genome.fa.s2196.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002196.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004476_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85698

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867--969	53	1.9	54	98	2	199	40	22	6	30	1.80
4212--4257	19	2.4	19	96	0	83	15	28	8	47	1.74
9504--10110	128	4.7	128	96	0	1108	20	24	21	32	1.98
10369--10398	14	2.1	14	93	0	51	30	0	10	60	1.30
10507--10613	34	3.1	34	87	0	151	36	4	4	54	1.42
11119--11227	42	2.6	42	94	0	182	22	24	34	18	1.96
11119--11228	21	5.2	21	85	0	148	21	25	34	18	1.96
11127--11257	63	2.1	63	84	8	169	22	21	36	19	1.95
11237--11284	21	2.3	21	88	0	69	20	12	41	25	1.87
12810--12858	17	2.9	17	78	0	53	59	4	0	36	1.17
13000--13089	34	2.7	33	77	10	94	57	1	0	41	1.06
13003--13077	31	2.4	33	77	11	84	57	0	0	42	0.98
15956--16005	19	2.6	19	90	0	73	38	10	18	34	1.84
15995--16036	22	1.9	22	85	0	57	50	16	14	19	1.79
17882--17919	15	2.5	15	95	0	67	44	13	21	21	1.85
19064--19143	23	3.4	24	79	8	92	27	23	25	23	2.00
19268--19330	23	2.7	23	87	0	90	31	23	26	17	1.97
21454--21520	8	8.4	8	100	0	134	37	0	11	50	1.39
22196--22236	16	2.6	16	88	7	57	31	0	2	65	1.05
22343--22392	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
22890--22948	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
22964--23016	14	3.5	14	72	18	52	58	7	0	33	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22977--23028	18	3.1	18	68	21	58	57	15	0	26	1.38
22964--23300	32	12.1	30	67	27	176	53	12	0	33	1.39
22973--23185	84	2.6	84	92	3	353	53	13	0	32	1.40
23093--23165	22	3.1	23	76	11	76	56	15	0	28	1.40
22973--23620	54	12.0	54	72	16	355	53	11	0	34	1.39
23169--23211	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
22973--23243	84	3.3	83	85	6	345	53	14	0	32	1.41
23223--23265	22	2.0	22	90	0	68	53	9	0	37	1.33
22973--23696	134	5.4	135	82	10	663	52	12	0	34	1.41
23036--23853	188	4.3	189	87	6	1160	52	11	0	35	1.41
23325--23486	32	4.7	33	68	20	107	53	9	0	37	1.33
23357--23399	22	2.0	22	90	0	68	53	9	0	37	1.33
23411--23453	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
23413--23461	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
23513--23621	33	3.7	31	70	24	101	52	11	0	35	1.43
23603--23676	22	3.1	23	74	14	71	54	17	1	27	1.51
23648--23853	32	7.4	32	68	29	175	51	11	0	35	1.42
23631--23905	54	5.1	54	89	6	402	51	10	0	36	1.42
23308--23905	108	5.6	108	76	14	560	52	10	0	36	1.40
23734--23776	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
23761--23841	18	4.5	18	67	22	62	53	14	0	32	1.42
23736--23784	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23788--23890	22	4.5	22	73	20	104	52	10	0	36	1.36
23833--23905	15	4.5	15	75	22	67	54	5	0	39	1.23
26391--26448	23	2.5	23	77	8	64	32	0	6	60	1.23
26436--26552	42	2.8	42	80	7	132	52	1	0	44	1.16
27722--27823	50	2.0	51	94	1	179	45	5	4	44	1.49
32011--32044	18	1.9	18	88	5	52	14	20	32	32	1.93
39494--39562	7	9.9	7	77	12	52	23	1	24	50	1.57
39494--39553	14	4.3	14	77	8	68	25	1	21	51	1.57
39471--39539	28	2.5	28	85	4	86	26	1	23	49	1.59
39471--39562	28	3.3	28	79	8	80	23	1	25	50	1.56
40094--40136	14	3.3	14	78	18	56	39	0	4	55	1.20
44722--44897	59	3.0	60	90	4	293	34	21	8	36	1.84
47085--47138	21	2.7	20	76	21	58	72	1	1	24	1.05
47137--47285	37	4.1	36	80	12	164	48	6	1	42	1.37
47198--47285	34	2.5	35	86	13	121	48	5	1	44	1.33
47136--47317	73	2.5	76	78	13	193	47	5	2	45	1.38
47143--47333	36	5.2	36	79	12	194	46	5	2	45	1.41
47416--47466	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
47416--47713	20	14.6	20	78	5	159	39	19	22	18	1.93
47520--47711	40	4.7	40	82	5	231	35	18	25	20	1.95
47520--47703	83	2.2	83	91	0	287	35	17	26	20	1.95
47700--47743	20	2.2	20	91	0	70	54	15	18	11	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47821--47877	6	9.5	6	100	0	114	33	50	15	0	1.44
48566--48639	6	12.5	6	98	1	141	0	16	51	32	1.45
48717--48760	20	2.2	20	91	0	70	11	18	15	54	1.70
48747--49148	20	19.6	20	73	9	175	19	21	20	39	1.93
48749--48940	40	4.7	40	79	5	204	20	25	18	36	1.95
48757--48940	83	2.2	83	89	0	269	20	25	17	35	1.95
48749--48900	63	2.5	62	86	3	218	19	25	18	36	1.94
49290--49463	36	4.7	36	77	14	142	45	8	1	44	1.43
49290--49463	38	4.7	38	79	14	159	45	8	1	44	1.43
49660--50042	36	10.5	36	83	9	397	45	6	2	45	1.42
49660--49986	142	2.3	145	95	3	592	45	6	2	46	1.40
49660--50042	106	3.5	107	82	10	404	45	6	2	45	1.42
53115--53145	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
61497--61542	20	2.3	20	85	7	58	36	13	17	32	1.88
61712--61756	19	2.3	20	84	3	56	42	2	13	42	1.56
66697--66781	23	3.7	23	96	0	152	22	35	20	22	1.96
66676--66800	46	2.8	43	81	12	153	22	34	20	23	1.97
74998--75040	19	2.3	19	80	8	52	11	18	0	69	1.17
78834--78867	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
80299--80337	17	2.2	18	86	4	53	38	2	0	58	1.12
80295--80369	29	2.5	30	78	6	80	38	1	0	60	1.06
80334--80407	9	7.9	10	70	20	54	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80329--80400	16	4.6	16	71	22	71	37	0	0	62	0.95
80330--80398	25	2.9	24	80	18	90	37	0	0	62	0.96
80856--80891	17	2.1	17	89	0	54	61	2	8	27	1.39
84105--84133	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
84299--84368	12	5.8	12	70	6	52	51	18	12	17	1.76
84298--84405	24	4.5	24	69	11	87	49	17	12	20	1.79
84295--84405	48	2.3	48	83	6	136	49	17	12	20	1.79
84407--84449	21	2.1	21	95	4	79	46	0	18	34	1.50

Tables:   1

The End!