genome.fa.s240.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000240.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000414_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  177404

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3327--3377	17	2.9	17	79	5	57	68	5	7	17	1.34
3755--3884	23	5.7	23	78	7	115	51	22	0	25	1.53
3755--3884	46	2.9	45	79	7	138	51	22	0	25	1.53
3909--3950	15	3.1	14	90	10	61	59	0	0	40	0.97
3911--3943	5	6.6	5	86	13	50	57	0	0	42	0.98
3907--3961	20	2.8	20	78	10	60	63	0	0	36	0.95
5278--5312	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
9847--9895	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
13012--13114	45	2.3	46	89	5	165	31	10	18	39	1.85
13082--13156	39	1.9	39	86	0	105	32	10	17	40	1.84
13330--13530	58	3.5	58	88	2	280	34	6	15	42	1.74
14466--14532	24	2.8	25	68	23	63	25	22	0	52	1.47
14524--14569	18	2.6	18	96	0	83	28	28	2	41	1.68
16592--16619	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
17401--17551	38	4.0	39	83	6	188	31	6	13	47	1.69
17501--17574	31	2.3	33	88	6	107	32	8	6	52	1.57
17598--17674	36	2.1	37	83	7	95	35	2	16	45	1.62
17589--17672	36	2.3	36	78	9	91	34	2	16	46	1.60
19687--19837	54	2.7	56	79	8	146	21	32	14	31	1.93
34781--35385	128	4.7	128	79	3	563	26	16	29	27	1.96
34746--35418	256	2.6	257	80	4	704	26	16	29	27	1.97
35883--35940	24	2.5	22	76	15	62	46	1	13	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37885--37931	13	3.5	13	78	16	51	51	12	19	17	1.77
37885--37948	27	2.4	27	89	0	92	48	10	20	20	1.79
38682--38743	32	1.9	32	90	6	99	56	8	16	19	1.64
38683--38756	32	2.3	32	86	4	96	58	6	13	21	1.59
41693--41744	20	2.5	22	82	17	76	32	17	30	19	1.95
42245--42719	46	10.1	46	88	3	671	45	10	21	22	1.82
42245--42719	93	5.1	92	87	4	680	45	10	21	22	1.82
42270--42453	26	7.5	26	78	14	221	47	10	20	21	1.80
48310--48363	22	2.5	22	100	0	108	24	18	25	31	1.97
63278--63351	23	3.6	19	71	15	58	27	21	28	22	1.99
64095--64312	103	2.1	103	93	0	373	25	13	23	37	1.91
64319--64396	23	3.3	23	73	8	77	24	17	23	34	1.96
68727--68888	64	2.5	65	77	8	170	31	20	21	25	1.98
69672--69889	103	2.1	103	95	0	391	25	12	24	37	1.91
69906--69968	23	2.7	23	95	4	110	22	25	26	25	2.00
87507--87807	49	6.1	50	75	7	213	34	19	15	30	1.93
87527--87835	98	3.1	99	76	5	259	34	19	14	31	1.92
87613--87725	48	2.3	48	77	8	129	33	21	14	30	1.93
91672--92037	180	2.0	180	94	1	635	29	17	21	31	1.96
94644--94700	28	2.0	28	86	0	78	24	28	10	36	1.88
96438--96544	43	2.5	43	89	1	162	27	10	25	37	1.88
97741--98676	38	24.8	38	82	4	923	24	19	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98727--98813	45	1.9	45	81	9	106	24	17	17	41	1.90
99202--99282	3	27.0	3	97	0	144	30	0	2	66	1.05
102758--102834	18	4.5	18	79	12	90	22	3	27	46	1.69
105276--105387	60	1.9	59	86	1	161	30	17	15	36	1.91
110462--110525	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
113001--113393	56	7.2	55	80	6	325	32	8	15	42	1.78
112964--113351	54	7.1	55	80	6	317	32	9	15	42	1.80
113678--113758	41	2.0	41	87	2	117	25	20	20	32	1.98
113397--113897	242	2.1	239	86	5	681	31	16	16	35	1.91
113652--113758	42	2.6	40	81	12	119	25	21	23	29	1.99
114289--114959	139	4.8	139	88	1	979	35	18	21	25	1.95
114864--114927	17	3.3	19	67	20	51	40	12	23	23	1.88
124395--124724	162	2.0	166	96	3	616	36	26	7	29	1.84
124755--124804	26	2.0	25	96	4	91	20	24	14	42	1.88
126273--126306	6	5.5	6	93	6	59	29	0	14	55	1.40
132915--132971	22	2.6	22	83	5	62	35	12	19	33	1.89
132933--132979	22	2.1	22	100	0	94	31	19	19	29	1.96
134239--134287	21	2.5	21	87	9	68	28	24	18	28	1.98
139313--139917	39	15.5	39	86	5	789	21	21	12	44	1.85
139971--140453	45	10.7	45	86	0	606	31	21	21	26	1.98
141090--141148	22	2.7	23	92	5	95	38	13	11	35	1.82
146885--146956	8	10.0	7	77	19	69	52	12	20	13	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146885--146956	22	3.3	22	84	13	96	52	12	20	13	1.73
146885--146958	35	2.1	36	89	2	114	51	12	21	14	1.75
146885--146966	28	2.9	28	82	14	105	51	12	20	15	1.76
147555--147693	36	3.9	36	97	0	260	28	14	18	38	1.90
151773--151849	8	9.9	8	73	9	61	12	2	37	46	1.56
151803--151851	2	24.5	2	82	0	53	8	2	40	48	1.44
151799--151849	8	6.4	8	83	0	66	9	1	39	49	1.47
151801--151855	18	3.2	18	82	5	69	12	1	36	49	1.52
151877--152003	36	3.6	35	75	8	107	22	3	29	44	1.70
151891--151971	36	2.2	36	88	0	117	20	3	30	44	1.69
151953--151985	14	2.4	14	94	0	57	15	0	39	45	1.46
152029--152069	14	2.7	16	81	14	59	14	17	31	36	1.90
152015--152086	28	2.6	28	83	12	80	11	13	34	40	1.81
152044--152113	34	2.1	34	86	5	97	11	11	35	41	1.77
152066--152117	16	3.1	16	75	5	50	11	7	36	44	1.70
152198--152255	18	3.2	18	80	9	64	12	5	34	48	1.63
152409--152462	24	2.2	24	100	0	108	24	7	22	46	1.77
152566--152643	20	3.8	20	77	6	68	17	7	29	44	1.77
152565--152619	22	2.5	22	82	5	67	20	5	25	49	1.70
152789--152850	18	3.3	18	84	8	79	8	9	38	43	1.67
152801--152859	20	3.0	20	97	0	109	5	8	40	45	1.56
152797--152871	20	3.7	20	81	3	69	9	9	37	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153678--153724	17	2.8	17	83	0	58	27	12	25	34	1.92
158207--158235	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
159114--159143	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
160473--160512	20	2.0	20	90	0	62	37	2	2	57	1.26
161946--161984	14	2.7	15	88	8	62	48	28	0	23	1.51
162067--162182	7	16.6	7	73	3	81	48	29	0	21	1.56
162073--162189	28	4.2	28	75	7	103	47	28	0	23	1.57
162059--162147	21	4.2	21	78	2	90	48	28	0	23	1.51
162946--162999	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
164199--164317	17	6.3	17	85	11	112	26	17	26	29	1.98
164241--164402	11	14.5	11	67	15	91	24	24	24	25	2.00
164250--164291	12	3.6	12	80	6	59	28	23	21	26	1.99
164241--164300	23	2.6	23	100	0	120	30	20	25	25	1.99
164248--164355	35	3.0	33	74	19	99	26	24	23	25	2.00
164324--164391	13	5.5	13	68	25	58	19	29	26	25	1.98
164343--164403	24	2.5	24	100	0	122	21	29	22	26	1.99
164233--164403	48	3.5	47	82	7	191	23	24	24	26	2.00
165617--165740	20	6.2	20	75	9	99	39	14	19	26	1.90
165617--165740	40	3.1	40	75	6	124	39	14	19	26	1.90
167992--168035	21	2.1	21	83	8	54	38	11	6	43	1.67
168590--168628	20	1.9	21	89	5	62	30	7	15	46	1.74
167802--169399	199	8.0	198	82	5	1545	38	13	12	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167802--169399	399	4.0	397	79	5	1626	38	13	12	34	1.83
169609--170195	226	2.6	226	83	4	740	32	14	12	40	1.84
173659--173785	32	4.1	31	74	11	116	25	17	22	34	1.95
173661--173785	30	4.1	30	76	8	108	26	17	21	34	1.96
173747--173842	30	3.2	30	85	1	104	17	19	29	33	1.95
175798--175833	14	2.6	14	90	0	54	58	0	13	27	1.36

Tables:   1

The End!