genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000025.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000043_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  157947

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7431--7500	26	2.7	26	97	0	131	28	21	22	27	1.99
7744--7785	21	2.0	21	90	0	66	35	21	26	16	1.94
7745--7800	21	2.7	21	83	8	62	39	19	23	17	1.92
12679--12717	12	3.3	12	89	3	53	69	0	2	28	1.02
12678--12711	16	2.2	16	84	5	52	70	0	2	26	1.01
12753--12817	26	2.5	26	82	7	78	43	10	3	43	1.55
12778--13085	37	8.0	38	81	15	341	43	8	3	44	1.52
12901--12930	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
12912--13124	76	2.8	76	83	9	197	43	8	3	43	1.53
20378--20425	19	2.5	19	93	0	78	20	6	29	43	1.76
26942--26981	14	2.9	14	96	0	71	27	30	7	35	1.84
47699--47736	19	2.0	19	89	0	58	57	0	34	7	1.28
49627--49660	17	2.1	17	88	5	52	35	14	14	35	1.87
49689--49728	21	1.9	21	85	10	55	32	17	20	30	1.95
50823--50948	64	2.0	64	96	0	234	31	19	19	29	1.96
53504--53578	37	2.0	37	97	0	141	25	18	14	41	1.89
54832--54883	19	2.9	17	83	13	61	23	5	1	69	1.20
55922--55988	21	3.2	21	86	0	98	17	23	16	41	1.89
55985--56037	20	2.7	20	96	0	97	37	22	20	18	1.94
56237--56297	22	2.8	22	87	0	86	27	37	13	21	1.90
56633--56722	20	4.6	20	84	1	92	15	17	22	44	1.86
56687--56730	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58612--58777	20	8.6	20	84	10	220	40	21	18	19	1.92
58615--58813	54	3.6	56	83	9	230	41	20	19	19	1.91
58666--58813	20	7.8	19	82	9	81	41	18	19	20	1.91
58826--58888	20	3.1	21	90	4	69	20	17	23	38	1.93
58820--58898	20	4.0	20	81	3	61	18	16	22	41	1.90
59374--59415	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
59397--59479	42	2.0	42	83	4	105	22	38	18	20	1.93
61001--61096	33	2.8	33	88	3	138	44	20	21	12	1.85
61112--61195	33	2.5	33	84	1	105	15	20	17	46	1.84
61112--61186	33	2.2	34	85	2	107	14	20	18	46	1.84
61178--61271	20	4.7	19	87	7	134	19	20	24	36	1.95
63686--63739	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
63686--63753	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
64581--64621	20	2.0	20	85	0	55	24	21	24	29	1.99
64611--64723	20	5.7	20	95	0	199	19	19	20	40	1.91
64720--64760	21	2.0	21	85	9	57	46	17	19	17	1.85
64813--64863	19	2.7	19	96	0	93	23	21	25	29	1.99
66812--66924	39	2.9	39	74	0	109	34	21	21	23	1.97
67798--67845	24	2.0	24	100	0	96	41	4	20	33	1.72
69561--69638	35	2.2	35	97	0	147	34	20	16	28	1.94
74657--74687	12	2.6	12	94	0	53	41	0	0	58	0.98
76395--76450	20	2.7	21	81	15	64	57	5	14	23	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76400--76449	19	2.6	19	82	17	59	58	4	14	24	1.53
76401--76460	20	3.0	20	79	16	61	55	6	11	26	1.60
76569--76979	189	2.2	190	83	4	515	46	9	4	39	1.56
89590--89615	12	2.2	12	100	0	52	84	0	7	7	0.77
89570--89678	9	12.1	9	88	7	132	74	0	15	10	1.07
90946--91017	37	1.9	37	81	10	85	40	18	19	22	1.92
91027--91641	54	11.5	52	90	7	941	31	18	26	24	1.98
91027--91649	107	5.8	107	94	2	1044	30	18	26	24	1.97
91641--91748	55	2.0	55	85	7	148	28	14	27	28	1.96
92549--92578	6	5.2	6	92	8	53	16	50	16	16	1.79
92922--92960	17	2.4	17	82	4	53	25	43	23	7	1.80
99314--99370	3	19.3	3	85	3	80	68	5	0	26	1.11
99557--99915	131	2.7	131	81	2	396	25	15	31	26	1.96
99917--100128	68	3.2	66	81	7	236	39	14	20	25	1.91
100252--100440	37	5.1	37	84	6	213	37	12	20	30	1.90
100301--100363	21	3.2	21	65	21	64	34	12	20	31	1.90
100252--100419	37	4.6	37	86	5	216	38	12	19	29	1.89
100290--100351	20	3.2	20	65	21	60	38	14	17	29	1.89
100235--100419	73	2.5	72	82	7	219	37	12	18	30	1.88
101592--101635	15	2.9	16	83	10	56	2	11	4	81	0.92
105753--105785	17	1.9	17	93	0	57	15	39	27	18	1.90
106518--106550	3	11.3	3	87	6	50	66	0	3	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106515--106550	17	2.1	17	94	0	63	66	0	2	30	1.06
108239--108284	22	2.1	22	83	0	56	63	2	8	26	1.35
109544--109662	52	2.3	52	100	0	238	30	21	14	34	1.93
110073--110241	79	2.2	77	86	6	229	34	14	19	31	1.92
110108--110242	37	3.5	36	66	15	83	34	16	18	31	1.93
110312--110414	42	2.5	42	88	1	145	31	21	24	23	1.99
110598--110681	42	2.0	42	92	0	141	32	21	22	23	1.98
110302--111107	275	3.0	274	94	3	1375	33	20	16	29	1.95
110873--110954	42	2.0	42	92	0	137	31	21	21	24	1.98
110890--110955	20	3.2	20	66	16	53	33	21	21	24	1.97
110626--111612	501	2.0	507	92	2	1657	34	20	15	30	1.93
112450--112517	34	2.0	34	97	0	127	41	13	20	25	1.88
117229--117291	20	3.2	20	100	0	126	25	20	9	44	1.82
118817--118864	19	2.4	20	79	6	53	66	4	4	25	1.27
119766--119816	16	3.3	16	75	10	52	70	0	5	23	1.09
127213--127256	21	2.1	21	82	0	52	22	13	20	43	1.87
130491--130652	64	2.5	63	84	5	193	31	17	11	38	1.86
132774--132809	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
132794--132983	87	2.2	87	95	0	335	47	8	12	31	1.71
132968--133029	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
133138--133191	16	3.5	15	80	9	56	77	1	7	12	1.05
133138--133191	15	3.6	14	76	14	54	77	1	7	12	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133253--133303	16	3.1	18	83	10	56	76	1	5	15	1.07
135026--135601	85	6.8	85	87	2	728	25	18	22	33	1.96
145469--145679	94	2.2	96	88	2	320	48	8	9	33	1.66
145644--145673	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
145712--145759	19	2.7	17	76	17	53	77	0	4	18	0.93
145715--145759	17	2.5	18	82	17	58	77	0	4	17	0.92
145712--145778	26	2.6	26	80	15	77	76	1	2	19	1.00
145712--145769	8	6.7	9	72	20	52	75	0	3	20	0.94
146903--146950	24	2.0	24	100	0	96	12	8	41	37	1.73
147914--147964	21	2.4	21	83	6	59	31	25	21	21	1.98
150070--150204	21	6.5	21	87	2	193	39	16	25	18	1.91
150070--150204	41	3.3	41	94	1	225	39	16	25	18	1.91
150070--150224	62	2.5	61	84	5	179	38	17	25	19	1.93
150193--150286	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
150190--150267	41	1.9	41	86	0	111	39	21	16	21	1.92
150842--150878	19	1.9	19	88	0	56	54	21	16	8	1.68
150878--151061	19	10.1	19	75	15	156	12	22	22	42	1.86
150878--150967	39	2.3	38	92	1	144	12	20	22	45	1.83
150903--150978	39	1.9	39	86	5	109	9	19	26	44	1.80
150950--151037	33	2.6	33	92	1	140	11	25	25	38	1.89
151005--151061	20	2.9	19	78	17	62	14	24	19	42	1.88
153063--153185	42	2.9	42	80	2	122	22	36	17	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153119--153185	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
154543--154578	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
154761--154886	33	3.9	32	82	10	166	16	23	18	42	1.89
154754--154885	65	2.0	66	92	1	221	18	22	18	40	1.91
157161--157185	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
157359--157410	24	2.3	23	86	6	70	40	21	15	23	1.91

Tables:   1

The End!