genome.fa.s1524.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001524.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00002990_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  185638

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955--1008	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
9312--9490	92	2.0	90	83	4	225	25	15	16	42	1.87
9500--9542	14	3.1	14	79	0	50	30	32	11	25	1.91
9500--9542	21	2.0	21	86	0	59	30	32	11	25	1.91
12811--12969	64	2.5	63	84	7	196	31	24	18	25	1.97
21442--21601	65	2.5	63	84	6	196	30	22	19	28	1.98
21442--21621	65	2.8	63	81	9	168	28	23	19	28	1.98
22693--22891	80	2.4	81	78	12	199	42	9	0	48	1.38
22784--22827	22	1.9	22	90	9	70	43	13	0	43	1.44
22774--22887	25	4.5	23	74	21	88	44	8	0	45	1.40
22776--22867	24	3.7	25	75	17	93	43	9	1	45	1.44
22848--22887	17	2.5	17	80	15	50	47	2	2	47	1.29
22889--22934	16	3.1	15	81	9	58	76	10	0	13	1.03
25178--25220	18	2.4	19	80	11	54	44	11	6	37	1.68
29301--29339	16	2.3	17	86	8	53	38	0	7	53	1.30
29700--29953	37	7.1	37	83	11	325	46	1	7	45	1.39
29766--29828	13	5.1	12	74	12	56	50	0	4	44	1.23
29815--29877	28	2.3	28	94	5	112	44	0	7	47	1.32
29778--29918	65	2.2	64	92	2	230	46	0	7	45	1.35
29815--29896	28	2.9	28	80	7	78	46	1	7	45	1.39
29738--29965	102	2.3	101	88	6	331	46	0	7	46	1.36
29917--29965	25	2.0	25	84	7	66	38	0	8	53	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29849--29972	35	3.5	37	78	13	127	43	0	7	48	1.36
29944--30001	22	2.7	22	81	2	73	37	0	5	56	1.21
30058--30095	13	3.0	13	80	3	51	36	28	15	18	1.92
33151--33200	19	2.7	19	87	3	66	46	0	2	52	1.12
35359--35515	64	2.5	63	82	7	181	33	19	23	22	1.97
35503--35560	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
36346--36832	245	2.0	245	99	0	956	43	4	20	32	1.71
37341--37408	23	3.0	23	84	0	91	19	26	25	29	1.98
39501--39579	36	2.2	36	93	2	133	35	20	3	40	1.70
43489--43526	20	1.9	20	88	0	58	23	28	7	39	1.83
44639--44665	7	3.9	7	100	0	54	44	0	0	55	0.99
44645--45038	184	2.2	185	88	5	590	44	8	4	42	1.52
49883--50439	102	5.4	101	83	4	643	33	17	9	39	1.83
49883--50439	206	2.7	203	85	5	715	33	17	9	39	1.83
51199--51292	27	3.4	26	77	20	84	67	0	19	13	1.24
52678--52708	8	4.0	8	95	4	55	25	0	0	74	0.82
62508--62554	20	2.3	20	100	0	94	44	0	25	29	1.54
64887--64943	16	3.9	15	77	13	57	75	0	21	3	0.95
64894--64945	26	2.0	25	85	10	70	76	0	21	1	0.87
64888--64948	22	2.8	23	78	9	74	75	0	21	3	0.94
65301--65376	39	1.9	39	89	0	116	22	38	19	19	1.94
66500--66556	29	1.9	30	82	10	73	28	8	3	59	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66645--66752	2	54.0	2	96	0	198	51	0	0	48	1.00
71871--71895	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
72349--72410	32	1.9	32	90	0	97	46	17	16	19	1.84
73945--74267	73	4.4	73	88	1	457	26	22	20	30	1.98
74432--74757	124	2.6	124	85	4	426	39	15	19	25	1.90
74685--75030	139	2.5	139	87	1	471	40	13	18	27	1.88
74674--75030	138	2.6	137	81	6	339	40	13	18	28	1.88
75279--75355	39	2.0	39	92	0	127	20	41	19	18	1.90
76467--76523	29	1.9	30	82	10	73	28	8	3	59	1.44
76612--76643	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
76643--76669	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
79193--79250	27	2.1	27	93	0	98	53	22	18	5	1.64
79200--79263	27	2.4	27	97	0	119	50	20	20	9	1.75
79944--80002	28	2.0	30	84	12	79	30	3	1	64	1.20
80082--80117	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
80528--80561	14	2.4	14	85	0	50	11	8	2	76	1.12
80947--80985	19	2.1	19	95	0	69	25	30	15	28	1.96
80886--81095	65	3.3	63	80	10	228	30	23	18	26	1.98
81067--81115	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
86907--86984	23	3.5	22	80	5	104	25	24	24	25	2.00
86910--87007	44	2.3	42	77	8	99	27	23	23	25	2.00
88521--88564	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88959--89008	27	1.9	24	84	15	64	24	4	12	60	1.49
89763--89815	19	2.7	19	91	2	79	20	26	20	32	1.98
91370--91430	29	2.1	29	81	6	70	19	13	8	59	1.59
99045--99073	12	2.3	13	94	5	51	55	0	0	44	0.99
99712--99765	21	2.6	21	84	0	81	27	25	18	27	1.98
99818--99874	19	3.3	19	70	25	63	28	17	31	22	1.97
99904--99948	22	2.0	22	95	0	81	31	22	22	24	1.99
101011--101051	22	1.9	21	85	5	55	21	19	26	31	1.97
101267--101324	18	3.0	19	80	12	73	48	13	8	29	1.73
103842--103883	22	1.9	22	85	0	57	33	16	21	28	1.95
106574--106644	34	2.1	34	84	2	90	23	29	14	32	1.94
107331--107464	2	70.5	2	68	20	74	45	4	3	46	1.41
119143--119202	21	2.9	21	97	0	111	31	13	23	31	1.93
120694--120737	23	1.9	23	85	0	61	2	25	4	68	1.20
122427--122465	2	19.5	2	89	0	60	5	0	43	51	1.24
122423--122466	10	4.4	10	88	0	61	9	0	40	50	1.34
122420--122466	14	3.5	14	85	11	62	10	0	40	48	1.38
122427--122465	16	2.4	16	100	0	78	5	0	43	51	1.24
122506--122610	2	54.0	2	72	19	80	51	0	4	43	1.22
122575--122696	32	3.8	32	69	14	99	52	1	5	40	1.35
122642--122705	25	2.5	25	87	7	85	57	0	4	37	1.19
122642--122717	24	3.1	24	83	10	84	59	0	3	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123379--123535	83	1.9	83	86	5	228	22	33	1	41	1.65
128933--128980	24	2.0	25	84	12	64	47	0	2	50	1.12
134439--134473	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
135663--135694	16	2.0	16	100	0	64	56	12	12	18	1.67
146733--146766	17	2.0	17	88	0	50	26	5	0	67	1.13
146775--147458	43	16.3	43	75	9	563	24	19	6	50	1.70
147009--147073	31	2.1	30	97	2	121	23	18	6	52	1.67
146970--147116	73	2.0	74	83	9	185	24	18	6	50	1.71
147040--147537	43	11.7	43	77	8	400	24	21	5	48	1.72
146950--147413	116	3.8	116	77	7	290	24	19	5	50	1.69
147112--147179	21	3.2	20	68	12	55	20	20	2	55	1.56
147040--147480	169	2.6	169	82	6	522	24	20	5	49	1.71
150270--150425	31	5.0	31	92	1	251	19	17	22	39	1.92
154367--154491	31	4.0	31	93	2	207	19	18	23	39	1.93
158452--158576	31	4.0	31	93	2	198	19	18	22	40	1.92
158838--158871	17	1.9	18	88	5	52	29	0	17	52	1.45
164768--164816	20	2.3	22	75	17	57	12	22	59	6	1.55
164777--164815	20	2.0	20	89	0	60	7	25	58	7	1.52
166170--166217	14	3.4	14	72	11	53	14	18	0	66	1.25
166179--166241	14	4.4	14	73	13	56	22	14	0	63	1.30
172529--172589	20	3.1	19	84	13	79	55	11	14	18	1.68
172336--172803	181	2.6	182	88	3	646	41	14	17	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172710--172770	20	3.1	19	79	9	68	55	11	14	18	1.68
172733--172775	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
174973--175037	21	3.1	21	90	0	103	41	10	29	18	1.84
175071--175136	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
176929--176996	19	3.6	19	95	0	109	29	2	10	57	1.47
177118--178072	200	4.9	200	93	2	1592	36	14	17	31	1.90
179533--179620	6	14.7	6	81	0	68	37	7	32	21	1.83
179550--179624	3	25.0	3	77	0	78	36	6	33	24	1.81
179533--179614	36	2.3	36	91	0	128	37	8	32	20	1.83
179533--179620	12	7.3	12	85	0	95	37	7	32	21	1.83

Tables:   1   2