Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000214.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000379_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 69884
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Found at i:1471 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 1411--1656 Score: 291
Period size: 41 Copynumber: 6.0 Consensus size: 41
1401 ACATATAACA
* *
1411 GCGTTGTCTTTACAAACGCCACTATTGAATGTGTATTTAGCG
1 GCGTT-TCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
* * *
1453 GCGTTTATATACAAACGCCGCTATTGATTGTGTATTTAGCG
1 GCGTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
* * * * * *
1494 ACGTTT-TTAACAAACACCGCTATGGACTTTATATTTAGCG
1 GCGTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
*
1534 GCGTTTTTCTTTACAAACGCCGCTATTG--TCTGTATTTAGCG
1 GCG--TTTCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
*
1575 GCATTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
1 GC-GTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
* *
1617 ACGTTTTTCTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAG
1 GCGTTTCT-TTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAG
1657 TGGCATCTGT
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 23, Indels: 14
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 52 0.30
41 54 0.31
42 52 0.30
43 16 0.09
ACGTcount: A:0.23, C:0.20, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (41 bp):
GCGTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCG
Found at i:1529 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 1419--1656 Score: 273
Period size: 40 Copynumber: 5.8 Consensus size: 40
1409 CAGCGTTGTC
* *
1419 TTTACAAACGCCACTATTGAATGTGTATTTAGCGGCGTTT
1 TTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTT
* * *
1459 ATATACAAACGCCGCTATTGATTGTGTATTTAGCGACGTTT
1 -TTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTT
* * * * *
1500 TTAACAAACACCGCTATGGACTTTATATTTAGCGGCGTTTTT
1 TTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCG--TTT
* *
1542 CTTTACAAACGCCGCTATTG--TCTGTATTTAGCGGCATTTT
1 -TTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGC-GTTT
*
1582 CTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGACGTTTT
1 -TTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCG-TTT
1624 TCTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAG
1 T-TTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAG
1657 TGGCATCTGT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 21, Indels: 15
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 52 0.31
41 50 0.30
42 50 0.30
43 16 0.10
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (40 bp):
TTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTT
Found at i:1597 original size:83 final size:84
Alignment explanation
Indices: 1417--1662 Score: 306
Period size: 83 Copynumber: 3.0 Consensus size: 84
1407 AACAGCGTTG
* * * *
1417 TCTTTACAAACGCCACTATTGAATGTGTATTTAGCGGCG--TTTATATACAAACGCCGCTATTGA
1 TCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGA
* *
1480 TTGTGTATTTAGCGAC-GTT
66 -TGTGTATTTAGCGGCATTT
* * * * *
1499 T-TTAACAAACACCGCTATGGACTTTATATTTAGCGGCGTTTTTCTTTACAAACGCCGCTATTG-
1 TCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGA
*
1562 TCTGTATTTAGCGGCATTT
66 TGTGTATTTAGCGGCATTT
*
1581 TCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGACGTTTTTC-TTACAAACGCCGCTATTGA
1 TCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGA
*
1645 CTGTGTATTTAGTGGCAT
66 -TGTGTATTTAGCGGCAT
1663 CTGTAATTAA
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 20, Indels: 10
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
81 43 0.31
82 22 0.16
83 58 0.42
84 15 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.20, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (84 bp):
TCTTTACAAACGCCGCTATTGACTGTGTATTTAGCGGCGTTTTTCTTTACAAACGCCGCTATTGA
TGTGTATTTAGCGGCATTT
Found at i:4403 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 4376--4427 Score: 104
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
4366 TATTTTGATA
4376 AATTTAATGTTTATTTTATAAT
1 AATTTAATGTTTATTTTATAAT
4398 AATTTAATGTTTATTTTATAAT
1 AATTTAATGTTTATTTTATAAT
4420 AATTTAAT
1 AATTTAAT
4428 AAAATTACTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 30 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.04, T:0.58
Consensus pattern (22 bp):
AATTTAATGTTTATTTTATAAT
Found at i:4908 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 4860--5275 Score: 474
Period size: 41 Copynumber: 10.2 Consensus size: 41
4850 TTGTAAACAC
* *
4860 AAACGCCACTAAAACACGAGTCTATAGCAGCGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
*
4901 AAACGCCACTAAATCATGAGTCTATAGCGGCGTTTG--TAA
1 AAACGCCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
*
4940 AAACGTCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTA-ACA
1 AAACGCCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATA-A
* *
4981 AACACGCCACTAAAAT-ATGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
1 AA-ACGCCACT-AAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
*
5023 AAACGCCACTAAAGT-ACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAA-TCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
*
5064 AAAC-CCACTAAATCATC-AGTCTATAGCGGGGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAATCA-CGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
* *
5104 AAACGCCACTAAATCATGAGTCTATAACGGCGTTTGTATAAA
1 AAACGCCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTAT-AA
**
5146 AAACGCCACTAAAGT-ATAAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAA-TCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
* * * * *
5187 AAATGCCACTAAATTA-TAGACTTTAGCGGCGTTTGTATAA
1 AAACGCCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
* * * * * *
5227 AAATGCCTCTATAGT-AGGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTTCTAA
1 AAACGCCACTA-AATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTG-TATAA
5269 AAACGCC
1 AAACGCC
5276 GCTACAAATG
Statistics
Matches: 332, Mismatches: 26, Indels: 33
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
39 38 0.11
40 71 0.21
41 139 0.42
42 78 0.23
43 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (41 bp):
AAACGCCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAA
Found at i:5072 original size:81 final size:81
Alignment explanation
Indices: 4860--5275 Score: 486
Period size: 81 Copynumber: 5.1 Consensus size: 81
4850 TTGTAAACAC
* *
4860 AAACGCCACTAAAACACGAGTCTATAGCAGCGTTTGTATAAAAACGCCACT-AAATCATGAGTCT
1 AAACGCCACT-AAATACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAAT-ATGAGTCT
4924 ATAGCGGCGTTTG--TAA
64 ATAGCGGCGTTTGTATAA
*
4940 AAACGTCACTAAATCACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTA-ACAAACACGCCACTAAAATATGAGTC
1 AAACGCCACTAAAT-ACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATA-AAA-ACGCCACTAAAATATGAGTC
*
5004 TTTAGCGGCGTTTGTATAA
63 TATAGCGGCGTTTGTATAA
* *
5023 AAACGCCACTAAAGTACGAGTCTTTAGCGGCGTTTGTATAAAAAC-CCACT-AAATCATCAGTCT
1 AAACGCCACTAAA-TACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAAT-ATGAGTCT
*
5086 ATAGCGGGGTTTGTATAA
64 ATAGCGGCGTTTGTATAA
* * * *
5104 AAACGCCACTAAATCATGAGTCTATAACGGCGTTTGTATAAAAAACGCCACTAAAGTATAAGTCT
1 AAACGCCACTAAAT-ACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTAT-AAAAACGCCACTAAAATATGAGTCT
5169 ATAGCGGCGTTTGTATAA
64 ATAGCGGCGTTTGTATAA
* * * * * * * * * *
5187 AAATGCCACTAAATTA-TAGACTTTAGCGGCGTTTGTATAAAAATGCCTCTATAGTAGGAGTCTT
1 AAACGCCACTAAA-TACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAATATGAGTCTA
*
5251 TAGCGGCGTTTGTTCTAA
65 TAGCGGCGTTTG-TATAA
5269 AAACGCC
1 AAACGCC
5276 GCTACAAATG
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 28, Indels: 28
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
79 4 0.01
80 39 0.13
81 122 0.42
82 40 0.14
83 82 0.28
84 6 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.19, T:0.27
Consensus pattern (81 bp):
AAACGCCACTAAATACGAGTCTATAGCGGCGTTTGTATAAAAACGCCACTAAAATATGAGTCTAT
AGCGGCGTTTGTATAA
Found at i:11930 original size:30 final size:31
Alignment explanation
Indices: 11894--11965 Score: 92
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 31
11884 CTACAAGACA
* * * *
11894 TTGAAAATTTTGGGGACCATTTTG-TAATTT
1 TTGAAAAGTTAGGGGACCAATTCGATAATTT
11924 TTGAAAAGTTAGGGGACCAATTCGATAATTT
1 TTGAAAAGTTAGGGGACCAATTCGATAATTT
*
11955 TGGAAAAGTTA
1 TTGAAAAGTTA
11966 TGAATGGTTG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 1
0.86 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
30 20 0.56
31 16 0.44
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.22, T:0.38
Consensus pattern (31 bp):
TTGAAAAGTTAGGGGACCAATTCGATAATTT
Found at i:17379 original size:132 final size:131
Alignment explanation
Indices: 17121--17383 Score: 499
Period size: 132 Copynumber: 2.0 Consensus size: 131
17111 GGTTAATGTG
*
17121 GTGACTGTTACGATAAAGATGAATTCACTTATGTTCTAAGAGTTTTGAATATGTGATTGTCTTTA
1 GTGACTGTTACGATAAAGATGAATTCACTTATGTTCTAAGAGTTTTGAATATGTGATTATCTTTA
17186 AAGAAAGACGGTGCTTCGAATGTAGAATTAAAGTTAAAATCTATGTTGTTAAATTGAATAAAGGA
66 AAGAAAGACGGTGCTTCGAATGTAGAATTAAAGTTAAAATCTATGTTGTTAAATTGAATAAAGGA
17251 T
131 T
*
17252 GTGATTGTTACGATAAAGATGAAATTCACTTATGTTCTAAGAGTTTTGAATATGTGATTATCTTT
1 GTGACTGTTACGATAAAGATG-AATTCACTTATGTTCTAAGAGTTTTGAATATGTGATTATCTTT
17317 AAAGAAAGACGGTGCTTCGAATGTAGAATTAAAGTTAAAATCTATGTTGTTAAATTGAATAAAGG
65 AAAGAAAGACGGTGCTTCGAATGTAGAATTAAAGTTAAAATCTATGTTGTTAAATTGAATAAAGG
17382 AT
130 AT
17384 CTTCAAATAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 2, Indels: 1
0.98 0.02 0.01
Matches are distributed among these distances:
131 20 0.16
132 109 0.84
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.20, T:0.36
Consensus pattern (131 bp):
GTGACTGTTACGATAAAGATGAATTCACTTATGTTCTAAGAGTTTTGAATATGTGATTATCTTTA
AAGAAAGACGGTGCTTCGAATGTAGAATTAAAGTTAAAATCTATGTTGTTAAATTGAATAAAGGA
T
Found at i:19100 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 19060--19097 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
19050 TTGGACTTTA
*
19060 ATGTTAGAGTGTTGAAATTG
1 ATGTTAGAATGTTGAAATTG
19080 ATGTTAGAATG-TGAAATT
1 ATGTTAGAATGTTGAAATT
19098 TGACTATTTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.41
20 10 0.59
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.26, T:0.39
Consensus pattern (20 bp):
ATGTTAGAATGTTGAAATTG
Found at i:27440 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27412--27461 Score: 64
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
27402 TAAATCATGG
* * *
27412 AAGTGCCTTAGCATTAATACTA
1 AAGTGCCTCAGCACTAATACAA
*
27434 AAGTGCCTCAGCACTGATACAA
1 AAGTGCCTCAGCACTAATACAA
27456 AAGTGC
1 AAGTGC
27462 AATTGTACTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 24 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.22, G:0.18, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
AAGTGCCTCAGCACTAATACAA
Found at i:27994 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27953--27997 Score: 56
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
27943 AATTATCACC
27953 AGTATCGATACCACCCTTCG
1 AGTATCGATACCACCC-TCG
27973 AGTATCGATACCGGACCC-CG
1 AGTATCGATACC--ACCCTCG
27993 AGTAT
1 AGTAT
27998 GACACCCTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 19 0.83
22 4 0.17
ACGTcount: A:0.27, C:0.31, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (19 bp):
AGTATCGATACCACCCTCG
Found at i:28535 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 28519--28547 Score: 58
Period size: 11 Copynumber: 2.6 Consensus size: 11
28509 CTAAACACTT
28519 AGAAACAATTC
1 AGAAACAATTC
28530 AGAAACAATTC
1 AGAAACAATTC
28541 AGAAACA
1 AGAAACA
28548 CTTTCACTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 18 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.17, G:0.10, T:0.14
Consensus pattern (11 bp):
AGAAACAATTC
Found at i:35631 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 35569--35638 Score: 95
Period size: 34 Copynumber: 2.1 Consensus size: 32
35559 ACCTTACAAC
* *
35569 TCCCTAGTTTTTCCGGGCTAAACTAGAACCTT
1 TCCCTAGTTTTTACGGGATAAACTAGAACCTT
*
35601 TCCCTAGCTTTTATACGGGATAAGCTAGAACCTT
1 TCCCTAG-TTTT-TACGGGATAAACTAGAACCTT
35635 TCCC
1 TCCC
35639 CTTTACAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
32 7 0.21
33 4 0.12
34 22 0.67
ACGTcount: A:0.23, C:0.29, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (32 bp):
TCCCTAGTTTTTACGGGATAAACTAGAACCTT
Found at i:35941 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 35907--35948 Score: 68
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
35897 CTAAAAATGT
35907 TGCACATAACATGGTGCATCGG
1 TGCACATAACATGGTGCATCGG
*
35929 TGCAC-TATCATGGTGCATCG
1 TGCACATAACATGGTGCATCG
35949 ATACCCCTTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 14 0.74
22 5 0.26
ACGTcount: A:0.24, C:0.24, G:0.26, T:0.26
Consensus pattern (22 bp):
TGCACATAACATGGTGCATCGG
Found at i:36033 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36004--36056 Score: 79
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
35994 GCAGCCTTGG
* *
36004 TGCATGGATGCACAGTAGGA
1 TGCATCGATGCACAGCAGGA
*
36024 TGCATTGATGCACAGCAGGA
1 TGCATCGATGCACAGCAGGA
36044 TGCATCGATGCAC
1 TGCATCGATGCAC
36057 TAATTGCATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 30 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.30, T:0.21
Consensus pattern (20 bp):
TGCATCGATGCACAGCAGGA
Found at i:36141 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 36076--36151 Score: 89
Period size: 20 Copynumber: 3.8 Consensus size: 20
36066 TCGAAATGGA
* * *
36076 GTGCTTGGATGCACTATATG
1 GTGCATGGATGCACTACAGG
* *
36096 GTGCATCGATGCACTACATG
1 GTGCATGGATGCACTACAGG
*
36116 GTGCATGGATGCACTGCAGGG
1 GTGCATGGATGCACTACA-GG
36137 GTGCATGGATGCACT
1 GTGCATGGATGCACT
36152 TTGACGCCCT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 6, Indels: 1
0.88 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
20 33 0.67
21 16 0.33
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.33, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
GTGCATGGATGCACTACAGG
Found at i:36397 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 36373--36412 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
36363 ATGTTTAATG
*
36373 AAAAGGATACCAATTGTTAAC
1 AAAAGAATACCAATTGTTAAC
* *
36394 AAAATAATATCAATTGTTA
1 AAAAGAATACCAATTGTTA
36413 CCAATTGTTT
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 3, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 16 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.10, G:0.10, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
AAAAGAATACCAATTGTTAAC
Found at i:37598 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 37555--37602 Score: 62
Period size: 19 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
37545 TCTAAATCAT
*
37555 TTTTCAAAATTTCATTTTGG
1 TTTTCAAAATCTCATTTTGG
* *
37575 CTTTCAAAATCT-ATTTTTG
1 TTTTCAAAATCTCATTTTGG
37594 TTTTCAAAA
1 TTTTCAAAA
37603 GAAAATCGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.58
20 10 0.42
ACGTcount: A:0.29, C:0.12, G:0.06, T:0.52
Consensus pattern (20 bp):
TTTTCAAAATCTCATTTTGG
Found at i:39014 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 38988--39045 Score: 98
Period size: 21 Copynumber: 2.8 Consensus size: 21
38978 ACTAGTGGCA
38988 GGTGCATGGATGCACTGCAGG
1 GGTGCATGGATGCACTGCAGG
*
39009 GGTGCATGGATGCATTGCAGG
1 GGTGCATGGATGCACTGCAGG
*
39030 GGTGCATAGATGCACT
1 GGTGCATGGATGCACT
39046 TTGACACCCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 34 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.17, G:0.40, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
GGTGCATGGATGCACTGCAGG
Found at i:40597 original size:58 final size:60
Alignment explanation
Indices: 40502--40671 Score: 154
Period size: 58 Copynumber: 2.8 Consensus size: 60
40492 AATCTTTTAC
* *
40502 TCTTATTTC-AAATTAGTCCCTAAAACTTTT-AATCATTTTAATTTTATCCTTAA-CTATGA
1 TCTTCTTTCTAAATTAGT-CCTCAAACTTTTGAA-CATTTTAATTTTATCCTTAAGCTATGA
* *
40561 -CTAT-TTTCTAAATTAGTCCTCAAACTTTTGAACA-TTTCATTTTCATCCATAAGCTATGA
1 TCT-TCTTTCTAAATTAGTCCTCAAACTTTTGAACATTTTAATTTT-ATCCTTAAGCTATGA
* * * * * *
40620 TCTTCATCCTAAATTGGTCCCCAAACTTTTTTGAATATTTCAATTTTATCCT
1 TCTTCTTTCTAAATTAGTCCTCAAAC--TTTTGAACATTTTAATTTTATCCT
40672 AAATTATTCA
Statistics
Matches: 90, Mismatches: 11, Indels: 17
0.76 0.09 0.14
Matches are distributed among these distances:
57 8 0.09
58 26 0.29
59 18 0.20
60 19 0.21
62 12 0.13
63 7 0.08
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (60 bp):
TCTTCTTTCTAAATTAGTCCTCAAACTTTTGAACATTTTAATTTTATCCTTAAGCTATGA
Found at i:40867 original size:60 final size:57
Alignment explanation
Indices: 40797--40980 Score: 163
Period size: 60 Copynumber: 3.1 Consensus size: 57
40787 GATGAATTTG
* *
40797 GGGATGAAATTGAAATATATAAAACTTTTAGGACCAATTTAGAATGAGATTCATAGTTTA
1 GGGATGAAATTG-AATAT-TAAAA-TTTTAAGACAAATTTAGAATGAGATTCATAGTTTA
* * * * * * *
40857 GGGATTAAATTTGAATGTTCAAAAGTTTAAAGACTAATTTAGAATGAAAGTCATAATTTA
1 GGGATGAAA-TTGAATATT-AAAA-TTTTAAGACAAATTTAGAATGAGATTCATAGTTTA
* * *
40917 AGGATGAAATTGGAATATTTAAAAGTTTACAGACAAATTTAAAATGAGAGTT-ATAGTTTA
1 GGGATGAAATT-GAATA-TTAAAATTTTA-AGACAAATTTAGAATGAGA-TTCATAGTTTA
40977 GGGA
1 GGGA
40981 CATATGATGC
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 20, Indels: 12
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
59 6 0.06
60 86 0.88
61 6 0.06
ACGTcount: A:0.43, C:0.05, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (57 bp):
GGGATGAAATTGAATATTAAAATTTTAAGACAAATTTAGAATGAGATTCATAGTTTA
Found at i:44181 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 44172--46098 Score: 3422
Period size: 4 Copynumber: 486.2 Consensus size: 4
44162 ATTACGTACA
44172 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44220 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44268 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44316 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44364 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44412 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44460 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44508 CTAT CTAT CTA- -TAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44554 C--T CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44600 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT C--T CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44646 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44694 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44742 CTA- -TAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44788 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44836 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44884 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44932 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
44980 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTA- -TAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45026 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45074 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTA- -TAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45120 CTAT C--T CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
* * * * * *
45166 CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT CTAT CTAT CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
* * * * * * *
45214 CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
*
45262 CCAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45310 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45358 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT C--T CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
* * * *
45404 CTAT CTAT CCAT CTAT CTAT CTAT CTAT CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
* * * *
45452 CTAT CTAT CCAT CCAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CCAT CCAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
* * * * * *
45500 CCAT CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT CTAT CTAT CCAT CTAT CTAT CCAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
* * * * *
45548 CCAT CTAT CCAT CCAT CTAT CCAT CTAT CCAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
*
45596 CTAT CCAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45644 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT -TAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45691 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45739 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45787 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45835 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45883 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45931 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
45979 CTAT CTA- CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
46026 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT
46074 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT C
1 CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT CTAT C
46099 AAATTGGTCA
Statistics
Matches: 1853, Mismatches: 52, Indels: 36
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
2 16 0.01
3 6 0.00
4 1831 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.27, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (4 bp):
CTAT
Found at i:47550 original size:35 final size:39
Alignment explanation
Indices: 47495--47571 Score: 108
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 39
47485 AGAATATTAC
47495 AAATTGTAAAATATTTATAT-A-TTTTCTTTA-AAAATT
1 AAATTGTAAAATATTTATATAATTTTTCTTTACAAAATT
* *
47531 AAATT-TATAATATTTATATAATTTTTTTTTACAAAATT
1 AAATTGTAAAATATTTATATAATTTTTCTTTACAAAATT
47569 AAA
1 AAA
47572 AATATAAAAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
35 13 0.36
36 6 0.17
37 8 0.22
38 9 0.25
ACGTcount: A:0.45, C:0.03, G:0.01, T:0.51
Consensus pattern (39 bp):
AAATTGTAAAATATTTATATAATTTTTCTTTACAAAATT
Found at i:47578 original size:38 final size:35
Alignment explanation
Indices: 47504--47578 Score: 96
Period size: 38 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
47494 CAAATTGTAA
**
47504 AATATTTATATATTTTCTTTAAAAATTAAATTTAT
1 AATATTTATATATTTTCTTTAAAAATTAAAAATAT
*
47539 AATATTTATATAATTTTTTTTTACAAAATTAAAAATAT
1 AATATTTATAT-A-TTTTCTTTA-AAAATTAAAAATAT
47577 AA
1 AA
47579 AAAAGGTTTA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 3
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 11 0.32
36 1 0.03
37 8 0.24
38 14 0.41
ACGTcount: A:0.47, C:0.03, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (35 bp):
AATATTTATATATTTTCTTTAAAAATTAAAAATAT
Found at i:51384 original size:66 final size:67
Alignment explanation
Indices: 51308--51442 Score: 218
Period size: 66 Copynumber: 2.0 Consensus size: 67
51298 TAATGTCTGA
* * *
51308 TGTGAGGATCTTATAGTTAAATATGTTGATTTTATGTTATCCAAGAATTTTAC-ATGACTAGAAT
1 TGTGAGGATCTTATAGTTAAACATGTTGATTTTATGCTATCCAAGAACTTTACAATGACTAGAAT
51372 TC
66 TC
* *
51374 TGTGAGGATCTTATGGTTAAACATGTTGATTTTATGCTATCCAAGAACTTTGCAATGACTAGAAT
1 TGTGAGGATCTTATAGTTAAACATGTTGATTTTATGCTATCCAAGAACTTTACAATGACTAGAAT
51439 TC
66 TC
51441 TG
1 TG
51443 AGAATTCGAT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 5, Indels: 1
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
66 48 0.76
67 15 0.24
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (67 bp):
TGTGAGGATCTTATAGTTAAACATGTTGATTTTATGCTATCCAAGAACTTTACAATGACTAGAAT
TC
Found at i:69502 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 69479--69515 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
69469 TTCTTACGTA
69479 CTTTCCCATGGCAGTCAT
1 CTTTCCCATGGCAGTCAT
69497 CTTTCCCATGGCAGTCAT
1 CTTTCCCATGGCAGTCAT
69515 C
1 C
69516 ATGTGAACGA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.35, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (18 bp):
CTTTCCCATGGCAGTCAT
Done.