genome.fa.s1130.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001130.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002239_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  226092

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 124 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7489--7650	60	2.7	60	79	9	154	31	21	6	40	1.79
7564--7678	60	1.9	60	84	7	153	32	22	4	40	1.74
7788--7964	60	3.0	60	79	10	175	42	5	22	29	1.76
8049--8222	60	2.9	61	80	7	162	29	20	7	43	1.79
7468--8556	553	2.0	551	83	4	1397	36	12	15	36	1.84
25172--25215	21	2.1	21	87	8	63	52	2	0	45	1.13
41685--41767	29	2.9	29	96	0	157	13	33	31	21	1.92
41829--41909	14	5.4	14	73	16	63	11	28	35	24	1.90
44329--44484	21	7.3	20	81	11	136	20	19	21	39	1.93
44348--44484	42	3.2	43	89	5	190	20	18	20	40	1.92
44338--44484	65	2.3	64	88	6	210	20	19	20	39	1.93
44369--44491	42	2.9	42	91	2	192	21	19	21	38	1.94
44776--44865	21	4.3	21	79	8	87	30	18	23	27	1.98
44853--44966	21	5.6	20	68	19	65	22	21	24	31	1.98
44873--44937	20	3.2	20	75	12	78	23	23	18	35	1.96
44853--44966	41	2.8	41	84	5	158	22	21	24	31	1.98
46035--46067	17	2.0	17	88	5	50	45	6	0	48	1.27
62018--62042	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
74690--74718	13	2.1	14	93	6	51	20	24	0	55	1.44
74812--74840	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
76203--76274	29	2.5	29	86	0	99	13	31	29	25	1.94
76503--76580	25	3.2	25	85	10	126	32	20	17	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76503--76589	25	3.6	24	80	10	106	33	20	18	27	1.96
76801--76844	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
76798--76927	25	5.2	25	69	21	76	34	0	12	52	1.44
77386--77436	20	2.5	20	100	0	102	19	35	25	19	1.95
79470--79512	19	2.2	20	83	4	52	27	2	6	62	1.33
79467--79512	20	2.3	20	81	3	58	30	2	6	60	1.34
82738--82788	22	2.3	23	86	3	68	25	27	27	19	1.99
82738--82796	23	2.6	22	86	2	73	23	28	25	22	1.99
85946--85972	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
86045--86082	15	2.4	17	78	17	53	42	0	10	47	1.38
86051--86082	15	2.1	15	94	0	55	43	0	9	46	1.35
89066--89208	60	2.4	60	95	0	250	41	1	12	44	1.51
89110--89225	21	5.9	21	66	19	70	40	1	14	43	1.56
89159--89233	14	5.6	14	74	15	70	41	1	14	42	1.54
89066--89231	60	2.8	60	89	2	208	42	1	12	43	1.50
89345--89421	20	3.7	20	85	11	100	40	0	6	53	1.27
89359--89414	13	4.2	13	73	13	51	41	0	5	53	1.24
89349--89430	23	3.9	21	83	13	71	40	0	7	52	1.29
89697--89883	11	15.6	11	67	24	71	42	3	12	42	1.58
89685--89728	16	2.9	16	86	6	56	40	0	9	50	1.34
89703--89735	14	2.4	14	94	0	57	48	0	9	42	1.35
89817--89892	14	5.7	14	77	14	56	40	5	13	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89706--89881	61	3.0	61	85	8	222	42	3	12	41	1.59
89811--89883	38	1.9	37	83	8	94	41	4	13	41	1.64
92171--92217	16	3.0	16	84	9	53	61	8	0	29	1.25
92516--92556	22	1.9	22	90	5	66	56	19	0	24	1.42
92696--92779	26	3.3	26	91	1	134	9	35	9	45	1.69
97914--97963	23	2.2	23	92	0	82	38	8	22	32	1.83
97877--98039	87	1.9	87	94	0	290	40	11	14	33	1.81
98034--98764	200	3.6	199	80	7	730	31	15	13	39	1.85
109733--109796	20	3.2	20	72	16	60	29	25	18	26	1.98
109964--110043	22	3.6	22	93	0	133	23	42	15	18	1.88
110433--110477	20	2.2	20	84	0	54	13	17	22	46	1.83
110443--110483	20	2.0	20	95	0	73	9	17	19	53	1.70
112509--112581	30	2.4	30	97	0	137	31	24	19	24	1.98
112509--112608	30	3.3	30	88	1	110	33	25	19	23	1.97
112567--112695	32	4.1	31	74	11	118	34	20	17	27	1.94
113855--113898	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
115198--115266	20	3.5	20	89	0	102	34	24	21	18	1.96
115258--115333	33	2.3	34	86	2	100	44	19	21	14	1.86
115300--115337	20	1.9	20	88	0	58	47	18	23	10	1.79
115396--115483	20	4.4	20	81	8	99	18	18	26	37	1.93
115450--115493	20	2.2	20	91	0	70	13	13	25	47	1.79
117619--117680	20	3.1	20	88	9	99	43	24	17	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117702--117792	20	4.8	20	76	15	104	24	19	21	34	1.97
117672--117792	54	2.2	54	86	2	163	23	19	21	34	1.96
117763--118045	140	2.0	140	97	0	539	43	15	13	27	1.84
118098--118138	18	2.3	18	86	0	64	17	2	29	51	1.58
120363--120416	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
121292--121357	21	3.2	20	74	6	60	33	21	19	25	1.97
122039--122096	16	3.5	16	75	11	55	65	0	10	24	1.23
123264--123326	29	2.2	29	82	0	72	17	34	1	46	1.58
124140--124195	10	5.6	10	76	16	53	69	5	3	21	1.24
131685--131717	17	1.9	17	100	0	66	54	18	0	27	1.44
131729--131767	15	2.5	15	88	12	53	12	51	0	35	1.40
132898--133336	55	8.1	55	84	8	513	29	25	15	28	1.96
132913--133744	54	15.4	54	87	5	533	24	25	17	32	1.97
133329--133752	54	7.9	54	94	1	728	17	25	19	37	1.93
133329--133752	107	4.0	107	95	1	733	17	25	19	37	1.93
134125--134248	37	3.4	37	88	2	169	25	19	22	33	1.97
135473--135699	125	1.8	125	84	5	316	23	28	16	32	1.96
139093--139239	72	2.0	72	94	0	258	23	27	12	36	1.92
139919--140031	55	2.1	55	93	0	190	22	22	12	43	1.86
140348--140435	46	1.9	45	84	9	115	34	22	13	29	1.93
142406--142438	17	1.9	17	100	0	66	54	18	0	27	1.44
142450--142488	15	2.5	15	88	12	53	12	51	0	35	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152067--152278	106	2.0	106	99	0	415	27	21	19	31	1.98
165418--165474	21	2.8	20	81	5	60	45	0	3	50	1.18
167706--167788	41	2.0	41	100	0	166	33	9	2	54	1.46
169828--169880	22	2.4	24	75	15	60	45	1	0	52	1.11
169918--169964	25	1.9	25	91	4	78	17	8	0	74	1.05
176070--176488	54	7.8	54	82	4	461	33	16	15	34	1.91
176083--176488	161	2.5	162	83	4	514	33	16	15	34	1.91
179961--179993	14	2.4	14	100	0	66	36	24	6	33	1.80
181805--181850	23	2.0	22	83	4	56	52	4	0	43	1.21
194792--194918	48	2.6	49	87	6	186	18	28	29	24	1.98
195911--195940	12	2.5	12	94	0	51	13	36	20	30	1.90
197952--198019	3	23.3	3	79	11	79	41	0	0	58	0.98
198408--198449	18	2.3	18	80	11	50	69	9	21	0	1.17
199464--199527	33	2.0	33	84	6	87	42	0	1	56	1.09
199712--199762	15	3.4	15	72	8	50	45	0	0	54	0.99
200253--200294	19	2.2	19	86	0	57	28	2	2	66	1.16
202630--202678	7	6.9	7	84	13	55	14	16	8	61	1.56
202640--202678	8	5.1	8	90	3	55	12	15	7	64	1.49
202620--202678	14	4.1	14	83	12	66	16	15	6	61	1.55
204931--204998	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
205271--205344	22	3.4	22	78	10	80	79	0	14	5	0.90
205280--205369	23	4.0	21	79	15	74	82	1	12	4	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205281--205370	33	2.7	32	79	17	94	82	1	11	5	0.89
205281--205369	9	9.4	9	73	18	58	83	1	11	4	0.85
205271--205368	45	2.2	46	78	17	107	80	1	13	5	0.92
209756--209913	54	3.0	53	78	9	171	37	13	22	26	1.92
209759--209909	50	2.9	50	82	5	142	37	13	22	26	1.92
210278--210354	22	3.5	22	85	0	118	35	10	11	42	1.76
210901--211270	184	2.0	185	95	1	663	31	15	13	39	1.86
211211--211771	76	7.4	76	96	0	1025	23	18	22	35	1.96
211917--212002	14	6.0	14	70	24	63	44	0	0	55	0.99
211921--212002	18	4.4	19	80	14	91	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2