Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01002279.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004636_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1986 CTGTAGATTC
* * * *
1996 ATTTAACGTAAAATCATGTGAATACAGTAACAAATTAAAT-A
1 ATTTAAAGTAAAATCATGAGAATACAATAACAAATAAAATAA
* *
2037 ATTTAAAGTAAAATTATGAGAATATAATAACAAATAAAATAA
1 ATTTAAAGTAAAATCATGAGAATACAATAACAAATAAAATAA
2079 ATTTAAAGTAA
1 ATTTAAAGTAA
2090 TGTATTGAGA
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ATTTAAAGTAAAATCATGAGAATACAATAACAAATAAAATAA
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14383 AGGGTGTCAA
*
14393 AGTGCATCCATGCACCCTGT
1 AGTGCATCCATGCA-CCTGC
* *
14413 AATACATCCATGCACCTGC
1 AGTGCATCCATGCACCTGC
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14447 TCCATTTCGA
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AGTGCATCCATGCACCTGC
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14835 CTTTGTAAAG
* *
14845 GGGAAAGGTTCTAGCTAAGCCCGTGTAAAAGCTA
1 GGGAAAGGTTCTAGCTAAGCCCGT-AAAAAACTA
* *
14879 GGGAAATGTTCTAGTTTAA-CCCGTAAAAAACTA
1 GGGAAAGGTTCTAG-CTAAGCCCGTAAAAAACTA
14912 GGGA
1 GGGA
14916 GTTGTAAATA
Statistics
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GGGAAAGGTTCTAGCTAAGCCCGTAAAAAACTA
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15869 TGATGGTGAA
15879 GGAAGATGAAGAAAG
1 GGAAGATGAAGAAAG
15894 GGAAGATGAAGAAAG
1 GGAAGATGAAGAAAG
15909 GGAAGA-GAAG
1 GGAAGATGAAG
15919 GAAAACAAGA
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GGAAGATGAAGAAAG
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18652 GTTATTAATT
18662 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
18692 ATGTGCGCAC
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1.00 0.00 0.00
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2 28 1.00
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Consensus pattern (2 bp):
TA
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20137 TCAATCTAAA
20147 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
20180 ATTTACGACA
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1.00 0.00 0.00
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Consensus pattern (2 bp):
AT
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20326 AATGACGCAC
*
20336 AATGAGCGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
*
20349 AATGCGTGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
*
20362 AATGTGCGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
20375 AAT
1 AAT
20378 TTATGATGCA
Statistics
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13 25 1.00
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AATGCGCGTCATA
Found at i:21814 original size:21 final size:23
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Indices: 21781--21823 Score: 54
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21771 TAATGAAGGG
21781 GTACCGATGCA-CCT-TAATGGT
1 GTACCGATGCACCCTGTAATGGT
* *
21802 GTACTGATTCACCCTGTAATGG
1 GTACCGATGCACCCTGTAATGG
21824 ACAAACTTTT
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21 9 0.50
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GTACCGATGCACCCTGTAATGGT
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24595 GTTAACTTTA
* * **
24605 TAAAGAGTTTTTCGCTAAGAATGTGTGTC
1 TAAAGAATTTTTCGATAAGAATACGTGTC
24634 TAAAGAATTTTTCGATAAGAATACGTGTC
1 TAAAGAATTTTTCGATAAGAATACGTGTC
24663 TAA
1 TAA
24666 CGTTTTCGAC
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29 28 1.00
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TAAAGAATTTTTCGATAAGAATACGTGTC
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24738 ACATTTATTT
24748 ATATTTTTTAAAAA-AAA
1 ATATTTTTTAAAAATAAA
* *
24765 TTA-TTTTAAAAAATAAA
1 ATATTTTTTAAAAATAAA
24782 ATATTTTTTAAAAATA
1 ATATTTTTTAAAAATA
24798 TTTTTTAATG
Statistics
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16 9 0.33
17 7 0.26
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Consensus pattern (18 bp):
ATATTTTTTAAAAATAAA
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Indices: 24779--24805 Score: 54
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24769 TTTAAAAAAT
24779 AAAATATTTTTTA
1 AAAATATTTTTTA
24792 AAAATATTTTTTA
1 AAAATATTTTTTA
24805 A
1 A
24806 TGAAAAAAAT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
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Consensus pattern (13 bp):
AAAATATTTTTTA
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Indices: 25418--25542 Score: 153
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25408 TTGGGTAGGT
* *
25418 ACCTAAAAGTATAACGTCAAAAATGTTAGAC
1 ACCTAAAAGTGTAACATCAAAAATGTTAGAC
* *
25449 ACCTAAAAGTGTAACATC-GAAATGTTATAC
1 ACCTAAAAGTGTAACATCAAAAATGTTAGAC
* * * *
25479 CCCTAAAAGTGTAATATCGAAAATATTAGAC
1 ACCTAAAAGTGTAACATCAAAAATGTTAGAC
* *
25510 ACCTAAAAATGTAACATCAAAAATGTTAAAC
1 ACCTAAAAGTGTAACATCAAAAATGTTAGAC
25541 AC
1 AC
25543 TTATTTTTTA
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30 26 0.33
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ACCTAAAAGTGTAACATCAAAAATGTTAGAC
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25409 TGGGTAGGTA
* * * *
25419 CCTAAAAGTATAACGTCAAAAATGTTAGACACCTAAAAGTGTAACATC-GAAATGTTATACC
1 CCTAAAAGTATAACATCAAAAATATTAGACACCTAAAAATGTAACATCAAAAATGTTATACC
* * *
25480 CCTAAAAGTGTAATATCGAAAATATTAGACACCTAAAAATGTAACATCAAAAATGTTA
1 CCTAAAAGTATAACATCAAAAATATTAGACACCTAAAAATGTAACATCAAAAATGTTA
25538 AACACTTATT
Statistics
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0.86 0.12 0.02
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61 42 0.84
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CCTAAAAGTATAACATCAAAAATATTAGACACCTAAAAATGTAACATCAAAAATGTTATACC
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Indices: 29229--29325 Score: 194
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29219 AAACATTTGT
29229 AAATATTTTATAACCATACCTCAAACACAAAACAACTTAATAAGCAA
1 AAATATTTTATAACCATACCTCAAACACAAAACAACTTAATAAGCAA
29276 AAATATTTTATAACCATACCTCAAACACAAAACAACTTAATAAGCAA
1 AAATATTTTATAACCATACCTCAAACACAAAACAACTTAATAAGCAA
29323 AAA
1 AAA
29326 CACCAAGTAG
Statistics
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
47 50 1.00
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AAATATTTTATAACCATACCTCAAACACAAAACAACTTAATAAGCAA
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Indices: 29318--29359 Score: 77
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29308 CAACTTAATA
29318 AGCAAAAACACCAAGTAGCAT
1 AGCAAAAACACCAAGTAGCAT
29339 AGCAAAAACACCAAGTA-CAT
1 AGCAAAAACACCAAGTAGCAT
29359 A
1 A
29360 CACTACAGTG
Statistics
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0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.19
21 17 0.81
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AGCAAAAACACCAAGTAGCAT
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32636 GTAAAGTATC
*
32646 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTCTGAAAATATATTTATTATTATCTTTGGT
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTCTGAAAACATATTTATTATTATCTTTGGT
32711 TAATATTGGTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTG
66 TAATATTGGTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTG
32776 TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGAAAAACATGAAACACTATT-AAAAAAAAT
131 TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGAAAAACATGAAACACTATTAAAAAAAAAT
*
32840 TGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAAAATA
196 TGAAACATAAATTAAATAACTTTAAAAAAAAAATA
*
32875 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTGTGGAAAACATATTTATTATTATCTTTGG
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTCT-GAAAACATATTTATTATTATCTTTGG
* *
32940 TTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATC-AAATAATCAAATAATTTT
65 TTAATATTGGTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTT
* *
33004 TTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAAAA
130 GTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGAAAAACATGAAACACTATTAAAAAAAAA
**
33069 TTGAAACATAAATTAAATAACTTTAAAAAAAGTATA
195 TTGAAACATAAATTAAATAACTTTAAAAAAAAAATA
33105 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATAC
1 TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATAC
33131 GTATAAAAGT
Statistics
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229 108 0.44
230 137 0.56
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TATCATTTTTATAAAAGTGTCCATACTTATTTCACTCTGAAAACATATTTATTATTATCTTTGGT
TAATATTGGTAAATTTAAATTCTAAATAATATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATTTTG
TGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGAAAAACATGAAACACTATTAAAAAAAAAT
TGAAACATAAATTAAATAACTTTAAAAAAAAAATA
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Indices: 33179--33225 Score: 76
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33169 CGATATACCA
33179 GGTAAAAATATGATAAAACC
1 GGTAAAAA-ATGATAAAACC
33199 GGTAACAAAATGATAAAACC
1 GGTAA-AAAATGATAAAACC
33219 GGTAAAA
1 GGTAAAA
33226 CGTTACCGGA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 3
0.90 0.00 0.10
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19 2 0.08
20 21 0.81
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GGTAAAAAATGATAAAACC
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Indices: 34076--34131 Score: 94
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34066 AAATATGATG
34076 TAATAGGTAGCGTTTATATAATA
1 TAATAGGTAGCGTTTATATAATA
* *
34099 TAATAGGTATCGTTTATATAATG
1 TAATAGGTAGCGTTTATATAATA
34122 TAATAGGTAG
1 TAATAGGTAG
34132 TTGTAAAGTA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
23 30 1.00
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TAATAGGTAGCGTTTATATAATA
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Indices: 34548--34611 Score: 101
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34538 ATAGGTAAAA
*
34548 ATATGATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* *
34571 ATATAATGTAATAGGTATCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
34594 ATATAATGTAATAGGTAG
1 ATATAATGTAATAGGTAG
34612 TTGTAAAGTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 37 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.22, T:0.38
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ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:34989 original size:22 final size:22
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Indices: 34964--35008 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
34954 ATTACATAAC
*
34964 TTTAAAAAAAGTATCGATCCTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGATACTT
* *
34986 TTTATAAAAAGTATGGATACTT
1 TTTAAAAAAAGTATCGATACTT
35008 T
1 T
35009 CAATATAATA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
TTTAAAAAAAGTATCGATACTT
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Indices: 35026--35089 Score: 94
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
35016 ATAGGTAAAA
*
35026 ATATGATGTAATAGGTAGC-TCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGT-TT
*
35049 ATATAATGTAATAGGTATCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
35072 ATATAATGTAATAGGTAG
1 ATATAATGTAATAGGTAG
35090 TTGTAAAGTA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 36 0.97
24 1 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.20, T:0.39
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGTTT
Found at i:35539 original size:23 final size:23
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Indices: 35509--35572 Score: 110
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
35499 ATAGGTAAAA
35509 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
* *
35532 ATATAATGTAATAGGTATCGTTT
1 ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
35555 ATATAATGTAATAGGTAG
1 ATATAATGTAATAGGTAG
35573 TTGTAAAGTA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 38 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (23 bp):
ATATAATGTAATAGGTAGCGCTT
Found at i:35613 original size:483 final size:482
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Indices: 34011--37421 Score: 6372
Period size: 483 Copynumber: 7.1 Consensus size: 482
34001 CAATTGCTTC
* *
34011 AAAATGTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATG
1 AAAAAGTATCGATCCTTTTTATAAAAAGTATGGACACTTTCAATATAATAGGTAAAAATATGATG
* *
34076 TAATAGGTAGCGTTTATATAATATAATAGGTATCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTTGTAAAGT
66 TAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTATCGTTTATATAATGTAATAGGTAGTTGTAAAGT
34141 ATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATC
131 ATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCACTGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATC
34206 TTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTT
196 TTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATAGGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTT
34271 ACGATATATATTATTATTAAATT-AAAACAATAAAC--ATATATTACATATTTATTATTATCTTT
261 ACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTT
*
34333 GGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATATTATTTTATAAAATATCAAAACAATCAAATAATT
326 GGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATATTATTTTATAAAAGATCAAAACAATCAAATAATT
* *
34398 TTTTGTGAAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTAGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAA
391 TTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAA
*
34463 ATTAAAACATAAATTACATAACTTTAAA
456 ATTGAAACATAAATTACATAACTTT-AA
* *
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* *
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* *
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*
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*
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ACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACATATATATTACATATTTATTATTATCTTT
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TTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGTGGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAA
ATTGAAACATAAATTACATAACTTTAAAAAAAGTATCGATCATTTTTATAAAAAGTATGAACACT
TTCAATATAATAGGTAAAAATATGATGTAATAGGTAGCGCTTATATAATGTAATAGGTATCGTTT
ATATAATGTAATAGGTAGTTGTAAAGTATCTATCCTTTTTATAAAAGTGTCCATACTTTTTTCAC
TGTGGAAAACATTAATTTAAGGTTATCTTTTGAGTGAGTTTTAAGATATTAATTTAGTAATTATA
GGCGTCTAATGATTTATTTTTTACGTTACGATATATATTATTATTAAATTAAAAACAATAAACAT
ATATATTACATATTTATTATTATCTTTGGTTAATATTGTTAAATTTAAATTCTAAATATTATTTT
ATAAAAGATCAAAACAATCAAATAATTTTTTGTGTAAATGAAATTATTAAATTAATATTGTAGGT
GGAAAACATGAAACACTATTAAAAAAAATTGAAACATAAATTACATAACTTTAA
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*
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* *
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*
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*
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* *
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66 GTGTTATGGGCCCTTG
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*
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*
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46273 AAAAATAAAT
* *
46283 ATAAATAAT--AATTAATAAT-TTATTAATA
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* *
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1 ATA
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TA
Done.