genome.fa.s2322.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002322.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004732_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  168257

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 124 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
440--472	16	2.1	16	94	0	57	36	24	6	33	1.80
913--955	23	1.9	23	95	4	79	27	32	6	32	1.84
13026--13082	20	2.8	20	76	10	62	43	1	0	54	1.10
13045--13122	3	26.3	3	78	7	79	38	3	0	57	1.17
14463--14494	16	2.0	16	100	0	64	56	0	6	37	1.25
14462--14500	16	2.6	15	88	11	62	53	0	7	38	1.30
16385--16526	55	2.6	54	89	4	212	40	13	23	21	1.89
19167--19224	28	2.1	28	87	6	82	72	0	22	5	1.04
25399--25452	22	2.5	21	82	8	63	53	1	3	40	1.29
26104--26146	12	3.4	12	75	12	50	41	2	0	55	1.12
26726--26765	19	2.1	19	100	0	80	5	45	25	25	1.73
36462--36892	212	2.0	212	89	4	654	38	21	14	25	1.91
38183--38219	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
41108--41164	26	2.2	25	79	14	62	50	1	1	45	1.22
42901--42975	24	3.1	24	100	0	150	37	8	38	16	1.78
44185--44279	15	6.1	15	71	20	70	45	0	3	51	1.17
44273--44346	22	3.2	23	76	14	71	28	0	17	54	1.44
44329--44522	32	6.7	32	75	21	221	34	0	12	52	1.44
44362--44404	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
44330--44835	54	9.3	54	77	12	491	35	0	11	52	1.40
44416--44458	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
44447--44500	14	3.6	14	72	18	54	37	0	5	57	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44502--44566	22	3.0	22	88	0	103	35	1	10	52	1.46
44546--44652	32	3.7	32	74	23	135	34	0	14	51	1.42
44578--44620	22	2.0	22	95	0	77	34	0	16	48	1.46
44600--44915	80	3.9	80	85	8	456	34	0	12	52	1.39
44679--44818	32	4.7	31	78	18	154	36	0	11	52	1.38
44743--44818	18	4.9	14	69	21	53	36	0	7	55	1.29
44755--44814	18	3.6	18	73	17	65	33	0	10	56	1.32
44259--44598	162	2.1	166	79	12	310	34	0	12	52	1.42
44945--45003	31	1.9	31	89	0	91	40	10	8	40	1.69
50611--50656	21	2.1	21	88	4	65	36	0	30	32	1.58
51545--51638	48	2.0	48	89	0	143	31	25	20	22	1.98
53280--53318	4	9.8	4	100	0	78	25	0	25	48	1.51
62725--62781	12	5.0	12	77	12	66	22	43	1	31	1.64
62729--62803	33	2.3	33	88	4	107	22	40	4	33	1.73
70496--70566	3	23.7	3	100	0	142	32	0	0	67	0.91
73313--73592	146	1.9	146	87	2	411	26	15	7	50	1.71
76327--76357	16	1.9	16	100	0	62	45	6	0	48	1.28
76356--76395	19	2.1	19	90	0	62	35	22	5	37	1.76
76614--76659	20	2.3	20	88	7	67	43	21	15	19	1.87
76669--76693	13	1.9	13	100	0	50	36	24	8	32	1.84
76695--76914	57	3.9	56	76	9	232	26	14	22	37	1.92
76775--76854	20	4.2	20	78	15	98	26	13	23	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76776--76845	35	2.0	35	100	0	140	28	11	22	37	1.89
76887--76932	20	2.3	20	92	0	74	23	17	23	34	1.96
76718--76922	112	1.8	112	95	0	374	26	13	22	37	1.92
76811--77146	77	4.4	77	92	0	546	26	15	22	36	1.93
76963--77011	20	2.5	20	79	0	62	24	16	26	32	1.96
77044--77088	20	2.2	20	84	0	63	24	15	24	35	1.94
77061--77203	57	2.5	57	88	1	196	25	18	23	32	1.97
77217--77264	20	2.4	20	96	0	87	22	14	33	29	1.94
78769--78848	40	2.0	40	95	2	144	47	13	2	36	1.57
81679--81705	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
86001--86072	23	3.1	23	93	0	117	37	15	9	37	1.80
101826--101895	21	3.3	21	91	2	104	7	22	30	40	1.81
102604--102645	22	1.9	22	85	9	59	57	0	2	40	1.12
111053--111106	27	2.0	26	92	3	90	29	1	11	57	1.44
111733--111897	21	7.9	20	72	9	107	24	22	18	34	1.96
111887--111998	20	5.6	20	84	6	129	38	20	19	21	1.94
111887--111976	41	2.2	40	86	5	119	40	20	20	20	1.92
112546--112590	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
112586--112736	19	8.1	19	83	10	186	11	22	19	45	1.83
116282--116317	14	2.6	14	100	0	72	30	0	22	47	1.52
116424--116476	19	2.8	19	94	0	88	47	20	18	13	1.82
116485--116611	33	3.8	33	85	8	168	13	22	20	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116520--116611	19	5.4	19	66	24	69	14	20	19	45	1.85
116478--116610	66	2.0	66	91	0	212	15	21	20	42	1.88
117382--117435	24	2.2	24	86	0	72	40	18	16	24	1.90
118217--118271	20	2.7	21	82	5	67	40	14	21	23	1.90
118257--118348	41	2.3	40	81	5	105	40	19	16	23	1.91
118298--118347	20	2.5	20	76	0	64	40	22	16	22	1.91
118555--118642	20	4.4	20	74	5	88	39	21	20	18	1.92
118688--118736	19	2.6	19	93	0	80	16	18	14	51	1.77
120337--120406	21	3.3	21	68	18	56	18	15	40	25	1.90
120325--120417	42	2.2	42	90	3	143	20	13	41	23	1.88
120776--120908	20	7.5	18	71	21	93	43	22	20	13	1.86
120835--120924	14	5.8	14	74	21	81	47	23	17	11	1.79
120818--120940	33	3.8	33	93	2	203	46	24	17	11	1.81
120818--120940	65	1.9	66	91	5	205	46	24	17	11	1.81
120952--121016	14	4.4	14	73	19	60	12	12	23	52	1.72
120941--121032	33	2.8	33	84	0	130	13	14	21	51	1.76
121019--121070	20	2.6	20	90	0	77	13	21	25	40	1.89
121554--121598	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
122854--122902	19	2.6	19	93	0	80	26	28	22	22	1.99
122993--123044	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
123033--123127	20	4.7	20	74	7	75	34	25	16	23	1.95
123306--123349	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124258--124303	20	2.3	20	88	0	65	36	28	17	17	1.92
124567--124610	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
124769--124883	20	5.7	20	75	9	81	23	17	24	34	1.96
124810--124904	41	2.3	41	80	3	102	20	20	23	36	1.95
124954--124994	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
125001--125046	19	2.3	20	81	7	58	26	17	28	28	1.98
128441--128534	20	4.7	20	79	7	82	34	25	15	24	1.95
128722--128765	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
130425--130478	14	3.5	14	77	22	63	48	20	20	11	1.80
130510--130597	20	4.4	20	75	5	97	18	21	21	38	1.93
130718--130804	19	4.8	19	89	10	139	47	17	21	13	1.82
130689--130804	33	3.4	33	84	11	151	43	19	22	13	1.86
130823--130880	20	2.9	20	92	0	89	15	22	24	37	1.93
131940--131993	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
132168--132192	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
134481--134607	33	3.8	33	83	4	175	43	18	21	16	1.88
134482--134614	66	2.0	66	92	0	221	42	18	21	18	1.90
134607--134649	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
134772--134808	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
136160--136226	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
136160--136282	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
138296--138394	33	3.0	33	87	1	135	40	26	22	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138271--138455	19	10.1	19	75	16	167	44	22	21	11	1.85
138366--138455	39	2.3	38	94	1	153	46	22	20	11	1.81
138451--138531	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
139111--139203	20	4.5	21	75	4	91	18	24	17	39	1.91
139111--139203	41	2.3	41	98	0	177	18	24	17	39	1.91
141117--141141	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
141694--141805	59	1.9	59	81	7	138	35	14	13	36	1.85
143292--143380	44	2.0	44	91	0	142	40	17	25	15	1.90
143856--144056	99	2.0	99	90	1	314	29	17	14	37	1.90
148316--148424	55	2.0	55	96	0	200	35	17	19	27	1.94

Tables:   1   2