genome.fa.s1960.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001960.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00003964_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  89110

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3547--3618	14	5.4	14	66	30	50	45	1	1	51	1.18
3495--3578	23	3.7	23	73	16	68	52	3	0	44	1.18
3596--3654	21	2.8	21	77	10	66	54	1	1	42	1.20
3773--3852	30	2.6	31	77	15	85	55	2	1	41	1.21
4253--4292	3	14.0	3	84	10	57	30	0	0	70	0.88
5153--5395	109	2.2	108	83	2	290	20	13	17	48	1.81
5658--5795	61	2.2	60	78	14	147	18	11	8	60	1.56
6242--6601	127	2.8	129	87	4	492	31	11	16	40	1.84
8686--8917	26	9.5	26	68	22	112	45	11	20	22	1.82
8644--8752	26	4.3	26	74	16	113	45	12	17	23	1.83
8653--8799	73	2.0	73	95	0	267	46	12	19	22	1.82
8713--8844	47	2.8	46	87	4	194	46	10	21	21	1.81
8739--8813	20	3.4	20	67	22	60	45	10	22	21	1.82
8806--8867	27	2.3	27	86	2	81	46	11	19	22	1.81
8759--8918	73	2.2	72	88	6	234	45	10	20	23	1.82
8653--8913	120	2.2	119	86	4	375	45	11	19	23	1.82
10948--10994	20	2.3	20	100	0	94	36	14	19	29	1.92
15078--15114	20	1.9	20	88	5	58	37	13	27	21	1.91
15701--15767	27	2.5	27	88	7	93	40	14	20	23	1.90
15676--15945	73	3.8	72	85	9	349	44	11	20	23	1.83
15754--15853	20	4.7	20	77	13	101	43	11	24	22	1.85
15727--15977	46	5.4	46	75	12	253	44	11	21	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15754--15972	66	3.2	66	84	8	312	44	10	21	22	1.83
15840--16024	26	7.5	26	68	17	117	45	9	20	24	1.80
15682--15972	139	2.1	139	91	0	467	43	11	21	23	1.85
15893--15972	20	3.7	20	71	18	70	42	10	22	25	1.84
15727--15982	93	2.8	93	73	14	274	44	11	20	23	1.84
24234--24292	7	8.4	7	81	10	68	83	0	15	1	0.74
24229--24265	14	2.6	14	91	0	56	75	0	16	8	1.02
24252--24293	9	4.6	9	82	5	57	85	0	14	0	0.59
25550--25884	133	2.5	133	86	3	444	29	22	17	31	1.97
26088--26145	3	20.3	3	89	10	95	31	0	0	68	0.89
26089--26145	25	2.2	26	93	6	107	29	0	0	70	0.88
27572--27710	61	2.3	62	81	12	162	17	11	11	58	1.61
29234--29352	60	2.0	60	83	6	152	45	6	17	30	1.74
30302--30384	34	2.4	34	87	2	121	42	0	2	55	1.13
32438--32542	23	4.7	22	80	9	115	25	17	25	31	1.97
33251--33341	24	3.9	24	77	12	73	62	3	0	34	1.11
33701--33749	25	2.0	25	83	0	62	36	12	8	42	1.72
34068--34122	20	2.8	19	80	5	65	45	27	16	10	1.80
34109--34263	20	7.7	20	84	4	213	32	25	20	21	1.97
34070--34264	40	4.9	39	81	3	192	36	25	18	18	1.94
34070--34264	60	3.2	60	82	0	237	36	25	18	18	1.94
34646--34716	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34796--34905	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
34789--34905	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
34856--34912	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
34848--34928	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
34924--34988	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
34946--35002	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
34929--35010	33	2.5	33	100	0	164	9	23	19	47	1.79
36708--37362	93	7.1	93	99	0	1276	21	12	19	46	1.83
37410--37519	19	6.3	19	73	20	105	45	30	16	8	1.76
37427--37519	33	2.8	32	95	4	168	46	30	17	6	1.73
37515--37671	19	8.8	19	76	13	154	10	19	22	47	1.79
37537--37593	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
37520--37612	33	2.8	33	93	0	159	10	19	21	48	1.79
37515--37671	33	4.4	38	83	5	154	10	19	22	47	1.79
39611--39646	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
39753--39850	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
39753--39869	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
39859--40041	19	10.7	19	75	19	172	14	21	18	45	1.85
39865--40013	33	4.4	33	72	17	142	14	22	17	46	1.83
39859--40055	52	3.9	52	94	3	332	14	21	18	45	1.85
39987--40055	14	4.6	14	67	22	50	11	20	21	46	1.82
39916--40055	33	4.2	33	74	13	153	12	21	19	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42337--42361	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
43265--43454	20	9.5	20	81	4	186	19	17	25	37	1.94
43441--43523	21	4.0	21	75	6	78	25	15	24	34	1.95
43421--43519	42	2.4	43	77	11	100	21	17	23	38	1.93
45272--45388	62	1.9	61	91	1	189	42	9	1	46	1.46
45272--45368	31	3.1	31	69	5	97	42	11	2	44	1.52
45768--45821	21	2.6	21	96	0	99	22	20	20	37	1.95
50567--50675	23	4.7	23	88	0	155	26	26	20	26	1.99
55577--55616	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
55928--55990	30	2.1	29	85	11	83	49	12	6	31	1.66
55939--55996	30	2.0	29	93	3	98	44	13	5	36	1.66
59047--59086	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
59287--59314	13	2.2	13	100	0	56	21	21	32	25	1.98
59391--59453	30	2.1	29	82	11	74	49	11	6	33	1.64
59402--59460	30	2.0	29	90	3	91	44	11	6	37	1.68
60928--60998	23	3.1	23	91	0	115	23	25	22	28	2.00
60934--61011	23	3.4	23	89	0	102	26	26	21	24	1.99
68654--68697	20	2.3	19	84	4	52	18	31	11	38	1.86
69331--69392	11	6.2	11	70	21	55	48	0	0	51	1.00
69361--69407	21	2.2	20	79	17	51	59	0	0	40	0.97
69403--69506	34	3.1	34	84	0	145	59	0	6	32	1.30
69398--69506	21	4.9	21	68	15	76	60	0	6	32	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73565--73651	43	2.0	43	100	0	174	44	22	4	27	1.72
76292--76344	20	2.7	20	88	5	72	41	24	18	15	1.89
76292--76480	40	4.8	40	76	9	136	36	24	19	19	1.95
76353--76518	20	8.4	20	77	7	171	36	24	19	19	1.94
76353--76518	39	4.2	40	88	6	234	36	24	19	19	1.94
77192--77248	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
77175--77265	33	2.8	33	94	1	166	10	21	21	45	1.83
79299--79364	21	3.2	21	69	2	62	24	36	19	19	1.95
79247--79364	42	2.8	42	82	3	114	22	36	17	22	1.95
80689--80724	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
80835--80923	33	2.7	32	85	3	106	48	21	16	13	1.81
80863--80934	19	4.1	19	75	17	73	50	22	13	13	1.77
80941--81032	19	5.4	19	68	24	87	13	23	18	44	1.85
80936--81032	33	2.9	33	96	1	176	12	23	19	44	1.85
83305--83340	14	2.6	14	86	0	54	5	16	22	55	1.62
83332--83356	13	1.9	13	100	0	50	0	24	0	76	0.80
83524--83577	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
83524--83591	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
84418--84627	20	10.6	20	77	10	180	20	18	21	39	1.92
84418--84627	40	5.3	39	86	6	230	20	18	21	39	1.92
84418--84704	41	7.2	40	83	8	256	20	18	22	38	1.93
84655--84705	19	2.7	19	93	3	86	13	21	25	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86357--86403	24	2.0	23	84	8	60	31	0	2	65	1.04

Tables:   1

The End!