genome.fa.s1599.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001599.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003182_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  207994

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2098--2896	337	2.4	330	89	5	1176	45	5	5	43	1.49
2894--2952	26	2.2	26	82	8	66	47	1	1	49	1.21
3661--3777	42	2.8	42	92	5	200	16	17	19	46	1.85
3963--4034	30	2.5	27	75	18	65	47	1	0	51	1.09
3977--4079	25	4.2	25	70	13	72	46	0	0	51	1.14
4033--4077	22	2.1	21	84	12	56	42	0	2	55	1.12
4047--4112	26	2.4	29	82	9	77	40	1	1	56	1.18
4261--4346	26	3.5	25	69	27	76	48	0	2	48	1.14
7495--7558	31	2.1	31	100	0	128	34	12	21	31	1.91
7880--8036	42	3.8	41	93	2	260	17	14	19	49	1.80
7881--8036	83	1.9	84	93	1	269	17	14	19	49	1.80
8167--8221	23	2.3	23	84	9	67	50	0	0	49	1.00
8195--8305	31	3.7	31	78	16	90	46	0	0	51	1.13
8210--8310	54	1.9	50	83	15	125	48	0	0	49	1.14
8523--8582	22	2.7	23	79	10	61	50	1	3	45	1.28
8698--8756	20	3.0	20	92	0	100	38	11	5	44	1.63
8742--8793	15	3.5	15	81	5	61	36	19	7	36	1.80
12613--12667	20	2.8	20	82	0	74	27	30	25	16	1.96
12702--12793	33	2.8	33	81	3	98	10	36	26	26	1.89
12716--12814	33	3.1	33	82	7	107	12	33	28	26	1.92
16573--16635	27	2.4	26	75	17	67	44	0	1	53	1.10
16974--17016	14	3.1	14	80	10	52	41	0	2	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17359--17390	7	4.4	7	96	4	55	75	0	25	0	0.81
18678--18745	26	2.7	26	85	14	83	41	0	5	52	1.25
18691--18762	24	3.0	23	82	15	76	43	0	5	51	1.25
18899--18978	32	2.5	32	80	12	83	50	2	2	45	1.28
18967--19000	15	2.3	15	90	5	52	47	0	0	52	1.00
23368--23513	76	1.9	76	80	0	166	34	18	13	33	1.89
67279--67539	132	2.0	132	99	0	513	35	17	25	21	1.95
72101--72138	20	1.9	19	94	5	67	34	31	13	21	1.91
74095--74167	37	2.0	37	83	5	94	49	1	4	45	1.29
74313--74350	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
73762--75014	665	1.9	666	94	1	2199	34	15	10	39	1.81
74978--75031	20	2.7	20	88	0	72	24	25	11	38	1.88
74996--75034	20	2.0	20	100	0	78	25	25	10	38	1.87
76643--76681	16	2.6	14	84	11	51	51	0	7	41	1.31
76916--76952	16	2.2	16	90	9	56	0	64	2	32	1.07
80038--80078	21	2.0	21	95	0	73	24	39	26	9	1.86
80751--80806	29	1.9	29	85	7	78	48	7	14	30	1.70
85740--85855	60	1.9	62	89	3	182	34	6	12	46	1.67
98494--98541	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
99017--99081	23	2.8	23	90	0	103	38	20	6	35	1.77
99476--99548	23	3.2	23	94	0	119	39	21	4	34	1.73
98706--99889	458	2.5	459	88	7	1678	42	10	6	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99889--99978	25	3.7	25	72	8	96	37	11	10	41	1.74
102395--104243	183	10.1	183	96	0	3359	33	16	15	34	1.90
102395--104243	547	3.4	549	96	0	3404	33	16	15	34	1.90
105457--105568	12	9.3	12	86	0	143	19	33	8	38	1.83
105457--105555	6	16.5	6	81	0	99	20	33	9	37	1.84
107066--108144	200	5.7	185	86	8	1247	31	17	15	35	1.92
107174--108187	200	5.2	200	87	7	1513	30	18	15	35	1.92
107047--108187	379	3.0	378	91	3	1746	31	17	15	35	1.92
108300--108348	19	2.6	19	90	0	80	55	8	2	34	1.41
110119--110179	33	1.9	33	90	6	99	22	45	0	31	1.53
110215--110275	21	3.0	21	87	2	79	16	27	11	44	1.82
112583--112622	20	2.2	19	86	13	57	20	15	12	52	1.74
112767--112811	19	2.4	18	85	10	63	17	20	8	53	1.70
112556--113020	177	2.6	178	87	4	634	26	17	13	41	1.87
116515--116678	42	4.0	42	82	7	176	26	36	14	22	1.93
116780--116970	21	9.1	21	70	14	126	21	11	34	32	1.89
116789--116970	63	2.9	61	76	9	179	20	12	34	32	1.90
117270--117316	21	2.2	21	85	7	60	19	27	14	38	1.91
117308--117358	21	2.4	21	96	0	93	19	41	15	23	1.90
119200--119325	20	6.3	20	81	1	137	44	23	10	22	1.83
119341--119418	20	3.9	20	76	6	77	21	14	19	44	1.85
120309--120416	40	2.7	41	81	8	107	34	12	24	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120365--120463	21	4.7	21	72	13	78	29	8	21	41	1.81
120330--120502	20	8.4	21	70	14	85	30	9	24	36	1.87
131246--131319	36	2.1	36	85	10	98	47	2	2	47	1.30
132509--132546	20	1.9	20	94	0	67	34	31	10	23	1.89
132555--132597	19	2.2	20	87	4	61	23	18	16	41	1.89
132720--132766	22	2.1	22	92	0	76	19	42	17	21	1.89
133152--133190	19	2.0	20	95	5	71	23	15	15	46	1.83
134512--134557	18	2.6	18	85	0	56	32	39	13	15	1.85
134720--134760	21	2.0	21	90	0	64	14	14	36	34	1.87
134800--134858	21	2.8	22	69	7	59	20	8	33	37	1.83
135175--135271	21	4.7	20	76	10	79	23	30	20	24	1.98
135173--135282	42	2.6	42	79	5	123	23	33	18	24	1.97
140190--140228	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
140417--140520	20	5.2	20	74	10	59	33	8	25	32	1.86
140444--140538	20	4.7	20	72	10	59	29	8	27	34	1.86
142045--142231	97	1.9	96	81	7	227	40	9	9	41	1.70
142204--142243	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
143690--143779	3	30.0	3	88	0	135	63	1	3	32	1.18
144103--144655	114	4.8	114	94	1	833	28	20	13	38	1.90
145393--145649	105	2.4	105	96	0	469	36	21	12	29	1.90
145562--145983	83	5.1	83	93	1	702	36	22	13	27	1.93
156106--156155	26	1.9	26	100	0	100	22	18	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157475--157513	16	2.5	16	87	4	53	79	0	0	20	0.73
159035--159078	17	2.8	15	77	12	52	0	27	9	63	1.24
159476--159570	14	7.1	14	80	16	89	61	0	0	38	0.96
159487--159562	3	25.3	3	87	12	104	64	0	0	35	0.94
159609--159690	24	3.2	25	65	20	60	35	20	7	36	1.81
159833--159913	3	28.0	3	83	12	107	64	1	1	33	1.10
161268--161455	69	2.7	69	86	3	245	39	7	14	37	1.76
161018--161348	176	1.9	178	87	3	490	40	6	12	40	1.68
166613--167079	112	4.1	112	87	3	625	32	11	11	44	1.76
166613--167079	226	2.1	225	86	2	659	32	11	11	44	1.76
167329--167525	84	2.3	84	90	3	299	31	11	11	44	1.77
167842--168184	111	3.1	111	84	5	469	32	10	12	43	1.78
168033--168316	89	3.1	91	73	12	278	31	12	11	44	1.78
168033--168360	182	1.8	181	90	2	534	31	11	12	44	1.78
180174--180231	19	2.9	19	84	5	80	34	15	15	34	1.89
180172--180231	21	3.0	21	85	4	88	33	16	15	35	1.90
181241--181313	32	2.3	32	85	4	94	34	19	12	34	1.89
185355--185399	23	2.0	23	86	0	63	20	8	26	44	1.80
191073--191102	7	4.3	7	95	0	51	26	40	0	33	1.57
207219--207267	21	2.3	21	80	13	64	8	42	2	46	1.45
207337--207374	3	12.3	3	94	5	67	0	31	0	68	0.90

Tables:   1

The End!