genome.fa.s1478.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001478.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002868_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  623040

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97111--97151	21	2.0	21	90	0	64	9	19	31	39	1.84
97411--97455	21	2.1	21	84	8	56	22	0	26	51	1.49
97538--97581	15	2.9	15	93	3	70	40	2	6	50	1.42
98087--98131	13	3.3	13	82	17	56	44	0	6	48	1.29
98112--98162	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
97264--98995	556	3.1	558	91	2	2761	36	9	12	42	1.75
98504--98575	7	10.3	7	78	0	72	19	1	31	47	1.58
98558--98660	48	2.1	49	83	3	127	29	6	14	49	1.69
98650--98718	17	3.7	19	82	9	88	39	1	8	50	1.42
99846--99885	17	2.4	17	91	0	62	17	22	30	30	1.97
101884--102227	170	2.0	172	98	1	665	35	13	20	30	1.91
102549--102667	24	5.0	24	87	4	168	26	13	20	40	1.89
103689--103738	21	2.3	21	93	3	82	44	6	6	44	1.53
103682--103754	21	3.8	20	80	8	62	39	6	8	45	1.61
103985--104017	17	2.1	17	88	11	52	39	6	3	51	1.42
103962--104014	24	2.2	25	86	3	72	41	3	1	52	1.30
104247--104301	19	2.9	21	84	15	68	25	25	0	49	1.51
109289--109386	50	2.0	47	94	5	169	32	7	26	33	1.84
109605--110260	182	3.6	181	90	3	1002	41	14	16	27	1.87
110315--110369	21	2.6	21	94	0	92	47	23	10	18	1.80
112202--112257	24	2.4	23	80	8	69	44	0	5	50	1.25
117428--117467	21	1.9	21	90	10	64	12	10	37	40	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117495--117537	20	2.1	21	86	4	61	23	23	20	32	1.98
117997--118039	21	2.0	21	86	8	61	27	27	9	34	1.88
119311--119348	20	1.9	20	88	0	58	23	21	26	28	1.99
119432--119502	20	3.5	20	77	7	79	38	12	19	29	1.89
119660--119813	78	2.0	78	100	0	308	48	11	14	25	1.76
119768--119882	57	2.0	57	100	0	230	47	15	12	24	1.79
120149--120178	15	2.0	15	93	0	51	40	10	16	33	1.82
121087--121137	25	1.9	28	84	11	72	39	15	5	39	1.72
123924--123981	15	3.9	15	95	0	98	6	27	0	65	1.18
136229--136276	21	2.3	21	77	0	51	37	25	14	22	1.92
137326--137374	20	2.5	20	93	0	80	38	16	22	22	1.92
137348--137645	41	7.2	41	94	0	479	26	12	27	33	1.93
138111--138392	144	2.0	143	92	0	474	30	6	12	50	1.66
140492--140915	142	3.0	142	96	2	764	48	13	7	30	1.70
142518--142704	37	5.0	37	90	1	284	23	18	20	37	1.94
142515--142704	75	2.6	74	89	3	310	23	18	20	37	1.94
143138--143162	13	1.9	13	100	0	50	56	20	8	16	1.65
151156--151291	13	10.6	13	66	20	56	48	1	3	46	1.29
151177--151245	11	5.8	11	71	20	50	47	1	1	49	1.19
151188--151247	18	3.3	18	75	11	59	46	1	1	50	1.21
151415--151473	20	3.0	20	82	5	75	42	0	33	23	1.55
151418--151479	19	3.2	19	75	11	63	43	0	30	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151662--151743	2	42.5	2	71	16	57	50	3	1	45	1.27
151662--151707	15	3.1	15	84	3	58	47	6	2	43	1.41
151859--151905	7	6.7	7	82	0	58	38	42	0	19	1.51
151921--151966	20	2.4	19	85	7	65	50	6	4	39	1.48
151939--151975	15	2.4	15	95	4	65	51	5	2	40	1.39
152051--152128	7	11.3	7	72	2	50	47	28	0	24	1.52
152051--152128	21	3.8	21	76	10	88	47	28	0	24	1.52
152052--152124	27	2.7	27	82	2	74	46	28	0	24	1.53
152051--152128	14	5.6	14	78	3	77	47	28	0	24	1.52
152486--152524	20	2.0	19	85	5	51	48	7	5	38	1.54
152497--152533	15	2.4	15	90	4	56	51	2	5	40	1.39
152608--152686	7	11.3	7	73	0	59	51	27	1	18	1.54
152608--152686	21	3.8	21	74	12	72	51	27	1	18	1.54
153056--153101	13	3.3	13	82	14	56	52	6	2	39	1.40
153176--153255	14	5.8	14	76	2	63	51	26	1	21	1.55
153191--153230	21	1.9	21	84	0	53	50	22	0	27	1.50
151944--153967	569	3.6	569	89	4	3006	43	11	9	35	1.73
153647--153682	15	2.4	15	95	0	63	50	8	0	41	1.33
153757--153807	21	2.4	21	83	0	66	52	29	0	17	1.45
153777--153807	14	2.2	14	94	0	53	54	29	0	16	1.42
156067--156914	452	1.9	450	92	2	1425	25	22	26	25	2.00
158094--158151	22	2.7	21	73	7	55	17	24	32	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164481--164514	15	2.3	15	94	0	59	50	8	0	41	1.34
164591--164647	7	8.3	7	74	3	53	49	31	0	19	1.49
164996--165045	20	2.6	20	81	6	59	46	6	8	40	1.58
165016--165053	17	2.2	18	90	4	60	50	2	5	42	1.39
165121--165156	14	2.6	14	86	0	54	50	33	0	16	1.46
165410--165485	2	37.5	2	94	2	134	51	1	0	47	1.09
165744--165793	23	2.1	24	92	3	84	50	4	0	46	1.20
166321--166366	18	2.6	18	89	0	65	17	13	30	39	1.87
174856--174908	12	4.6	12	79	9	65	47	18	16	16	1.83
175648--175731	30	2.8	30	83	0	96	35	28	17	17	1.93
175706--175833	31	4.1	31	75	7	116	33	20	17	28	1.95
175709--175830	63	2.0	62	85	4	165	31	19	18	30	1.96
176367--176397	16	1.9	16	100	0	62	35	19	0	45	1.51
183387--183421	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
189192--189274	36	2.4	35	87	4	114	32	9	15	42	1.80
189213--189273	21	3.2	21	60	26	53	32	4	14	47	1.66
189417--189476	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
189603--189734	20	6.8	20	72	13	80	28	28	15	27	1.96
195267--195314	3	15.7	3	85	8	62	31	2	0	66	1.03
202094--202125	16	2.1	16	94	5	57	43	15	9	31	1.78
202751--202781	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
202942--202999	20	2.9	20	86	0	89	20	25	10	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208585--208645	2	30.5	2	100	0	122	50	0	0	49	1.00
208802--208833	2	15.5	2	93	6	55	46	0	3	50	1.17
208886--208949	21	3.2	21	66	16	55	34	4	4	56	1.41
208938--208975	12	2.9	14	80	15	53	50	0	0	50	1.00
209873--209925	21	2.5	21	87	0	79	20	24	20	33	1.97
209915--210025	20	5.6	20	96	0	195	38	19	20	20	1.93
210014--210124	20	5.4	20	84	6	143	32	27	19	20	1.97
209853--210122	40	6.7	40	78	9	142	32	23	19	24	1.97
209993--210124	20	6.5	20	83	5	68	34	25	19	21	1.97
210167--210244	20	4.3	18	74	21	74	15	21	25	37	1.93
210150--210229	34	2.4	34	93	0	133	15	23	23	37	1.93
210738--210836	21	4.7	21	74	3	83	23	35	19	22	1.96
210763--210856	42	2.2	42	81	3	109	24	36	18	21	1.95
212225--212260	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
212386--212439	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
212366--212460	33	2.8	33	91	1	145	43	21	23	12	1.86
212399--212465	19	3.8	19	73	18	72	47	19	20	11	1.81
212475--212583	33	3.3	33	88	1	155	17	22	16	43	1.88
212577--212663	20	4.3	20	86	2	122	17	19	24	39	1.92
212577--212663	40	2.2	40	91	0	138	17	19	24	39	1.92
214690--214726	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
214932--214983	24	2.2	24	82	0	59	36	21	19	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215793--215874	38	2.1	39	90	4	130	23	19	29	28	1.98
215793--215874	20	4.2	20	87	6	132	23	19	29	28	1.98
215877--215937	20	3.0	20	95	0	104	27	21	13	37	1.90
215934--215979	21	2.2	21	92	0	74	36	19	26	17	1.94
234504--234559	28	2.1	26	87	12	78	39	0	1	58	1.08
234504--234560	26	2.2	26	84	12	73	38	0	1	59	1.08
235788--235843	3	19.7	3	76	20	50	23	1	1	73	1.03
235803--235855	13	4.3	12	79	11	54	16	1	3	77	1.01
235791--235855	24	2.7	24	76	11	60	20	1	3	75	1.02
236236--236297	2	32.0	2	81	12	76	43	1	0	54	1.09

Tables:   1   2   3   4   5