genome.fa.s1400.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001400.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002734_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  119835

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899--1084	60	3.1	59	80	6	223	33	23	5	37	1.78
1226--1389	60	2.7	59	75	8	161	41	4	21	32	1.72
1847--1928	39	2.1	40	93	2	139	47	10	12	29	1.75
2995--3026	5	6.2	5	96	3	55	78	0	3	18	0.89
5091--5573	133	3.7	129	79	6	411	24	16	32	25	1.96
5165--5530	129	2.8	131	80	6	420	24	16	32	25	1.96
5954--6020	34	2.0	34	91	2	109	28	23	16	31	1.96
7026--7114	25	3.7	24	72	14	76	1	15	6	76	1.05
12221--12264	3	15.0	3	88	4	63	70	2	0	27	0.99
15500--16210	216	3.3	216	88	4	1043	50	7	10	30	1.65
16308--16618	2	154.5	2	70	17	191	46	3	2	46	1.36
16313--16561	11	22.4	11	73	14	88	46	4	2	46	1.36
16567--16618	15	3.5	15	76	10	52	44	1	3	50	1.31
16699--16752	11	5.2	11	76	17	53	51	11	1	35	1.48
16780--16823	9	5.4	9	75	25	53	54	9	0	36	1.32
16771--16823	22	2.4	22	96	0	97	52	9	1	35	1.45
16787--16814	13	2.2	13	100	0	56	53	7	0	39	1.28
16870--16904	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
16935--17044	18	5.7	18	74	19	96	40	10	9	40	1.70
16932--17046	38	2.9	40	82	13	148	40	9	8	40	1.69
17041--17117	2	36.0	2	73	17	57	45	5	2	46	1.39
17033--17105	13	5.2	13	69	26	51	46	5	2	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17041--17117	24	3.3	24	77	22	85	45	5	2	46	1.39
17041--17138	20	5.0	20	74	17	73	44	6	3	45	1.43
17141--17197	28	2.0	28	86	0	78	50	24	0	24	1.49
17213--17336	18	7.1	18	70	14	98	44	6	7	41	1.58
17271--17362	33	3.3	27	79	17	82	45	5	4	44	1.46
17189--17339	33	4.4	33	82	9	187	43	6	6	43	1.56
17412--17524	60	1.9	60	83	0	145	51	4	10	33	1.57
22018--22117	24	4.3	24	77	10	100	42	19	14	25	1.88
22293--22342	21	2.4	21	100	0	100	46	4	0	50	1.20
22814--23001	29	6.6	29	82	3	114	48	14	4	32	1.63
22831--22936	28	3.8	27	83	7	122	54	6	0	37	1.33
28947--29122	24	7.3	24	86	0	217	42	16	15	25	1.87
28947--29098	72	2.1	72	100	0	304	42	17	15	24	1.88
29655--29766	41	2.7	42	87	1	154	24	21	21	33	1.98
29658--29809	42	3.6	41	82	3	151	26	22	17	34	1.96
29658--29824	43	4.0	42	79	3	147	25	22	16	35	1.95
30673--30724	26	2.0	26	100	0	104	26	15	23	34	1.94
39481--39506	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
41141--41200	27	2.2	26	80	8	66	48	0	3	48	1.18
41359--41409	20	2.5	20	100	0	102	25	19	5	49	1.71
44150--44246	37	2.6	37	85	0	131	42	15	12	29	1.84
44619--44652	18	1.9	17	88	5	50	20	5	2	70	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44717--44741	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
44658--44786	59	2.2	59	80	8	138	37	5	0	56	1.28
49086--49622	183	2.9	183	96	0	968	27	20	21	30	1.98
50779--50892	36	3.2	34	71	9	86	25	16	14	43	1.85
50763--50938	72	2.4	75	84	7	218	26	18	13	42	1.87
50940--51327	104	3.9	101	83	9	405	31	20	12	36	1.90
51227--51302	36	2.1	36	87	0	107	23	21	14	40	1.90
51502--51922	105	4.0	105	86	5	559	33	26	19	21	1.97
51502--51922	205	2.0	212	85	5	581	33	26	19	21	1.97
52463--52567	37	2.8	37	82	0	129	41	14	13	30	1.84
52933--52966	18	1.9	17	88	5	50	20	5	2	70	1.21
52966--53018	2	26.5	2	96	0	97	47	0	1	50	1.12
60091--60121	15	2.1	15	93	0	53	19	16	12	51	1.76
60924--60966	5	8.6	5	94	0	77	62	16	0	20	1.32
61279--61321	20	2.3	17	84	15	50	27	23	13	34	1.93
70605--70666	20	3.1	20	72	9	72	54	0	4	40	1.22
70588--70666	40	2.0	40	97	0	149	54	1	5	39	1.30
70594--70666	23	3.4	23	69	21	68	54	1	5	38	1.32
81427--81509	29	2.8	29	90	1	130	42	9	14	33	1.78
86196--86278	29	2.8	29	87	1	121	42	10	14	32	1.80
94581--94620	21	1.9	21	94	0	71	30	27	17	25	1.97
94577--94629	21	2.5	21	81	0	70	28	28	20	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94644--94852	21	10.3	21	73	11	186	20	19	26	33	1.96
94662--94873	40	5.2	40	94	4	363	20	19	24	35	1.96
94662--94873	82	2.6	82	95	2	385	20	19	24	35	1.96
94846--94896	21	2.4	21	96	0	93	23	17	13	45	1.84
94662--94899	82	2.9	81	91	4	367	20	19	23	36	1.95
95152--95223	21	3.4	21	78	14	94	33	29	19	18	1.95
95131--95225	42	2.4	39	89	7	138	38	25	17	17	1.92
95161--95228	19	3.4	19	77	15	82	33	27	17	20	1.95
95147--95232	42	2.0	42	100	0	172	37	25	18	18	1.94
95660--95695	18	2.0	18	100	0	72	11	33	27	27	1.91
95718--95759	21	2.0	21	100	0	84	47	14	23	14	1.80
95789--95844	29	1.9	29	92	0	94	14	35	30	19	1.91
95848--95932	33	2.6	33	88	3	118	8	38	27	25	1.84
95860--95966	10	9.7	10	69	15	52	9	35	30	24	1.87
95914--95987	14	4.9	14	80	18	85	8	28	39	24	1.84
95896--95980	34	2.4	36	90	5	129	9	30	36	23	1.87
97660--97708	25	2.0	25	91	0	80	51	6	4	38	1.46
98039--98084	17	2.7	18	83	10	60	19	0	21	58	1.39
99940--100562	121	5.0	121	88	8	966	32	4	9	52	1.55
99940--100562	239	2.5	246	92	5	999	32	4	9	52	1.55
100300--100551	138	1.8	138	96	1	470	33	4	10	51	1.56
100568--100648	2	40.5	2	100	0	162	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103787--103816	14	2.1	15	93	6	53	43	36	0	20	1.52
109625--109683	30	2.0	30	96	0	109	15	18	33	32	1.92
110045--110078	12	2.8	12	100	0	68	17	17	26	38	1.92
110370--110463	21	4.5	21	81	5	109	45	30	0	23	1.53
110370--110473	7	14.9	7	67	11	52	45	31	0	23	1.53
110412--110484	35	2.1	35	85	10	96	43	27	0	28	1.55
110370--110476	42	2.5	42	83	5	128	44	30	0	24	1.54
110405--110474	21	3.3	20	72	16	61	42	30	0	27	1.56
110717--110757	14	3.1	14	76	20	52	41	0	4	53	1.22
113751--113829	33	2.4	33	93	4	133	11	10	36	41	1.75
113776--113977	96	2.2	93	91	4	327	25	13	31	29	1.94
114032--114112	38	2.2	38	95	2	146	11	11	39	38	1.76

Tables:   1

The End!