genome.fa.s1984.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01001984.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004045_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  222822

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6548--6634	37	2.4	36	82	7	95	31	18	20	29	1.96
6616--6663	19	2.6	19	83	9	55	25	27	20	27	1.99
13829--13872	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
14912--14964	19	2.8	19	94	0	97	30	30	16	22	1.96
14932--15074	65	2.2	63	81	9	164	29	23	18	28	1.98
17921--17955	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
21905--21953	19	2.6	19	93	0	80	48	22	26	2	1.61
22798--22852	28	2.0	28	92	0	92	34	5	23	36	1.78
23796--23839	19	2.3	19	92	0	70	25	6	38	29	1.81
25260--25301	18	2.3	18	91	0	66	38	16	11	33	1.86
35282--35493	106	2.0	106	93	0	361	42	8	15	33	1.76
38519--38561	19	2.3	19	88	8	61	41	18	4	34	1.71
38531--38679	19	7.5	19	76	8	136	40	22	7	30	1.81
38529--38679	43	3.7	42	74	15	122	39	22	7	30	1.81
38519--38679	39	4.1	38	77	8	151	39	21	7	31	1.81
38650--38874	113	2.0	113	99	0	441	30	9	8	52	1.63
44699--44764	33	2.0	33	100	0	132	27	12	21	39	1.88
49793--49837	22	2.0	22	100	0	90	42	4	8	44	1.56
50599--50673	23	3.3	23	94	0	132	44	21	13	21	1.86
50614--50740	57	2.2	57	90	0	191	44	19	14	21	1.87
50637--50707	34	2.1	34	91	0	115	43	21	15	19	1.87
50671--50718	23	2.1	23	88	0	69	43	20	14	20	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50717--50763	22	2.1	22	88	0	67	46	10	17	25	1.79
52458--52548	31	2.9	32	85	9	116	34	20	18	26	1.96
57253--57287	18	1.9	18	94	0	61	25	0	8	65	1.21
58116--58165	22	2.2	24	85	7	68	24	10	2	64	1.35
60079--60149	35	2.0	36	97	2	135	16	8	11	63	1.51
70017--70043	14	1.9	14	100	0	54	37	33	0	29	1.58
72756--72822	28	2.4	28	97	0	125	46	14	0	38	1.45
75349--75391	17	2.5	17	92	0	68	32	11	9	46	1.72
75362--75402	17	2.4	17	87	0	55	41	19	7	31	1.79
75704--75750	17	2.8	17	100	0	94	27	23	6	42	1.78
82719--82764	23	2.0	23	91	0	74	19	19	15	45	1.85
83327--83452	50	2.5	50	81	0	153	19	34	25	21	1.96
83576--83616	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
83658--83698	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
83760--83981	111	2.0	111	93	0	381	37	8	9	44	1.67
85492--85528	18	2.1	18	94	0	65	27	27	21	24	1.99
89451--89497	16	3.1	15	79	8	60	65	2	2	29	1.15
89727--89850	51	2.4	50	81	7	135	23	24	33	19	1.97
91030--91068	21	1.9	20	84	5	51	51	5	2	41	1.38
92591--92627	16	2.2	17	95	4	67	40	10	0	48	1.38
93384--93426	15	2.8	15	82	6	50	46	2	2	48	1.27
93402--93431	15	2.0	15	100	0	60	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97880--97909	16	1.9	16	93	6	53	70	13	3	13	1.30
97558--97910	195	1.8	195	89	2	557	55	14	13	16	1.70
99373--99403	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
102077--102170	47	2.0	47	100	0	188	40	14	19	25	1.90
108328--108452	32	3.9	32	91	0	196	28	19	18	33	1.95
108328--108480	64	2.4	62	88	4	209	28	18	18	33	1.95
108328--108477	32	4.8	31	86	6	151	28	18	18	34	1.94
109238--109290	22	2.4	22	100	0	106	32	18	26	22	1.97
109336--109388	22	2.4	22	80	0	70	26	20	13	39	1.89
110219--110351	41	3.2	41	94	0	230	41	14	11	33	1.81
110744--110800	20	2.9	20	75	19	57	24	7	1	66	1.26
110765--110805	20	2.0	20	85	9	55	29	4	2	63	1.28
110979--111033	14	4.2	14	73	17	64	7	9	27	56	1.57
110979--111040	24	2.6	24	92	0	97	8	9	25	56	1.59
110998--111054	24	2.4	24	87	0	78	12	8	19	59	1.58
110978--111053	38	2.0	37	82	10	91	10	10	22	56	1.63
111409--111452	22	2.0	22	95	0	79	11	13	20	54	1.69
111404--111458	16	3.4	16	75	9	58	10	12	20	56	1.66
117019--117048	15	1.9	16	93	6	53	26	30	13	30	1.94
117269--117307	20	2.0	20	100	0	78	51	35	0	12	1.40
121859--121927	33	2.1	33	94	0	120	15	15	28	39	1.89
122177--122213	17	2.2	17	100	0	74	21	5	16	56	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127662--127725	18	3.5	17	80	16	74	79	4	14	1	0.96
127661--127715	20	2.9	20	84	10	71	80	5	12	1	0.97
127662--127715	9	5.8	9	81	14	65	81	3	12	1	0.91
128777--128812	18	2.0	18	88	0	54	19	8	30	41	1.81
129286--129355	36	1.9	36	94	0	122	28	22	12	35	1.91
130226--130647	106	4.0	106	91	0	659	36	23	17	22	1.95
132083--132131	16	2.9	16	84	6	53	38	0	2	59	1.09
132100--132137	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
133100--133138	14	2.8	14	96	0	69	7	12	23	56	1.62
133108--133158	24	2.1	24	88	0	75	11	11	19	56	1.65
134210--134275	16	4.1	16	90	2	96	7	13	24	54	1.65
134346--134376	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
137768--137812	17	2.6	18	78	7	56	68	2	2	26	1.12
137826--137856	15	2.1	15	100	0	62	54	0	0	45	0.99
137836--137937	31	3.3	30	80	15	111	60	0	3	34	1.21
137839--137990	31	5.0	30	74	15	91	60	1	3	34	1.23
142073--142191	57	2.1	57	83	1	148	44	13	7	34	1.72
142751--143012	45	5.8	44	75	6	168	39	14	10	35	1.80
142854--143035	45	4.0	44	69	14	113	39	12	10	37	1.77
146206--146239	15	2.3	15	94	0	59	44	0	0	55	0.99
149124--149177	4	13.2	4	98	2	99	0	25	1	72	0.95
152755--152804	18	2.7	19	75	12	50	64	4	0	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158076--158113	16	2.3	16	95	4	67	26	7	28	36	1.84
168067--168129	12	5.2	12	77	7	65	76	0	14	9	1.02
168054--168138	32	2.6	30	80	14	89	75	0	14	10	1.05
168092--168136	20	2.2	20	88	7	65	75	0	13	11	1.05
168067--168129	24	2.6	24	82	7	74	76	0	14	9	1.02
168092--168120	7	4.3	7	91	8	51	75	0	13	10	1.04
169141--169848	55	12.9	55	89	1	960	30	15	25	27	1.96
169143--169848	274	2.6	275	86	3	958	30	15	26	27	1.96
169755--169912	55	2.9	55	84	6	191	31	21	24	23	1.99
169141--169848	219	3.2	219	86	4	957	30	15	25	27	1.96
185557--185604	21	2.2	22	81	3	62	52	0	0	47	1.00
185721--185775	16	3.2	16	78	12	56	54	1	1	41	1.21
185817--185880	23	2.9	22	70	30	55	51	3	1	43	1.26
202307--202333	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
202631--202667	6	6.3	6	96	3	67	0	16	70	13	1.17
206091--206197	45	2.3	46	92	4	173	30	19	20	28	1.97
206138--206283	65	2.2	64	82	9	172	25	19	23	31	1.98
209011--209052	20	2.1	20	86	8	59	21	0	21	57	1.41
212681--212748	15	4.2	16	71	20	52	73	0	5	20	1.04
212659--212748	35	2.6	35	87	7	121	71	0	4	24	1.05
212652--212742	20	4.4	20	69	15	60	71	0	4	24	1.04
212789--212831	18	2.4	18	92	7	70	74	0	4	20	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213402--213597	76	2.7	75	80	5	213	55	13	1	29	1.48
213402--213636	76	3.2	76	78	8	209	54	12	2	30	1.49
215315--215365	5	9.8	5	87	8	75	78	0	3	17	0.90
215315--215365	11	4.9	10	90	2	75	78	0	3	17	0.90
218909--218955	16	2.9	16	81	6	58	34	0	0	65	0.93
218925--218989	24	2.7	24	72	11	60	41	3	0	55	1.15
220333--220375	15	2.9	15	85	0	59	41	0	0	58	0.98
220326--220375	20	2.3	23	83	13	70	44	0	0	56	0.99
221826--221857	15	2.1	15	100	0	64	28	6	34	31	1.82

Tables:   1

The End!