genome.fa.s1058.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001058.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002093_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100167

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3334--3390	21	2.7	21	94	2	96	45	21	17	15	1.85
8357--8474	36	3.2	36	90	3	175	35	21	19	23	1.96
8620--8721	42	2.5	41	79	4	107	24	22	21	31	1.98
8460--9562	213	5.2	207	88	4	1479	33	15	18	32	1.92
9482--9614	42	3.2	41	75	2	131	27	18	20	34	1.95
9475--9598	41	3.0	42	78	2	124	27	20	20	32	1.97
9461--9614	83	1.9	83	87	0	227	27	18	20	33	1.96
10723--10964	21	11.6	21	75	13	216	21	21	23	33	1.97
10729--10992	42	6.3	41	88	5	320	22	20	22	34	1.97
10729--10993	21	12.8	19	72	15	170	22	20	22	34	1.97
16960--16993	17	2.0	17	94	0	59	23	11	14	50	1.76
18434--18925	182	2.7	181	89	3	738	41	15	15	27	1.87
20886--20940	24	2.5	22	81	18	62	49	0	3	47	1.19
21217--21247	15	2.1	15	93	0	53	19	3	61	16	1.48
21392--21454	33	1.9	33	96	0	117	30	0	47	22	1.51
21597--21653	18	3.2	18	92	0	96	56	0	38	5	1.22
22500--22545	19	2.4	19	89	7	67	30	2	6	60	1.34
22900--23304	200	2.0	200	87	0	578	37	14	17	30	1.89
24914--24963	6	8.3	6	88	0	55	40	2	30	28	1.68
25629--25716	44	2.0	44	100	0	176	38	6	9	45	1.63
26264--26311	24	2.0	24	87	0	69	35	6	12	45	1.67
27605--28572	200	4.8	199	85	4	1182	37	13	16	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30173--30221	19	2.6	19	83	0	71	34	4	8	53	1.50
32688--33388	199	3.5	200	84	6	847	38	14	15	30	1.88
33406--33467	23	2.7	23	94	0	106	35	19	9	35	1.85
33426--33591	87	1.9	87	98	0	323	32	15	11	40	1.83
33513--33557	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
36673--36737	33	2.0	33	100	0	130	27	12	16	43	1.84
42295--42427	64	2.1	63	87	4	187	33	12	18	35	1.88
42635--42679	21	2.1	21	87	0	63	35	13	6	44	1.70
57839--57885	22	2.2	22	85	11	62	46	6	21	25	1.74
57958--58105	32	4.9	31	81	16	179	25	18	21	34	1.96
57982--58035	24	2.2	24	96	0	99	22	20	24	33	1.97
57958--58067	56	2.0	56	94	3	195	23	20	21	34	1.97
58014--58110	31	3.1	31	92	4	151	26	17	19	36	1.94
58872--58923	21	2.5	21	100	0	104	32	23	23	21	1.98
61082--61118	14	2.6	15	91	8	60	43	21	21	13	1.87
61449--61478	14	2.1	14	93	0	51	50	6	0	43	1.28
61620--61649	7	4.3	7	100	0	60	46	26	0	26	1.53
65404--65430	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
68312--68347	13	2.8	13	86	0	54	27	0	0	72	0.85
69126--69274	61	2.5	60	81	2	172	42	4	18	34	1.71
71655--71687	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
71685--71731	23	2.0	23	84	15	62	27	2	0	70	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71965--72009	18	2.5	18	81	0	54	33	4	0	62	1.15
71960--72046	41	2.1	43	82	8	108	28	4	0	66	1.11
71986--72034	21	2.3	21	85	3	62	26	2	0	71	0.97
71983--72045	28	2.3	26	76	12	65	26	3	0	69	1.03
71986--72047	22	2.9	21	77	17	65	27	3	0	69	1.04
76459--76527	31	2.4	28	83	13	86	79	7	13	0	0.92
76472--76540	11	6.1	11	75	10	50	82	7	8	1	0.90
76472--76526	19	2.9	18	84	7	65	83	7	9	0	0.81
76461--76527	15	4.6	14	82	14	73	80	7	11	0	0.90
76472--76516	16	2.9	16	87	9	58	84	6	8	0	0.78
77141--77196	22	2.5	22	82	0	76	41	25	12	21	1.88
78022--79502	106	14.0	106	90	1	2165	34	24	17	23	1.96
80252--80356	37	2.8	37	82	0	138	39	14	15	31	1.87
80755--80896	2	74.5	2	75	12	93	39	2	1	57	1.20
80952--81125	29	5.8	30	70	18	107	31	4	1	62	1.25
83768--83893	65	1.9	67	82	6	159	31	18	20	29	1.96
83897--83950	20	2.7	20	88	0	81	31	20	22	25	1.98
85352--85538	93	2.0	93	91	2	304	21	17	20	40	1.92
85352--85538	31	6.0	31	88	1	250	21	17	20	40	1.92
85777--85917	18	7.5	18	70	15	97	42	3	21	31	1.70
85785--85925	36	3.7	37	79	15	155	43	2	21	32	1.67
85776--85938	36	4.4	36	75	17	129	42	3	20	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88187--88237	20	2.5	20	90	0	75	35	19	13	31	1.91
89676--89831	31	5.0	31	91	1	233	20	16	22	40	1.91
90069--90203	18	7.5	18	71	9	105	40	3	22	32	1.72
90071--90224	36	4.3	36	85	4	186	38	3	22	35	1.71
92478--92522	20	2.2	20	92	0	72	31	15	24	28	1.96
93950--94074	31	4.0	31	88	4	173	20	18	22	39	1.93
94312--94446	18	7.5	18	70	9	87	41	3	22	32	1.71
94314--94446	36	3.7	36	86	2	160	41	3	22	33	1.69
96647--96706	18	3.3	18	65	17	52	53	11	11	23	1.70
96639--96711	36	2.0	36	100	0	146	53	10	10	24	1.68

Tables:   1

The End!