Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01001231.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002424_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 63020
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Found at i:3184 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3161--3195 Score: 70
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
3151 ACTGAATATT
3161 TGTCCCGAAGGACCACTA
1 TGTCCCGAAGGACCACTA
3179 TGTCCCGAAGGACCACT
1 TGTCCCGAAGGACCACT
3196 GATAATCCCT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 17 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.34, G:0.23, T:0.17
Consensus pattern (18 bp):
TGTCCCGAAGGACCACTA
Found at i:3445 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3438--3471 Score: 61
Period size: 2 Copynumber: 17.5 Consensus size: 2
3428 ATGAAATCAC
3438 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA -A TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
3472 GCATGTACAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 30 0.97
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:7285 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7259--7314 Score: 112
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
7249 CTTTGTCTAA
7259 TAATTCTTGTAATTATATCTT
1 TAATTCTTGTAATTATATCTT
7280 TAATTCTTGTAATTATATCTT
1 TAATTCTTGTAATTATATCTT
7301 TAATTCTTGTAATT
1 TAATTCTTGTAATT
7315 CTTTTGGAGC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 35 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.05, T:0.57
Consensus pattern (21 bp):
TAATTCTTGTAATTATATCTT
Found at i:10229 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10222--10262 Score: 82
Period size: 2 Copynumber: 20.5 Consensus size: 2
10212 TATAACAATA
10222 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
10263 CATGTACATA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 39 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:12022 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 11944--12072 Score: 127
Period size: 43 Copynumber: 2.9 Consensus size: 43
11934 ATATTTAGCG
* * * *
11944 GATATTTAAG-GGCGTTCTTCTCACAAACGCTGCAATAGTTGTC
1 GATATTT-AGCGGCGTTTTTCACACAAACGCCGCAATAGGTGTC
* *
11987 GATATTTAGCGGCGTTTTTCACACACACGCCGCAATAGGTGTT
1 GATATTTAGCGGCGTTTTTCACACAAACGCCGCAATAGGTGTC
* *
12030 GATATTTTA-CGGCGTTTTTTTTCATAGAAACGCCGCAATAGGT
1 GATA-TTTAGCGGCG---TTTTTCACACAAACGCCGCAATAGGT
12073 ATGTTCTTTA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 9, Indels: 7
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 2 0.03
43 43 0.60
44 4 0.06
46 23 0.32
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.22, T:0.33
Consensus pattern (43 bp):
GATATTTAGCGGCGTTTTTCACACAAACGCCGCAATAGGTGTC
Found at i:13842 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 13817--13851 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
13807 CCTCGGCATG
13817 ATATCTGTAATAA-ACAA
1 ATATCTGTAATAAGACAA
*
13834 ATATTTGTAATAAGACAA
1 ATATCTGTAATAAGACAA
13852 CTAATTACTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.75
18 4 0.25
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
ATATCTGTAATAAGACAA
Found at i:16532 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 16510--16545 Score: 72
Period size: 17 Copynumber: 2.1 Consensus size: 17
16500 AAGATGAAAG
16510 ATGATTGTTTCATGCAA
1 ATGATTGTTTCATGCAA
16527 ATGATTGTTTCATGCAA
1 ATGATTGTTTCATGCAA
16544 AT
1 AT
16546 CCACGGAGGC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 19 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (17 bp):
ATGATTGTTTCATGCAA
Found at i:22137 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 22066--22221 Score: 179
Period size: 41 Copynumber: 3.8 Consensus size: 41
22056 TTCAAAAACC
*
22066 CTATTGCGGTATTTTTGTTACAAACGCCGCTAAATTACCACT
1 CTATTGCGGCATTTTT-TTACAAACGCCGCTAAATTACCACT
*
22108 CTATTGCGACATTTTTTTACAAACGCCGCTAAATTACCACT
1 CTATTGCGGCATTTTTTTACAAACGCCGCTAAATTACCACT
* *** *
22149 CTATTGCGGCGTTTGGGCTA-AAACACCGCTAAATTACCACT
1 CTATTGCGGCATTT-TTTTACAAACGCCGCTAAATTACCACT
** * *
22190 CTATTGCGGTGTTTTTACTATAAACGCCGCTA
1 CTATTGCGGCATTTTT-TTACAAACGCCGCTA
22222 TTGATTAACC
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 73 0.74
42 26 0.26
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (41 bp):
CTATTGCGGCATTTTTTTACAAACGCCGCTAAATTACCACT
Found at i:23895 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 23888--23919 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 16.0 Consensus size: 2
23878 AGAAAAAGGA
23888 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
23920 GTTGTGGGAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:26356 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 26333--26376 Score: 58
Period size: 14 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
26323 TACGTTTCTG
*
26333 TTTA-TATGCAGAGA
1 TTTATTATGCAGGGA
26347 TTT-TTATGCAGGGA
1 TTTATTATGCAGGGA
26361 TTTATT-TGCAGGGA
1 TTTATTATGCAGGGA
26375 TT
1 TT
26377 ACTTCACATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 25 0.93
15 2 0.07
ACGTcount: A:0.25, C:0.07, G:0.25, T:0.43
Consensus pattern (15 bp):
TTTATTATGCAGGGA
Found at i:26437 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 26428--26454 Score: 54
Period size: 4 Copynumber: 6.8 Consensus size: 4
26418 ACTGTTCAAC
26428 TATT TATT TATT TATT TATT TATT TAT
1 TATT TATT TATT TATT TATT TATT TAT
26455 ACATGCATGG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 23 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (4 bp):
TATT
Found at i:31241 original size:66 final size:64
Alignment explanation
Indices: 31066--31234 Score: 196
Period size: 66 Copynumber: 2.6 Consensus size: 64
31056 TGTCTAAAAA
* ** *
31066 GAGACAAAATTCGTTTCAAGGGAAACGAT-TCAAAGATGACATTTAAAGGGAATTGTCTCAAGC
1 GAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATGATGTTTAAAGGGAACTGTCTCAAGC
* * * * *
31129 GAGACAAAATTTGTTTTTAAGGGAAACGTTCTCAAAGATCAGTGTTTCATGGGAAACTGTCTCAA
1 GAGACAAAATTTG-TTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATGA-TGTTTAAAGGG-AACTGTCTCAA
**
31194 TT
63 GC
*
31196 GAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAATGATCTCAAAGATG
1 GAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATG
31235 TTTGTTTTGT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 15, Indels: 5
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
63 12 0.14
64 14 0.16
65 9 0.10
66 29 0.33
67 23 0.26
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (64 bp):
GAGACAAAATTTGTTTCAAGGGAAACGATCTCAAAGATGATGTTTAAAGGGAACTGTCTCAAGC
Found at i:31292 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 31239--31403 Score: 168
Period size: 36 Copynumber: 4.9 Consensus size: 35
31229 AAGATGTTTG
31239 TTTTGTTT-CAAAGGAAACAGACTCAAAGATAGTAAA
1 TTTTGTTTCCAAA-GAAACAGACTCAAAGATAG-AAA
*
31275 TTTTGTTTCCAAAGAAACATACTCAAAGATAGTAAA
1 TTTTGTTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGATAG-AAA
*
31311 TTTTGTTTCCAAAGAAACATACTC--A-A-AG--A
1 TTTTGTTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGATAGAAA
* * * * *
31340 TTTT-TCTCAAAAGAAACTGTCTCAAGAGACA-AAA
1 TTTTGTTTCCAAAGAAACAGACTCAA-AGATAGAAA
31374 TTTTGTTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGAT
1 TTTTGTTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGAT
31404 GGGTTACGTC
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 11, Indels: 20
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
28 14 0.13
29 5 0.05
31 1 0.01
32 3 0.03
33 2 0.02
34 9 0.08
35 17 0.16
36 54 0.50
37 4 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (35 bp):
TTTTGTTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGATAGAAA
Found at i:31568 original size:26 final size:28
Alignment explanation
Indices: 31537--31595 Score: 77
Period size: 26 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
31527 TTTGTTAAGT
*
31537 GAAACAAAGTCAAAGA-TT-TTTCAAAA
1 GAAACAAACTCAAAGATTTATTTCAAAA
* *
31563 GAAACATACTCAAAGATTTATTTCAAGA
1 GAAACAAACTCAAAGATTTATTTCAAAA
31591 GAAAC
1 GAAAC
31596 TGTCTCAAGA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 2
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 14 0.50
27 2 0.07
28 12 0.43
ACGTcount: A:0.51, C:0.14, G:0.12, T:0.24
Consensus pattern (28 bp):
GAAACAAACTCAAAGATTTATTTCAAAA
Found at i:31678 original size:65 final size:63
Alignment explanation
Indices: 31555--31713 Score: 180
Period size: 65 Copynumber: 2.4 Consensus size: 63
31545 GTCAAAGATT
* *
31555 TTTCAAAAGAAACATACTCAAAGATTTATTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTCAT
1 TTTC-AAAGAAACATACTCAAAGATTT-TTTCAAGAGAAACTATCTCAAGAGAAACAAAATT-AT
31620 -
63 G
* *
31620 TTT-AAGAGAAACATACTCAAAGATTTTTTCCCTAA-AGAAATTATCTCAAGAGAAACAAAATTT
1 TTTCAA-AGAAACATACTCAAAGATTTTTT--C-AAGAGAAACTATCTCAAGAGAAACAAAATTA
31683 TG
62 TG
*
31685 TTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGATTTTT
1 TTT-CAAAGAAACATACTCAAAGATTTTT
31714 GTTTCAAAAG
Statistics
Matches: 82, Mismatches: 5, Indels: 13
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
63 5 0.06
64 21 0.26
65 31 0.38
66 23 0.28
67 2 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.11, T:0.29
Consensus pattern (63 bp):
TTTCAAAGAAACATACTCAAAGATTTTTTCAAGAGAAACTATCTCAAGAGAAACAAAATTATG
Found at i:31714 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 31675--31875 Score: 151
Period size: 28 Copynumber: 6.8 Consensus size: 29
31665 TCAAGAGAAA
* *
31675 CAAA-ATTTTGTTTCCAAAGAAACAGACT
1 CAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAACAGACT
31703 CAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAACA-ACT
1 CAAAGATTTTT-TTTCAAAAGAAACAGACT
** * * * **
31732 CAAAGATTTTTTCACGAAATTGTCTCAAGAGAGA
1 CAAAGATTTTTTTTC-AAA-AG---AAACAGACT
* * *
31766 CAAA-ACTTTGTTTCAAAAGAAATAGACT
1 CAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAACAGACT
31794 CAAAGATGTTTTTTCTCAAAAGAAACA-ACT
1 CAAAGAT-TTTTTT-TCAAAAGAAACAGACT
* *
31824 CAAAGATTTTTATTCAAAAGGAACAGACT
1 CAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAACAGACT
* *
31853 CAAAGA-TTTGTTTCAAGAGAAAC
1 CAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAAC
31876 TGTCTTAAGA
Statistics
Matches: 134, Mismatches: 27, Indels: 24
0.72 0.15 0.13
Matches are distributed among these distances:
28 39 0.29
29 37 0.28
30 29 0.22
31 12 0.09
32 3 0.02
33 9 0.07
34 5 0.04
ACGTcount: A:0.43, C:0.15, G:0.13, T:0.29
Consensus pattern (29 bp):
CAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAACAGACT
Found at i:31734 original size:66 final size:64
Alignment explanation
Indices: 31554--31734 Score: 179
Period size: 65 Copynumber: 2.8 Consensus size: 64
31544 AGTCAAAGAT
* * * *
31554 TTTTCAAAAGAAACATACTCAAAGA-TTTATTTCAAGAGAAACTGTCTCAAGAGAGACAAAATTC
1 TTTTC-AAAGAAACATACTCAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAAC-ATCTCAAGAGAAACAAAATTC
31618 A
64 A
** * *
31619 TTTT-AAGAGAAACATACTCAAAGATTTTTTCCCTAAAGAAATTATCTCAAGAGAAACAAAATT-
1 TTTTCAA-AGAAACATACTCAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAA-CATCTCAAGAGAAACAAAATTC
*
31682 T
64 A
* *
31683 TGTTTCCAAAGAAACAGACTCAAAGATTTTTGTTTCAAAAGAAACAACTCAA
1 T-TTT-CAAAGAAACATACTCAAAGATTTTT-TTTCAAAAGAAACATCTCAA
31735 AGATTTTTTC
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 15, Indels: 13
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
63 2 0.02
64 18 0.19
65 36 0.38
66 27 0.29
67 11 0.12
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (64 bp):
TTTTCAAAGAAACATACTCAAAGATTTTTTTTCAAAAGAAACATCTCAAGAGAAACAAAATTCA
Found at i:31786 original size:91 final size:94
Alignment explanation
Indices: 31626--31834 Score: 300
Period size: 91 Copynumber: 2.2 Consensus size: 94
31616 TCATTTTAAG
* *
31626 AGAAACATACTCAAAGATTTTTTCCCTAAAGAAATTATCTCAAGAGAAACAAAATTTTGTTTCCA
1 AGAAACA-ACTCAAAGATTTTTT-CC-AAAGAAATTATCTCAAGAGAAACAAAACTTTGTTTCAA
31691 AAGAAACAGACTCAAAGAT-TTTTGTT-TCAAA
63 AAGAAACAGACTCAAAGATGTTTT-TTCTCAAA
* * *
31722 AGAAACAACTCAAAGATTTTTT-C-ACGAAATTGTCTCAAGAGAGACAAAACTTTGTTTCAAAAG
1 AGAAACAACTCAAAGATTTTTTCCAAAGAAATTATCTCAAGAGAAACAAAACTTTGTTTCAAAAG
*
31785 AAATAGACTCAAAGATGTTTTTTCTCAAA
66 AAACAGACTCAAAGATGTTTTTTCTCAAA
31814 AGAAACAACTCAAAGATTTTT
1 AGAAACAACTCAAAGATTTTT
31835 ATTCAAAAGG
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 6, Indels: 8
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
91 52 0.50
92 30 0.29
93 1 0.01
95 15 0.14
96 7 0.07
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (94 bp):
AGAAACAACTCAAAGATTTTTTCCAAAGAAATTATCTCAAGAGAAACAAAACTTTGTTTCAAAAG
AAACAGACTCAAAGATGTTTTTTCTCAAA
Found at i:32207 original size:92 final size:95
Alignment explanation
Indices: 32009--32221 Score: 281
Period size: 92 Copynumber: 2.3 Consensus size: 95
31999 GTGTTTAAAT
* * * *
32009 GGGAAACTGTCTCACGCGAGACGAATCAGCTTTGAAAACCTCAAGTGATATTAATTAATTTTTTT
1 GGGAAAATGTCTCAAGTGAGACGAATCAGCTTTGAAAACCTCAAGTGA-ATTAATTAATTTTTTC
*
32074 AAGTACAACAACTTTGAAATTTGTATTATGA
65 AAGTACAACAACTTTGAAATTTGTATCATGA
* * ***
32105 GGGAATATGTCTCAAGTGAGACGAATCAGCTTTGAAAATCTTTTGTG-A-T-ATTAATTTTTTCA
1 GGGAAAATGTCTCAAGTGAGACGAATCAGCTTTGAAAACCTCAAGTGAATTAATTAATTTTTTCA
*
32167 AGTGA-AACAACTTTGAAATTTGTATCCTGA
66 AGT-ACAACAACTTTGAAATTTGTATCATGA
32197 GGGAAAATGTCTCAAGTGAGACGAA
1 GGGAAAATGTCTCAAGTGAGACGAA
32222 ATTTGTTTTG
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 12, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
92 62 0.60
93 2 0.02
94 1 0.01
96 39 0.38
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (95 bp):
GGGAAAATGTCTCAAGTGAGACGAATCAGCTTTGAAAACCTCAAGTGAATTAATTAATTTTTTCA
AGTACAACAACTTTGAAATTTGTATCATGA
Found at i:32333 original size:105 final size:102
Alignment explanation
Indices: 32149--32335 Score: 239
Period size: 105 Copynumber: 1.8 Consensus size: 102
32139 AAAATCTTTT
* * ** ** * * *
32149 GTGATATTAATTTTTTCAAGTGAAACAACTTTGAAATTTGTATCCTGAGGGAAAATGTCTCAAGT
1 GTGAAATTAATTTTTTCAAGTGAAACAAATTCAAAATTTGTATCCAAAGGAAAAATGTCTAAAGC
32214 GAGACGAAATTTGTTTTGAAATAAACAACAACCTCAA
66 GAGACGAAATTTGTTTTGAAATAAACAACAACCTCAA
* *
32251 GTGAAATTAATTTTGTTTCAAGTGAAGCAAATTCAAAATTTGTATCTCAAAGTAAAAATGTCTAA
1 GTGAAATTAA-TTT-TTTCAAGTGAAACAAATTCAAAATTTGTATC-CAAAGGAAAAATGTCTAA
*
32316 AGCGAGACGAAGTTTGTTTT
63 AGCGAGACGAAATTTGTTTT
32336 AAGAGAAATT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 12, Indels: 3
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
102 9 0.13
103 3 0.04
104 27 0.39
105 31 0.44
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (102 bp):
GTGAAATTAATTTTTTCAAGTGAAACAAATTCAAAATTTGTATCCAAAGGAAAAATGTCTAAAGC
GAGACGAAATTTGTTTTGAAATAAACAACAACCTCAA
Found at i:32349 original size:36 final size:37
Alignment explanation
Indices: 32309--32408 Score: 105
Period size: 37 Copynumber: 2.7 Consensus size: 37
32299 AAAGTAAAAA
*
32309 TGTCTAAAGCGAGAC-GAAGTTTG-TTTTAAGAGAAAT
1 TGTCTAAAGCGAGACAAAAGTTTGTTTTTAA-AGAAAT
* * *
32345 TGTCTTAAGTGAGACAAAATTTTGTTTTTAAAGAAAT
1 TGTCTAAAGCGAGACAAAAGTTTGTTTTTAAAGAAAT
** * *
32382 TGTCTCGAGTGAGACAAAATTTTGTTT
1 TGTCTAAAGCGAGACAAAAGTTTGTTT
32409 CAAGAAAACA
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 6, Indels: 3
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 13 0.23
37 37 0.66
38 6 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.08, G:0.21, T:0.37
Consensus pattern (37 bp):
TGTCTAAAGCGAGACAAAAGTTTGTTTTTAAAGAAAT
Found at i:32380 original size:37 final size:38
Alignment explanation
Indices: 32328--32408 Score: 130
Period size: 37 Copynumber: 2.2 Consensus size: 38
32318 CGAGACGAAG
*
32328 TTTG-TTTTAAGAGAAATTGTCTTAAGTGAGACAAAAT
1 TTTGTTTTTAAGAGAAATTGTCTCAAGTGAGACAAAAT
*
32365 TTTGTTTTTAA-AGAAATTGTCTCGAGTGAGACAAAAT
1 TTTGTTTTTAAGAGAAATTGTCTCAAGTGAGACAAAAT
32402 TTTGTTT
1 TTTGTTT
32409 CAAGAAAACA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
37 35 0.85
38 6 0.15
ACGTcount: A:0.33, C:0.06, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (38 bp):
TTTGTTTTTAAGAGAAATTGTCTCAAGTGAGACAAAAT
Found at i:32717 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 32701--34670 Score: 3863
Period size: 4 Copynumber: 495.2 Consensus size: 4
32691 ATGCAAATTT
32701 TATG TAT- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32748 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32796 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32844 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32892 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32940 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
32988 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33036 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33084 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33132 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33180 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33228 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33276 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33324 TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33371 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33419 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33467 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33515 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33563 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33611 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33659 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33707 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33755 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33803 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33851 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33899 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33947 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
33995 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34043 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34089 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34137 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34185 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34233 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TA-G TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34280 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34328 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34376 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34424 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34472 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34520 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34566 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG --TG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34612 TATG TATG TA-- TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG
34658 TATG TATG TATG T
1 TATG TATG TATG T
34671 TTTCTCAATC
Statistics
Matches: 1955, Mismatches: 0, Indels: 22
0.99 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
2 8 0.00
3 9 0.00
4 1938 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:38546 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 38488--38547 Score: 79
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
38478 ATGAAAAATG
*
38488 ACACAAACAAATGAGAAAAAATGAGTTAGTA
1 ACACAAACAAATGAGAAAAAACGAGTTAGTA
*
38519 ACACAAACAAAAT-AG-AGAAACGAGTTAGT
1 ACACAAAC-AAATGAGAAAAAACGAGTTAGT
38548 GCAAGCAAGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 12 0.46
31 10 0.38
32 4 0.15
ACGTcount: A:0.57, C:0.12, G:0.17, T:0.15
Consensus pattern (31 bp):
ACACAAACAAATGAGAAAAAACGAGTTAGTA
Found at i:40289 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 40282--40318 Score: 74
Period size: 2 Copynumber: 18.5 Consensus size: 2
40272 AACATTTGAA
40282 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
40319 CCTAAAGGAC
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 35 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:42529 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 42521--42566 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 15.7 Consensus size: 3
42511 TAATTAAAAT
* *
42521 TAA TAA TAA TAA -AA GTAA TAA TAA TAG TAA TAA T-A TAA AAA TAA
1 TAA TAA TAA TAA TAA -TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA
42565 TA
1 TA
42567 TTTAACAAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 6
0.78 0.09 0.13
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.11
3 30 0.83
4 2 0.06
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.04, T:0.30
Consensus pattern (3 bp):
TAA
Found at i:42539 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 42515--42566 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 3.7 Consensus size: 15
42505 AATTTGTAAT
*
42515 TAAAATTAATAATAA
1 TAAAAGTAATAATAA
42530 TAAAAGTAATAATAA
1 TAAAAGTAATAATAA
42545 T---AGTAATAAT-A
1 TAAAAGTAATAATAA
*
42556 TAAAAATAATA
1 TAAAAGTAATA
42567 TTTAACAAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 7
0.78 0.05 0.17
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.06
12 9 0.28
14 6 0.19
15 15 0.47
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.04, T:0.31
Consensus pattern (15 bp):
TAAAAGTAATAATAA
Found at i:44456 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 44413--44457 Score: 58
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 24
44403 GAATATTATA
*
44413 TTATATTTTATGTATTCAATAACG
1 TTATATTTTATGAATTCAATAACG
44437 TTAT-TTTTATGAAATT-AATAA
1 TTATATTTTATG-AATTCAATAA
44458 ATAATACTGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 3
0.83 0.04 0.13
Matches are distributed among these distances:
23 12 0.63
24 7 0.37
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.07, T:0.51
Consensus pattern (24 bp):
TTATATTTTATGAATTCAATAACG
Found at i:50780 original size:15 final size:18
Alignment explanation
Indices: 50743--50782 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
50733 CCTCCTTCAT
50743 CTTCTTCTCTCCATTTTC
1 CTTCTTCTCTCCATTTTC
50761 C-TCTT-TCT-CA-TTTC
1 CTTCTTCTCTCCATTTTC
50775 CTTCTTCT
1 CTTCTTCT
50783 TCTTCCTCCT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 6
0.77 0.00 0.23
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.25
15 6 0.30
16 4 0.20
17 4 0.20
18 1 0.05
ACGTcount: A:0.05, C:0.38, G:0.00, T:0.57
Consensus pattern (18 bp):
CTTCTTCTCTCCATTTTC
Found at i:55403 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 55381--55417 Score: 74
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 17
55371 TCGAACCGGT
55381 CCGACCGGTCGGAAGAA
1 CCGACCGGTCGGAAGAA
55398 CCGACCGGTCGGAAGAA
1 CCGACCGGTCGGAAGAA
55415 CCG
1 CCG
55418 GACGACGTCA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 20 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.32, G:0.35, T:0.05
Consensus pattern (17 bp):
CCGACCGGTCGGAAGAA
Found at i:58286 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 58208--58294 Score: 120
Period size: 45 Copynumber: 1.9 Consensus size: 45
58198 CTAGCTTGGC
* *
58208 GAGGTGCCAATGTTGTGTGACCCAGACCTAGCCTGAGGTAATGGA
1 GAGGTACCAATGTTGTGTGACCCAGACCCAGCCTGAGGTAATGGA
* * * *
58253 GAGGTACCGATGTTGTGTGTCTCGGACCCAGCCTGAGGTAAT
1 GAGGTACCAATGTTGTGTGACCCAGACCCAGCCTGAGGTAAT
58295 AGGGAGATAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 36 1.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.33, T:0.24
Consensus pattern (45 bp):
GAGGTACCAATGTTGTGTGACCCAGACCCAGCCTGAGGTAATGGA
Found at i:58310 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 58217--58313 Score: 115
Period size: 45 Copynumber: 2.2 Consensus size: 45
58207 CGAGGTGCCA
* *
58217 ATGTTGTGTGACCCAGACCTAGCCTGAGGTAATGGAGAGGTACCG
1 ATGTTGTGTGACCCAGACCCAGCCTGAGGTAATGGAGAGATACCG
* * * **
58262 ATGTTGTGTGTCTCGGACCCAGCCTGAGGTAATAGG-GAGATATTG
1 ATGTTGTGTGACCCAGACCCAGCCTGAGGTAAT-GGAGAGATACCG
58307 ATGTTGT
1 ATGTTGT
58314 AGTTTCCTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 2
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 42 0.95
46 2 0.05
ACGTcount: A:0.23, C:0.16, G:0.33, T:0.28
Consensus pattern (45 bp):
ATGTTGTGTGACCCAGACCCAGCCTGAGGTAATGGAGAGATACCG
Done.