genome.fa.s2465.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002465.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005042_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135577

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2860--2909	22	2.3	22	86	6	66	68	2	24	6	1.23
6702--6728	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
15825--15854	2	15.0	2	92	0	51	46	3	0	50	1.18
17914--18000	31	2.8	31	83	0	102	35	13	12	37	1.83
26430--26469	20	2.0	21	90	5	64	25	37	25	12	1.91
26431--26474	20	2.2	20	84	8	54	25	36	27	11	1.90
30114--30153	21	1.9	21	89	0	62	10	25	42	22	1.84
30113--30321	75	2.8	76	83	5	264	20	23	32	23	1.98
38732--38772	21	1.9	21	90	5	64	14	24	39	21	1.91
38732--38939	76	2.7	76	86	5	278	20	23	32	23	1.98
49313--49376	27	2.4	27	97	0	119	31	21	20	26	1.98
51492--51572	34	2.4	34	76	12	85	17	14	17	50	1.78
51515--51576	24	2.6	24	92	0	97	16	12	16	54	1.71
52654--52712	10	6.7	10	71	28	62	8	11	22	57	1.61
52660--52708	16	3.1	16	100	0	98	6	12	24	57	1.58
52654--52712	26	2.3	26	85	5	75	8	11	22	57	1.61
54628--54839	108	2.0	108	95	0	379	24	20	17	37	1.94
62730--62865	39	3.5	38	88	6	193	30	27	18	22	1.97
62768--62832	18	3.2	21	66	20	57	33	27	15	23	1.95
65779--65836	23	2.5	23	80	5	64	50	15	22	12	1.77
67214--67263	25	2.0	26	84	7	68	54	12	6	28	1.60
69435--69468	1	34.0	1	100	0	68	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69695--70087	55	7.2	56	85	4	382	26	27	14	30	1.95
69746--70062	108	2.9	108	92	0	490	27	28	14	29	1.95
69745--70087	163	2.1	163	86	2	474	26	28	14	30	1.95
69745--70087	55	6.3	55	86	2	451	26	28	14	30	1.95
70182--70748	51	10.8	51	76	8	451	22	23	19	34	1.97
70188--70737	209	2.6	204	80	7	530	23	23	19	33	1.97
70182--70736	158	3.5	153	80	7	522	22	23	19	33	1.97
71117--71383	36	7.4	36	86	2	322	20	19	23	36	1.95
78260--78309	25	2.0	26	84	7	68	54	12	6	28	1.60
82286--82338	26	2.0	26	85	0	70	35	11	15	37	1.83
86379--86449	16	4.4	16	89	0	97	18	26	15	39	1.90
86644--86670	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
86722--86768	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
86721--86770	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
86922--87024	48	2.1	50	78	5	111	33	6	9	49	1.62
87014--87050	15	2.4	15	95	4	65	40	2	5	51	1.39
87023--87076	20	2.7	20	82	8	65	40	5	5	48	1.50
88601--88667	19	3.6	18	84	10	73	16	1	32	49	1.55
88620--88663	18	2.4	18	85	11	54	13	2	36	47	1.56
88760--88805	2	24.0	2	91	8	78	50	0	0	50	1.00
89094--89430	2	172.0	2	65	20	117	44	4	2	47	1.39
89094--89172	31	2.6	32	84	7	94	49	5	1	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89092--89348	15	16.9	15	66	18	72	45	5	2	47	1.38
89186--89295	17	6.5	17	68	19	59	43	6	2	47	1.43
89092--89289	70	2.8	71	79	14	175	45	5	2	47	1.36
89099--89308	87	2.4	86	87	3	282	44	5	2	47	1.38
89264--89378	13	8.3	13	74	17	90	42	5	5	46	1.48
89158--89306	70	2.1	71	81	8	178	43	5	2	48	1.40
89099--89344	87	2.9	85	83	7	266	44	5	2	47	1.40
99538--99653	47	2.4	47	76	1	115	59	15	12	12	1.61
100053--100110	24	2.4	24	82	5	73	60	13	13	12	1.60
101587--101626	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
103444--103583	63	2.2	64	94	2	248	21	22	32	22	1.98
103540--103620	27	3.0	27	79	13	103	14	19	38	27	1.91
109389--109670	144	1.9	147	94	4	498	25	14	25	34	1.94
111044--111076	6	5.5	6	100	0	66	51	0	48	0	1.00
111656--111813	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
111781--112009	20	11.4	20	83	5	248	36	25	17	19	1.94
112701--112747	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
115230--115441	33	6.2	34	79	13	222	45	18	22	13	1.84
115244--115409	53	3.2	53	95	2	291	46	18	21	13	1.83
115230--115447	86	2.5	88	87	10	308	44	18	22	14	1.85
115369--115423	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
115437--115553	53	2.2	53	96	1	218	14	23	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115456--115553	19	5.4	19	82	13	134	15	21	17	45	1.84
115651--115696	14	3.4	14	87	3	67	43	21	0	34	1.53
117619--117734	19	6.6	19	75	19	108	45	22	19	12	1.83
117656--117712	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
117637--117729	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
117746--117772	14	1.9	14	100	0	54	7	14	29	48	1.71
117730--117824	33	2.9	33	89	6	147	7	15	27	49	1.71
117730--117858	19	7.3	19	77	17	134	8	15	27	48	1.74
117903--118184	92	3.1	93	97	1	541	45	19	12	22	1.83
119884--119947	20	3.2	20	77	4	83	46	15	23	14	1.82
119883--120004	14	6.8	20	71	20	83	47	18	22	11	1.80
119882--120004	33	3.5	33	86	10	156	47	18	22	11	1.81
120021--120077	14	3.7	14	72	20	51	12	24	19	43	1.85
120005--120085	33	2.5	33	91	0	126	11	22	19	46	1.81
120062--120137	21	3.7	21	82	3	100	13	25	15	46	1.82
120061--120138	41	1.9	41	94	0	138	14	25	15	44	1.84
120217--120287	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
120667--120859	20	9.6	20	83	5	228	19	18	26	35	1.95
120667--120859	60	3.2	60	83	3	253	19	18	26	35	1.95
120827--120924	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
120827--120925	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
132315--132355	22	1.9	21	90	5	64	24	0	34	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132733--132772	21	2.0	20	85	14	55	45	0	2	52	1.14
133260--133292	16	2.1	16	100	0	66	18	30	21	30	1.97
133782--133808	11	2.5	11	100	0	54	62	14	0	22	1.31
134243--134305	20	3.1	20	77	4	81	49	15	22	12	1.79
134290--134319	13	2.3	13	94	0	51	46	23	20	10	1.80
134284--134363	33	2.5	33	95	2	144	50	20	20	10	1.76
134242--134368	19	7.1	19	70	22	96	46	18	22	11	1.82
134380--134436	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
134364--134444	33	2.5	33	93	0	135	9	22	20	46	1.80
134421--134496	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
134420--134497	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
134576--134646	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
135020--135155	41	3.4	38	86	9	184	22	17	26	33	1.96
135018--135155	20	6.9	20	83	7	183	21	18	26	33	1.96
135171--135268	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
135171--135269	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94

Tables:   1

The End!