genome.fa.s1793.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001793.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003621_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  110115

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3118--3413	2	157.5	2	71	21	214	54	3	0	41	1.21
3120--3394	11	25.7	11	75	17	233	54	2	0	42	1.18
3117--3411	7	43.1	7	72	19	207	54	3	0	41	1.21
11674--11728	23	2.4	23	81	9	67	12	20	25	41	1.87
14683--14721	17	2.3	17	95	0	69	17	0	38	43	1.50
15594--15652	23	2.7	21	80	10	64	18	20	28	32	1.96
15613--15692	23	3.5	23	82	1	99	16	21	28	33	1.95
20627--20819	21	9.4	21	67	7	92	18	19	25	36	1.95
20619--20883	123	2.2	124	90	5	414	17	20	24	37	1.94
20619--20908	41	7.0	41	89	4	365	17	20	24	37	1.94
20852--20917	19	3.3	19	72	12	69	18	19	21	40	1.91
21002--21055	6	9.5	6	97	2	87	29	53	16	0	1.43
21563--21599	6	6.5	6	96	3	60	0	16	54	29	1.43
21720--21834	20	5.6	20	69	20	94	39	26	23	11	1.88
21693--21855	41	3.9	42	92	2	276	38	25	22	13	1.91
21692--21855	83	2.0	83	98	0	319	37	25	22	14	1.92
21761--21896	62	2.2	62	81	9	161	37	25	22	14	1.92
21844--21921	41	1.9	41	100	0	156	34	25	19	20	1.96
21800--21917	62	1.9	62	91	3	193	34	27	20	17	1.95
21823--21917	21	4.6	21	78	5	104	32	27	20	20	1.97
21954--22059	20	5.2	20	67	12	63	35	26	19	17	1.95
21961--22063	41	2.5	41	93	0	170	37	26	19	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21740--22039	101	2.9	102	81	8	333	35	25	22	17	1.95
23343--23386	21	2.1	21	86	0	61	29	27	27	15	1.96
23414--23458	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
26794--26826	4	8.2	4	87	12	50	72	0	0	27	0.85
26798--27115	9	36.1	9	70	18	135	56	2	1	39	1.22
26845--27096	2	138.0	2	68	26	143	55	3	0	41	1.19
26796--27132	34	9.8	35	69	22	168	56	3	1	39	1.23
26806--27121	16	20.1	15	70	19	134	56	2	1	39	1.22
26818--27121	26	11.7	26	71	21	135	55	2	1	40	1.23
26796--27132	7	49.0	7	71	21	193	56	3	1	39	1.23
32217--32268	22	2.4	22	83	0	59	53	19	7	19	1.68
32852--32877	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
33241--33284	15	3.0	15	83	3	54	31	36	18	13	1.90
36530--36584	28	2.0	27	86	10	76	25	3	0	70	1.03
36530--36567	13	2.9	13	80	11	51	21	5	0	73	1.02
36534--36585	13	3.8	13	72	18	52	26	1	0	71	0.97
36854--36915	24	2.7	23	85	14	76	16	6	0	77	0.97
36850--36947	15	6.4	15	69	18	51	15	9	3	72	1.22
37025--37064	16	2.3	18	87	8	57	15	7	2	75	1.14
38594--38626	16	2.0	17	88	5	50	60	3	0	36	1.12
39913--39948	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
40218--40253	13	2.8	12	88	12	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41378--41470	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
41375--41470	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
41378--41470	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
41397--41531	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
41459--41553	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
41741--41784	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
42048--42085	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
43368--43412	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
43893--43937	20	2.2	20	92	0	72	42	17	22	17	1.89
43924--44019	19	5.6	18	69	25	75	45	22	19	11	1.82
43940--43997	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
43924--44014	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
44031--44120	14	5.9	14	76	19	90	8	17	25	47	1.77
44026--44136	32	3.4	32	96	1	195	9	19	24	46	1.78
44123--44175	20	2.7	19	88	5	79	15	24	24	35	1.94
44996--45073	41	1.9	41	89	0	120	23	16	20	39	1.92
44977--45070	20	4.7	20	77	2	89	24	18	23	34	1.96
45059--45155	21	4.7	21	84	2	133	16	25	18	39	1.91
45039--45172	62	2.2	62	82	6	166	18	24	19	37	1.94
45078--45175	41	2.4	41	96	0	178	18	23	18	39	1.92
45059--45172	21	5.6	20	83	3	111	17	25	18	38	1.92
45039--45187	62	2.4	62	76	2	147	20	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45994--46072	20	4.0	20	71	22	69	72	0	5	22	1.04
45994--46074	11	6.9	11	69	25	51	72	0	4	22	1.03
47330--47359	12	2.5	12	94	0	51	10	30	26	33	1.89
47404--47443	19	2.2	18	86	4	53	60	2	2	35	1.24
47425--47828	38	11.2	36	72	20	219	45	8	4	42	1.53
47634--47687	26	2.1	26	92	0	90	48	5	3	42	1.44
47425--47810	75	5.4	72	77	16	315	45	7	4	42	1.53
47596--47735	64	2.2	64	96	1	255	46	7	4	41	1.52
47639--47699	26	2.3	26	80	5	70	47	9	3	39	1.53
49262--49296	10	3.5	10	84	0	52	31	25	0	42	1.55
66484--66586	2	51.5	2	100	0	206	50	0	0	49	1.00
67389--67426	20	1.9	20	94	0	67	39	10	15	34	1.82
67409--67463	14	3.9	14	97	0	101	36	16	12	34	1.87
69247--69286	20	2.0	20	90	0	62	40	15	15	30	1.87
69643--69694	27	2.0	27	84	3	70	59	0	3	36	1.16
73391--73449	14	4.2	14	82	0	64	59	18	10	11	1.60
76603--76660	23	2.5	23	100	0	116	31	20	22	25	1.98
76563--76668	23	4.6	23	77	14	85	27	22	25	24	2.00
76901--76963	30	2.1	30	96	0	117	33	23	4	38	1.76
84582--84616	16	2.1	18	89	10	56	28	0	0	71	0.86
84583--84612	14	2.2	13	94	5	51	26	0	0	73	0.84
84992--85057	25	2.6	25	74	9	71	13	4	7	74	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88023--88063	13	2.9	14	89	10	66	85	0	9	4	0.73
89734--89808	37	2.0	38	86	2	107	29	21	14	34	1.93
89815--89901	37	2.4	37	90	1	131	25	20	12	41	1.88
89728--90104	102	3.7	102	87	2	481	28	18	12	39	1.88
89922--89983	21	3.2	21	63	25	55	25	17	12	43	1.85
89917--90149	36	6.6	36	77	10	221	26	19	13	40	1.89
89728--90104	203	1.9	204	84	2	508	28	18	12	39	1.88
89933--90194	138	1.9	138	87	1	382	25	19	13	40	1.88
90926--91183	110	2.4	107	83	4	315	34	23	19	22	1.97
92484--92570	23	3.7	23	73	14	61	29	8	0	62	1.24
92566--92611	2	23.0	2	89	8	58	43	2	0	54	1.12
92506--92602	15	6.6	14	71	20	65	34	5	0	60	1.19
92566--92608	15	2.9	15	89	0	59	41	2	0	55	1.12
92554--92608	17	3.2	17	86	2	65	38	1	0	60	1.08
92683--92733	21	2.2	24	83	10	63	25	1	0	72	0.95
92701--92751	8	6.4	8	73	8	50	17	1	0	80	0.81
92641--92720	35	2.3	35	86	6	108	27	2	1	68	1.10
92704--92749	16	2.9	15	83	6	56	19	2	0	78	0.86
92927--92963	19	2.1	19	85	10	51	18	2	2	75	1.04
95137--95162	7	3.7	7	100	0	52	15	26	0	57	1.38
96982--97020	20	2.1	18	85	9	51	53	5	0	41	1.23

Tables:   1

The End!