Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01001975.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004001_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 164144
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.33
Found at i:2235 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2211--2254 Score: 52
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
2201 TTGTTAGAAG
**
2211 TGTATGAGTTATATGTTAT
1 TGTATGAGGGATATGTT-T
*
2230 TGTATGTGGGATATGTTT
1 TGTATGAGGGATATGTTT
2248 TGTATGA
1 TGTATGA
2255 ATATATGCTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 1
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.33
19 14 0.67
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.27, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TGTATGAGGGATATGTTT
Found at i:2312 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2288--2330 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
2278 TAGGAACTAT
* *
2288 ATAAGTGATAT-ATATTTAC
1 ATAAGTCATATGATATTGAC
2307 ATAAGTCATATGATATTGAC
1 ATAAGTCATATGATATTGAC
2327 ATAA
1 ATAA
2331 TGAATGGTAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.48
20 11 0.52
ACGTcount: A:0.44, C:0.07, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
ATAAGTCATATGATATTGAC
Found at i:2815 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 2777--2868 Score: 91
Period size: 31 Copynumber: 3.0 Consensus size: 31
2767 GAGTCGAGAG
2777 TTACCTATGTCTTTCGAGACATATGGATAGT
1 TTACCTATGTCTTTCGAGACATATGGATAGT
* * * * *
2808 TTACCTATGTCCTTAGGGACATATGGACA-A
1 TTACCTATGTCTTTCGAGACATATGGATAGT
*
2838 TTACTTATGT-TCTTC-AGAACATATGGATAGT
1 TTACCTATGTCT-TTCGAG-ACATATGGATAGT
2869 GGTCCTTCGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 11, Indels: 6
0.73 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.02
30 21 0.45
31 25 0.53
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (31 bp):
TTACCTATGTCTTTCGAGACATATGGATAGT
Found at i:6752 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 6728--6771 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
6718 TTGTTAGAAG
*
6728 TGTATGAGTTATATGTTAT
1 TGTATGAGTGATATGTT-T
*
6747 TGTATGTGTGATATGTTT
1 TGTATGAGTGATATGTTT
6765 TGTATGA
1 TGTATGA
6772 ATATATGCTA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 1
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.32
19 15 0.68
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.25, T:0.52
Consensus pattern (18 bp):
TGTATGAGTGATATGTTT
Found at i:9228 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 9161--9248 Score: 81
Period size: 30 Copynumber: 2.9 Consensus size: 30
9151 TAGTCGAGGG
* * * *
9161 TTACCTATGTCTTTC-GAGACATATGTATAGT
1 TTACCTATGTCCTTCAGA-ACATATGGACA-A
*
9192 TTACCTATGTCCTT-AGGGACATATGGACAA
1 TTACCTATGTCCTTCA-GAACATATGGACAA
*
9222 TTACCTATGTTCTTCAGAACATATGGA
1 TTACCTATGTCCTTCAGAACATATGGA
9249 TAGTGGTCAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 7, Indels: 7
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
30 23 0.49
31 23 0.49
32 1 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.18, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (30 bp):
TTACCTATGTCCTTCAGAACATATGGACAA
Found at i:10488 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 10445--10523 Score: 158
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 38
10435 TGCAATTTTA
10445 TTACCTTTAATAGTTAGGGGACATAAAAAAGCAATATC
1 TTACCTTTAATAGTTAGGGGACATAAAAAAGCAATATC
10483 TTACCTTTAATAGTTAGGGGACATAAAAAAGCAATATC
1 TTACCTTTAATAGTTAGGGGACATAAAAAAGCAATATC
10521 TTA
1 TTA
10524 TAGTCAGGTC
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
38 41 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (38 bp):
TTACCTTTAATAGTTAGGGGACATAAAAAAGCAATATC
Found at i:16395 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 16386--19800 Score: 6519
Period size: 4 Copynumber: 862.5 Consensus size: 4
16376 TCGAAGTCGA
16386 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16434 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16482 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16530 ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16576 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16624 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16672 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
16720 ATGT ATGT ATATT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16769 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16815 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16861 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16907 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
16954 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17002 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17050 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17098 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17145 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17192 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17240 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17288 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17336 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17384 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17432 ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17478 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17526 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17571 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17619 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17667 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17713 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17761 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17809 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17857 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17905 ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
17952 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18000 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18048 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18096 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18144 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18192 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18240 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18288 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18336 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18384 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18432 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18480 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18528 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18576 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18624 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18671 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18719 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18765 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18813 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18861 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18908 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
18954 ATGT ATGTT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATG-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19002 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19050 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19098 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19145 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19192 ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19238 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT A-GT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
19283 ATGT ATGT ATTT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19330 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19378 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGTT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19427 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19475 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19522 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19570 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19618 ATGT ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19665 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19713 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
19761 ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT AT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT
19801 TCCAGAAAAC
Statistics
Matches: 3366, Mismatches: 4, Indels: 82
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
2 24 0.01
3 42 0.01
4 3289 0.98
5 11 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:26502 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 26462--26521 Score: 84
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
26452 GGTGGACACT
* *
26462 ATCCATAAAATAGGTAAATAATCGAAGAATC
1 ATCCATAAAATAAGTAAATAATAGAAGAATC
* *
26493 ATCCCTAAAATAAGTAACTAATAGAAGAA
1 ATCCATAAAATAAGTAAATAATAGAAGAA
26522 AATTCAGATT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 25 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.13, G:0.12, T:0.22
Consensus pattern (31 bp):
ATCCATAAAATAAGTAAATAATAGAAGAATC
Found at i:32192 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 32146--32210 Score: 112
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 29
32136 ATAGAATCCA
* *
32146 CATTCTCCCGTTTTGTTAGCCGGGAATGT
1 CATTCCCCCGTTTGGTTAGCCGGGAATGT
32175 CATTCCCCCGTTTGGTTAGCCGGGAATGT
1 CATTCCCCCGTTTGGTTAGCCGGGAATGT
32204 CATTCCC
1 CATTCCC
32211 GGTAATCTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
29 34 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.29, G:0.23, T:0.34
Consensus pattern (29 bp):
CATTCCCCCGTTTGGTTAGCCGGGAATGT
Found at i:35882 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 35877--35905 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 14.5 Consensus size: 2
35867 AGAGAGTCAC
35877 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
35906 GCATAAATCC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 27 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:38838 original size:96 final size:96
Alignment explanation
Indices: 38726--38917 Score: 341
Period size: 96 Copynumber: 2.0 Consensus size: 96
38716 TCTGCCTACA
*
38726 AGATCTTTTTTTATGTCCATAAAAATAAAATGGATTTAAATTGTAAAGAGTGTTAGATCTAGAAA
1 AGATCTTTTTTTATGTCCATAAAAATAAAATGGATTTAAATTGTAAAGAGTGTTAGATCTAAAAA
*
38791 TATAGTTTGACTGTTACCTGATCGGGAATAT
66 TATAGTTTGACTGGTACCTGATCGGGAATAT
*
38822 AGAT-TTTTTTTGATGTCCATAAAAATAAAATGGATTTAAGTTGTAAAGAGTGTTAGATCTAAAA
1 AGATCTTTTTTT-ATGTCCATAAAAATAAAATGGATTTAAATTGTAAAGAGTGTTAGATCTAAAA
38886 ATATAGTTTGACTGGTACCTGATCGGGAATAT
65 ATATAGTTTGACTGGTACCTGATCGGGAATAT
38918 TAAATTAAAA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 3, Indels: 2
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
95 7 0.08
96 85 0.92
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (96 bp):
AGATCTTTTTTTATGTCCATAAAAATAAAATGGATTTAAATTGTAAAGAGTGTTAGATCTAAAAA
TATAGTTTGACTGGTACCTGATCGGGAATAT
Found at i:41209 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 41133--41210 Score: 93
Period size: 40 Copynumber: 1.9 Consensus size: 40
41123 ATATACGAAT
* * **
41133 TTTAAATCACTATAACAAATATCATATATATTTAAATATG
1 TTTAAATCACTAAAACAAATATCATACATACATAAATATG
* * *
41173 TTTAAGTCACTAAAATAAATATCATACATCCATAAATA
1 TTTAAATCACTAAAACAAATATCATACATACATAAATA
41211 ATTTACTTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 7, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
40 31 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.13, G:0.03, T:0.36
Consensus pattern (40 bp):
TTTAAATCACTAAAACAAATATCATACATACATAAATATG
Found at i:46281 original size:685 final size:687
Alignment explanation
Indices: 43298--46723 Score: 6574
Period size: 687 Copynumber: 5.0 Consensus size: 687
43288 GACCGATCGG
* * * *
43298 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGATAGTATGACCGGTTCGCTAACCGGTCCGGTTCTG
1 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
* *
43363 AAAACCATGGTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGG-TTTTTTTCTTTTCTCAAT
66 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
43427 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
131 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
43492 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
196 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
*
43557 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAACTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
261 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
* *
43622 GTTCTC-CGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACATAC
326 GTTC-CAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGAC
* * * *
43686 TAAAAATGATAATTTAGGTACTAAACATATTAAGTTTTTAACGACAGGTTCTAAAATGAAAACTA
390 TAAAAATGATAATTTAGGTACT-AACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTA
* *
43751 AATGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGGTACTAAAATAGATTAAAACTGACAGTTT
454 AATGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTT
43816 ACATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGA
519 ACATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGA
43881 AATACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGA
584 AATACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGA
43946 AAAAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
649 AAAAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
**
43985 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGAATGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
1 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
44050 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
66 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
44115 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
131 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
*
44180 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACA
196 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
44245 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
261 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
44310 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
326 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
44375 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
391 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
44440 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
456 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
44505 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
521 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
44570 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
586 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
44635 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
651 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
44672 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
1 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
44737 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
66 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
44802 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
131 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
44867 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
196 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
44932 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
261 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
44997 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
326 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
45062 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
391 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
45127 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
456 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
45192 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
521 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
45257 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
586 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
45322 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
651 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
45359 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACC-GTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
1 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
45423 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
66 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
45488 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
131 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
45553 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
196 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
45618 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCT-AAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
261 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
45682 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
326 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
45747 -AAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
391 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
45811 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
456 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
45876 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
521 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
45941 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
586 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
46006 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
651 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
*
46043 ACCGGTTCGACTGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
1 ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
*
46108 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTATCAAT
66 AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
46173 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
131 ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
46238 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
196 AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
46303 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
261 TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
46368 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
326 GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
46433 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
391 AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
46498 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
456 TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
* *
46563 ATACTAAGTGTATAGTTTAACCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
521 ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
*
46628 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAAGATCCGATAGAGAAA
586 TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
* *
46693 AAGAAAATAGAAGGAAAAATACGCGGCCAGA
651 AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGA
46724 TAGCTCAGAA
Statistics
Matches: 2706, Mismatches: 28, Indels: 10
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
684 324 0.12
685 358 0.13
686 359 0.13
687 1372 0.51
688 293 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (687 bp):
ACCGGTTCGACCGGTTGAACCAGTGAACCGGTAGCATGACCGATTCGCTAACCGATCCGGTTCTG
AAAATCATGTTTAATATAAAATAAATTAAACTTCCTACTCTCAAGGTTTTTTTTCTTTTCTCAAT
ATTCTCTTAATTTTATATTTTATTAGATCAAACTCTCGTTAAATTTTAGGGTAAAGTACACATTT
AGTATCTAAATTATTAGTTTTAGTCTATTTTAGTACTTAAACTTTTATTGTTTTAAAACCATACC
TAAAGTTTAGTTTTTGATTTATTTTAGTATCCACTGCTAAAAGCTTTAGTTTTTGTTTAATTATA
GTTCCAAGTTCAAAAGTTAACGTTAAATTTTGAAAAATTTAAAAGTTTAGGTACTAAAACAGACT
AAAAATGATAATTTAGGTACTAACATGTTAAATTTTTAACGACGGGTACTAAAATGAAAACTAAA
TGTTCTGTATGATTTTGAAAAATTGAAAGTTCAGATACTAAAATAGATCAAAACTGACAGTTTAC
ATACTAAGTGCATAGTTTATCCTAAATATTAATAATATATTAAGGACTAAAATGGCTATTTGAAA
TACGTTTGAGGGCTAAAGTGTCATTAGGCAAAATAATGGTTGAGGGCCAATATCCGATAGAGAAA
AAGAAAAGAGAAGGAAAAATACGCTGCCAGAGGTCGA
Found at i:49706 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 49682--49733 Score: 95
Period size: 19 Copynumber: 2.7 Consensus size: 19
49672 TTGATCATTC
49682 AAAAATAAAATATTTTTAA
1 AAAAATAAAATATTTTTAA
*
49701 AAAAATAAAATATTTTTTA
1 AAAAATAAAATATTTTTAA
49720 AAAAATAAAATATT
1 AAAAATAAAATATT
49734 ATAACTTAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 32 1.00
ACGTcount: A:0.63, C:0.00, G:0.00, T:0.37
Consensus pattern (19 bp):
AAAAATAAAATATTTTTAA
Found at i:51130 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 51123--51153 Score: 62
Period size: 4 Copynumber: 7.8 Consensus size: 4
51113 TATATATATA
51123 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
1 TATG TATG TATG TATG TATG TATG TATG TAT
51154 AATATATGCT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 27 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.23, T:0.52
Consensus pattern (4 bp):
TATG
Found at i:52081 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 52053--52108 Score: 58
Period size: 6 Copynumber: 9.3 Consensus size: 6
52043 GTGACCAACC
* * * * * *
52053 TATATA TACATA CATATA CATGTA TATGTA TATGTA TATATA TATATA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
52101 TATATA TA
1 TATATA TA
52109 ATGAAAATTT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 6, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 44 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (6 bp):
TATATA
Found at i:52096 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 52053--52108 Score: 58
Period size: 4 Copynumber: 14.0 Consensus size: 4
52043 GTGACCAACC
* * * * * *
52053 TATA TATA CATA CATA TACA TGTA TATG TATA TGTA TATA TATA TATA
1 TATA TATA TATA TATA TATA TATA TATA TATA TATA TATA TATA TATA
52101 TATA TATA
1 TATA TATA
52109 ATGAAAATTT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 10, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 42 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.05, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (4 bp):
TATA
Found at i:56373 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 56337--56382 Score: 60
Period size: 17 Copynumber: 2.8 Consensus size: 17
56327 ACTCATTAAT
56337 AATATTTTA-TAAATAA
1 AATATTTTATTAAATAA
56353 AATATTTTATTAAGA-AA
1 AATATTTTATTAA-ATAA
*
56370 AATATATTATTAA
1 AATATTTTATTAA
56383 TCCTTTTGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 9 0.33
17 17 0.63
18 1 0.04
ACGTcount: A:0.54, C:0.00, G:0.02, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
AATATTTTATTAAATAA
Found at i:66071 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 66046--66103 Score: 98
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
66036 TTTGGTTAAC
*
66046 GGAATGTAAGATTATCAGTG
1 GGAATGTAAGATTACCAGTG
66066 GGAATGTAAGATTACCAGTG
1 GGAATGTAAGATTACCAGTG
*
66086 AGAATGTAAGATTACCAG
1 GGAATGTAAGATTACCAG
66104 GGAATAGGAT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 36 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.09, G:0.28, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
GGAATGTAAGATTACCAGTG
Found at i:66328 original size:34 final size:36
Alignment explanation
Indices: 66259--66329 Score: 94
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
66249 GTTGAAAAAT
*
66259 ATTTATATATTTTTTTAAAAAAATTAAATTCATAAA
1 ATTTATATATTTTTTTAAAAAAATTAAAATCATAAA
*
66295 ATTTATAT-TTTTTTT-ACAAAATTGAAAAT-ATAAA
1 ATTTATATATTTTTTTAAAAAAATT-AAAATCATAAA
66329 A
1 A
66330 AGGTTTAATG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 4
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
34 13 0.41
35 11 0.34
36 8 0.25
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.01, T:0.46
Consensus pattern (36 bp):
ATTTATATATTTTTTTAAAAAAATTAAAATCATAAA
Found at i:66689 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 66654--66690 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
66644 CACGGAATGT
66654 AAGATTACCAGTGGGAATAA
1 AAGATTACCAG-GGGAATAA
66674 AAGATTACCA-GGGAATA
1 AAGATTACCAGGGGAATA
66691 GGATTACTGG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.41
20 10 0.59
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.24, T:0.19
Consensus pattern (19 bp):
AAGATTACCAGGGGAATAA
Found at i:67382 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 67375--67407 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
67365 TTAATAGATA
67375 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
67408 AAAAGTAGCT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:73436 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 73419--73457 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.2 Consensus size: 12
73409 CCATAATACT
*
73419 ATTAAATATTAA
1 ATTAAATAATAA
73431 ATTAAATAAATAA
1 ATTAAAT-AATAA
*
73444 ATCAAATAATAA
1 ATTAAATAATAA
73456 AT
1 AT
73458 AATAAAATAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
12 14 0.58
13 10 0.42
ACGTcount: A:0.64, C:0.03, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (12 bp):
ATTAAATAATAA
Found at i:75376 original size:24 final size:27
Alignment explanation
Indices: 75325--75377 Score: 76
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
75315 CGTTCGTGAA
*
75325 CGTTCGATTATATGTTCCGTTTATGTT
1 CGTTCGATTATATGTTCCATTTATGTT
75352 CGTTC-ATT-TATGTT-CATTTATGTT
1 CGTTCGATTATATGTTCCATTTATGTT
75376 CG
1 CG
75378 AACAGATGTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 3
0.86 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 11 0.44
25 6 0.24
26 3 0.12
27 5 0.20
ACGTcount: A:0.15, C:0.15, G:0.17, T:0.53
Consensus pattern (27 bp):
CGTTCGATTATATGTTCCATTTATGTT
Found at i:88146 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 88138--88178 Score: 73
Period size: 3 Copynumber: 13.7 Consensus size: 3
88128 GGTTTTCTCC
*
88138 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCG TCT TC
1 TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TCT TC
88179 CTTTCCATTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 36 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.34, G:0.02, T:0.63
Consensus pattern (3 bp):
TCT
Found at i:91388 original size:60 final size:60
Alignment explanation
Indices: 91275--91390 Score: 144
Period size: 60 Copynumber: 1.9 Consensus size: 60
91265 AAATAGTTGG
* * * * **
91275 TGATCATTTTGTAACTTTTAATAGTCTATGGACTTAGCAAAGTAATATTCTATAATTAGA
1 TGATCATTTTATAACTTTTAATAGTCAATGGACTTAACAAAGCAATACCCTATAATTAGA
* *
91335 TGATCATTTTATAACTTTTAATAGTCAAAT-GACTTAATAGAGCAATACCCTATAAT
1 TGATCATTTTATAACTTTTAATAGTC-AATGGACTTAACAAAGCAATACCCTATAAT
91391 CAAGGGACAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
60 45 0.96
61 2 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (60 bp):
TGATCATTTTATAACTTTTAATAGTCAATGGACTTAACAAAGCAATACCCTATAATTAGA
Found at i:92522 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 92483--92524 Score: 59
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
92473 CACACTGAAT
92483 GTTGAACGGTTCAGCATTCAAC
1 GTTGAACGGTTCA-CATTCAAC
*
92505 GTTGAATGGTTC-CATTCAAC
1 GTTGAACGGTTCACATTCAAC
92525 AGTAAATAAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.42
22 11 0.58
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
GTTGAACGGTTCACATTCAAC
Found at i:94344 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 94318--94374 Score: 78
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
94308 GACGAACTGT
* *
94318 CATGTCAATATCGTGTACCGC
1 CATGTCAACATCGTGGACCGC
*
94339 CATGTCAGCATCGTGGACCGC
1 CATGTCAACATCGTGGACCGC
*
94360 CATGTCAGCATCGTG
1 CATGTCAACATCGTG
94375 AAACTGTCAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 33 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.30, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (21 bp):
CATGTCAACATCGTGGACCGC
Found at i:98387 original size:33 final size:33
Alignment explanation
Indices: 98350--98437 Score: 104
Period size: 33 Copynumber: 2.7 Consensus size: 33
98340 TAAACAAACG
* * *
98350 AATATAAACGAACATATATGAACACAATAAATA
1 AATATAAACGAACACAAACGAACACAATAAATA
*
98383 AATATAAACGAACACAAACGAATACAATAAATA
1 AATATAAACGAACACAAACGAACACAATAAATA
* * * *
98416 AACATAAATGAAGATAAACGAA
1 AATATAAACGAACACAAACGAA
98438 TATAAATGAA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 8, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
33 47 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.12, G:0.08, T:0.17
Consensus pattern (33 bp):
AATATAAACGAACACAAACGAACACAATAAATA
Found at i:98797 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 98682--98796 Score: 155
Period size: 21 Copynumber: 5.5 Consensus size: 21
98672 GTTTCCAGAT
*
98682 TCGCAACGCGAACTTCGACTA
1 TCGCAATGCGAACTTCGACTA
98703 TCGCAATGCGAACTTCGACTA
1 TCGCAATGCGAACTTCGACTA
*
98724 TCGCAATGCGAACTTGGACTA
1 TCGCAATGCGAACTTCGACTA
*
98745 TCGCAATGCGAACTT-GTA-AA
1 TCGCAATGCGAACTTCG-ACTA
*
98765 TCGCAATGCGATA-GTCGACTA
1 TCGCAATGCGA-ACTTCGACTA
98786 TCGCAATGCGA
1 TCGCAATGCGA
98797 TTTACATATT
Statistics
Matches: 85, Mismatches: 5, Indels: 8
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 15 0.18
21 70 0.82
ACGTcount: A:0.30, C:0.26, G:0.22, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
TCGCAATGCGAACTTCGACTA
Found at i:98810 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 98696--98823 Score: 131
Period size: 41 Copynumber: 3.1 Consensus size: 41
98686 AACGCGAACT
* *
98696 TCGACTATCGCAATGCGAACTT-CGACTATCGCAATGCGA-ACT
1 TCGACTATCGCAATGCGAATTTAC-A-TATCGCAATGCGATA-G
*
98738 TGGACTATCGCAATGCGAACTTGTA-A-ATCGCAATGCGATAG
1 TCGACTATCGCAATGCGAA-TT-TACATATCGCAATGCGATAG
*
98779 TCGACTATCGCAATGCG-ATTTACATATTCGCATTGCGATAG
1 TCGACTATCGCAATGCGAATTTACATA-TCGCAATGCGATAG
98820 TCGA
1 TCGA
98824 AGTTCGCGTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 5, Indels: 15
0.79 0.05 0.16
Matches are distributed among these distances:
38 2 0.03
39 3 0.04
40 2 0.03
41 45 0.61
42 19 0.26
43 2 0.03
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.23, G:0.21, T:0.27
Consensus pattern (41 bp):
TCGACTATCGCAATGCGAATTTACATATCGCAATGCGATAG
Found at i:99561 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 99509--99562 Score: 81
Period size: 21 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
99499 TTTGGAATAA
* *
99509 ATCGCAACGCGAACTTTGACT
1 ATCGCAATGCGAACTTCGACT
99530 ATCGCAATGCGAACTTCGACT
1 ATCGCAATGCGAACTTCGACT
*
99551 ATCGCATTGCGA
1 ATCGCAATGCGA
99563 TTTACATATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 30 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.28, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (21 bp):
ATCGCAATGCGAACTTCGACT
Found at i:99623 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 99597--99736 Score: 162
Period size: 21 Copynumber: 6.7 Consensus size: 21
99587 CCAAGTTTGC
*
99597 AAGTTCGTATTGCGATAGTCG
1 AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
99618 AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
1 AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
* *
99639 -ACTATCGCATTGCGAT-TTAC-
1 AAGT-TCGCATTGCGATAGT-CG
* *
99659 ATA-TTCGCATTACGATAGTCC
1 A-AGTTCGCATTGCGATAGTCG
*
99680 AAGTTCGCATTGCGATAGTCC
1 AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
99701 AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
1 AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
*
99722 AAGTTCGCGTTGCGA
1 AAGTTCGCATTGCGA
99737 ATCTGAAAAC
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 8, Indels: 14
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 16 0.15
21 87 0.84
22 1 0.01
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.24, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
AAGTTCGCATTGCGATAGTCG
Found at i:99709 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 99600--99716 Score: 173
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
99590 AGTTTGCAAG
* * * *
99600 TTCGTATTGCGATAGTCGAAGTTCGCATTGCGATAGTCGACTATCGCATTGCGATTTACATA
1 TTCGCATTACGATAGTCCAAGTTCGCATTGCGATAGTCAACTATCGCATTGCGATTTACATA
*
99662 TTCGCATTACGATAGTCCAAGTTCGCATTGCGATAGTCCAAGT-TCGCATTGCGAT
1 TTCGCATTACGATAGTCCAAGTTCGCATTGCGATAGT-CAACTATCGCATTGCGAT
99717 AGTCGAAGTT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 2
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
62 46 0.94
63 3 0.06
ACGTcount: A:0.24, C:0.21, G:0.22, T:0.32
Consensus pattern (62 bp):
TTCGCATTACGATAGTCCAAGTTCGCATTGCGATAGTCAACTATCGCATTGCGATTTACATA
Found at i:101499 original size:43 final size:41
Alignment explanation
Indices: 101394--101499 Score: 110
Period size: 43 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41
101384 GTTTAATGAG
* *
101394 AATTTTTAAA-TTAAGGTTT--AAAATTAAAAATTAATATG
1 AATTTTTAAATTTAAGGTTTAAAAAAATAAAAATTAATATC
* * *
101432 AATTTATAAATTTAAGAATATTAAAAAAATAAAAGTTAATATC
1 AATTTTTAAATTTAAG-GT-TTAAAAAAATAAAAATTAATATC
101475 AATTTTTAAATTTTAAAGGTTTAAA
1 AATTTTTAAA-TTT-AAGGTTTAAA
101500 CTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 7, Indels: 9
0.77 0.10 0.13
Matches are distributed among these distances:
38 9 0.17
39 5 0.09
40 1 0.02
41 2 0.04
43 30 0.56
44 4 0.07
45 3 0.06
ACGTcount: A:0.52, C:0.01, G:0.07, T:0.41
Consensus pattern (41 bp):
AATTTTTAAATTTAAGGTTTAAAAAAATAAAAATTAATATC
Found at i:106794 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 106770--106818 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
106760 CGGAAATATT
** *
106770 TATTTTAAGTAACGAAATTAA
1 TATTTTAAGTAAAAAAAATAA
*
106791 TATTTTTAGTAAAAAAAATAA
1 TATTTTAAGTAAAAAAAATAA
106812 TATTTTA
1 TATTTTA
106819 GATAGCATTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 5, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 23 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
TATTTTAAGTAAAAAAAATAA
Found at i:108307 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 108279--108326 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
108269 TGATAATTGT
108279 ACGTCAGTACCGT-AGACTATC
1 ACGTCAGTACCGTGA-ACTATC
* *
108300 ATGTCAGTATCGTGAACTATC
1 ACGTCAGTACCGTGAACTATC
108321 ACGTCA
1 ACGTCA
108327 TCAATGTAAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
21 22 0.96
22 1 0.04
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
ACGTCAGTACCGTGAACTATC
Found at i:110737 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 110596--110754 Score: 309
Period size: 84 Copynumber: 1.9 Consensus size: 84
110586 TACTTTACTA
*
110596 CCTCTAAAGCTCTCTTTCTCTAGCTCACACTTTTGGCACCATTTTCTTACTTCTTCACTCTTACT
1 CCTCTAAAGCTCTCTTTCTCTAGCTCACACTTTTGGCACCATTTTCTCACTTCTTCACTCTTACT
110661 ACAATGGTAAAAACTTACC
66 ACAATGGTAAAAACTTACC
110680 CCTCTAAAGCTCTCTTTCTCTAGCTCACACTTTTGGCACCATTTTCTCACTTCTTCACTCTTACT
1 CCTCTAAAGCTCTCTTTCTCTAGCTCACACTTTTGGCACCATTTTCTCACTTCTTCACTCTTACT
110745 ACAATGGTAA
66 ACAATGGTAA
110755 TATGTAACAC
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
84 74 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.31, G:0.08, T:0.38
Consensus pattern (84 bp):
CCTCTAAAGCTCTCTTTCTCTAGCTCACACTTTTGGCACCATTTTCTCACTTCTTCACTCTTACT
ACAATGGTAAAAACTTACC
Found at i:111561 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 111544--111575 Score: 55
Period size: 12 Copynumber: 2.7 Consensus size: 12
111534 CTTTTATAAT
111544 TCCATGTATTAG
1 TCCATGTATTAG
111556 TCCATGTATTAG
1 TCCATGTATTAG
*
111568 CCCATGTA
1 TCCATGTA
111576 CAGTACTGAG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 19 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (12 bp):
TCCATGTATTAG
Found at i:111919 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 111833--111923 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 4.9 Consensus size: 19
111823 GTTGCAGCCT
* *
111833 TGATGCATGGATGCATGGCA
1 TGATGCATCGATGCATTG-A
* *
111853 GGATGCATCGATGCACT-A
1 TGATGCATCGATGCATTGA
* *
111871 AG-TGCATTCGATG-TTTGA
1 TGATGCA-TCGATGCATTGA
*
111889 -G-TGCATGGATGCATTGCA
1 TGATGCATCGATGCATTG-A
111907 TGATGCATCGATGCATT
1 TGATGCATCGATGCATT
111924 AGTGCAGGTG
Statistics
Matches: 55, Mismatches: 10, Indels: 12
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 5 0.09
17 13 0.24
18 10 0.18
19 1 0.02
20 26 0.47
ACGTcount: A:0.24, C:0.16, G:0.30, T:0.30
Consensus pattern (19 bp):
TGATGCATCGATGCATTGA
Found at i:112067 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 112035--112097 Score: 74
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
112025 GGAACTTTTT
112035 AAAACTTTGAATAAATTCAATT-AAGTCAAA
1 AAAACTTTG--TAAATTCAATTCAAGTCAAA
* *
112065 AAATATTTTGTAAATTCAATTCAAGTCCAA
1 AAA-ACTTTGTAAATTCAATTCAAGTCAAA
112095 AAA
1 AAA
112098 TATTTTGCCT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 2, Indels: 4
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.38
30 13 0.45
31 5 0.17
ACGTcount: A:0.51, C:0.11, G:0.06, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
AAAACTTTGTAAATTCAATTCAAGTCAAA
Found at i:112097 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 112046--112104 Score: 100
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
112036 AAACTTTGAA
112046 TAAATTCAATTAAGTCAAAAAATATTTTG
1 TAAATTCAATTAAGTCAAAAAATATTTTG
*
112075 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAATATTTTG
1 TAAATTCAATT-AAGTCAAAAAATATTTTG
112105 CCTTAAATTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.39
30 17 0.61
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (29 bp):
TAAATTCAATTAAGTCAAAAAATATTTTG
Found at i:113651 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 113632--113658 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
113622 TTCATCACTT
113632 CAATATGCAACAAC
1 CAATATGCAACAAC
113646 CAATATGCAACAA
1 CAATATGCAACAA
113659 ATGCATTCTT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.26, G:0.07, T:0.15
Consensus pattern (14 bp):
CAATATGCAACAAC
Found at i:115185 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 115150--115294 Score: 274
Period size: 31 Copynumber: 4.7 Consensus size: 31
115140 AGCCCATAGA
115150 TCCCGAAGAATC-TAGGTAAACAGTCCATATG
1 TCCCGAAGAA-CATAGGTAAACAGTCCATATG
115181 TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
1 TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
115212 TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
1 TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
115243 TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
1 TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
115274 TCCCGAAGAACATAGGTAAAC
1 TCCCGAAGAACATAGGTAAAC
115295 CCTCGACCCT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 0, Indels: 2
0.98 0.00 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.01
31 112 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.23, G:0.19, T:0.19
Consensus pattern (31 bp):
TCCCGAAGAACATAGGTAAACAGTCCATATG
Found at i:115960 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 115854--116025 Score: 175
Period size: 64 Copynumber: 2.7 Consensus size: 64
115844 TGAAGGTATG
* * ** ** * **
115854 CATCGATGCACTACTGATCCATCGATGCATAAAAGGTATTCGATGTAAT-ATTATTGCTGGGATA
1 CATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATGT-ATCATTATTAATGGGATA
* * * * *
115918 CATTGATGCTCTCCTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATGTTTCATTATTAATGGGATG
1 CATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATGTATCATTATTAATGGGATA
** *
115982 CATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCATGAATTGCATTCGAT
1 CATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGAT
116026 ATATTTATTT
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 20, Indels: 2
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
63 1 0.01
64 86 0.99
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (64 bp):
CATCGATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATGTATCATTATTAATGGGATA
Found at i:116048 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 115922--116076 Score: 161
Period size: 64 Copynumber: 2.4 Consensus size: 64
115912 GGGATACATT
* * * * *
115922 GATGCTCTCCTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATGTTTCATTATTAATGGGATGCATC
1 GATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATATTTCATTATTAAAGAGATGCATC
** * *
115986 GATGCACTACTTATGCATCGATGCATGAATTGCATTCGATATATTTATT-TTAAA-AGAGTGCAT
1 GATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATAT-TTCATTATTAAAGAGA-TGCAT
116049 C
64 C
* * * *
116050 GATGCACTTCCTGTGCATCGATACACC
1 GATGCACTACTTATGCATCGATGCACC
116077 TTCAAACGAT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 15, Indels: 4
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
63 2 0.03
64 67 0.91
65 5 0.07
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (64 bp):
GATGCACTACTTATGCATCGATGCACCAATTGAATTCGATATTTCATTATTAAAGAGATGCATC
Found at i:117814 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 117782--117844 Score: 83
Period size: 30 Copynumber: 2.1 Consensus size: 29
117772 GAAACTTTTT
117782 AAAACTTTGAATAAATTCAATT-AAGTCCAA
1 AAAACTTTG--TAAATTCAATTCAAGTCCAA
*
117812 AAATATTTTGTAAATTCAATTCAAGTCCAA
1 AAA-ACTTTGTAAATTCAATTCAAGTCCAA
117842 AAA
1 AAA
117845 TAATTTGCCT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 1, Indels: 4
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.37
30 14 0.47
31 5 0.17
ACGTcount: A:0.49, C:0.13, G:0.06, T:0.32
Consensus pattern (29 bp):
AAAACTTTGTAAATTCAATTCAAGTCCAA
Found at i:117840 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 117793--117851 Score: 100
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
117783 AAACTTTGAA
*
117793 TAAATTCAATTAAGTCCAAAAATATTTTG
1 TAAATTCAATTAAGTCCAAAAATAATTTG
117822 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAATAATTTG
1 TAAATTCAATT-AAGTCCAAAAATAATTTG
117852 CCTTAAATTG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.39
30 17 0.61
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
TAAATTCAATTAAGTCCAAAAATAATTTG
Found at i:118947 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 118902--118964 Score: 58
Period size: 9 Copynumber: 7.0 Consensus size: 9
118892 ACTTAAATTT
*
118902 TAAATACCA
1 TAAATTCCA
*
118911 GAAATTCCA
1 TAAATTCCA
118920 -ATAATTCCA
1 TA-AATTCCA
118929 -ATAATTCCA
1 TA-AATTCCA
118938 TAAATTCCA
1 TAAATTCCA
*
118947 TAAATTCGA
1 TAAATTCCA
*
118956 GAAATTCCA
1 TAAATTCCA
118965 GTAATGGAAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 5, Indels: 4
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
8 1 0.02
9 45 0.96
10 1 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.21, G:0.05, T:0.29
Consensus pattern (9 bp):
TAAATTCCA
Found at i:120170 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 120136--120214 Score: 72
Period size: 30 Copynumber: 2.6 Consensus size: 30
120126 CATTTTAAAA
* *
120136 TTATATTTTGGTCCCTAAACTTT-TCAAAGT
1 TTATAATTTGGTCCCTAAACTTTACCAAA-T
* * *
120166 TTATACTTTGATCACC-GAACTTTACCAAAT
1 TTATAATTTGGTC-CCTAAACTTTACCAAAT
*
120196 TTATAATTTGGTCACTAAA
1 TTATAATTTGGTCCCTAAA
120215 TAAATCTATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 6
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
29 1 0.03
30 31 0.82
31 6 0.16
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (30 bp):
TTATAATTTGGTCCCTAAACTTTACCAAAT
Found at i:120555 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 120548--120586 Score: 78
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
120538 AATATTCCTA
120548 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
120587 GAGACACACT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 37 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:125340 original size:31 final size:29
Alignment explanation
Indices: 125300--125388 Score: 81
Period size: 29 Copynumber: 3.0 Consensus size: 29
125290 GTAATCGCTC
*
125300 AGGGCCCCTAATTTTTTTTATATTTATAAAT
1 AGGGCCCCTAA--TTATTTATATTTATAAAT
* *
125331 AGGGTCCCTAATTATTTATATTTATAATT
1 AGGGCCCCTAATTATTTATATTTATAAAT
** *
125360 AGCACCCTTAATT-TTTATAATTTCATAAA
1 AGGGCCCCTAATTATTTAT-ATTT-ATAAA
125389 ATCTTTAGTT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 8, Indels: 5
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 5 0.10
29 29 0.60
30 4 0.08
31 10 0.21
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.08, T:0.46
Consensus pattern (29 bp):
AGGGCCCCTAATTATTTATATTTATAAAT
Found at i:129847 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 129807--129865 Score: 100
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
129797 GAACCGACGG
129807 TTCACACCGATTTTACCGGTTTTCAGCCGA
1 TTCACACCGATTTTACCGGTTTTCAGCCGA
* *
129837 TTCACCCCGATTTTGCCGGTTTTCAGCCG
1 TTCACACCGATTTTACCGGTTTTCAGCCG
129866 GTTCTACCAG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 27 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.32, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
TTCACACCGATTTTACCGGTTTTCAGCCGA
Found at i:131973 original size:186 final size:182
Alignment explanation
Indices: 131765--132151 Score: 609
Period size: 186 Copynumber: 2.1 Consensus size: 182
131755 TAAAATTTTT
* * *
131765 AATATGAAATATATTTTATATAACATATGGGCTCAACCCAAATCATTTAAAACTCAATTAATAAT
1 AATATTAAATATATTATATATAACATATGGGCTCAACCCAAACCATTTAAAACTCAATTAATAAT
*
131830 TTAAGATTCAATAACTTTTAAACCTAAATCAATATTAATTAATTAAAAAATTTATATAAAATTTT
66 TTAAGATACAATAACTTTTAAACCTAAATCAATATTAATTAATTAAAAAATTTATATAAAATTTT
*
131895 TATTTTATAATTATATATTATTTAAATTAATTGTAAA-TTGTTTTTCCGAATTAAAA
131 TA-TTTATAATTATATATTATTTAAATTAATTATAAACTT-TTTTT---AATTAAAA
**
131951 AATATTAAATATATTATATATAACATATGGGCTCAGTCCAAACCATTTAAAACTCAATTAATAAT
1 AATATTAAATATATTATATATAACATATGGGCTCAACCCAAACCATTTAAAACTCAATTAATAAT
* *
132016 TTAATATAGAATAACTTTTAAACCTAAATCAATATTAATTAATTAAAAAATTTATATAAAATTTT
66 TTAAGATACAATAACTTTTAAACCTAAATCAATATTAATTAATTAAAAAATTTATATAAAATTTT
*
132081 TATTTATAATTATATATTATTTAAATTAATTATAAACTTTTTTTAATTATAA
131 TATTTATAATTATATATTATTTAAATTAATTATAAACTTTTTTTAATTAAAA
132133 AATATTTAAAT-T-TTATATA
1 AATA-TTAAATATATTATATA
132152 AATTAGAAAA
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 10, Indels: 9
0.91 0.05 0.04
Matches are distributed among these distances:
181 7 0.04
182 12 0.06
183 6 0.03
185 38 0.20
186 126 0.67
ACGTcount: A:0.46, C:0.08, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (182 bp):
AATATTAAATATATTATATATAACATATGGGCTCAACCCAAACCATTTAAAACTCAATTAATAAT
TTAAGATACAATAACTTTTAAACCTAAATCAATATTAATTAATTAAAAAATTTATATAAAATTTT
TATTTATAATTATATATTATTTAAATTAATTATAAACTTTTTTTAATTAAAA
Found at i:132796 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 132756--132818 Score: 117
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
132746 CTCACACAAG
132756 TTAACTGCACTGTAAATCCAACTTCATA
1 TTAACTGCACTGTAAATCCAACTTCATA
132784 TTAACTGCACTGTAAATCCAACTTCATA
1 TTAACTGCACTGTAAATCCAACTTCATA
*
132812 TTTACTG
1 TTAACTG
132819 AGGAAGCTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 34 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.24, G:0.08, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
TTAACTGCACTGTAAATCCAACTTCATA
Found at i:134556 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 134544--134581 Score: 76
Period size: 7 Copynumber: 5.4 Consensus size: 7
134534 TAATATTGTG
134544 AAAAATA
1 AAAAATA
134551 AAAAATA
1 AAAAATA
134558 AAAAATA
1 AAAAATA
134565 AAAAATA
1 AAAAATA
134572 AAAAATA
1 AAAAATA
134579 AAA
1 AAA
134582 TAATGCATTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 31 1.00
ACGTcount: A:0.87, C:0.00, G:0.00, T:0.13
Consensus pattern (7 bp):
AAAAATA
Found at i:144078 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 144071--144139 Score: 138
Period size: 2 Copynumber: 34.5 Consensus size: 2
144061 ACAGAAAAGG
144071 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
144113 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
144140 CTTTAAAGAT
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 67 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:146621 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 146610--146639 Score: 51
Period size: 6 Copynumber: 5.0 Consensus size: 6
146600 TTCATTGAGC
*
146610 TTTCCT TTTCCT TTTCCT TTTCCA TTTCCT
1 TTTCCT TTTCCT TTTCCT TTTCCT TTTCCT
146640 CTGATATTCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 22 1.00
ACGTcount: A:0.03, C:0.33, G:0.00, T:0.63
Consensus pattern (6 bp):
TTTCCT
Found at i:147494 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 147471--147506 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 18
147461 TTTGATCATC
*
147471 ATCTTCTTGTTCTTGTTG
1 ATCTTCTTCTTCTTGTTG
*
147489 ATCTTCTTCTTGTTGTTG
1 ATCTTCTTCTTCTTGTTG
147507 TTCTCTTCGG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 16 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.17, G:0.17, T:0.61
Consensus pattern (18 bp):
ATCTTCTTCTTCTTGTTG
Found at i:155698 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 155677--155713 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
155667 AGGTTAAATG
155677 ATGTATTTTAATTTTA
1 ATGTATTTTAA-TTTA
155693 ATGTA-TTTAATTTA
1 ATGTATTTTAATTTA
155707 AT-TATTT
1 ATGTATTT
155714 ATCTTCCAAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 4
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.10
14 8 0.40
15 5 0.25
16 5 0.25
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.05, T:0.62
Consensus pattern (15 bp):
ATGTATTTTAATTTA
Done.