genome.fa.s1597.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001597.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003179_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  188117

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19--72	3	18.3	3	92	3	92	64	0	0	35	0.94
290--409	53	2.3	53	84	5	154	35	16	19	28	1.93
336--577	102	2.4	101	88	2	342	33	19	19	27	1.96
423--586	47	3.1	54	74	14	180	33	19	19	27	1.96
580--982	90	4.5	89	83	1	432	31	19	17	31	1.95
729--885	47	3.4	48	69	17	136	29	20	18	31	1.96
580--974	179	2.2	178	82	4	472	31	19	16	31	1.94
933--1029	47	2.1	47	84	0	122	37	18	20	23	1.94
825--1111	136	2.1	136	81	3	346	31	20	16	31	1.95
965--1796	90	9.3	89	84	2	922	31	21	16	31	1.95
1540--1699	43	3.6	43	72	12	135	25	26	15	31	1.96
1582--1738	47	3.4	46	69	13	135	29	27	12	29	1.93
1837--2239	62	6.6	62	79	8	391	33	15	20	30	1.94
1842--2239	181	2.2	186	80	8	467	33	15	20	30	1.94
4930--5272	183	1.9	184	90	1	555	14	18	13	53	1.74
20709--20823	60	1.9	60	90	0	185	39	18	14	27	1.90
21798--21831	14	2.3	15	95	5	61	64	0	0	35	0.94
22606--22644	2	20.5	2	89	10	64	53	0	0	46	1.00
30784--30828	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
34677--34741	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
35534--35563	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
36298--36492	17	10.9	17	70	14	72	34	8	2	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36395--36492	3	31.0	3	76	13	90	31	4	1	63	1.20
36403--36517	13	8.9	13	81	8	103	30	5	3	60	1.35
36417--36492	10	7.7	10	77	16	79	28	3	0	67	1.09
37141--37182	10	4.2	10	84	0	57	30	33	0	35	1.58
37141--37182	20	2.1	20	95	0	75	30	33	0	35	1.58
37490--37544	20	2.8	20	78	10	76	27	30	14	27	1.95
37531--37577	20	2.3	20	100	0	94	34	23	19	23	1.97
37711--37768	22	2.6	22	88	0	80	24	43	15	17	1.87
40076--40117	4	10.5	4	84	0	57	28	0	2	69	1.01
41970--42012	20	2.2	20	95	0	77	16	18	23	41	1.89
42188--42274	39	2.2	39	95	0	156	18	13	20	47	1.83
42587--42640	24	2.2	24	80	6	65	46	14	5	33	1.68
43008--43057	25	2.0	25	92	0	82	46	22	6	26	1.74
43148--43226	20	4.0	20	83	0	104	36	24	17	21	1.94
43438--43524	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
43834--43870	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
44257--44306	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
44397--44475	20	4.0	20	83	0	104	36	24	17	21	1.94
44797--44833	18	2.1	18	94	0	65	16	2	24	56	1.53
47281--47314	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
48061--48211	20	7.6	20	68	12	96	27	15	24	32	1.95
54082--54148	30	2.3	29	86	2	89	25	4	35	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57305--57356	27	1.9	27	84	7	70	40	0	19	40	1.51
58145--58595	54	8.4	54	83	6	531	36	18	17	27	1.93
60971--61017	2	25.0	2	87	12	73	53	0	0	46	1.00
60971--61026	8	6.9	8	80	11	51	57	0	0	42	0.99
66335--66403	22	3.2	22	69	8	70	33	15	26	24	1.95
66689--67185	54	9.2	54	84	4	576	36	17	18	26	1.94
76982--77102	50	2.4	50	87	0	179	30	10	11	47	1.74
92277--92383	37	2.9	37	79	2	101	33	14	25	26	1.95
92433--92700	55	4.9	55	78	6	258	29	15	23	30	1.95
92433--92699	110	2.4	111	81	6	285	29	15	23	31	1.95
92605--92729	55	2.3	55	80	2	126	33	16	17	32	1.92
95230--95305	27	2.5	30	73	14	77	52	0	1	46	1.08
96765--96814	20	2.5	20	96	0	91	28	26	4	42	1.73
96764--96819	20	2.4	23	75	25	64	26	25	5	42	1.76
102877--102908	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
103153--103243	29	3.2	29	87	3	114	26	20	4	48	1.68
103666--103764	52	1.9	52	85	0	135	39	20	2	38	1.64
105941--106011	24	3.0	24	81	2	81	30	18	23	26	1.97
109065--109103	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
110441--110484	23	1.9	23	85	0	61	31	27	9	31	1.88
119806--119854	11	4.2	12	79	10	57	81	10	8	0	0.87
119798--119846	21	2.3	21	86	6	64	85	6	6	2	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135363--135394	14	2.3	14	94	0	55	59	0	28	12	1.34
144116--144159	23	1.9	23	90	0	70	31	29	9	29	1.88
144926--144973	23	2.1	23	100	0	96	29	12	25	33	1.92
146018--146058	15	2.9	15	78	10	50	43	14	0	41	1.45
147958--148009	18	2.9	18	88	2	70	38	5	26	28	1.79
165137--165174	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
168960--169122	65	2.5	64	84	3	220	26	15	26	30	1.96
169070--169120	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
171159--171274	44	2.7	43	85	5	157	31	18	19	30	1.96
171309--171504	43	4.6	43	78	5	166	36	25	15	21	1.93
171764--171850	7	13.7	6	75	16	61	45	3	4	45	1.40
171769--171810	9	4.4	9	78	21	50	45	0	7	47	1.30
171764--171850	20	4.3	19	77	10	84	45	3	4	45	1.40
171764--171850	2	41.0	2	72	19	61	45	3	4	45	1.40
171882--172092	33	5.8	33	72	16	134	42	7	9	40	1.66
171937--172716	18	42.2	18	66	20	239	42	8	8	41	1.64
171880--172087	75	2.8	70	79	12	245	42	7	9	40	1.65
171945--172639	38	18.5	38	69	22	146	41	8	8	41	1.65
171981--172162	88	2.0	91	85	7	246	41	7	8	41	1.65
171921--172293	168	2.2	166	92	1	633	42	8	8	40	1.65
171880--172152	150	1.8	149	83	7	367	42	8	9	40	1.66
172113--172574	86	5.2	90	69	22	289	41	8	8	41	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172252--172317	22	2.8	24	86	9	100	43	10	6	39	1.64
172094--172469	188	2.0	188	97	0	716	41	8	7	41	1.65
171921--172340	168	2.5	166	85	10	513	42	8	8	40	1.66
172022--172700	166	4.2	164	80	14	521	42	7	8	41	1.64
172337--172574	53	4.4	53	72	22	204	41	7	8	42	1.65
171926--172574	354	1.8	355	96	0	1210	41	8	8	41	1.66
172094--172539	188	2.4	185	90	5	636	41	8	8	41	1.65
172523--172593	35	2.0	35	94	0	124	42	8	7	42	1.62
172582--172689	33	3.2	33	85	11	114	40	5	9	44	1.60
172679--172820	6	23.2	6	71	18	62	50	2	4	42	1.35
172683--172756	20	3.5	20	77	16	85	52	1	6	39	1.36
172684--172786	27	4.1	27	68	21	89	51	1	6	39	1.40
172683--172743	23	2.7	23	79	16	74	54	1	6	37	1.37
172696--172824	13	9.7	13	71	18	63	51	2	4	41	1.35
172718--172772	20	2.8	20	78	13	69	52	0	9	38	1.33
172722--172824	27	3.8	26	77	8	91	51	1	3	42	1.31
172686--172824	72	1.9	71	84	8	181	51	2	5	41	1.36
172883--172952	13	5.2	13	71	10	59	40	5	8	45	1.58
172848--172952	54	1.9	55	88	1	158	40	6	8	43	1.61
172843--172929	24	3.4	24	66	17	57	42	8	8	41	1.64
173065--173123	22	2.5	24	75	13	59	49	3	3	44	1.36
173117--173198	11	7.8	10	70	22	53	47	2	2	47	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173161--173198	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
173613--173712	50	2.0	50	96	0	182	30	15	7	48	1.71
173397--173928	266	2.0	265	94	1	922	28	13	7	49	1.70
173663--174116	216	2.1	216	95	1	804	29	12	8	50	1.69
174812--174869	26	2.3	26	82	5	75	51	1	5	41	1.34
183499--183985	84	5.8	83	77	6	405	27	18	21	32	1.97
183597--183985	168	2.3	168	86	1	521	26	19	21	32	1.97
183530--183985	252	1.8	251	81	7	566	27	18	21	32	1.97
183987--184207	121	1.8	121	93	1	381	25	19	25	29	1.98
184382--184483	43	2.4	43	81	3	125	23	14	30	31	1.94

Tables:   1   2