genome.fa.s2227.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002227.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004533_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160391

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40--92	24	2.3	23	87	9	81	24	15	20	39	1.91
2552--2682	19	7.7	19	65	23	85	43	19	22	14	1.87
2552--2678	33	3.8	33	87	4	193	43	18	22	14	1.87
2553--2685	66	2.0	66	95	0	239	42	18	22	16	1.89
2678--2738	19	3.2	19	88	4	79	16	16	22	44	1.86
2860--2896	14	2.6	14	86	0	56	48	24	0	27	1.51
4245--4356	21	5.3	21	64	14	52	23	20	32	24	1.98
4605--4758	78	1.9	79	89	7	240	44	16	13	25	1.85
6443--6503	20	3.1	19	79	9	68	44	18	24	13	1.85
6468--6563	33	2.9	33	90	3	149	41	21	23	12	1.87
7160--7271	20	5.6	20	84	4	82	21	20	20	37	1.94
7178--7394	41	5.3	40	76	8	134	26	19	19	34	1.96
7157--7394	61	3.9	60	73	10	189	27	19	19	33	1.96
7268--7323	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
7261--7333	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
7343--7394	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
7384--7436	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
11844--12162	54	5.9	54	88	1	415	10	21	23	44	1.82
16663--17322	181	3.6	182	88	2	907	43	13	15	28	1.84
19273--19326	24	2.4	23	85	14	69	48	0	5	46	1.25
21555--21799	66	3.7	66	93	0	418	33	4	22	39	1.75
21688--21917	117	2.0	118	89	2	356	34	5	23	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22157--22517	180	2.0	180	86	3	505	39	12	15	33	1.85
22333--23407	200	5.4	198	85	3	1406	38	14	14	32	1.86
22347--23408	399	2.7	399	89	2	1541	38	14	14	32	1.87
23716--23761	15	2.9	15	81	15	56	28	41	2	28	1.68
24908--24953	6	7.7	6	87	0	56	45	2	30	21	1.64
27878--29241	198	6.8	199	86	2	1691	38	14	13	33	1.85
27878--29241	597	2.3	598	83	3	1762	38	14	13	33	1.85
33448--34168	198	3.6	199	84	5	865	41	13	13	31	1.83
34154--34210	23	2.4	23	76	2	69	36	17	10	35	1.84
34240--34306	28	2.7	23	75	20	71	34	13	0	52	1.41
34242--34300	28	2.1	28	100	0	118	32	13	0	54	1.40
35425--35486	10	5.5	10	72	23	52	58	22	12	6	1.58
35425--35486	23	2.6	24	92	2	99	58	22	12	6	1.58
35425--35494	23	3.0	23	87	6	97	58	24	11	5	1.54
35748--35790	14	3.1	14	86	0	59	58	16	11	13	1.64
36384--36411	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38740--38783	23	1.9	23	90	0	70	27	22	20	29	1.99
38780--38812	17	1.9	17	93	0	57	45	12	9	33	1.73
41108--41190	2	41.5	2	100	0	166	49	0	0	50	1.00
47585--47645	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
47661--47878	103	2.1	103	93	0	373	37	22	12	26	1.91
49416--49460	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53395--53447	27	2.0	27	92	0	88	24	7	15	52	1.68
54799--54859	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
54875--55092	103	2.1	103	94	0	382	36	22	13	27	1.92
56631--56675	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
57562--57780	46	4.7	44	84	8	224	38	7	20	32	1.81
58219--58305	33	2.6	33	88	0	120	24	21	21	32	1.98
60540--60578	21	1.9	20	85	15	53	25	10	23	41	1.86
60647--60742	15	6.8	13	71	20	61	75	1	17	6	1.07
60682--60742	26	2.4	26	83	2	79	73	1	19	4	1.10
60647--60745	21	4.6	21	63	19	53	75	1	17	6	1.05
64587--64748	40	4.1	40	99	0	315	22	17	27	32	1.96
64853--65069	46	4.7	45	87	4	274	40	6	20	32	1.79
64853--65069	91	2.3	91	83	9	269	40	6	20	32	1.79
65508--65586	33	2.4	33	89	0	113	24	21	21	32	1.98
74521--74572	20	2.5	21	84	3	70	38	19	23	19	1.93
74561--74674	20	5.7	20	82	6	113	32	25	18	23	1.97
75253--75436	19	10.1	19	77	13	181	11	23	21	42	1.86
75253--75436	33	5.1	37	84	9	195	11	23	21	42	1.86
77581--77647	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
77529--77647	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
79004--79039	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
79146--79198	19	2.8	19	91	0	88	47	18	20	13	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79203--79353	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
79207--79333	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
79200--79332	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
81627--81651	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
81826--81879	24	2.2	24	86	0	72	40	18	16	24	1.90
82620--82670	20	2.5	20	100	0	102	29	19	31	19	1.97
82883--82932	19	2.5	20	96	3	93	32	28	24	16	1.96
82958--83022	19	3.7	19	82	13	86	15	21	16	46	1.84
83029--83066	20	1.9	20	94	0	67	13	10	28	47	1.76
83149--83185	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
85055--85111	20	2.9	19	84	7	78	36	22	24	15	1.94
85111--85168	14	3.9	14	75	16	53	48	22	17	12	1.80
85095--85173	32	2.4	33	91	2	124	46	21	18	12	1.82
85202--85259	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
85185--85275	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
85260--85303	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
85269--85314	20	2.3	20	84	0	56	17	21	23	36	1.94
85790--85834	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
87155--87213	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
87239--87308	19	3.7	19	100	0	140	10	21	22	45	1.81
87744--87795	20	2.6	20	93	0	86	25	21	28	25	1.99
87806--87857	20	2.5	21	87	3	70	19	25	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89337--89400	32	2.0	32	87	0	92	20	21	6	51	1.69
89927--89968	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
93418--93496	38	2.1	38	100	0	158	10	17	29	43	1.82
94229--94292	31	2.1	31	87	0	92	20	25	3	51	1.62
95296--95341	23	2.1	23	84	8	60	52	0	0	47	1.00
95303--95357	23	2.4	22	77	14	58	43	0	3	52	1.18
95558--95611	23	2.3	23	84	6	65	51	0	1	46	1.11
105484--105525	3	13.7	3	95	5	75	35	0	0	64	0.94
114892--114920	11	2.7	11	94	5	51	13	0	0	86	0.58
114891--114928	19	1.9	19	89	5	58	21	0	0	78	0.74
119641--120449	48	17.6	48	75	13	779	27	22	17	31	1.97
119832--120449	89	6.8	89	88	5	914	27	22	18	31	1.97
119652--120449	274	2.9	274	91	3	1236	27	22	18	31	1.97
120734--120775	3	13.7	3	95	5	75	35	0	0	64	0.94
122205--122239	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
124667--124695	12	2.3	13	94	5	51	6	13	34	44	1.71
126079--126234	52	3.0	52	98	0	303	32	7	16	42	1.77
126458--126489	16	2.0	16	93	0	55	28	31	15	25	1.96
129678--129736	21	2.8	21	84	0	73	18	5	20	55	1.61
129934--130016	43	1.9	43	92	0	139	27	22	22	26	1.99
132552--132578	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
135094--135147	27	2.0	27	85	7	74	37	1	3	57	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135251--135289	19	2.1	19	90	0	60	30	7	23	38	1.83
146079--146118	12	3.2	12	79	6	53	52	0	0	47	1.00
146701--146745	21	2.1	21	100	0	90	28	15	24	31	1.96
152696--152737	17	2.3	18	80	12	50	38	2	4	54	1.34
152707--152760	22	2.5	22	87	3	74	37	1	5	55	1.34
152642--152759	11	10.5	11	66	19	57	39	3	4	52	1.38
152798--152840	15	3.0	14	80	13	52	41	9	0	48	1.35
153986--154039	9	5.8	9	80	8	63	14	5	0	79	0.90
154019--154112	48	1.9	48	85	10	129	18	5	9	67	1.38

Tables:   1

The End!