genome.fa.s1153.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001153.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002299_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101875

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11064--11278	116	1.8	117	80	3	254	46	10	11	32	1.73
11788--11933	7	20.9	7	97	0	202	8	48	14	28	1.73
12172--12196	12	2.1	12	100	0	50	8	16	16	60	1.58
13583--13640	3	19.0	3	87	7	64	41	0	0	58	0.98
13575--13640	20	3.2	20	78	16	71	39	0	0	60	0.97
13575--13640	23	2.9	23	82	8	89	39	0	0	60	0.97
14822--14916	3	32.0	3	72	17	74	32	1	1	65	1.07
14823--14916	11	7.8	13	67	24	64	31	1	1	65	1.06
14917--14949	16	2.1	16	88	11	50	60	0	0	39	0.97
15013--15242	120	1.9	120	82	4	286	38	8	7	45	1.62
17338--17391	14	3.8	14	82	4	63	24	14	9	51	1.71
20904--20978	4	18.2	4	74	15	64	76	4	18	1	1.02
20900--20973	24	2.9	26	84	13	93	74	6	16	2	1.15
20932--20980	12	4.1	12	97	0	89	81	0	18	0	0.69
24417--24531	34	3.1	34	63	21	79	38	13	16	31	1.88
24429--24547	38	3.1	38	62	21	86	36	17	16	28	1.92
24361--24552	76	2.5	76	94	1	323	36	15	16	31	1.90
25946--26000	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
26402--26609	113	1.8	113	91	2	346	41	14	18	25	1.88
26586--26626	17	2.4	17	100	0	82	51	4	24	19	1.66
26473--26739	130	2.1	130	86	2	367	40	12	20	26	1.88
26682--26780	42	2.4	42	89	3	157	50	9	22	18	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26603--26894	155	1.9	155	93	0	503	40	12	20	26	1.88
26722--27120	113	3.5	112	86	2	557	39	13	20	26	1.90
27063--27161	42	2.4	42	89	3	157	51	9	20	19	1.73
26837--27388	268	2.1	266	85	3	743	40	13	19	26	1.89
26603--28034	381	3.8	381	95	0	2546	39	13	19	27	1.89
26949--27275	155	2.1	153	91	1	528	40	12	21	25	1.88
27103--27500	113	3.5	113	84	3	532	39	12	20	27	1.89
27444--27541	42	2.4	40	89	5	153	50	9	22	18	1.75
27330--27655	154	2.1	153	91	1	528	41	11	21	26	1.86
27482--27881	113	3.5	113	85	2	568	40	13	18	27	1.88
27824--27918	40	2.4	40	92	0	163	47	9	23	20	1.79
27710--28189	153	3.1	153	94	1	800	40	11	21	27	1.88
27977--28072	40	2.3	42	89	3	151	50	9	21	18	1.75
28017--28414	113	3.5	113	81	2	485	39	12	19	28	1.88
27330--28619	534	2.4	532	94	1	2243	39	12	20	27	1.89
28244--28619	154	2.5	155	88	3	545	40	11	20	26	1.87
28358--28455	42	2.4	39	84	5	142	52	7	20	20	1.70
28546--28604	17	3.4	17	70	25	59	49	10	23	16	1.77
27863--28569	380	1.9	381	94	0	1245	39	12	20	27	1.88
28512--28604	36	2.4	38	89	7	136	48	10	22	18	1.79
28244--28686	154	2.9	150	82	8	394	40	12	20	26	1.88
28847--28930	3	28.0	3	90	4	134	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32797--32830	15	2.3	15	100	0	68	32	35	11	20	1.89
34543--34656	60	1.9	60	94	0	201	29	17	17	35	1.93
34748--34777	13	2.3	13	100	0	60	63	10	6	20	1.47
35230--35358	59	2.2	59	84	0	159	29	25	17	27	1.97
39129--39606	81	5.9	81	89	0	670	28	23	12	36	1.90
40019--40254	55	4.3	55	87	1	323	25	19	17	37	1.94
40657--40710	20	2.7	20	83	8	65	22	27	16	33	1.95
44803--45359	81	6.9	81	85	2	705	29	23	11	35	1.90
45775--45954	55	3.3	54	88	3	254	24	18	19	37	1.94
45841--45929	29	3.2	29	65	26	82	28	17	17	35	1.94
48407--48447	21	1.9	21	90	5	64	43	0	2	53	1.13
49320--49363	23	2.0	22	86	4	61	59	9	9	22	1.56
50674--50812	50	2.8	51	80	8	153	41	17	22	18	1.91
51456--51493	13	2.8	14	88	8	60	55	18	7	18	1.66
53331--53376	20	2.3	20	85	3	67	39	0	23	36	1.55
57261--57385	20	5.7	20	72	20	97	18	26	12	43	1.85
57280--57424	26	6.0	26	72	18	125	18	22	14	44	1.86
57255--57411	46	3.4	46	92	0	260	18	24	12	44	1.84
63223--63516	57	5.1	57	90	0	453	36	11	20	31	1.88
64085--64188	45	2.3	45	81	3	120	50	5	17	26	1.69
66928--67099	20	7.7	20	70	21	101	20	22	12	44	1.85
66948--67077	26	5.5	26	74	20	140	19	21	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66923--67110	46	4.1	46	93	0	322	21	20	12	45	1.83
67531--67710	96	1.9	96	82	4	231	25	20	14	39	1.90
73344--73396	26	2.0	26	85	0	70	43	11	5	39	1.64
76253--76418	90	1.9	89	94	1	296	39	9	6	44	1.62
86867--86932	20	3.3	19	81	8	69	46	0	0	53	1.00
86872--86938	12	5.2	12	75	21	57	46	0	0	53	1.00
86888--86937	3	16.3	3	83	8	57	42	0	0	58	0.98
86868--86938	26	2.8	26	82	6	92	46	0	0	53	1.00
86891--86939	12	4.2	12	80	15	66	42	0	0	57	0.99
89376--89445	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
89728--89769	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
89805--89847	21	2.0	21	100	0	86	13	27	44	13	1.83
89880--89958	21	4.0	21	76	18	89	13	27	36	21	1.92
89902--89931	15	2.0	15	100	0	60	13	26	33	26	1.93
89881--89952	36	2.0	36	91	0	117	15	27	34	22	1.94
90048--90107	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
90266--90334	22	3.1	22	97	0	129	34	1	8	55	1.40
91412--91459	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
92319--92389	34	2.2	32	89	5	106	21	30	15	32	1.94
92669--92710	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
92823--92852	15	2.0	15	93	0	51	16	26	33	23	1.96
92948--93007	29	2.0	31	93	6	106	43	16	6	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95451--95592	55	2.6	54	86	4	194	40	13	24	21	1.89
101044--101308	36	7.4	36	78	6	270	35	21	18	25	1.95
101036--101324	71	4.0	72	85	6	333	36	20	19	24	1.95
101044--101309	107	2.5	106	82	3	309	35	21	18	25	1.95
101326--101637	56	5.8	56	80	8	319	37	16	21	25	1.93
101326--101631	54	5.7	53	77	9	255	37	16	20	26	1.93
101425--101631	109	1.9	107	88	2	306	34	15	20	29	1.93
101540--101780	53	4.4	55	76	12	167	33	14	21	30	1.93
101428--101674	109	2.3	109	82	4	275	33	14	21	30	1.94
101649--101784	53	2.5	55	85	7	199	30	16	20	32	1.94

Tables:   1

The End!