genome.fa.s1281.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001281.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002515_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  106746

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448--1472	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
1484--1510	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2429--2464	15	2.3	16	85	4	56	13	27	38	19	1.90
2645--2773	35	3.8	34	74	19	119	46	8	3	41	1.53
2716--2861	75	2.0	73	84	8	188	47	7	1	43	1.40
2679--2886	36	5.6	36	79	13	185	46	9	2	41	1.48
2874--2905	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
7283--7307	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
15450--15477	12	2.3	12	100	0	56	21	0	0	78	0.75
15578--15670	41	2.3	40	80	12	100	11	10	2	75	1.14
15711--15782	28	2.4	27	82	17	74	11	9	4	75	1.18
15692--15788	34	2.7	34	81	15	99	12	8	4	75	1.17
15892--15919	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
18792--18882	11	8.5	11	75	6	62	82	2	13	2	0.86
18793--18855	13	4.8	13	83	13	76	85	3	11	0	0.70
20629--20778	36	4.2	36	89	4	223	28	18	15	37	1.91
20629--20778	70	2.1	72	88	3	223	28	18	15	37	1.91
20628--20877	101	2.4	100	81	8	279	28	18	14	38	1.89
20629--21350	172	4.2	172	79	10	759	26	19	13	40	1.89
20657--20914	136	1.9	134	88	3	383	27	18	13	39	1.89
20796--20949	36	4.3	36	83	5	170	25	20	14	39	1.90
20963--21160	37	5.5	36	77	6	168	25	18	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21039--21266	123	1.8	125	90	5	374	25	17	14	41	1.88
21174--21283	36	3.0	37	94	2	204	24	20	15	40	1.91
21224--21351	67	1.9	67	88	3	195	28	22	13	35	1.92
21353--21425	29	2.4	30	88	6	112	42	16	8	32	1.78
22064--22093	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
22073--22135	33	1.9	33	90	0	99	39	3	4	52	1.38
23419--23444	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
23558--23617	5	11.8	5	79	10	59	15	5	1	78	1.00
23559--23639	41	2.0	41	80	9	94	14	8	1	75	1.10
23616--23682	30	2.2	30	84	7	82	16	13	1	68	1.28
23854--23882	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
25087--25115	9	3.3	9	90	9	51	31	20	0	48	1.50
26050--26290	54	4.5	54	84	6	294	31	19	18	30	1.96
26050--26290	104	2.3	106	87	4	344	31	19	18	30	1.96
27209--27269	29	2.1	29	90	0	95	24	22	6	45	1.76
27563--28126	124	4.7	121	76	15	592	27	24	12	35	1.91
27746--28284	79	6.8	79	93	0	907	28	24	11	35	1.90
28141--28408	124	2.2	124	90	1	412	31	24	10	33	1.89
28062--28431	203	1.8	203	91	0	614	30	24	10	34	1.89
28265--28431	79	2.1	79	89	0	253	31	23	10	34	1.88
28872--28925	22	2.6	21	77	8	65	27	22	14	35	1.93
29821--30153	54	6.2	54	84	2	454	33	19	18	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29821--30153	161	2.1	162	86	1	472	33	19	18	29	1.95
30480--30524	22	2.1	21	84	8	56	31	22	15	31	1.95
30578--30626	20	2.4	21	86	10	75	18	36	14	30	1.90
36638--37151	161	3.2	162	88	1	773	31	21	19	27	1.97
36638--37151	54	9.6	54	89	0	762	31	21	19	27	1.97
39023--39180	21	7.8	20	70	7	77	39	25	16	18	1.91
39147--39340	20	9.6	20	81	5	212	35	25	19	19	1.95
39147--39340	60	3.2	60	82	0	244	35	25	19	19	1.95
39721--39791	33	2.2	33	89	0	106	11	21	18	49	1.78
39871--39976	21	5.6	20	70	16	91	46	17	23	12	1.82
39870--39947	41	1.9	41	94	0	138	46	16	24	12	1.82
39931--39987	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
39923--39992	33	2.1	33	94	0	122	48	18	22	10	1.78
40004--40096	19	5.4	19	70	23	89	9	22	22	45	1.81
40021--40107	14	5.5	14	71	24	66	8	25	24	42	1.81
40004--40118	33	3.5	33	96	0	212	8	23	21	46	1.79
41817--42378	93	6.1	93	99	0	1099	21	12	19	46	1.83
42426--42554	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
42462--42554	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
42426--42554	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
42550--42684	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
42572--42628	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42555--42647	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
43138--43204	21	3.2	21	68	6	64	26	35	17	19	1.94
44607--44642	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
44749--44846	19	5.4	19	82	13	134	45	16	22	15	1.84
44749--44864	53	2.2	53	96	1	216	43	17	24	14	1.86
44871--45023	33	4.5	33	74	16	159	13	22	17	45	1.84
44893--45109	19	12.4	19	77	19	249	13	21	17	46	1.83
44871--45081	52	4.0	52	99	0	413	13	23	17	45	1.83
44912--45123	33	6.2	33	77	14	234	13	22	18	46	1.83
47603--47649	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
48330--48539	20	10.5	20	86	2	224	18	18	24	38	1.93
48526--48608	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
48506--48604	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
53499--53565	31	2.2	31	89	2	100	34	7	8	49	1.62
53727--53796	24	2.9	24	73	16	72	51	0	4	44	1.21
53705--53796	26	3.6	26	78	12	84	52	0	4	43	1.21
57152--57176	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
60030--60072	22	1.9	21	86	13	59	60	9	0	30	1.28
60048--60115	34	2.0	35	91	2	111	52	8	2	35	1.47
62628--62686	28	2.1	28	93	0	100	52	22	6	18	1.68
64683--64724	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
64771--64832	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70702--70741	19	2.0	20	86	13	57	65	0	2	32	1.06
71531--71673	60	2.4	60	81	8	166	35	17	11	34	1.87
71883--72016	60	2.2	60	84	5	173	33	16	16	33	1.91
74967--74995	11	2.7	11	94	5	51	51	20	0	27	1.47
75315--75390	20	3.8	20	76	10	82	31	26	18	23	1.97
75315--75407	41	2.2	41	86	1	123	33	23	18	24	1.97
75979--76016	20	1.9	20	94	0	67	28	21	18	31	1.97
75978--76022	20	2.2	20	84	0	63	24	20	17	37	1.93
75985--76051	20	3.3	20	82	0	71	19	16	20	43	1.88
76014--76054	20	2.0	20	100	0	82	9	14	19	56	1.66
76018--76061	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
78089--78155	20	3.3	20	87	8	100	17	20	25	35	1.95
78142--78185	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
78657--78780	21	5.9	21	72	5	79	23	37	16	22	1.94
78686--78780	43	2.2	42	83	5	120	23	38	17	20	1.93
80316--80379	20	3.2	20	88	0	92	46	21	17	14	1.83
80418--80568	20	7.8	20	83	8	197	25	19	22	31	1.98
80378--80568	40	5.1	39	78	12	195	25	19	21	33	1.97
80374--80568	54	3.5	54	80	8	203	25	20	21	33	1.97
80380--80563	34	5.0	35	78	13	174	23	20	22	34	1.97
80736--80770	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
82808--82844	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83035--83086	24	2.2	24	89	0	77	42	21	19	17	1.89
83756--83790	17	2.1	17	100	0	70	25	5	34	34	1.80
83946--84013	20	3.4	20	97	0	127	25	19	29	26	1.98
84039--84086	20	2.4	21	80	16	57	41	20	18	18	1.90
84119--84155	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
91008--91382	137	2.7	137	86	2	538	23	21	22	32	1.98
91499--91538	21	1.9	21	94	0	71	37	7	5	50	1.53
91668--91747	24	3.3	24	71	10	72	36	5	13	45	1.66
91763--91799	18	2.1	18	94	0	65	59	13	0	27	1.35
92313--92381	21	3.3	21	70	0	57	21	24	27	26	1.99

Tables:   1   2