genome.fa.s1931.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001931.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003909_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  147640

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8223--8273	21	2.4	21	96	0	93	35	17	5	41	1.74
10378--10478	28	3.6	28	79	9	107	39	5	0	54	1.25
10369--10501	57	2.3	59	80	8	148	40	5	0	53	1.29
10642--10761	30	4.0	30	80	8	109	52	1	7	38	1.40
10717--10790	31	2.4	31	86	4	96	55	1	6	36	1.35
10865--10938	29	2.5	29	88	2	112	54	0	5	40	1.24
12014--12076	23	2.8	22	76	9	65	44	9	0	46	1.36
12043--12088	25	1.9	23	86	8	65	45	6	0	47	1.28
14303--14387	3	29.0	3	76	9	86	30	0	3	65	1.09
14300--14358	30	2.0	30	93	0	100	30	0	1	67	1.00
15634--15697	25	2.5	27	82	12	82	26	3	6	64	1.33
16614--16650	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
17944--18027	43	1.9	44	87	2	125	32	11	22	33	1.91
18104--18144	7	6.0	7	81	13	50	17	17	12	53	1.72
18203--18271	20	3.5	20	72	14	54	17	11	8	62	1.53
24577--24738	75	2.1	76	87	1	227	30	16	20	31	1.95
25021--25048	14	2.0	14	100	0	56	28	28	14	28	1.95
26106--26294	22	8.6	22	90	3	274	33	17	13	35	1.89
26106--26299	88	2.2	88	95	0	343	33	18	13	35	1.89
27757--27823	3	23.0	3	81	6	84	32	0	2	64	1.09
29123--29152	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
29256--29524	146	1.8	147	87	5	402	39	6	6	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29481--29547	28	2.3	30	76	7	75	49	2	0	47	1.16
35051--35092	20	2.1	20	95	0	75	57	16	14	11	1.66
38559--38600	17	2.4	18	80	4	50	19	21	23	35	1.96
39139--39191	26	2.1	24	82	6	61	43	11	16	28	1.83
40874--40935	24	2.6	24	84	0	79	17	16	16	50	1.79
40827--40935	48	2.3	49	80	6	116	20	15	15	48	1.81
41095--41125	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
42413--42453	20	2.0	20	90	0	64	19	19	19	41	1.91
45224--45294	24	3.0	24	85	0	106	19	9	18	52	1.73
47755--47793	20	2.0	20	94	0	69	38	2	0	58	1.12
47755--47797	3	15.0	3	80	9	54	37	2	0	60	1.10
47748--47810	14	4.2	14	80	11	63	42	3	0	53	1.16
47754--47816	26	2.4	25	86	2	81	41	3	1	53	1.26
61648--61749	48	2.1	48	98	1	197	27	11	13	47	1.78
63807--64266	106	4.4	104	79	4	438	38	11	14	35	1.83
63807--64270	211	2.2	211	80	2	502	38	11	14	35	1.83
69586--69678	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
69583--69678	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
69586--69678	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
69667--69760	20	4.7	20	77	2	80	35	24	17	23	1.95
69664--69741	41	1.9	41	83	0	102	41	21	15	21	1.90
70314--70357	18	2.4	19	92	3	72	47	27	15	9	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70353--70537	19	10.1	19	76	14	165	12	22	21	43	1.86
70353--70442	39	2.3	38	94	1	153	12	20	22	45	1.83
70425--70512	33	2.6	33	89	1	131	12	25	23	38	1.90
70480--70537	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
72591--72657	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
72564--72657	42	2.2	42	81	7	102	22	35	21	21	1.96
75105--75171	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
77223--77407	19	10.1	19	75	14	165	43	22	21	12	1.86
77223--77407	33	5.1	38	81	10	158	43	22	21	12	1.86
77403--77447	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
77998--78091	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
78080--78175	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
78080--78172	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
80550--80585	13	2.8	13	91	0	54	38	19	8	33	1.82
80750--80828	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
83884--84053	91	1.9	91	87	4	254	48	11	12	27	1.75
90607--90647	21	2.0	21	85	9	57	21	7	19	51	1.71
92730--92856	64	2.0	64	98	0	245	31	7	13	48	1.69
94346--94399	26	2.1	26	100	0	108	25	3	11	59	1.48
101755--101836	3	26.7	3	79	9	85	59	1	0	39	1.05
102093--102470	116	3.3	115	91	2	557	28	19	13	38	1.90
102409--102511	41	2.5	40	95	1	188	20	23	8	47	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102296--102626	154	2.1	157	92	3	544	26	21	11	40	1.87
102452--102780	116	2.9	113	90	4	480	28	19	12	38	1.89
102180--102741	270	2.1	272	95	1	1004	28	20	11	39	1.88
103178--103232	22	2.5	22	84	0	74	34	14	16	34	1.89
103600--103755	54	2.9	54	93	0	258	23	23	16	36	1.94
108185--108222	19	2.1	19	85	5	51	0	18	0	81	0.69
111419--111461	14	3.1	14	75	0	50	55	2	13	27	1.51
115222--115308	3	28.7	3	78	11	88	59	1	0	39	1.05
118689--118745	29	2.0	29	89	0	87	38	19	1	40	1.62
119277--119343	3	22.3	3	100	0	134	67	0	0	32	0.91
122278--122329	20	2.6	20	87	6	70	30	28	17	23	1.97
124587--124670	34	2.5	34	94	0	150	60	1	0	38	1.04
126339--126630	20	14.5	20	80	7	261	39	22	18	19	1.92
127488--127534	24	2.0	24	91	0	76	25	21	19	34	1.96
127493--127546	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
130082--130168	14	5.5	14	69	24	57	43	19	25	11	1.84
130095--130187	19	5.4	19	69	23	89	45	18	23	12	1.84
130082--130188	33	3.2	33	98	0	205	43	19	24	12	1.85
130194--130265	19	4.1	19	75	17	82	13	15	22	48	1.80
130204--130297	33	2.8	32	87	3	116	13	18	21	46	1.83
130239--130297	19	3.4	19	71	22	65	15	18	18	47	1.83
130404--130440	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131790--131856	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
131790--131912	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
133880--133961	20	4.2	20	81	9	105	46	18	23	12	1.82
133878--133954	40	1.9	39	89	2	118	45	19	23	11	1.83
133878--134018	19	7.8	19	73	17	140	46	19	22	11	1.82
133945--134001	14	3.7	14	70	20	51	43	22	22	10	1.84
133886--134018	33	3.8	33	87	8	176	45	21	22	11	1.83
134019--134086	33	2.1	33	91	0	109	8	17	25	48	1.76
134030--134098	33	2.1	33	88	0	102	11	20	21	46	1.82
134083--134133	20	2.5	20	80	0	57	17	13	17	50	1.77
134697--134868	20	8.5	20	80	5	202	18	18	25	37	1.94
134698--134868	40	4.2	41	92	1	274	18	18	25	37	1.94
134698--134910	81	2.6	80	87	4	277	18	18	25	37	1.93
134877--134929	20	2.7	20	88	5	72	15	18	24	41	1.89
134697--134929	40	5.8	40	78	8	177	18	18	25	37	1.94
137603--137689	43	2.0	43	100	0	174	27	4	22	44	1.72
141769--141871	34	3.1	34	81	2	136	33	6	0	59	1.30
141828--141875	21	2.2	22	88	3	71	31	6	0	62	1.20
141836--141881	21	2.1	21	92	8	74	30	4	0	65	1.12
141881--141938	10	6.2	10	76	11	52	51	0	0	48	1.00
141880--141914	9	3.8	9	88	7	52	48	0	0	51	1.00

Tables:   1

The End!