genome.fa.s2533.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002533.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005149_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91294

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
387--463	31	2.5	31	83	8	102	19	27	11	41	1.86
919--1026	54	2.0	55	80	5	121	14	24	11	50	1.75
2877--2945	30	2.2	31	94	5	122	40	10	28	20	1.85
8351--8379	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
9866--9907	3	13.7	3	95	5	75	64	0	0	35	0.94
10040--10753	76	9.4	76	96	0	1266	34	22	19	24	1.96
11428--11504	22	3.5	22	94	0	136	40	14	10	35	1.80
18152--18180	12	2.3	13	94	5	51	51	6	13	27	1.66
18161--18199	20	2.0	20	84	0	51	51	2	15	30	1.57
22167--22220	3	17.7	3	88	3	81	64	0	0	35	0.94
26896--26963	22	3.1	22	89	4	93	52	19	14	13	1.73
28033--28059	13	2.1	13	100	0	54	29	0	40	29	1.57
29249--29280	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
34354--34388	17	2.0	17	88	5	52	42	20	11	25	1.85
34905--34933	14	2.1	14	100	0	58	34	13	17	34	1.89
36066--36106	20	2.0	20	85	0	55	48	7	0	43	1.30
36267--36300	15	2.3	15	94	0	59	44	0	0	55	0.99
37359--37464	33	3.1	34	78	15	87	34	0	3	61	1.14
37391--37469	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
39186--39233	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
39237--39330	21	4.5	21	89	5	120	18	34	26	21	1.96
39542--39568	9	3.0	9	100	0	54	11	55	11	22	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40071--40100	14	2.1	14	93	0	51	60	10	0	30	1.30
40343--40748	126	3.2	126	96	0	740	32	18	25	23	1.97
43306--43343	13	3.0	13	88	3	60	44	0	0	55	0.99
44111--44155	23	2.0	23	100	0	90	57	13	2	26	1.48
44892--44924	14	2.4	14	94	0	57	45	6	6	42	1.53
44967--45057	45	2.0	45	100	0	182	34	15	15	35	1.89
45258--45331	23	3.1	23	75	14	71	44	1	2	51	1.24
45425--45490	28	2.5	26	78	7	71	46	3	0	50	1.16
46611--46701	2	47.5	2	68	27	56	51	2	3	42	1.30
46615--46701	27	3.3	27	76	22	85	51	2	3	42	1.31
46615--46705	13	6.8	13	76	19	57	51	2	4	41	1.34
46612--46702	19	4.7	18	76	17	69	51	2	3	42	1.30
48432--48472	17	2.6	16	84	7	57	26	4	2	65	1.25
52780--52822	18	2.4	19	81	14	56	79	6	13	0	0.93
53419--53462	22	2.0	22	91	8	72	38	22	11	27	1.88
54425--54685	36	7.4	36	77	10	254	26	18	13	40	1.88
54467--54650	101	1.8	100	89	3	289	27	17	14	40	1.88
54359--54748	137	2.8	136	83	2	469	28	18	12	39	1.88
54643--54817	65	2.6	65	84	4	224	33	21	9	36	1.85
55421--55870	105	4.3	105	90	3	687	32	26	18	22	1.97
57022--57064	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
57555--57588	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62298--62400	45	2.3	45	84	3	127	37	19	13	29	1.90
62989--63046	18	3.1	19	74	18	66	20	20	29	29	1.98
62989--63047	20	3.0	20	80	11	70	22	20	28	28	1.98
63297--63344	2	24.5	2	87	4	71	43	0	0	56	0.99
72341--72579	75	3.2	75	87	5	324	41	11	14	33	1.82
72613--72684	23	3.1	23	72	7	65	36	13	12	37	1.83
73584--73616	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
73652--73691	20	2.0	21	90	5	64	47	5	2	45	1.38
75152--75227	30	2.6	29	80	17	77	13	3	7	75	1.17
75178--75239	29	2.1	29	82	5	72	12	3	8	75	1.14
79042--79228	95	2.0	93	82	4	223	35	17	15	31	1.91
80833--80864	15	2.1	15	94	0	55	21	21	15	40	1.91
80848--81135	36	7.9	36	71	18	181	26	18	13	42	1.87
81043--81107	21	3.4	21	68	24	61	23	21	12	43	1.86
81041--81229	101	1.9	102	90	1	308	28	20	11	40	1.86
80935--81300	36	10.1	36	82	10	363	26	19	12	41	1.87
81353--81471	36	3.6	34	82	15	158	42	16	8	31	1.78
81464--81810	84	4.2	84	80	4	371	33	23	18	24	1.97
81468--81810	168	2.1	165	84	4	440	32	23	18	25	1.97
83706--83747	14	3.1	14	82	3	50	26	2	0	71	0.98
83934--83998	23	2.9	22	78	15	78	13	3	4	78	1.03
83867--83997	50	2.7	47	80	11	122	13	6	6	74	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83928--83998	22	3.1	21	75	18	63	14	2	4	78	1.01
83924--83989	14	5.2	12	74	20	55	12	1	6	80	0.96
83924--83995	23	2.8	26	72	22	62	13	2	5	77	1.05
86129--86181	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
86171--86222	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
86156--86363	41	5.1	41	71	8	136	32	20	19	28	1.97
86232--86304	21	3.5	21	79	3	76	23	21	17	36	1.94
86294--86405	20	5.6	20	81	4	127	38	20	19	21	1.94
86156--86385	61	3.8	61	70	10	164	33	20	19	27	1.96
86294--86387	41	2.3	41	87	1	127	40	19	20	20	1.92
86615--86667	27	1.9	27	84	3	70	39	32	7	20	1.81
86971--87083	19	6.1	19	75	15	103	12	22	20	45	1.84
86976--87083	34	2.9	38	76	16	118	12	21	20	46	1.82
90606--90640	14	2.6	14	95	4	63	31	0	25	42	1.55
90834--90963	19	7.7	18	68	23	95	13	23	20	42	1.88
90838--90963	33	3.9	32	87	10	193	14	23	19	42	1.88
90831--90962	65	2.0	66	97	1	248	15	23	19	40	1.90

Tables:   1

The End!