genome.fa.s142.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000142.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000257_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  196534

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 124 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3541--3592	8	6.4	8	78	17	54	82	1	13	1	0.84
3542--3592	21	2.4	22	83	9	61	82	1	13	1	0.85
3544--3592	20	2.4	21	80	13	57	81	2	14	2	0.87
4235--4277	11	3.9	11	82	8	52	79	0	11	9	0.95
4241--4277	11	3.3	12	89	10	53	81	0	8	10	0.89
7191--7229	16	2.4	16	91	0	60	82	0	0	17	0.68
7191--7228	18	2.1	19	90	5	60	84	0	0	15	0.63
7371--7395	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
7424--7577	2	78.5	2	79	8	111	57	1	3	37	1.26
7978--8079	37	2.8	37	87	0	132	32	12	14	40	1.84
8830--9999	106	11.0	106	92	0	1822	22	18	24	33	1.96
10511--10547	18	2.0	19	94	5	67	43	32	5	18	1.73
11611--11656	13	3.4	13	82	17	58	0	13	6	80	0.89
11598--11675	16	5.0	15	73	17	61	2	12	6	78	1.05
15132--15168	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
16673--16697	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
18056--18542	44	11.1	44	87	1	674	23	22	10	43	1.84
20081--20282	44	4.6	44	90	0	296	22	22	11	43	1.86
20269--20301	17	2.0	17	88	5	50	33	12	3	51	1.54
24624--26094	737	2.0	736	99	0	2879	38	15	12	32	1.85
26421--26465	2	22.0	2	95	4	81	48	0	2	48	1.13
30598--30638	21	1.9	22	90	5	66	36	14	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32286--32320	3	11.7	3	87	0	52	65	2	2	28	1.21
45215--45251	5	6.7	6	93	6	53	67	0	16	16	1.23
45932--45970	21	1.9	20	85	15	53	2	10	30	56	1.46
48090--48162	37	2.0	37	91	0	119	46	4	9	39	1.56
51086--51143	21	2.7	21	83	2	71	37	22	22	17	1.93
53180--53230	15	3.6	14	75	17	52	23	1	1	72	1.05
59922--59965	19	2.3	19	92	4	70	29	2	4	63	1.26
59929--59973	19	2.4	19	96	3	83	35	0	4	60	1.17
66501--66577	37	2.1	37	83	9	95	46	2	2	48	1.29
68446--68483	2	18.5	2	94	5	67	50	0	2	47	1.15
76403--76449	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
76864--76915	27	1.9	27	84	0	68	40	25	1	32	1.67
77068--77111	16	2.8	16	83	16	56	31	0	4	63	1.14
77068--77138	27	2.8	25	79	10	74	32	1	4	61	1.23
79821--79873	21	2.5	21	81	0	61	20	24	18	35	1.95
79863--79956	20	4.7	20	86	2	143	38	20	21	20	1.94
79863--79956	41	2.3	41	90	1	145	38	20	21	20	1.94
80499--80620	19	6.4	20	79	13	118	50	18	18	13	1.77
80499--80593	20	4.7	21	82	8	110	52	17	17	11	1.74
80499--80593	40	2.4	40	82	7	122	52	17	17	11	1.74
80616--80714	20	5.1	19	79	9	110	11	22	18	48	1.79
82407--82970	94	6.1	94	93	3	883	21	12	18	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83060--83157	39	2.5	38	88	6	135	48	20	19	11	1.79
83061--83161	19	5.2	19	89	3	139	50	19	19	9	1.75
83061--83163	20	5.3	20	87	5	124	49	20	19	10	1.77
83168--83312	19	7.8	19	72	12	122	13	18	20	48	1.81
83168--83312	39	3.9	38	78	11	113	13	18	20	48	1.81
83765--83831	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
83713--83831	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
85181--85216	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
85323--85370	14	2.9	17	76	23	57	45	18	20	14	1.85
85323--85416	33	2.8	32	88	6	127	47	21	18	12	1.81
85323--85381	19	3.4	19	71	22	65	49	18	18	13	1.80
85355--85423	19	3.9	19	75	21	69	47	23	15	13	1.80
85432--85595	33	4.8	33	87	5	220	14	21	17	46	1.83
85470--85615	19	8.2	19	78	15	159	15	21	17	45	1.85
86288--86325	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
88167--88429	84	3.2	83	73	8	259	23	21	25	28	1.99
88630--89653	106	9.6	106	93	1	1661	22	19	25	32	1.97
93149--93179	11	2.8	11	90	0	53	64	0	0	35	0.94
97026--97077	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
97925--98065	20	7.0	21	84	4	157	31	18	19	30	1.96
97926--98093	20	8.2	20	81	4	113	31	18	22	27	1.97
100969--101046	32	2.4	33	84	2	104	47	11	34	6	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100969--101048	15	4.9	17	71	11	60	47	11	35	6	1.64
106339--106370	17	1.9	16	93	6	55	50	0	43	6	1.27
110850--110879	15	2.0	15	93	0	51	60	0	16	23	1.36
110978--111038	21	2.9	21	80	9	63	78	1	6	13	1.01
110966--111083	47	2.5	47	78	13	127	75	0	5	18	1.04
111032--111095	32	2.0	33	87	9	96	71	0	3	25	1.00
110967--111087	9	14.0	8	72	16	57	76	0	4	18	1.02
111000--111164	36	4.4	37	75	20	130	68	1	2	27	1.12
111023--111162	41	3.4	42	78	9	146	67	1	2	28	1.10
111158--111219	23	2.8	22	75	20	58	67	4	6	20	1.32
111544--111612	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
112208--112466	98	2.6	98	83	5	304	19	21	25	33	1.96
112208--112600	105	3.8	102	78	7	334	20	20	25	33	1.97
113077--113469	65	5.8	65	74	9	268	39	10	20	28	1.86
113209--113489	36	8.0	35	76	12	254	41	13	19	25	1.88
113160--113470	138	2.3	137	85	1	417	40	12	19	27	1.87
113245--113433	102	1.9	102	86	2	272	41	12	18	27	1.86
113351--113523	36	4.8	36	81	7	156	40	15	20	23	1.90
113351--113531	72	2.5	72	84	4	215	38	14	20	25	1.91
113968--114003	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
114419--114473	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
115110--115161	21	2.6	18	77	16	50	1	11	9	76	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115117--115173	22	2.5	23	77	11	64	0	12	8	78	0.95
115145--115196	16	3.2	16	79	12	54	0	13	7	78	0.94
116306--116344	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
116306--116344	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
118777--118806	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
118780--118814	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
118913--118938	9	2.9	9	100	0	52	80	0	19	0	0.71
118917--119022	46	2.2	49	80	11	123	74	1	6	16	1.12
118970--119099	35	3.6	35	72	23	110	65	2	2	30	1.17
119089--119149	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
119475--119543	34	2.0	34	91	0	111	33	14	10	42	1.79
125275--125333	28	2.1	28	87	6	84	50	3	0	45	1.18
125840--126219	186	2.0	187	92	1	638	46	8	2	42	1.47
128896--128933	18	2.1	18	85	9	51	34	15	5	44	1.69
137259--137293	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
137293--137322	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
141707--141809	28	3.7	28	92	0	161	39	27	17	15	1.90
144575--144612	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
144611--144641	3	10.3	3	100	0	62	32	0	32	35	1.58
148354--148386	13	2.6	13	90	4	50	9	12	0	78	0.95
148956--149020	14	4.9	14	71	16	57	24	3	0	72	0.99
163240--163274	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165656--165727	3	24.0	3	84	5	92	40	0	0	59	0.97
165664--165727	15	4.3	15	90	7	103	40	0	0	59	0.97
167367--167416	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
171236--171267	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
179994--180458	115	4.1	115	94	3	791	34	14	20	29	1.93
181146--181887	113	6.6	113	91	2	1061	37	15	18	28	1.91
181146--182042	339	2.7	332	82	8	940	37	15	18	28	1.92
181746--182240	239	2.1	231	81	8	553	39	16	17	26	1.91
181846--182240	120	3.3	119	91	2	593	39	16	18	25	1.91
182392--182448	3	19.0	3	87	7	80	38	0	0	61	0.96

Tables:   1   2