Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01001113.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002196_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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8291 TTTTAAATTT
*
8301 TTCTTTTTCTTTTATTTTC
1 TTCTTTTTCTTTT-TTCTC
8320 TTC-TTTTCTGATTTTTCTC
1 TTCTTTTTCT--TTTTTCTC
8339 TTCTTTTATC-TTTTTCT-
1 TTCTTTT-TCTTTTTTCTC
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TTCTTTTTCTTTTTTCTC
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8276 CATGGCTTGC
*
8286 TTTCTTTT-TAAATTTTTCTTTTTCTTTTAT-TT
1 TTTCTTTTCT-AATTTTTC-TCTTCTTTTATCTT
*
8318 TCTTCTTTTCTGATTTTTCTCTTCTTTTATCTT
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8351 TTTCTTT
1 TTTCTTT
8358 CTTTTTGCAC
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TTTCTTTTCTAATTTTTCTCTTCTTTTATCTT
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23231 TGACTGATCG
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1 AACCGAATTAACCA
23270 AATTTTTTTT
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AACCGAATTAACCAT
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23371 TTTTCTAATT
* * * *
23381 TATATAA-A-ATTAAATATTTTTTAATTCAAAAAAGCTTATAATTAATTTAAATAATAAATAATT
1 TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTAAAAAAAGCTTACAATGAATTTAAATAATAAATAATT
* *
23444 ATAAAATAAAAATTTTTAGATAACTTTTTTAATTAATTAATATTGATTTAAGTTTAAAAGTTATT
66 ATAAAATAAAAATATTTAGATAACTTTTTTAATTAATTAATATTGATTTAAGTTTAAAAGTTACT
* *
23509 GGATCTTAAATTATTAATTAGGTTTTAAATGGTTTGGGCTTAGCCCATATGTTA
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* *
23563 TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTAAAAAATAGTTTACAATGAATTTAAATAATATATAAT
1 TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTAAAAAA-AGCTTACAATGAATTTAAATAATAAATAAT
*
23628 TATAAAATAAAAA-ATTTATATAA-TTTTTTAATTAATTAATATTGATTTAAGTTTAAAAGTTAC
65 TATAAAATAAAAATATTTAGATAACTTTTTTAATTAATTAATATTGATTTAAGTTTAAAAGTTAC
*
23691 TGGATCTTAAATTATTAATTAAGTTTTTAATGATTTGGG-TTGAGCCCATATGTTA
130 TGGATCTTAAATTATTAATTAAGTTTTAAATGATTTGGGCTT-AGCCCATATGTTA
*
23746 TATATAATATATTTAAAATTT
1 TATATAATATATTTAATATTT
23767 AAAATTTAAT
Statistics
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TATATAATATATTTAATATTTTTTAATTAAAAAAAGCTTACAATGAATTTAAATAATAAATAATT
ATAAAATAAAAATATTTAGATAACTTTTTTAATTAATTAATATTGATTTAAGTTTAAAAGTTACT
GGATCTTAAATTATTAATTAAGTTTTAAATGATTTGGGCTTAGCCCATATGTTA
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24544 TTACTTATCG
24554 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
24579 AGTAATCATA
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1.00 0.00 0.00
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AT
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24562 ATATATATAT
24572 ATATATAAGTAATC
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1 ATATATAAGTAATC
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24614 ATAT
1 ATAT
24618 TAATTAAACC
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ATATATAAGTAATC
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24560 ATATATATAT
24570 ATATATATAAGTAATC
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24599 ATATTATAAGTAATC
1 ATATTATAAGTAATC
24614 ATATTA
1 ATATTA
24620 ATTAAACCTT
Statistics
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ATATTATAAGTAATC
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30604 TCAGAACTGC
* * * * *
30614 GTCCGTAGGGCTTACCCTCAGCACACAGCAAAAGGGGAGCCAACCTAAGGATATGCCTTGGGACC
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*
30679 TAT-AGGCCTACCCAAGGGTATCCTTTG
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*
30706 GTCCGTAGGGCTTACCATAAGAACACAAC-AAA-GGAAGCCAACCTAAGGATATGCCTTGGGGCC
1 GTCCGTAGGGCTTACCATAAGAACACAACAAAAGGGAAGCCAACCTAAGGATATGCCTTGGGACC
30769 TATGAGCCTACCCAAGGGTATCCTTAG
66 TATGAGCCTACCCAAGGGTATCCTTAG
*
30796 GTCCGTAAGGACTTAC
1 GTCCGT-AGGGCTTAC
30812 TAGCTGGATC
Statistics
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GTCCGTAGGGCTTACCATAAGAACACAACAAAAGGGAAGCCAACCTAAGGATATGCCTTGGGACC
TATGAGCCTACCCAAGGGTATCCTTAG
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36774 TAATAAGGTT
36784 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
36799 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
36814 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
36829 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
*
36844 ATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
36859 ATTTATTTTAAAATATGGA
1 ATTTATTTT-AAA-AT--A
*
36878 TTGATTTATTTTAAAAAA
1 ---ATTTATTTTAAAATA
36896 ATTTATTTT-AAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
36910 ATTTATT
1 ATTTATT
36917 AGTATGGAAT
Statistics
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ATTTATTTTAAAATA
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36774 TAATAAGGTT
*
36784 ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATA
36814 ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATA
36844 ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATATGGA
1 ATTTATTATAAAATAATTTATTTT-AAA-AT--A
* *
36878 TTGATTTATTTTAAAAAAATTTATTTT-AAATA
1 ---ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATA
* *
36910 ATTTATTAGTATGGAATGATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTA-TA--AAATAATTTATTTTAAAATA
36943 TGGATTGATT
Statistics
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ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATA
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36774 TAATAAGGTT
36784 ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATA
* *
36829 ATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATATGGA
1 ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTAT-AAA-AT--A
* * *
36878 TTGATTTATTTTAAAAAAATTTATTTT-AAATAATTTATTAGTATGGAATG
1 ---ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTA-TA--AAATA
36928 ATTTATTTTAAAATA
1 ATTTATTTTAAAATA
36943 TGGATTGATT
Statistics
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ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATA
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36849 TTATAAAATA
36859 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
* ** *
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1 ATTTATTTT-AAAATATGGA-TTG
** * * * *
36905 AAATAATTTATTAGTATGGAATG
1 ATTTATTTTA-AAATATGGATTG
36928 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTATTTTAAAATATGGATTG
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1 ATTTATTTTAAA
36962 TAATTTATTA
Statistics
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ATTTATTTTAAAATATGGATTG
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*
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* ** * *
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* * * ** *
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*
37054 ATTTA-TTT--ATTATTGTAGTT-GTATGGATTG
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*
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* *
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1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
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1 ATTTATTTTAAA
37214 ATATGGATTG
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 28, Indels: 74
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Indices: 36814--36970 Score: 237
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36804 TTTTAAAATA
*
36814 ATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATATGGAT
1 ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATATGGAT
36879 TG
66 TG
* * *
36881 ATTTATTTTAAAAAAATTTATTTT-AAATAATTTATTAGTATGGAATGATTTATTTTAAAATATG
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36945 GATTG
63 GATTG
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1 ATTTATTTTAAAATAATTTATT
36971 AGTATGGATT
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 5
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ATTTATTTTAAAATAATTTATTTTAAAATAATTTATTATAAAATAATTTATTTTAAAATATGGAT
TG
Found at i:36961 original size:54 final size:54
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Indices: 36896--37411 Score: 505
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36886 TTTTAAAAAA
*
36896 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGAATGATTTATTTTAAAATATGGATTG
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*
36950 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTT
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
*
37004 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTT
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*
37058 ATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTG
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* * * *
37116 ATTTATTTTAAATAATTTATCAGTATGGATTGAATTATTTTAAACTATTGATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
37170 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
* * *
37224 ATTTA--TT--AT--TGTAGTT-GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATAGTATGG
1 ATTTATTTTAAATAATTTA-TTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--T-AT-GGATTG
* * *
37278 ATTGA-TTT--AT--TTTA-AAATATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA--TA-T-G---G-ATTG
*
37336 ATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
37390 ATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 ATTTATTTTAAATAATTTATTA
37412 TTGTAGTTGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 27, Indels: 76
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Matches are distributed among these distances:
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ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTG
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*
36995 TATGGATTTATTTATTTTAAA
1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
37016 TAATTTATTA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
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* *
36941 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTTAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAATTATTTTAAAATATGGATTGAT
*
37006 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTTATTTATTATTGTA
66 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTA
*
37071 GTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAG
131 GTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATAG
* * *
37107 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATCAGTATGGATTGAATTATTTTAAACTATTGATTGAT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGAATTATTTTAAAATATGGATTGAT
37172 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTA
66 TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTA
37237 GTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATAG
131 GTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATAG
** ** * * * * * *
37273 TATGGATTGATTTATTTTAAA-ATATGGATT-G-ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGTATT
1 TATGGATTGATTTATTTTAAATA-ATTTATTAGTATGGA-TTGAATTATTTTA-AAATATGGATT
*
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TTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTA
GTTGTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATAG
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36886 TTTTAAAAAA
*
36896 ATTTATTTTAAATAATTTATTAGTATGGAATGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAA
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* *
36961 ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTTATTTATTTTAAATAATTTA-TT
66 ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTA--TT--AT--TGTAGTT
** * ***
37025 AGTATGGATTGATTTATTTT-AA-AA-T-AT-GGATTTATTTA-TTATTGTAGTTGTATGGATTG
125 -GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTAATAGGATGGATTGATTTATTGTA-AAATATGGATTG
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* * * *
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37181 ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGG
66 ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGG
* *
37246 ATTGATTTATTTTAAATAATTTAATAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATT
131 ATTGATTTATTTTAAATAA-TTAATAGGATGGATTGATTTATTGTAAAATATGGATTGATTTATT
*
37311 TTAAATAATTTATTAGTATGTATTG
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*
37336 ATTTATTTTAAATAATTTATTTGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTTTAA
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66 ATAATTTATTA
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ATAATTTATTAGTATGGATTGATTTATTTTAAAATATGGATTGATTTATTATTGTAGTTGTATGG
ATTGATTTATTTTAAATAATTAATAGGATGGATTGATTTATTGTAAAATATGGATTGATTTATTT
TAAATAATTTATTAGTATGGATTG
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37174 ATTTTAAATA
*
37184 ATTTATTAGTATGGATTG
1 ATTTATTAATATGGATTG
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37232 TTGTAGTTGT
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ATTTATTAATATGGATTG
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Alignment explanation
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37230 TATTGTAGTT
37240 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATA
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1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATA
*
37295 -TATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTATTA
1 GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATA
* * *
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1 GTATGGATTGATTTATTTTAAA
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GTATGGATTGATTTATTTTAAATAATTTAATA
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
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TATGGATTGATTTATTTTAAAA
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37349 AATTTATTTG
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1 TATGGATTGATTTATTTTAAA
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TATGGATTGATTTATTTTAAAA
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*
37795 TTTTAACCAAGATGTGTTTCCTAC
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41854 TTTAGTATAA
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*
41881 ATTATTATTATTTATT
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41911 TT
1 TT
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Statistics
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TTATTATTATTAATT
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43811 TCAATATTGA
* * * *
43821 AAATAGTAATATCTTTTCATTTC-AGTTGGAGTAATAAATGATTGCTTTAAGGCATAAGAGGTCA
1 AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGA-TTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCGTAAGAGGTCA
* * * *
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43950 CG
130 CG
** *
43952 GGATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAAT-AGCTGCTTTAAGGCGTGAGAGGTCA
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* *
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65 TTTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATC-TTTTTCTCTCGAATCAATATTGACTTTTAAG
44081 ACG
129 ACG
* * * *
44084 AAATAGTGATATCTCTTCGTTTCGATCGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCGTCAGATGTCAT
1 AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCGTAAGAGGTCAT
* * *
44149 TTATTCTTGATTGGAAATAAATAGATATTATCGTTTTC
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44187 ATTCTTAAAA
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130 1 0.00
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AAATAGTGATATCTCTTCATTTCGATTGGAGTAATAAATGACTGCTTTAAGGCGTAAGAGGTCAT
TTATTCTCGATTGGAAATAATTAGATATTATCTTTTTCTCTCGAATCAATATTGACTTTTAAGAC
G
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Alignment explanation
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51102 TTTTAGTGCA
* *
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1 GAGGGAACCGATTCCCCCTT
51132 GAGGGAACCGATTCCCCCTT
1 GAGGGAACCGATTCCCCCTT
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1 -G-A-GGGAACCGATTCCCCC
51173 GATAGGGGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 3
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GAGGGAACCGATTCCCCCTT
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Indices: 51134--51193 Score: 66
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51124 CCCCCCTTGA
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* *
51178 GGGAATCGATACCCCC
1 GGGAACCGATTCCCCC
51194 CTGGGGTTCT
Statistics
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Indices: 59873--59897 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
59863 CTTTATTGTT
59873 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
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Done.