Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01001097.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002172_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 62932
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.34
Found at i:21 original size:14 final size:14
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Indices: 2--38 Score: 65
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
1 A
2 CGAGTCAACTCGTC
1 CGAGTCAACTCGTC
*
16 CGAGTCAACTCGTT
1 CGAGTCAACTCGTC
30 CGAGTCAAC
1 CGAGTCAAC
39 CCATTGACTT
Statistics
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0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 22 1.00
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Consensus pattern (14 bp):
CGAGTCAACTCGTC
Found at i:2568 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2526--2559 Score: 68
Period size: 13 Copynumber: 2.6 Consensus size: 13
2516 TCTACTATGT
2526 TTTTAAAAATATA
1 TTTTAAAAATATA
2539 TTTTAAAAATATA
1 TTTTAAAAATATA
2552 TTTTAAAA
1 TTTTAAAA
2560 TTTTATTTTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 21 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (13 bp):
TTTTAAAAATATA
Found at i:3596 original size:232 final size:229
Alignment explanation
Indices: 3146--3982 Score: 720
Period size: 232 Copynumber: 3.6 Consensus size: 229
3136 GGTGTTATAA
* * *
3146 TTATTTTCTTTTGTTGTGT-TGTTTCGAAGCACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTAAAAAGTAT
1 TTATTTTC-TTTGTTATGTAT-TTTCGAAGTACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTCAAAAG--T
* * * *
3210 TAATATCATGTCTAGTTTAATTCTTTATTTTCTTATACTTCATG-ACATCTTAGGAATAATTATA
62 TAATA-CATGTCTATTTTAATTC----TTTTCTTATACTTCATGCA-ATTTTAGGTATAATTATG
* *
3274 ATATTTTTTTAATAATATAATTATGGTATTAGTCCCTCTGTTATGATGAAATTTAAGC-TTAGTC
121 ATA-TTTTTT--TAATATAATTATGATATTAGTCCCTATGTTATGATGAAATTTAAGCTTTAGT-
* * *
3338 CCCACACTTTAATTTGACATAATTTAATCCTATAATCTAAAAGATTCT
182 CACACACTTTAATTTGACATAATTTAATCTTGTAATCTAAAAGATTCT
* * * *
3386 TTATTTTCTTTGTTATGTACTTTCGAAGTACCCTTTTGATTCTATTATGAACTTCATAAGTTAAT
1 TTATTTTCTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTCAAAAGTTAAT
3451 ACAATGTCTATATTTAATTC-TTT-TTATACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTCTT
66 AC-ATGTCTAT-TTTAATTCTTTTCTTATACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATT-TT
* *
3514 TCTTAATATAATTATGATATTAGTCCC-ATTGTTATGTTGAAATTTAATCTTTAGTCAACACACT
128 T-TTAATATAATTATGATATTAGTCCCTA-TGTTATGATGAAATTTAAGCTTTAGTC-ACACACT
* * * * *
3578 TTAATTCGACTTAATTTAATATTGTAATCTAAACA-TTTCG
190 TTAATTTGACATAATTTAATCTTGTAATCTAAA-AGATTCT
* * * * *
3618 TTATGTTAT-TTTGTTATATATTTTTGAAGTACTCTTTTAATGCTATTATTAACTTCAGAAGTAT
1 TTAT-TT-TCTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTCAAAAG--T
* * * * *
3682 TAA-CCATGTATAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTTCAAGCAATTTTAGGTGTAA-TATGA
62 TAATACATGTCTA-TTTTAATTC----TTTTCTTATACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGA
* * *
3745 TATTATTTTTATTATATAA-TATGATATTATTCCCTATGTTATGCA-GAAATTTAAGGTTTATTC
122 TATT-TTTTTA--ATATAATTATGATATTAGTCCCTATGTTATG-ATGAAATTTAAGCTTTAGTC
* * * *
3808 TCTACAC-TTAATTTAACATAATTTAATCTTGTAATCTAAATGCTTCT
183 AC-ACACTTTAATTTGACATAATTTAATCTTGTAATCTAAAAGATTCT
* * * * *
3855 TTATTTACTTTTTTATGTATTTTCGAA-TA--CTTTTGATGCTATTGTG-A-TTTAGAAATATTA
1 TTATTTTCTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTCA-AAA-GTTA
* * * * *
3915 ATACCATGTATAGTTTAATTCTTTATTTCTTATACTTGATGCAATTTTTATGTATAATTACGATA
64 ATA-CATGTCTATTTTAATTC--T-TTTCTTATACTTCATGCAA-TTTTAGGTATAATTATGATA
3980 TTT
124 TTT
3983 GTTGGGATTT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 69, Indels: 78
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
230 2 0.00
231 67 0.14
232 101 0.20
233 96 0.19
234 3 0.01
235 6 0.01
236 19 0.04
237 53 0.11
238 63 0.13
239 75 0.15
240 8 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.12, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (229 bp):
TTATTTTCTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTCAAAAGTTAAT
ACATGTCTATTTTAATTCTTTTCTTATACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTTTTTT
AATATAATTATGATATTAGTCCCTATGTTATGATGAAATTTAAGCTTTAGTCACACACTTTAATT
TGACATAATTTAATCTTGTAATCTAAAAGATTCT
Found at i:6777 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 6741--6815 Score: 107
Period size: 30 Copynumber: 2.5 Consensus size: 30
6731 TAACTTTTTG
6741 GGTCAAAGTCAACTGCCAAC-ATTTAACTCT
1 GGTCAAAGTCAACTGCCAACGA-TTAACTCT
* * *
6771 GGTCAAAGTCAACAGTCAACGATTAACTTT
1 GGTCAAAGTCAACTGCCAACGATTAACTCT
6801 GGTCAAAGTCAACTG
1 GGTCAAAGTCAACTG
6816 TCAGTCAAAG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
30 39 0.98
31 1 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.23, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (30 bp):
GGTCAAAGTCAACTGCCAACGATTAACTCT
Found at i:8410 original size:241 final size:242
Alignment explanation
Indices: 7946--8464 Score: 660
Period size: 241 Copynumber: 2.2 Consensus size: 242
7936 TCGTCTCTCG
*
7946 TTATGC-TGAAATTTAAG-TTT-TCCCCACACTTTAATTTGACATAATTTAATCATGTAATCTAA
1 TTATGCTTGAAATTTAAGCTTTATCCCCACACTTTAATTCGACATAATTTAATCATGTAATCTAA
* * * *
8008 ACCCTTCTTTATTTTCTTTGTTATGTATTTTCATAGTACACCTTTGATGTTACTATGAACTTCAA
66 ACCCTTCTTTAGTTTCTTTGTTATGAATTTTCATAGTACACCTTTCATGCTACTATGAACTTCAA
** * * * * *
8073 AAGTATTATTACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTAAGGTATA
131 AAGTATTAAAACAAGGTCGAGTTTTAATTC-TTAATTTCTTCAACTTCATGCAATTTAAGGTATA
* * *
8138 ATTATGATATTATTTTTTATTAATATAATTATGATATTAGTCCCTCTG
195 ATTATGATATTATTTTTAATTAATATAATTATGATATTAGACCCTCTA
* *
8186 TTAT-TTTGAAATTTAAGCTTTAACCCCACACTTTAATTCGACATAATTTAATCATGTAATCTAA
1 TTATGCTTGAAATTTAAGCTTTATCCCCACACTTTAATTCGACATAATTTAATCATGTAATCTAA
* * * * *
8250 ACCCTTCTTT-GTTTCATTATGTTATGAATTTCTGA-AGTACTCTTTTCATGCTATTATGAATTT
66 ACCCTTCTTTAGTTTC-TT-TGTTATGAATTT-TCATAGTACACCTTTCATGCTACTATGAACTT
* * *
8313 GAGAAGTATTAAAACAAGGTCGAGTTTTAATTC-TAATTTCTTCAACTTCATGTAATTTTAA-GT
128 CAAAAGTATTAAAACAAGGTCGAGTTTTAATTCTTAATTTCTTCAACTTCATGCAA-TTTAAGGT
* * *
8376 ATAATTGTGATATTATTTTTAATTAATATAATTATGATATTAGACTCTTTA
192 ATAATTATGATATTATTTTTAATTAATATAATTATGATATTAGACCCTCTA
*
8427 TTATGCTT-AAATTTAAGCTTTAGTCCCCACAATTTAAT
1 TTATGCTTGAAATTTAAGCTTTA-TCCCCACACTTTAAT
8465 AAAAATTGGC
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 31, Indels: 16
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
240 15 0.06
241 91 0.38
242 72 0.30
243 59 0.25
244 2 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (242 bp):
TTATGCTTGAAATTTAAGCTTTATCCCCACACTTTAATTCGACATAATTTAATCATGTAATCTAA
ACCCTTCTTTAGTTTCTTTGTTATGAATTTTCATAGTACACCTTTCATGCTACTATGAACTTCAA
AAGTATTAAAACAAGGTCGAGTTTTAATTCTTAATTTCTTCAACTTCATGCAATTTAAGGTATAA
TTATGATATTATTTTTAATTAATATAATTATGATATTAGACCCTCTA
Found at i:9626 original size:492 final size:488
Alignment explanation
Indices: 8482--9753 Score: 1572
Period size: 492 Copynumber: 2.6 Consensus size: 488
8472 GGCGTGTAAC
* * *
8482 ATATTAGTCCCTC-GATTATGCTGAAATTTAATCTTTAT-TCCCCACACTTTAATTTGACATAAT
1 ATATTAGTCCCTCTG-TTATGCTGAAATTTAAGCTTT-TGTCCCCAAACTTTAATTTAACATAAT
* *
8545 TTAATCGTGTAATCTAAACCCTT-TTTA--TTCTTTTGGTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTAA
64 TTAATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTAA
* * *
8607 -T-GGTCTATGAACTTCAGAAGTATTATTACCATGTCTAGTTTTAATTTTTTA-TTTCTTCTACT
129 TTAGAT-TATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACT
* *
8669 TCATGCAGTTTTAGGTATAATTATGATGTTA--TTTTATTAATAA-AATTATGATATTAGTCCTT
193 TCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATAATAATTATGATATTAGTCC--
* * * * *
8731 ATC-TAATGTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCGACACTTTAATTTGACATAATTCAATCATGTAATC
256 ATCATTATGTGAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTTCACATAATTCAATCATATAATC
* * * * *
8795 TAAACCCTTCTTTATTTTATTTTGTTATGTGTTTTTGAAATGCTCTTTTGATGCTATTATGAACT
321 TAAACCCATCTTTATTTTATTTTGTTACGTATTTTCGAAATACTCTTTTGATGCTATTATGAACT
* * * *
8860 TCAGAAGTATTAAAATCAGGTCTATTTGTAATTTTTTATTTTCTTATACTTCATGCAATTTTAGG
386 TCAGAAGTATTAAAACCAGGTCTATTTGTAATTCTTCATTTTCTTATACCTCATGCAATTTTAGG
** * *
8925 TATAACTGTCATATTATTTTTTAATTATTATAATTATG
451 TATAACTAACAAATTATTTTTTAATTAATATAATTATG
* * *
8963 ATATTAGTCTCTTTGTTATGCTGAAGTTTAAG-TTTTAGTCCCCAAACTTTAATTTAACATAATT
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTT-GTCCCCAAACTTTAATTTAACATAATT
* * * * * *
9027 TAATAATGTATTCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTACGTATTTTTGAAGAACTCTTTTGAT
65 TAATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTAAT
* * *
9092 GCA-AATATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTATACTT
130 -TAGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTT
* *
9156 CATGCAATTTTAGGTCTAATTATGATATTATTTTTTATTAAAAATAATTATGATATTAGTCCATC
194 CATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATAATAATTATGATATTAGTCCATC
* *
9221 AGTTATGTTGAAATTTTAAGATTTAGTCCCCACACTTTAATTTCACATAATATTTAATCCA-ATA
259 A-TTATG-TGAAA-TTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTTCACAT-A-ATTCAAT-CATATA
* * * *
9285 ATCTAAATCCATCTTTATTTTCTTTTGTTGCGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATGCTATTATGA
318 ATCTAAACCCATCTTTATTTTATTTTGTTACGTATTTTCGAAATACTCTTTTGATGCTATTATGA
* * * *
9350 ACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTT-TGATTCTTCATTTTCTTCTACCTCATGCAATTT
383 ACTTCAGAAGTATTAAAACCAGGTCTA-TTTGTAATTCTTCATTTTCTTATACCTCATGCAATTT
* * * *
9414 TAGGTATGATTAAGAAATTATTTTTT-ATTAATATCATTATG
447 TAGGTATAACTAACAAATTATTTTTTAATTAATATAATTATG
* * * *
9455 ATATTAGTCCCTCTGTTATACTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCTATAGTTTAATTTAACATAATTT
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCCAAACTTTAATTTAACATAATTT
* * *
9520 AATCATGCAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTAATTTCAAAGTACTCTTTTAATT
66 AATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTAATT
* * * * * *
9585 AGATTATGAACTTCAGAAGTATCAATACAACGTATAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTATTTAA
131 AGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTTCA
* * * * *
9650 TGCAATTTTAGGTGTAATTATGATATTATTTATTAAT-ATTATAATTATGATATTAGTCCCTCTA
196 TGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATAATAATTATGATATTAGTCCATC-A
* * * *
9714 TTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATACTTTCATTT
260 TTATG-TGAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTT
9754 TCTTCTACCT
Statistics
Matches: 674, Mismatches: 93, Indels: 39
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
479 1 0.00
480 3 0.00
481 69 0.10
482 5 0.01
484 30 0.04
485 44 0.07
486 38 0.06
487 3 0.00
488 11 0.02
489 21 0.03
490 31 0.05
491 61 0.09
492 212 0.31
493 140 0.21
494 5 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (488 bp):
ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCCAAACTTTAATTTAACATAATTT
AATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTAATT
AGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTTCA
TGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATAATAATTATGATATTAGTCCATCAT
TATGTGAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTTCACATAATTCAATCATATAATCTAAAC
CCATCTTTATTTTATTTTGTTACGTATTTTCGAAATACTCTTTTGATGCTATTATGAACTTCAGA
AGTATTAAAACCAGGTCTATTTGTAATTCTTCATTTTCTTATACCTCATGCAATTTTAGGTATAA
CTAACAAATTATTTTTTAATTAATATAATTATG
Found at i:9640 original size:244 final size:244
Alignment explanation
Indices: 8482--9753 Score: 1512
Period size: 244 Copynumber: 5.2 Consensus size: 244
8472 GGCGTGTAAC
* *
8482 ATATTAGTCCCTC-GATTATGCTGAAATTTAATCTTTAT-TCCCCACACTTTAATTTGACATAAT
1 ATATTAGTCCCTCTG-TTATGCTGAAATTTAAGCTTT-TGTCCCCACACTTTAATTTAACATAAT
* * *
8545 TTAATCGTGTAATCTAAACCCTT-TTTA--TTCTTTTGGTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTAA
64 TTAATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGA
* *
8607 TG-G-TCTATGAACTTCAGAAGTATTATTACCATGTCTAGTTTTAATTTTTTA-TTTCTTCTACT
129 TGAGAT-TATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACT
* * *
8669 TCATGCAGTTTTAGGTATAATTATGATGTTA--TTTTATTAATAAAATTATG
193 TCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAATTATG
* * * * * * *
8719 ATATTAGTCCTTATCTAATG-TGAAATTTAAGCTTTTGTCCCGACACTTTAATTTGACATAATTC
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCCACACTTTAATTTAACATAATTT
* * * * *
8783 AATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTATTTTGTTATGTGTTTTTGAAATGCTCTTTTGATG
66 AATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATG
** * * * * *
8848 CTATTATGAACTTCAGAAGTATTAAAATCAGGTCTA-TTTGTAATTTTTTATTTTCTTATACTTC
131 AGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTT-TAATTCTTTATTTTCTTCTACTTC
* * * *
8912 ATGCAATTTTAGGTATAACTGTCATATTATTTTTTAATTATTATAATTATG
195 ATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTT-ATTAATATAATTATG
* * * *
8963 ATATTAGTCTCTTTGTTATGCTGAAGTTTAAG-TTTTAGTCCCCAAACTTTAATTTAACATAATT
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTT-GTCCCCACACTTTAATTTAACATAATT
* * * * *
9027 TAATAATGTATTCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTACGTATTTTTGAAGAACTCTTTTGAT
65 TAATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGAT
* *
9092 GCA-AATATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTATACTT
130 G-AGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTT
* *
9156 CATGCAATTTTAGGTCTAATTATGATATTATTTTTTATTAAAAATAATTATG
194 CATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATT-AATATAATTATG
* * * * * *
9208 ATATTAGTCCATCAGTTATGTTGAAATTTTAAGATTTAGTCCCCACACTTTAATTTCACATAATA
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAA-TTTAAGCTTTTGTCCCCACACTTTAATTTAACAT-A-A
* * * **
9273 TTTAATCCA-ATAATCTAAATCCATCTTTATTTTCTTTTGTTGCGTATTTTCGAAGTACTCTTTT
63 TTTAAT-CATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTT
** * *
9337 GATGCTATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTGATTCTTCATTTTCTTCTAC
127 GATGAGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTAC
* * * * *
9402 CTCATGCAATTTTAGGTATGATTAAGAAATTATTTTTTATTAATATCATTATG
192 TTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAATTATG
* * * *
9455 ATATTAGTCCCTCTGTTATACTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCTATAGTTTAATTTAACATAATTT
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCCACACTTTAATTTAACATAATTT
* * * * *
9520 AATCATGCAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTAATTTCAAAGTACTCTTTTAATT
66 AATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATG
* * * * * *
9585 AGATTATGAACTTCAGAAGTATCAATACAACGTATAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTATTTAA
131 AGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTTCA
* * * *
9650 TGCAATTTTAGGTGTAATTATGATATTATTTATTAATATTATAATTATG
196 TGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAATTATG
* * * * * *
9699 ATATTAGTCCCTCTATTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATACTTTCATTT
1 ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCCACACTTTAATTT
9754 TCTTCTACCT
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 134, Indels: 41
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
235 1 0.00
236 59 0.07
237 19 0.02
239 33 0.04
240 38 0.04
241 37 0.04
243 6 0.01
244 233 0.27
245 206 0.23
246 58 0.07
247 36 0.04
248 150 0.17
249 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (244 bp):
ATATTAGTCCCTCTGTTATGCTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCCACACTTTAATTTAACATAATTT
AATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTTGATG
AGATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTTCTACTTCA
TGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAATTATG
Found at i:9809 original size:116 final size:115
Alignment explanation
Indices: 9630--9865 Score: 337
Period size: 116 Copynumber: 2.0 Consensus size: 115
9620 AGTTTTAATT
** * * *
9630 CTTTATTTTCTTCTATTTAATGCAATTTTAGGTGTAATTATGATATTATTTATTAATATTATAAT
1 CTTTATTTTCTTCTACCTAATGCAATTTTAGGTATAATTATGAAATTATTTATTAATAATATAAT
9695 TATGATATTAGTCCCTCTATTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATA
66 TATGATATTAGTCCCTCTATTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATA
* ** * *
9745 CTTTCATTTTCTTCTACCTCATGCAATTTTAGGTATGGTTATGAAATTATTTTTTATTAATATAA
1 CTTT-ATTTTCTTCTACCTAATGCAATTTTAGGTATAATTATGAAATTATTTATTAATAATATAA
* * *
9810 TTATGATATTAGTCCCTCTATTATGCTAAAATTTAAGGTTTGGTCCCCATA
65 TTATGATATTAGTCCCTCTATTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATA
*
9861 GTTTA
1 CTTTA
9866 ATTTGACATA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
115 5 0.05
116 101 0.95
ACGTcount: A:0.29, C:0.14, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (115 bp):
CTTTATTTTCTTCTACCTAATGCAATTTTAGGTATAATTATGAAATTATTTATTAATAATATAAT
TATGATATTAGTCCCTCTATTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATA
Found at i:9844 original size:360 final size:360
Alignment explanation
Indices: 9387--10113 Score: 1130
Period size: 360 Copynumber: 2.0 Consensus size: 360
9377 GTTTTGATTC
*
9387 TTCATTTTCTTCTACCTCATGCAATTTTAGGTATGATTAAGAAATTATTTTTTATTAATATCATT
1 TTCATTTTCTTCTACCTCATGCAATTTTAGGTATGATTAAGAAATTATTTTTTATTAATATAATT
* * * *
9452 ATGATATTAGTCCCTCTGTTATACTGAAATTTAAGCTTTTGTCCCTATAGTTTAATTTAACATAA
66 ATGATATTAGTCCCTCTATTATACTAAAATTTAAGCTTTGGTCCCCATAGTTTAATTTAACATAA
*
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131 TTTAATCATGCAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTGGTTATGTAATTTCAAAGTACTCTTTTA
* * **
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196 ATTAGATTACGAACATCAGAAGTATCAATACAACGTATAGTTTTAATTCTTTATTTTCTAATATT
** * * *
9647 TAATGCAATTTTAGGTGTAATTATGATATTATTTATTAATATTATAATTATGATATTAGTCCCTC
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* *
9712 TATTACGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCATACT
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* *
9747 TTCATTTTCTTCTACCTCATGCAATTTTAGGTATGGTTATGAAATTATTTTTTATTAATATAATT
1 TTCATTTTCTTCTACCTCATGCAATTTTAGGTATGATTAAGAAATTATTTTTTATTAATATAATT
* * *
9812 ATGATATTAGTCCCTCTATTATGCTAAAATTTAAGGTTTGGTCCCCATAGTTTAATTTGACATAA
66 ATGATATTAGTCCCTCTATTATACTAAAATTTAAGCTTTGGTCCCCATAGTTTAATTTAACATAA
* * * * * * *
9877 TTTAATCATGTAATCTAAACTCTTCTTTATTTTCTTTGGTTATGTATTTTCGAGGTACTTTTTTG
131 TTTAATCATGCAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTGGTTATGTAATTTCAAAGTACTCTTTTA
* * *
9942 ATTAGATTACGAACATCAGAAGTATTAATACGACGTCTAGTTTTAATTCTTTATTTTCTAATATT
196 ATTAGATTACGAACATCAGAAGTATCAATACAACGTATAGTTTTAATTCTTTATTTTCTAATATT
* * *
10007 TCATGCAATTTTAGGTAAAATTAAGATATTATTTTTTATTAATATAATTATGACATTAGTCCCTC
261 TAATGCAATTTTAGGTAAAATTAAGATATTATTTATTAATAATATAATTATGACATTAGTCCCTC
10072 TATTAAGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACT
326 TATTAAGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACT
*
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TTTAATCATGCAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTGGTTATGTAATTTCAAAGTACTCTTTTA
ATTAGATTACGAACATCAGAAGTATCAATACAACGTATAGTTTTAATTCTTTATTTTCTAATATT
TAATGCAATTTTAGGTAAAATTAAGATATTATTTATTAATAATATAATTATGACATTAGTCCCTC
TATTAAGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACT
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* ** *
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* * * * * *
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* * * *
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*** * * * *
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** * * *
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1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAAT
* *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* **
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* * **
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* * * * * *
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195 TGATGCTATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATT
* * *
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1 CTTTATTTTCTTCTACTTC-ATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATT-ATTTTTTATTAATATA
* * * *
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* *
10606 ATAATTTAATCTTGTAGTCTAAACCCTTCTTTATTTT-TGTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTC
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* * *
10670 TTTTAATGTTATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATTTCTAGTTTTAATT
192 TTTTGATGCTATTATGAACTTCAGAAGTATTAATACCATGTCTAGTTTTAATT
* * * * * *
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1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTA-TTTTTTATTAATATAA
* ** * * **
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65 TTATGATATTAGTCCCTCTGTTATACTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTTGACAT
* *
10853 AATTTAACCCTGTAATCTAAA-CCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTT
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* *
10917 TGATG-TGATTATGAACTTCAAAAGTATTAACACCATGTCTAGTTTTAATT
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* * *
10967 CTTTA-TTTCTTCTACTACATGCAATTTTAGCTACAATTATGATATTA-TTTTTATTAATATAAT
1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAAT
* *
11030 TATGATATTAGTCCCTCTGTTACACT-AAATTTAAGCTCTAGTCCCCACACTTTAATTTGACATA
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* * * * * * *
11094 ATTTAATCATGTAATCTAAACCTTTCTTTATTTTATGTTGTTACGTGTTTTTGATGTACT-TTTT
131 ATTTAATCATGTAATCTAAACCCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTT
* * * *
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* * * * * * *
11194 CGTTATGTTCTTTTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTGTGATATTATTTTTAAATAATATAGT
1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAAT
* * * * * * *
11259 TATTATATTAGTCCCACTGTTATGCTTAAATTTAAGCTTTAGTTCCCAAACTTTAATTTTACATA
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* * * *
11324 ATTTAATCATGTAATCTAAACCCTACTTTATTTTCTTTTGTTGTGCATATTCGAAGTACTCTTTT
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* * * * *
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* *
11438 CTTTATTTTCTTCTACATCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATGTTATTTTTTATTAATATAAT
1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAAT
* * * * * *
11503 TATGA-ACTTAGTCCCTCT-ATATGCTGAAATTTAAGCATTAGTCCCCATAGTTTAATTTGACAT
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* * **
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* *
11626 TTGATACTATTATGAACTTCATAAGTATTAATA
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11659 TCATAAATGG
Statistics
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Found at i:10775 original size:489 final size:484
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* * * * *
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* * *
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* * * * * **
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * **
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* * * *
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* *
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* **
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* * * * * * *
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* * *
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*
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* * *
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*
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* * * * *
10723 CTTTATTTTATTCTACTTCATGCAATATTAGTTATAATTATAACATTATTTTTTTATTAACATAA
1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATAATATTA-TTTTTTATTAATATAA
* * * * **
10788 TTATGATATTAGTCCATCTGTTATGTTGAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACATTTTAATTTGGTAT
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* *
10853 AATTTAACCCTGTAATCTAAACCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTT
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*
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* * *
10982 TACATGCAATTTTAGCTACAATTATGATATTA-TTTTTATTAATATAATTATGATATTAGTCCCT
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* * * *
11046 CTGTTACACT-AAATTTAAGCTCTAGTCCCCACACTTTAATTTGACATAATTTAATCATGTAATC
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* * * * * * *
11110 TAAACCTTTCTTTATTTTATGTTGTTACGTGTTTTTGATGTACT-TTTTTATG----T-T-AA--
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* *
11166 T----A-TGTTATTACCATATCTAGTTTTAATT
452 TCAGAAGTATTAATACCATATCTAGTTTTAATT
* * * * * * * *
11194 CGTTATGTTCTTTTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTGTGATATTATTTTTAAATAATATAGT
1 CTTTATTTTCTTCTACTTCATGCAATTTTAGGTATAATTATAATATTATTTTTTATTAATATAAT
* * * * * *
11259 TATTATATTAGTCCCACTGTTATGCTTAAATTTAAGCTTTAGTTCCCAAACTTTAATTTTACATA
66 TATGATATTAGTCCCTCTGTTATGCTAAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTTGACATA
* * * *
11324 ATTTAATCATGTAATCTAAACCCTACTTTATTTTCTTTTGTTGTGCATATTCGAAGTACTCTTTT
131 ATTTAATCATGTAATCTAAA-CCTTCTTTATTTTCTTTTGTTATGTATTTTCGAAGTACTCTTTT
* * * *
11389 GATGCAAATATGAACTTCAAAAGTATTAATACCATGTCTTGTTTTTATTCTTTATTTTCTTCTAC
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* *
11454 ATCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATGTTATTTTTTATTAATATAATTATGA-ACTTAGTCCC
259 TTCATGCAATTTTAGGTATAATTATGATATTATTTTTTATTAATATAATTATGATA-TTAGTCCC
* * * *
11518 TCTATATGCTGAAATTTAAGCATTAGTCCCCATAGTTTAATTTGACATAATTTAATAC-TATAAT
323 TCTATA-GCTGAAATTTAAGCTTTAGTCCCCACACTTTAATTTGACATAATTTAAT-CTTGTAAT
* * ** *
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* *
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Statistics
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*
14730 TTAATGAAATAACATTAT
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* *
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* *
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*
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1 AATGAACTAA
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1 ACATCTCCCTTGGTCGAATGATACATGCTTGGTTCATCTTGGTGCCAAAG
* * *
43863 ACATCTCCCTTGGTCGAATGAT-GATGTGTTGGTTCATTTTGGTGCC
1 ACATCTCCCTTGGTCGAATGATACATG-CTTGGTTCATCTTGGTGCC
43909 CAATCTCTCA
Statistics
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ACGTcount: A:0.18, C:0.21, G:0.25, T:0.36
Consensus pattern (50 bp):
ACATCTCCCTTGGTCGAATGATACATGCTTGGTTCATCTTGGTGCCAAAG
Found at i:44482 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 44445--44489 Score: 56
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
44435 TATGTATAAG
44445 ATAAATATGTATATAAAAT
1 ATAAATATGTATATAAAAT
* *
44464 ATAACTATGT-TATAGAAT
1 ATAAATATGTATATAAAAT
44482 ATGAAATA
1 AT-AAATA
44490 GGCATCATTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 2
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18 9 0.41
19 13 0.59
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
ATAAATATGTATATAAAAT
Found at i:47050 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 46998--47050 Score: 97
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46988 AGGTGAGCTA
*
46998 TAGCTTGATGAACTCAAGCAAGT
1 TAGCTTTATGAACTCAAGCAAGT
47021 TAGCTTTATGAACTCAAGCAAGT
1 TAGCTTTATGAACTCAAGCAAGT
47044 TAGCTTT
1 TAGCTTT
47051 GGTCTTCTCA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 0
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Consensus pattern (23 bp):
TAGCTTTATGAACTCAAGCAAGT
Found at i:56739 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 56715--56753 Score: 51
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56705 AATGAAACCT
*
56715 ATATATATAAATGAAAAACTA
1 ATATAAATAAAT-AAAAACTA
*
56736 ATATAAATCAATAAAAAC
1 ATATAAATAAATAAAAAC
56754 ATCATGCAGT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 1
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.38
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ACGTcount: A:0.64, C:0.08, G:0.03, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
ATATAAATAAATAAAAACTA
Found at i:61434 original size:215 final size:215
Alignment explanation
Indices: 61020--61434 Score: 706
Period size: 215 Copynumber: 1.9 Consensus size: 215
61010 TATGTATTTT
61020 ATCTCCCGCATGACATTTGGTATAGAAGCTATTCTCCCTTTGTTCATCTTCTTGGCTTTGAATAC
1 ATCTCCCGCATGACATTTGGTATAGAAGCTATTCTCCCTTTGTTCATCTTCTTGGCTTTGAATAC
* * *
61085 TTAGTGTTCTTTTGACAACAAAGATGTTATATAAGGTGACATGTTAGTGATAATAATAGAAAGAA
66 TTAGTGTTCTTTTGACAACAAAGATGCTATATAAGGAGACAAGTTAGTGATAATAATAGAAAGAA
*
61150 ATATGTTGAAGGACCTTACAAAAAATGCTCTCACAGGGCCTCGCAAGTTACTCCAAAGAAACTTT
131 ATATGTTGAAGGACCTTACAAAAAATGCTCTCACAAGGCCTCGCAAGTTACTCCAAAGAAACTTT
61215 AATGTTCATATGTAGACTTC
196 AATGTTCATATGTAGACTTC
* *
61235 ATCTCCCGCATGACATTTGGTATAGAAGCTATTTTCCCTTTGTTCATCTTCTTGGCTTTGAATGC
1 ATCTCCCGCATGACATTTGGTATAGAAGCTATTCTCCCTTTGTTCATCTTCTTGGCTTTGAATAC
*
61300 TTAGTTTTCTTTTGACAACAAAGATGCTATATAAAGGAGACAAGTTAGTGATAATAATAGAAAGA
66 TTAGTGTTCTTTTGACAACAAAGATGCTATAT-AAGGAGACAAGTTAGTGATAATAATAGAAAGA
* * * * *
61365 AATGTGTTGAATGACCTTACCAAAAATGTTCTCACAAGGTCTCGCAAGTTACTCCAAAGAAAC-T
130 AATATGTTGAAGGACCTTACAAAAAATGCTCTCACAAGGCCTCGCAAGTTACTCCAAAGAAACTT
61429 TAATGT
195 TAATGT
61435 CACTCAATCT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 12, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
215 100 0.53
216 87 0.47
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Consensus pattern (215 bp):
ATCTCCCGCATGACATTTGGTATAGAAGCTATTCTCCCTTTGTTCATCTTCTTGGCTTTGAATAC
TTAGTGTTCTTTTGACAACAAAGATGCTATATAAGGAGACAAGTTAGTGATAATAATAGAAAGAA
ATATGTTGAAGGACCTTACAAAAAATGCTCTCACAAGGCCTCGCAAGTTACTCCAAAGAAACTTT
AATGTTCATATGTAGACTTC
Found at i:62903 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 62876--62906 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 14
62866 TATAACATAA
62876 ATATATTCATCTAT
1 ATATATTCATCTAT
62890 ATATATTACATCTAT
1 ATATATT-CATCTAT
62905 AT
1 AT
62907 GTATGATGAT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.44
15 9 0.56
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (14 bp):
ATATATTCATCTAT
Done.