Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398248.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1550.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 13017
ACGTcount: A:0.31, C:0.12, G:0.11, T:0.33
Warning! 1634 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1909 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1867--1909 Score: 50
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
1857 GAGAAACATT
*
1867 AAGAAAAACCAATTCATTGTC
1 AAGAAAAACCAATTCATCGTC
* * *
1888 AAGAAAAGCCCATTTATCGTC
1 AAGAAAAACCAATTCATCGTC
1909 A
1 A
1910 CTCAAGCCTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 4, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.21, G:0.12, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCAATTCATCGTC
Found at i:2531 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2239--2895 Score: 440
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2229 NNNNNNNTGG
* * ** * * * *
2239 GAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGACAGGAAAAGTTTGTTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAGGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAAACCTTCAAA
* * *
2304 AGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAGGTTGAA-TTTT-TAT
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAT
* * * *
2367 ACTTTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGTCTGTCTTGA
131 A-TTTTTGT-TTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTATCTTGA
* * * * *
2410 GACACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAAATCTTCAAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAGGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAAACCTTCAAA
* * * **
2475 AGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAT
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAT
* *
2540 ATTTTTGTTTAAAATAAATAATAATTCAATGTCTATCTTTA
131 ATTTTTGTTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTATCTTGA
* ** ** ** ** * * * ** *
2581 GAAACATGAAGAAGACCCCATTTATT-AGCAATAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCGA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGA-CAGGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAAACCTTCAA
* * * * * *
2645 AAGCTTTATTACTCA-TCTTAAATTA-TTTTATAATCTCATGATTGATTTTAGGTTAAATATTTT
65 AAGCCTTATTACTCACT-TTAAA-CAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAAT-TTTT
* * * * * * *
2708 -TACATTTTTTGTTCAAACAT--ATTAGAATTGAATGTTTGTCTTGA
127 CTATA-TTTTTGTTTAAA-ATAAATAATAATTAAATGTCTATCTTGA
* * *** * * * * * **
2752 AAAATATGAAGAAAAAATTATTCATT-AGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
1 GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGA-CAGGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAAACCTTCAA
* * * * * *
2816 AGGTCTTATTACTCGCTTTAAA-TGATTTTATAA-CTTCA-AAATTGATTTTAAATTAAATTTTT
65 AAGCCTTATTACTCACTTTAAACAG-TTTTATAATC-TCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTT
*
2878 TTATATTTTT-TATTAAAA
127 CTATATTTTTGT-TTAAAA
2896 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 387, Mismatches: 84, Indels: 32
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.01
170 17 0.04
171 334 0.86
172 28 0.07
173 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGAAAAAGCCATCCATTGACAGGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAAACCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTCTAT
ATTTTTGTTTAAAATAAATAATAATTAAATGTCTATCTTGA
Found at i:2864 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 2271--2895 Score: 760
Period size: 342 Copynumber: 1.8 Consensus size: 342
2261 CATTGACAGG
* * * *
2271 AAAAGTTTGTTTATAGTCACCCAAGCCTTCTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATAA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAA
* * * *
2336 TCTCATAAATGATTTTAGGTTGAATTTTTATACTTTTTTTATTAAAATATATTATAATTAAATGT
66 TCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTAAATGT
* * * * *
2401 CTGTCTTGAGACACATGAAGCAAAAGCCATCCATTGATATGAAAAGTCCGTTCATAGTCACCAAA
131 CTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTCATAGTCACCAAA
* * * * * *
2466 ATCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTTTAATCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAA
196 ACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAA
2531 TTTTTCTATATTTTTGT-TTAAAATAAATAATAATTCAATGTCTATCTTTAGAAACATGAAGAAG
261 TTTTTCTATATTTTT-TATTAAAATAAATAATAATTCAATGTCTATCTTTAGAAACATGAAGAAG
2595 ACCCCATTTATTAGCAAT
325 ACCCCATTTATTAGCAAT
* * * * **
2613 AAAAGTCTATTTATAGTTACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTC-ATCTTAAATTATTTTATA
1 AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAACGATTTTATA
* * * * *
2677 ATCTCATGATTGATTTTAGGTTAAATATTTT-TACATTTTTTGTTCAAACATATTAGAATTGAAT
65 ATCTCATAAATGATTTTAGGTTAAAT-TTTTATACATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTAAAT
* * ** * *
2741 GTTTGTCTTGAAAAATATGAAGAAAAAATTATTCATTAGCA-A-GAAAAGTCCATTTATAGTCAC
129 GTCTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATCCATT-G-ATATGAAAAGTCCATTCATAGTCAC
* ** * *
2804 CCATGCCTTCAAAGGTCTTATTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATAA-CTTCAAAATTGATTTTAA
192 CAAAACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATC-TCAAAATTGATTTTAA
*
2867 ATTAAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAA
255 ATTAAATTTTTCTATATTTTTTATTAAAA
2896 CNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 42, Indels: 14
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 4 0.02
342 223 0.95
343 6 0.03
344 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (342 bp):
AAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGATTTTATAA
TCTCATAAATGATTTTAGGTTAAATTTTTATACATTTTTTATTAAAACATATTAGAATTAAATGT
CTGTCTTGAAAAACATGAAGAAAAAACCATCCATTGATATGAAAAGTCCATTCATAGTCACCAAA
ACCTTCAAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAATTAAA
TTTTTCTATATTTTTTATTAAAATAAATAATAATTCAATGTCTATCTTTAGAAACATGAAGAAGA
CCCCATTTATTAGCAAT
Found at i:3653 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3434--3910 Score: 488
Period size: 171 Copynumber: 2.8 Consensus size: 169
3424 NNNNNNATAG
* * * * * *
3434 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGTCAACAAAAATGCT
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTCGA-AAACATGAAG-AAAAGTTATTCATTGACAACAAAAGTCCA
* * ****
3499 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCANNNN
64 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT
****** * * *
3564 NNNNNNT-AGATTGAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAT
129 TGATTTTAAG-TTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAA
* ** *
3605 ATTATAATTGAATGTCTGCCCTCGAAAACATGAAGCAAAAGTTATTCATTGACAGGAGAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCT-ACCTCGAAAACATGAAG-AAAAGTTATTCATTGACAACAAAAGTCCA
* * * * *
3670 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAAAGATTTTATAACCTTAAAAT
64 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT
3735 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAA
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAA
* * * ** * * *
3776 ATTATACTTAAATGTCTACTTCAGAAAAGGTAAAGAAAATGTCATTCATTGGCAACAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTC-GAAAACATGAAGAAAA-GTTATTCATTGACAACAAAAGTCCA
* * * * * *
3841 TCTATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAAT
64 TTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT
3906 TGATT
129 TGATT
3911 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 53, Indels: 8
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.03
171 235 0.94
172 7 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (169 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAAAACATGAAGAAAAGTTATTCATTGACAACAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTTGTTAAAACAA
Found at i:4163 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4121--4163 Score: 52
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4111 AAGAAATGTG
*
4121 AAGAAAAACCCATTCATTGTC
1 AAGAAAAACCCATTCATCGTC
*
4142 AAGAAAAGCCCACTT-ATCGTC
1 AAGAAAAACCCA-TTCATCGTC
4163 A
1 A
4164 CCCAAGCCTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 17 0.89
22 2 0.11
ACGTcount: A:0.42, C:0.26, G:0.12, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
AAGAAAAACCCATTCATCGTC
Found at i:5061 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4714--13017 Score: 6632
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4704 NNNNNNNNNN
* * * *
4714 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * * * * *
4778 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTAACAAGAAAAGTCGATTTACAATCACCTAAGTCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
4843 AAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAT
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
4884 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTGTTGGTTAAAAAAGATTATAATTAAATGTTTTCCTTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * ** * *
4949 AGAAACATTAAGGAAAAGCCATTTATTGACAACAAAAGTTTATTTATAGTAACTCATGCCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
5014 AAGTCTTATTGCTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * **
5055 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAACACATATTATAATTGAATGTTTGTCTT-
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * *
5119 GGAAA-ATATAAGGAAAAATG-CATTCATTTG-CAA-AATAA--CCTTACTTATAGTCACCC-TA
66 AGAAACAT-GAA-GAAAAA-GCCATTCA-TTGACAAGAA-AAGTCC--ATTTATAGTCACCCAT-
** *
5177 GCCTTCAAAAGCCTTATTACT-GACTTTAAATAATTTTATAATTTCATAA
123 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
5226 TTGATTTTAGGTTAAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGA-CTT
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-ACCTT
* * * * * * * *
5290 AGGAAACGTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGATAAGAAAAGTCTATTTATAATCACGCATGCCTTCG
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC-
* *
5355 AAAA-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTACAATCTTATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * **
5397 TTGA-TTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGCTAAAACATATTAAAATTGACTATTTGTCTTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
*
5461 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* *
5526 AATCCTTATTGCAT-GCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
131 AAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
5567 GTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AAATTGTAATTGAATGTTTACCTCA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
** * * * * * * *
5631 TA-AAATGTGAAGAGAAACCCAATCGTTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCTTTCA
66 -AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * *
5695 AAAGCCTTATAACTAGCTTTAAATGTTTTTATAATCTCATAA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
5737 TT-ATTTTTAAATTGAATGTTTTTATAGTTTGGGTTAAAACAGATTATAATTCAATGTTTGCCTC
1 TTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-
** * *
5801 T-AGAAACATGAAGAAAACCCCATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCAATGCCTTC
64 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ** *
5865 GAAAGCCTTGTTACTTACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
5908 TTGATTTTAAGTTGAATTTGTATTACATTTTTTTGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTTTGCCT
1 TTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * ** * * * * **
5973 CAGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGATAAGTTCATTTATAGTCACTCTTTTCTTC
64 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * ** *
6038 AAAAGCCTTATTATTGGCTTTAAATAATTTTATAATCTCAAAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
6081 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTCAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * ** * *
6146 AGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT-AGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTTA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
6210 AAA-CCTTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
130 AAAGCC-TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
6252 TTGAATTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATGATTCAATGTTTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * *
6317 GGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-TAGAAAAAG-CCGATTTATAGTCACCAAAGCCTTT
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAG-AAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
6380 GAAAGCCCTGTTAGTCGCTTTAAATGGTTTTCTAATCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
6423 TTGATTTTAAGTTGAATTATTTTTAAATTTTTAGTTAAAAGATACTATAATTGAATATCTACCTT
1 TTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* ** * ** * * *
6488 GAA-AAACATAAAGGCAAAGCAATTCATT-AGTGAGAAAAGTTCGTTTACAGTCA-CCATGCCTT
65 -AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
6550 CAAAAGCTTTGTTACTCGC-TTAAATAGTTTTAAAACCTCAT-A
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
6592 TATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTTGATAAAACAGATTATGATTGAATGTTTTCTTT
1 T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * ** * * * * *
6657 AGGAAACGTGAAGAAAAGGCCATTTGTTGATAGGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
6721 GAAAGCCTTATTAGTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
**************** *
6764 TTGATTTTAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGAATGTTTACCTT
1 TTGATTTTAAGT-TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * *
6829 -AGAAAACGTGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAG-CTCATATATAGTCACTCAAGCCTT
65 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * *
6892 TAAAAGCCCTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * *
6936 TTGATTTTAAACTGAATTTTTTTGC-TTGTCTGGATAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCAT
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * *
7000 -GGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAGGCCCATTGATAGTCACCCAAGCCTTC
65 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* ** *
7064 GAAAGTTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * **
7107 TTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACACATTATAATTGAATGTCTGGCTTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * *
7172 GGAAACATGAAGAAAAAGCTATTCATTGACAATAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATGCCTTCGA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
7237 AAGCCTTGTTAATCTCTTTAAATGGTTTTACAATCTCATAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
7278 TTAATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTCGATTAAAACAAATTATAATTGACAAT-TTT-CCT
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG--AATGTTTACCT
* * * **
7341 TGAGAAA-AGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCACACCTT
64 TAAGAAACA-TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * *
7405 CAAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAACGGTTTTATAACCTCAT-A
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
7448 TATGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATATTTGCCTT
1 T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * **
7513 -AGAAAACATAAAGAAAAAGCCATTCA-TGAGCAAGAAAAGTTCAATTATAGT-AGCGATTTCTT
65 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
7575 CGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * * * *
7619 TTAATTTTAAGTTGAATGTCTTTTGTATTTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCATT
1 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * *
7684 -AGAAA-ATGTGAAG-AAAACCCGTTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCGA-GCAT
65 AAGAAACA--TGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC-ATGCCT
* **
7745 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCTCATAA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
7790 TTGATTTTAAGTTGAATTTTGTTTTACATTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
1 TTGATTTTAAGTTGAA-TTT-TTTTACA-TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
** * *
7855 TTGTGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATT-AGCAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCACTCAAGCC
63 TTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCC
** * * *
7918 TTTGAAAGCCTTATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTTAT-A
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * **
7963 TATGATTTTAAGTTAAATTTTTTTGACATTTTTTGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTTTTTCT
1 T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * *
8028 T-AGAAATCATGAAGAAAAAGCCATTCGTTGGCAAGAAAAG-CTTATTTATAGTCACCCAAGCCT
64 TAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
8091 TCAAAAGCTTTACTGCTC-CTTTTAAATGGTTTTCTAAGCTCAT-A
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *** * *
8135 TATAATTCTAAGTTGAAATTTTTTTACATTTTTTGTTACAACAAATTACAATTGACCATATGCCT
1 T-TGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* ** * * * * * * *
8200 TGAGAAGTATGAA-AAAAGAGTCATTTATTGACAGGAAAAGTCTATTTACAGTAACCCATTCCTT
64 TAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * ** * *
8264 CAAAAGCCTTACTATTCATTTTAAATAGTTTTGTAATCTCATAA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
8308 TTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTACC-T
1 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * * * *
8372 CAGAAAATATGAAGAAAAACCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCTAATTATACTCACCCATTCCTTC
65 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
8437 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
8480 TTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTGTAC--TTCTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACAT
1 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* ** **
8543 T-AGAAA-ATGTGAAG-AAAA-CCTATTCATT-AGCAGGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCAAAC
64 TAAGAAACA--TGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGC
* * * ** *
8603 CTTCGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAACAGTTTTGTAATCTCATAA
125 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* *
8650 TT-ATTTTTAAGTTGAATTTGTTTTTACTTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGA-
1 TTGA-TTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTAC
** * * * *
8713 CTTGGGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCT
62 CTTAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
8778 TCGAAAGCCTTCTTGCTTGCTGTAAATGATTTTATAATCTCAT-A
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
8822 TATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC
1 T-TGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACC
* * * * * *
8887 TT-GGAAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
63 TTAAG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * * *
8951 TCAAAAGCTTTACTGCTCTCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCAT-A
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
8995 TATAATTTTAAGTGGAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAAATTATAATTGACTGTTTGCCT
1 T-TGATTTTAAGTTG-AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * ** * * * * *
9060 TGAGAAACATAAAAAAAAAATCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
64 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
9125 AAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTGATCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
9168 TTAATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATCTTTGCCTC
1 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * * *
9233 AAGAAACATGAAGAAAAACCCACTCATT-AGCAAGAAAAGCCCATTTATAATCTCCAAAGCTTTC
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
*
9297 AAAAAGCCTTATTACTCG-TTTAAAATGATTTTGA-AATCTCATAA
129 -AAAAGCCTTATTACTCGCTTT-AAATGGTTTT-ATAATCTCATAA
** * * * *
9341 TTGATTTTAACCTAAATTTTTTTTACGTTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * *
9406 AGGAAACATGAATAAAAAGTCATTCATT-AGCAA-ACAAA-TCCCATTTATAGCCACCCAAGTCT
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGA-AAAGT-CCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * *
9468 TCAAAAGCATTATTGCTCGCTTTTAATGGTTTTATAATCTCAGAA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * ** * * * * *
9513 TTGATTTTAAACTGTATTTTTTTACTTTTTTAATGAAAATATATTATAAAT-AATGTCTACCTT-
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * ** * * * *
9576 AGAAAACATGACGAAAAAGTCA-TCTATTGGTATGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAGCCTTT
66 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
9640 AAAAGCCTTATTACACTCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * ** * * *
9683 TTAATTTTATGTTGAATTCTTTTATATTTTTCATTAAAAC-GAATTATAATTGAATATCTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * *
9747 GAGAAACATGAACAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCG
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* *
9812 AAAGCCTTGTTACTCGCTTTAATTGGTTTT-TCAATCTCATAA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT-AATCTCATAA
* * ** * * * * * *
9854 TTGATTTTAGGTTGAACTTTTTTGTATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGACTATCTGCCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * ** * * ** *
9919 AGAAATATGAAGAAAAAGCTACTCATTGGTAACAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAAACCTTTGA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC-TTCA
* * *
9984 AAA-CTTTTTTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * *
10025 TCAATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAAATTATAATT-AGATGTCTGCCTC
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGA-ATGTTTACCT-
* *** ** * * *
10089 T-GGAAACCCAAAGAAAACCCCATTCATTGGCAATAAAAGTCTATTTATAGGT-ACCCATGCCTT
64 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTT
* * * * * *
10152 CGAAAGCCTTTTTACTCACTTTAGATGATTTTATAACCTCATAA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * ** * * * *
10196 TTGATTTTAGGTTAAATTTTTTT-TATTTTTATTTAAAACATATTATAATTGAATATCTATCTT-
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * **
10259 AGAAAACATGAAGGAAAAGCCATTTATT-AGCAACAAAAGTCTATTTATAAACACCCATGCCTTC
66 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * *
10323 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT-ATCCTTAAAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCATAA
* * * * * *
10366 TTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTTGTT-AAACAAATTATAATTGAATGTCT-GCTTT
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* ** * * *
10428 TGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAACAAAAGTTCATTTATAGTCACCCATCCCTTCA
66 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
* * * *
10493 GAAGCCTTACTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
10535 TTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAACAGGTTATAATT-AAGTGTTTACCTT
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTT
* * * *** * * * *
10599 AAAAAACGTGTAGAAAAAATTATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCTATTCCTTCA
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCA
*
10664 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
130 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * * *
10706 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTGTTAATTAAAACAGATTAAAATTAAATGTTTATC-TA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* **** * * * *
10770 GAGAAACGTGAAGAAAAAAATTGTTCATTGGCAA-ATAAAGTCCATTTATAGTCATCTATGCTTT
66 -AGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * *
10834 CAAAAGCCTTATTAATCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAA
128 CAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
10878 TTGATTTTAAGTTGAACTATTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * * *
10943 GGAAACATGAAGAAAAAGTCATCCATTAACAAGAAAAGTACATTTATAGTCACCCATACCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * * *
11008 AAGTCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTATAA-CTTTAGAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAA
** * ** *
11049 TTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTTTGGACAAAATAGATTGGAGTTGAATGTTTACCT
1 TTGATTTTAAGTTGAA--TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT
* * * * * * *
11113 T-GGAAA-ATGTAAAAAAAAACCCATTCATTGGCAAAAAAAGCCCATTTATAGTC-CCTCAAGCC
64 TAAGAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATGCC
* * *
11175 TTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACCTCATAA
126 TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
11221 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTCGTTAAAATAGATTATAATTGAGTGTTTACCTTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * * *
11286 GGAAACATGAAGAAAAAGTCGTTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
11351 AAGTCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * *
11392 TTGATTTTAGGTTAAATTATTTTATATTTTTGGTTAAGATAGATTATAAATGAGTGTCTACCTCA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * * * * ** **
11457 TGAAACATGAAGAAGAAGCCATTCACTAATAATAAAAGTCTATTTATAGTCATTCATAACTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * *
11522 AAGCCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTATAATCTAATAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * *
11563 TTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTATATTTTTGGTTAGAATAGATTATAATTGACTGTCTACCTTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * *
11628 AGAAACTTGAGGAAAAAGCTATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * * *
11693 ATGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTAAAA
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
** * * * * *
11734 TTGATTTTAAGTTTTA-TTTTTCATATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTT-GCTTC
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * *
11797 CGAAAACATGAAGAAAAGGCCATTCATT-AGCAATAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATCCCTTC
66 AG-AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * *
11861 CAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * ** * * * *
11904 TTGATTTTAGGTTGAATTTTCGTGCATTTTTTATTAAAACATATTATAATT-AAGGGTCTACCTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTACCTT
* * * * * * *
11968 AAGAAACATGTAGAACATGTCATTCATT-AGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTT
65 AAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
12032 GAAAGTCTTATTACTTGCTTTATATGGTTTTAGAATCTCATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * * * * * ** *
12075 TTAATTTTAGGTTTAATTTTTTCACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAACTGACTGTCTGTCTTG
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * * * ** **
12140 AGAAATATAAAAAAAAAGTCATTCAATGATAAGAAAAGTATATTTATAGTCACCCATGCCTTCGG
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
* * ** * * *
12205 AAGCCTTAATGCTTTCTTGAAATGGTTTTATAATCCCATAG
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * * *
12246 TTGATTTTAGGTTTAATTGTTTTATATTTTTTGTTAAAACA-AGTTATAATTAAATGTTTACCTC
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA-TTATAATTGAATGTTTACCT-
** * * * * * * * *
12310 T-AGAAATGTGAAGAGAAACCCATTCATTGCCAAGAAAAGCCCGTTCATAGTCACTCAAGCCTTC
64 TAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* *************************************
12374 GAAAGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 -AAAAGC-----CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
************************** * * * *
12423 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCCTA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
* * * * ** * *
12488 GGAAACATGAAGAAAAAGCCAATCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATGCATGCCATGAA
66 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
**
12553 AAGCCTTATTACTAACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT-A
131 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * * *
12593 TATGATTTTGAGTTGAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTTTGCC-T
1 T-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * ** * * * *
12657 ATAGAAACATGAAGAGAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAATCACACATTCCTTC
65 A-AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTC
* * * * *
12722 AAAAGTCTTACTACTCACTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAA
129 AAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
12765 TTTATTTTAAGTTGAATGTTTTTTACTTTTTTTGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
1 TTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTT
* * * * * * * * *
12830 -AGAAAACGTGGAGAGAAA-CCTATTCACT-AGTAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAGCGAAGCCT
65 AAG-AAACATGAAGAAAAAGCC-ATTCATTGA-CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* ********** *
12892 TTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTAATCTCAAAA
127 TCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* ** * *
12937 TTGATTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTTTCATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCA
1 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
*
13002 GGAAACATGAAGAAAA
66 AGAAACATGAAGAAAA
Statistics
Matches: 6539, Mismatches: 1387, Indels: 415
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 223 0.03
170 1040 0.16
171 3083 0.47
172 1405 0.21
173 599 0.09
174 99 0.02
175 1 0.00
176 6 0.00
177 77 0.01
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTA
AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAA
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
Done.