * * *
1982 AAAGTCCATTTATTA-TCACTCAAGCCGTCGAAAGCCTTAATACTCGTTTTAAATGGTTTTATAA
192 AAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * *
2046 TCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTTGACTAT
256 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTT-AAA-AGATTATAATTGACTGT
*
2110 TTACCTTGAGAAACGTGAAA
319 TTGCCTTGAGAAACGTGAAA
* * * * ** ** *
2130 TAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTA
1 -CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGAC-TTCGAAAGCCCTATTA
* * * * * *
2195 CCCCCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTT
64 CTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
* * * * * * * * *
2260 AAAGCAGATTATATTTAAATCTCTGCCTCAGGAAAAAAGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAA
129 AAAACAGATTATATTTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTAAGAA
* * * * * * * ** *
2325 ATGTCTATTTATAGTTAATTAAGTCGTT-GAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGCATTTATAAA
194 A-GTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * * * *
2389 CTTGTAATT-ATTTTTAAGTTGGAT-TGTTTTACATTTTTGACTGAAACAGATTGTATTTGACTA
257 CTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATGT-TTTTACATTTTT-AGTTAAA-AGATTATAATTGACTG
* * * * *
2452 TCTG-TTTCAGGAAACATGAAG
318 TTTGCCTTGA-GAAACGTGAAA
********** * * *
2473 CAAAAGCCATCNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-ATCCTTTGAAAGTCTTATTA
1 CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGA--CTTCGAAAGCCCTATTA
** * * * * * * * **
2537 CTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCGCATTATTAATTTTAAGTGAAATTTTTCTACATTTTTCATT
64 CTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTT
*
2602 AAAACAGATTATATTTGTATGTC
129 AAAACAGATTATATTTGAATGTC
2625 CGCCTCAAGA
Statistics
Matches: 1450, Mismatches: 350, Indels: 114
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 14 0.01
339 242 0.17
340 110 0.08
341 335 0.23
342 692 0.48
343 53 0.04
344 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
CAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGACTTCGAAAGCCCTATTACT
CCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAA
AACAGATTATATTTGAATGTCTGCTTAAGGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAAG
TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
TAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAAGATTATAATTGACTGTTTGCCTT
GAGAAACGTGAAA
Found at i:1718 original size:510 final size:508
Alignment explanation
Indices: 1--9909 Score: 3095
Period size: 513 Copynumber: 19.4 Consensus size: 508
* * * * *
1 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTGTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * * * * *
66 AGATTATATTTGAATGTCTATCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCC-TACTATT-ATCAAGAAAAA
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCAT-CCATTGGT-AAG-AAAA
* * * * * * * *
129 ATT-ATTTATAGTCACTGAAGCCTTCGCAAGACTTATTGCCCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
128 GTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
* * * * ** * * ** *
193 ATGATTGATTTGAAATT-AATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCT
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTT
* * * * * * * *
257 GCCTCAA-AAAACGTGAAG-CAAAGCCATCCATT-GATAAGAGAAGT-TAGTATATAGTCACTC-
255 GACTTAAGGAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAG-TAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCA
* * * * * ** * * ** *
317 AAGCTCTCGAACGTCTTATTACGCACTTTAAATTATTTTATAATCTTATTATTAATTTTAAGTTT
317 AACCT-TCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG
* * *
382 AATTTTTTTACATTTATGGTTAAAAC----------TG-AT-TTAG----GA-AACAC--GAAGC
381 AA-TTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAA-ACGTGAAGC
* * * * * * * ** *
428 AAAAGCCATTCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCTCTCAAGCTGTT-GAAGACCTATTACT
444 -AAATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAG-CCT-TTACT
492 CAC
506 CAC
* *
495 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * *
560 AGATTTTATTTGAATGTCTGCCTCAGGAGGCATGAAGTAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAG-T
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * *
624 CTATTTATAGTCACT-AAACCTTCAAATGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
131 C-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAA-GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
* * * * *
688 AATTGGTTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGAC-
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGACT
* * ** * * * *
752 TAAGGAAACGTGATGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACACAAGCCTT
259 TAAGGAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTT
* * ** *
817 TGAAAGCCTTATTACTCTCCTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTGTTC-ATTTTAAATTGAATTT
323 CGAAAGCCTTATTACTC-CCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAATCGATTTTAAGTTGAATTT
* ** * * * * * *
880 TTT-TGTACTTTTCATTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTCT-CCCTAAGGAAATGTGAAGCAAAA
386 TTTACGT--TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGC--AA
* *
942 AT-CATCCATTGGTC-A-GAGAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTACTC
446 ATCCATCCATTAG-CAAGGA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCC-T-TTACTC
*
1004 GC
507 AC
* * * *
1006 TTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * * * * *
1071 ATG-TTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATTAATTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGT
66 A-GATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * * * * * *
1135 CCTTTTATAGTCGCTCGAGACTTCGAAAGCCCTATAACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCGT
130 TCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
* * * *
1200 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTT-TATTTGAATATGTG-C
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGA-TTATATTTGAATGTTTGAC
* * * *
1263 TTAAGAAAACTTGAAGTAAAAGCTATCCATTAGTAAGACAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCT
258 TTAAGGAAACTTGAAGTAAAAGC-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCT
* * * *
1328 TCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTGAATGTT
322 TCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TT
* ** * * *
1393 TTTACGTTTTTGGTTACAACAGAAGATAATTGACTGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAACAAATGCC
386 TTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAT-CC
* *
1458 ATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTACTTAAGCCATTAAAAGCC-TTACTCAC
450 ATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTTACTCAC
* * *
1516 TTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* ** * * * * * *
1581 AGATTATATTTCAATGTCTTTCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAATCGTCTATTGGTAAAAAAAGTT
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * * **
1646 CATTTATTGTTACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTATTAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
131 CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* * * * * ** *
1711 GTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGATTGAAA-TGAATTATAACTGAATGTTTGCCT
195 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAG-ATTATATTTGAATGTTTGACT
* * * *
1775 T-GGGAAA-TATGAAGTAAAAAACATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCT
259 TAAGGAAACT-TGAAGT-AAAAGCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCT
* * * ** * * *
1838 TCGATAGCCTTATTGCTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTT
322 TCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * *
1903 TTTACATTTTTGGTGAAAATC-TATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAATC
386 TTTACGTTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGC-AAATC
* * * ** **
1967 TATCCATTCGCAAGGAAAGTCCATTTATTA-TCACTCAAGCCGTCGAAAGCCTTAATACTCGT
449 CATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTT--TACTCAC
* *
2029 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * ** * * * * *
2092 TAGATTATATTTGACTATTTACCTTGAGAAACGTGAAATAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAG
65 TAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGT-AAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAG
* ** * * * **
2157 -TCTTTTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACCCCCTTTAAATAGTTTTATTATCTC
129 TTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
* * * * * * *
2221 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCAGATTATATTTAAATCTCTG-
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGA
* * *** * * * * * * *
2285 CCTCAGGAAAAAAGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTTAATTAAGTC
257 CTTAAGGAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-AC
* * * ** * ** * *
2350 GTT-GAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGCATTTATAAACTTGTAAT-TATTTTTAAGTTGGAT
320 CTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGA-TTTTAAGTTGAAT
* ** * * * * * * * * *
2413 TGTTTTACATTTTTGACTGAAACAGATTGTATTTGACTATCTG-TTTCAGGAAACATGAAGCAAA
384 T-TTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGC-AA
* *********** * * * * **
2477 AGCCATCNNNNNNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGTCTTATTACTTGC
446 ATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAG-CCT-TTACTCAC
* * * * * * ** *
2542 TTTGAATGGTTTTATAATCGCATTATTAATTTTAAGTGAAATTTTTCTACATTTTTCATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ***********
2607 AGATTATATTTGTATGTCCGCCTCAAGAAAC-----GT------GA---A----NNNNNNNNNNN
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
*****************************************************************
2654 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
*****************************************************************
2719 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGACTTA
*****************************************************************
2784 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
261 AGGAAACTTGAAGTAAAAGCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGA
****************** *
2849 NNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTT
326 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTT-T-TT
* ** * * * * * * * * *
2914 ACATTTTTTATTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCCTGAAAAACGTTAAGCAGAAGCTATC
389 ACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCA-AATCCATC
* * * * * *
2979 CATT-GACAAGAAAAGTTCATTTATTGTAACTCAGGCC-TTCAAAAACCTTAATACTCAC
453 CATTAG-CAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTT--TACTCAC
********* * *
3037 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTGT--ATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * ** * *** * * * * *
3100 CAAATTATATTTGGCTGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAACACCATTCATTAGTAAAAAAAG
65 TAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAA-ACCATCCATTGGTAAGAAAAG
* * ** * * * * * *
3165 -TCTTTTTATAGTGACTCATTCTTTCGAAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATATC
129 TTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
* * * * * * * * ** * *
3229 CTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATATATTAAAACTGAATATCT-A
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGA
* * * ** * * * * *
3293 CCTCATGAAACGTT-AAGTACAACCCACCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAAGA
257 CTTAAGGAAAC-TTGAAGTA-AAAGCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-A
********** *
3357 -CTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
319 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
* * * * * * *
3421 TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTATTTGAATG--T-CCATCTCAGAAAACATGAAGTAA
384 TTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-T-TGAG-AAACGTGAAG-CA
* * * * *
3483 AAGT-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACC-TTCAAAAACCTTATTACT
445 AA-TCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCC-T-TTAC-
*
3546 TC-T
505 TCAC
* * ** * * * * *
3549 TTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCCAATTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * *** ** * ** * *
3614 AGATAATATTTGACTATTTGACTTGGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTT
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * * ** *
3679 AATTTATAGTCACTAAAGCCATTGAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
131 CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
** * * * ** *
3744 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCCAATTTTTGATTGAAA-TGAATTATAACTGAATGTTTGCCT
195 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAG-ATTATATTTGAATGTTTGACT
* ** * * * *
3808 T-GGGAAA-TGTGAAACAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCT
259 TAAGGAAACT-TGAAGTAAAAG-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCT
* * * * * *
3871 TTGATAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATATT
322 TCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-TT
* * * * * * * *
3936 TTTACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAATTAAATGTTTGCC-TCAGGAAACATAAAGCAAAAG
386 TTTACGTTTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGC-AAAT
* * * * * *
3999 CTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTAATACTCGC
448 CCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTT--TACTCAC
* *
4062 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *** ** * * * *
4125 CAGATTATATTTGACTGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGCAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAG
65 TAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTA-AAAACCATCCATTGGTAAGAAAAG
* * *** * * * **
4190 -TCTATTTATAGTAACCCTTTCTTTCGAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATTATCTC
129 TTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
* * * * * *
4254 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTT-ATTGAAAACAGTTTATATTTGAATCTCTG
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATT-AAAACAGATTATATTTGAATGTTTG
* *** * * * * *
4318 CCTT-AGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAGC
256 ACTTAAGGAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAC
* * ** * * **
4382 CGTT-GAAAACCTTATGACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTT-AGA
320 C-TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA-A
* * *** * * * * * * * *
4445 TTGTTTTGCATTTTTCACTGAAACAAATTATATTTGACTATCTG-CTTCGAGAAACATGAAGTAA
383 TT-TTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACGTGAAGCAA
* * * * * * *
4509 AACCTATACATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTT
446 ATCC-ATCCATTAG-CAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAG-CCT-TTACTC
**
4573 TT
507 AC
* * * * * * ** *
4575 TTTGAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTGAAATTTTTGTATATTTTTCATTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * * * * *
4640 AGATTATATTTTCATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCATAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * * *
4705 CATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
131 CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* * * * **
4770 ATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTCT-ATTAAAATATATTATAACTGAATGTTT-AC
195 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTAAATTTT-TAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGAC
* * * * * * * * *
4833 CT-CGAGAAA--TGCAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATTGTCACTCAAG
258 TTAAG-GAAACTTG--AAGTAAAAGC-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAA
* * * * *
4895 CCTTCGAAAGCGTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATT
319 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA--
* * * * * * * *
4959 ATTTTTGTA--TTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGACTATTTACCTT-AGGAAACATGAAACA
382 ATTTTT-TACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGC-
* * * ** ** *
5021 AAAAAT-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTC-ATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
444 --AAATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCC-T-TTA
*
5084 TTCAC
504 CTCAC
* * * * *
5089 TTTAAATGGTTTCATAACCTCCTAATTGACTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * ** * ** * * * * * *
5154 ATATTCTAACTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGATAAGTC
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* ** * *
5219 CATTTATAGTCGCTCAATACTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATA
131 CATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
* ** ** * ** *
5284 ATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTCCGTC-T
195 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGACTT
* * * ** * ** *
5348 CAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGAGCCTTC
260 AAGGAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTC
* * * **********
5413 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCNNNNNNNNNNTGAATTTTTT
324 GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * * * *
5478 TACAG-TTTTGATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGACTTGGGAAACGCGAAGTAAATGCCA
388 TAC-GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAAT-CCA
* *
5542 TCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCTCTATTACTCAC
451 TCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGC-CT-TTACTCAC
* * * * * *
5602 TTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
5666 TAGATTATATTTGAATGTTTG-CTTAGAGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCACTT-GTAAGAAAA
65 TAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACATGAAGTAAAAACCATCCA-TTGGTAAGAAAA
* * * * *
5729 G-TCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATAT
128 GTTC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCT
* * * * * * *
5793 CATAATCGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTG
191 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTG
** * * * * * *
5858 ACTT-AGGAAACGCGAAGTAAATGCTATCCATTAGCAGGAAAAGTCCATTCATAGTCGCTCAAGC
256 ACTTAAGGAAACTTGAAGTAAAAGC-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAC
* * * ********** *
5922 CATT-AAAAGCCCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCANNNNNNNNNNTAGGTTGAA
320 C-TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATCGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * *
5985 TTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAAAGTTTGCCTAGAGAAACGTGAAGCAAA
383 TT-TTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGC-AA
* * * * * * *
6050 AACCATCCACTT-GTAA-GACAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCATTGAAAGCGTTATTATTG
446 ATCCATCCA-TTAGCAAGGA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGC-CT-TTACTC
*
6113 GC
507 AC
* * * * * * *
6115 TTTAAATGGCTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGATTGAAA-
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* ** * * * * * * *
6179 CGAATTATAACTGAAAGTTTGCCTTAGGAATCGTGAAGCAAAAGA-CATCCATTGGTAAGAAAAG
66 AG-ATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAA-ACCATCCATTGGTAAGAAAAG
* * * * * * *
6243 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTGCT-CGTAATAAATAGTTTTATAATCTC
129 TTCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCT-TTAAATGGTTTTACAATCTC
* * * * ** *
6307 GTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATTTTATAACTT-AATGTTTG
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTAT-ATTTGAATGTTTG
* ** * * * * ** * *
6371 CCTCGA-GAAACATGAAGCAAAAGCTATCTATTGGTAAGAAAAGTATATTTATTA-TTACTCAAG
256 ACTTAAGGAAACTTGAAGTAAAAGC-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAA
* * * * * * * *
6434 CTTTCAAAAACCTTAATACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATT
319 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT
*** * * * * * * * * *
6498 GTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTCACTATTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAA
384 -TTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGC---A
* * * ** ** * *
6563 AAT-CATTCATTGGCAA-GAATATTCTTTTTATAGTCACTC-ATTCTTTCGAAAGCCTTATTACT
445 AATCCATCCATTAGCAAGGAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCC-T-TTACT
*
6625 CCC
506 CAC
* * * ********** * * * * * *
6628 ATTAAATGGTTTCATTATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAGTTTTTTTATATATTTAGTTAAAAC
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * * * * **
6693 AAATTATATTTGAATCTATACCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATTTT
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * * * * ** * * *
6758 CATTTATAGTTAATTAAGCCGTTGAAACCCTTATGACTCATTTTAAATGCTTTTATAAACTCATA
131 CATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
********** * * * * * * * *
6823 ANNNNNNNNNNGTT-AGATTGTTTTACATTTTTCACTAAAACAAATTATATTTGACTATCT-ACT
195 ATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGACT
* * * * * * **
6886 T-CGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CAATGGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAGGCC
259 TAAG-GAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC
* * ** * *
6949 TTCGATAGTCTTATTACTTTCTTTAAACT-ATTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAG-TGAAA
321 TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA-TGGTTTTATAATCTCA-TAATCGATTTTAAGTTG-AA
* ** ** * * * ** *
7011 TTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATGTTTGTATGTCTGTCTCAAGAAACGTGATGCACA
383 -TTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCA-A
* * * * * * * ********** *
7076 AGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCCC
446 ATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-ATTAAAAGCCT-TTACTCAC
* ** * * *
7141 TTTAAATGATTTTATAATCTTGTAATTGATTGTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTCT-GTTAAA
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTT-TGGTTAAA
** * * * * * * * *
7205 AT-GTATTATAACTGAATTGT-TACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAA
64 ATAG-ATTATATTTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAA
* * * * * **********
7268 AGTTCATTGATTGTTACTCAAGCCTTCAAAAGCCTTA-TACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCT
127 AGTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCT
* ** * * *
7332 CATAATTGATTTTAAGTT--ATCGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATATATGACTGTTT
191 CATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTT
* * * * * * *
7395 GCCTCTAA--AAACATGAAGCAAAA-AATAAGTCATTGGCAAGAAAAGT-C-TTTCAATAGTCAC
255 GACT-TAAGGAAACTTGAAGTAAAAGCAT---CCATTAGTAAGAAAAGTCCATTT--ATAGTCAC
** * * * * *
7455 TC-ATTCTCTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTATTATAACCTCCTAATTGACTTTAAG
314 TCAAACCT-TCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAG
* * * * * *
7519 TTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAACTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACGTTA
378 TTGAA-TTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGA
* * * * * * *
7583 AGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGAC-TTCGAAAGCCTTAT
441 AGC-AAATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCC-T-T
*
7647 TACTCCC
502 TACTCAC
* * *
7654 TTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * ** * * *
7719 AGATTTTATTTGAATGTCTGTCTC-AGAAAACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAAAAAAGT
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAG-AAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGT
* * ** * * * *
7783 CCATTTATAGTCACTTAAGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATTAT
130 TCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
* * * * * * * *
7848 AATCGATTTTGAGTTG-AGTTTTTTAACATTTTTGATTAAAAAATATTATATTTGACTATTTGAC
194 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAA-ATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGAC
* * * * *
7912 TT-GGGAAACGTGAAGTAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCA
258 TTAAGGAAACTTGAAGTAAAAG-CATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC-
* * *
7976 TT-AAAAGCCCTT-TTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAA
321 TTCGAAAG-CCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATCGATTTTAAG-TTGAA
* * * * * * * * * *
8037 TTGTTTTGCTTTTTTAGCTAAAACAGATTATATTTGAATATTTTCCTAGAGAAGCGTGAAGGAAA
383 TT-TTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAA-G-CA
* * * * * * *
8102 AAT-CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCGATTGAAAGCCTTATAATTAG
445 AATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTT-TACTCA-
8166 C
508 C
* * * * * *
8167 TTTAAATGG-TTTATAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTAAATTTTTTGAAATTTTTGATTGAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
** * * *** ** * * * *
8231 -GAATTATAACTGAATGTTTGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGA-TATCAATTGGCAAGAAAAG
66 AG-ATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAA-ACCATCCATTGGTAAGAAAAG
* * * * ** ** * * *
8294 TCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTGCTCACAATAAATGAATTTATAACCTCG
129 TTCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCA
* * * * ** * **
8359 TTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATTTTATAACTT-AATGTTTTC
193 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTAT-ATTTGAATGTTTGA
** * ** * * ** * *
8423 CTCGA-GAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATT-GATAAGAAAAATACATTTATTCTTACTCAAGC
257 CTTAAGGAAACTTGAAGTAAAAGC-ATCCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAAC
* * * * *
8486 TTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTG
320 CTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAAT-
*** * * * * * * *
8550 TTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTCGAGTAATGTGAAGCAAAAA
384 TTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGC---AA
** * ** * ** * * *
8615 AT-CA-CTCATGGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCATTC-ATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTC
446 ATCCATC-CATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCC-T-TTACTC
8677 -C
507 AC
* * * * * * *
8678 TTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTTAGTTAATA
1 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * * * *
8743 CAGATTATATTTGAATCTCTGCCTTAAGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGT
65 TAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGT
* * * * * ** * * * *
8808 TCATTTATAGTGAATTAAGCCGTTGAAAACCTTATGACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACTAAT
130 TCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCAT
* * * * * * * * *
8873 AATTAATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTCACTGAAACATATTATATTTGACTATCTG-C
194 AATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGAC
* * *
8936 TTCAA-GAAACATGAA-TCAAAAGTCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
258 TT-AAGGAAACTTGAAGT-AAAAG-CATCCATTAG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAA
* ** * * * * *
8998 CCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTGAACGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG-TGAAA
319 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTG-AA
** ** * * * *
9062 TGTTTTTATATTTTTCATTAAACCAGATCATATTTGTATGTTTG-CTTCGAGAAACGTGAAGCAC
383 T-TTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT-GAGAAACGTGAAGCA-
* * * ** * * *
9126 AAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTC
445 AATCCATCCATTAG-CAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCC-T-TTACTC
9190 -C
507 AC
* * * * * * *
9191 TTTTAAATTGTTTTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTTTGTTGAA
1 -TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAA
* ** * * * * * * *
9256 ATATATTATAACTGAATGTTTACCTCGAA-AAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAA
64 ATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAA
* * * * * * * *
9320 CTTCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATTTC
128 GTTCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTC
** * * * *
9385 ATAATTGATTTTAAGTT--ATTGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGACTATTT-
192 ATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTG
* * * * * * **
9447 ACCTT-AGGAAACGTGAAGCAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACT-AA
256 A-CTTAAGGAAACTTGAAG--TAAAAGCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
** * * * *
9510 TTCTTCCGAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
318 ACCTT-CGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTGA
* ******************* * * * *
9575 GTTTTTTTATANNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAACTGAATGTCTGCC-TCAGGAAACGTTAAGCA
382 -ATTTTTTACGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACGTGAAGC-
* * * * * * *
9639 AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGAC-TTAGAAAGTCTTATTACT
444 AAATCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTA-AAAG-CCT-TTACT
**
9703 TGC
506 CAC
* * * * *
9706 TTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTATATTTTCGGTTAAAAT
1 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT
* * * * * * * ** * * *
9771 ATATTTTATTTCAATGTCCGTCTCAAAAAACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTC
66 AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * * * * *
9836 CATTTATAGTCACTTAAGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATA
131 CATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATA
*
9901 ATCGATTTT
195 ATTGATTTT
9910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 6874, Mismatches: 2164, Indels: 735
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
491 3 0.00
492 55 0.01
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Consensus pattern (508 bp):
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AGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAACCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
CATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAATTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGACTTA
AGGAAACTTGAAGTAAAAGCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGA
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GTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGTGAAGCAAATCCATCCAT
TAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTTACTCAC
Found at i:1803 original size:681 final size:675
Alignment explanation
Indices: 483--9583 Score: 2330
Period size: 684 Copynumber: 13.3 Consensus size: 675
473 CTGTTGAAGA
* *
483 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * ** * * *
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* * *
613 GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCAC-TAAACCTTCAAATGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTT
129 GTAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTT
* * *
677 TACAATCTCATAATTGGTTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTG
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* ** * * *
742 ACTGTTTGAC-TAAGGAAACGTGATGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTC
258 ACTGTTTGACTTGA-GAAACGTGAAAC-AAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * ** *
806 ACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCTCCTTT-AATGGTTTTGTAATCTCATTGTTCATTTTA
321 AC-TAAGCCTTTGAAAGCC-T-TTACTC-CCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTA
* * * *
870 AATTGAATTTTTTTGTACTTTTCA-TTAAAACAGATTATATTTAAAGTCTCCCTAAGGAAATGTG
381 AGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAAGTCTCCCTAAGGAAACGTG
* * *
934 AAGCAAAAATCATCCATTGGTCAGAGAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTAT
445 AAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTAT
* * * ***
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510 TACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTG
* * * *
1064 TTAAAATATGTTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATTAATTAAAAGCTATCCATTGGCAAG
575 TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAATAAAAAACTATCCATTGGCAAG
* * *
1129 AAAAGTCCTTTTATAGTCGCTCGAGA-CTTCGAAAGC
640 AAAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAACCTTCGAAAGC
* * *
1165 CCTATAACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
** * * * *
1230 TTTAATTAAAACAGACTTTATTTGAATATGTGCTTAAGAAAACTTGAAGTAAAAGCTATCCATTA
66 TTTGGTTAAAACAGA-TTTATTTGAATGTCTGCTT-AGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTA
*
1295 GTAAGACAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATAGTTT
129 GTAAGA-AAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTT
* * * * ** *
1360 TATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTGGTTACAACAGAAGATAATTG
193 TATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTG
* * *
1425 ACTGTTTGTCTTGAGAAACGTGAAACAAATGCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTATAGTTA
258 ACTGTTTGACTTGAGAAACGTGAAACAAA-GCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
1490 CTTAAGCCATTAAAAGCC-TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTT
322 C-TAAGCCTTTGAAAGCCTTTACTCCCTTTAAATGGTTTTATA-TCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * * * * **
1554 AAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTCAATGTCTTTCTCAA-GAAACGTGAAG
385 GAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTCTCCCT-AAGGAAACGTGAAG
* * * * ** * *
1618 CAAAAATCGTCTATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATTGTTACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTAT
448 CAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTAC
* * *
1683 TAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAAATTTTTGATT
513 TAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTG-TT
* * * * *
1747 GAAATGA-ATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGTAAAAAAC-ATCCATTGGCAAG
577 AAAAT-ATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAACTATCCATTGGCAAG
*
1810 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGATAGC
640 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* * * ** * * *
1846 CTTATTGCTCGCAATAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * * * *
1911 TTTGGTGAAAATC-TATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAATCTATCCATT
66 TTTGGTTAAAA-CAGATT-TATTTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT
* * * * * * * * * **
1975 CGCAAGGAAAGTCCATTTATTATCACTCAAGCCGTCGAAAGCCTTAATACTCGTTTTAAATGGTT
128 AGTAA-GAAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTT
* * * *
2040 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATATTT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT
* * * * * * **
2104 GACTATTT-ACCTTGAGAAACGTGAAATAAAAAACTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAG
257 GACTGTTTGA-CTTGAGAAACGTG-AA-ACAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * *
2168 TCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACCCCCTTTAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTT
319 TCACTAAGCCTTT-GAAAGCC-T-TTACTCCCTTTAAATGGTTTTA-TATCTCATAATTGATTTT
* * * **
2233 AAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCAGATTATATTTAAA-TCTCTGCCTCAGGAAAAA
380 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAAGTCTC--CCTAAGGAAACG
* * ** * * * ** * * * * *
2297 AGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCTATTTATAGTTAATTAAGTCGTTGAAAGCCTT
443 TGAAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTT
* * * * * ** ** * *
2362 ATCACTCGCTTTAAATGCATTT-ATAAACTTGTAATT-ATTTTTAAGTTGGATTGTTTT-ACATT
508 ATTACTAGCTTTAAATG-GTTTCACAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATT
* * * * * ** * * ** ** * * ****
2424 TTTGACTGAAACAGATTGTATTTGACTATCTGTTTC-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCNNNN
571 TTTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAATAAAAAACTATCCATT
****** * * *
2488 NNNNNNAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTGAAAGT
634 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* ** * * * * * * * *
2530 CTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATAATCGCATTATTAATTTTAAGTGAAATTTTTCTACATT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
** * * * * ***
2595 TTTCATTAAAACAGATTATATTTGTATGTC--C----G---CCTCAAG-AAACG-TGA---ANNN
66 TTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCTGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCT-ATCCATTA
*****************************************************************
2646 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 GTAAGAAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTT
*****************************************************************
2711 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
194 ATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGA
*****************************************************************
2776 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
259 CTGTTTGACTTGAGAAACGTGAAACAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
**************************
2841 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
324 AAGCCTTTGAAAGCCTTTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* * * * * * * * *
2906 TTTGTCTTACATTTTTTA-TTAAAATATATTATAACTGAATGTTTACCCTGAA--AAACGTTAAG
388 TTT-TTTTATA-TTTTTAGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTCT-CCCT-AAGGAAACGTGAAG
* * ** * * * ** * * *
2968 C-AGAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATTGTAACTCAGGCC-TTCAAAAACCTTAAT
448 CAAAAATC-ATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATT
* * ********* *
3031 ACTCA-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTGT---ATTTTT
511 ACT-AGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTT-TAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTT
* * ** ** * * * * * * * * * *
3092 AGTTAAAACAAATTATATTTGGCTGTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAACACCATTCATTAGT
574 -GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAACTATCCATTGGC
* ** * ** *
3157 AAAAAAAGTCTTTTTATAGTGACTCATTCTTTCGAAA-C
637 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* * * * *
3195 CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATATCCTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATAT
1 CC-TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * * ** * * * * * * * * * *
3260 TTTTGATTAAAATATATTAAAACTGAATATCTACCTCATGAAACGTTAAGTACAACCCACCCATT
65 TTTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCT-GCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT
* * * * * * * * **
3325 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAAGA-CTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGNN
128 AGTAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAA-ACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGT
******** * * * *
3389 NNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTATT
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATT
* ** * * * *
3453 TGAATG-TCCA-TCTCAGAAAACATGAAGTA-AAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTAT
256 TGACTGTTTGACT-TGAG-AAACGTGAA--ACAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* ** * * * * * ** *
3515 AGTCACTTAAACCTTCAAAAACCTTATTACTTCTTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCCAAT
317 AGTCAC-TAAGCCTTTGAAAGCC-T-TTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGATT
* * * * * ** **
3580 TTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATAGATAATATTTGACTA-TTTGACTTGGGAA
378 TTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATATTT-A-AAGTCTCCCTAAGGAA
* *** * ** ** * * *
3643 ATGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTTAATTTATAGTCACTAAAGCCATTGAAAGC
440 ACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGC
* * * * * **
3708 CTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTCCAAT
505 CTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAAT
* * * * **
3772 TTTTGATTGAAATGA-ATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAA-ACAAAAGAC-ATCC
570 TTTTG-TTAAAAT-ATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAATA-AAAA-ACTATCC
* * * *
3834 ATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAGC
631 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* * * * * *
3879 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * * * * *
3944 TTTGATTAAAATC-TATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATT
66 TTTGGTTAAAA-CAGATT-TATTTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT
* * * * * * * * * *
4008 GGCAAGAAAAGTCCATTTATTATCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTT
128 AGTAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTT
* * * *
4073 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT
* * * * * *
4137 GACTGTTT-ACCTTGGGAAATGTGAAGCAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAG
257 GACTGTTTGA-CTTGAGAAACGTGAA--ACAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ***** *
4201 TAACCCTTTCTTTCGAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATTATCTCATAATTGATTTT
319 TCACTAAGCCTTT-GAAAGCCTT--TACTCCCTTTAAATGGTTTTA-TATCTCATAATTGATTTT
* * * * * *
4266 AAGTTGAGTTTTTTTATATATTTA-TTGAAAACAGTTTATATTTGAA-TCTCTGCCTTAGGAAAA
380 AAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAAACAGATTATATTTAAAGTCTC--CCTAAGGAAAC
** ** * * * * *
4329 AAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAGCCGTTGAAAA-CC
442 GTGAAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT-AAAAGCC
* * * * * * * * * * **
4393 TTATGACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTGTTTT-GCATT
506 TTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATT
** * * * ** * * * * *
4457 TTTCACTGAAACAAATTATATTTGACTATCTGCTTCGAGAAACATGAAGT-AAAACCTATACATT
571 TTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAACTATCCATT
* * * *
4521 GACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGT
634 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* *** * * * *
4563 CTTATTACTTTTTTTGAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTGAAATTTTTGTATATT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
** ** * * * * *
4628 TTTCATTAAAACAGATTATATTTTCATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCATAAGCCATCCATT-
66 TTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTA
* * **
4692 GATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAAAG-TCTTATTACTCCCTTTAAATGGT
129 G-TAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCT-TTATTACTCCCTTTAAATGGT
* * *
4756 TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTGTCTTACATTTTCTA-TTAAAATATATTAT
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTT-T-TTACATTTT-TAGTTAAAACAGATTAT
** * * * * * *
4819 AACTGAATGTTT-ACCTCGAGAAA--TGCAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACTTCATT
253 ATTTGACTGTTTGA-CTTGAGAAACGTG-AAA-C-AAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
4881 TATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCGTTAATACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTG
314 TATAGTCACT-AAGCCTTTGAAAGCCTT--TACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTG
* * * * * * *
4946 ATTTTAAGTT--ATTATTTTTGTATTTTTTGTTAAAACAAATTATATTTGACTA-TTTACCTTAG
375 ATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT-A-AAGTCTCCCTAAG
* * * * * ** * ** *
5008 GAAACATGAAACAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTC-ATTCTTTCA
437 GAAACGTGAAGC-AAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT-A
* * * * * *
5072 AAAGCCTTATTATTCA-CTTTAAATGGTTTCATAACCTCCTAATTGACTTTACGTTAAATTTTTT
500 AAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTT
* * * *
5136 T-ACATTTTTGGTTAAAATATATTCTAACTGAATGTCTGCCTC-AGGAA-ATG-TTAAGCAAAAG
564 TAAAATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAATAA--AAAA-
* * * * *
5197 CCATCCATTTGTAAGATAAGTCCATTTATAGTCGCTCAATA-CTTCGAAAGC
625 CTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-ACCTTCGAAAGC
* * * * * *
5248 CTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACT-T
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-TAT
* * * ** *
5312 TTTTGGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTCCGTCTCAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATT
65 TTTTGGTTAAAACAGA-TTTATTTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT
* * * * * *
5377 AGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTT
128 AGTAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTT
* *********** * *
5442 TTATAATATCATAATCNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACAGTTTT-GATTAAAACAGATTATATT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGATTATATT
* * * ** *
5506 TGACTATTTGACTTGGGAAACGCGAAGTAAATGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGT
256 TGACTGTTTGACTTGAGAAACGTGAAACAAA-GCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * *
5571 CACTCAAGCCATTAAAAGCTCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAGTCTCATAATTGATTTTA
320 CACT-AAGCCTTTGAAAGC-CT-TTACTCCCTTTAAATGGTTTTATA-TCTCATAATTGATTTTA
* * ** * * * * * ** *
5636 GGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATGT-TTGCTTAGAGAAACGT
381 AGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTCTCCCTAAG-GAAACGT
** * * * *
5700 GAAGCAAAACCCATCCACTT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCC-TTCAAAAGCCT
444 GAAGCAAAAATCATCCA-TTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATT-AAAAGCCT
** * * * * * * * * *
5763 TATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCGATTTTGAGTTGAATTTTTTT-ACAGTT
507 TATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTT
* * ** * * * * * ** **
5827 TTGATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGACT-TAGGAAACGCGAAGT-AAATGCTATCCATT
572 TTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGA-GAAACATGAA-TAAAAAACTATCCATT
* * * * * *
5890 AGCAGGAAAAGTCCATTCATAGTCGCTCAAGCCATT-AAAAGC
634 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC-TTCGAAAGC
*********** * * * **
5932 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCANNNNNNNNNNTAGGTTGAATTGTTTTGCAT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * * * * * * * *
5996 TGTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAAAGTTTGCCTAGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCACT
65 TTTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGTAAAAGCTATCCA-T
* * * * **
6061 T-GTAAGACAAGTCCATTTATAGTCAC-TAAAGCCATT-GAAAGCGTTATTATTGGCTTTAAATG
127 TAGTAAGA-AAGTCCATTTATAATCACTTAAA-CC-TTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATG
* * * * *
6123 GCTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTGAAATTTTT-GATTGAAAC-GAATT
189 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTAG-TTAAAACAG-ATT
** ** * * * * * *
6185 ATAACTGAAAGTTTGCCTT-AGGAATCGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
251 ATATTTGACTGTTTGACTTGA-GAAACGTGAAAC-AAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * * *
6249 TATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCC-TTATTGCTCGTAATAAATAGTTTTATAATCTCGTTATT
314 TATAGTCACT-AAGCCTTTGAAAGCCTTTACT-C-CCT-TTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATT
* * ** * * * * *
6313 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATTTTATAACTTAATGTTTGCCT-CGA
374 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTCTCCCTAAG-
* * * * ** ** *
6377 GAAACATGAAGC-AAAAGCTATCTATTGGTAAGAAAAGTATATTTATTA-TTACTCAAG-CTTTC
437 GAAACGTGAAGCAAAAATC-ATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTA-TAGCCACTCAAGCCATT-
* * * * * *
6439 AAAAACCTTAATACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTGTTT
499 AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTT
** * * ** * * * * * * *
6502 TT-GTATTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTCACTATTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAAA-
563 TTAAAATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAAC
* * * ** ** *
6565 TCATTCATTGGCAAGAATATTCTTTTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGC
626 T-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* * * * * * ********** * * *
6616 CTTATTACTCCCATTAAATGGTTTCATTATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAGTTTTTTTATATA
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
* * * * * * * * * *
6681 TTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATCTATACCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTG
66 TTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCT-GCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTA
* * * * * * * * * * ** *
6746 GTAAGAAATTTTCATTTATAGTTAATTAAGCCGTT-GAAACCCTTATGACTCATTTTAAATGCTT
129 GTAAGAAA-GTCCATTTATAATCACTTAAACC-TTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTT
* ********** * * *
6810 TTATAAACTCATAANNNNNNNNNNGTTAGATTG-TTTTACATTTTTCA-CTAAAACAAATTATAT
192 TTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTT-GAATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATAT
* * * * * * * *
6873 TTGACTATCT-ACTTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CAATGGATAAGAAAAGTACATTTAT
255 TTGACTGTTTGACTT-GAGAAACGTGAAAC-AAAGCCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * * ** *
6936 AGTCACTCAGGCCTTCGATAGTCTTATTACTTTCTTTAAACT-ATTTTATAATCTCACT-ATTGA
317 AGTCACT-AAGCCTTTGAAAG-CCT-TTACTCCCTTTAAA-TGGTTTTAT-ATCTCA-TAATTGA
* * * * **
6999 TTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAACAGATTATGTTTGTATGTCTGTCTCAA-
376 TTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTCTCCCT-AAG
* * ** * * * *****
7061 GAAACGTGATGCACAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATA-CTCACTTAAGCCNNNNN
437 GAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGC-CACTCAAGCCATTAA
***** ** * * * ** * * *
7125 NNNNNTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTTGTAATTGATTGTAAGTTGAATTTGTCTT
501 AAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTT
* * * * ** *
7190 -ACATTTTCTGTTAAAATGTATTATAACTGAATTGT-TACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTA
565 AAAATTTT-TGTTAAAATATATTATAACTGAA-TGTCTGCCTCGAGAAACATGAATAAAAAACTA
* * * * * * *
7253 TCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTGATTGTTACTCAAGCCTTCAAAAGC
628 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* ********** * * *
7301 CTTA-TACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATCGTTTTTGTAT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTTTTATAT
* * * * * * **
7363 TTTTAGTTAAAACAGATTATATATGACTGTTTGCCTCTA-AAAACATGAAGCAAAAAATAAGT-C
65 TTTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCTG-CT-TAGGAAACATGAAGTAAAAGCT-A-TCC
* * * * ** * *
7426 ATTGGCAAGAAAAGT-C-TTTCAATAGTCAC-TCATTCTCTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAA
125 ATTAGTAAG-AAAGTCCATTT--ATAATCACTTAAACCT-TCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAA
* * * * * * * * * *
7488 ATGGTATTATAACCTCCTAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATT
186 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATT
** * * * * * *
7553 ATAACTGAATGTTTGCCTT-AGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATT
251 ATATTTGACTGTTTGACTTGA-GAAACGTGAAAC-AAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
* * * *
7617 TATAGTCGCTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTG
314 TATAGTCACT-AAGCCTTTGAAAGCC-T-TTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTG
* * * * * * ** * *
7682 ATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTATTTGAATGTCTGTCTCAGAA
375 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTCTCCCTAAGGA
* * * ** * * * *
7747 AACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TCCAAAA
439 AACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAT-TAAAA
** * * * * * * * * * *
7811 GCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATTATAATCGATTTTGAGTT-GAGTTTTTTAAC
503 GCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAA
* ** * * * * * * * ** *
7875 ATTTTTGATTAAAAAATATTATATTTGACTATTTGACTTGGGAAACGTGAAGT-AAATGCCATCC
568 ATTTTTG-TTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-TAAAAAACTATCC
* * * * *
7939 ATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGC
631 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC-TTCGAAAGC
* * * **
7984 CCTTTTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTGCT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCGTAATTGATTTTAAG-TTAAATT-TTTTTAT
* * * * * * * * * *
8047 -TTTTTAGCTAAAACAGATTATATTTGAATATTTTCCTAGAGAAGCGTGAAGGAAAA-ATCATCC
63 ATTTTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGTAAAAGCT-ATCC
* * * * * * * * **
8110 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TAAAGCGATT-GAAAGCCTTATAATTAGCTTTAAA
125 ATTAGTAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAAA-C-CTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAA
* ** * * * *
8173 TGG-TTTATAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTAAAT-TTTTTGAAATTTTT-GATTGAAA-TGAA
187 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTT-ACATTTTTAG-TTAAAACAG-A
** * * * * ** * *
8234 TTATAACTGAATGTTTG-CTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCA
249 TTATATTTGACTGTTTGAC-TTGAGAAACGTGAAAC-AAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
* * * * ** ** * * *
8298 TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTGCTCACAATAAATGAATTTATAACCTCGTTAT
312 TTTATAGTCACT-AAGCCTTTGAAAGCC-T-TTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAAT
* * * ** * * * * *
8363 TGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATATTTTATAACTTAATGTTTTCCT-CG
373 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT-ATTTAAAGTCTCCCTAAG
* * * * * * * *
8427 AGAAACATGAAGC-GAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAA-TACATTTAT-TCTTACTCAAG-CTT
437 -GAAACGTGAAGCAAAAATC-ATCCATTGGTAA-AAAAAGTCCATTTATAGC-CACTCAAGCCAT
* * * * *
8488 TCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTGT
498 T-AAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATT-T
** * * ** * * * * ** *
8551 TTTT-GTATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTCGAGTAATGTGAAGCAAAAA
561 TTTTAAAATTTTT-GTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAA-TAAAAA
* ** * ** *
8615 A-TCA-CTCATGGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCATTCATTCTTTCGAAAGC
624 ACT-ATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* * * * * *
8667 CTTATTGCTC-CTTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATAT
1 CCTATTACTCAC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAT
* * * * * * * * *
8731 ATTTAGTTAATACAGATTATATTTGAATCTCTGCCTTAAGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATT
65 TTTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT
* * * * * * * * * ** *
8796 GGTAAGAAATGTTCATTTATAGTGAATTAAGCCGTTGAAAA-CCTTATGACTCGTTTTAAATGCT
128 AGTAAGAAA-GTCCATTTATAATCACTTAAACC-TTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGT
* * * * * * * *
8860 TTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTCA-CTGAAACATATTATA
191 TTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGA-ATGTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAGATTATA
* * * * * *
8923 TTTGACTATCTG-CTTCAAGAAACATGAATCAAAAGTCATCCATT-GACAAGAAAAGTCCATTTA
254 TTTGACTGTTTGACTT-GAGAAACGTGAAAC-AAAGCCATCCATTAG-CAAGAAAAGTCCATTTA
* * ** * * * *
8986 TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTTGCTTTGAACGATTTTATAATCTCATTATTGAT
316 TAGTCACT-AAGCCTTTGAAAG-CCT-TTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT-ATCTCATAATTGAT
* * * * * ** **
9051 TTTAAG-TGAAATGTTTTTATATTTTTCA-TTAAACCAGATCATATTTGTATGT-TTGCTTCGAG
377 TTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTT-AAAGTCTCCCTAAG-G
* ** * * ** * * * *
9113 AAACGTGAAGCACAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGCAGTCACTTAAGCCTTTGAAA
438 AAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAA
* * * * * * * * *
9178 GCCTTCTTACT-CCTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTGTCTTA
503 GCCTTATTACTAGC-TTTAAATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTT-TTTTA
* * * * * * * ** *
9242 CATTTTTTGTTGAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTCGAAAAACATAAAGCAAAAGCTATCC
566 AAATTTTTGTTAAAATATATTATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAATAAAAAACTATCC
* * * * *
9307 ATTGGCAAGAAAACTTCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGT
631 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
* * * * * * *
9352 CTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTGTTTTTGTAT
1 CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTTTATAT
* * * * * * * * ** *
9415 TTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAATCATTCAT
65 TTTTGGTTAAAACAGATT-TATTTGAATGTCT-GCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCT-ATCCAT
* * ** * ** * * * *
9480 TGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCAC-TAATTCTTCCGAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATAG
127 TAGTAAG-AAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTT-CAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGG
* * * *
9544 TTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTA
190 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTA
9584 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 6121, Mismatches: 1962, Indels: 669
0.70 0.22 0.08
Matches are distributed among these distances:
664 1 0.00
665 83 0.01
666 194 0.03
667 19 0.00
668 3 0.00
669 2 0.00
670 1 0.00
672 1 0.00
673 5 0.00
674 5 0.00
676 5 0.00
677 4 0.00
679 9 0.00
680 131 0.02
681 420 0.07
682 254 0.04
683 1263 0.21
684 2750 0.45
685 797 0.13
686 158 0.03
687 15 0.00
688 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (675 bp):
CCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATT
TTTGGTTAAAACAGATTTATTTGAATGTCTGCTTAGGAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATTAGT
AAGAAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAT
AATCTCATAATTGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACT
GTTTGACTTGAGAAACGTGAAACAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAA
GCCTTTGAAAGCCTTTACTCCCTTTAAATGGTTTTATATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTAAAGTCTCCCTAAGGAAACGTGAAGCAAAAATC
ATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTACTAGCTTTA
AATGGTTTCACAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAAATTTTTGTTAAAATATAT
TATAACTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAATAAAAAACTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCAAACCTTCGAAAGC
Found at i:2313 original size:852 final size:848
Alignment explanation
Indices: 438--2367 Score: 2078
Period size: 852 Copynumber: 2.3 Consensus size: 848
428 AAAAGCCATT
* * * * * * * *
438 CATTAGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCTCTCAAGCTGTTGAAGA-CC-TATTACTCACTTTAAA
1 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAAC-CTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAA
* * * * *
501 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATTT
65 TAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT-AAACAGATTA
** * *
566 TATTTGAATGTCTGCCTCAGGAGGCATGAAGTAAAAGCCATCCGTTGGTAAGAAAAGTCTATTTA
129 TATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGGAAAGTCTATTTA
* * * * * *
631 TAGTCAC-TAAACCTTCAAATGCTTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGGT
194 TAGTTACTTAAGCCTT-AAAAGC---CTTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGAT
* * * * *
695 TTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTGACTAAGGAAA
255 TTTAAGTTAAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTCAATGTTTGACTAAGGAAA
* * * * * *
760 CGTGATGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTTCATTTCTAGTCACACAAGCCTTTGAAAGCC
320 CGTGAAGCAAAAACCATCCATTAGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACAAGCCATTGAAAGCC
** * ***
825 TTATTACTCTCCTTTAATGGTTTTGTAATCTCATTGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTTGTACTT
385 TTATTACTCTCCTTTAATGGTTTTACAATCTCATAGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTAAAACTT
* * * *
890 TTCATTAAAACAGATTATATTTAAAGTCTCCCTAAGGAAATGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGT
450 TTCATTAAAACAGATTATACTGAAAGTCTCCCTAAGGAAATATGAAGCAAAAAACATCCATTGGT
* * **
955 CAGAGAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCA
515 CAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGGTTTCA
* * * *
1020 TAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATATGTTATAACTGAA
580 TAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTATAACTGAA
* ** * * *
1085 TGTCTGCCTCGAGAAACATTAATTAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCTTTTATAGTCGCT
645 TGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT
* * *
1150 CGAGACTTCGAAAGCCCTATAACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTT
710 CAAGACGTCGAAAGCCCTATAACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
1215 AAATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTTTATTTGAATATGTGCTTAAGAAAACTTGAAGT
775 -AATTTTTTTATATTTTTAATTAAAACAGACTTTATTTGAATATGTCCTTAAGAAAACGTGAAAT
*
1280 AAAAGCTATC
839 AAAAACTATC
* * * *
1290 CATTAGTAAGACAAGTCCATTTATAATCACTTAAACCTTCAAAAGCTTTATTACTCCCTTTAAAT
1 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAT
* * * ** **
1355 AGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTGAGTTGAATGTTTTTACGTTTTTGGTTACAACAGAAGAT
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTA-AACAGATTAT
* * * * * * ** * * * *
1420 AATTGACTGTTTGTCT-TGAGAAACGTGAAACAAATGCCATCCATTAGCAAGGAAAGTCCATTTA
130 ATTTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGGAAAGTCTATTTA
* *
1484 TAGTTACTTAAGCCATTAAAAGCCTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTT
194 TAGTTACTTAAGCC-TTAAAAGCCTTACTCACTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAATTGATTTT
* *
1549 AAGTTAAATTATTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATATTTCAATGTCTT-TCTCAA-GAAAC
258 AAGTTAAATTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTCAATGT-TTGACT-AAGGAAAC
* * * * * * *
1612 GTGAAGCAAAAATCGTCTATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATTGTTACTCAAGCCATTGAAAGCCT
321 GTGAAGCAAAAACCATCCATTAGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACACAAGCCATTGAAAGCCT
* * * *
1677 TATTA-T-TAGCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATT
386 TATTACTCT-CCTTT-AATGGTTTTACAATCTCATAGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTAAAACT
* * * * * * ** *
1740 TTTGATTGAAA-TGAATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAATATGAAGTAAAAAACATCCATT
449 TTTCATTAAAACAG-ATTAT-ACTGAAAGTCTCCCTAAGGAAATATGAAGCAAAAAACATCCATT
* * * *
1804 GG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACC-TTCGATAGCCTTATTGCTCGCAATAAATGG
512 GGTC-AGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAACCATT-AAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGG
* * * * *
1867 TTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATCTATTATAA
575 TTTCATAATCTCCTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTGAAAATATATTATAA
* * * * * *
1932 TTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAATCTATCCATTCGCAAGGAAAGTCCATTTATTA
640 CTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCCATTCGCAAGAAAAGTCCATTTA-TA
* * ** *
1997 -TCACTCAAGCCGTCGAAAGCCTTA-ATACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
704 GTCACTCAAGACGTCGAAAGCCCTATA-ACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATT
* * * * *
2060 TTAAGTT-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATATTTGACTATTTACCTTGAG-AA
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*
2122 ACGTGAAATAAAAAACTATT
830 ACGTGAAAT-AAAAACTATC
* ** * ** * * *
2142 CATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACCCCCTTTAAAT
1 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAATCACTCAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAAT
* * *
2207 AGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGCAGATTAT
66 AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAA-CAGATTAT
* * * *
2272 ATTTAAATCTCTGCCTCAGGAAAAAAGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAA-GAAATGTCTATTTA
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* * *
2336 TAGTTAATTAAGTCGTTGAAAGCCTTA-TCACT
194 TAGTTACTTAAG-CCTTAAAAGCCTTACTCACT
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Statistics
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CTCTCCTTTAATGGTTTTACAATCTCATAGTTCATTTTAAATTGAATTTTTTAAAACTTTTCATT
AAAACAGATTATACTGAAAGTCTCCCTAAGGAAATATGAAGCAAAAAACATCCATTGGTCAGAAA
AGTCCATTTATAGCCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTACTCGCAATAAATGGTTTCATAATCT
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GTCGAAAGCCCTATAACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTT
TTTATATTTTTAATTAAAACAGACTTTATTTGAATATGTCCTTAAGAAAACGTGAAATAAAAACT
ATC
Found at i:3346 original size:171 final size:170
Alignment explanation
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2857 NNNNNNNNNN
* *
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* * * * * *
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** * * ** * * * * * * *
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* * ** *
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* * * *
3210 TAAATGGTTTCATAATATCCTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* ** * * * * * * * * *
3275 ATTAAAACTGAATATCTACCTCATGAAACGTTAAGTACAACCCACCCATTGGCAAGAAAAGCCCA
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* * *
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********** * * *
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1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATA
* * * * * * * *
3446 TTTTATTTGAATGTCCATCTCAGAAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCAT
66 TTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * *
3511 TTATAGTCACTTAAACC-TTCAAAAACCTTATTACTTC-TTT
131 TTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTT
* * ** * * *
3551 TAAATAGTTTTATAATATCATAATCCAATTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * * * ** ** * * * * **
3616 ATAATATTTGACTATTTGA-CTTGGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTTA
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* * * *
3680 ATTTATAGTCACTAAAGCCATT-GAAAGCCTTATTATTGGCTT
129 ATTTATAGTCACT-CAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
3722 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCCA-ATTTTTGATTGAAATG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT--ATATTTTTGATTAAAAT-
** * * ** ** * * *
3786 A-ATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAACAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTA
63 ATATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
*
3850 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GATAGCCTTATTACTCGCTT
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* * * *
3893 TAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATCT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * * * * *
3958 ATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
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*
4023 TTTATTA-TCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTT
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* *
4064 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTATTTTTATATTTTT-AGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * ** ** *
4127 GATTATATTTGACTGTTTACCTTGGGAAATGTGAAGCAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *** * *
4192 TATTTATAGTAACCCTTTCTTTCGAAAGCCTTACTACTCCCTT
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* * * * *
4235 TAAATGGTTTCATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTT-ATTGAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGATT-AAAATA
* * * * * *
4299 GT-TTATATTTGAATCTCTGCCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTC
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* * * * * *
4363 CATTTATAGTCAATTAAGCCGTT-GAAAACCTTATGACTCGTTT
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* * * ** * * * *
4406 TAAATGCTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTT-AGATTGTTTTGCATTTTTCACTGAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATA
* * * * * * * *
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* ***
4533 CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGTCTTATTACTTTTTT
127 CCATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
4577 TGAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTGTATATTTTTCATTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTT-TATATTTTTGATTAAAATA
* ** * * **
4641 GATTATATTTTCATGTCTGCCTC-GAGAAACATGAAGCATAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * *
4705 CATTTATACTCACTTAAGCCTTT-GAAAGTCTTATTACTCCCTT
128 CATTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
4748 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTCT-ATTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTATATTTT-TGATTAAAAT
** * *
4812 ATATTATAACTGAATGTTTACCTC--GAGAA-ATGCAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAA
63 ATATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGA-AACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* * * * *
4874 CTTCATTTATTGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCGTTAATACTCGCTT
125 GTCCATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
4920 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTATTTTTGTAT-TTTTTG-TTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTT-TATATTTTTGATTAAAAT
* * * * * * ** *
4982 AAATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACATGAAACAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
63 ATATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
** ** * * *
5047 CTTTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTT
127 CCATTTATAGTCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
5091 TAAATGGTTTCATAACCTCCTAATTGACTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* ** * ** * * * *
5156 ATTCTAACTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGATAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** *
5221 TTTATAGTCGCTCAATAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
130 TTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
5262 TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT-TACTTTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATA--TTTTTGATTAAAATA
* * *** * * * * *
5326 GATTTTATTTGAATGTCCGTCTCAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCT
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
5391 ATTTATAGTCACTTGAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
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* * *********** * * * *
5433 TAAATAGTTTTATAATATCATAATCNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * * ** ** * * *
5498 ATTATATTTGACTATTTGA-CTTGGGAAACGCGAAGTAAATGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCC
65 ATTATATTTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * *
5562 ATTCATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAG-CTCTATTACTCACTT
129 ATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTT
* ** * **
5604 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATA
* ** * * * *
5668 GATTATATTTGAATGT-TTGCTTAGAGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCACTT-GTAAGAAAAGT
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * * *
5731 CTATTTATAGTCACTTAAGCC-TTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
127 CCATTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
5775 TAAATAGTTTTATAATATCATAATCGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * * * ** * * * * *
5840 ATTATATTTGACTATTTGA-CTTAGGAAACGCGAAGTAAATGCTATCCATTAGCAGGAAAAGTCC
65 ATTATATTTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
5904 ATTCATAGTCGCTCAAGCCATT-AAAAGCCCTATTACTCACTT
129 ATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * ** * **
5946 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCANNNNNNNNNNTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATA
* * * * * * * *
6010 GATTATATTTGAAAGTTTGCCT-AGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCACTT-GTAAGACAAGT
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * * * *
6073 CCATTTATAGTCACTAAAGCCATT-GAAAGCGTTATTATTGGCTT
127 CCATTTATAGTCACT-CAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * **
6117 TAAATGGCTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGATTGAAACGA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGATT-AAAATA
** * * * * * * * *
6182 -ATTATAACTGAAAGTTTGCCTTAGGAATCGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
6246 ATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGATAGCCTTATTGCTCG-TAA
129 ATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-T
* * * *
6288 TAAATAGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTT-AGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * *
6352 TTTTATAACTT-AATGTTTGCCTC-GAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCTATTGGTAAGAAAAGT
64 TATTAT-ATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
** * * * *
6415 ATATTTATTA-TTACTCAAG-CTTTCAAAAACCTTAATACTCGCTT
127 CCATTTA-TAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * *
6459 CAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * * * * ** * * * *
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* ** * *
6588 TTTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCCCAT
129 ATTTATAGTCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
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6630 TAAATGGTTTCATTATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAGTTTTTTTATATATTT-AGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * * ** *
6694 AATTATATTTGAATCTATACCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATTTTC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * **
6759 ATTTATAGTTAATTAAGCCGTT-GAAACCCTTATGACTCATTT
129 ATTTATAG-TCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ********** * * * *
6801 TAAATGCTTTTATAAACTCATAANNNNNNNNNNGTT-AGATTGTTTTACATTTTTCACTAAAACA
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* * * * * *
6865 AATTATATTTGACTATCTACTTC-GAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CAATGGATAAGAAAAGT
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6928 ACATTTATAGTCACTCAGGCC-TTCGATAGTCTTATTACTTTCTT
127 CCATTTATAGTCACTCA-GCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
6972 TAAACT-ATTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
1 TAAA-TGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTATATTTTTGATTAAAA
* * * * ** * * * * * *
7034 CAGATTATGTTTGTATGTCTGTCTCAAGAAACGTGATGCACAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGT
62 TATATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * ********** *
7099 CCATTTATACTCACTTAAGCC-NNNNNNNNNNTTATTACTCCCTT
127 CCATTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* ** * *
7143 TAAATGATTTTATAATCTTGTAATTGATTGTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTCTG-TTAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTATATTTT-TGATTAAAAT
* ** * * *
7207 GTATTATAACTGAATTGT-TACCTC-GAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAG
63 ATATTATATTTGAA-TGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAG
* * * * * *
7270 TTCATTGATTGTTACTCAAGCC-TTCAAAAGCCTTA-TACTCACTT
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********** * *
7314 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATCGTTTTTGTATTTTT-AGTTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT--TTTTTATATTTTTGA-TTAAAAT
* * * * * * ***
7376 AGATTATATATGACTGTTTGCCTCTA-AAAACATGAAGCAAAAAATAAGT-CATTGGCAAGAAAA
63 ATATTATATTTGAATGTCTACCTC-AGGAAACATGAAGC-AAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAA
** * *
7439 GT-C-TTTCAATAGTCACTCATTCTCTCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
125 GTCCATTT--ATAGTCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
7485 TAAATGGTATTATAACCTCCTAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
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** * * * * * *
7550 ATTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTCCA
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* * *
7615 TTTATAGTCGCTCAAGAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
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* * * * *
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* ** * * * * * *
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* * * *
7786 TTTATAGTCACTTAAGCC-TCCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
130 TTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * *
7827 TAAATAGTTTTATAATATTATAATCGATTTTGAGTTGAGTTTTTTAACATTTTTGATTAAAAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAATAT
* * * ** * * * * * *
7892 ATTATATTTGACTATTTGA-CTTGGGAAACGTGAAGTAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTCC
65 ATTATATTTGAATGTCT-ACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * *
7956 ATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCCTT-TTACTCACTT
129 ATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTT
* *
7998 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTGCT-TTTTT-AGCTAAA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTT-ATATTTTTGA-TTAAA
* * * * * * * * **
8059 ACAGATTATATTTGAATATTTTCCT-AGAGAAGCGTGAAGGAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAA
61 ATATATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAA
* ** * * *
8123 GTCCATTTATAGTCACTAAAGCGATT-GAAAGCCTTATAATTAGCTT
125 GTCCATTTATAGTCACT-CAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
8169 TAAATGG-TTTATAATCTCATAGTTGATTTCAAGTTAAATTTTTTGAAATTTTTGATTGAAATGA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ATATTTTTGATTAAAAT-A
** * * * ** ** ** *
8233 -ATTATAACTGAATGTTTGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * **
8297 ATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGATAGCCTTATTGCTCACAA
129 ATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
** * * * * *
8339 TAAATGAATTTATAACCTCGTTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTT-AGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * ** *
8403 TTTTATAACTT-AATGTTTTCCTC-GAGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAAT
64 TATTAT-ATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* ** * *
8466 ACATTTATTCTTACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTT
127 CCATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
8510 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTT-AGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * ** ** *
8573 GATTATATTTGACTGTTTACCTC-GAGTAATGTGAAGCAAAAAATCA-CTCATGGGCAAGAAAAG
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGC-AAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAG
** * ** *
8636 TCTTTTTATAGTCATTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTC-CTTT
126 TCCATTTATAGTCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TT
* * * * *
8681 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTT-AGTTAATACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * * * * *
8745 GATTATATTTGAATCTCTGCCTTAAGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTTC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * * *
8810 ATTTATAGTGAATTAAGCCGTT-GAAAACCTTATGACTCGTTT
129 ATTTATAGT-CACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * * * *
8852 TAAATGCTTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTCACTGAAACAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * * * * * * *
8917 ATTATATTTGACTATCTGCTTCAAGAAACATGAATCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* *
8982 TTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGTCTTATTACTTGCTT
130 TTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * **
9023 TGAACGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG-TGAAATGTTTTTATATTTTTCATTAAACCA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTATATTTTTGATTAAAATA
* * * * * * * * **
9087 GATCATATTTGTATGTTTGCTTC-GAGAAACGTGAAGCACAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
** * *
9151 CATTTGCAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTCTTACTC-CTTT
128 CATTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TT
* * * * *
9194 TAAATTGTTTTATAATCTCATCATTAATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTTTG-TTGAAAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTATA-TTTTTGATTAAAAT
** * * * * *
9258 ATATTATAACTGAATGTTTACCTC-GAAAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACT
63 ATATTATATTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * * *
9322 TCATTTATTGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGTCTTAATACTCGCTT
127 CCATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
9366 TAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTT-AGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTATATTTTTGA-TTAAAATA
* * * * * * ** *
9429 AATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
64 TATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTC
** * ** * * *
9494 TTTTTATAGTCACTAATTCTTCCGAAAGCCTTATTGCTCCCTT
128 CATTTATAGTCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * ****************
9537 TAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATANNNNNNNNNNNNNNNN
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* ** * * * *
9602 NTTATAACTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
9667 TTTATAGTCACTTAAGAC-TTAGAAAGTCTTATTACTTGCTT
130 TTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * *
9708 TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTATATTTTCGGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTATATTTTTGATTAAAATAT
* * *** ** * * * *
9773 ATTTTATTTCAATGTCCGTCTCAAAAAACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
9838 TTTATAGTCACTTAAG-CGTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
130 TTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
9879 TAAATAGTTTTATAATATCATAATCGATTTT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT
9910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5317, Mismatches: 1315, Indels: 479
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 66 0.01
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171 3750 0.71
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174 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTATATTTTTGATTAAAATATA
TTATATTTGAATGTCTACCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
Found at i:3947 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 2867--9909 Score: 4615
Period size: 342 Copynumber: 20.6 Consensus size: 340
2857 NNNNNNNNNN
* * *
2867 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTTTATTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTATA-TTTTTATTAAAACA
* ** * * * * * * **
2932 TATTATAACTGAATGTTTACCCTGAA-AAACGTTAAGCAGAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTT
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* * * * ** * * *
2996 CATTTATTGTAACTCAGGCCTTCAAAAACCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 CATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** ** * * *
3061 ATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTGTATTTTT-AGTTAAAACAAATTATATTTGGCTGTTTGCCTT
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCAATTTTTGA-TTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTT
* * * * * ** * ** *
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257 GGGAAACGTGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* *
3190 GAAACCCTTATTACTCGCTT
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* * * * * * *
3210 TAAATGGTTTCATAATATCCTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGATTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAG
* ** * * * * * * * * * * * * **
3275 ATTAAAACTGAATATCTACCTCATGAAACGTTAAGTACAACCCACCCATTGGCAAGAAAAGCCCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
* * * * **********
3340 TTTATAGTCGCTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAAT
130 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * **** **
3405 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAAT-AGATTTTATTTGAATGTCCATCTCA
195 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTTG
* * * * * * * * *
3468 GAAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCAA
258 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* *
3533 AAACCTTATTACTTC-TTT
323 AAGCCTTATTAC-TCACTT
* * ** * * *
3551 TAAATAGTTTTATAATATCATAATCCAATTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAG
* * * * ** ** * * * *
3616 ATAATATTTGACTATTTGACTTGGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTTAA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
* * * **
3681 TTTATAGTCACTAAAGCCATTGAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
130 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** *
3746 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTCCAATTTTTGATTGAAATGA-ATTATAACTGAATGTTTGCCTTG
195 TGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CAATTTTTGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTTG
* * * * *
3810 GGAAATGTGAAACAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
258 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA
* *
3875 TAGCCTTATTACTCGCTT
323 AAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
3893 TAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATC-
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAA-CA
* * * * * * * * *
3957 TATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTC
* * *
4022 ATTTATTA-TCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
129 ATTTA-TAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * *
4085 AATTGATTTTAAGTT--ATTATTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTAC
192 AATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTCA-ATTTTTGA-TTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGC
* * * * * *** *
4147 CTTGGGAAATGTGAAGCAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCTTTCT
254 CTTGGGAAACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* *
4212 TTCGAAAGCCTTACTACTCCCTT
318 TTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
4235 TAAATGGTTTCATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTTATTGAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATT-AAAACAG
* * * * * * *
4300 TTTATATTTGAATCTCTGCCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
* * * * ** * *
4365 TTTATAGTCAATTAAGCCGTTGAAAACCTTATGACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACTCATAAT
130 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
4430 TAATTTTAAGTT-AGATTGTTTTGC-ATTTTTCACTGAAA-CAAATTATATTTGACTATCTG-CT
195 TGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTT-CAATTTTTGA-TTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCT
* * * * *
4491 TCGAGAAACATGAAGTAAAA-CCTATACATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
256 T-GGGAAACGTGAAGCAAAAGCC-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * ***
4555 TTGAAAGTCTTATTACTTTTTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
4577 TGAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTGTATATTTTTCATTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACA
** * ** * * *
4641 GATTATATTTTCATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCATAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCC
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTC
* *
4706 ATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
129 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * *
4771 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTT-ACATTTTCT-ATTAAAAT-ATATTATAACTGAATGTTTAC
194 TTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTCA-ATTTT-TGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTTTGC
* * * ** * * * *
4833 CTCGAGAAATGCAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATTGTCACTCAAGCCT
254 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * *
4898 TCGAAAGCGTTAATACTCGCTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
4920 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTATTTTTGTATTTTTTGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATA-TTTTTATTAAAACA
* * * * * * ** * *
4983 AATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACATGAAACAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAG-T
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* * ** * * * * * *
5047 CTTTTTATAGTCAC-TCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTCATAACCTCC
128 C-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * ** * *
5111 TAATTGACTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-ATATTCTAACTGAATGTCTGC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTTTGC
** * * * * * * **
5175 CTCAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGATAAGTCCATTTATAGTCGCTCAATACT
254 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
*
5240 TCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
5262 TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACT-TTTTTGGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-TATTTTT-ATTAAAACA
* ** * * * *
5326 GATTTTATTTGAATGTCCGTC-TCAGAAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAG-T
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* ** * *
5389 CTATTTATAGTCACTTGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCAT
128 C-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*********** * * * * * *
5454 AATCNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGACT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCT
* * * * *
5519 TGGGAAACGCGAAGTAAATGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACTCAAGCCATT
256 TGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TT
*
5584 -AAAAG-CTCTATTACTCACTT
320 CGAAAGCCT-TATTACTCACTT
* * ** *** *
5604 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACA
* *
5668 GATTATATTTGAATGTTTG-CTTAGAGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCACTT-GTAAGAAAAG-
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGTAAGAAAAGT
** * *
5730 TCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCA
127 TC-ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * *
5795 TAATCGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAGATTATATTTGACTATTTGAC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCC
* * * * * * * * *
5860 TTAGGAAACGCGAAGTAAATGCTATCCATTAGCAGGAAAAGTCCATTCATAGTCGCTCAAGCCAT
255 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-T
* *
5925 T-AAAAGCCCTATTACTCACTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * * ** *** *
5946 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCANNNNNNNNNNTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATT-TTTATTAAAACA
* * * *
6010 GATTATATTTGAAAGTTTGCC-TAGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCACTT-GTAAGACAAGT
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGTAAGAAAAGT
* * * * * ** *
6073 CCATTTATAGTCACTAAAGCCATTGAAAGCGTTATTATTGGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCAT
127 TCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** **
6138 AGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTTGATTGAAA-CGA-ATTATAACTGAAAGTTTGC
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CAATTTTTGATT-AAATC-ATATTATATTTGACTGTTTGC
* * * *
6201 CTTAGGAATCGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
254 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
6266 TCGATAGCCTTATTGCTC-GTAA
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACT-T
* * * * * *
6288 TAAATAGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAG
* * ** * *
6353 TTTATAACTT-AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATCTATTGGTAAGAAAAGTAT
65 ATTAT-ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT-T
* * * * * * *
6417 -ATTTATTA-TTACTCAAG-CTTTCAAAAACCTTAATACTCGCTTCAAATGGTTTTATAATCTCA
128 CATTTA-TAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* ** * ** * * * *
6479 TAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAAAGATTATATTTCACTATTTACC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCAATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCC
* * ** * * * ** ** *
6543 TCGGGAAACATGAAGCAAAAAATCATTCATTGGCAAGAATATTCTTTTTATAGTCACTCATTCTT
255 TTGGGAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* *
6608 TCGAAAGCCTTATTACTCCCAT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * ********** * * *
6630 TAAATGGTTTCATTATCTCATANNNNNNNNNNAGTTGAGTTTTTTTATATATTTAGTTAAAACAA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAG
* * * * * * **
6695 ATTATATTTGAATCTATACCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATTTTCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
* * * * * ** * * *
6760 TTTATAGTTAATTAAGCCGTTGAAACCCTTATGACTCATTTTAAATGCTTTTATAAACTCATAAN
130 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
********* * * * * * * *
6825 NNNNNNNNNGTT-AGATTGTTTT-ACATTTTTCACTAAAACAAATTATATTTGACTATCT-ACTT
195 TGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTCA-ATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTT
* * * * * *
6887 CGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CAATGGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAGGCCTT
257 -GGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * **
6951 CGATAGTCTTATTACTTTCTT
320 CGAAAGCCTTATTACTCACTT
* *
6972 TAAACT-ATTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
1 TAAA-TGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAA
* * * * * * * * *
7034 CAGATTATGTTTGTATGTCTGTCTCAAGAAACGTGATGCACAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGT
62 CAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGT
* * ********** * **
7099 CCATTTATACTCACTTAAGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTTGT
127 TCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * ** *
7164 AATTGATTGTAAGTTGAATTTGTCTT-ACATTTTCTG-TTAAAAT-GTATTATAACTGAAT-TGT
192 AATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTCA-ATTTT-TGATT-AAATCATATTATATTTGACTGT-T
* * * * * * * * *
7225 TACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGTTCATTGATTGTTACTCAAG
251 TGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
*
7290 CCTTCAAAAGCCTTA-TACTCACTT
316 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
********** * *
7314 TAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--ATCGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTATATTTTTA-TTAAAACA
* * *** *
7377 GATTATATATGACTGTTTGCCTCTAA-AAACATGAAGCAAAAAATAAGT-CATTGGCAAGAAAAG
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCT-TAAGAAACATGAAGC-AAAAGCCA-TCCATTGGTAAGAAAAG
* ** * * *
7440 -TC-TTTCAATAGTCAC-TCATTCTCTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTATTATAACC
126 TTCATTT--ATAGTCACTTAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATC
* * * * * ** *
7502 TCCTAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAT-ATATTATAACTGAATGTT
188 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTT
* * * *
7566 TGCCTTAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAG
251 TGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* *
7631 ACTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
316 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * *
7656 TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACAG
* * * * * * * * *
7721 ATTTTATTTGAATGTCTGTC-TCAGAAAACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAAAAAAGTCC
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTC
*** * * *
7785 ATTTATAGTCACTTAAGCCTCCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATTATAA
129 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** * *
7850 TCGATTTTGAGTTGAGTTTTTTAACATTTTTGATTAAAAAATATTATATTTGACTATTTGACTTG
194 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTTG
* * * * * *
7915 GGAAACGTGAAGTAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-A
258 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
7979 AAAGCCCTT-TTACTCACTT
322 AAAG-CCTTATTACTCACTT
** *
7998 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTGCT-TTTTTAGCTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTTATATTTTTA-TTAAAA
* * * * * ** *
8060 CAGATTATATTTGAATATTTTCC-TAGAGAAGCGTGAAGGAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAG
62 CAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAG
* * ** * * **
8124 TCCATTTATAGTCACTAAAGCGATTGAAAGCCTTATAATTAGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCA
126 TTCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * ** *
8188 TAGTTGATTTCAAGTTAAATTTTTTGAAATTTTTGATTGAAATGA-ATTATAACTGAATGTTTGC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-CAATTTTTGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTTTGC
* * ** *
8252 TTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
254 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * **
8317 TCGATAGCCTTATTGCTCACAA
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
** * * * * * * *
8339 TAAATGAATTTATAACCTCGTTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTAAATTTTTAGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAG
* * * ** * * * * *
8404 TTTATAACTT-AATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAATAC
65 ATTAT-ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTC
** * * * *
8468 ATTTATTCTTACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
129 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * *
8532 ATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCT
193 ATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTCAATTTTTGA-TTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCT
* * * * ** * ** * ** *
8595 CGAGTAATGTGAAGCAAAAAATCA-CTCATGGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAGTCATTCATTCTT
256 TGGGAAACGTGAAGC-AAAAGCCATC-CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
*
8659 TCGAAAGCCTTATTGCTC-CTTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCAC-TT
* * * *
8681 TAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTTAGTTAATACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTA-TTAAAACAG
* * * * *
8746 ATTATATTTGAATCTCTGCCTTAAGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTTCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
* * * * * ** * * *
8811 TTTATAGTGAATTAAGCCGTTGAAAACCTTATGACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACTAATAAT
130 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * *
8876 TAATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTCACTGAAA-CATATTATATTTGACTATCTG-CTT
195 TGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTCA-ATTTTTGA-TTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTT
** * * * *
8938 CAAGAAACATGAATCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
257 -GGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTC
* **
9003 GAAAGTCTTATTACTTGCTT
321 GAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
9023 TGAACGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG-TGAAATGTTTTTATATTTTTCATTAAACCA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTATATTTTT-ATTAAAACA
* * * * * * *
9087 GATCATATTTGTATGTTTG-CTTCGAGAAACGTGAAGCACAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTC
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
** * * * *
9151 CATTTGCAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCCTTTTAAATTGTTTTATAATCTCATC
128 CATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * *
9216 ATTAATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTTTG-TTGAAAT-ATATTATAACTGAATGTTTAC
193 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TT-CAATTTTTGATT-AAATCATATTATATTTGACTGTTTGC
* ** * * * * * *
9279 CTCGAAAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATTGTCACTCAAGCCT
254 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * *
9344 TCGAAAGTCTTAATACTCGCTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * *
9366 TAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT--ATTGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTA-TTAAAACA
* * * * * * ** * *
9429 AATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAG-T
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTT
* ** * * * *
9493 CTTTTTATAGTCAC-TAATTCTTCCGAAAGCCTTATTGCTCCCTTTAAATAGTTTTATTATCTCA
128 C-ATTTATAGTCACTTAAGCCTT-TGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * ***************** ** * *
9557 TAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATANNNNNNNNNNNNNNNNNTTATAACTGAATGTCTGCC
191 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA-ATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCC
** * * * *
9622 TCAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGACTT
255 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * **
9687 AGAAAGTCTTATTACTTGCTT
320 CGAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * ** * *
9708 TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTAAATTGTTTTATATTTTCGGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTT-TATTAAAACAG
* * ** * * * * * * *
9773 ATTTTATTTCAATGTCCGTCTCAAAAAACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCA
* ** * *
9838 TTTATAGTCACTTAAGCGTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAAT
130 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
9903 CGATTTT
195 TGATTTT
9910 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 5212, Mismatches: 1301, Indels: 375
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 41 0.01
341 800 0.15
342 3481 0.67
343 835 0.16
344 54 0.01
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTATTAAAACAGA
TTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCAT
TTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTCAATTTTTGATTAAATCATATTATATTTGACTGTTTGCCTTGGGA
AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
CCTTATTACTCACTT
Found at i:4269 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 2867--9909 Score: 4491
Period size: 513 Copynumber: 13.7 Consensus size: 510
2857 NNNNNNNNNN
* *
2867 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTTTATTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-TTACATTTTTGATTAAAACA
* ** * * * * * * *
2932 TATTATAACTGAATGTTTACC-CTGAAAAACGTTAAGCAGAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTT
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * * * *
2996 CATTTATTGTAACTCAGGCCTTCAAAAACCTTAATACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
128 CATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * * **
3061 ATTGATTTNNNNNNNNNNTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGGCTGTTTGCCTTG
193 ATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTG
* * * * * * * *
3126 GGAAACGTGAAGCAAAACACCATTCATTAGTAAAAAAAGTCTTTTTATAGTGACTCATTCTTTCG
258 GGAAACGTGAAGCAAAA-GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCG
* * * * * *
3191 AAACCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATAATATCCTAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT
322 AAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT
* * ** * * * * * * * * *
3256 -ATATTTTTGATT-AAAATATATTAAAACTGAATATCTACCTCATGAAACGTTAAGTACAACCCA
386 CA-ATTTTT-ATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * *
3319 CCCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCGCTCAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTT
449 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * *
3381 TAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGA
* **** * * * * *
3446 TTTTATTTGAATGTCCATCTCAGAAAACATGAAGTAAAAG-TCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCA
66 TTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * *
3510 TTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAACCTTATTACTTC-TTTTAAATAGTTTTATAATATCATAA
130 TTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * * * *
3574 TCCAATTTGAGTTGAATTTTTTTATATTTTT-GATTAAAATAGATAATATTTGACTATTTGACTT
194 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTT
* * * * * *
3638 GGGAAATGTGAAGCAAATGCCATCCATTAGTAGGAAAAGT-TAATTTATAGTCACTAAAGCCATT
257 GGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCC-TT
* **
3702 -GAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
320 CGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* ** ** * ** ** * *
3766 TCCAATTTTTGATTGAAATGA-ATTATAACTGAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAACAAAAGAC
385 T-CAATTTTT-ATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * *
3830 ATCCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAGCCTTATTACTCGCTT
448 ATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* *
3893 TAAATGGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTGATTAAAATC-
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAA-CA
* * * * *
3957 TATTATAATTAAATGTTTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
*
4022 ATTTATTA-TCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
129 ATTTA-TAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
4086 ATTGATTTTAAGTT-ATTATTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGACTGTTTACCTT
193 ATTGATTTTAAGTTAATT-TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTT
* * * * * * * *
4150 GGGAAATGTGAAGCAGAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTAACCCTTTCTTTC
257 GGGAAACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTC
* * * *
4215 GAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAATGGTTTCATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
321 GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * * * * *
4280 TATATATTTATTGAAAACAGT-TTATATTTGAATCTCTGCCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCA
386 CA-ATTTTTATTAAAAACA-TATTATATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * * *
4344 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAATTAAGCCGTT-GAAAACCTTATGACTCGTTT
449 TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
4406 TAAATGCTTTTATAAACTCATAATTAATTTTAAGTT-AGATTGTTTTGCATTTTTCACTGAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * * * * * * *
4470 AATTATATTTGACTATCTGCTTC-GAGAAACATGAAGTAAAACCTATACATTGACAAGAAAAGTC
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTC
* *** * *
4534 CATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGTCTTATTACTTTTTTTGAATGGTTTTATAATCTCGT
128 CATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** *
4598 TATTGATTTTAAGTGAAATTTTTGTATATTTTTCA-TTAAAACAGATTATATTTTCATGTCTGCC
192 AATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCC
* * * * * * * * *
4662 TCGAGAAACATGAAGCATAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTT
255 TTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTT
* *
4727 TGAAAGTCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGT
320 CGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T
* ** * * **
4792 CTT-ACATTTTCTATT-AAAATATATTATAACTGAATGTTTACCTCGAG-AA-ATGCAAAGCAAA
384 -TTCA-ATTTT-TATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATG--AAGCAAA
* * * * * *
4853 AGCTATCCATTGGCAAGAAAACTTCATTTATTGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCGTTAATACTCGC
444 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
4918 TT
509 TT
* *
4920 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTATTTTTGTA-TTTTTTG-TTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA--ATTTTT-TACATTTTTGATTAAAAC
* * * * * * * ** *
4982 AAATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACATGAAACAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGT
63 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGGCAAGAAAAGT
** ** * * * * * *
5047 CTTTTTATAGTCACTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTCATAACCTCCT
127 CCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * ** *
5112 AATTGACTTTACGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTCTAACTGAATGTCTGCCT
192 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCT
** * * * * * * *
5177 CAGGAAATGTTAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGATAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAT-ACTT
256 TGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-ATGCCTT
* *
5241 CGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTT
320 CGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * * * * ** * * *
5306 TTACTTTTT-TGGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTCCGTC-TCAGAAAACATGAAGCGAAAGC
385 TCAATTTTTAT--TAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTTAAG-AAACATGAAGCAAAAGC
* * * ** * *
5369 CATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCCCTT
447 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *********** *
5433 TAAATAGTTTTATAATATCATAATCNNNNNNNNNNTGAATTTTTTTACAGTTTTGATTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * ** * * * * *
5498 ATTATATTTGACTATTTGACTTGGGAAACGCGAAGTAAATGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * *
5563 TTCATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAG-CTCTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCAT
130 TTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCAT
* * ** * * * *
5625 AATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATAGATTATATTTGAATGTTTG-CT
192 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCT
* * * *
5689 TAGAGAAACGTGAAGCAAAACCCATCCACTT-GTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCT
256 T-GGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCT
* * * * *
5753 TCAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATAATCGATTTTGAGTTGAATTTT
319 TCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * * ** * *
5818 TTTACAGTTTTGATT-AAAACAGATTATATTTGACTATTTGACTTAGGAAACGCGAAGTAAATGC
383 TTT-CAATTTTTATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * * * * * *
5882 TATCCATTAGCAGGAAAAGTCCATTCATAGTCGCTCAAGCCATT-AAAAGCCCTATTACTCACTT
447 CATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
********** * * * ** *
5946 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCANNNNNNNNNNTAGGTTGAATTGTTTTGCATTGTTGGCTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * *
6010 GATTATATTTGAAAGTTTGCCT-AGAGAAACGTGAAGCAAAAACCATCCACTT-GTAAGACAAGT
64 GATTATATTTGAATGTTTGCCTCAG-GAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCA-TTGGCAAGAAAAGT
* * * * * *
6073 CCATTTATAGTCACTAAAGCCATT-GAAAGCGTTATTATTGGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCA
127 CCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * ** *
6137 TAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTGAAATTTTT-GATTGAAAC-GAATTATAACTGAAAGTTTG
191 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAG-TTAAAACAG-ATTATATTTGAATGTTTG
* * * * *
6200 CCTTAGGAATCGTGAAGCAAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
253 CCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCC
* * * * * * *
6265 TTCGATAGCCTTATTGCT-CGTAATAAATAGTTTTATAATCTCGTTATTGATTTTAAGTTGAATT
318 TTCGAAAGCCTTATTACTCCCT-TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * * **
6329 TTTTTAAATTTTTAGTT-AAAATATTTTATAACTT-AATGTTTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAA
381 TTTTTCAATTTTTA-TTAAAAACATATTAT-ATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAA
* * * ** * * * * *
6392 AGCTATCTATTGGTAAGAAAAGTATATTTATTA-TTACTCAAGCTTTCAAAAACCTTAATACTCG
444 AGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCG
6456 CTT
508 CTT
* * ** * *
6459 CAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTTGGTTAAAAAAG
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* * * * * * ** * * * *
6523 ATTATATTTCACTATTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAAATCATTCATTGGCAAGAATATTCT
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGGCAAGAAAAGTCC
* ** * * * * *
6588 TTTTATAGTCACTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTACTCCCATTAAATGGTTTCATTATCTCATAN
129 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
********* * * * * * * *
6653 NNNNNNNNNAGTTGAGTTTTTTTATATATTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATCTATACCTTA
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*** * * * * * *
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258 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCC-TTC
* * ** * * **********
6781 GAAACCCTTATGACTCATTTTAAATGCTTTTATAAACTCATAANNNNNNNNNNGTT-AGATTGTT
321 GAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATT-TT
* * * * * *
6845 TT-ACATTTTTCACT-AAAACAAATTATATTTGACTATCT-ACTTCGAGAAACATGAAGCAAAAG
384 TTCA-ATTTTT-ATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * **
6907 CCAT-CAATGGATAAGAAAAGTACATTTATAGTCACTCAGGCCTTCGATAGTCTTATTACTTTCT
446 CCATCCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
6971 T
510 T
* *
6972 TAAACT-ATTTTATAATCTCACT-ATTGATTTTAAG-TGAAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAA
1 TAAA-TGGTTTTATAATCTCA-TAATTGATTTTAAGTTG-AA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAA
* * * * * * * * * *
7034 CAGATTATGTTTGTATGTCTGTCTCAAGAAACGTGATGCACAAGCCATCTATTGGTAAGAAAAGT
62 CAGATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGT
* * *********** * * **
7099 CCATTTATACTCACTTAAGCCNNNNNNNNNNTTATTACTCCCTTTAAATGATTTTATAATCTTGT
127 CCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * **
7164 AATTGATTGTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTCT-GTTAAAA-TGTATTATAACTGAAT-TGTT
192 AATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTTTATATTTT-TAGTTAAAACAG-ATTATATTTGAATGT-TT
* * * * * * * * * *
7226 ACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTAGCAAGAAAAGT-TCATTGATTGTTACTCAAG
252 GCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATG
* * **********
7290 CCTTCAAAAGCCTTA-TACTCACTTTAANNNNNNNNNNAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AT
316 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
** * * * *
7352 CGTTTTTGTATTTTTAGTT-AAAACAGATTATATATGACTGTTTGCCTCTAA-AAACATGAAGCA
381 --TTTTTCAATTTTTA-TTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCT-TAAGAAACATGAAGC-
*** **
7415 AAAAATAAGT-CATTGGCAAGAAAAGT-C-TTTCAATAGTCACTC-ATTCTCTCGAAAGCCTTAT
441 AAAAGCCA-TCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT--ATAGTCACTCAAGCCT-TCGAAAGCCTTAT
*
7476 TACTCCCTT
502 TACTCGCTT
* * * * * * * *
7485 TAAATGGTATTATAACCTCCTAATTGACTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
** * * * *
7550 ATTATAACTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGGAAGAAAAGTCCA
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* * *
7615 TTTATAGTCGCTCAAGAC-TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAA
130 TTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * **
7679 TTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTTTATTTGAATGTCTGTCTCA
194 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTG
* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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323 AAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCA
* * ** * * *
7874 CATTTTTGATTAAAAA-ATATTATATTTGACTATTTGACTTGGGAAACGTGAAGTAAATGCCATC
388 -ATTTTT-ATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
7938 CATTAGTAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCCTT-TTACTCACTT
451 CATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTT
* * *
7998 TAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTT-AGATTGAATTGTTTTGC-TTTTTTAGCTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATT-TTTTACATTTTTGA-TTAAAA
* * * * *
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* * * * *
8123 GTCCATTTATAGTCACTAAAGCGATT-GAAAGCCTTATAATTAGCTTTAAATGG-TTTATAATCT
125 GTCCATTTATAGTCACTCAAGC-TTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * **
8186 CATAGTTGATTTCAAGTTAAATTTTTTGAAATTTTT-GATTGAAA-TGAATTATAACTGAATGTT
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* * ** * * * *
8249 TGCTTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGATATCAATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
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* * * ** ** * * * *
8314 CCTTCGATAGCCTTATTGCTCACAATAAATGAATTTATAACCTCGTTATTGATTTTAAGTTAAAT
316 CCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-
* * * * * * ** *
8379 TTTTTTAAATTTTTAGTT-AAAATATTTTATAACTT-AATGTTTTCCTCGAGAAACATGAAGCGA
380 TTTTTTCAATTTTTA-TTAAAAACATATTAT-ATTTGAATATTTGCCTTAAGAAACATGAAGCAA
* ** * * ** * * *
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8507 CTT
508 CTT
* **
8510 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTT-AGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAAACA
* * * * ** *
8573 GATTATATTTGACTGTTTACCTC-GAGTAATGTGAAGCAAAAAATCA-CTCATGGGCAAGAAAAG
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** * ** * *
8636 TCTTTTTATAGTCATTCATTCTTTCGAAAGCCTTATTGCTC-CTTTTAAATGGTTTTATTATCTC
126 TCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTC
* * * * *
8700 ATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATATTTAGTTAATACAGATTATATTTGAATCTCTGC
190 ATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGC
** *** * * * * *
8765 CTTAAGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGT-TCATTTATAGTGAATTAAGCC
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* * ** * * * *
8829 GTT-GAAAACCTTATGACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACTAATAATTAATTTTAAGTT-AGAT
318 -TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-AT
* * * * * *
8892 TTTTTTACATTTTTCACT-GAAACATATTATATTTGACTATCTG-CTTCAAGAAACATGAATCAA
381 TTTTTCA-ATTTTT-ATTAAAAACATATTATATTTGAATATTTGCCTT-AAGAAACATGAAGCAA
* * * *
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9020 CTT
508 CTT
* * * * * * *
9023 TGAACGATTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAG-TGAAATGTTTTTATATTTTTCATTAAACCA
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-AAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACA
* * * * * **
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** * * *
9151 CATTTGCAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTTCTTACTC-CTTTTAAATTGTTTTATAATCTCA
128 CATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * * * ** *
9214 TCATTAATTTTAAGTTGAATTTGTCTTACATTTTTTGTTGAAATATATTATAACTGAATGTTTAC
191 TAATTGATTTTAAGTT-AATTT-TTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGC
* ** * * * * * * *
9279 CTCGAAAAACATAAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAACT-TCATTTATTGTCACTCAAGCC
254 CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCATGCC
* * * * * *
9343 TTCGAAAGTCTTAATACTCGCTTTAAATGGTTTGATAATTTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGT
318 TTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-T
** * * * * *
9407 TTTTGTATTTTTAGTT-AAAACAAATTATATTTGACTATTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAA
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** * ** ** * *
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9535 TT
509 TT
* * * * ****************
9537 TAAATAGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATANNNNNNNNNNNNNNNN
1 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAG
* ** * * * *
9602 NTTATAACTGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCA
65 ATTATATTTGAATGTTTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * *
9667 TTTATAGTCACTTAAGAC-TTAGAAAGTCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAA
130 TTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * * ** * **
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194 TTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTG
** * * * * * * * * *
9796 AAAAACATGGAGCGAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCGTTCAA
258 GGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATGCCTTCGA
* * *
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9910 NNNNNNNNNN
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*
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* * * * * *
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* * * * * *
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* * * * ** *
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* * *
12180 GAAACATGAAGCAAAAGCTAGCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACT-ACAGCCTTTG
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCA-AGCC-TTG
* * * *
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** * * * *
12306 TGTATTTTT-AGTTAAAA-CAAATTA-AGTTTGACTCTTTGCCTTGG
126 TACATTTTTGA-TTAAAATCAGATTATA-TTTGAATGTTTGCCTTGA
** * ** ** * * ** *
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* * * * * * *
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* * * * *** *
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* * ** * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * * *
12652 ATTTTTCACTGAAA-CAAATTATATTTGACTATCTG-CTTCGA
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** * * *
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* * *
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** * * *
12822 CATTTTTTG-TTAAAAT--GTATTATAACTGAAAGTTTACCTCGA
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* * * * *
12864 GAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATTA-TTACTTAAGCCTTCGA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCAAGCCTT-GA
* * * *
12928 AAGCCTTAATACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAG--GTATTGTTTTT
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** * * * * * ** *
12991 GTATGTTAG-TTAAAA-CAAATTATATTTGATTATTTTTCTTGG
127 ACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * ** * ** *
13033 GAAACGTAAAGCAAAAAACCATTCGTTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAATCACTCATTCTTTCGG
1 GAAACGT-AAGC-AAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT--G
* * * * *
13098 AAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAATTTATTTTAAGTT-AAATTTTTT
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* *
13161 ACATTTTT-AGTTAAAAT-ATATTATAATTGAATGTTTGCCTCTG-
127 ACATTTTTGA-TTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCT-TGA
** * * *
13204 GAAACGTTAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTCAAGACTTCGAA
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* * * *
13269 AGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTCATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTA
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* * * * ** * *
13334 TAGTTTTGGTTAAAA-CAGATTTTATTTGAATGTCCGTC-TCA
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * **
13375 GAAAACATGAAGTAAAAGCTATCCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGCCTACA
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* * * * *
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* * **
13503 TACATTTTTGATTAAAA-CAGATTATATTTGACTATTTGAATT-A
126 TACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * *
13546 GGAAACATGAAGCAAATGCCATCCACT-AGCAGGAAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGCCATTA
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* * * * *
13610 AAATCC-CATTTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTATT
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** *
13673 TTACATTTTTGGCTAAAA-CAGATTATATTTGAATGTTTGCCTAGA
125 TTACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* ** * *
13718 GAAACGTGAAGTAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCATTGAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAA
* * *
13783 AGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAA
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* * ** * *
13847 ATTTTTGATTGAAATGA-ATTATAACTAAATGTTTGCCTTGG
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* * * * ** *
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1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAA
* * * * * *
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* * * ***
14017 ACATATTT-AGTTAAAA-CGGATTATATTT-AATTGTTTACGAAGA
127 ACATTTTTGA-TTAAAATCAGATTATATTTGAA-TGTTTGCCTTGA
* * * * * * ** ** *
14060 GAAACATAAGCAAAAGCTATCCACTGGTCAGAAAAGTTCATTTATTTTCAGGCAAGTCATT-ACA
1 GAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTGA-A
* * * * *
14124 AGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTGTTTTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
14189 ATTTGTCATTAAAA-CAGATTATATTTGAATGTCTGTCTTGA
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
** ** * * ** *
14230 GAAACGTGAAGCAAAAGCCCA-CTGTTGGCAAAAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAACCTTTGA
1 GAAACGT-AAGCAAAAG-CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGA
* * * * * *
14294 AAGACTTATTGCCCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
14359 CATTTTTCATTAAAA-CATATTATA-ATGAATGTCTGCC-TCA
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * *
14399 GGAAACATAAAGCAGAACCCATCCATTTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTTAAGCCTTTA
1 -GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGA
* * *
14463 CAAGCCTTATCACTCACTTT-AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
63 -AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *** * **
14527 ACATTTTTAATTAAAAT-ATATTATAACCGAA--TCTGCCTCAA
127 ACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * *
14568 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATGAGAGAAGTCCGTTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAA
* * * * *
14633 AGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTGTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * **
14698 ATTTATGGTTTAAA-CAGATTATATTTGAACATTTGCCTT-A
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * ** * * *
14738 GGAAACATAAACCAAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGCAATCACTCAAGCTGTTAA
1 -GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTGA
* ** * *
14803 AAGCCATATTACTAACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTG-ATTTTTCTT
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TT
* * * * * * ***
14867 GCATTTCT-AGTTCAAA-CTGATTATATTTGACTGTTTACCACAA
127 ACATTTTTGA-TTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * **
14910 GAAACGTGCAA-AAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTCGA
1 GAAACGT--AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GA
* * * * ** *
14974 AAACATTATTACTTGCTTTAAATGGGTTTAT--GGTC-TAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * ** * *
15035 CATTTTTCATTAAAATC-TATTATAACTGAATGTTT-ACTTCA
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * **
15076 GGAAACGTGAGAAAAAGCAATCCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
1 -GAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAA
* * * * * * * **
15141 AGTCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATTATCTCATTATTGACTTCAAGAGGAATTTTTTTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * * *
15206 TTTTTTCATTAAAAT-AGATTATATTT-ATATATCTGCCTCGA
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGA-ATGTTTGCCTTGA
* * * * * * *
15247 GAAACATGAAGCACAAGTCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTTGAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAA
* * *
15312 AGCCCTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * ** * * * *
15377 ATTTTTGATTAAAGT-ATATTATAACTAAAAGTTTACCTCGA
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
15418 GAAATGTGAAGCAAAAGCTATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACTAAAGCCTTTGAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAA
* * * * **
15483 AGCCTTAATACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGCT--ATTTTTTTTT
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* *
15546 ATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATATTT-AACTGTTTGCCTCGA
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAA-TGTTTGCCTTGA
** * ** * ** * * * ** *
15587 GAAATATGAAGAAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCACACATTCTTTTGA
1 GAAACGT-AAG-CAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTGA
* * * *
15652 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTT-AAGTTTTTTT
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTT
* * ** * *
15716 ATATTTTTGGTTAAAA-CAGATTATATTTGAAT-CCTACCTCAGGA
127 ACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCT--TGA
* * * * * * * * *
15760 AAAAAG-AAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTAAATTAAGCTGTTGAAA
1 GAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTGAAA
* * * * * * *
15824 ACTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTACAATCTCCTAATTGATTTTAAG-TCAGATTATTTTAC
65 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTAC
* * * * * * *
15888 ATTTTTCG-CT-AAAGCAAATTATATTTGACTATCTACCTTGA
129 ATTTTT-GATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * *
15929 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCTTTCGAT
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAA
* * * * *
15994 AGCCTTATTAGTCCCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTGC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
16059 ATCTTTGGTTAAAAT-AGATTATATTTGAATGTCTGTCTT-A
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
16099 GGAAACGTTTAAGCAAAAGCTATCTATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTG
1 -GAAACG--TAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTG
* * * * * *
16164 AAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTTTC
62 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* **
16229 ACATTTTT-AGTTAAAAT-AGATTATATTT-AAT-TCTCTACCTCAA
127 ACATTTTTGA-TTAAAATCAGATTATATTTGAATGT-T-TGCCTTGA
** * * ** *
16272 GAAATATGAAGCAAAAGCTATCCATTGGTAAGAAAACACCATTTATAGTCACTCAAGCCGTTAAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAA
* * * * * *
16337 AGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * *
16402 ATTTTTTG-TTAAAA-CAGATTATATTTGAATATCTGTCTTAA
129 A-TTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * ** * *
16443 GAAACGTGAAGCAAAAGCCCA-CTATTGACAAGAAAAATTTATTTATAGTCATTCAAGCCTTTCA
1 GAAACGT-AAGCAAAAG-CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGA
* * * * *
16507 AAGACTTATTGC-CGCCCCTTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATGATTCATTTTAAGTTAAATTTT
63 AAGCCTTATTACTCG---C-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * ** **
16570 TTTATATTTTTTATTAAAAT-ATATTATAACTGAATGTTTGCCTCAA
124 TTTACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
16616 AAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAGAAGT-TAGTTTATAGTCACT-AAGCCCTCAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAAGCCTTGAA
* ** ** *
16679 ACGTCTTATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATTTTTTATTTTAAGTTGAAGGTTTTTT
64 A-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* * ** *
16744 TACATTTTTAATTAAAAT-ATATTATAACTGAATGTTTACCTTGA
126 TACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * * *
16788 GAAACATGAGGCAAAACCCATCCA-TCAGTAAGAAGAGTCAATTTATAGTCACTTAAGCCCTTAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CCTTGA
*** * *
16852 AAAATTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
** * * **
16917 CATTTGAGGTTAAAA-CAGATTATATTTGACTGTTTATCTTG-
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
16958 GAAAACGTGAAGAAAAAGACATCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTA
1 G-AAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTG
* * * *
17022 AAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTT
62 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * * *
17087 ACATTTTTCATGAAAA-AAGATTATATTTAAATGTATGCCTTGA
127 ACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * ** * * * ** * *
17130 AAAACATGAAGCAAAAGCCCT-TTTTTAGCAAGAAAATTTAATTTATAGTC-CTTCAAGGCTTCA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTT-G
** ** * * * *
17193 AAATACTTATTGGTCCCTTTAAAGGGTTTTATAATCACATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
62 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * *
17258 ACATTTTT-AGTTAAAA-CATATTATAGTTGAATGTTTGCCTAG-
127 ACATTTTTGA-TTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * ** *
17300 GAAATGTGAAGCAAAAACTATTCCTTTG-GGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCA-TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GA
* * * *
17364 AAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* ** * * * *
17429 CACTTTAAATTAAAAT-AAATTACAATTGAATGTTTGCCTTGG
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * *
17471 GAAACATAAAGCAAAAGTCGTCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAA
1 GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GAA
* * * *
17536 AG-CTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTAC
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
* * * ** * ** *
17600 ATATTTGAGTAAAAT-ATATTATAACTAAATGTTCACC-TCA
129 ATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* ** * * * * * *
17640 TGAAACGTGAAGCAAAATCCATTTATT-CTCATGAAAAGTTCATTTCTAGTCGCTCAAGCTTTCG
1 -GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-G
* * * *
17704 AAAGTCC-TATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATTTTTT
62 AAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * ** * * * *
17768 TATATTTTTGGTTAAAAT-AAATTATAACTAAATGTCTACC-TCA
126 TACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
17811 TGAAACGTAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCAA
1 -GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAA
* ** * *
17876 TAGCTTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTTA
64 -AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
17941 CATTTTTCG-TCAAAA-AAAATTATATTTCAATGTCTGCCTT-A
128 CATTTTT-GATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * **
17982 GGAAACGTGAAGTAAAAACCATCCTTTGGTAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACTCAAGCCATTG-
1 -GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGA
**
18046 AAGTATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * ** * *
18111 CGTTTTTGATTAAAAT-AAATTATAACTT-AATGCCTACCTTAA
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTAT-ATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * ** *
18153 GAAACGAGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAA
1 GAAACG-TAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTGAA
** * ** *
18218 AGCCTCGTTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTTAA
64 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-A
* * * * *
18283 CAATTTT-AGCTGAAAT-AAACTT-TATTTGAATGTCTGCCTT-A
128 CATTTTTGA-TTAAAATCAGA-TTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * * *
18324 GGAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCAAGCTATTAA
1 -GAAACGT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-CTTGA
* * * * *
18389 AAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTATTTTA
63 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * * *
18454 CATTTTTGATGAAAA-CAGATTATATTTGAATATCTACCTCGA
128 CATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
18496 GAAATGTGAAGCAAAAGCTC-TCCATTGGCA-AAAAAAAAT-TATTTATAGTCATTCAACCCTTT
1 GAAACGT-AAGCAAAAGC-CATCCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TT
* * * *
18558 AAAAGACTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
61 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
18623 TACATTTTTGGTTAAAA-CATATTATAATTAAATATTTGCCTTGA
126 TACATTTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * *
18667 G-AACTGTGAAGTAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGA
1 GAAAC-GT-AAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT-GA
18731 AAGCCTT
63 AAGCCTT
18738 GAAAAGTTTA
Statistics
Matches: 5461, Mismatches: 1203, Indels: 472
0.77 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 1 0.00
166 73 0.01
167 50 0.01
168 85 0.02
169 270 0.05
170 1228 0.22
171 2831 0.52
172 732 0.13
173 168 0.03
174 23 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
GAAACGTAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTGAAAG
CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGATTAAAATCAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
Found at i:12386 original size:342 final size:344
Alignment explanation
Indices: 11667--20090 Score: 4438
Period size: 342 Copynumber: 24.6 Consensus size: 344
11657 TTTAATTTGG
*** * * * * * *
11667 GAAACGTGAAGC-AAATGCCATCCATTAGCAGGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCATT--
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* * * *
11729 AAGAGCCTCATTACTCACTTTAAATAGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTT
66 AA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
********** * * * * * * * * *
11793 TTACA-TTTNNNNNNNNNNCAGATTAT-ATTTGAATGTCTGCCTAGAGAAACATAAAACAAAAAC
128 TTACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * * *
11856 CATCCATTGATAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACTAAAGCCATTGAAAGCCTT-ATAAT-TGGCT
192 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCT--CT
* * * *
11919 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTGAAATTTTT-GATTGAAA
255 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAG-TTAAAA
** ** *
11982 TGAATTATAACTAAATGTTTGCCTTGA
318 CAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
12009 GAAATGT-AACGCAAAAGA-CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGTC-TTC
1 GAAACGTGAA-GCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC
* * ** * * * *
12071 GATAGCCTTATTGCTCGCAGTAAATGTTTTTAAAATCTCGTTATTGATTTTAGGTTGAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
12136 AACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAACTT-AATGTTTACCCCGGGAAACATGAAGCAAAAGCTA
130 -ACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
*
12200 GCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATTA-TCACTACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTTTA
194 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTTTA
* * *
12264 AATGGTTTGATAATGTCATAATTGATTTTAAGTT-ATTGTTTTTGTATTTTTAGTTAAAACAAAT
258 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAAT
* * *
12328 TA-AGTTTGACTCTTTGCCTTGG
323 TATA-TTTGAATGTTTGCCTTGA
* * ** * ** *
12350 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAATCACTT-ATTCTTTTG
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* * * * * *
12414 AAAGCCTTATCACTC-CATTTAAATCGTTTCATTATCACATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTT
* * * * * * *** ** * *
12478 TATATTTTTTATCAACA-CAGATTAT-ATTTGAATCCCTACCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCC
129 TACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
** * * * * *
12541 ATCCATTTCTAAGAAATGTCCATTTATAGTTAATTA-AG-TTATTGAAAGCCTTATTACTCGT-T
193 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG-TCACTACAGCCT-TTGAAAGCCTTAATACTC-TCT
* * * * * * *
12603 TTAAATGCTTTTATAAACCCATAATTAATTTTAAGTTAGATTG-TTTTACATTTTTCA-CTGAAA
255 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAA
* * *
12666 CAAATTATATTTGACTATCTG-CTTCGA
318 CAAATTATATTTGAATGTTTGCCTT-GA
** ** *
12693 GAAAAATGAAGC-AAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTT-G
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* * *
12756 AAAGCCTTA-TACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTAT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-T
* * * ** *
12820 TACATTTTTTG-TTAAAATGTATTATAAC-TGAAAGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCT
129 TACA-TTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * *
12883 ATCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATTA-TTACTTA-AGCCTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTT
193 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCAC-TACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTT
* * * * *
12946 TAAATGATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAGGT-ATTGTTTTTGTA-TGTTAGTTAAAACAA
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAA
* * ** *
13009 ATTATATTTGATTATTTTTCTTGG
321 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * ** ** * * **
13033 GAAACGTAAAGCAAAAAACCATTCGTTGACAAGAAAAGTCTTTTTATAATCAC-TCATTCTTTCG
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC-
* * * * * *
13097 GAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAATTTATTTTAAGTTAAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
13161 ACATTTTT-AGTTAAAATATATTATAA-TTGAATGTTTGCCTCTGGAAACGTTAAGCAAAAGCCA
130 ACATTTTTGA-TTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
** * * * * * *
13224 TCCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCT-CAAGACTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTA
194 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTTTA
* * * * * * *
13288 AATGGTTTCATAATTTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATAGTTTTGGTTAAAACAGA
258 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAA
* ** * *
13353 TTTTATTTGAATGTCCGTC-TCA
322 TTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * ** * * *
13375 GAAAACATGAAGTAAAAGCT-ATCCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGCC-TAC
1 G-AAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC
* * * * *
13438 AAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATAGTTTTATAATATCATTATCGATTTTGAA-TTGAATTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTT-AAGTTGAA-TTTT
* * * * * ** *
13502 TTACATTTTTGATTAAAA-CAGATTAT-ATTTGACTATTTGA-ATTAGGAAACATGAAGCAAATG
128 TTACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTT-ACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * *
13564 CCATCCACT-AGCAGGAAAAGTCCTTTTATAGTCACT-CAAGCCATTAAAATCCCATT--TACTC
191 CCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAA-GCC-TTAATACTC
* * * * * *
13625 ACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCATAATTGATTTTATGTTGAATT-ATTTTACATTTTTGGCTA
252 TCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTA
* *
13688 AAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTAGA
315 AAACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * *
13718 GAAACGTGAAG-TAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCATT-G
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
*
13781 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA-TAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTA-TTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * ** * * * ** * *
13845 AAATTTTTGATTGAAATGAATTATAAC-TAAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGGAAAAGGCAT
130 ACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* ** * ** * * *
13909 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTCGATTGCCTTATTCCTCACTTTAA
195 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTTTAA
* * * * * **
13973 ATGGTTTTATAATCTCGTTATTGAGTTTAAG-TGAAATT-TTGTTTACATATTTAGTTAAAACGG
259 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG--ATTGTT-TTTATATTTTTAGTTAAAACAA
* ***
14036 ATTATATTT-AATTGTTTACGAAGA
321 ATTATATTTGAA-TGTTTGCCTTGA
* ** * * * ** *** * *
14060 GAAACAT-AAGCAAAAGCT-ATCCACTGGTCAGAAAAGTTCATTTATTTTCAGGCAAGTCATT--
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* * * * *
14121 ACAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAAGTGTTT
66 A-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * * * ** * * *
14186 TACATTTGTCATTAAAA-CAGATTAT-ATTTGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCC
129 TACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAG-C
** ** * * ** * * * * * *
14249 CA-CTGTTGGCAAAAAAAATTTATTTATAGTCACT-CAAACCTTTGAAAGACTTATTGCCCCCTT
192 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTT
* * *
14312 TAAATGGTTTTATAATCTCGTGATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCA-TTAAAAC
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAAC
* * * *
14375 ATATTATA-ATGAATGTCTGCC-TCA
319 AAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * ** * *
14399 GGAAACATAAAGC-AGAACCCATCCATTTGG-AAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTTAAGCCTTT
1 -GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCA-TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTT
* * * *
14462 --ACAAGCCTTATCACTCACTTT-AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
64 CGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
* * * * * ** *
14524 TTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAAC-CGAA--TCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGC
127 TTTACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * * * * *
14586 CATCCATTGATGAGAGAAGTCCGTTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTT
192 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTT
* * * * * * * *
14650 TAAATTGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATT-TTTGTACATTTATGGTTTAAACA
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
* **
14714 GATTATATTTGAACATTTGCCTT-A
320 AATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * ** * ** * *
14738 GGAAACAT-AAACCAAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGCAATCACTCAAG-CTGTT
1 -GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT-TT
* * ** * * * *
14801 -AAAAGCCATATTACTAACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGATTTTTC
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTT-
* * * * * * ** * *
14865 TTGCATTTCT-AGTTCAAA-CTGATTAT-ATTTGACTGTTTACCACAAGAAACGTGCAA-AAAAA
128 TTACATTTTTGA-TTAAAATCT-ATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATG-AAGCAAAA
* ** * * * *
14926 GCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCT-CAAGCCTTCGAAAACATTATTACT-TG
190 GCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCT-
* ** * *
14989 CTTTAAATGGGTTTAT--GGTC-TAA-TAATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTCA-TTAA
253 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTT-AGTTAA
* ** * *
15048 AATC-TATTATAACTGAATGTTT-ACTTCA
316 AA-CAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * *
15076 GGAAACGTG-AG--AAAAAGCAATCCATGGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
1 -GAAACGTGAAGCAAAAAATC-ATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTT
* * * * * * **
15138 -GAAAGTCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATTATCTCATTATTGACTTCAAGAGGAATTTTT
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * ** * * * * * * *
15202 TTACTTTTTTCATTAAAATAGATTAT-A-TTTATATATCTGCCTCGAGAAACATGAAGCACAAGT
128 TTACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGA-ATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * * * * *
15265 CATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTTA-AGCCTTTGAAAGCCCTATTACTCCCTT
192 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTT
* * **
15329 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTT-GATTAAAGT
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAG-TTAAAAC
* ** * * * *
15392 ATATTATAACTAAAAGTTTACCTCGA
319 AAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* ** ** * * *
15418 GAAATGTGAAGCAAAAGCT-ATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACTAAAGCCTTT-G
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* * * * * * *
15481 AAAGCCTTAATACTCGCTGTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGCT-ATTTTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * * * * * * **
15545 TATTTTTGGTTAAAA-CAGATTAT-A-TTTAACTGTTTGCCTCGAGAAATATGAAGAAAAAAATC
131 CATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAA-TGTTTACCTCGGGAAACATGAAG-CAAAAGCC
* ** * * * * *
15607 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATTGTCAC-ACATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTT
193 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTACA-GCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTTT
* * * * * *
15671 AAATAGTTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTAAGTT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAACAG
257 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-TTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAA
** * *
15735 ATTATATTTGAAT-CCTACC-TCA
321 ATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
*** * ** * * *
15757 GGAAAAAAGAAG-TAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAATGTCCATTTATAGTAAATTAAG-CTGTT
1 -GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCT-TT
* * * * * * *
15820 -GAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGCTTTTACAATCTCCTAATTGATTTTAAG-TCAGATTAT
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGA-ATT-T
* * * * * * * * *
15883 TTTACATTTTTCG-CT-AAAGCAAATTAT-ATTTGACTATCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAA
127 TTTACATTTTT-GATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * * *
15945 GCCATCCATTGACAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-TTCAAG-CTTTCGATAGCCTTATTAGTCC
190 GCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTT-GAAAGCCTTAATACTCT
* * ** * *
16008 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTGCATCTTTGGTTAAA
253 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * *
16072 ATAGATTATATTTGAATGTCTGTCTT-A
317 ACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* ** * * * * *
16099 GGAAACGTTTAAGCAAAAGCT-ATCTATTGATAACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT
1 -GAAACG-TGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTT
* * * * *
16163 -GAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTGTT
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* ** * ** *
16227 TCACATTTTT-AGTTAAAATAGATTAT-A-TTTAAT-TCTCTACCTCAAGAAATATGAAGCAAAA
128 TTACATTTTTGA-TTAAAATCTATTATAACTTGAATGT-T-TACCTCGGGAAACATGAAGCAAAA
* * ** * * **
16288 GCTATCCATTGGTAAGAAAACACCATTTATAGTCACT-CAAGCCGTTAAAAGCCTTGTTACT-TG
190 GCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCT-
* * * * *
16351 CTTTAAATGTTTTTATAATCTTATAATTGATTTTAAGTTGAATTG-TTTCACATTTTTTGTTAAA
253 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAA
* * * * *
16415 ACAGATTATATTTGAATATCTGTCTTAA
317 ACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
*** * ** * **
16443 GAAACGTGAAGCAAAAGCCCA-CTATTGACAAGAAAAATTTATTTATAGTCA-TTCAAGCCTTTC
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTTC
* * * * *
16506 -AAAGACTTATTGC-CGCCCCTTTTAAATGGTTTT-TAATCTCATGATTCATTTTAAGTTAAATT
65 GAAAGCCTTATTACTCG---C-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-T
* * * * ***
16568 TTTTTATATTTTTTATTAAAATATATTATAAC-TGAATGTTTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAA
125 TTTTTACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAA
* * * * * * *
16632 GCCATCCATTGATAAGAGAAGT-TAGTTTATAGTCACTA-AGCC-CTCAAACGTCTTATTACTCG
190 GCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTACAGCCTTTGAAA-GCCTTAATACTCT
** ** * * *
16694 CTTTAAATTATTTTATAATCTCATTTTTTATTTTAAGTTGAAGGTT-TTTTTACATTTTTAATTA
253 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-A--TTGTTTTTATATTTTTAGTTA
* * ** *
16758 AAATATATTATAACTGAATGTTTACCTTGA
315 AAACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * ** ** * * * *
16788 GAAACATGAGGC-AAAACCCATCCATCAGTAAGAAGAGTCAATTTATAGTCACTTAAGCCCTT-A
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
*** * *
16851 AAAAATTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
** * * * * * * * * * *
16916 ACATTTGAGGTTAAAA-CAGATTAT-ATTTGACTGTTTATCTTGGAAAACGTGAAGAAAAAGACA
130 ACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * * *
16979 TCCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCGCTTT
194 TCCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTTT
* * * *
17042 AAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTG-TTTTACATTTTTCA-TGAAAA-A
257 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTT-AGTTAAAACA
* *
17104 AGATTATATTTAAATGTATGCCTTGA
320 A-ATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * ** * *** * * * ** *
17130 AAAACATGAAGC-AAAAGCCCTTTTTTAGCAAGAAAATTTAATTTATAGTC-CTTCAAGGC-TTC
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTTC
* ** ** * * * *
17192 AAAATACTTATTGGTCCCTTTAAAGGGTTTTATAATCACATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
* * * ** *
17257 TACATTTTT-AGTTAAAA-CATATTAT-AGTTGAATGTTTGCCT-AGGAAATGTGAAGCAAAAAC
129 TACATTTTTGA-TTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * ** * * * *
17318 TATTCCTTTG-GGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTCGAAAGACTTATTACTCGCT
192 CA-TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCT
* * * * * * * *
17381 TTAAATGGCTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATT-TTTTTACACTTTAAATTAAAAT
255 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAAC
* * *
17445 AAATTACAATTGAATGTTTGCCTTGG
319 AAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * *
17471 GAAACATAAAGC-AAAAGTCGTCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCG
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* * * *
17534 AAAG-CTTATTAATCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * ** * *
17598 ACATATTTGAGTAAAATATATTATAAC-TAAATGTTCACCTCATGAAACGTGAAGCAAAATCCAT
130 ACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** * * * * * * *
17662 TTATT-CTCATGAAAAGTTCATTTCTAGTCGCT-CAAG-CTTTCGAAAGTCC-TATTACTCGCTT
195 CCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTT-GAAAG-CCTTAATACTCTCTT
* * * * * *
17723 GAAATGATTTTATAGTCTCATAATTGATTGTAAGTTGAATT-TTTTTATATTTTTGGTTAAAATA
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACA
** * * * *
17787 AATTATAACTAAATGTCTACC-TCA
320 AATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* ** ** *
17811 TGAAACGTAAAGC-AAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTC
1 -GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC
* **
17874 -AATAGCTTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTT
65 GAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATT-TT
* *** * * * * ** * * *
17938 TTACATTTTTCG-TCAAAAAAAATTAT-ATTTCAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAAC
128 TTACATTTTT-GATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGC
* * ** * ** * *
18001 CATCCTTTGGTAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACT-CAAGCCATTG-AAGTATTATTACTCGCTT
192 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCTCTT
** *
18064 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACGTTTTT-GATTAAAAT
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAG-TTAAAAC
* ** * *
18127 AAATTATAACTT-AATGCCTACCTTAA
319 AAATTAT-ATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * ** **
18153 GAAACGAGAAGCAAAAGA-CATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTTAAGCCTTT-G
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
** * ** * *
18216 AAAGCCTCGTTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * * * * * ** * *
18281 AACAATTTTAGCTGAAATAAACT-TTAT---TTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAG
130 -AC-ATTTTTGAT-TAA-AATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * * * *
18342 CCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCACT-CAAG-CTATTAAAAGCCTTATTTCTCGC
191 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAC-AGCCT-TTGAAAGCCTTAATACTCTC
* * * * * *
18405 TTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATT-ATTTTACATTTTT-GATGAAA
254 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAG-TTAAA
* * * * *
18468 ACAGATTATATTTGAATATCTACCTCGA
317 ACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* ** * * * * *
18496 GAAATGTGAAGCAAAAGCTC-TCCATTGGCAAAAAAAAAT-TATTTATAGTCA-TTCAACCCTTT
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTT
* * * *
18558 -AAAAGACTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
64 CGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA-TTTT
* * * * * * * *
18622 TTACATTTTTGGTTAAAA-CATATTATAA-TTAAATATTTGCCTTGAG-AACTGTGAAGTAAAAG
128 TTACATTTTTGATTAAAATC-TATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAAC-ATGAAGCAAAAG
* * * * *
18684 CTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCGAAAGCCTTGAAAAGTTTAT
191 CCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTACAGCCTTTGAAAGCCTT---AA---TA-
* * * ** * * * *
18749 TTATAGTCGCTTAAACCTTTGAAAACTTTATTACGCGCTTTAAATGATTGTATATCTCATAA-TT
249 --CT-CTC-TTTAAA----TG---GTTTTA-TA----ATCT-CATAATTG-AT-T-T--TAAGTT
* * * * * * **
18813 GATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCATTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTACCTCAA
292 GA--TT--G-T---TTTTATAT--TTTTAGTTAAAACAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
** ** ** *
18876 GAAAC-AAAAGC--AAAATCCATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTC
1 GAAACGTGAAGCAAAAAAT-CATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC
* * * * *
18937 TATAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** * * ** *
19002 CATATTTTTTG-TTAAAATAGATTAT-ATTTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAGAAA-T
130 -ACA-TTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCA-AAAGC
* * *
19064 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-AGAAGCCATTGAAAGCCTTAGTACT-TGCT
192 CATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTA-CAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCT-CT
* * * * *
19127 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAAT
255 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAAC
**** * *
19191 AAATTATAACAAAATGTTTACC-TCA
319 AAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
19216 GAAAACGTGAAGTAAAAGA-CATCCATTGGCAAGAAAAGACCGTTTATAGTCACTCAAGCC-TTC
1 G-AAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC
* * * * * *
19279 GGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTCTATTCTCATAATTGATTGTAAGTT-AACTTTTT
65 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT
** * * ** * * * *
19343 TTACATTTTTGATTAAAATAAATTGTAAC-TGAATGTCTGTCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGCC
128 TTACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* *
19407 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCCTTT-AAAGGCCTTATTACTCGCTT
193 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TACAGCCTTTGAAA-GCCTTAATACTCTCTT
* * * *
19470 TAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA--TT---TTGAAT-TTTTTATA-TTTTAATT-AAATAA
256 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAA
** * *
19527 ATTATAACTGAAATATTTAACC-T--
321 ATTATATTTG-AATGTTT-GCCTTGA
* * * * * *
19550 ----CGGGAAGTAAAAGA-CATCCATTGGTAA-AAACAATTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTC
* * * *** *
19608 GATAA-CCTCATTACTCACTTT-AATGGTTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGATGAATCTTT
65 GA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAAT-TTT
* * * * * * * * **
19671 TTACATTTTTGGTTAAATTATATTATAA-GTGAATATCTACCTTGAGAAACATGGGGCAAAAGCC
128 TTACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * ** ** * *
19735 ATCCATT-AGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACTTA-AGCCCTCAAAAAACTTATTACTAGT-T
193 ATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TACAGCCTTTGAAAGCCTTAATACT-CTCT
* * * * *
19797 GTAAATTGTTTTATAATCTCATAATT-ATTTTTAATTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAA
255 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTG-ATTGTTTTTATATTTTTAGTTAAAA
* * * *
19860 CATATAATATTTGACTGTTTGCCTTGG
318 CAAATTATATTTGAATGTTTGCCTTGA
* * * * * *
19887 GAAACGTAAAGCAAAAGA-CATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCC-TTCG
1 GAAACGTGAAGCAAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTCG
* *
19949 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTT
66 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT
* * * * * ** * * *
20012 TTATATTTTTAATTAAAATATATTATAAC-TGAATGTCTACTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGAC
128 TTACATTTTTGATTAAAATCTATTATAACTTGAATGTTTACCTCGGGAAACATGAAGCAAAAGCC
* *
20076 ATCCGTTGACAAGAA
193 ATCCATTGATAAGAA
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Statistics
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* * * * * *
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* * * * * *
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** * * * * ** *
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* * * * ** * * * *
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* * * ** * **
12115 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTAACATTTTTGGTTAAAATCTATTATAACTT-AATGTTTACCCCG
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* * *
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* * * * *
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** * * *** * * * * **
12306 TGTATTTTTAGTTAAAACAAATTA-AGTTTGACTCTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAAATC
128 TACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATA-TTTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGC-AAAAGCC
* ** ** * ** * * *
12370 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCTTTTTATAATCACTTATTCTTTTGAAAGCCTTATCACTC-CATTT
190 ATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-TTT
* * * * * *
12434 AAATCGTTTCATTATCACATTATTGATTTTAAGTTGAGTTTTTTTATATTTT--TTATCAACACA
254 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATATTTTAGTTA--AA-ACA
*** * * *** * *
12497 GATTATATTTGAATCCCTACCTTAGGAAAAAAGAAGCAAAAGCCATCCATT-TCTAAGAAATGTC
315 GATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGAC-AAGAAAAGTC
* * * * * * * * *
12561 CATTTATAGTTAATTAAG--TTATTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGCTTTTATAAACCCA
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* * * * * * * *
12624 TAATTAATTTTAAGTTAGATTGTTTTACATTTTTCACTGAAACA-A-ATTATATTTGACTATCTG
442 TAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAA-ATAGATTATAATTGAATGTTTG
12687 -CTT
504 CCTT
* * *
12690 CGAGAAAAATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTT
1 -G-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* *
12755 GAAAGCCTTA-TACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTGTA
64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-T-
* ** * * *
12819 TTACATTTTTTGTTAAAATGTATTATAACTGAAAGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTA
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* * *
12884 TCCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATTA-TTACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTAATACTCGCTTTA
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* * * * * *
12948 AATGATTTTATAATCTCTTAATTGATTTTAAG-GTATTGTTTTTGTATGTTAGTTAAAACAAATT
255 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATT-TTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATT
* * ** ** * * * * *
13012 ATATTTGATTATTTTTCTTGGGAAACGTAAAGCAAAAAACCATTCGTTGACAAGAAAAGTCTTTT
319 ATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATT
* ** * * *
13077 TATAATCACTCATTCTTTCGGAAA-CCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATCTCCTAATT
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* * *
13141 TATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCT
447 GATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-T
* * * * * * *
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* * * *
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66 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTT
* * * * * *** * * *
13333 ATAGTTTTGGTTAAAACAGATTTTATTTGAATGTCCGTCTC-AGAAAACATGAAGTAAAAGCTAT
129 ACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
13397 CCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACTTAAGCCTACAAAAGCCTTATTACTCCCTTTAA
192 CCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* * * * * * *
13461 ATAGTTTTATAATATCATTATCGATTTTGAATTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATT
256 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AAGTGAATTTTTTTATATTTTAG-TTAAAACAGATT
* * ** * * * * *
13526 ATATTTGACTATTTGAATTAGGAAACATGAAGCAAATGCCATCCACT-AGCAGGAAAAGTCCT-T
319 ATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGT-CTAT
* * * * *
13589 TTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAATCC-CATTTACTCACTTTAAATGGTTTTA-AAGTCTCATA
382 TTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTA-TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCATA
* * * * * * *
13651 ATTGATTTTATGTTGAATTATTTTACATTTTTGGCTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTA
444 ATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * ** * *
13716 GAGAAACGTGAAGTAAAAATCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCATTG
1 G-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
* *
13781 AAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTA
* * * ** * * * * * * *
13846 -AATTTTTGATTGAAATGAATTATAACT-AAATGTTTGCCTTGGGAAATGTGAAGGAAAAGGCAT
130 CATTTTTTG-TTAAAAAG-ATTATATTTGAAA-GTCTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* ** * ** * *
13909 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATTGCCTTATTCCTCACTTTAAA
192 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * * * *
13974 TGGTTTTATAATCTCGTTATTGAGTTTAAGTGAAATTTTGTTTACATATTTAGTTAAAACGGATT
257 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTG-AATTTT-TTTATAT-TTTAGTTAAAACAGATT
* ** * * * *
14039 ATATTT-AATTGTTT-ACGAAGAGAAACAT-AAGCAAAAGCTATCCACTGGTC-AGAAAAGT-TC
319 ATATTTGAA-TGTTTGCCTTA-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCT-
** ** * * * * *
14099 ATTTATTTTCAGGCAAGTCATT--ACAAGCCTTGTTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT
380 ATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * *
14162 AATTGATTTTAAGTTGAAGTGTTTTACATTTGTCA-TTAAAACAGATTATATTTGAATGTCTGTC
443 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT-TTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
14226 TT
506 TT
* ** * * * ** *
14228 GAGAAACGTGAAGCAAAAGCCCA-CTGTTGGCAAAAAAAATTTATTTATAGTCACTCAAACCTTT
1 G-GAAACATGAAGCAAAAG-CCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
* * * * * *
14292 GAAAGACTTATTGCCCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTT
** * * * * * * * *
14357 TACATTTTTCATTAAAACATATTATA-ATGAATGTCTGCCTC-AGGAAACATAAAGCAGAACCCA
128 TACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * * * * *
14420 TCCATTTG-GAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATTTAAGCCTT-TACAAGCCTTATCACTCACTTT
191 TCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
14483 -AATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATA
254 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGA
*** * * ** * **
14547 TTATAACCGAA--TCTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATGAGAGAAGTCCGT
317 TTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTAT
* * * *
14610 TTATAGTCACTTAAGCC-TTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATTGTTTTATAATCTCATTAT
382 TTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
14674 TGATTTTAAGTTAAATTTTTGTACATTTATGGTTTAAACAGATTATATTTGAACATTTGCCTT
446 TGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * * ** *
14737 AGGAAACATAAACCAAAAGGCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTGCAATCACTCAAG-CTGTT
1 -GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TT
* * ** * * *
14801 AAAAGCCATATTACTAACTTTCAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGATTTTTCT
64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT-T
* * * ** ** * * * *
14866 TGCATTTCTAGTTCAAACTGATTATATTTGACTGTTTACCACAAGAAACGTGCAA-AAAAAGCCA
128 TACATTTTTTGTT-AAAAAGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTG-AAGCAAAAGCCA
* ** * * * *
14930 TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTGCTCAAGCCTTCGAAAACATTATTACTTGCTTTAA
191 TCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
* ** * * *
14995 ATGGGTTTAT--GGTC-TAA-TAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCA-TTAAAATC-TA
256 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATA-TTTT-AGTTAAAA-CAGA
** * * * * * * *
15054 TTATAACTGAATGTTT-ACTTCAGGAAACGTG-AGAAAAAGCAATCCATGGGCAAGAAAAGTCCA
317 TTATATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTA
* * * * *
15117 TTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGTCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTTATTATCTCATTA
381 TTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * *
15181 TTGACTTCAAGAGGAATTTTTTTACTTTTTTCA-TTAAAATAGATTAT-ATTTATATATCTGCCT
445 TTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGATTATAATTGA-ATGTTTGCCT
*
15244 C
507 T
* * * * *
15245 GAGAAACATGAAGCACAAGTCATCCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATACTCACTTAAGCCTTTG
1 G-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
* * *
15310 AAAGCCCTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* * ** * * * *
15375 ACA-TTTTTGATTAAAGTATATTATAACTAAAAGTTTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCTAT
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* * * * * * *
15439 CCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATTGCCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTAATACTCGCTGTAAA
192 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
15504 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTCAGCT--ATTTTTTTTTATTTTTGGTTAAAACAGATTA
257 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGATTA
** ** * ** * *
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* * ** * * * * *
15631 TATTGTCACACATTCTTTTGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTA
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* * * * ** * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * ** * *
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* * * * * * * * *
16077 TTATATTTGAATGTCTGTCTTAGGAAACGTTTAAGCAAAAGCTATCTATTGATAACAAAAGTCCA
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* * * *
16142 TTTATAGTCACTCAAGCCATT-GAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATGATCTCATAA
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* * * * *
16206 TCGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTTAAT-TCTCTACCT
445 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT-T-TGCCT
*
16269 CA
507 -T
* * * ** * *
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* * * * *
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** **
16401 CATTTTTTGTTAAAACAGATTATATTTGAATA-TCTGTCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCCA-
130 CATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAA-AGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAG-CCAT
* * * ** * *
16464 CTATTGACAAGAAAAATTTATTTATAGTCA-TTCAAGCCTTTC-AAAGACTTATTGC-CGCCCCT
192 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCG---C-
* * *
16526 TTTAAATGGTTTT-TAATCTCATGATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTTA-TTAAAA
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* * ** * * * * *
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* * * **
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** * * * *
16716 ATTTTTTATTTTAAGTTGAAGGTTTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAACTGAATGTTT
441 ATAATTGATTTTAAGTT-AA--TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTT
*
16781 ACCTT
503 GCCTT
* * ** * * * * *
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*** *
16851 AAAAATTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTCT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-T
*** ** * * * * *
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129 ACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * *
16980 CCATTGGA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAAGCCTTATTTCTCGCTTTA
192 CCATT-GATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
* * * * * *
17043 AATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTGTTTTACATTTTTCA-TGAAAAAAGA
255 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATA-TTTT-AGTTAAAACAGA
* * * * ** * *
17107 TTATATTTAAATGTATGCCTTGAA-AAACATGAAGCAAAAGCCCT-TTTTTAGCAAGAAAA-TTT
317 TTATATTTGAATGTTTGCCTT-AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCT
* * ** ** * * *
17169 AATTTATAGTC-CTTCAAGGC-TTCAAAATACTTATTGGTCCCTTTAAAGGGTTTTATAATCACA
380 -ATTTATAGTCAC-TC-AGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * *
17232 TGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAGTTGAATGTTTGCC
442 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC
*
17297 TA
506 TT
** * * * * * *
17299 GGAAATGTGAAGCAAAAACTATTCCTTTGG-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCG
1 GGAAACATGAAGCAAAAGCCA-TCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
* * * *
17363 AAAGACTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTT
* *** * * * * * * * * * * * *
17428 ACACTTTAAATTAAAATAAATTACAATTGAATGTTTGCCTTGGGAAACATAAAGCAAAAGTCGTC
129 ACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * * *
17493 CATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG-CTTATTAATCACTTTAAAT
193 CATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * *
17557 GGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATATTTGAG-TAAAATATATTA
258 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAA-TTTTTT-TATATTTTAGTTAAAACAGATTA
** * ** * * * ** ** *
17621 TAACTAAATGTTCACCTCATGAAACGTGAAGCAAAATCCATTTATTCTCATGAAAAGT-TCATTT
320 TATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCT-ATTT
* * * * *
17685 CTAGTCGCTCAAG-CTTTCGAAAGTCC-TATTACTCGCTTGAAATGATTTTATAGTCTCATAATT
384 ATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * *
17748 GATTGTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTAAATGTCTACCTCAT
447 GATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT--T
* * * ** *
17812 -GAAACGTAAAGCAAAAGGCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCA
1 GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* ** *
17875 ATAGCTTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTCTTTT
66 A-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * * * * * * * *
17940 ACATTTTTCGTCAAAAAAAATTATATTTCAATGTCTGCCT-TAGGAAACGTGAAGTAAAAACCAT
129 ACATTTTTTGT-TAAAAAGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
* * ** * **
18004 CCTTTGGTAAGAAAAGTAAATTTATAGTCACTCAAGCCATT-G-AAGTATTATTACTCGCTTTAA
192 CCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
** * * *
18067 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTGATTAAAATAAATT
256 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATATTTTAG-TTAAAACAGATT
* ** * * * *
18132 ATAACTT-AATGCCTACCTTAAGAAACGAGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAAAGTTTATT
319 AT-ATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATT
* ** * **
18196 TATAGTCACTTAAGCCTTT-GAAAGCCTCGTTGCTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATT
383 TATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
18260 GAATTTAAGTTGAATTTTTTTAACAATTTTAGCTGAAATAAACTT-TATTTGAATGTCTGCCTT
447 GATTTTAAGTT-AATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATAGA-TTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
18323 AGGAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAATCACTCAAG-CTATT
1 -GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT-TT
* * * * *
18387 AAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTTAGTTGAATTATTT
64 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
* *
18452 TACA-TTTTTGATGAAAACAGATTATATTTGAATA-TCTACCTCGAGAAATGTGAAGCAAAAGCT
128 TACATTTTTTG-TTAAAA-AGATTATATTTGAA-AGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGC-
* * * * ** * *
18515 C-TCCATTGGCA-AAAAAAAAT-TATTTATAGTCA-TTCAACCCTTTAAAAGACTTATTACTCCC
189 CATCCATT-G-ATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTT-AAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGC
* * *
18576 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC
251 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAAC
* * * * * * * *
18641 ATATTATAATTAAATATTTGCCTTGAG-AACTGTGAAGTAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGT
314 AGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAAC-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT
* * ** * *** * * * *
18705 CCATTTATAGTCACTAAAGCC-TTCGAAAGCCTTGAAAAGTTTATTTATAGTCG-CTTA-AACCT
378 CTATTTATAGTCACT-CAGCCTTTCGAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTA-AATGGTTTTATAATCT
* * * ***** * * * * *
18767 -TTGAA--AACTTT-A-TTACGCGCTTTAAATGATTGTATA-TCTCATAATTGATTTTAAGTTAA
440 CAT-AATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACAT--TT-T-TAGT-T-AAAATAGATTATAA-TTGA
* * *
18826 ATTTTTTTTCATTTT
497 A--TGTTTGC--CTT
* ** * ** * * ** * *
18841 GGTTAAA-ATAAATTATATTTGAATGTC-TACC-TCAAGAAACAAAAGCAAAATCCATCCATTGA
1 GG--AAACATGAAGCA-A----AA-GCCAT-CCAT-TGGTAAGAAAAG-----TCCATTTATAGT
*** ** * * * * * * *
18903 CAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTT-CTA-TAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
51 C-ACTCAAG---CCTT-T-G--A---AAGCCTTATTACTCGCTTTA--AAT-GGTTT-TATAATC
*
18966 TCATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTT
101 TCAT------A--ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT-ACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTT
* * * * * *
19031 GAATGTTTGCCT-TAGGAAACATGAAGCAGAAA-TCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
156 GAAAGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGCA-AAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAG
** * * *
19094 TCACAGAAGCCATT-GAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
219 TCACTTAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
* * * * **** * *
19158 TAAGTTAATTTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAATAAATTATAACAAAATGTTTACC-TCAGAAAA
283 TAAGTGAA-TTTTTTT--ATATTTTAGTTAAAACAGATTATATTTGAATGTTTGCCTTAAG-AAA
* * * * ** *
19221 CGTGAAGTAAAAGACATCCATTGGCAAGAAAAGACCGTTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGGAAGC
344 CGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTC-AGCCTTTCGAAAGC
* * * *
19285 CTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTCTATTCTCATAATTGATTGTAAGTTAACTTTTTTTACATT
408 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-TTTTTTTACATT
* * * * *
19350 TTT-GATTAAAATAAATTGTAACTGAATGTCTGTCTT
472 TTTAG-TTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
* * * *
19386 GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTT-
1 G-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
*
19450 AAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGA--TT---TTGAATTTTTT
65 AAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* ** ** * * * *
19510 ATA-TTTTAATTAAATAA-ATTATAACTGAAATATTTAACCTC--G----G-GAAGTAAAAGACA
129 ACATTTTTTGTTAAA-AAGATTATATTTGAAA-GTCT-ACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
* * * * * * *
19566 TCCATTGGTAA-AAACAATTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAA-CCTCATTACTCACTTT
191 TCCATTGATAAGAAA-AGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTT
*** * * * ** *
19629 -AATGGTTTTATAATCTCATAAACAATTTTAAGATGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAATTATA
254 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TGAATTTTTTTATA-TTTTAGTTAAAACAGA
** * * * * * ** * *
19693 TTATAAGTGAATATCTACCTTGAGAAACATGGGGCAAAAGCCATCCATT-AGTAACAAAAGTCTA
317 TTATATTTGAATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCTA
* * * ** * *
19757 TTTATAGTCACTTAAGCC-CTCAAAAAACTTATTACTAG-TTGTAAATTGTTTTATAATCTCATA
381 TTTATAGTCAC-TCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * *
19820 ATT-ATTTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATATTTGACTGTTTGCCT
444 ATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCT
19884 T
507 T
* * * * * * *
19885 GGGAAACGTAAAGCAAAAGACATCCATTGGCAAG-AAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCG
1 -GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG
*
19949 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAAT-TCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTT
65 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTT
* ** * ** * ** *
20012 TTATATTTTTAATTAAAATATATTATAACTGAATGTCTA-CTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGAC
127 TTACATTTTTTGTTAAAA-AGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGAG-AAACGTGAAGCAAAAGCC
* *
20076 ATCCGTTGACAAGAA
190 ATCCATTGATAAGAA
20091 GCCCTACAAG
Statistics
Matches: 6151, Mismatches: 1386, Indels: 751
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
497 1 0.00
498 71 0.01
499 219 0.04
500 64 0.01
501 2 0.00
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503 2 0.00
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552 6 0.00
553 3 0.00
554 3 0.00
555 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
GGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAC
ATTTTTTGTTAAAAAGATTATATTTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT
TGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTGAATTTTTTTATATTTTAGTTAAAACAGATTATATTTG
AATGTTTGCCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCTATTTATAGTCA
CTCAGCCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
TTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTT
Found at i:18935 original size:208 final size:210
Alignment explanation
Indices: 18534--18936 Score: 483
Period size: 208 Copynumber: 1.9 Consensus size: 210
18524 CAAAAAAAAA
* * * *
18534 TTATTTATAGTCATTCAACCCTTTAAAAGACTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
1 TTATTTATAGTCATTCAAACCTTTAAAAGACTTATTACGCCCTTTAAATGATTGTATAATCTCAT
* * * * *
18599 GATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATATTTGCCT
66 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATATCTACCT
** ** * *
18664 TGAGAACTGTGAAGTAAAAGCTATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTC
131 CAAGAAC-GAAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTC
18729 GAAAGCCTTGAAAAGT
195 GAAAGCCTTGAAAAGT
* * *
18745 TTATTTATAGTCGCTT-AAACCTTTGAAA-ACTTTATTACGCGCTTTAAATGATTGTAT-ATCTC
1 TTATTTATAGTC-ATTCAAACCTTTAAAAGAC-TTATTACGCCCTTTAAATGATTGTATAATCTC
* * * * *
18807 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTCTAC
64 ATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATATCTAC
* * ** *
18871 CTCAAGAAAC-AAAAGCAAAATCCATCCATTGACAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCT
129 CTCAAG-AACGAAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCT
18935 TC
193 TC
18937 TATAGCTTTA
Statistics
Matches: 161, Mismatches: 28, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
208 47 0.29
209 31 0.19
210 37 0.23
211 44 0.27
212 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (210 bp):
TTATTTATAGTCATTCAAACCTTTAAAAGACTTATTACGCCCTTTAAATGATTGTATAATCTCAT
AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATTAAATATCTACCT
CAAGAACGAAAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTAAAGCCTTCG
AAAGCCTTGAAAAGT
Found at i:19092 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18738--20090 Score: 1154
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
18728 CGAAAGCCTT
** * * * * * * * * *
18738 GAAAAGTTTATTTATAGTCGCTTAAACCTTTGAAAACTTTATTACGCGCTTTAAATGATTGTAT-
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * **
18802 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTTCA-TTTTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATG
* * * ** ** *
18866 TCTACCTCAAGAAAC-AAAAGCAAAATCCATCCATTGACAA
131 TTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
** * * * * *
18906 GAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTCTATAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTCATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * **
18971 ATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCATATTTTTTGTTAAAATAGATTATATTTGAATG
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATG
* * *
19036 TTTGCCTTAGGAAACATGAAGCAGAAA-TCATCCATTGATAA
131 TTTACCTTAGGAAACGTGAAGCA-AAAGACATCCATTGATAA
** * * *
19077 GAAAAGTCCATTTATAGTCACAGAAGCCATT-GAAAGCCTTAGTACTTGCTTTAAATAGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
** **
19141 AATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTACATTTTTTATTAAAATAAATTATAACAAAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAA
* * * **
19205 TGTTTACCTCAGAAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTGGCAA
129 TGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
* * * * *
19248 GAAAAGACCGTTTATAGTCACTCAAGCCTTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGGTTTCTA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * *
19313 TTCTCATAATTGATTGTAAGTT-AACTTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAAATTGTAACTGAAT
66 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAAT
* ** * *
19377 GTCTGTCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATCCATTGATAA
130 GTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
* *
19419 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTT-TAAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT
* * **
19483 AATGTCATAATTGA--TT---TTGAA-TTTTTTATA-TTTTAATT-AAATAAATTATAACTGAAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTG-AA
* * * *
19540 TATTTAACC-T------CGGGAAGTAAAAGACATCCATTGGTAA
129 TGTTT-ACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
* * * * *
19577 -AAACAATTCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGATAA-CCTCATTACTCACTTT-AATGGTTTTA
1 GAAA-AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGA-AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
*** * * * * *
19639 TAATCTCATAAACAATTTTAAGATGAATCTTTTTACATTTTTGGTTAAATTATATTATAAGTGAA
64 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAA
* * * ** *
19704 TATCTACCTT-GAGAAACATGGGGCAAAAGCCATCCATT-AGTAA
129 TGTTTACCTTAG-GAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGA-TAA
* * * * * ** * *
19747 CAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCCTCAAAAAACTTATTACTAG-TTGTAAATTGTTTTAT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTAT
* * * * ** *
19811 AATCTCATAATT-ATTTTTAATTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATAATATTTGAC
65 AATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAA
* * * **
19875 TGTTTGCCTTGGGAAACGTAAAGCAAAAGACATCCATTGGCAA
129 TGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
* *
19918 G-AAAGTCTATTTATAGTTACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-
* * ** *
19982 AAT-TCATAATTGATTTTAAG-TAAATTTTTTTTATATTTTTAATTAAAATATATTATAACTGAA
65 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAA
* * * * *
20045 TGTCTACTTTAGAAAACGTGAAGCAAAAGACATCCGTTGACAA
129 TGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
20088 GAA
1 GAA
20091 GCCCTACAAG
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 187, Indels: 85
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
157 24 0.03
158 60 0.06
159 3 0.00
160 2 0.00
162 4 0.00
163 25 0.03
164 26 0.03
165 22 0.02
166 2 0.00
167 2 0.00
168 52 0.05
169 38 0.04
170 230 0.24
171 458 0.48
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAAATTATAACTGAATG
TTTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGATAA
Found at i:28420 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27877--28752 Score: 833
Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 171
27867 NNNNNNNNNN
* * * * *
27877 AAGCCTTTGATAGCCTTATTACTCACATTAAATGGTTTTATAATCTCAAAACTAATTTTAAGTTA
1 AAGCCTTCGATAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
* * * * *
27942 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAGTTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGCA
66 AATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAGTAAATTATAACTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCA
* * *
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* ** * * *
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* * * * ** *
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* * * *
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*
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* ** * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* * * * *
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* * * ** * ** ** * * ** * ** *
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*
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* * *
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* ** ** * *
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* * *
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*
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* * **
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* * *** * *
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* * * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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* ***
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** * ** * ** **
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* * * * *
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* * *
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** * * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* ** * ** * * *
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* * * ** *
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* * * * *
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* ** ** * * * *
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** ** * * ** * *
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* *
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* * **
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* * * * * * * *
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* * *
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** * * * ** *
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* **
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * *
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*
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* * * * *** * **
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* * * * * *
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* * * * *
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129 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * * * *
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* * * *
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258 CCATTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
* *
29754 TTTTTTACATTTGTTGTTC
323 TTTTTTACATTT-TTATTA
* * * * * * * * *
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1 AAATAAATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
* * * * * * *
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* * ** * * ***
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***
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* * * * * * * *
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*
30096 TTTTTTATA-TTTTTTATTA
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* * * * * *
30115 AAATAGATTATATTTAAATG-TTGACCTCACGAAATGTGAAGCAAAAGCCCTTCATTGACAAGAA
1 AAATAAATTATATTTAAATGTTTG-CCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAA
* * * *
30179 AAGTCCATTTATAGCCACTCAAGTCCGTAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATC
65 AAGTCCATTTATAGCCACTCAAG-CTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATC
* * * * *
30244 TCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTT-CTTAAAATAGATTATATTTGACTGTT
129 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT
* * * * *
30308 TGGCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAAG
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* * * * *
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*
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322 TTTTTTTACATTTTT-ATTA
* * * * * ** *
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1 AAATAAATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
* * * *
30522 AATCCATTTATAGCTACTCAAGCTATTGAAAG----------C-C-TTAAATAGTTTTATAGTCT
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* * * * * *
30575 CATTATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTAATAGTTTTT-GTTAAAATA-AGCTATATTTGACTAT
130 CATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATA-TTTTTGGTTAAAATATA-TTATAATTGAATGT
* ** * * *
30637 TTACCTCCGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATACTCACTCA
192 TTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * *
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*
30764 ATTTTTTTATAATTTTTATTA
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* ** * * ** **
30785 AATTAAATTATAACTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGTGAAAGACATCCATTGGTAAGAAA
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* * * *
30850 AGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTA-TTTTATAATA
66 AGTCCATTTATAGCCACTCAAG-CTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATAATC
* * * ** * * ***
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* * * **
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* * ** * * *
31044 -CTTTCGATAGTCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTATGTTGAA
258 CCATT-GAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
* ***
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* * * * ** ** *** * ** **
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* * *** ** * * *
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* * ** * *
31233 T--TAA--G---TT-A----AATTGTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTT
129 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTT
* * * * * * * * *
31286 ACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTTG-CAGGGAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAG
194 GCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
** ** * * * ********
31350 CTGTCCAAAGTCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTCTAAGCTAATAATTGATTTTNNNNNNNN
258 CCATTGAAAGTCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
** **
31414 NNTTTTTACATTTGTGGTTA
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* * * * *
31434 AAATAAATTATATTTTAATG--TGTCTCACGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTGA-TGACAAG
1 AAATAAATTATATTTAAATGTTTGCCTCA--AGAAACGTGAAGCAAAAGACATC-CATTGACAAG
* ** * * ** * * *
31496 AAACGTCTGTTTATCGTCACTCAAGCCATTAAATGCCTTATTTCTCACTTTAAAT-GATTTTATA
63 AAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCTGTGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATA
* * * *
31560 ATCTCATAATTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGATTA-AATTTGAAT
126 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAA-TTGAAT
* * * * * *
31624 GTTTGTCTTGGGAAACTTGAAGCAAAAGACATCCATTAATAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACTC
190 GTTTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *** *
31689 AAGCCAGTGAAAGCCTTATTACTAATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTG
255 AAGCCATTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
*
31754 AATTTTTTTACATTTTTCGTTA
320 AATTTTTTTACATTTTT-ATTA
* * ** ** *
31776 AAAGATATTATAACTAAATGTTTATCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAG-CTATCCATTTG-CAAGA
1 AAATAAATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGAC-ATCCA-TTGACAAGA
* * * * * * *
31839 AAAGTCCATTTATA-TCACTTAAGCCGTTGAAAGTCTTATTACACGCCTTAAATGGTTTTATAAT
64 AAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCTG-TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * * * * * * *
31903 CTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTGTGGTCAAAATAAATTATATTTTATTGTC
128 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTT
* * * * *
31968 TCCCTTGGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAACGTCCATTTATAGTCACTCAAA
193 TGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
32033 CCATTAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAAT
258 CCATTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT
*
32098 TTTTTTACATTTGTTGTTA
323 TTTTTTACATTT-TTATTA
* * * * * * * * * *
32117 AAATAGATTATATATGAATATCTGCTTCGAGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAA
1 AAATAAATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
* * ** * * * * *
32182 AG-CCTATTTACAGTCACTTTAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTACATT
66 AGTCC-ATTTATAGCCACTCAAG-CTGTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
* * * *
32246 TTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTT-TTTAAAATAAATTATAACTGAATGT
128 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAT-TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGT
** * * * * ** * * *
32310 TTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGCTGTCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTCAA
192 TTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * *
32375 GCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTT
257 GCCATTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
32437 AAATATTTGA
Statistics
Matches: 2634, Mismatches: 579, Indels: 265
0.76 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
303 8 0.00
304 5 0.00
305 1 0.00
306 131 0.05
307 13 0.00
308 1 0.00
309 1 0.00
310 2 0.00
311 12 0.00
312 8 0.00
313 2 0.00
315 5 0.00
317 3 0.00
318 4 0.00
319 1 0.00
320 3 0.00
321 5 0.00
322 8 0.00
323 3 0.00
324 4 0.00
325 4 0.00
326 5 0.00
327 9 0.00
328 111 0.04
329 12 0.00
330 157 0.06
331 6 0.00
332 3 0.00
334 5 0.00
336 2 0.00
337 7 0.00
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340 181 0.07
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345 3 0.00
346 7 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
AAATAAATTATATTTAAATGTTTGCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
AGTCCATTTATAGCCACTCAAGCTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTC
ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGC
CTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCA
TTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
TTTACATTTTTATTA
Found at i:30262 original size:513 final size:510
Alignment explanation
Indices: 28749--31115 Score: 2396
Period size: 513 Copynumber: 4.6 Consensus size: 510
28739 TACTCACTTT
* * * * * * * *
28749 AAATAGATTATATTTGAATGTCTGCCTCAGGAAATGTGAAGCAAAAGACATCTATTGAGAAAAAA
1 AAATAGATTATATCTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
* * * *
28814 AGTCTAATTATAGCCACTCAAGCTAGTGAAAATCTTATTACTCGCTTTAAAT-AGTTTTATAATC
66 AGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATC
* * * *
28878 TAATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAACATATTATAACTAAATATTT
130 TCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATATTT
* ** * * *
28943 ACCTTGGGAAACATGAA-CTAAAAGCGATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAG
195 GCCTCAGGAAACGTGAAGC-AAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * *
29007 CCATCAAAAGCCTTATTACACACTTTAAATAATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
259 CCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAAT
* * ** * *
29072 ATTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTTAAA-GTCTTCCTCAAAAAACACGAAGGAAA
323 -TTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATA-TTTAAATGTCTACCTCACGAAACATGAAGCAAA
* * *
29136 AGCCATCCATTGACAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTATTAAAAGCCTTATTTCTCGC
386 AGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCGC
* * *
29201 TATAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTC
451 TTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGTTC
*
29262 AAATAGATTATA-CTTGAATGTTTGCC-TAGGGAAACGTGAAGCAAATA-ACATCCATTGACAAG
1 AAATAGATTATATC-TGAATGTTTGCCTTA-GGAAACGTGAAGTAAA-AGACATCCATTGACAAG
* * * *
29324 AAAAGTCCATTCATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGTCTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAA
63 AAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAA
** *
29389 TCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTAT-TGTAAATGT
128 TCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATAT
* ** * * * *
29453 TTTCCTTGGGAAATGTGAAGCAAAACCCATCCATTTGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAA
193 TTGCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * *
29518 GCTGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTCTTCTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA
258 GCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAA
* *** * *
29583 TTTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTTAATGTCT-CTCTTGGGAAACGTGAAG-GA
322 -TTTTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTAAATGTCTAC-CTCACGAAACATGAAGCAA
* * * * * ** *
29646 AAGTCATTCGTTGACAAGAAACGTCTATTTATAGTTACTCATGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCG
385 AAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCG
29711 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTTGTTC
450 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT-TTGTTC
* * *
29773 AAATAGATTATATCTGAATGTTTGCCTTAGGAAACATAAAGTAAAAGAGATCCATTGACAAGAAA
1 AAATAGATTATATCTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
* * * * *
29838 AGTCTATTTATAGCCACTTAAGCCAGTAAAAGTCTTATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAGTCT
66 AGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
* ** * *
29903 TATGATTGATTTTAAGTTGAATAGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACCAAATTGTTT
131 CATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAA-TATTT
*
29968 GCCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
195 GCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * *
30033 CGTCGAAAGTCTTATTACACGCATTAAATGATTTTATAATCTCATTATTAATTTTAAGTTAAATT
260 CGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAAT-ATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATT
* ** * **
30098 TTTTATATTTTTTATTAAAATAGATTATATTTAAATGT-TGACCTCACGAAATGTGAAGCAAAAG
324 TTTTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTAAATGTCT-ACCTCACGAAACATGAAGCAAAAG
* * * * *
30162 CCCTTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGTCC-GTAAAAGCCTTATTACTTGCT
388 CCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAG-CCATTAAAAGCCTTATTTCTCGCT
* * * * *
30226 TTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAGTTTTTCTTA
452 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTC
* * * * **
30286 AAATAGATTATATTTGACTGTTTGGCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGCCATCCATTGGTAAGAAA
1 AAATAGATTATATCTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
* * ** * * * *
30351 AGTCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTGAAA-TCCTTGTTACTCGCTATAAGTGGTTTTATAATC
66 AGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGT-CTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATC
* *** * * ** * * *
30415 TCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAATAAATTATATTTGAATCTCT
130 TCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATATTT
** * ** *** *
30480 GCCTCAATAAACGTGAAGTAAAAGTTATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATAG---CT--A--
195 GCCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
* * * *
30538 C-TC--AAG-C-TATTGA-AAGCCTTAAATAGTTTTATAGTCTCATTA-TATATTTTAAGTTGAA
260 CGTCGAAAGCCTTATT-ACACGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTA-ATTTTAAGTTGAA
* ** * * * *
30596 TTTTTTAATAGTTT-TTGTTAAAATAAGCTATATTTGACTATTTACCTC-CGGAAACATGAAGCA
322 TTTTTT-ATA-TTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTAAATGTCTACCTCAC-GAAACATGAAGCA
* * *
30659 AAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAAGTCTATTTATA-CTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTTC
384 AAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGC-CACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTC
* * * *
30722 TCGCTTTAAAT-GATTTTAT-A-CTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTATT
447 TCGCTTTAAATAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-CATTTTTGTT
30784 -
510 C
* * * * **
30784 AAATTAAATTATAACTGAATGTTTGCC-TCGAGAAACGTGAAGTGAAAGACATCCATTGGTAAGA
1 AAA-TAGATTATATCTGAATGTTTGCCTTAG-GAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTGACAAGA
* ** * * *
30848 AAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCGCTTTAAATTATTTTATAAT
64 AAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAAT
* * * * * * * * * *
30913 ATCATAATTGAATTTATGTTGAATTGATTTTACCTTTTTAGTTAAAATATATTATAACTGAATAC
129 CTCATGATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATAT
* * * * **
30978 ATGCCT-TGGAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA-TTGATAAAAAAAGTTAATTTATAGTCACTC
193 TTGCCTCAGG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
** * * *** * * *
31041 AAGCTTTCGATAGTCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTATGTTG
256 AAGCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATA-TTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTG
31106 AATTTGTTTA
320 AATTT-TTTA
31116 CTTCAGGAAA
Statistics
Matches: 1557, Mismatches: 245, Indels: 105
0.82 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
498 5 0.00
499 165 0.11
500 122 0.08
501 106 0.07
502 7 0.00
503 2 0.00
504 2 0.00
505 2 0.00
507 1 0.00
508 2 0.00
509 2 0.00
510 3 0.00
511 286 0.18
512 309 0.20
513 537 0.34
514 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (510 bp):
AAATAGATTATATCTGAATGTTTGCCTTAGGAAACGTGAAGTAAAAGACATCCATTGACAAGAAA
AGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCT
CATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAACTAAATATTTG
CCTCAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
GTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTT
TTATATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTAAATGTCTACCTCACGAAACATGAAGCAAAAGCCA
TCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGCCACTCAAGCCATTAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAA
ATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTC
Found at i:30700 original size:159 final size:159
Alignment explanation
Indices: 30404--30717 Score: 373
Period size: 159 Copynumber: 2.0 Consensus size: 159
30394 GCTATAAGTG
* *
30404 GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCAATAAAATAAATTATA
1 GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCAATAAAATAAACTATA
* * * * * **
30469 TTTGAATCTCTGCCTCAATAAACGTGAAGTAAAAGTTATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATA
66 TTTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATA
*
30534 GCTACTCAAGCTATTGAAAGCCTTAAATA
131 GCTACTCAAGCCATTGAAAGCCTTAAATA
* * ** *
30563 GTTTTATAGTCTCATTATAT-ATTTTAAGTTGAATTTTTTAATAGTTTTT-GTTAAAATAAGCTA
1 GTTTTATAATCTCATTAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACA-TTTTTCAATAAAATAAACTA
* * ** ** * *
30626 TATTTGACTATTTACCTCCGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTAAGAAAAGTCTATTTA
64 TATTTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTA
30691 TA-CTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTA
129 TAGCT-ACTCAAGCCATTGAAAGCCTTA
30718 TTTCTCGCTT
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 23, Indels: 6
0.82 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
158 2 0.02
159 121 0.94
160 6 0.05
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (159 bp):
GTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAACATTTTTCAATAAAATAAACTATA
TTTGAATATCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAACAAGAAAAATCCATTTATA
GCTACTCAAGCCATTGAAAGCCTTAAATA
Found at i:31109 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30556--31109 Score: 525
Period size: 169 Copynumber: 3.2 Consensus size: 169
30546 ATTGAAAGCC
* * * *
30556 TTAAATAGTTTTATAGTCTCATTATAT-ATTTTAAGTTGAATT-TTTTAATAGTTTTTGTTAAAA
1 TTAAATAGTTTTATA-TCTCATAAT-TGATTTTATGTTGAATTATTTT-ATAATTTTTATTAAAA
** ** * ** *
30619 TAAGCTATATTTGACTATTTACCTCCG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT-AGTAAGAAAA
63 TAAATTATAACTGAATACATGCCT-CGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGA-TAAGAAAA
* * *
30682 GTCTATTTATACTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTTCTCGCT
126 GT-TATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * * *
30727 TTAAAT-GATTTTATA-CTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATAATTTTTATTAAATTA
1 TTAAATAG-TTTTATATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTATAATTTTTATTAAAATA
*** * ** * * *
30790 AATTATAACTGAATGTTTGCCTCGAGAAACGTGAAGTGAAAGACATCCATTGGTAAGAAAAGTCC
65 AATTATAACTGAATACATGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGT-T
*
30855 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTCATTACTCGCT
129 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * **
30896 TTAAATTA-TTTTATAATATCATAATTGAATTTATGTTGAATTGATTTTA-CCTTTTTAGTTAAA
1 TTAAA-TAGTTTTAT-ATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATT-ATTTTATAATTTTTA-TTAAA
* * *
30959 ATATATTATAACTGAATACATGCCTTG-GAAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAA
62 ATAAATTATAACTGAATACATGCCTCGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAA
* * **
31023 GTTAATTTATAGTCACTCAAG-CTTTCGATAGTCTTATTACTTACT
126 GTT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCT
31068 TTAAATAGTTTTATAGTCTCATAATTGATTTTATGTTGAATT
1 TTAAATAGTTTTATA-TCTCATAATTGATTTTATGTTGAATT
31110 TGTTTACTTC
Statistics
Matches: 316, Mismatches: 51, Indels: 31
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.01
169 131 0.41
170 7 0.02
171 47 0.15
172 128 0.41
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (169 bp):
TTAAATAGTTTTATATCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTATTTTATAATTTTTATTAAAATAA
ATTATAACTGAATACATGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAGTTAT
TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
Found at i:31593 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 31162--32436 Score: 1184
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 170
31152 AGAAATTTCT
* ** * *
31162 ATTTATACTCACTCCAA-CCATTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATTATTTCATA
1 ATTTATAGTCACT-CAAGCCATT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** **
31226 ATTGATTTTAAGTTAAATTGTTTTACATTTTTAATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTAC-CT
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTT-CTCT
* * * * *
31290 CGAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTTG-CAGGGAAAGTCT
128 CGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCC
** * * * * *
31333 ATTTATAGTCACTCAAGCTGTCCAAAGTCTTATTACAT-GCTTTAAATGGTTTTCTAAGCTAATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCAT-TAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
********** * * *
31397 ATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTTAATGTGTCTCAC
64 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTCTCTC
* * *
31462 GAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTGA-TGACAAGAAACGTCT
129 GAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
31504 GTTTATCGTCACTCAAGCCATTAAATGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
31569 TTGATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGATTAAATTTGAATGTTTGTCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTCTCTCG
* * * * * * *
31634 GGAAACTTGAAGCAAAAGACATCCATTAATAAAAAAAGTCC
130 AGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * *** *
31675 ATTTATAGCCACTCAAGCCAGTGAAAGCCTTATTACTAATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCA-TTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** * *
31740 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCGTTAAAAGATATTATAACTAAATGTTTATCTCG
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTCTCTCG
* *
31805 AGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTTG-CAAGAAAAGTCC
130 AGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCA-TTGACAAGAAAAGTCC
* * * * *
31846 ATTTATA-TCACTTAAGCCGTTGAAAGTCTTATTACACGCCTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * *
31910 TTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTGTGGTCAAAATAAATTATATTTTATTGTCTCCCTTG
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTCTCTCG
* *
31975 GGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAACGTCC
130 AGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* *
32016 ATTTATAGTCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCATT-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
32081 TTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTTGTTAAAATAGATTATATATGAATATCTGCT-TC
65 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGT-TTCTCTC
* * *
32145 GAGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAG-CC
129 GAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* ** * * * * *
32186 TATTTACAGTCACTTTAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTACATTTTCAT
1 -ATTTATAGTCACTCAAGCCATT--AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* ** ** *
32251 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATT-TTTTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATC
63 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTCTC
* ** * *
32315 TCGAGAAACATGAAGGAAAAGCTGTCCACTGATAAGAAAAGTCC
127 TCGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * *
32359 ATTTCTAGTCGCTCAAGCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCAT-TAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
*
32424 TTCATTTTAAGTT
65 TTGATTTTAAGTT
32437 AAATATTTGA
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 200, Indels: 42
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.00
170 146 0.17
171 585 0.66
172 144 0.16
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCATTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATATTTGAATGTTTCTCTCGA
GAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC
Found at i:32171 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 31184--32964 Score: 1717
Period size: 512 Copynumber: 3.5 Consensus size: 513
31174 TCCAACCATT
** * * *
31184 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATTATTTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTGTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * *
31249 TACATTTTTAATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGTAAAAGCCAT
66 TACATTTTT-ATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTAT
* * * * * *
31314 CCATTTGCAGGGAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCTGTCCAAAGTCTTATTACATGCTTTAAA
130 CCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAGTCTTATTACACGCTTTAAA
* * * ********** *
31379 TGGTTTTCTAAGCTAATAATTGATTTTNNNNNNNNNNTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTGTGGTCAAAATAAATTA
* **
31444 TATTTTAATGTGTCTCACGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTGATGACAAGAAACGTCTGTTTA
260 TATTTTAATGTGTCTCACGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTCATGACAAGAAACGTCCATTTA
* * *
31509 TCGTCACTCAAGCCATTAAATGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
325 TAGTCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * *
31574 TCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGATTAAATTTGAATGTTTGTCTTGGGAAA
390 TCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGATTAAATATGAATATCTGTCTTGAGAAA
* * *
31639 CTTGAAGCAAAAGACATCCATTAATAAAAAAAGTCC-ATTTATAGCCACTCAAGCCAGTG
455 CATGAAGCAAAAGACATCCATTAACAAAAAAAG-CCTATTTACAGCCACTCAAGCCAGTG
*** * *
31698 -AAAGCCTTATTACTAATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * *
31762 TACATTTTTCGTTAAAAGATATTATAACTAAATGTTTATCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCTAT
66 TACATTTTT-ATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTAT
* * *
31827 CCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATA-TCACTTAAGCCGTTGAAAGTCTTATTACACGCCTTAAA
130 CCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAGTCTTATTACACGCTTTAAA
*
31891 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTATATTTGTGGTCAAAATAAATTA
195 TGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTGTGGTCAAAATAAATTA
* *
31956 TATTTT-AT-TGTCTCCCTTGGGAAACGTGAAGGAAAAGCCATC-CATTGACAAGAAACGTCCAT
260 TATTTTAATGTGTCTCAC--GAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTCA-TGACAAGAAACGTCCAT
* *
32018 TTATAGTCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
322 TTATAGTCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* *
32083 GACTT-TAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTTGTTAAAATAGATTATATATGAATATCTG-CTTCG
387 GA-TTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGATTAAATATGAATATCTGTCTT-G
* * * * * ** **
32146 AGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTTTAGCCTTTG
450 AGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTAACAAAAAAAGCCTATTTACAGCCACTCAAGCCAGTG
* * *
32210 AAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTACATTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * *
32275 TATATATTTTTTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGCTGT
66 TACAT-TTTTATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTAT
* * * * *
32340 CCA-CTGATAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTCAAGCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAA
130 CCATTTG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAGTCTTATTACACGCTTTAA
* * *
32404 ATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTTAAA------T--A-TT-T-G------------
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTGTGGTCAAAATAAATT
* * * ** * *
32446 A-A----AGTCTG-C-CTCGAGAAACGTGAAACAAAAGCCCTC-CATTGACAAGAAAAGTCCATT
259 ATATTTTAATGTGTCTCACGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTCA-TGACAAGAAACGTCCATT
* * * * * * *
32503 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATTATTTTATGATCTAATAATT
323 TATAGTCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTTCTC-ACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * * * ** *
32567 AATTTTAAGTTCAATTTTATTACATTT-TCTGTTAAAATATATTACAA-CTGAATGTCTACCTCG
387 GATTCTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGT-GGTTAAAATAGATTA-AATATGAATATCTGTCTTG
* * *** * * * * * *
32630 AGAAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTAAGCC-CTT
450 AGAAACATGAAGCAAAAGACATCCATTAACAAAAAAAG-CCTATTTACAGCCACTCAAGCCAGTG
** * * * * *
32693 AAAAAACTTATTACTAGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTT
1 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
* * * * ** * * * *
32758 TATATTTTTTGTTAAAACATATTATATTTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
66 TACA-TTTTTATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTAT
* * * * * * * *
32823 TCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAA
130 CCATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCG-AAAGTCTTATTACACGCTTTAA
* * * * *
32888 ATGATTTTATGATCTCATCATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATT
194 ATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTGTGGTCAAAATAAATT
* *
32953 ATAATTGAATGT
259 ATATTTTAATGT
32965 CTCCCTCAAG
Statistics
Matches: 1047, Mismatches: 171, Indels: 100
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
483 142 0.14
484 240 0.23
485 5 0.00
486 2 0.00
487 2 0.00
488 2 0.00
490 2 0.00
491 1 0.00
492 1 0.00
493 2 0.00
494 1 0.00
495 1 0.00
503 1 0.00
504 1 0.00
505 2 0.00
506 1 0.00
507 1 0.00
508 2 0.00
510 7 0.01
511 8 0.01
512 290 0.28
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514 69 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (513 bp):
AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
TACATTTTTATTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCTATC
CATTTGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCGTCGAAAGTCTTATTACACGCTTTAAAT
GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTGTGGTCAAAATAAATTAT
ATTTTAATGTGTCTCACGAGAAACGTGAAGGAAAAGCCATCTCATGACAAGAAACGTCCATTTAT
AGTCACTCAAACCATTAAAAGCCTTATTTCTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATT
CTAAGTTGAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGATTAAATATGAATATCTGTCTTGAGAAAC
ATGAAGCAAAAGACATCCATTAACAAAAAAAGCCTATTTACAGCCACTCAAGCCAGTG
Found at i:32476 original size:141 final size:141
Alignment explanation
Indices: 32314--32577 Score: 357
Period size: 141 Copynumber: 1.9 Consensus size: 141
32304 GAATGTTTAT
** ** * * *
32314 CTCGAGAAACATGAAGGAAAAGCTGTCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTCAAGCCG
1 CTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCCTCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCG
* * * * *
32379 TCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTTAAATATT
66 TCGAAAGCCTTATTACACGATTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTAAATATT
32444 TGAAAGTCTGC
131 TGAAAGTCTGC
* * *
32455 CTCGAGAAACGTGAAACAAAAGCCCTCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
1 CTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCCTCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCG
* * * *
32520 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATGATCTAATAATTAATTTTAAGTT
66 TCGAAAGCCTTATTACACGATTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTT
32578 CAATTTTATT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 19, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
141 104 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (141 bp):
CTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCCTCCACTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCG
TCGAAAGCCTTATTACACGATTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTAATTTTAAGTTAAATATT
TGAAAGTCTGC
Found at i:32715 original size:312 final size:313
Alignment explanation
Indices: 32137--32745 Score: 762
Period size: 312 Copynumber: 1.9 Consensus size: 313
32127 TATATGAATA
* ** * **
32137 TCTGCTTCGAGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTTT
1 TCTGCCTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTCA
* * * * * *
32202 AGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATGGTTTTACATTTTCATAATTGATTTTAAGTTG
66 AGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTACATTCTAATAATTAATTTTAAGTTC
* * * * * * *
32267 AATTTTTTTATATATTTTTTTAAAATAAATTATAACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGGA
131 AATTTTATTACATATTTTGTTAAAATAAATTACAACTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCA
** * * * * **
32332 AAAGCTGTCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCGCTCAAGCCGTCGAAAGCCTTATTACAC
196 AAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTATTACAC
* *
32397 GCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTTTAAGTTAAATATTTGAAAG
261 GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATATTTGAAAG
* * *
32450 TCTGCCTCGAGAAACGTGAAACAAAAGCCCTCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTC
1 TCTGCCTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACTC
* *
32514 AAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATGA-TCTAATAATTAATTTTAAGT
65 AAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTA-CATTCTAATAATTAATTTTAAGT
* *
32577 TCAATTTTATTACAT-TTTCTGTTAAAATATATTACAACTGAATGTCTACCTCGAGAAACATTAA
129 TCAATTTTATTACATATTT-TGTTAAAATAAATTACAACTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAA
* * *
32641 GCAAAAGCCATCCATTTG-TAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCCTTAAAAAACTTATT
193 GCAAAAGCCATCCA-CTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTATT
* *
32705 ACTA-GCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
257 AC-ACGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAA
32746 ATTGAATTTT
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 41, Indels: 11
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
311 3 0.01
312 180 0.72
313 65 0.26
314 2 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (313 bp):
TCTGCCTCGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTCA
AGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTACATTCTAATAATTAATTTTAAGTTC
AATTTTATTACATATTTTGTTAAAATAAATTACAACTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCA
AAAGCCATCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTCAAAAAACTTATTACAC
GCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTAAATATTTGAAAG
Found at i:32872 original size:484 final size:484
Alignment explanation
Indices: 31976--32924 Score: 1217
Period size: 484 Copynumber: 2.0 Consensus size: 484
31966 TCTCCCTTGG
** *
31976 GAAACGTGAAGGAAAAGCCATCCATTGACAAGAAACGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATTAAA
1 GAAACGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATTAAA
* * * * * * *
32041 AGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTAC
66 AGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTATTAC
* * * * *
32106 ATTTGTTGTTAAAATAGATTATATATGAATATCTGCTTCGAGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCA
131 ATTTGTTGTTAAAATAGATTACATATGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
* * ** * * *
32171 TTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTTTAGCCTTTGAAAAGCCTTATTACTCGGTTTAAATG
196 TTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTTAAGCCCTTGAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATA
* * * *
32236 GTTTTACATTTTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATATTTTTTTAAAATAAATTATA
261 GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATATTTTTTTAAAACAAATTATA
* * ** * * *
32301 ACTGAATGTTTATCTCGAGAAACATGAAGGAAAAGCTGTCCACTGATAAGAAAAGTCCATTTCTA
326 ACTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGTACATTTATA
** * * *
32366 GTCGCTCAAGCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTCATTT
391 GTCAATCAAGCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTT
32431 TAAGTTAAATATTTGAAAGTCTGCCTCGA
456 TAAGTTAAATATTTGAAAGTCTGCCTCGA
* * * *
32460 GAAACGTGAAACAAAAGCCCTCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
1 GAAACGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATTAAA
* * *
32525 AGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATGATCTAATAATTAATTTTAAGTTCAATTTTATTAC
66 AGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTATTAC
* * *
32590 ATTT-TCTGTTAAAATATATTACA-ACTGAATGTCTACCTCGAGAAACATTAAGCAAAAGCCATC
131 ATTTGT-TGTTAAAATAGATTACATA-TGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* *
32653 CATTTG-TAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTTAAGCCCTT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTA
194 CA-TTGACAAGAAAAG-CCTATTTACAGTCACTTAAGCCCTTGAAAAAACTTATTACTAGCTTTA
* * *
32715 ATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATAT-TTTTTGTTAAAACATA
257 AATAGTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATATTTTT-TTAAAACAAA
** * * * * *
32779 TTATATTTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTACAT
321 TTATAACTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGTACAT
* * * *
32844 TTATAGTCAATCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATGATCTCATCAT
386 TTATAGTCAATCAAGCCGTCG-AAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGATTTTATAATCTCATAAT
*
32909 TGATTTTAAGTTAAAT
450 TCATTTTAAGTTAAAT
32925 TTTTTTACAT
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 65, Indels: 12
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
482 5 0.01
483 139 0.35
484 245 0.62
485 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (484 bp):
GAAACGTGAAACAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAACCATTAAA
AGCCTTATTACTCGATTTAAATGATTTTATAATCTAATAATTAACTTTAAGTTCAATTTTATTAC
ATTTGTTGTTAAAATAGATTACATATGAATATCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
TTGACAAGAAAAGCCTATTTACAGTCACTTAAGCCCTTGAAAAAACTTATTACTAGCTTTAAATA
GTTTTACAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTTTTTTATATATTTTTTTAAAACAAATTATA
ACTGAATGTTTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCACTGACAAGAAAAGTACATTTATA
GTCAATCAAGCCGTCGAAAGCCTTATTACACGCTTGAAATGATTTTATAATCTCATAATTCATTT
TAAGTTAAATATTTGAAAGTCTGCCTCGA
Found at i:32946 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 32443--32977 Score: 624
Period size: 171 Copynumber: 3.1 Consensus size: 169
32433 AGTTAAATAT
* * * * * *
32443 TTGAAAGTCTGCCTCGAGAAACGTGAAACAAAAGCCCTCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
32508 TCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATTATTTTATGATCTAATAATTAATTT
66 TCACTCAAGCC-TTGAAAAGCCTTATTACTCG-CTTAAATTATTTTATGATCTCATAATTGATTT
* * *
32572 TAAGTTCAATTTTATTACATTTTCTGTTAAAATATATTACAA
129 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAATATATTATAA
* * * *
32614 CTGAATGTCTACCTCGAGAAACATTAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAGAAAAGTCCATTTATAG
1 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* ** * * *
32679 TCACTTAAGCCCTT-AAAAAACTTATTACTAGCTTTAATTAGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
66 TCACTCAAG-CCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATTA-TTTTATGATCTCATAATTGATTT
* * * * *
32743 TAAATTGAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATTATAT
129 TAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATATTATAA
* * * * *
32785 TTGATTGTTTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTTATAG
1 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
* * *
32850 TCAATCAAGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTGAAATGATTTTATGATCTCATCATTGATTT
66 TCACTCAAGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCGCTT-AAATTATTTTATGATCTCATAATTGATTT
* *
32915 TAAGTTAAATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAAATTATAA
129 TAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAATATATTATAA
* *
32957 TTGAATGTCTCCCTCAAGAAA
1 TTGAATGTCTACCTCGAGAAA
32978 TGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 300, Mismatches: 56, Indels: 15
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 11 0.04
171 194 0.65
172 91 0.30
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
TTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAG
TCACTCAAGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTAAATTATTTTATGATCTCATAATTGATTTTA
AGTTAAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAA
Found at i:33374 original size:171 final size:171
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33070 NNNNNNNNNN
* * * *
33080 TAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTACATTTTT-AATGAAATAA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAA
* * * ** **
33144 ATTATAACTGAATGTCTACTTTGGGAAACGTAAAGCAAAAGGTATCTATTGGTAAGAAAAGTTTA
66 ATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCAA
* * **
33209 TTTATCA-TCTCTCAAGCCTTTGATAGTTTTATTA-CTCACTT
131 TTTAT-AGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACCT-ACTT
* * * *
33250 TAAATGGTTTTATAATATCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATAA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAA
* * * *
33315 ATTATAACTGAATGTCTGCCTTGAGAAACGTGATGCACAA-GTCATCCATTGACAAGAAAAGTCA
66 ATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAAGGT-ATCCATTGACAAGAAAAGTCA
* *
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130 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACCTACTT
* * * *
33421 TAAATGATTTTATAGTCTCGTAATTGATTTGAAGTTGAATGTTTTTACATTGTTTG-TTAAAATA
1 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGATTAAAATA
* ** * ** * ** ** *
33485 GATTATATTTAGCTAT-T-TACCTCAAAAAACACAAAGCAAAAGCCATCCATTGACAGGAAAAGT
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* *
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ATTATAACTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAAGGTATCCATTGACAAGAAAAGTCAA
TTTATAGTCACTCAAGCCTTCGATAGCCTTATTACCTACTT
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*
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * ** * * * *
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* * * *
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** * * ** * * **
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* * ** * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
** * * * * **
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66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * * * * *
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* * ** * ** ** * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * *
35695 CTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAATTTTTGATT
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* *
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* *** * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * * * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * * *
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* *
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* * * * * * * **
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1 GCAAAAGCCATCCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * ** *
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** * * * * * * *
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128 GTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA
** * * * ** *
36487 GCAAAAGCCATCCATTGACAA-AAGAAGTTTATTTATTGTCGCTCAAGTCTTCAAAATCCTTATT
1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
** ** * * * * *
36551 ACTCGTTTTAAATTATTTTATAGTCTCATAATTGATTCTAAGTTGAAGTTTTTTATATTTGTGGT
65 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT
* * * * *
36616 TAAAATAAATTATAACTGAATGTCTCCCTCAGGAAACATGAA
130 TAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAA
* * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
** * * *
36723 CAAACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTT
66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * *
36788 AAAATAAAATT-T-ATCTGAATGT-TAGCCTCAGGAAACATGAA
131 AAAAT-AGATTATAAT-TGAATGTCT-GCCTTAGGAAACGTGAA
* * ** ** * * * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * * *
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66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * *
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131 AAAATAGATTATAATTGAATGT-CTGCCTTAG-GAAACGTGAA
* * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
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66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * ** * *
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* * * * * * **
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* *
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* * * * *
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* * * * * ** *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
** * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** **
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* *
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** * * * * **
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* * * *
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1 GCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * **
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* * * * * *
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* * **
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66 CTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTT
* * * * * * *
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** ** * * *
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* * *
38756 ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTGAT
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* * * * * * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* * * ** *
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** * * * * * * **
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* * * * * *
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* * * * * *
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*
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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** **
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39694 TCTGCCTTGGGAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTCTACTTATAGTCAC-CC
130 TCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
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39758 ATTCTTTCAAAAACCTTATTACTTGCTTTGAATGGTTTGATAACCTCATAACTGATTTTAAGTTG
195 AGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA
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39823 AATTGTTTTGCATTTTTATTTAAAATATATTCTAATTGAATGT-TTGCTTCTGGAAACATGAATC
259 AATT-TTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTGAAGC
* *
39887 AAAAGCCATCCATTGGCAAG
322 AAAAGCCATCTATTGACAAG
* * * * *
39907 AAAAGTCCTTTTATAGTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCGTATTACTCA-CTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACT-AGCTTTAAATGGTTTTATA
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39971 ATCTTATTATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTTGA-ATTTTTTATTAAAACAGATTAT-ATTGGA
65 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TT-ACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATT-GA
* * * *
40034 ATGTCTGTCTCAGGAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCCATTGACATGAAAAGT
127 ATGTCTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGT
40084 TTATTTATCA
Statistics
Matches: 4263, Mismatches: 853, Indels: 332
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
330 4 0.00
331 132 0.03
332 6 0.00
333 132 0.03
334 85 0.02
335 182 0.04
336 2 0.00
337 1 0.00
338 7 0.00
339 167 0.04
340 674 0.16
341 1307 0.31
342 807 0.19
343 411 0.10
344 222 0.05
345 120 0.03
346 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGT
CTGCCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGCAAAA
GCCATCTATTGACAAG
Done.