genome.fa.s2341.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002341.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00004779_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1266629

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6034--6084	13	3.9	13	79	7	59	33	1	13	50	1.53
6050--6101	26	2.0	27	81	11	63	36	0	11	51	1.38
6190--6219	14	2.1	14	100	0	60	26	6	33	33	1.83
6262--6300	20	2.0	20	90	5	62	43	0	0	56	0.99
8648--8680	16	2.1	16	94	0	57	72	0	3	24	0.98
8686--8733	22	2.1	24	84	7	64	64	0	0	35	0.94
10331--10363	6	5.7	6	85	7	50	78	0	3	18	0.87
11031--11084	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
11555--11609	26	2.2	25	83	3	65	30	7	10	50	1.64
12327--12383	21	2.6	21	80	5	69	29	10	12	47	1.74
21279--21312	18	1.9	17	88	5	50	23	23	8	44	1.81
29817--29857	14	3.0	14	85	7	57	58	0	2	39	1.11
32484--32517	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
42239--42302	2	32.0	2	96	0	119	50	1	0	48	1.10
51460--51515	24	2.3	24	96	0	103	23	25	19	32	1.98
56400--56429	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
57264--57290	13	2.1	13	100	0	54	62	0	14	22	1.31
58575--58636	28	2.4	25	84	10	72	59	17	11	11	1.60
58855--58888	14	2.4	14	90	0	50	58	17	8	14	1.61
70066--70196	5	26.2	5	100	0	262	59	0	0	40	0.97
73291--73367	37	2.1	38	87	2	111	24	19	2	53	1.58
79305--79335	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84817--85065	130	1.9	131	82	5	317	28	10	21	38	1.87
99249--100328	271	4.0	272	88	2	1485	33	20	15	31	1.93
100321--100360	21	1.9	21	89	0	62	25	22	22	30	1.99
100313--100625	96	3.3	96	89	0	466	23	20	15	40	1.91
100846--101117	66	4.1	66	92	0	436	23	23	13	40	1.89
116499--116543	22	2.0	22	91	0	72	46	13	13	26	1.80
121874--121907	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
121969--122001	14	2.5	13	95	5	57	66	3	0	30	1.06
122861--122915	24	2.3	24	93	0	92	25	23	5	45	1.74
123510--123547	2	19.0	2	89	10	60	47	2	0	50	1.15
123510--123554	10	4.2	11	88	8	58	48	2	0	48	1.13
124500--124555	27	2.1	27	100	0	112	53	21	10	14	1.70
134352--134400	20	2.3	21	86	6	64	14	8	10	67	1.42
134447--134773	167	2.0	167	91	1	530	20	15	20	43	1.88
154614--154653	22	1.9	21	85	10	55	72	5	2	20	1.15
162594--163192	251	2.4	248	89	6	881	27	11	19	41	1.85
163551--163597	18	2.7	18	90	3	69	27	27	8	36	1.86
163737--163779	19	2.3	19	95	0	77	18	16	6	58	1.60
170502--170531	15	1.9	16	93	6	53	60	6	0	33	1.23
182434--183478	30	35.6	30	72	7	707	20	8	40	30	1.82
182452--183299	60	14.6	60	81	5	845	19	8	41	30	1.81
183605--183694	25	3.6	25	100	0	180	35	13	0	51	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187223--187272	9	5.6	9	75	17	50	74	0	0	26	0.83
187223--187274	12	4.6	11	78	9	52	75	0	0	25	0.81
187226--187272	19	2.6	19	86	6	62	74	0	0	25	0.82
187243--187274	13	2.6	12	95	5	55	75	0	0	25	0.81
187591--187650	3	20.3	3	74	16	54	31	0	1	66	1.01
187603--187666	15	4.1	15	74	18	51	25	0	6	68	1.12
191366--191960	296	2.0	296	99	0	1181	23	15	19	41	1.90
199038--199232	108	1.8	107	89	1	309	43	9	10	37	1.71
199256--199285	13	2.3	13	94	0	51	56	0	3	40	1.16
200042--200070	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
200810--200834	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
201008--201728	76	9.5	76	98	0	1370	35	21	20	21	1.96
205012--205193	83	2.2	83	95	0	328	35	20	13	29	1.92
212707--212901	108	1.8	107	89	1	309	43	9	10	37	1.71
214482--214514	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
214512--214564	3	17.3	3	79	11	54	60	0	1	37	1.08
214480--214564	22	3.7	23	77	14	79	56	0	1	42	1.07
214502--214563	31	2.1	30	82	14	76	58	0	1	40	1.08
222525--222556	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
222556--222590	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
228049--228092	21	2.1	21	86	0	61	22	56	2	18	1.52
232726--232775	20	2.5	20	86	0	73	36	20	18	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233407--233470	29	2.2	30	88	5	103	34	15	9	40	1.80
234963--235078	10	10.2	10	71	18	52	58	18	12	11	1.62
234946--235022	24	3.2	24	74	1	75	55	19	12	11	1.67
234994--235054	13	4.8	13	75	15	65	60	21	9	8	1.54
234990--235064	37	2.0	37	89	0	114	58	21	12	8	1.59
235007--235063	23	2.4	24	85	2	80	59	21	10	8	1.57
235247--235289	14	3.1	14	79	0	50	58	20	11	9	1.61
235596--235707	55	2.0	55	96	3	208	37	19	22	20	1.94
242563--242588	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
244106--244166	31	2.0	31	96	0	113	31	19	19	29	1.97
249942--250037	31	3.1	31	80	3	113	34	21	17	26	1.96
250698--250862	64	2.6	64	83	7	201	26	19	19	35	1.95
252949--253010	20	3.0	20	67	4	61	9	12	16	61	1.56
252964--253030	20	3.3	21	66	6	57	8	17	16	56	1.65
252946--253029	41	2.0	41	97	0	159	9	16	14	59	1.60
254815--254851	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
260752--260800	19	2.5	19	86	3	71	32	26	14	26	1.94
260880--260918	20	2.0	20	100	0	78	41	10	20	28	1.85
260883--260926	20	2.2	20	91	0	70	38	15	22	22	1.92
260936--261037	20	5.1	20	81	7	125	28	26	20	24	1.99
260915--261029	20	5.7	19	75	11	77	29	26	20	22	1.99
260915--261037	61	2.0	61	90	0	192	29	26	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261858--261917	24	2.5	24	83	0	84	25	18	16	40	1.91
264390--264485	34	2.8	33	87	1	129	37	23	20	17	1.94
264362--264585	20	11.9	20	81	11	240	34	21	20	23	1.97
264735--264800	30	2.2	30	100	0	132	54	13	3	28	1.54
266192--266256	21	3.1	21	75	0	67	23	16	40	20	1.92
266195--266276	42	2.0	42	82	4	103	21	14	40	23	1.90
266764--266807	20	2.2	20	91	0	70	54	18	11	15	1.70
266797--266866	20	3.5	20	84	3	97	38	24	20	17	1.93
266806--266866	19	3.2	19	88	4	95	37	22	19	19	1.94
266813--266876	19	3.3	19	86	6	58	34	26	18	20	1.96
266869--266909	20	2.0	20	95	0	73	29	19	21	29	1.98
267036--267097	31	2.0	31	87	9	90	51	17	8	22	1.71
268915--269006	20	4.7	19	83	4	85	40	22	19	17	1.91
269341--269383	22	2.0	21	86	8	61	20	18	41	18	1.90
269546--269672	20	6.2	20	86	5	141	22	21	28	28	1.99
269578--269693	21	5.7	20	84	6	110	19	21	28	30	1.98
269682--269734	20	2.7	20	90	0	79	20	16	18	43	1.88
276144--276172	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
278139--278839	353	2.0	348	98	1	1339	38	12	14	33	1.84
285411--285465	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
285516--285565	17	3.1	17	68	26	54	20	6	22	52	1.68
286528--286554	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286748--286818	35	2.0	37	83	10	94	54	7	0	38	1.27
291705--292089	184	2.1	181	91	1	619	46	9	2	41	1.48
294130--294216	23	3.7	23	75	15	72	10	12	19	57	1.64
294167--294243	33	2.3	34	86	6	104	11	14	18	55	1.68
294115--294243	10	11.5	10	70	19	69	12	13	17	56	1.67
294247--294277	15	2.1	15	100	0	62	45	12	12	29	1.80
294267--294291	10	2.5	10	100	0	50	48	20	20	12	1.80
314089--314119	15	2.1	15	100	0	62	29	25	6	38	1.81
328535--328694	83	2.0	80	91	3	257	35	14	7	43	1.74
332533--332577	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96

Tables:   1   2   3   4   5