genome.fa.s1941.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001941.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003934_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  155000

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3808--4006	89	2.2	91	84	7	271	32	18	13	35	1.89
5376--5423	7	6.9	7	80	0	51	45	33	0	20	1.52
5381--5420	21	1.9	21	90	10	64	50	27	0	22	1.50
5376--5423	14	3.4	14	79	0	60	45	33	0	20	1.52
6080--6121	16	2.5	17	88	7	59	57	14	2	26	1.50
6750--6779	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8586--8625	11	3.6	11	89	0	62	25	20	25	30	1.99
9341--9445	41	2.5	43	79	10	103	36	15	19	29	1.92
11444--11540	42	2.3	41	85	1	122	23	22	22	30	1.99
11284--12121	274	3.1	274	92	0	1381	29	16	20	34	1.94
12169--12255	36	2.4	36	86	7	113	35	18	8	37	1.80
15291--15329	21	1.9	20	89	5	60	43	7	10	38	1.67
17537--17566	14	2.1	14	93	0	51	66	3	16	13	1.37
18832--19326	248	2.0	242	89	4	762	36	21	16	26	1.94
27403--27585	96	1.9	96	83	4	235	33	24	17	24	1.96
28858--28978	57	2.1	57	90	0	188	19	21	23	34	1.96
28858--28996	57	2.4	57	83	2	181	19	20	23	35	1.95
34536--34639	31	3.3	31	86	4	129	26	31	27	13	1.94
36547--36600	28	2.0	27	85	10	74	22	12	16	48	1.80
39341--39385	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
40555--40589	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
44465--44509	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44477--44791	149	2.1	149	98	1	614	33	21	18	26	1.97
45674--45708	18	1.9	18	88	11	54	22	17	5	54	1.64
46289--46333	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
47858--47901	20	2.2	20	88	8	63	52	2	18	27	1.57
55534--55575	22	1.9	22	85	0	57	26	21	16	35	1.94
58082--58120	2	18.5	2	89	10	60	46	2	2	48	1.29
59521--59671	78	1.9	78	83	2	196	46	7	7	38	1.61
60467--60517	22	2.4	22	86	3	68	56	1	1	39	1.22
60470--60520	21	2.4	21	84	9	68	54	1	1	41	1.22
60608--60684	38	2.0	39	92	2	129	38	37	9	14	1.78
62260--62335	36	2.1	36	85	7	100	48	1	2	47	1.24
62461--62491	16	2.0	16	93	6	55	25	25	6	41	1.79
65623--65667	17	2.6	17	85	3	63	31	0	8	60	1.28
66473--66515	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
66495--66629	66	2.1	66	90	1	209	29	25	25	18	1.98
67284--67346	13	5.5	13	65	27	52	19	26	26	26	1.99
67280--67359	22	3.6	22	98	0	151	18	27	28	25	1.98
73407--73449	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
73429--73577	67	2.2	67	89	3	221	28	26	26	18	1.98
74209--74310	22	4.6	22	98	0	195	18	27	28	25	1.98
81442--81489	14	3.4	14	82	0	51	29	16	25	29	1.97
86604--86678	39	1.9	39	94	0	132	44	12	5	38	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87428--87509	41	2.0	41	97	0	155	36	15	2	45	1.60
88476--88587	30	3.6	29	67	17	73	25	22	14	38	1.91
88472--88660	63	3.0	63	97	0	351	24	20	16	38	1.93
99457--99502	20	2.3	20	78	14	58	82	10	6	0	0.83
100285--100983	105	6.7	105	93	1	1132	33	25	18	22	1.96
101358--101439	41	2.0	41	97	0	155	36	15	2	45	1.60
102239--102427	63	3.0	63	96	0	351	24	21	15	38	1.93
102730--102756	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
109204--109248	22	2.0	22	91	0	72	37	8	24	28	1.86
115816--115968	37	4.1	37	100	0	306	40	11	8	39	1.71
117778--117841	18	3.5	19	75	23	66	51	29	14	4	1.62
117785--117845	19	3.3	19	73	17	74	50	31	14	3	1.59
119523--119577	29	1.9	29	92	3	94	27	16	10	45	1.80
119782--119822	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
119946--120166	110	2.0	111	93	0	381	35	9	10	44	1.71
122177--122250	25	3.0	24	68	20	62	25	6	4	63	1.37
125797--125921	51	2.5	51	94	0	214	24	24	24	25	2.00
125933--126056	51	2.4	51	86	2	160	18	29	33	18	1.95
126536--126571	14	2.4	15	86	13	56	41	8	5	44	1.58
126543--126574	14	2.3	14	100	0	64	34	6	6	53	1.51
126721--126773	14	3.9	13	76	14	54	54	1	0	43	1.11
132252--133181	214	4.3	216	94	1	1604	50	8	10	30	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132252--133181	430	2.2	430	93	2	1593	50	8	10	30	1.66
133281--133443	2	82.0	2	75	14	151	47	2	1	48	1.25
133416--133466	20	2.6	20	90	3	77	45	11	3	39	1.59
133293--133486	29	6.8	29	72	15	50	45	5	3	45	1.41
133513--133570	11	5.5	11	76	17	61	50	1	3	44	1.29
133472--133570	22	4.7	22	72	13	75	46	5	5	43	1.47
133576--133635	17	3.5	17	80	6	68	45	0	3	51	1.17
133495--133570	22	3.5	22	80	10	77	48	3	3	43	1.40
133776--133847	20	3.5	20	75	17	67	44	9	5	40	1.61
133779--133872	42	2.3	42	90	3	147	43	10	6	39	1.65
133799--133868	20	3.4	20	75	14	79	42	11	7	38	1.68
133801--133892	22	4.2	22	67	18	66	41	8	8	41	1.67
133843--133923	24	3.2	24	78	13	67	40	7	7	44	1.60
133889--133923	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
133907--133957	20	2.5	20	72	12	50	43	9	1	45	1.48
133902--133960	27	2.3	27	82	5	68	40	8	5	45	1.56
134571--134633	21	3.0	21	85	0	81	26	25	20	26	1.99
135348--135417	36	2.0	35	83	8	88	21	25	20	32	1.97
136009--136040	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
136716--136809	44	2.1	44	90	0	143	27	23	4	44	1.72
136743--136809	23	3.0	23	64	14	59	29	25	2	41	1.70
141597--141680	21	4.0	21	88	0	114	27	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143316--143367	20	2.5	20	81	3	59	44	3	5	46	1.45
143408--143584	18	10.2	18	65	22	67	45	6	7	40	1.59
143374--143471	13	7.1	13	70	13	61	51	7	3	38	1.45
143321--143558	60	4.0	60	74	17	178	47	6	5	40	1.54
143399--143560	31	5.5	30	71	15	108	46	6	6	39	1.57
143455--143576	60	2.1	58	89	3	181	45	7	7	39	1.60
143628--143677	24	2.1	24	88	7	75	40	6	10	44	1.63
143703--143761	24	2.6	22	84	10	82	45	6	3	44	1.47
143702--143772	24	3.1	22	78	11	72	46	7	2	43	1.45
143792--143848	27	2.2	25	87	6	78	47	7	5	40	1.53
143792--143864	25	2.9	26	82	10	80	47	6	4	41	1.49
143872--144058	18	9.2	18	67	23	79	42	9	9	37	1.70
143910--143938	11	2.6	11	100	0	58	48	10	6	34	1.64
143932--144060	20	6.4	20	71	16	106	43	10	7	37	1.69
144035--144115	24	3.2	24	76	13	67	43	6	7	43	1.57
144094--144167	27	2.8	27	87	4	89	40	8	4	47	1.52
144088--144211	20	6.2	20	72	12	92	41	6	2	50	1.41
144106--144176	27	2.7	27	88	2	108	40	7	2	49	1.45
144126--144211	27	3.2	27	80	9	79	40	6	1	51	1.37
144088--144213	34	3.7	34	78	5	130	42	6	2	49	1.41
144161--144213	15	3.9	14	81	18	67	45	5	0	49	1.26
144091--144212	7	18.0	7	72	16	62	41	6	2	49	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144277--144509	18	13.9	16	68	20	65	43	7	6	42	1.59
144330--144363	13	2.6	13	90	0	50	55	5	2	35	1.39
144348--144507	84	1.9	83	88	6	241	43	6	7	42	1.59
144396--144550	52	3.0	51	89	6	251	43	7	6	42	1.59
144335--144553	33	6.6	33	74	15	168	43	7	6	42	1.58
144384--144541	17	9.3	18	67	16	63	42	6	6	43	1.58
144348--144517	18	9.9	18	69	15	110	43	7	7	42	1.59
144608--144745	61	2.3	61	89	2	215	45	7	10	36	1.67
145352--145428	6	12.7	6	80	2	73	45	44	5	5	1.48
145363--145464	43	2.4	42	80	4	107	45	38	5	10	1.64

Tables:   1   2