genome.fa.s1139.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001139.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002273_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129179

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768--834	35	1.9	35	93	3	118	23	16	29	29	1.96
885--951	29	2.4	29	92	5	111	19	34	23	22	1.97
907--963	15	3.9	15	71	28	59	19	36	24	19	1.94
1180--1253	26	2.7	27	85	12	107	17	28	39	14	1.89
1175--1254	28	2.9	28	85	12	121	18	27	40	13	1.89
11688--11729	22	1.9	22	85	0	57	26	4	21	47	1.70
21670--21710	20	2.0	20	95	0	73	34	12	9	43	1.75
23927--23966	14	2.9	14	100	0	80	20	30	12	37	1.89
24356--24400	19	2.3	20	82	17	60	62	0	13	24	1.31
24498--24871	202	1.9	202	89	2	590	38	11	20	29	1.87
24845--24903	25	2.3	26	88	5	84	61	3	13	22	1.47
24845--24896	25	2.1	25	96	0	95	63	3	11	21	1.43
24825--24935	59	1.9	57	83	12	145	58	3	13	24	1.51
24874--24939	32	2.0	34	88	8	100	57	3	15	24	1.52
25689--25970	122	2.3	122	83	2	334	28	13	23	35	1.92
25996--26413	138	3.0	139	88	2	592	23	15	28	32	1.95
25996--26413	139	3.0	138	87	4	583	23	15	28	32	1.95
26603--26840	102	2.3	102	81	9	265	37	12	15	35	1.84
34408--34475	30	2.2	31	84	7	86	57	7	16	19	1.62
34903--34972	34	2.1	34	84	5	90	24	30	15	30	1.96
35187--35226	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
35339--35412	20	3.7	20	78	3	67	28	22	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35338--35561	95	2.4	95	93	3	389	25	20	27	26	1.99
35571--35595	13	1.9	13	100	0	50	16	20	48	16	1.82
35685--35744	30	2.0	30	90	6	95	41	16	6	35	1.75
36907--36954	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
38326--38398	20	3.8	20	80	7	87	20	19	32	27	1.97
38326--38440	38	2.8	41	84	10	114	20	20	33	26	1.97
38520--38578	28	2.0	31	87	9	88	42	15	6	35	1.73
38780--38882	34	3.1	32	82	9	118	50	2	15	31	1.59
38791--38888	34	3.0	33	81	12	121	55	3	13	28	1.53
40352--40444	21	4.6	20	79	4	105	39	18	23	18	1.92
40349--40444	41	2.3	41	96	0	174	40	17	22	18	1.91
40371--40505	41	3.3	41	81	6	123	38	20	20	20	1.94
40433--40526	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
41816--41853	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
42117--42160	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
42348--42441	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
42368--42503	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
42328--42442	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
42431--42523	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
42431--42526	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
45367--45411	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
45695--45737	21	2.0	21	100	0	86	32	4	32	30	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52205--52288	36	2.3	36	83	0	105	27	20	13	39	1.89
53266--54458	588	2.0	592	93	2	2034	30	13	16	40	1.86
55564--56051	38	12.9	36	83	10	545	45	3	5	44	1.44
55564--56051	223	2.1	229	91	4	794	45	3	5	44	1.44
56107--56165	15	3.9	15	75	16	50	20	6	0	72	1.06
57434--57539	15	7.3	15	65	10	58	16	4	3	75	1.12
57484--57547	24	2.6	24	81	16	78	12	3	4	79	1.00
57435--57535	35	2.8	35	77	15	107	14	4	3	76	1.11
57434--57603	85	2.0	86	82	6	211	18	7	3	70	1.25
60117--60177	29	2.1	30	96	3	115	16	36	26	21	1.94
60391--60458	29	2.5	26	82	13	84	17	23	39	19	1.92
60438--60464	13	2.1	13	100	0	54	22	18	37	22	1.95
60975--61018	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
61418--61444	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
61415--61447	17	1.9	17	88	11	50	9	3	15	72	1.21
61512--61579	19	3.5	19	71	11	57	38	1	10	50	1.46
61813--61877	26	2.6	25	78	9	69	52	6	0	41	1.26
64717--65594	60	15.2	60	89	7	1219	40	0	13	45	1.45
64939--64965	10	2.7	10	100	0	54	40	0	18	40	1.51
65001--65103	35	3.2	35	64	25	100	40	0	11	47	1.40
65047--65255	21	10.4	20	62	21	71	40	0	14	44	1.49
65121--65513	35	12.2	34	62	25	135	40	0	13	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64890--65594	290	2.4	290	97	0	1324	40	0	13	45	1.46
65517--65600	11	8.2	11	71	28	51	39	0	13	47	1.42
67948--67981	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
68034--68133	30	3.4	30	88	4	141	46	14	0	40	1.44
68038--68092	15	3.6	16	70	20	55	43	14	0	41	1.45
68491--68545	27	2.0	27	100	0	110	40	25	16	18	1.91
68727--68814	29	3.0	29	98	0	167	14	27	44	13	1.83
68871--68899	12	2.4	12	100	0	58	20	34	34	10	1.87
69678--69702	13	1.9	13	100	0	50	40	16	20	24	1.91
73291--73340	26	1.9	26	84	8	66	48	2	2	48	1.24
73348--74145	333	2.4	328	89	6	1166	43	6	5	44	1.51
74975--75009	10	3.5	10	85	14	54	34	25	0	40	1.56
75141--75362	111	2.0	111	94	0	390	34	8	11	45	1.70
77690--77726	12	3.2	12	77	14	51	32	5	51	10	1.60
78119--78163	19	2.4	19	96	0	81	28	22	26	22	1.99
82047--82074	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
82049--82082	14	2.4	14	90	0	50	44	14	0	41	1.45
83067--83097	10	3.2	10	90	9	55	32	0	0	67	0.91
86638--86797	65	2.5	66	86	6	213	20	19	26	34	1.96
86701--86903	106	1.9	107	88	6	313	18	18	26	36	1.94
86809--87030	64	3.5	63	88	3	286	20	18	26	34	1.96
86852--87031	64	2.8	64	93	1	299	19	20	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87520--87637	36	3.3	36	70	11	91	39	16	19	24	1.91
88449--88491	22	2.0	22	95	0	77	23	13	27	34	1.93
89120--89181	8	8.2	8	77	15	53	0	12	8	79	0.94
89101--89165	21	3.0	21	84	6	76	1	12	9	76	1.07
96807--96851	23	2.0	23	86	0	63	46	0	2	51	1.13
96838--96908	14	4.4	16	72	21	51	50	1	0	47	1.09
96807--96917	35	3.2	34	76	21	99	49	0	0	48	1.13
96852--97030	29	6.2	29	70	22	119	49	1	1	47	1.18
96857--97030	59	3.0	58	75	15	146	48	1	1	48	1.19
96906--97035	58	2.1	65	79	13	143	49	1	1	47	1.20
97009--97077	23	2.8	24	78	10	68	49	0	4	46	1.21
97258--97347	42	2.1	42	85	4	119	55	16	6	21	1.64
98867--98918	26	2.0	26	100	0	104	23	26	42	7	1.81
101356--101393	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
102353--102432	23	3.5	23	89	0	106	33	16	13	36	1.88
102339--102432	46	2.0	46	83	0	116	36	15	13	34	1.88
102274--102804	144	3.6	143	74	10	511	39	12	12	34	1.82
102182--102659	75	6.4	75	72	15	314	40	11	12	34	1.80
102648--102728	23	3.5	23	84	0	99	35	13	12	38	1.82
102182--102878	295	2.4	293	86	4	983	39	12	13	34	1.82
102493--102888	219	1.8	219	89	1	623	39	13	13	33	1.84
102712--102878	75	2.2	75	87	4	167	37	13	14	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102853--102924	23	3.1	23	81	0	90	37	16	12	33	1.86
102657--103261	196	3.1	194	87	1	836	37	13	14	34	1.85
102899--103074	75	2.3	75	77	1	201	39	11	13	35	1.81
103049--103121	23	3.2	23	92	0	119	32	17	15	34	1.91
103095--103246	75	2.1	72	81	5	169	40	10	13	35	1.79
103724--104227	107	4.6	106	74	9	375	32	13	13	40	1.84
106474--106502	14	2.0	15	93	6	51	48	6	3	41	1.47
106549--106603	26	2.1	27	86	10	78	47	5	7	40	1.54
107770--107818	18	2.7	18	87	0	62	69	0	24	6	1.11
110961--110999	15	2.6	15	95	0	69	48	5	33	12	1.63

Tables:   1   2