Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01001820.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003684_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 65203
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.18, T:0.33
Found at i:29916 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 29862--30149 Score: 369
Period size: 45 Copynumber: 6.3 Consensus size: 45
29852 ATTATTCATT
* **
29862 ATTTCCATTTATGTCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACTGTTATGC
1 ATTT-CATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
* * * *
29908 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATTCATTTAATACACCGTTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
* *
29953 ATTTTATTTATGGAATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
* *
29998 ATTCCATTTATGGCATCATTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTTC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATG-----C
* * *
30048 ATTTCATTTATGACATCCTTTCATACCTTTAATGCACCGTTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
* * *
30093 ATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCATTTAATGCATCATTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
30138 ATTTCATTTATG
1 ATTTCATTTATG
30150 TAATAAAAAC
Statistics
Matches: 213, Mismatches: 24, Indels: 11
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 169 0.79
46 4 0.02
50 40 0.19
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (45 bp):
ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGC
Found at i:30038 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 29971--30038 Score: 75
Period size: 21 Copynumber: 3.1 Consensus size: 21
29961 TATGGAATCC
29971 TTTCATGCCTTTAATGCACCA
1 TTTCATGCCTTTAATGCACCA
* *
29992 TTATGCATTCCATTT-ATGGCATCA
1 TT-T-CATGCC-TTTAAT-GCACCA
30016 TTTCATGCCTTTAATGCACCA
1 TTTCATGCCTTTAATGCACCA
30037 TT
1 TT
30039 ATGCATTTCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 4, Indels: 10
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.32
22 8 0.21
23 8 0.21
24 10 0.26
ACGTcount: A:0.24, C:0.25, G:0.10, T:0.41
Consensus pattern (21 bp):
TTTCATGCCTTTAATGCACCA
Found at i:30077 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 29997--30146 Score: 202
Period size: 50 Copynumber: 3.1 Consensus size: 50
29987 CACCATTATG
* * *
29997 CATTCCATTTATGGCATCATTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTT
1 CATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTT
* *
30047 CATTTCATTTATGACATCCTTTCATACCTTTAATGCACCGTTATG-----
1 CATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTT
* *
30092 CATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCATTTAATGCATCATTATGCATTT
1 CATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTT
30142 CATTT
1 CATTT
30147 ATGTAATAAA
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 9, Indels: 10
0.82 0.09 0.10
Matches are distributed among these distances:
45 41 0.48
50 45 0.52
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.09, T:0.44
Consensus pattern (50 bp):
CATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTT
Found at i:30081 original size:95 final size:95
Alignment explanation
Indices: 29862--30146 Score: 402
Period size: 95 Copynumber: 3.0 Consensus size: 95
29852 ATTATTCATT
* *
29862 ATTTCCATTTATGTCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACTGTTATGCATTTCATTTATGGCATCCT
1 ATTT-CATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGCATTTCATTTATGGCATCCT
* * *
29927 TTCATTCATTTAATACACCGTTATGCA--T-
65 TTCATGCATTTAATGCACCATTATGCATTTC
* * *
29955 -TTT-ATTTATGGA-ATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTCCATTTATGGCATCAT
1 ATTTCATTTAT-GACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGCATTTCATTTATGGCATCCT
*
30017 TTCATGCCTTTAATGCACCATTATGCATTTC
65 TTCATGCATTTAATGCACCATTATGCATTTC
* *
30048 ATTTCATTTATGACATCCTTTCATACCTTTAATGCACCGTTATGCATTTCATTTATGACATCCTT
1 ATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGCATTTCATTTATGGCATCCTT
*
30113 TCATGCATTTAATGCATCATTATGCATTTC
66 TCATGCATTTAATGCACCATTATGCATTTC
30143 ATTT
1 ATTT
30147 ATGTAATAAA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 16, Indels: 12
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
90 75 0.44
91 1 0.01
92 4 0.02
94 5 0.03
95 84 0.50
ACGTcount: A:0.24, C:0.22, G:0.09, T:0.45
Consensus pattern (95 bp):
ATTTCATTTATGACATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGCATTTCATTTATGGCATCCTT
TCATGCATTTAATGCACCATTATGCATTTC
Found at i:35997 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 35928--36298 Score: 444
Period size: 45 Copynumber: 8.3 Consensus size: 45
35918 ATTATTCATT
* *
35928 ATTTCCATTTATGGCAT-ATTTCATGCCTTTAATGCACTGTTATGC
1 ATTT-CATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
*
35973 ATTTCATTTGTGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
* * *
36018 ATTTCATTTATTGGCATCTTTTCATGCCTTTAATGCACTGCTATGC
1 ATTTCATTTA-TGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
* * * *
36064 ATTTCATTTATAGAACCCTTTCATGCCTTTAGT-CACCGTTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
* * * *
36108 ATTTCATTTATGG-AACCTTTTCATGCCTTTAATACGCCATTA-GC
1 ATTTCATTTATGGCATCC-TTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
* * * *
36152 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTGAATGCACTGCTATGA
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
* * * *
36197 ATTTCATTTATGACATCCTTTCAGGCTTTTAATGCACCGTTATGT
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
* * * * *
36242 ATTTTATTTATGACATTCTTTTATGCCTTTAATGCATCGTTATGC
1 ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
36287 ATTTCATTTATG
1 ATTTCATTTATG
36299 TAATAAAAAC
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 42, Indels: 12
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.01
44 79 0.28
45 154 0.55
46 42 0.15
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (45 bp):
ATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACCGTTATGC
Found at i:36285 original size:179 final size:180
Alignment explanation
Indices: 35946--36298 Score: 469
Period size: 179 Copynumber: 2.0 Consensus size: 180
35936 TTATGGCATA
* ** * *
35946 TTTCATGCCTTTAATGCACTGTTATGCATTTCATTTGTGGCATCCTTTCATGCCTTTAATGCACC
1 TTTCATGCCTTTAATACACCATTATGCATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTGAATGCACC
* * * * * *
36011 GTTATGCATTTCATTTATTGGCATCTTTTCATGCCTTTAATGCACTGCTATGCATTTCATTTATA
66 GCTATGAATTTCATTTATTGACATCCTTTCAGGCCTTTAATGCACCGCTATGCATTTCATTTATA
*
36076 GAACCCTTTCATGCCTTTAGTCACCGTTATGCATTTCATTTATGGAACCT
131 GAACCCTTTCATGCCTTTAATCACCGTTATGCATTTCATTTATGGAACCT
* *
36126 TTTCATGCCTTTAATACGCCATTA-GCATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTGAATGCACT
1 TTTCATGCCTTTAATACACCATTATGCATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTGAATGCACC
* * * *
36190 GCTATGAATTTCATTTA-TGACATCCTTTCAGGCTTTTAATGCACCGTTATGTATTTTATTTAT-
66 GCTATGAATTTCATTTATTGACATCCTTTCAGGCCTTTAATGCACCGCTATGCATTTCATTTATA
** * *
36253 GACATTCTTTTATGCCTTTAATGCATCGTTATGCATTTCATTTATG
131 GA-ACCCTTTCATGCCTTTAAT-CACCGTTATGCATTTCATTTATG
36299 TAATAAAAAC
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 22, Indels: 5
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
177 2 0.01
178 53 0.36
179 74 0.50
180 20 0.13
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.13, T:0.44
Consensus pattern (180 bp):
TTTCATGCCTTTAATACACCATTATGCATTTCATTTATGGCATCCTTTCATGCCTTGAATGCACC
GCTATGAATTTCATTTATTGACATCCTTTCAGGCCTTTAATGCACCGCTATGCATTTCATTTATA
GAACCCTTTCATGCCTTTAATCACCGTTATGCATTTCATTTATGGAACCT
Found at i:36763 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 36738--36785 Score: 62
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
36728 GTAATCCATG
*
36738 GTATCGATACTTTCCTTTCA
1 GTATCGATAC-TTCC-ATCA
36758 GTATCGATAC-TCCATCA
1 GTATCGATACTTCCATCA
36775 GTATCGATACT
1 GTATCGATACT
36786 AATTACATCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 4
0.84 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
17 13 0.50
18 3 0.12
20 10 0.38
ACGTcount: A:0.25, C:0.25, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (18 bp):
GTATCGATACTTCCATCA
Found at i:36796 original size:21 final size:19
Alignment explanation
Indices: 36770--36814 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
36760 ATCGATACTC
* *
36770 CATCAGTATCGATACTAATT
1 CATCAGTAGCAATACT-ATT
36790 ACATCAGTAGCAATACTATT
1 -CATCAGTAGCAATACTATT
36810 CATCA
1 CATCA
36815 TATTTCTACC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.23
20 3 0.14
21 14 0.64
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (19 bp):
CATCAGTAGCAATACTATT
Found at i:47335 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 47301--47376 Score: 82
Period size: 30 Copynumber: 2.6 Consensus size: 30
47291 CTAAAGTATA
* *
47301 TAATTTGGAAAAGTTTAAGGATTAAAAAGG
1 TAATTTGCAAAAGTTTAAGGATAAAAAAGG
* * *
47331 TAATTTTCAAAAGTTTGAGGATAAAAAATG
1 TAATTTGCAAAAGTTTAAGGATAAAAAAGG
* *
47361 CAATTTCCAAAA-TTTA
1 TAATTTGCAAAAGTTTA
47377 GTTGTTTTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 1
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
29 3 0.08
30 35 0.92
ACGTcount: A:0.46, C:0.05, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (30 bp):
TAATTTGCAAAAGTTTAAGGATAAAAAAGG
Done.