Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01001818.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003678_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 69170
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
Found at i:2328 original size:83 final size:82
Alignment explanation
Indices: 2081--2333 Score: 284
Period size: 80 Copynumber: 3.1 Consensus size: 82
2071 TAAAGAAACT
* * * * *
2081 ATTTGCAGCATAAAC-CAAGGCTA-TAGGGTTTTCTGCTAACAAAAGACCTTCGAGTTCAACTAT
1 ATTTGCAGCAT-AACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTG-T-ACCAAAGACCTTCGAGTTCGACTAC
*
2144 GTTCAGCTCCAAGGCACATC
63 GCTCAGCTCCAAGGCACATC
* * * * *
2164 ATTTGCAGCATAGCTTAA-GTTGAGAAGGGTTATCTG--CCAAAGACCTT-GAGTTCGATTACAC
1 ATTTGCAGCATAACTCAAGGCT-AGAAGGGTTATCTGTACCAAAGACCTTCGAGTTCGACTACGC
* *
2225 TCAGCTTCGAGGGCACATC
65 TCAGC-TCCAAGGCACATC
*
2244 ATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGTCACCAAAGACCTTCGAGTTCGACTACGC
1 ATTTGCAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGT-ACCAAAGACCTTCGAGTTCGACTACGC
2309 TCAGCTCCAAGGCACATC
65 TCAGCTCCAAGGCACATC
2327 ATTTGCA
1 ATTTGCA
2334 ATATAGCTTA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 22, Indels: 18
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
79 14 0.10
80 50 0.36
81 2 0.01
82 4 0.03
83 42 0.30
84 27 0.19
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.20, T:0.26
Consensus pattern (82 bp):
ATTTGCAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGTACCAAAGACCTTCGAGTTCGACTACGCT
CAGCTCCAAGGCACATC
Found at i:12088 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 12077--12138 Score: 90
Period size: 6 Copynumber: 10.0 Consensus size: 6
12067 TCGAAATATC
12077 AAAAAT AAAAAT -AAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AACAAAAAT AAAAAT
1 AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT AAAAAT ---AAAAAT AAAAAT
12127 AAAAAT AAAAAT
1 AAAAAT AAAAAT
12139 TGAAAAGGAA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 0, Indels: 8
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
5 5 0.10
6 41 0.79
9 6 0.12
ACGTcount: A:0.82, C:0.02, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (6 bp):
AAAAAT
Found at i:15255 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 15234--15267 Score: 50
Period size: 17 Copynumber: 1.9 Consensus size: 17
15224 ATAAACAAAA
15234 TAAATTAAGTAAAAAATG
1 TAAA-TAAGTAAAAAATG
*
15252 TAAATAATTAAAAAAT
1 TAAATAAGTAAAAAAT
15268 TACATTCATT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 1
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
17 11 0.73
18 4 0.27
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.06, T:0.29
Consensus pattern (17 bp):
TAAATAAGTAAAAAATG
Found at i:17325 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 17285--17346 Score: 61
Period size: 26 Copynumber: 2.4 Consensus size: 25
17275 TAATTTAATA
* *
17285 AATATTATAGAAATTAATATATAAAC
1 AATATTAAAGAAA-TAAAATATAAAC
* *
17311 TAATATTAAATAAATAAAATATTAAC
1 -AATATTAAAGAAATAAAATATAAAC
17337 AATAATTAAA
1 AAT-ATTAAA
17347 ATTAAAATAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 3
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 3 0.10
26 16 0.53
27 11 0.37
ACGTcount: A:0.61, C:0.03, G:0.02, T:0.34
Consensus pattern (25 bp):
AATATTAAAGAAATAAAATATAAAC
Found at i:18522 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18488--18560 Score: 96
Period size: 32 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
18478 TTCGGGTTGC
18488 TTTTCGGTTCGAGTTG-TTTGGTTC-GAGTTA
1 TTTTCGGTTCGAGTTGCTTTGGTTCAGA-TTA
*
18518 TTTTCAGTTCGAGTTGCTTTTGGTTCAGATTA
1 TTTTCGGTTCGAGTTGC-TTTGGTTCAGATTA
*
18550 TTTTCGATTCG
1 TTTTCGGTTCG
18561 GGTTAAATTG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 4
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
30 15 0.41
32 20 0.54
33 2 0.05
ACGTcount: A:0.12, C:0.12, G:0.25, T:0.51
Consensus pattern (31 bp):
TTTTCGGTTCGAGTTGCTTTGGTTCAGATTA
Found at i:18543 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 18456--18543 Score: 83
Period size: 17 Copynumber: 5.5 Consensus size: 16
18446 TCTGGTTAAA
*
18456 TTTGGTTTGAGTTGCTT
1 TTTGGTTCGAGTTGC-T
* *
18473 TTTTGTTCGGGTTGCT
1 TTTGGTTCGAGTTGCT
18489 TTTCGGTTCGAGTTG--
1 TTT-GGTTCGAGTTGCT
*
18504 TTTGGTTCGAGTT-AT
1 TTTGGTTCGAGTTGCT
*
18519 TTTCAGTTCGAGTTGCT
1 TTT-GGTTCGAGTTGCT
18536 TTTGGTTC
1 TTTGGTTC
18544 AGATTATTTT
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 8, Indels: 11
0.75 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.17
15 6 0.10
16 17 0.29
17 25 0.43
ACGTcount: A:0.07, C:0.11, G:0.28, T:0.53
Consensus pattern (16 bp):
TTTGGTTCGAGTTGCT
Found at i:23637 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 23629--23701 Score: 74
Period size: 3 Copynumber: 24.0 Consensus size: 3
23619 TTCATTTTAA
** **
23629 ATT ATT ATT ATT AAA ATT AAA ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
* * *
23677 ATT AAT AGT AAT ATT ATTT ATT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT A-TT ATT ATT
23702 TAAATATTAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 12, Indels: 2
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
3 54 0.95
4 3 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.01, T:0.58
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:23645 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 23627--23710 Score: 62
Period size: 15 Copynumber: 5.6 Consensus size: 15
23617 TTTTCATTTT
23627 AAATTATTATTATTA
1 AAATTATTATTATTA
**
23642 AAATTAAAATTATTA
1 AAATTATTATTATTA
**
23657 TTATTATTATTATTA
1 AAATTATTATTATTA
** * *
23672 TTATTATTAATAGTA
1 AAATTATTATTATTA
* *
23687 ATATTATTTATTATTT
1 AAATTA-TTATTATTA
23703 AAA-TATTA
1 AAATTATTA
23711 CAAAGCCCAA
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 13, Indels: 3
0.77 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.05
15 44 0.80
16 8 0.15
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.01, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
AAATTATTATTATTA
Found at i:32872 original size:92 final size:92
Alignment explanation
Indices: 32715--33411 Score: 1288
Period size: 92 Copynumber: 7.6 Consensus size: 92
32705 TAAGGAGACC
32715 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
32780 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
*
32807 CATAGTATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
32872 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
32899 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
* *
32964 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATATGCC
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
32991 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
33056 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
33083 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
*
33148 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCC
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
*
33175 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTTATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
33240 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
*
33267 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAA
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
* *
33332 TCATTGAATTTGGAAGA-CAATGTGCT
66 TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
* * *
33358 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAATTATCTGATATGATTTGGTATGAAC
1 CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAAC
33412 TCTAAAATCA
Statistics
Matches: 589, Mismatches: 16, Indels: 1
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 59 0.10
92 530 0.90
ACGTcount: A:0.26, C:0.14, G:0.24, T:0.35
Consensus pattern (92 bp):
CATAGCATCTTCTGGAAGTGTTCTTTGAGTTATCTGATCTGGTTTGGTATGAACCACAGAACCAG
TTATTGAATTTGGAAGAGGAATGTGCT
Found at i:36891 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 36765--39803 Score: 4908
Period size: 76 Copynumber: 41.0 Consensus size: 76
36755 CTATTTCTCA
* * *
36765 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTAAGGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
36830 ATCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
36841 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
36902 --CC--C---A
66 AGCCTTCGGGT
* *
36906 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
36971 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* * *
36982 CATTTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
37043 --CC--C---A
66 AGCCTTCGGGT
* * *
37047 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37112 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
37123 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATATTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
37188 AACCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
37199 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37264 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
37275 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
37336 --CC--C---A
66 AGCCTTCGGGT
* * *
37340 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37405 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
37416 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37481 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
37492 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37557 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
37568 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAAC-TTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37632 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
37643 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
37704 --CC--C---A
66 AGCCTTCGGGT
* *
37708 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37773 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
37784 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
37845 --CC--C---A
66 AGCCTTCGGGT
* * *
37849 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37914 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
37925 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
37990 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
38001 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGC-TTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38065 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
38076 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38141 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* * *
38152 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGTCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
38213 --CC--C--AT
66 AGCCTTCGGGT
* * *
38218 -ATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38282 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
38293 CATCTGTAAGCCCTTGAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38358 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
38369 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38434 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
38445 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38510 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
38521 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38586 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
38597 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38662 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
38673 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38738 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
38749 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38814 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
38825 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATATTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
38890 AACCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
38901 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
38966 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
38977 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCAGGAGCTTTTTGAT-ATTT---
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
39038 --CC--C---A
66 AGCCTTCGGGT
* * *
39042 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39107 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
* *
39118 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAACTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39183 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
39194 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39259 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
39270 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39335 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
39346 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATG-TTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39410 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
39421 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39486 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
39497 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATATTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39562 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
39573 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39638 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
39649 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
39714 AGCCTTCGGGT
66 AGCCTTCGGGT
*
39725 CATCTGTAAGTCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1 CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
*
39790 A-CCCTCAGGGT
66 AGCCTTC-GGGT
39801 CAT
1 CAT
39804 TCATAAGACC
Statistics
Matches: 2776, Mismatches: 106, Indels: 162
0.91 0.03 0.05
Matches are distributed among these distances:
65 375 0.14
66 22 0.01
68 7 0.00
70 14 0.01
71 14 0.01
73 7 0.00
75 247 0.09
76 2090 0.75
ACGTcount: A:0.23, C:0.22, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (76 bp):
CATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTCCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
AGCCTTCGGGT
Found at i:39967 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 39959--40022 Score: 74
Period size: 3 Copynumber: 21.0 Consensus size: 3
39949 TTCATTTTAA
** * *
39959 ATT ATT ATT ATT AAA ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AAT AGT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
*
40007 AAT ATT ATTT ATT ATT
1 ATT ATT A-TT ATT ATT
40023 TAAATATTAC
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 2
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
3 49 0.94
4 3 0.06
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.02, T:0.59
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:40028 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 39959--40031 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 4.2 Consensus size: 16
39949 TTCATTTTAA
39959 ATTATTATTATTAAA-
1 ATTATTATTATTAAAT
*
39974 ATTATTATTATTATTATT
1 ATTATTATTATTA--AAT
*
39992 ATTATTATTAATAGTAAT
1 ATTATTATTATTA--AAT
40010 ATTATTTATTATTTAAAT
1 ATTA-TTATTA-TTAAAT
40028 ATTA
1 ATTA
40032 CAAAGCCCAA
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 7
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.27
17 1 0.02
18 26 0.54
19 6 0.12
20 2 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.00, G:0.01, T:0.58
Consensus pattern (16 bp):
ATTATTATTATTAAAT
Found at i:41531 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 41456--41531 Score: 84
Period size: 35 Copynumber: 2.2 Consensus size: 35
41446 TTACTTAATT
*
41456 TTTATTATTTTAATATATTTTAAATCATTACTTTA
1 TTTATTATTTTAATATATTATAAATCATTACTTTA
* * *
41491 ATTATTGTTTTACTATATTATAAAT-ATATA-TATTA
1 TTTATTATTTTAATATATTATAAATCAT-TACT-TTA
41526 TTTATT
1 TTTATT
41532 TAATAATGTT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 4
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
34 3 0.09
35 31 0.91
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.01, T:0.59
Consensus pattern (35 bp):
TTTATTATTTTAATATATTATAAATCATTACTTTA
Found at i:47231 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 47224--47248 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
47214 TTGTACACAA
47224 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
47249 AAAGTGCTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:53111 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 53086--53133 Score: 96
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
53076 AAGCAAACAC
53086 AATAATTTTATTTAAAATCA
1 AATAATTTTATTTAAAATCA
53106 AATAATTTTATTTAAAATCA
1 AATAATTTTATTTAAAATCA
53126 AATAATTT
1 AATAATTT
53134 ATGTATATAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 28 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.04, G:0.00, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
AATAATTTTATTTAAAATCA
Done.