genome.fa.s1365.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001365.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002663_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129479

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131--189	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
1435--1475	18	2.3	18	86	0	64	26	46	12	14	1.80
1957--2002	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
2012--2069	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
1996--2086	32	2.8	32	93	3	146	48	21	17	12	1.80
2103--2160	14	3.9	14	77	16	62	10	17	24	48	1.78
2098--2176	32	2.4	33	93	2	133	11	18	22	46	1.81
2161--2216	20	2.8	20	86	7	71	16	23	23	37	1.93
2247--2315	25	2.7	26	73	8	70	21	11	14	52	1.73
4077--4121	12	3.6	12	80	11	54	33	0	17	48	1.48
4193--4231	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
4237--4301	19	3.7	19	84	15	95	47	18	20	13	1.82
4327--4396	20	3.5	20	96	1	124	15	22	27	34	1.95
5384--5437	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
7929--8087	33	4.8	33	90	3	223	41	19	22	16	1.90
8102--8158	14	3.7	14	75	20	60	8	22	22	45	1.80
8087--8176	33	2.7	33	91	0	144	13	21	21	44	1.85
8117--8167	14	3.0	18	70	24	56	9	19	21	49	1.77
8115--8167	17	3.2	17	70	24	58	9	20	20	49	1.77
8283--8319	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
9675--9741	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
9675--9797	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10015--10199	91	2.0	93	90	6	297	46	18	11	22	1.82
11983--12052	19	3.7	19	90	0	113	47	20	20	12	1.82
11913--12011	33	3.0	33	90	1	153	40	23	25	11	1.87
12048--12092	19	2.4	19	84	0	63	6	17	22	53	1.67
12689--12742	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
12649--12763	61	1.9	61	81	3	142	22	19	23	34	1.96
12731--12782	20	2.5	21	84	3	70	19	23	19	38	1.93
12813--12853	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
16480--16520	16	2.4	18	76	19	52	51	2	0	46	1.14
17434--17613	81	2.2	83	83	2	229	31	16	17	34	1.92
18096--18139	22	2.0	22	90	0	70	9	47	18	25	1.77
18424--18467	21	2.1	21	84	12	56	36	11	27	25	1.90
20677--20737	6	10.2	6	96	0	95	29	49	16	4	1.66
20735--20788	5	10.8	5	93	0	81	18	37	40	3	1.69
25005--25155	6	25.2	6	97	0	266	31	49	16	2	1.59
25153--25216	5	12.8	5	94	0	92	20	35	40	3	1.68
40998--41038	21	2.0	21	95	0	73	21	4	17	56	1.60
41007--41051	21	2.1	21	87	0	63	20	6	22	51	1.70
49972--50018	18	2.6	18	86	0	58	25	17	19	38	1.92
54150--54235	29	3.0	29	96	3	156	12	34	31	20	1.91
54267--54292	11	2.4	11	100	0	52	26	26	26	19	1.99
59228--59306	23	3.4	23	84	3	97	17	22	26	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59287--59341	24	2.3	24	87	0	83	23	14	20	41	1.89
59587--59622	18	2.0	18	100	0	72	22	22	22	33	1.97
60564--60615	25	2.1	25	85	0	68	23	3	11	61	1.46
62054--62099	12	3.8	12	88	2	65	30	39	0	30	1.57
69258--69554	81	3.6	81	74	9	219	32	21	17	28	1.96
69290--69419	41	3.2	41	74	10	140	31	19	17	31	1.95
69289--69511	81	2.7	81	81	6	250	32	20	17	29	1.96
69629--69688	25	2.4	26	88	5	88	11	36	6	45	1.67
73414--73472	21	2.8	21	81	0	64	20	5	18	55	1.61
73619--73887	43	6.2	44	84	5	248	29	23	20	27	1.98
73675--73885	86	2.4	87	89	0	316	32	23	19	25	1.98
76995--77574	111	5.3	111	87	2	834	38	8	17	35	1.80
77885--77939	20	2.7	20	70	13	58	78	3	3	14	1.03
77966--78015	26	1.9	26	88	8	75	74	2	4	20	1.08
77978--78041	21	3.0	21	77	6	67	73	1	7	17	1.14
78117--78289	90	1.9	88	80	6	195	57	4	16	21	1.57
78315--78348	12	2.8	12	91	8	52	79	0	8	11	0.94
79424--79484	16	4.1	15	79	12	63	68	0	3	27	1.05
79439--79480	13	3.5	12	87	9	59	69	0	2	28	1.01
79406--79477	28	2.6	28	79	18	87	70	0	5	23	1.08
79542--79622	32	2.6	31	80	3	101	46	4	3	44	1.42
79542--79645	31	3.2	31	79	9	102	48	5	3	42	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79621--79799	37	4.8	38	86	6	226	46	6	3	43	1.45
79738--79865	66	2.0	66	87	7	192	46	6	3	44	1.44
79775--79826	27	2.0	27	92	3	88	48	5	5	40	1.51
79775--79843	29	2.5	27	86	6	77	47	5	4	42	1.47
80444--81683	84	14.8	83	81	3	1254	25	19	24	30	1.98
80444--81670	333	3.7	332	84	2	1506	25	19	24	30	1.98
86062--86101	3	13.3	3	84	10	55	70	0	0	30	0.88
86166--86245	31	2.6	29	78	7	79	45	5	2	47	1.38
86244--86505	37	6.9	37	82	8	255	45	6	3	44	1.46
86286--86499	73	2.9	74	88	6	290	45	6	2	45	1.44
86489--86514	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
88393--88443	11	4.8	11	76	9	52	49	0	5	45	1.26
97282--97359	29	2.6	30	83	8	95	15	7	26	50	1.71
97291--97371	29	2.5	34	73	23	91	16	8	25	49	1.74
97350--97427	33	2.4	33	86	4	113	15	11	34	38	1.83
97311--97548	119	1.9	124	83	8	308	20	9	28	42	1.82
98076--98486	41	10.0	41	94	0	687	21	23	24	30	1.99
98076--98481	206	2.0	206	95	0	731	21	23	24	30	1.99
98542--98592	6	9.0	6	97	2	81	29	52	17	0	1.45
99273--99309	6	6.5	6	90	3	51	0	16	51	32	1.45
99375--99671	41	7.2	42	93	1	494	32	25	20	21	1.98
99502--99612	20	5.4	20	68	19	77	33	23	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99398--99671	21	13.2	20	63	21	84	32	26	20	21	1.97
100533--100577	19	2.3	20	88	11	67	55	0	0	44	0.99
101782--101821	20	2.1	19	95	4	71	22	0	10	67	1.20
105290--105318	5	5.8	5	100	0	58	0	0	17	82	0.66
113453--113502	21	2.4	21	86	0	73	10	38	12	40	1.76
113969--114014	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
115781--115816	13	2.8	13	91	0	54	16	25	19	38	1.92
116229--116339	44	2.3	47	82	14	122	51	11	3	33	1.56
121131--121182	21	2.5	21	87	0	68	36	17	25	21	1.94
124248--124286	18	2.2	18	86	13	55	10	15	20	53	1.70
124426--124464	21	2.0	21	85	10	55	23	10	10	56	1.63

Tables:   1

The End!