Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01002074.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004237_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 51889
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:16026 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 16001--16043 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
15991 TCAAAATTTA
* *
16001 TAAAAACCTACCATGATCTG
1 TAAAAACCAACCACGATCTG
16021 TAAAAACCAACCACGATCTG
1 TAAAAACCAACCACGATCTG
16041 TAA
1 TAA
16044 GACAATACAA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.26, G:0.09, T:0.21
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAACCAACCACGATCTG
Found at i:16215 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 16174--16240 Score: 125
Period size: 28 Copynumber: 2.4 Consensus size: 28
16164 CCAGGTGGTA
*
16174 GTGACACCAGTCAACAAGCAACCATTCC
1 GTGACACCACTCAACAAGCAACCATTCC
16202 GTGACACCACTCAACAAGCAACCATTCC
1 GTGACACCACTCAACAAGCAACCATTCC
16230 GTGACACCACT
1 GTGACACCACT
16241 GCCCATCCCA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 38 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.37, G:0.13, T:0.15
Consensus pattern (28 bp):
GTGACACCACTCAACAAGCAACCATTCC
Found at i:16994 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 16989--17016 Score: 56
Period size: 2 Copynumber: 14.0 Consensus size: 2
16979 TATATATATA
16989 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
17017 CGCTTACATA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 26 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.50, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:18493 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 18458--18520 Score: 108
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
18448 CTGCCACACT
18458 TATGGTTTTGTCCAATTCATCCACCTTTCTG
1 TATGGTTTTGTCCAATTCATCCACCTTTCTG
* *
18489 TATGGTTTTGTCCAATTCATTCTCCTTTCTG
1 TATGGTTTTGTCCAATTCATCCACCTTTCTG
18520 T
1 T
18521 CAAGAAAAAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 30 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.24, G:0.13, T:0.49
Consensus pattern (31 bp):
TATGGTTTTGTCCAATTCATCCACCTTTCTG
Found at i:19899 original size:36 final size:34
Alignment explanation
Indices: 19852--20047 Score: 160
Period size: 37 Copynumber: 5.4 Consensus size: 34
19842 GTTTTTTATT
*
19852 TATATAT-TATATAATTTTAAAAATATTTTGAAAA
1 TATATATATATATAGTTTTAAAAAT-TTTTGAAAA
* **
19886 TATATGATATATATAATTTTTAAAACATTTTAAAAACA
1 TATAT-ATATATAT-AGTTTTAAAA-ATTTTTGAAA-A
* *
19924 TTTATATATTATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAA
1 TATATATA-TATATAGTTTTAAAA-ATTTTTGAAAA
* *
19960 GAAATATAATATATAGTTTTCAAAACATTTTTGAAAA
1 TATATAT-ATATATAGTTTT-AAAA-ATTTTTGAAAA
* **
19997 TATACATATTATATAGTTTTTAAAACGTTTTGAAAA
1 TATATATA-TATATAG-TTTTAAAAATTTTTGAAAA
*
20033 TAAATATATAATATA
1 TATATATAT-ATATA
20048 TAATATATAA
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 19, Indels: 20
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 5 0.04
35 3 0.02
36 42 0.32
37 66 0.50
38 16 0.12
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (34 bp):
TATATATATATATAGTTTTAAAAATTTTTGAAAA
Found at i:19955 original size:74 final size:72
Alignment explanation
Indices: 19849--20047 Score: 240
Period size: 74 Copynumber: 2.7 Consensus size: 72
19839 TTTGTTTTTT
* * * *
19849 ATTTATATATTATATAATTTTAAAA-ATATTTTGAAAATATATGATATATATAATTTTTAAAACA
1 ATTTATATATTATATAGTTTTAAAACGT-TTTTGAAAATAAAT-ATATATATAATTTTCAAAACA
19913 TTTTAAAAA
64 TTTTAAAAA
* *
19922 CATTTATATATTATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAAGAAATATAATATATAGTTTTCAAAACA
1 -ATTTATATATTATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAATAAATAT-ATATATAATTTTCAAAACA
**
19987 TTTTTGAAA
64 TTTTAAAAA
* *
19996 ATATACATATTATATAGTTTTTAAAACG-TTTTGAAAATAAATATATAATATA
1 ATTTATATATTATATAG-TTTTAAAACGTTTTTGAAAATAAATATAT-ATATA
20048 TAATATATAA
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 11, Indels: 9
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.02
73 37 0.34
74 70 0.64
75 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.06, T:0.44
Consensus pattern (72 bp):
ATTTATATATTATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAATAAATATATATATAATTTTCAAAACATT
TTAAAAA
Found at i:20236 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 20228--20296 Score: 52
Period size: 3 Copynumber: 22.3 Consensus size: 3
20218 TAAAAATGTA
* * *
20228 TAT TAT TAT ATAGT TTT TAT TAT TAT TAT CAT TATT TAT TAT TAT TTT
1 TAT TAT TAT -TA-T TAT TAT TAT TAT TAT TAT TA-T TAT TAT TAT TAT
*
20276 TTT TACT TAT T-T TAT T-T TAT T
1 TAT TA-T TAT TAT TAT TAT TAT T
20297 TTTTTCCCGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 12
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.07
3 40 0.74
4 9 0.17
5 1 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.03, G:0.01, T:0.70
Consensus pattern (3 bp):
TAT
Found at i:20285 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 20244--20298 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
20234 TATATAGTTT
* ** *
20244 TTATTATTATTATCATTAT
1 TTATTATTATTTTTTTTAC
20263 TTATTATTATTTTTTTTAC
1 TTATTATTATTTTTTTTAC
20282 TTATT-TTATTTTATTTT
1 TTATTATTATTTT-TTTT
20299 TTTCCCGTTT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 2
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 7 0.23
19 24 0.77
ACGTcount: A:0.24, C:0.04, G:0.00, T:0.73
Consensus pattern (19 bp):
TTATTATTATTTTTTTTAC
Found at i:20293 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 20230--20286 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.5 Consensus size: 15
20220 AAAATGTATA
*
20230 TTATTATATAGTTTTTA
1 TTATTAT-TA-TTTTTT
* *
20247 TTATTATTATCATTAT
1 TTATTATTAT-TTTTT
20263 TTATTATTATTTTTT
1 TTATTATTATTTTTT
20278 TTACTTATT
1 TTA-TTATT
20287 TTATTTTATT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 5, Indels: 5
0.77 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.21
16 19 0.58
17 7 0.21
ACGTcount: A:0.26, C:0.04, G:0.02, T:0.68
Consensus pattern (15 bp):
TTATTATTATTTTTT
Found at i:23472 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 23438--23482 Score: 74
Period size: 19 Copynumber: 2.4 Consensus size: 19
23428 ATTTAGAAAT
23438 TTTGCA-TTTCTTATTTTC
1 TTTGCATTTTCTTATTTTC
*
23456 TTTGCATTTTGTTATTTTC
1 TTTGCATTTTCTTATTTTC
23475 TTTGCATT
1 TTTGCATT
23483 CACATTAACT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 6 0.24
19 19 0.76
ACGTcount: A:0.11, C:0.13, G:0.09, T:0.67
Consensus pattern (19 bp):
TTTGCATTTTCTTATTTTC
Found at i:27249 original size:165 final size:165
Alignment explanation
Indices: 26809--27583 Score: 765
Period size: 165 Copynumber: 4.7 Consensus size: 165
26799 TAAACAAACT
* * * * * * * * *
26809 ATTTGCAGCTTAGCTCAAGGCCAGAAGGGCTACCTGCCACCAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCT
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCA--AAGACCCTTAAGTTCGATTACACT
* * * * * * ** * *
26874 CAGCTCCTA-GGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAATCGAGAAGGGCTATCTG-C--C-AAAGA
64 CAGCTTCAAGGGCACATCATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGCCAACAAAAGA
* * * * * * *
26934 CCCTTAAGTTCGATTACACTCAGCTTCAAGGGCATAAC
129 CCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGC-TCAACGGCACATC
* * * * * * * * * * *
26972 ATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGTTAGCAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGC
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTG---CCAAAGACCCTTAAGTTCGATTACAC
* * * * * *
27037 TCAGCTCCAA-GGCACATCATTTGCAGCATAACTTAAAGTCGAGAAGGGTTATCTGCCAACTAAA
63 TCAGCTTCAAGGGCACATCATTTACAGCATAAC-TCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGCCAACAAAA
27101 GACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCCAA-GGCACATC
127 GACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCT-CAACGGCACATC
* * *
27140 ATTTGCAGAATAGCTTAAGTCAAGAAGGGTTATCTGCCAAAGACCCTTAAGTTCGATTACACTCA
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCAAAGACCCTTAAGTTCGATTACACTCA
* * ** *
27205 GCTTCAAGGGCATAACATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGTTAGCAAAAGACC
66 GCTTCAAGGGCACATCATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGCCAACAAAAGACC
*
27270 TTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCAACGGCACACC
131 TTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCAACGGCACATC
**
27305 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCAAAGACCCCCAAGTTCGATTACACTCA
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCAAAGACCCTTAAGTTCGATTACACTCA
* * * * *
27370 GCTTCGAGGGCACATCATTTGCAGCATAACTTAAGTCTAGAAGGGTTGTCTGCCAACAAAAGACC
66 GCTTCAAGGGCACATCATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGCCAACAAAAGACC
27435 TTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCAACGGCACATC
131 TTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCAACGGCACATC
* * * * * *
27470 ATTTCCAGTATAGCTTAAGTCGAGAAAGGCTATCTTCAAAAGA-CCTTCGAGTTCGATTACACTC
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCAAAGACCCTT-AAGTTCGATTACACTC
* * * * * * *
27534 AACTTCGAGGTCATATCGTTTACAACATAACTCAAGGCAAGAAGGGTTAT
65 AGCTTCAAGGGCACATCATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTAT
27584 TTGTCAATAA
Statistics
Matches: 524, Mismatches: 76, Indels: 22
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
163 30 0.06
164 57 0.11
165 349 0.67
166 22 0.04
168 38 0.07
169 28 0.05
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (165 bp):
ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCAAAGACCCTTAAGTTCGATTACACTCA
GCTTCAAGGGCACATCATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTATCTGCCAACAAAAGACC
TTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCAACGGCACATC
Found at i:27327 original size:249 final size:246
Alignment explanation
Indices: 26809--27425 Score: 934
Period size: 249 Copynumber: 2.5 Consensus size: 246
26799 TAAACAAACT
* * * * * *
26809 ATTTGCAGCTTAGCTCAAGGCCAGAAGGGCTACCTGCCACCAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCT
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCACAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCT
* * * *
26874 CAGCTCCTAGGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAATCGAGAAGGGCTATCTGCCAAAGACCCTT
66 CAGCTCCAAGGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAGTCAAGAAGGGTTATCTGCCAAAGACCCTT
26939 AAGTTCGATTACACTCAGCTTCAAGGGCATAACATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTA
131 AAGTTCGATTACACTCAGCTTCAAGGGCATAACATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTA
*
27004 TCTGTTAGCAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCCAAGGCACATC
196 TCTGTTAGCAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCCAAGGCACACC
* *
27055 ATTTGCAGCATAACTTAAAGTCGAGAAGGGTTATCTGCCAACTAAAGACCTTTGAGTTCGACTAC
1 ATTTGCAGCATAGCTT-AAGTCGAGAAGGGCTATCTGCC-AC-AAAGACCTTTGAGTTCGACTAC
27120 GCTCAGCTCCAAGGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAGTCAAGAAGGGTTATCTGCCAAAGACC
63 GCTCAGCTCCAAGGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAGTCAAGAAGGGTTATCTGCCAAAGACC
27185 CTTAAGTTCGATTACACTCAGCTTCAAGGGCATAACATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGG
128 CTTAAGTTCGATTACACTCAGCTTCAAGGGCATAACATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGG
27250 TTATCTGTTAGCAAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCT-CAACGGCACACC
193 TTATCTGTTAGC-AAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCCAA-GGCACACC
**** * *
27305 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTG-C-CAAAGACCCCCAAGTTCGATTACACT
1 ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCACAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCT
* * * * * *
27368 CAGCTTCGAGGGCACATCATTTGCAGCATAACTTAAGTCTAGAAGGGTTGTCTGCCAA
66 CAGC-TCCAAGGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAGTCAAGAAGGGTTATCTGCCAA
27426 CAAAAGACCT
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 27, Indels: 12
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
245 23 0.07
246 61 0.18
247 18 0.05
248 3 0.01
249 181 0.54
250 52 0.15
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (246 bp):
ATTTGCAGCATAGCTTAAGTCGAGAAGGGCTATCTGCCACAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCT
CAGCTCCAAGGCACATCATTTGCAGAATAGCTTAAGTCAAGAAGGGTTATCTGCCAAAGACCCTT
AAGTTCGATTACACTCAGCTTCAAGGGCATAACATTTACAGCATAACTCAAGGCTAGAAGGGTTA
TCTGTTAGCAAAGACCTTTGAGTTCGACTACGCTCAGCTCCAAGGCACACC
Found at i:28267 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 28221--28343 Score: 140
Period size: 37 Copynumber: 3.3 Consensus size: 36
28211 AAAAACATTT
* *
28221 ATATATTATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAAGAA
1 ATATAATATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAAAAA
* * *
28257 ATATAATATATAGTTTTCAAAACATTTTTGAAAATAT
1 ATATAATATATAGTTTT-AAAACGTTTTTGAAAAAAA
* *
28294 ACATATTATATAGTTTTTAAAACG-TTTTGAAAATAAA
1 ATATAATATATAG-TTTTAAAACGTTTTTGAAAA-AAA
28331 TATATAATATATA
1 -ATATAATATATA
28344 ATATATAATT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 11, Indels: 6
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
36 25 0.35
37 33 0.46
38 14 0.19
ACGTcount: A:0.46, C:0.04, G:0.07, T:0.42
Consensus pattern (36 bp):
ATATAATATATAGTTTTAAAACGTTTTTGAAAAAAA
Found at i:28334 original size:73 final size:74
Alignment explanation
Indices: 28151--28345 Score: 236
Period size: 74 Copynumber: 2.6 Consensus size: 74
28141 TTTTATTTAT
* * * * *
28151 ATATTATATAATTTTAAAAACATTTTGAAAAT--ATATGATATATAATTTTTAAAACATTTTAAA
1 ATATTATATAGTTTTTAAAACGTTTTGAAAATAAATATAATATATAATTTTCAAAACATTTTAAA
* *
28214 AACATTTAT
66 AACATATAC
* * **
28223 ATATTATATAG-TTTTAAAACGTTTTTGAAAAGAAATATAATATATAGTTTTCAAAACATTTTTG
1 ATATTATATAGTTTTTAAAACG-TTTTGAAAATAAATATAATATATAATTTTCAAAACATTTTAA
28287 AAA-ATATAC
65 AAACATATAC
28296 ATATTATATAGTTTTTAAAACGTTTTGAAAATAAATATATAATATATAAT
1 ATATTATATAGTTTTTAAAACGTTTTGAAAAT-AA-ATATAATATATAAT
28346 ATATAATTTT
Statistics
Matches: 104, Mismatches: 13, Indels: 9
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
71 8 0.08
72 19 0.18
73 24 0.23
74 40 0.38
75 13 0.12
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.06, T:0.43
Consensus pattern (74 bp):
ATATTATATAGTTTTTAAAACGTTTTGAAAATAAATATAATATATAATTTTCAAAACATTTTAAA
AACATATAC
Found at i:28575 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 28534--28587 Score: 65
Period size: 19 Copynumber: 2.9 Consensus size: 19
28524 TATATAGTTT
* ** *
28534 TTATTATTATTATCATTAT
1 TTATTATTATTTTTTTTAC
28553 TTATTATTATTTTTTTTAC
1 TTATTATTATTTTTTTTAC
28572 TTATT-TTATTTTTTTT
1 TTATTATTATTTTTTTT
28588 TCCCGTTTCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.35
19 20 0.65
ACGTcount: A:0.22, C:0.04, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (19 bp):
TTATTATTATTTTTTTTAC
Found at i:37727 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 37722--38788 Score: 2001
Period size: 12 Copynumber: 89.4 Consensus size: 12
37712 TATATATGTA
*
37722 TATATATATATG
1 TATATGTATATG
37734 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37746 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37758 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37770 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37782 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37794 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37806 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37818 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37830 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37842 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37854 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37866 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37878 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37890 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37902 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37914 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37926 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37938 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37950 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37962 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37974 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37986 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
37998 --TATGTATATG
1 TATATGTATATG
38008 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38020 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38032 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38044 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38056 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38068 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38080 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38092 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38104 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38116 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38128 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38140 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38152 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38164 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38176 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38188 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38200 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38212 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38224 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38236 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38248 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38260 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38272 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38284 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38296 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38308 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38320 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38332 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38344 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38356 TATATATGTATATG
1 --TATATGTATATG
38370 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38382 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38394 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38406 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38418 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38430 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38442 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38454 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38466 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38478 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38490 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38502 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38514 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38526 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
*
38538 CATATG--TATG
1 TATATGTATATG
*
38548 CATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38560 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38572 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38584 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38596 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38608 --TATGTATATG
1 TATATGTATATG
38618 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38630 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38642 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38654 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38666 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38678 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38690 --TATGTATATG
1 TATATGTATATG
38700 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38712 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38724 TATA--TATATG
1 TATATGTATATG
38734 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38746 TATATGTATGTATG
1 TATATGTA--TATG
38760 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38772 TATATGTATATG
1 TATATGTATATG
38784 TATAT
1 TATAT
38789 AAATTTTATT
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 3, Indels: 28
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
10 50 0.05
12 964 0.93
14 24 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.17, T:0.50
Consensus pattern (12 bp):
TATATGTATATG
Found at i:37729 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 37710--38789 Score: 540
Period size: 6 Copynumber: 180.0 Consensus size: 6
37700 TCTCATAAAG
* * * * * *
37710 TATATA TATGTA TATATA TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
37758 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
37806 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
37854 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
37902 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
37950 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
37998 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38046 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38094 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38142 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38190 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38238 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38286 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38334 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38382 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38430 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38478 TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * ** * * * *
38526 TATATG TATATG CATATG TATGCA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38574 TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TGTATA TGTATA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38622 TGTATA TGTATA TGTATA TGTATA TGTATA TGTATA TGTATA TGTATA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * * *
38670 TGTATA TGTATA TGTATA TGTATG TATATG TATATG TATATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * * * * * * *
38718 TATATG TATATA TATGTA TATGTA TATGTA TATGTA TGTATG TATATG
1 TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA TATATA
* * *
38766 TATATG TATATG TATATG TATATA
1 TATATA TATATA TATATA TATATA
38790 AATTTTATTA
Statistics
Matches: 1050, Mismatches: 24, Indels: 0
0.98 0.02 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 1050 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.16, T:0.50
Consensus pattern (6 bp):
TATATA
Found at i:37731 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 37722--38788 Score: 2001
Period size: 18 Copynumber: 59.6 Consensus size: 18
37712 TATATATGTA
*
37722 TATATATATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37740 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37758 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37776 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37794 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37812 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37830 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37848 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37866 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37884 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37902 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37920 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37938 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37956 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37974 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
37992 TATATG--TATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38008 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38026 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38044 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38062 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38080 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38098 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38116 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38134 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38152 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38170 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38188 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38206 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38224 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38242 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38260 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38278 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38296 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38314 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38332 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38350 TATATGTATATATGTATATG
1 TATATG--TATATGTATATG
38370 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38388 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38406 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38424 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38442 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38460 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38478 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38496 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38514 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
*
38532 TATATGCATATG--TATG
1 TATATGTATATGTATATG
*
38548 CATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38566 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38584 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38602 TATATG--TATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38618 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38636 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38654 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38672 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38690 --TATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38706 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38724 TATA--TATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38740 TATATGTATATGTATGTATG
1 TATATGTATATGTA--TATG
38760 TATATGTATATGTATATG
1 TATATGTATATGTATATG
38778 TATATGTATAT
1 TATATGTATAT
38789 AAATTTTATT
Statistics
Matches: 1030, Mismatches: 5, Indels: 28
0.97 0.00 0.03
Matches are distributed among these distances:
16 78 0.08
18 916 0.89
20 36 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.17, T:0.50
Consensus pattern (18 bp):
TATATGTATATGTATATG
Found at i:41038 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 41020--41044 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
41010 TGTTTTACAT
41020 AAAATATTTTTTA
1 AAAATATTTTTTA
41033 AAAATATTTTTT
1 AAAATATTTTTT
41045 TTATTTTCAC
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56
Consensus pattern (13 bp):
AAAATATTTTTTA
Found at i:41286 original size:29 final size:31
Alignment explanation
Indices: 41249--41316 Score: 86
Period size: 31 Copynumber: 2.2 Consensus size: 31
41239 AATCAAAATA
*
41249 TTAATTATTAAAATATT-TAAAAT-ATATTTT
1 TTAA-TATTAAAATATTATAAAATAATATTTG
* *
41279 TTAATATTATAATATTATAATATAATATTTG
1 TTAATATTAAAATATTATAAAATAATATTTG
41310 TTAATAT
1 TTAATAT
41317 AATAATAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.33
30 9 0.27
31 13 0.39
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.01, T:0.53
Consensus pattern (31 bp):
TTAATATTAAAATATTATAAAATAATATTTG
Done.