genome.fa.s2029.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002029.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004141_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  88205

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9064--9098	15	2.3	15	100	0	70	37	14	22	25	1.92
16238--16291	22	2.4	23	81	3	65	20	14	11	53	1.71
17416--17845	213	2.0	214	94	0	763	30	19	24	25	1.98
20888--20928	18	2.3	18	87	8	57	43	12	2	41	1.55
21128--21170	19	2.2	20	87	4	70	23	30	0	46	1.52
21464--21660	20	9.8	20	70	10	89	29	25	12	32	1.92
21548--21664	20	5.8	20	72	9	94	28	23	11	35	1.91
21468--21675	40	5.2	41	76	10	153	29	24	12	34	1.91
21588--21696	20	5.6	20	72	10	82	31	22	10	36	1.87
22626--22678	24	2.2	24	86	0	70	22	18	20	37	1.94
24945--24980	18	2.0	18	94	0	63	55	22	2	19	1.56
26509--26585	21	3.7	21	78	0	91	25	18	32	23	1.97
26509--26591	42	2.0	42	82	0	103	25	18	33	22	1.96
26729--26778	4	12.5	4	82	0	64	68	4	2	26	1.18
26997--27049	21	2.5	21	84	0	70	33	28	13	24	1.93
28684--28737	21	2.6	21	91	5	83	51	20	14	12	1.75
29261--29298	20	2.0	20	84	5	51	47	13	13	26	1.79
29356--29410	20	2.8	20	88	0	83	29	14	18	38	1.90
29626--29678	20	2.8	20	82	5	65	13	16	18	50	1.77
31305--31355	21	2.4	21	83	0	66	17	11	33	37	1.86
31766--31879	21	5.4	21	82	10	144	21	38	19	21	1.93
31761--31879	42	2.8	41	91	2	184	21	37	18	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33327--33378	20	2.6	20	81	0	77	19	17	25	38	1.93
33581--33616	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
34559--34600	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
34713--34768	15	3.5	15	73	21	51	21	23	33	21	1.97
34712--34795	33	2.5	33	92	3	132	21	26	30	21	1.98
34761--34820	20	3.0	20	87	4	86	16	30	33	20	1.94
36989--37054	24	2.8	24	95	0	123	36	18	22	22	1.95
37984--38069	20	4.4	19	76	13	68	37	10	23	29	1.88
38003--38080	40	2.0	40	87	5	113	37	10	21	30	1.87
38014--38079	20	3.2	21	72	12	66	39	9	21	30	1.84
38014--38109	40	2.4	40	84	6	115	36	10	22	30	1.88
38023--38210	20	9.4	20	71	13	64	33	11	26	28	1.91
38206--38253	20	2.4	19	80	16	53	27	12	27	33	1.92
38571--38604	16	2.1	16	88	0	50	76	2	0	20	0.92
38822--38870	25	1.9	26	87	4	73	38	10	12	38	1.77
39488--39516	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
39859--39906	14	3.4	14	88	0	69	45	31	0	22	1.53
39851--39909	21	2.8	21	87	5	75	45	30	0	23	1.53
39852--39909	7	8.3	7	86	0	62	44	31	0	24	1.54
39917--39988	20	3.7	19	79	9	74	47	8	2	41	1.48
39911--39988	39	2.1	39	83	9	99	46	7	3	42	1.51
39944--39979	2	18.0	2	88	0	54	47	5	0	47	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40143--40178	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
40199--40241	18	2.4	18	88	0	59	32	6	2	58	1.38
40209--40248	18	2.2	18	100	0	80	30	5	5	60	1.40
40238--40463	13	16.3	13	70	17	127	42	3	4	48	1.43
40238--40463	28	8.1	27	71	16	135	42	3	4	48	1.43
40301--40463	18	8.6	18	71	22	86	43	2	4	49	1.35
40398--40473	2	40.5	2	72	21	58	43	0	2	53	1.14
40399--40473	23	2.9	25	80	11	73	44	0	2	53	1.14
40258--40437	97	1.9	97	95	2	326	43	4	5	47	1.45
40390--40473	22	3.7	23	73	19	77	44	0	2	53	1.13
40397--40474	17	4.1	19	75	18	65	42	0	2	55	1.13
40260--40468	97	2.2	97	88	7	299	43	3	4	48	1.40
46340--46372	16	2.1	16	100	0	66	33	6	24	36	1.80
48672--48724	21	2.7	18	71	18	52	49	0	0	50	1.00
48818--48874	30	1.9	30	89	7	89	31	15	21	31	1.94
48806--48935	67	1.9	67	85	7	179	34	16	23	24	1.95
50497--50645	77	1.9	79	83	8	198	44	5	10	39	1.62
51952--52018	29	2.4	29	90	5	102	14	34	29	20	1.93
52795--53000	84	2.6	77	84	8	258	27	4	16	51	1.62
52848--53000	42	3.6	42	91	3	236	27	4	16	50	1.65
56718--56760	16	2.8	16	82	3	52	23	0	6	69	1.12
56910--56938	15	1.9	15	100	0	58	62	6	3	27	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59814--59867	28	2.0	27	82	10	65	53	24	3	18	1.60
61218--61318	44	2.3	43	80	11	116	26	21	25	25	2.00
65129--65171	22	2.0	22	86	4	61	32	6	2	58	1.38
67252--67289	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
68072--68102	16	1.9	16	93	0	53	25	6	29	38	1.81
69086--69114	9	3.3	9	95	4	51	82	0	6	10	0.83
70573--70767	37	5.4	37	70	16	131	45	6	3	44	1.46
70592--70648	29	1.9	30	89	3	89	45	5	5	43	1.49
70592--70655	28	2.2	30	86	5	87	46	4	4	43	1.45
70628--70774	75	1.9	76	90	2	233	45	5	3	45	1.43
71425--71950	83	6.4	78	79	8	426	25	20	23	30	1.98
71421--71950	244	2.2	245	83	5	642	25	20	23	31	1.98
71619--71942	164	2.0	161	81	5	384	25	19	25	29	1.99
73107--73292	95	2.0	94	93	3	320	30	18	18	31	1.96
78091--78115	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
78265--78482	37	5.9	36	75	21	170	44	5	3	46	1.45
78265--78482	39	5.9	38	73	21	153	44	5	3	46	1.45
78308--78369	28	2.3	26	86	10	88	41	4	3	50	1.40
78304--78369	29	2.3	29	90	10	102	42	6	3	48	1.43
78201--78500	68	4.3	65	75	16	221	42	5	3	48	1.42
78343--78487	78	1.9	74	87	5	209	44	6	2	46	1.42
79289--79403	58	2.0	58	92	0	194	25	17	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79551--79663	54	2.1	55	85	5	149	26	13	16	43	1.85
81010--81061	17	2.8	18	74	14	52	28	1	26	42	1.66
82276--82418	36	4.0	35	77	5	135	37	17	23	22	1.94
85604--85634	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
85629--85675	23	1.9	25	87	12	71	44	0	2	53	1.12
85643--85900	141	1.8	141	86	5	378	48	7	6	37	1.56
86067--86116	8	6.0	8	79	6	55	58	4	0	38	1.17
87424--87521	3	33.0	3	81	6	110	62	1	0	36	1.02
87753--87797	17	2.6	17	92	0	72	24	20	6	48	1.73

Tables:   1

The End!