genome.fa.s139.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000139.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000254_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98541

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
389--445	29	2.0	29	85	0	78	42	7	5	45	1.53
1849--1924	32	2.3	32	82	10	93	48	0	0	51	1.00
1997--2071	35	2.1	35	92	7	134	18	28	12	41	1.86
2520--2933	200	2.1	199	95	0	747	34	23	4	37	1.75
5296--5433	54	2.6	54	82	2	172	43	10	10	35	1.74
6509--6542	18	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
10083--10137	28	1.9	28	85	10	76	60	5	1	32	1.30
11743--11790	16	2.8	18	75	15	57	64	2	6	27	1.28
11733--11801	16	4.1	17	75	14	56	69	1	4	24	1.15
11757--11817	27	2.3	27	80	5	70	63	3	6	26	1.34
12043--12070	10	2.8	10	100	0	56	82	7	0	10	0.85
13933--14191	110	2.4	109	84	6	321	23	18	23	34	1.96
15968--16120	64	2.4	63	83	6	175	34	18	22	23	1.96
16834--16889	28	2.0	29	82	3	69	42	1	25	30	1.65
21477--21529	18	2.7	19	78	13	63	18	16	32	32	1.94
21478--21531	21	2.8	20	83	8	67	20	18	29	31	1.96
22591--22628	10	3.8	10	93	6	60	0	13	0	86	0.56
22567--22627	26	2.3	26	80	5	61	3	14	0	81	0.80
22576--22627	17	3.1	17	81	13	63	3	11	0	84	0.74
22591--22627	9	4.2	9	86	6	58	0	10	0	89	0.49
25582--25744	65	2.5	64	83	3	211	26	15	26	30	1.96
25692--25742	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25594--25793	65	3.1	65	80	11	207	27	16	26	30	1.97
32190--32229	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
34174--34337	65	2.5	64	81	4	204	27	15	26	30	1.96
34285--34335	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
34178--34386	65	3.2	65	79	11	198	27	16	25	30	1.97
39432--39469	17	2.1	19	90	9	62	71	7	5	15	1.28
42719--42846	7	17.0	7	67	19	55	72	3	6	17	1.19
42804--42844	19	2.2	18	86	4	55	73	2	4	19	1.13
42880--42961	33	2.4	35	80	15	93	64	2	3	29	1.23
42926--42968	13	3.2	13	78	15	52	69	2	4	23	1.18
42924--42985	27	2.2	28	81	16	76	66	3	6	24	1.30
43116--43188	28	2.7	27	79	12	78	63	1	5	30	1.26
43148--43210	33	2.0	31	84	12	83	66	1	4	26	1.20
44148--44184	4	9.8	4	94	5	60	75	0	0	24	0.80
44195--44219	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
45271--45295	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
45470--45523	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
46347--46426	20	4.0	20	76	9	63	37	22	17	22	1.94
46368--46435	20	3.4	19	78	13	66	41	22	16	20	1.90
46649--46695	20	2.3	20	96	0	85	34	25	23	17	1.96
46743--46839	38	2.8	33	81	14	122	15	22	16	45	1.85
46762--46829	19	3.6	19	97	0	127	16	20	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48416--48506	40	2.2	42	84	3	123	23	15	39	21	1.91
48843--48914	20	3.6	20	90	0	72	34	26	16	22	1.95
48869--48955	40	2.2	39	79	2	102	37	22	22	16	1.93
48869--48944	20	3.8	20	87	1	100	36	22	23	17	1.94
48981--49096	19	6.6	19	74	18	126	13	19	19	46	1.83
48981--49116	52	2.6	52	91	1	218	13	21	20	44	1.86
49081--49135	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
49676--49723	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
51040--51082	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
51361--51404	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
51571--51705	41	3.3	41	77	2	155	23	16	25	34	1.95
51571--51724	81	1.9	81	83	0	200	23	17	26	32	1.97
51591--51725	20	6.7	20	82	5	128	22	17	27	31	1.97
51719--51807	21	4.3	21	94	1	144	22	22	15	39	1.92
51719--51822	41	2.5	42	85	1	102	25	21	17	36	1.94
51797--51849	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
52151--52207	29	2.0	29	89	0	87	59	0	0	40	0.97
53413--53445	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
53457--53500	17	2.8	16	80	19	56	40	6	0	52	1.28
53457--53499	16	2.7	15	77	22	52	41	6	0	51	1.29
53509--53575	15	4.2	16	79	9	66	55	2	1	40	1.24
54667--54719	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54709--54802	20	4.7	20	82	2	116	42	19	18	20	1.89
54709--54802	41	2.3	41	87	1	127	42	19	18	20	1.89
54933--54976	20	2.2	20	91	0	70	50	29	11	9	1.69
55019--55095	20	3.8	20	79	5	84	12	19	18	49	1.79
56791--57067	94	3.1	92	86	8	390	20	12	19	47	1.81
57156--57270	20	6.2	19	78	12	114	48	22	20	8	1.76
57156--57280	39	3.4	38	78	13	116	47	23	19	10	1.80
57156--57271	19	6.3	19	78	13	116	48	23	19	8	1.76
59186--59279	33	2.8	33	86	0	116	46	23	19	10	1.80
59218--59285	19	3.8	19	78	21	85	47	26	17	8	1.77
59290--59395	33	3.2	33	91	0	167	13	22	16	47	1.82
59304--59415	19	6.4	19	70	20	82	14	21	17	46	1.84
59368--59422	20	2.8	19	83	2	65	18	21	21	38	1.94
61925--61978	24	2.2	24	90	0	81	42	18	18	20	1.89
62819--63282	20	23.0	20	83	6	446	33	18	20	27	1.96
62830--63282	41	11.2	41	92	2	473	33	18	20	26	1.96
63265--63308	21	2.1	21	86	0	61	38	11	27	22	1.88
68631--68964	167	2.0	167	100	0	668	31	19	19	28	1.97
69097--69149	26	2.0	26	96	0	97	26	18	15	39	1.90
70373--70410	16	2.4	16	95	0	67	34	0	0	65	0.93
70421--70471	17	3.2	17	76	17	56	64	3	0	31	1.11
71759--71824	27	2.5	26	92	7	107	37	0	13	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75258--75315	20	2.9	20	84	0	71	29	20	24	25	1.99
81331--81442	20	5.6	20	81	5	118	38	18	25	16	1.92
81328--81442	41	2.8	41	92	1	178	39	18	25	17	1.92
81348--81442	21	4.7	20	82	6	120	38	18	26	15	1.91
81431--81545	20	5.7	20	74	5	88	34	22	18	24	1.96
81713--81756	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
82019--82056	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
83373--83417	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
83888--83933	20	2.3	20	88	0	65	36	26	21	15	1.93
83927--83990	19	3.6	19	74	20	66	46	21	18	12	1.82
84027--84081	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
86062--86176	33	3.4	33	79	13	133	42	20	22	14	1.88
86091--86176	19	4.8	19	83	13	121	45	17	22	15	1.85
86195--86252	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
87310--87363	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
87538--87562	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
89903--89969	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
89903--90025	42	2.9	41	79	7	104	23	17	36	22	1.94
92019--92179	20	8.8	18	66	20	68	44	22	21	11	1.84
92043--92141	33	3.0	33	87	1	135	40	26	22	11	1.87
92183--92224	19	2.2	19	91	0	66	9	14	26	50	1.73
92775--92826	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92837--92926	21	4.4	20	77	4	90	17	23	17	41	1.90
92856--92922	20	3.3	20	79	4	89	17	22	17	41	1.90
92819--92932	41	2.8	41	90	6	169	18	20	17	43	1.88

Tables:   1

The End!