genome.fa.s1715.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001715.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003473_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  214585

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21235--21281	6	7.7	6	90	9	69	65	0	0	34	0.93
21235--21281	18	2.6	19	90	10	80	65	0	0	34	0.93
22808--22861	23	2.3	23	80	0	63	53	14	14	16	1.73
23545--23584	15	2.6	16	88	4	55	50	27	12	10	1.72
23547--23631	17	5.2	17	76	7	61	44	27	14	14	1.83
27584--27617	15	2.3	15	100	0	68	76	0	5	17	0.98
27584--27630	15	3.0	15	80	17	51	78	0	4	17	0.90
27598--27648	24	2.1	25	82	10	61	74	5	5	13	1.19
27836--27891	15	4.1	14	82	15	57	73	0	3	23	0.99
27864--27893	11	2.6	11	94	5	51	80	0	0	20	0.72
27767--27891	39	3.1	39	69	18	96	69	1	6	22	1.20
27873--27972	48	2.0	49	84	5	130	67	0	4	29	1.09
29094--29141	2	25.5	2	81	12	57	54	2	0	43	1.12
29094--29141	11	4.6	11	76	19	50	54	2	0	43	1.12
29466--29501	15	2.5	15	95	4	65	27	25	19	27	1.99
29733--29927	101	1.9	101	96	0	363	29	14	17	38	1.89
30259--30308	10	5.4	10	83	11	54	64	26	8	2	1.32
30560--30615	14	4.1	14	73	21	57	53	14	14	17	1.73
41562--41747	36	5.2	36	92	2	277	19	25	23	32	1.98
61999--62046	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
62775--62811	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
63015--63079	23	2.8	23	85	0	85	36	18	9	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63436--63487	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
63446--63508	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
63017--64031	424	2.4	429	98	1	1952	38	13	8	40	1.75
63860--63911	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
63870--63932	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
66486--67156	184	3.7	184	97	0	1272	34	15	14	35	1.89
68618--68704	3	29.0	3	77	0	84	24	34	5	35	1.79
68618--68719	18	5.7	18	79	0	87	22	34	6	36	1.81
68626--68716	42	2.2	42	91	0	146	21	35	7	35	1.83
69225--70282	199	5.4	198	96	0	1953	32	15	15	37	1.89
69225--70282	397	2.7	394	97	0	1985	32	15	15	37	1.89
70363--70407	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
72182--72246	32	2.0	32	85	8	87	24	44	1	29	1.63
74343--74395	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
74540--74585	20	2.4	18	79	13	56	19	17	8	54	1.68
74707--74764	20	3.0	19	78	14	64	17	13	15	53	1.73
81890--81930	19	2.2	19	86	0	55	43	21	0	34	1.53
82928--83027	46	2.1	47	85	7	132	58	0	0	42	0.98
82991--83036	15	2.8	17	75	21	53	47	0	0	52	1.00
86420--86514	32	3.0	31	82	10	95	49	2	3	45	1.29
86559--86720	60	2.7	60	83	6	206	35	22	4	37	1.76
86851--87042	60	3.2	60	78	8	187	44	4	18	32	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96594--96630	17	2.2	17	90	0	56	40	2	13	43	1.58
96602--96638	17	2.1	17	90	5	56	40	2	16	40	1.62
96605--96652	17	2.6	17	78	12	51	43	2	8	45	1.45
97668--97764	31	3.2	30	88	7	144	46	5	7	41	1.54
98166--98249	25	3.4	24	77	9	80	50	1	1	47	1.16
98176--98251	39	1.9	39	82	15	95	52	1	1	44	1.17
98157--98246	28	3.2	28	73	7	83	51	1	1	46	1.15
98274--98326	19	2.8	18	80	5	61	54	0	1	43	1.11
98440--98519	42	1.9	42	84	0	106	48	16	2	32	1.59
98524--98623	37	2.7	37	89	3	148	57	12	4	27	1.53
104412--104442	15	2.0	16	93	6	55	12	35	12	38	1.82
104893--104923	16	1.9	16	100	0	62	38	25	0	35	1.56
107535--107616	29	2.8	29	92	1	128	34	14	10	40	1.81
112290--112371	29	2.8	29	96	1	146	31	14	13	40	1.85
113253--113413	64	2.5	63	85	7	191	34	18	21	26	1.96
113874--114091	103	2.1	103	100	0	436	24	13	25	36	1.92
114108--114170	23	2.7	23	87	4	92	20	26	26	25	1.99
115657--115702	19	2.4	19	96	0	83	17	17	26	39	1.91
120348--120459	21	5.4	21	83	8	90	32	22	21	24	1.98
120389--120440	20	2.6	20	100	0	104	38	17	21	23	1.93
130158--130201	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
130178--130240	28	2.2	30	91	5	103	31	0	11	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131047--131105	26	2.3	25	75	18	66	47	8	3	40	1.51
133982--134239	26	10.4	25	76	15	184	43	2	10	43	1.52
134008--134239	98	2.4	98	98	0	455	43	2	10	43	1.51
133927--134175	124	2.0	124	96	1	464	44	2	10	43	1.51
136601--136692	46	2.0	48	87	8	136	45	11	0	42	1.41
136601--136705	47	2.2	48	85	10	135	46	12	0	40	1.41
136617--136733	43	2.8	42	76	12	116	47	11	0	41	1.41
136895--136953	21	2.9	21	92	2	93	1	37	0	61	1.07
136956--137001	23	2.0	23	100	0	92	8	39	4	47	1.54
137091--137125	18	1.9	18	100	0	70	28	25	17	28	1.97
137130--137203	37	2.0	37	97	2	141	24	13	45	16	1.83
137253--137361	29	3.8	29	95	2	184	22	32	31	14	1.94
137404--137569	28	5.6	28	78	13	188	10	35	19	33	1.87
137518--137597	22	3.4	22	73	18	79	8	38	18	33	1.82
137360--137575	61	3.5	61	94	1	371	10	34	20	33	1.87
137597--137630	11	3.1	11	95	0	59	20	17	23	38	1.93
137624--137658	13	2.8	13	95	4	63	14	37	17	31	1.89
140669--140712	14	3.1	14	80	0	52	52	25	0	22	1.48
141302--141400	2	49.5	2	95	0	180	48	1	0	50	1.07
154102--154142	15	2.7	15	84	0	55	24	63	4	7	1.40
174684--174731	23	2.1	23	88	0	69	18	39	14	27	1.90
175136--175257	61	2.0	61	98	0	235	18	19	33	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177294--177329	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
178701--178752	26	2.0	27	82	17	65	57	1	1	38	1.21
180471--180512	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
187157--187276	42	2.9	42	96	0	213	16	19	19	45	1.86
187487--187525	20	2.0	20	89	0	60	46	0	0	53	1.00
187494--187609	22	4.7	23	71	23	69	47	0	0	50	1.12
187803--187872	20	3.5	20	96	0	131	35	14	10	40	1.79
187803--187881	40	2.0	40	89	0	122	35	15	8	40	1.78
187855--187936	15	5.5	15	85	2	112	36	19	6	37	1.77
187856--187941	45	1.9	44	92	2	145	34	19	4	40	1.73
188066--188092	5	5.4	5	100	0	54	62	0	0	37	0.95
189675--189719	21	2.1	21	83	0	54	31	31	24	13	1.93
190280--190305	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
190458--190523	31	2.2	30	81	10	80	30	19	18	31	1.96
190512--190664	30	5.1	30	96	0	272	21	22	25	30	1.99
191957--191988	4	8.0	4	92	0	55	46	25	3	25	1.67
194054--194092	19	2.0	19	85	5	51	64	12	15	7	1.49
197876--197932	2	28.5	2	100	0	114	50	0	0	49	1.00
198637--198671	15	2.2	16	90	5	54	14	0	14	71	1.15
200109--200151	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
207298--207477	92	2.0	90	83	4	229	41	6	11	41	1.67
208237--208274	18	2.2	18	86	13	53	39	2	7	50	1.46

Tables:   1

The End!