genome.fa.s1244.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001244.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  174449

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
484--715	118	2.0	118	89	3	360	26	13	19	40	1.89
484--777	118	2.5	118	83	3	349	26	12	19	41	1.87
4922--4969	15	3.3	15	76	2	53	37	10	18	33	1.85
6757--7246	56	8.9	56	89	2	706	34	10	19	35	1.86
6757--7246	111	4.4	111	90	2	718	34	10	19	35	1.86
6757--7246	167	3.0	167	90	3	747	34	10	19	35	1.86
12345--12395	23	2.2	23	92	0	84	52	9	31	5	1.58
13527--13902	111	3.4	110	91	2	587	35	10	18	35	1.85
13538--13901	55	6.6	55	89	2	552	35	10	18	35	1.85
17021--17064	19	2.3	19	92	0	70	31	25	25	18	1.97
17680--17726	19	2.4	19	82	3	58	25	23	21	29	1.99
22328--22386	29	2.0	31	86	6	86	40	27	18	13	1.88
30723--30784	31	2.0	31	90	3	99	41	3	6	48	1.45
31626--31653	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
34216--34262	24	2.0	24	86	0	67	25	12	23	38	1.90
34254--34319	29	2.3	29	100	0	132	30	18	21	30	1.97
34889--34926	16	2.4	16	82	13	51	57	0	2	39	1.12
35453--35532	3	27.3	3	92	5	137	35	0	0	65	0.93
37072--37259	31	6.0	31	78	10	195	30	19	18	31	1.96
37097--37262	63	2.7	63	96	0	298	31	18	18	31	1.95
38236--38392	64	2.5	64	77	10	160	26	20	21	32	1.97
41993--42149	31	5.0	31	77	7	149	31	19	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42018--42161	63	2.3	63	93	1	245	31	18	17	33	1.94
42500--42529	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
42503--42537	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
42616--42731	47	2.5	46	75	19	107	75	0	5	18	1.05
42667--42735	28	2.4	27	79	15	77	73	0	2	23	0.96
42649--42737	30	3.0	29	73	18	85	73	1	3	22	1.05
42783--42849	24	2.8	24	77	8	73	65	4	4	25	1.30
43123--43218	35	2.6	36	86	6	131	32	14	14	38	1.87
43683--44455	109	7.4	105	81	7	799	21	21	24	32	1.98
43691--44448	424	1.8	422	84	5	1032	21	20	24	32	1.98
44800--44957	68	2.4	65	82	4	199	36	8	22	32	1.84
44800--45193	65	5.8	65	73	12	240	39	11	20	28	1.87
44933--45213	36	8.0	35	77	13	274	40	13	19	25	1.89
44870--45194	138	2.4	137	84	3	438	40	12	20	27	1.88
45075--45247	36	4.8	36	85	4	172	39	16	20	23	1.91
45692--45728	18	2.1	18	89	0	56	40	29	8	21	1.82
46141--46189	22	2.2	22	92	0	80	28	14	24	32	1.94
46153--46196	22	2.0	22	86	0	61	31	13	22	31	1.93
46825--46915	8	11.7	7	73	17	65	1	12	7	79	0.99
50009--50126	48	2.4	49	80	8	132	75	0	5	18	1.04
50008--50166	6	25.7	6	70	18	51	72	0	4	22	1.06
50061--50187	39	3.2	41	80	9	147	67	0	2	29	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50041--50132	30	3.0	32	78	17	83	72	1	3	22	1.05
50007--50126	9	12.4	9	69	18	55	75	0	5	19	1.04
50100--50202	44	2.3	45	78	13	122	67	0	1	29	1.07
50178--50246	24	2.9	23	78	6	75	68	4	4	23	1.26
50198--50259	23	2.8	22	75	20	58	67	4	6	20	1.32
50525--50620	35	2.6	36	83	6	122	32	13	14	39	1.85
50933--51030	48	2.0	48	100	0	196	33	14	8	43	1.75
53279--53423	30	4.8	30	81	3	166	17	13	6	61	1.54
57069--57187	32	3.8	31	74	13	86	73	7	14	5	1.23
57112--57198	24	3.7	23	73	14	61	78	6	10	4	1.09
57133--57199	20	3.6	20	77	16	58	77	7	11	2	1.08
57107--57163	14	4.3	13	84	10	71	78	3	12	5	1.03
58378--58450	37	1.9	38	86	8	105	28	23	13	34	1.93
58464--58608	66	2.2	64	84	4	184	31	12	15	40	1.85
58576--58697	30	4.1	30	92	5	187	30	17	13	38	1.89
59194--59248	3	18.7	3	77	17	53	32	0	3	63	1.12
60810--60924	30	3.8	30	77	2	106	13	10	12	63	1.52
66680--66786	31	3.5	31	83	6	119	22	25	13	39	1.90
66669--66786	62	1.9	62	81	6	141	22	25	12	39	1.89
67200--67265	3	22.0	3	87	6	98	36	0	0	63	0.95
69112--69146	17	2.0	18	88	5	54	42	0	2	54	1.15
69036--69233	106	1.9	106	83	6	258	40	8	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69737--69800	28	2.3	27	83	5	74	37	0	0	62	0.95
69768--69818	20	2.5	22	81	12	63	27	0	1	70	0.98
75139--75199	20	2.9	21	82	7	70	14	26	36	22	1.93
84434--84498	8	8.2	8	83	10	71	76	0	15	7	0.99
84452--84494	7	5.9	7	86	5	50	76	0	13	9	1.01
84444--84493	15	3.4	14	84	13	57	80	0	14	6	0.90
88687--88763	22	3.5	22	78	3	84	35	14	12	37	1.84
89426--89561	45	3.0	45	83	4	166	22	23	21	32	1.98
89569--89666	45	2.2	45	90	0	151	22	22	21	33	1.97
89447--89923	121	4.0	121	93	1	787	23	22	20	32	1.98
89696--89793	45	2.2	45	90	0	151	23	25	21	29	1.99
89811--89958	45	3.3	45	87	1	224	24	23	18	33	1.96
90086--90124	18	2.2	18	90	0	60	38	0	2	58	1.12
92905--92959	24	2.3	24	100	0	110	20	25	29	25	1.99
93528--94300	387	2.0	386	99	0	1537	27	16	19	36	1.93
100659--100700	21	2.0	21	100	0	84	42	28	9	19	1.82
107569--107732	82	2.0	82	96	0	301	30	18	20	29	1.97
117378--117457	22	3.7	21	83	5	72	33	13	18	33	1.90
117400--117466	22	3.1	22	86	2	100	41	13	16	28	1.86
120506--120543	9	4.2	9	89	0	58	23	31	0	44	1.54
121665--121795	66	2.0	66	84	0	172	22	38	3	35	1.70
124262--124909	183	3.5	182	87	2	872	28	16	12	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127944--127976	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
129385--129439	2	28.0	2	96	3	103	49	0	0	50	1.00
129583--129630	21	2.3	21	85	0	60	31	27	20	20	1.98
129599--129640	21	2.1	20	86	8	59	33	16	23	26	1.96
134223--134291	6	11.3	6	72	18	54	37	0	0	62	0.96
134218--134296	18	4.4	18	98	1	151	40	0	0	59	0.97
134230--134283	11	5.6	11	68	31	52	38	0	0	61	0.96
134221--134310	25	3.4	26	70	7	74	40	0	0	60	0.97
138186--138363	64	2.8	64	81	3	205	26	16	25	30	1.97
138204--138363	65	2.5	65	85	3	207	27	15	25	31	1.96
138205--138412	65	3.2	65	79	12	198	27	16	25	30	1.97
145251--145414	64	2.5	66	82	3	199	28	15	25	30	1.96
145365--145412	19	2.5	19	86	6	62	25	16	31	27	1.97
148842--148909	35	1.9	35	82	5	84	51	2	2	42	1.32
150191--150223	17	1.9	17	93	0	57	24	6	30	39	1.79
151195--151269	31	2.4	30	82	6	87	29	9	17	44	1.80
152617--152661	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
153464--153588	31	4.0	31	92	2	198	20	20	23	36	1.95
156741--156785	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
157586--157709	31	4.0	31	90	4	189	20	20	22	37	1.95
157586--157709	61	2.0	62	89	4	189	20	20	22	37	1.95
159233--159301	34	2.0	34	88	0	102	27	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162695--162746	18	2.9	18	100	0	104	17	23	32	26	1.96
164393--165079	331	2.1	332	83	4	857	35	17	18	28	1.93
164382--165083	83	8.5	83	84	3	657	35	16	18	28	1.93
166077--166148	32	2.2	32	85	0	99	55	18	4	22	1.59
169255--169284	16	1.9	16	93	6	53	60	0	3	36	1.14
171768--171817	13	3.9	13	75	20	52	80	0	6	14	0.90
171900--171961	23	2.8	22	76	9	72	67	0	1	30	1.00
173042--173070	4	7.5	4	92	7	51	75	0	0	24	0.80
173070--173123	2	28.5	2	89	10	87	51	0	0	48	1.00
173043--173123	12	6.8	12	77	17	71	59	0	0	40	0.98

Tables:   1

The End!