Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398247.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_155.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15595
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Warning! 3082 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:494 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 1--830 Score: 876
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 168
* **
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTT-TATTAAAACATTCTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGT-TTAAAACAGACTATAATTG
* * * *
65 AATGTCTACCTTAAGAAAAATTAAGAAACAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
130 TTTATTCCTTAAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTT
129 TCTATT-CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * *** * * * *
171 TATAATCTCAAAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTACAGGTTAAAACAGATTACATTT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AA-TTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
236 GAATGTTTTCCTTAAGAAGCATGAAAAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
64 GAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
301 ACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTT
128 ATCTATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
343 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTTTGTTTAAAATAAACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTT-TACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTG
* *
408 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
65 AATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAA-AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * *
473 TCTATTCGTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
129 TCTATTC-TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
514 TATAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAACAGACTATAAAT
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTT-GTTTAAAACAGACTATAATT
* * * *
578 AAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
64 GAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAA-AGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
643 AACTGTTTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAATTAGTTT
128 ATCT-ATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
* * * * ** * * *
685 TCTGGA-CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTATCATTGAAATAGACTGTAATT
1 TAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATT
** * * * * ** *
749 GAATGTCTATATCGAA-AAACGTGTAGAAAAATGCATTCATTGGTCAAAAAAAGTTTATTTATAA
64 GAATGTCTACCT-TAAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAG
* *
813 TCACCCATTCTTTCAAAA
126 TCATCTATTC-TTCAAAA
831 TCTCAAAATT
Statistics
Matches: 550, Mismatches: 92, Indels: 34
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 32 0.06
171 339 0.62
172 179 0.33
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (168 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGTTTAAAACAGACTATAATTGA
ATGTCTACCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC
TATTCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
Found at i:697 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 1--811 Score: 970
Period size: 342 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
* * **
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACATTCTATAATTGA
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTT-TTAAAATAAACTATAATTGA
* * * *
66 ATGTCTACCTTAAGAAAAATTAAGAAACAAACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTT
65 ATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTT
* * * * *
131 TTATTCCTTAAAAAGCCTTATAACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAGGT
130 CTATTCCTTAAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGT
* ** * * * *
196 TCAATTTTTTTTACATTACAGGTTAAAACAGATTACATTTGAATGTTTTCCTTAAGAAGCATGAA
195 TCAATTTTTTTTACATTACAGGTTAAAACAGACTACAAATAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAA
261 AAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
260 AAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTA
* * *
326 CTTGCTTTAAATGGTTT
325 CTCGCTATAAATAGTTT
343 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTTTGTTTAAAATAAACTATAATTG
1 TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTT-TACATTTTT-TTTAAAATAAACTATAATTG
408 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
64 AATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCT
* * * * *
473 TCTATTCGTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAG
129 TCTATTCCTTAAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAG
* ** * * *
538 TTGAA-TTTTTTTACATTTTTA-GTTAAAACAGACTATAAATAAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
194 TTCAATTTTTTTTACA-TTACAGGTTAAAACAGACTACAAATAAATGTCTACCTTAAGAAACATG
* * * **
601 -AAGAAAAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTGTT-TCTTCAAAAGCCTT
258 AAAAAAAAG-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCT-TTCAAAAGCCTT
*
664 ATTACTCGCTATAATTAGTTT
321 ATTACTCGCTATAAATAGTTT
* * * ** * * *
685 TCTGGA-CTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTATCATTGAAATAGACTGTAATT
1 TAT-AATCTCATAATTGATTTTAAGT-TAATTTTTTTACATTT-TTTTTAAAATAAACTATAATT
** * * * **
749 GAATGTCTATATCGAA-AAACGTGTAGAAA-AATGCATTCATTGGTCAAAAAAAGTTTATTTATA
63 GAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAACAA-GCATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATA
812 ATCACCCATT
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 55, Indels: 21
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
341 10 0.02
342 216 0.54
343 176 0.44
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
TATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTTTTAAAATAAACTATAATTGAA
TGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC
TATTCCTTAAAAAGCCTTATAACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTT
CAATTTTTTTTACATTACAGGTTAAAACAGACTACAAATAAATGTCTACCTTAAGAAACATGAAA
AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTTTCAAAAGCCTTATTAC
TCGCTATAAATAGTTT
Found at i:1158 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 829--1293 Score: 623
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 170
819 ATTCTTTCAA
* * * *
829 AATCTCAAAATTTA-TTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTAAGTTAAAACAGATTATAATTAAA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTATATTTTGA-TTAAAACAGATTATAATTGAA
893 TGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTCACA
64 TGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACA
*
957 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTAT
129 CATTCCTTCAAAACCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
999 TATCTCAAAATTGATTTTATGTTCAATGTTTTTTATATTTTGATTAAAACAGACTATAATTGAAT
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT-TTTTTTATATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAAT
* * * * * * * *
1064 GTTTACCTTGAGGAACTTCAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTGTC-C
65 GTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA--GTCAC
* *
1128 TC-TTCCTTCAAAACCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
128 ACATTCCTTCAAAACCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTAT
** * * *
1170 AATCTCAAAATTGATTTTGGGTTCAATTTGTTTTACATTATTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTT-TTTTATATT-TTGATTAAAACAGATTATAATTGAA
*
1235 TGTCCACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
64 TGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
1294 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 34, Indels: 12
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 71 0.28
171 106 0.42
172 74 0.29
173 3 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTATATTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATG
TCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACA
TTCCTTCAAAACCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTAT
Found at i:1293 original size:482 final size:483
Alignment explanation
Indices: 346--1293 Score: 1151
Period size: 482 Copynumber: 2.0 Consensus size: 483
336 ATGGTTTTAT
* * * *
346 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTTTGTTTAAAATAAACTATAATTGAAT
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTTAGTTTAAAACAAACTATAATTAAAT
* *
411 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCT
66 GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACC
* * * * *
476 ATTCGTTCAAAGGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCACATAATTGATTTTAAGTTG
131 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTC
* *
541 AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGACTATAAATAAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
196 AATTTTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGACTATAAATAAATGTCTACCTTGAGAAACGTCAAGAA
* * * * * * *
606 AAGAGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAACTGTTTCTTCAAAAGCCTTATTACTC
261 AAAAGCATTAATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAACTCTTCCTTCAAAACCCTTATTACTC
* * * * * * *
671 GCTATAATTAGTTTTCTGGACTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTTATCATTGAA
326 ACTATAAATAGTTTTATGAACTCAAAATTGATTTTAAGTACAATTTTTTTACATTTATCATTAAA
* * * * * * * *
736 ATAGACTGTAATTGAATGTCTATATCGAAAAACGTGTAGAAAAATGCATTCATTGGTCAAAAAAA
391 AAAGACTATAATTGAATGTCCACATAGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTCAAAAAAA
**
801 GTTTATTTATAATCACCCATTCTTTCAA
456 GTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAA
* * * * *
829 AATCTCAAAATTTA-TTTAAGTTTAATTTTTTTTATATTTTAAG-TTAAAACAGATTATAATTAA
1 AATCTCAAAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTATACATTTT-AGTTTAAAACAAACTATAATTAA
892 ATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAA-AAGGCATTCATTGGCAAG-AAAGTCCATTTATAGTC
64 ATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGAAACAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
954 -ACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTA
127 TAC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATTGATTTTA
* * * * * * *
1018 TGTTCAATGTTTTTTATATTTTGA-TTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTACCTTGAGGAACTT
191 AGTTCAAT-TTTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGACTATAAATAAATGTCTACCTTGAGAAACGT
***
1082 CAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTGTCCTCTTCCTTCAAAACCCTTA
255 CAAGAAAAAAGCATTAATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAACTCTTCCTTCAAAACCCTTA
* * ** *
1147 TTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCAAAATTGATTTTGGGTTCAATTTGTTTTACA-TTA
320 TTACTCACTATAAATAGTTTTATGAA-CTCAAAATTGATTTTAAGTACAATTT-TTTTACATTTA
** * * *
1210 TTGGTTAAAAAAGATTATAATTGAATGTCCACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
383 -TCATTAAAAAAGACTATAATTGAATGTCCACATAGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGG
*
1275 -CAAGAAAAGTCCATTTATA
447 TCAAAAAAAGTCCATTTATA
1294 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 390, Mismatches: 66, Indels: 19
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
481 2 0.01
482 232 0.59
483 155 0.40
484 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (483 bp):
AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTATACATTTTAGTTTAAAACAAACTATAATTAAAT
GTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAACAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTACC
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAATCACAAAATTGATTTTAAGTTC
AATTTTTTTACATTTTGAGTTAAAACAGACTATAAATAAATGTCTACCTTGAGAAACGTCAAGAA
AAAAGCATTAATTGGCAAGAAAACTCCATTTATAGTCAACTCTTCCTTCAAAACCCTTATTACTC
ACTATAAATAGTTTTATGAACTCAAAATTGATTTTAAGTACAATTTTTTTACATTTATCATTAAA
AAAGACTATAATTGAATGTCCACATAGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTCAAAAAAA
GTCCATTTATAATCACCCATTCTTTCAA
Found at i:3760 original size:170 final size:167
Alignment explanation
Indices: 3348--4969 Score: 1251
Period size: 170 Copynumber: 9.5 Consensus size: 167
3338 NNNNNNNNNN
* * * * * *
3348 TTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTG
* * * *
3413 AGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATG--GTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGACTTTT
* * * *
3476 TCTACACGTTTCTCATGGCA-AGCATTCAATTATAGTCTGT
129 TCTTCATGTTTCT-AAGGCAGA-CATTCAATTATAGTATGT
** * *
3516 TTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAAGT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGT
* * * *
3580 AAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTT
64 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGACTTT
* * * * *
3645 TTCTTCATGTTACATAAGGTAGATATTCACTTATAATATGT
128 TTCTTCATGTTTC-TAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGT
* * *
3686 TTTTACCAAAAATATAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAGATCATTTAAAGTG
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA-ACCATTTAAAGTG
* * * * * *
3751 AGTAATAAGGCTTTTCGAAAGCATGGGTAACTATAAATTGACTTTTCTTGTCAATGAATGGA-TT
65 AGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAAT-GACTT
* * * * * ** *
3815 TTTCTTTATATTTTCTATGACAGACATTCAATTGTTTTTTGT
127 TTTCTTCAT-GTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGT
* * * * * * *
3857 TTTAACTAAAACTATAAAAGAAATTCAACTTGAAATCAATAATGTGATTCTAAAACTATTTAAAG
1 TTTAACCAAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAG
* * * * * * *
3922 TGAGTGATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTT
63 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAATAAATGACTT
* * * ** *
3987 TTTCTTCATATTTCCCATA-GCAGACATTCAATTGTTTTTTGT
127 TTTCTTCATGTTT-CTA-AGGCAGACATTCAATTATAGTATGT
* * * * * *
4029 TTCAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGT
* * * * *
4094 GAGGAATAAAGCTTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAAA-GGAGCTTTTCTTGTCAATGAATGCC
64 GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA-ATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTT-CCAATAAATGAC
* * *
4157 TTTTTCTTCATGTTTCCCATGGCAGACATTCAATTATTA-TTTGT
125 TTTTTCTTCATGTTT-CTAAGGCAGACATTCAATTA-TAGTATGT
* * * * * *
4201 TTCAA-CAAAAAAATACAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATCT-TGAAACCATTTAAGGC
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TAT-AAACCATTTAAAGT
** ** * ** * *
4264 GAACAATAAGGCTTACGAAGGTACAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAAATAAATGGGATT
64 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTC-CAATAAAT--GACT
* * * *
4329 TTTTCTAT-ACGGTTCCTGAA-GCAGGCATTCAATTATAGTCA--A
126 TTTTCT-TCA-TGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAGT-ATGT
* *
4371 TTTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTG
* * * * *
4435 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTCAAATTAAATGAGTTTT
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAA-TAAATGACTTTT
* * * *
4500 T-TTACACGTTTCCTAAGGCA-AGCATTTAATTATAGTCTAT
129 TCTT-CATGTTT-CTAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTATGT
* *
4540 TTTAA-TAAGAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTAACCAA-AAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGT
* ** * * *
4604 GAGTAATAATGCTTTAAAAGGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATAAGTTT
64 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCC-AATAAATGACTTT
* * * *
4669 TTCTACATGTTTCTCGATGCAGACATTCAATTATTG-ACTGT
128 TTCTTCATGTTTCT-AAGGCAGACATTCAATTATAGTA-TGT
* * *
4710 TTTAACCATAAAGGTA-AAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAG
1 TTTAACCA-AAA-ATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-CCATTTAAAG
* * * * * * *
4774 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAGTATATAT-GAATTTTCCTTTCAAATAAAT-AGG
63 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-C-TTCCAATAAATGA-C
* * * * * **
4837 TTTTTATACACAT-TTTCTAAGACA-AGTATTTAATTATAGTCGGT
125 TTTTTCT--TCATGTTTCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAGTATGT
** * *** **
4881 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAACGAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
1 TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAACCATTTAAAGTG
*
4946 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
65 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
4970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 202, Indels: 122
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 1 0.00
167 6 0.01
168 133 0.11
169 50 0.04
170 460 0.39
171 298 0.25
172 184 0.15
173 56 0.05
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
TTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAACCATTTAAAGTGA
GTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAATAAATGACTTTTTC
TTCATGTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAGTATGT
Found at i:4330 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 4296--4335 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
4286 ACAGGTGACT
4296 ATAAATGGACTTTTCTTCTAA
1 ATAAATGGACTTTT-TTCTAA
4317 ATAAATGGGA-TTTTTTCTA
1 ATAAAT-GGACTTTTTTCTA
4336 TACGGTTCCT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 3
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.28
21 10 0.56
22 3 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.10, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
ATAAATGGACTTTTTTCTAA
Found at i:4734 original size:511 final size:498
Alignment explanation
Indices: 3348--4969 Score: 1574
Period size: 511 Copynumber: 3.2 Consensus size: 498
3338 NNNNNNNNNN
* * *
3348 TTTAACAAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGTG
1 TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* *
3413 AGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGG-TTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAATAAATGGTTTTT
* * *
3477 CTACACGTTT-CTCATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTCA
130 TTACACGTTTCCT-AAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATGTAAAAAATTAA
* * *
3541 ACTTAAAAGT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
193 ACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTAGAAGGAATG
* * * *
3605 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACAT-AAGGTAGAT
257 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-TCAATGCAGAC
* * * *
3669 ATTCACTTATAATATGTTTTTACCAAAAATATAAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTA
321 ATTCAATTAT--TATGTTTTAACCAAAAATA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * *
3734 TAAGATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAAAGCATGGGTAACTATAAATTGACTTTTCT
383 TAA-ACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTTCG-AAGGA-AGGTGACTATAAA-TGACTTTTCT
* * * * * * ** *
3799 TGTCAATGAATGGATTTTTCTTTATA-TTTTCTATGACAGACATTCAATTGTTTTTTGT
443 T-TAAATAAATGGATTTTT-TATATACTTTTCTAAGACAGGCATTCAATT-ATAGTCGT
* * * * * * *
3857 TTTAACTAAAACTATAAAAGAAATTCAACTTGAAATCAATAATGTGATTCTAAAACTATTTAAAG
1 TTTAACAAAAAATAT-AAA-AAATTCAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *
3922 TGAGTGATAAGGCTTTTGAACGCATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTT-ATCAATGAATGGCT
64 TGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCA--AATAAATGG-T
** * * ** * * *
3986 TTTTCTT-CATATTTCCCATA-GC-AGACATTCAATTGTTTTTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAA
126 TTTT-TTACACGTTTCCTA-AGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATGTAAAA
* * * * *
4048 CAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGGAATAAAGCTTTTCGA
187 -AATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGC-TTTAGA
* *
4113 A-GACATGGGTGACTATAAA-GGAGCTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-CC
250 AGGA-ATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCA
*
4175 ATGGCAGACATTCAATTATTATTTGTTTCAA-CAAAAA-AATACAAAATTCAACTTAAAATCAAT
313 AT-GCAGACATTCAATTATTA--TGTTTTAACCAAAAATAA-A-AAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * ** *
4238 TATAAGATCT-TGAAACCATTTAAGGCGAACAATAAGGCTTACGAAGGTACAGGTGACTATAAAT
373 TATAAGAT-TAT-AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG-A-AGGTGACTATAAAT
* * *
4302 GGACTTTTCTTCTAAATAAATGGGATTTTTTCTATACGGTTCCTGAAG-CAGGCATTCAATTATA
434 -GACTTTTCTT-TAAATAAAT-GGATTTTTTATATAC-TTTTCT-AAGACAGGCATTCAATTATA
**
4366 GTCAA
494 GTCGT
* * * *
4371 TTTAAC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
1 TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
* * *
4435 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTCTTCAAATTAAATGAGTTTT
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCAAA-TAAATG-GTTTT
* * *
4500 TTTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTATTTTAATAAGAAATATAAAAAATTAA
129 TTTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAA-AAATGTAAAAAATTAA
* * * *
4565 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTAAAAGGAATGG
193 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTAGAAGGAATGG
* * *** * *
4630 GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATAAGTTTTTCTACATGTTTCTCGATGCAGACA
258 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGCAGACA
* *
4694 TTCAATTATTGACTGTTTTAACCATAAAGGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTA
322 TTCAATTATT-A-TGTTTTAACCA-AAA-ATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTA
* * * * *
4759 TAAAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAGTATATATGAATTTTCCTT
383 TAAA-CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAA-G-GTGACTATAAATGACTTTT-CTT
* * * *
4824 TCAAATAAATAGG--TTTTTATACACATTTTCTAAGACAAGTATTTAATTATAGTCGGT
444 T-AAATAAAT-GGATTTTTTATATAC-TTTTCTAAGACAGGCATTCAATTATAGTC-GT
* * * * * **
4881 TTTAATAAAAAATATAAAAAATTTAACTTAAACGAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACG
1 TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
4946 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
66 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
4970 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
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516 2 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (498 bp):
TTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
AGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTCAAATAAATGGTTTTTT
TACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATGTAAAAAATTAAACT
TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAAGCTTTAGAAGGAATGGGTG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAATGCAGACATTCA
ATTATTATGTTTTAACCAAAAATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAACCAT
TTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAAGGTGACTATAAATGACTTTTCTTTAAATAAATGGA
TTTTTTATATACTTTTCTAAGACAGGCATTCAATTATAGTCGT
Found at i:4870 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 3348--4969 Score: 1463
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 337
3338 NNNNNNNNNN
* * * * *
3348 TTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAAGCAATAATGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
3412 GAGTAATAAGGCTTTTGAATGAATGGGAGACCATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGG-TTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GACTTTTCTTTCAAATAAATGGTTTT
* *
3476 TCTACAC-GTTTCTCATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATGAAAAATGTAAAAAATTC
130 TCTACACATTTTCT-ATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAATTC
* * *
3540 AACTTAAAAGT-AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
193 AACTTAAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAAT
* * ** * * ** * * *
3604 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACATAAGGTAGAT
257 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTC-CGATGCAGAC
*
3669 ATTCACTTATAAT-A-TGT
321 ATTCAATTAT--TGACTGT
* * * * *
3686 TTTTACCAAAAATAT-AAAAAATTCAAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAGATCATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * *
3750 GAGTAATAAGGCTTTTCGAAAGCATGGGTA-ACTATAAATTGACTTTTCTTGTC-AATGAATGGA
66 GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGGG-AGACTATAAA-TGACTTTTCTT-TCAAATAAATGG-
** * * * ** * *
3813 TTTTTCTTTATATTTTCTATGAC-AGACATTCAATTGTTTTTTGTTTTAACTAAAACTATAAAAG
126 TTTTTCTACACATTTTCTATGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAA-TAAAAATAT-AAA-
* * * * * * * *
3877 AAATTCAACTTGAAATCAATAATGTGATTCTAAAACTATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAA
187 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAA
* * * * * * * *
3942 CGCATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATG-GCTTTTTCTTCATATTTCCCATA
252 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGAG-TTTTTCTACATGTTTCCGAT-
* ***
4006 GCAGACATTCAATTGTTTTTTGT
315 GCAGACATTCAATTATTGACTGT
* * * * * *
4029 TTCAACCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGC
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * * * *
4094 GAGGAATAAAGCTTTTCGAA-GACATGGGTGACTATAAAGGAGCTTTTCTTGTC-AATGAATGCC
66 GAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA-ATGGGAGACTATAAATGA-CTTTTCTT-TCAAATAAATG-G
* ** * * * * * * *
4157 TTTTTCTTCATGTTTCCCATGGC-AGACATTCAATTATTA-TTTGTTTCAACAAAAAAATACAAA
126 TTTTTCTACACATTTTCTATGGCAAG-CATTCAATTA-TAGTCTGTTTTAATAAAAATATAAAAA
* * * **
4220 ATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATCT-TGAAACCATTTAAGGCGAACAATAAGGC-TTACGAA
189 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT-TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTA-GAA
* ** * * * * *
4283 GGTACAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAAATAAATGGGATTTTTTCTATACGGTTCCTG
252 GGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAC-CAATAAAT--GAGTTTTTCTACATGTTTCC-G
* * * * **
4347 AAGCAGGCATTCAATTATAGTC-AA
313 ATGCAGACATTCAATTATTGACTGT
*
4371 TTTAA-CAAAAATGT-AAAAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* *
4434 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGGATTTTTC-TTCAAATTAAATGAGTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAAT-GACTTTTCTTTCAAA-TAAATG-GTT
* * * * * *
4498 TTTTTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTTAATTATAGTCTATTTTAATAAGAAATATAAAAAATT
128 TTTCTACACATTTTCTATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAA-AAATATAAAAAATT
* * * *
4563 AAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTAAAAGGAAT
192 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAAT
* *
4628 GGGAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATAAGTTTTTCTACATGTTTCTCGATGCAGA
257 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACC-AATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTC-CGATGCAGA
4692 CATTCAATTATTGACTGT
320 CATTCAATTATTGACTGT
* * * * *
4710 TTTAACCATAAAGGTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAAAGCCATTTAAAGT
1 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
* * * *
4775 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGAGTATATATGAATTTTCCTTTCAAATAAATAGGTTT
66 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGACTTTT-CTTTCAAATAAAT-GGTTT
* * * * * * *
4840 TTATACACATTTTCTAAGACAAGTATTTAATTATAGTCGGTTTTAATAAAAAATATAAAAAATTT
129 TTCTACACATTTTCTATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAT-AAAAATATAAAAAATTC
*** * * *
4905 AACTTAAACGAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
193 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATG
4970 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1043, Mismatches: 194, Indels: 91
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
337 2 0.00
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345 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (337 bp):
TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGAGACTATAAATGACTTTTCTTTCAAATAAATGGTTTTT
CTACACATTTTCTATGGCAAGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAATAAAAATATAAAAAATTCAAC
TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGAATGGGT
GACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATAAATGAGTTTTTCTACATGTTTCCGATGCAGACATTCA
ATTATTGACTGT
Found at i:6986 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6542--6992 Score: 423
Period size: 168 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
6532 NNNNNNNNNG
* ** * * * *
6542 AATTTTTTAACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGT-TTCACTCGAGAAACAT-AGAG
1 AATTTTTTTACATTTTTTGCAAAAACAAATTATAATTGAATGTCTAC-CTTGAGAAACGTGA-AG
* * * * **
6605 AAAAATGCATTCATTGGAAAAAAAAGTCCATTTACAGTCACCTATTTTTTCAAAAGCCTTAGTAC
64 AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTAC
*
6670 TCACGTTAAATGATTTTATAGTCCCAAAATTGATTTTAAGTTC
129 TCACGTTAAATGATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTC
* * * * *** *
6713 AATCTCTTTAC-TTTTTTTCTAAAAACATATTATAATTGAA--TCTATGATGAGAAACGTGAAGG
1 AATTTTTTTACATTTTTTGC-AAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGA
* ********** *
6775 AAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGNNNNNNNNNNGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA-TTCT
65 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACT
* * *
6839 CAC-TTGAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTTATTTTAAGTTC
130 CACGTT-AAATGATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTC
* *
6881 AATTTTTTTACATTTTTAGCCAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGTA-AAACGTGAAGA
1 AATTTTTTTACATTTTTTGCAAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTG-AGAAACGTGAAGA
* * *
6945 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCGTTCCT
65 AAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCT
6993 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 59, Indels: 17
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AATTTTTTTACATTTTTTGCAAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAA
AAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTACAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTAGTACTC
ACGTTAAATGATTTTATAATCCCAAAATTGATTTTAAGTTC
Found at i:7879 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 7582--8072 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 2.9 Consensus size: 171
7572 NNATAATCTT
*
7582 ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTAGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTCTGC
1 ATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAAATAACAATTGAATGTCTGC
* ** * * * * *
7646 CACAGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTTATAAGTAAACTTGATTTATAGTCACCCATGTCT
65 TATGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * ****
7711 TCGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAANNNN
130 TCGAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTAAAATCAC
****** ** *
7753 NNNNNNGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATGGAAACAAATAACAATTGAATGTTTGC
1 ATAACTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTTATTAAAACAAATAACAATTGAATGTCTGC
* * *
7818 TATGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAG-TCTAGTTAGAGTTACCCATGCC
65 TATGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTTC-ATTTATAGTCACCCATGCC
* *
7882 TT-TAAAAGCCTTATCACTCACCTTAAATAGTTTTAAAATCAC
129 TTCGAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTAAAATCAC
* * ** * *
7924 ATAACTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAAAAAATAACAATTAAATGTCTG-
1 ATAACTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATAACAATTGAATGTCTGC
* *
7988 TCATGGGAAACATGAAGAAAAA-GCTATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATGC
65 T-ATGGGAAACATGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGC
8052 CTTCGAAAAGCCTTATTACTC
128 CTTCGAAAAGCCTTATTACTC
8073 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 260, Mismatches: 52, Indels: 15
0.80 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 147 0.57
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ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
ATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTATTAAAACAAATAACAATTGAATGTCTGCT
ATGGGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGATAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTT
CGAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAATAGTTTTAAAATCAC
Found at i:9460 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8802--9473 Score: 509
Period size: 169 Copynumber: 4.0 Consensus size: 170
8792 NNNNNNNTTT
* ** * * *
8802 AAGTTGAATTTTTTATATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATG-CT-TGTAATAGGAAACG
1 AAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCT-CTAAGAAACA
* * * *
8865 TGTAGAAAAACCATTTATTTGGAAGGAAAGTCCATTTATGTTCTCCCATTCATTCAAAAGCCTTA
65 TGAAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTA
********** * *
8930 TTACTCACTTTAAATGGTTNNNNNNNNNNATTATTGCTTTT
130 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTA
* ** * *
8971 AAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACCT-TAAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAGAAACAT
* ** ** * *
9035 AAAGAAAAA-GGTATTCCTTGGCAAGAAAAGTCTATTTAT-AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT
66 GAAGAAAAACCAT-TTATTTGG-AAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATTCAAAAGCCT
*** ** *******
9098 TATCGGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATNNNNNNN
128 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTA
***
9141 NNNTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGAC-ATAATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACAT
1 AAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAGAAACAT
* * * * * * *
9204 GAAGAAAAAAGCATTCATTGGGAAAAAAAGTCCATTTATGATCACTCGTTCCTTCAAAAGCCTTA
66 GAAG-AAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTA
***********
9269 TTACTTNNNNNNNNNNGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTA
130 TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTA
* * * * *
9310 AAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAGACAGACTATAATTAAATG-CTTGCCTCTGA-AAACG
1 AAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTC-TACCTCTAAGAAACA
* ***
9373 TGTAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTAT-AGTCTTTCATTCATTCAAAAGCCTT
65 TGAAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATGA-TCACCCATTCATTCAAAAGCCTT
* *
9437 ATTACTCACTTTAAATAGTTTTATACTCTCATAATTG
129 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
9474 ATTTTNNNNN
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 112, Indels: 26
0.73 0.22 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 256 0.68
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAGTTGAATTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCTAAGAAACAT
GAAGAAAAACCATTTATTTGGAAGAAAAGTCCATTTATGATCACCCATTCATTCAAAAGCCTTAT
TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGCTTTA
Found at i:10193 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 9907--12482 Score: 2202
Period size: 171 Copynumber: 15.0 Consensus size: 170
9897 NNNNNNNNNN
* *
9907 TTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTCTTAA-CTAAAAATGTAAACAAAATT
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAATCAAAAAATGT-AA-AAAATT
* * * ********** * *
9970 GAACTTAAAATAAATTTTGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCAAT
63 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
** *
10035 TAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAGTGAATGCCTTTTTC
128 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* * * *
10079 TTCATGTTACATGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAGAATTGA
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAA-AATTCA
* * * *
10144 ACTTAATATCAATTTTGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGG
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
10209 ATGAGTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATCAATGCCTTTTTC
130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGCCTTTTTC
* * * *
10251 TTCACGTTACATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAATTCAA
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAATTCAA
* * * * * * *
10315 TTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGA
66 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
* * *
10380 TGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
131 TGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* * * * **
10421 TTCATGTTTCACGAGATAGACATTCAATTGTAATCTATTTT-ATCCGAAAATGTAAAAAAATTCA
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGT-AAAAAATTCA
* * *
10485 ACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* *
10550 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATTCCTTTTTC
130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* *** * * * ** *
10592 TTCATGTTACGCAAGGTAGATATTCAATTATATTATGTTTTAA-CCTAAAATATAAAAAATTCAA
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAATTCAA
* * *
10656 CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCCGAAGGCATGG
66 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAGGAATGG
* *
10721 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTC
130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGCCTTTTTC
* * * *
10763 TTCATGTTTCCCAT--GGTAGACATTCAATTGTTATTTGTTTTAA-CTAAAAATGTAAAACAATT
1 TTCATGTTT--CATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAA-AATT
* * * * * * *** * *
10825 CAACTTGAAATCAATCATGTGATTCTAAAA-CTATTTAAGGTGGGCGGTAAGGCTTTTAAAGGCA
63 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * *
10889 TGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGTTAATGAATGGCTTTTTT
127 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * * * * *
10934 TTCATATTTCCAATGA--CAGAGATTCAATTGTTATTTATTTCAA-CTAAAAATGTAAAACAATT
1 TTCATGTTT-C-ATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAA-AATT
* * * * *
10996 CAATTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGGAATAAAGCTTTTCGAA-GAC
63 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA-
* * *
11060 ATGGGTAACTATAAA-GGAGCTTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTC
126 ATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTCT-AATGAATGCCTTTTTC
* * * * * * * *
11106 TTCACGTTTC--GCATGGCAGACATTCAATTGTTATTTGTTTCAA-CAAAAAATGTACAACATTT
1 TTCATGTTTCATG-A-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTA-AAAAATT
* * * ** ** * *
11168 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTCTGAAATCATTTATGGTGAGTAATAAGGCTTACGAAGGTAC
63 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * *
11233 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCAAAGTAAATGGGACTTTTTC
128 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAA-TGAAT--GCCTTTTTC
** * * * * *
11279 AACACGGTTCCA-GAGGTAGGCATTCAATTATAGTCAGTTTTAA-C-AAAAATGTAAAAAATTCA
1 TTCA-TGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAATTCA
* * * * *
11341 ACTTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGG
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * **
11406 GAGACTATAAATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGGTTTTTC
130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * * *
11448 TAT-ATGTTTCCTAAGGCAGGCATTTAATTATAGTCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAATTTA
1 T-TCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAATTCA
* * *
11511 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTAGAAGGAATGG
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
11576 GAGACTATAATTGGACTTTTCTTTCAAATAAAT-CAGTTTTTC
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* *** * * * * * * *
11618 TAT-TTGTTTCCCAAGGTAGATAATCAATTATTGA-CTATTTTAA-CCATAAAGGTAAAAAATTT
1 T-TCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAA-TT
* * * **
11680 CAACGTAAAATCAATTATAAGATTATAGAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
63 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * * * **
11745 GAGAGAGTATATATGGACTTTTCTTCCAAATAAATGGATTTTTC
128 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* ** * * * * * * *
11789 TAGACAT-TTTC-TGATATAGGCATTCAATTGTAGTCTGCTTTCAT-AAAAAATATAAAAAGTTC
1 T--TCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGTAAAAAATTC
* * * *
11851 AACTTGAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
64 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* *
11915 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCATTTTC
128 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGCCTTTTTC
* * * *
11959 TTCATGTTTCATGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAAATTA
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGT--AAAAAATTC
* * * *
12023 AACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAGA-CTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAAT
64 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * ** *
12087 GGGTGAGTATAAATGAACTTTTCCCACTATTGAATGCCTTTTTC
128 GGGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTCTAATGAATGCCTTTTTC
* * *
12131 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCTATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAATATAAACAAAATT-
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGT-AA-AAAATTC
* * * *
12194 AACCTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAA-CTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAA
64 AA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* ** * * *
12258 TTGGTGACTATAAATATACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTAC
127 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTAATGAATGCCTTTTTC
* * * * *
12303 TTCACGTTTCATGAGGTAAACATTTAATTATAAACTGTTTTAA-C-TAAAATGTAAAAAAAAAAA
1 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAATCAAAAAATGT-----AAAAAA
* * * * *** **
12366 TTGAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCAATGAAAAA
61 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
*
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126 ATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-AATGAATGCCTTTTTC
12477 TTCATG
1 TTCATG
12483 NNNNNNNNNN
Statistics
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CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTAATGAATGCCTTTTTC
Found at i:10569 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9907--12482 Score: 2342
Period size: 172 Copynumber: 15.0 Consensus size: 171
9897 NNNNNNNNNN
* *
9907 TTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTCTTAACTAAAAATGTAAACAAAATTG
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* * ********** * * *
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* * * *
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* * * ** * *
10079 TTCATGTTACATGAGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAGAATTGA
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* * * * *
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65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* *
10486 CTTAAAATCAATTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
66 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
*
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131 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * * * *
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* * * *
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* *
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130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * *
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1 TTCATGTTTCACGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * * *** * *
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* ** * *
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130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * ** * * * * * * * *
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* * * * * *
10998 ATTTAAAATCTATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGGAATAAAGCTTTTCGAA-GACAT
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAGGA-AT
* * *
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* * * * * * * * * * * *
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1 TTCATGTTTCACGA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * ** ** * *
11170 ACTTAAAATCAATTATGAGATTCTGAAATCATTTATGGTGAGTAATAAGGCTTACGAAGGTACGG
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *
11235 GTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CAAAGTAAATGGGACTTTTTC
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** * * * * *
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* * * * *
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65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * **
11406 GAGACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTTC
130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTC
* * * * * * *
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1 T-TCATGTTTCAC-GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
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* * * * * *
11575 GGAGACTATAATTGGACTTTTCTTTCAAATAAAT-CAGTTTTTC
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* * * * * * * * * *
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1 T-TCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * * *
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64 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
* * * * * **
11746 AGAGAGTATATATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGATTTTTC
129 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTC
* * ** * * * * * ** * *
11789 TAGACAT-TTTC-TGATATAGGCATTCAATTGTAGTCTGCTTTCATAAAAAATAT-AAAAAGTTC
1 T--TCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTC
* * *
11851 AACTTGAAAGCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAAT
64 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* *
11915 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCATTTTC
128 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * *
11959 TTCATGTTTCATGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAA
1 TTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATTCA
* * * * *
12024 ACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGG
65 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGG
* * *** * *
12089 GTGAGTATAAATGAACTTTTCCCACTATTGAATGCCTTTTTC
130 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * *
12131 TTCATGTTTCATGAGGTAGACATTCTATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAAATT-A
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* * * * * *
12195 ACCTTAAAATAAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATT
65 A-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
** * *
12260 GGTGACTATAAATATACCTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTAC
129 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
* * * * * *
12303 TTCACGTTTCATGAGGTAAACATTTAATTATAAACTGTTTTAA-CTAAAATGTAAAAAAAAAAAT
1 TTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT----AAAAAAAT
* * * * *** **
12367 TGAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCAATGAAAAAA
62 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
*
12432 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTC
127 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
12477 TTCATG
1 TTCATG
12483 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1983, Mismatches: 377, Indels: 86
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 44 0.02
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175 5 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGG
TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
Found at i:10611 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 9907--12482 Score: 2264
Period size: 341 Copynumber: 7.5 Consensus size: 339
9897 NNNNNNNNNN
* * *
9907 TTCATGTTTCACGAGGTAGACATTCAATTATAATCT-TTCTTAACTAAAAATGTAAACAAAATTG
1 TTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT-TTAAC-AAAAATAT-AA-AAAATTC
* * ********** *
9971 AACTTAAAATAAATTTTGAGATTATNNNNNNNNNNAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG-AAGCAAT
62 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-AAT
* * * * * *
10035 -TAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACTAGTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTACATGAGGTAGA
126 GGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAGA
* * * * * * *
10099 CATTCAATTATAATTTGTTTTAATAAAAAAATGTAAAAGAATTGAACTTAATATCAATTTTGAGA
189 CATTCAATTGTAATCTGTTTTAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
10164 TTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAACGAATGGATGAGTATAAATAGACTTTT
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* *
10229 CTTGTCAATCAATGCCTTTTTC
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* * ** *
10251 TTCACGTTACATGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAACAAAAATATAAAAAATTCAAT
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* *
10316 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTCTGAAAGAATGGAT
65 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAT
* * *
10381 GACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCACGAGATAGACATTC
130 GACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAGACATTC
* * ** *
10446 AATTGTAATCTATTTTATCCGAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAGTATAA
194 AATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
*
10511 AACCATTTAAAGTGAGTCATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
259 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC
*
10576 AATGAATTCCTTTTTC
324 AATGAATGCCTTTTTC
* * * * * *
10592 TTCATGTTACGCAAGGTAGATATTCAATTATATTATGTTTTAACCTAAAATATAAAAAATTCAAC
1 TTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAATTCAAC
* * * * *
10657 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCCGAAGGCATGGG
65 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT-TGAAAGAATGGA
* * *
10722 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCATGGTAGACATT
129 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCGA-GGTAGACATT
* * * * * * * *
10787 CAATTGTTATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTCAACTTGAAATCAATCATGTGATTCTA
193 CAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * * *** * * * *
10852 AAACTATTTAAGGTGGGCGGTAAGGCTTTTAAAGGCATGGGTGACTCTAAATGGACTTTTCTTGT
258 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC
* * *
10917 TAATGAATGGCTTTTTT
323 CAATGAATGCCTTTTTC
* ** * * * * * * *
10934 TTCATATTTC-CAATGACAGAGATTCAATTGTTATTTATTTCAACTAAAAATGTAAAACAATTCA
1 TTCATGTTTCACAA-GGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATATAAAA-AATTCA
* * * * *
10998 ATTTAAAATCT-ATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGGAATAAAGCTTTTCG-AAGACA
63 ACTTAAAAT-TAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAAAGA-A
* * * * * *
11061 TGGGTAACTATAAA-GGAGCTTTTCTTGTCAATGAATTCCTTTTTCTTCACGTTT-CGCATGGCA
125 TGGATGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCG-A-GGTA
* * * * * * *
11124 GACATTCAATTGTTATTTGTTTCAACAAAAAATGTACAACATTTTAACTTAAAATCAATTATGAG
187 GACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * ** ** * *
11189 ATTCTGAAATCATTTATGGTGAGTAATAAGGCTTACGAAGGTACGGGTGACTATAAATGGACTTT
252 ATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
11254 TCTT-CAAAGTAAATGGGACTTTTTC
317 TCTTGCCAA-TGAAT--GCCTTTTTC
** * * * * * *
11279 AACACGGTTC-CAGAGGTAGGCATTCAATTATAGTCAGTTTTAACAAAAATGTAAAAAATTCAAC
1 TTCATGTTTCACA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAATTCAAC
* * * * *
11343 TTAAAATCAATTATGGGATTATAAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAAGAATGGGA
65 TTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT-GGA
* ** * * *
11408 -GACTATAAATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGGTTTTTCTAT-ATGTTTCCTAAGGCAGGCA
129 TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT-TCATGTTTCC-GAGGTAGACA
* * * *
11470 TTTAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
191 TTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
11534 TAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAATGCTTTAGAAGGAATGGGAGACTATAATTGGACTTTTCTT
256 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
11599 TCAAATAAAT-CAGTTTTTC
321 GCCAATGAATGC-CTTTTTC
* * * * * * * **
11618 TAT-TTGTTTCCCAAGGTAGATAATCAATTATTGA-CTATTTTAACCATAAAGGTAAAAAATTTC
1 T-TCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTA-TAATCTGTTTTAA-CAAAAATATAAAAAA-TTC
* * * * * *
11681 AACGTAAAATCAATTATAAGATTATAGAGCCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
62 AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
* * * ** * * **
11746 AGA-GAGTATATATGGACTTTTCTT-CCAAATAAATGGATTTTTCTAGACAT-TTTCTGATATAG
127 -GATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAATGCCTTTTTCT--TCATGTTTCCGAGGTAG
* * * * * * * * *
11808 GCATTCAATTGTAGTCTGCTTTCATAAAAAATAT-AAAAAGTTCAACTTGAAAGCAATTATGAGA
188 ACATTCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
*
11872 TTATAAAACCATTTAAAGAT-AGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
253 TTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* *
11936 TCTTGTCAATGAATGCCATTTTC
317 TCTTGCCAATGAATGCCTTTTTC
** * * * * *
11959 TTCATGTTTCATGAGATAAACATTCAATTATAATATGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAATTAA
1 TTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAA--TATAAAAAATTCA
* * * * *
12024 ACTTAAAATTAATTTTGAGATTATAAGACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGAATGG
63 ACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGG
* * * *** * * *
12089 GTGAGTATAAATGAACTTTTCCCACTATTGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTAGACAT
128 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTC-CGAGGTAGACAT
* * * * * *
12154 TCTATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAACAAAATT-AACCTTAAAATAAATTTTGAGATT
192 TCAATTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA-AAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** *
12218 ATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTCAAGGAATTGGTGACTATAAATATACCTTTCT
255 ATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
*
12283 TGCCAATGAATGCCTTTTAC
320 TGCCAATGAATGCCTTTTTC
* ** * * * * *
12303 TTCACGTTTCATGAGGTAAACATTTAATTATAAACTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAAAAAAATT
1 TTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC--AAA---AATATAAAAAATT
* * * * * *** *
12368 GAACTTAAAATCAATTTTAAGATTATAAAAGCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCCAATGAAAAAAT
61 CAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAAT
* *
12433 GGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
126 GGATGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATG
12483 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1825, Mismatches: 351, Indels: 110
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 31 0.02
340 26 0.01
341 570 0.31
342 552 0.30
343 307 0.17
344 189 0.10
345 42 0.02
346 106 0.06
348 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (339 bp):
TTCATGTTTCACAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATATAAAAAATTCAACT
TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATG
ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCCGAGGTAGACATTCAA
TTGTAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
TGAATGCCTTTTTC
Found at i:12893 original size:158 final size:162
Alignment explanation
Indices: 12704--13036 Score: 379
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 162
12694 TTTATTTAAA
* * * *
12704 AAAAGTCCATTTATGATCTCCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TGGTTTTTAAT-CTCATAATT
1 AAAAGTCCATTTATGATCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTCATAATT
* *
12767 GATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCATCAGGA
66 GATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCATCAGGA
*
12832 AACATAT-AGAAAAA-CCCATTTATTTGGAAG
131 AACATATAAAAAAAATCCCATTTATTTGGAAG
* *
12862 AAAAGTCCATTTAT-AGTCTACCATTCTTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGGNNNNNNN
1 AAAAGTCCATTTATGA-TCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-G-------
* * *
12926 NNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTGCTAAAACTGACTATAATTGAATGC
57 --CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTAAATGC
* * * * *
12991 TTGCCTCAGGAAACGTGTAAAAAAAATTCCATTTATTTGGAAG
120 CTGCATCAGGAAACATATAAAAAAAATCCCATTTATTTGGAAG
13034 AAA
1 AAA
13037 TTTATAGTCA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 17, Indels: 16
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
157 1 0.01
158 38 0.27
159 8 0.06
170 72 0.50
171 6 0.04
172 18 0.13
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (162 bp):
AAAAGTCCATTTATGATCTACCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTGCTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCATCAGGA
AACATATAAAAAAAATCCCATTTATTTGGAAG
Found at i:13653 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 12746--13807 Score: 916
Period size: 172 Copynumber: 6.3 Consensus size: 170
12736 AAGCCTTATT
* *
12746 ATGGTTTT-TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTTG-TTAAAACAGACT
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAACA-AAT
* * * * * * *
12809 -ATAATTAAATGCCTG-CATCAGGAAACAT-ATAGAAAAACCCATTTATTTG-GAAGAAAAGTCC
64 AACAATTGAATGTCTGCCAT-GGGAAACATGA-AGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAGTCC
* * * *
12870 ATTTATAGTCTA-CCATTCTTTCAAAAGGC-TTATTACTCGCTTTAA
126 ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCGAAA-GCTTTATTACTCACTTTAA
********** * * * *
12915 ATGGNNNNNNNNNNTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATTTTACATTTTTTG-CTAAAACTGACT
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA-TTTTTGATTAAAAC-AAAT
* * * * * * *
12979 -ATAATTGAATG-CTTGCC-TCAGGAAACGTGTAAAAAAAATTCCATTTATTTG-GAAG--AA--
64 AACAATTGAATGTC-TGCCAT-GGGAAACATG-AAGAAAAA-GCCATTCA-TTGACAAGAAAAGT
* * * *
13036 --ATTTATAGTCACCCATGCCTTTGTAAGCTTTATTATTCACCTTAA
124 CCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* *
13081 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTGTACATTTTTCATTGAAACAAATA
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGATTAAAACAAATA
**
13146 ACAATTGAATGTCTGCCATGTAAAACATGAA-AAAAACGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
65 ACAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAA-GCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* * *
13210 TATAGTCACCCATGGCTTCAACAAG-TCTTATTACTTACTTTAA
129 TATAGTCACCCATGCCTTCGA-AAGCT-TTATTACTCACTTTAA
* * * *
13253 ATAGTTTTAGAATCACATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTGATTAAAATAAAGA
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAAATA
* * * * *
13318 ACAATTGAATGTTTGCCATGGGAAATATGAAGCAAAAGGCATTCATTGAC-----AAGTCAATTT
65 ACAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * *
13378 ATAGTCACCCATGTCTTCGAAAAGCTTTATTATTCGCTTTAA
130 ATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
13420 ATGGTTTTATAAACTCATAATAGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTGAAACAAATA
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATA
* * * *
13485 ACAATTGAATGTCTACCATGGGATACATGAAGAAAAAGACATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTT
65 ACAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
13550 AGAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATCACTCACCTTAA
130 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* * * * * *
13591 ATGGTTTTAGAATCACATAATTGATTTCAAATTAAATTGTTTTTCATTTTTGGTTAAAACAAATA
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGATTAAAACAAATA
* * * * * *
13656 ACAATTGAATGCCTGTCATGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAAAAAATTCCATTT
65 ACAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTT
* **
13721 ATAGTCACCCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAA
130 ATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCTTTATTACTCACTTTAA
* * * * *
13763 ATGATCTTATAATCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTCTTTACA
1 ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACA
13808 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 725, Mismatches: 133, Indels: 68
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
164 3 0.00
165 17 0.02
166 71 0.10
167 169 0.23
168 6 0.01
169 5 0.01
170 72 0.10
171 175 0.24
172 200 0.28
173 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAAATAA
CAATTGAATGTCTGCCATGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAA
Found at i:15038 original size:513 final size:503
Alignment explanation
Indices: 13991--15574 Score: 1420
Period size: 513 Copynumber: 3.1 Consensus size: 503
13981 AGAGAAAGAT
* * * *
13991 ATTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTGGGAAGCCTTATTACTCACCTT
1 ATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTT
* * * * * *
14055 -AATCAGTTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAGTTTTCTTATATTTTTGGTGAAAAAAA
65 AAATGA-TTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAA-TTTAATTTTTTTACATTTTTGGT--TAAAAA
* * * *
14119 AATAACAATTGAATGTCAACCACAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACACA-AGAAGTC
126 AATAACAATTGAATGTCTACCTCAG-AAACATGAA-AAAAAATCATTCATTGACA-AGAAAAGTC
* ** ** *
14183 CATTTATAGTCATTCATATCTTCGAAAAGTATTATTACT-AGCTTTAAATAGTTTTATAAA-CTC
188 CATTTATAGTCACTCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCA-CTTTAAATGGTTTTA-AAATCTC
* * * * *
14246 ATAATCAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAACAGTTGAATGTCTAG
250 ATAATTAATTTTAAG-TTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAACAATTGAATGT-TTG
* * * *
14311 -CTTTAGAAACGTGAA-AAAAAAACCACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATAC
313 CCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAAA-TATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCA-CCATGC
* * * * * * * * *
14374 CTT-TAAAGGTCATATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTGTAATTGATTTTAAGTTTAAT
376 CTTCGAAA-GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAAG-TTAAA
* * * * **
14438 TTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACTAATTATAATTGAATGTTTACCTCAATG-AACAT-AAGGGGA
439 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AAATAAAATTGAATGTTT-CCT-AA-GAAACATGAA-GAAA
**
14500 AAGAT
499 AAGCC
** * ** * *
14505 ATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTCATAGTCACCCGCGACTTCGTAAGCCTTATTACTCACCTTA
1 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTA
* *
14570 AATGATTTTAGAATCTCATAATTGATTTTCATTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAGAAAAAAT
66 AATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAATTTAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTA-AAAAAAT
* * * * *
14635 AAGAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAATATGAAAAAAAATCGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAAT
129 AACAATTGAATGTCTACCTC-AGAAACATGAAAAAAAATC-ATTCATTGACAAGAAAAGTCCATT
* *
14700 TATAGTCACCCATGCCTTAGAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTAAAATCACATAATT
192 TATAGTCACTCATGCCTT-GAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATT
* * *
14764 GATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTTTGCCATGAG
256 AATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTTTGCCTTGAG
* * * *
14829 AAACATGAAGAAAAAAATATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCACGCCTTCGAAA
320 AAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCA-CCATGCCTTCGAAA
** * *
14894 GCCTTATTACTTACCTTAAATGGTTTTAGAATCTCGTAATTAATTTTAAGTTAAATTTTCTTACA
384 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTT-TTACA
*
14959 TTTTTTGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTTTGCTAAGGGAAACATGAAGAAAAAGCC
448 TTTTTTGTTAAAACAAATAA-AATTGAATGTTTCCTAA--GAAACATGAAGAAAAAGCC
* * * * * ** *
15018 ATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTGACCCATGCCTTCGAAAAGCTTTAATACTTTCTTT
1 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTCACCTT
* * * * * ** *
15083 AAATGGTTTTATAATTTCATAA-TAATTTTTAAGTTGAATACTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
65 AAATGATTTTAAAATCTCATAATTGA-TTTTAA-TTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AA
* * ** * ** *
15147 ATAACAATTGAATGTCTTCATGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCAT
127 ATAACAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAA-AAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
* * * *
15212 TTATAGTCACTCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATT
191 TTATAGTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATT
** * * * * * *
15277 AATTTTAAGTTATATTTTTTTATGTTTTTTA-TAAAAACAAATTATAATTGAATGTCTACGTTCG
256 AATTTTAAGTTA-ATTTTTTTA-CATTTTTAGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTTTGCCTT-G
* * * ** **
15341 A-AAACGTGAGGAGAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCGTAGTCACCAATGCCTTCGA
318 AGAAACGTGAAGAAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACC-ATGCCTTCG-
* * * * *
15405 AAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGCTTTATG-ATCCCATAATTGATTTTAAGTTAAATATATT
381 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA-GAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAAT-TTTT
* * * * * *
15469 TACATTTTTTGTCAGAATAGAAA-AAAATTGATTATATACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCC
444 TACATTTTTTGTTA-AA-ACAAATAAAATTGAATGT-TTCC-TAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
* * **
15532 ATTCATAGATAAGAAAAGTCTATTCATAGTCACATATGCCTTC
1 ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTC
15575 AAAAACTATA
Statistics
Matches: 874, Mismatches: 160, Indels: 72
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 17 0.02
512 192 0.22
513 330 0.38
514 312 0.36
515 17 0.02
516 6 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (503 bp):
ATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACCTTA
AATGATTTTAAAATCTCATAATTGATTTTAATTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAAATAA
CAATTGAATGTCTACCTCAGAAACATGAAAAAAAATCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCATGCCTTGAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAAAATCTCATAATTAATTT
TAAGTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAACAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACGT
GAAGAAAAAAATATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTAATAGTCACCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
TACTCGCTTTAAATGGTTTTAGAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGT
TAAAACAAATAAAATTGAATGTTTCCTAAGAAACATGAAGAAAAAGCC
Found at i:15548 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 13953--15595 Score: 1201
Period size: 171 Copynumber: 9.6 Consensus size: 169
13943 NACAGATTAT
* * * * ** *
13953 AATTGAATGTCTACC-TTAGGAAACGTGGAGAGAAAGATATTCATTGGTGAA-AAAAGTCCATTT
1 AATTGAATGTCTACCATGA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGAT-AAGAAAAGTCCATTT
** * * * *
14016 ATAGTCACCCATGCCTT-GGGAAGCCTTATTACTCACCTT-AATCAGTTTTAAAATCTCATAATT
64 ATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTTATAATCTCATAATT
* * * * * * *
14079 GATTTTAAGTTGAGTTTTCTTATATTTTTGGTGAAAAAAAAATAA
127 AATTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTTGT-TAAAACAAATAA
* * * * *
14124 CAATTGAATGTCAACCA-CAGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACACA-AGAAGTCCATT
1 -AATTGAATGTCTACCATGAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATA-AGAAAAGTCCATT
* ** ** * * * *
14187 TATAGTCATTCATATCTTCGAAAAGTATTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATC
63 TATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
14252 AATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATAA
127 AATTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAA
* * * * * * * * *
14296 CAGTTGAATGTCTAGCTTTAGAAACGTGAAAAAAAAACCACTCATTGATAAGAAAAGTCCATTAA
1 -AATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * * ** *
14361 TAGTCACCCATACCTT-TAAAGGTCATATTGCTCGCTTTAAATAGTTTTATAATTTTGTAATTGA
65 TAGTCA-CCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
* * * * *
14425 TTTTAAGTTTAATTTTTTTA-TTTTTTTATTAAAACTAATTAT
129 TTTTAAG-TTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AAATAA
* * ** ** ** *
14467 AATTGAATGTTTACC-TCA-ATGAACAT-AAGGGGAAAGATATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATT
1 AATTGAATGTCTACCATGAGA--AACATGAA-GAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
14529 CATAGTCACC-CGCGACTTCG-TAAGCCTTATTACTCACCTTAAATGATTTTAGAATCTCATAAT
63 TATAGTCACCATGC--CTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
14592 TGATTTTCATTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTTAGAAA-AAATAA
126 TAATTTTAAGTTAA-ATTTTTTACATTTTTTGTTA-AAACAAATAA
* * * * * * ** *
14637 GAATTGAATGTCTGCC-TCAAGAAATATGAAAAAAAATCGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATT
1 -AATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
14701 ATAGTCACCCATGCCTTAGAAAAGCCTTATTACTCAC-TTAAATGGTTTTAAAATCACATAATTG
64 ATAGTCA-CCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTA
* *
14765 ATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAATAA
128 ATTTTAAGTTAAATT-TTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAA
* * *** *
14808 CAATTGAATGTTTGCCATGAGAAACATGAAGAAAAAAATATTCATTAATAAGAAAAGTCCATTTA
1 -AATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * *
14873 TAGTCATCCACGCCTTCG-AAAGCCTTATTACTTACCTTAAATGGTTTTAGAATCTCGTAATTAA
65 TAGTCA-CCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
14937 TTTTAAGTTAAATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAA
129 TTTTAAGTTAAATTTT-TTACATTTTTTGTTAAAACAAATAA
* * * * * *
14979 CAATTGAATGTTTGCTAAGGGAAACATGAAGAAAAAGCCATTTATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
1 -AATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** *
15044 TAGTGACCCATGCCTTCGAAAAGCTTTAATACTTTCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAA-TAA
65 TAGTCA-CCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
* * * *
15108 TTTTTAAGTTGAATACTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATAA
129 -TTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAA
* * * * *
15151 CAATTGAATGTCT-TCATGGGAAACATGAAGAACAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTA
1 -AATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
*
15215 TAGTCACTCATGCCTTC-AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAA
65 TAGTCAC-CATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
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15279 TTTTAAGTTATATTTTTTTATGTTTTTTATAAAAACAAATTAT
129 TTTTAAGTTA-AATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAA-TAA
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15322 AATTGAATGTCTACGTTCGA-AAACGTGAGGAGAAAGATATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTCG
1 AATTGAATGTCTACCAT-GAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTA
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15386 TAGTCACCAATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTATATGGCTTTATGATCCCATAATTGA
65 TAGTCACC-ATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAA
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15451 TTTTAAGTTAAATATATTTACATTTTTTGTCAGAATAGAAA-AA
129 TTTTAAGTTAAAT-TTTTTACATTTTTTGTTA-AA-ACAAATAA
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15494 AATTGATTATATACCTTTAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATAGATAAGAAAAGTCTATTCAT
1 AATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
* *
15559 AGTCACATATGCCTTC-AAAA-ACTATATTACTCGCTTT
66 AGTCAC-CATGCCTTCGAAAAGCCT-TATTACTCGCTTT
Statistics
Matches: 1180, Mismatches: 244, Indels: 95
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 10 0.01
170 213 0.18
171 516 0.44
172 365 0.31
173 60 0.05
174 14 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
AATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTAT
AGTCACCATGCCTTCGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATT
TTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATAA
Done.