genome.fa.s2542.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002542.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005161_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  219698

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76--156	24	3.5	24	91	6	125	25	22	18	33	1.97
263--303	20	2.0	21	90	4	66	31	19	24	24	1.98
15934--16028	21	4.6	19	71	14	73	20	17	24	37	1.93
15934--16028	41	2.3	41	90	5	147	20	17	24	37	1.93
17141--17274	22	6.4	21	77	10	107	41	22	16	20	1.90
17152--17273	19	6.0	19	71	16	66	40	22	15	21	1.90
17432--17457	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
17401--17733	40	8.8	38	74	14	203	45	2	7	44	1.45
17446--17697	38	6.6	37	73	16	169	46	2	6	45	1.41
17432--17658	78	2.9	78	81	13	247	45	2	5	45	1.41
17401--17704	76	4.0	74	75	13	235	45	2	7	45	1.45
17403--17747	114	3.0	111	78	13	312	45	2	6	45	1.44
17777--17804	10	2.8	10	100	0	56	17	0	0	82	0.68
24282--25099	84	9.9	81	77	5	784	31	23	19	25	1.98
24282--25098	248	3.3	247	81	3	867	31	23	19	25	1.98
24284--25099	413	2.0	411	86	1	1134	31	23	19	25	1.98
24282--25183	165	5.5	162	82	3	798	31	22	19	25	1.98
25722--25825	24	4.6	22	67	22	56	46	4	8	40	1.56
25697--25884	101	1.9	100	81	14	235	46	4	7	41	1.53
25763--25825	24	2.6	23	82	9	65	46	3	7	42	1.49
25836--25918	34	2.5	32	82	9	94	49	3	3	43	1.37
25787--25990	38	5.4	37	76	12	175	47	4	5	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25789--26047	38	6.8	38	74	14	137	46	4	6	42	1.50
25829--26045	114	1.9	113	83	9	278	46	4	6	42	1.50
26101--26134	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
27413--27474	32	1.9	32	84	12	83	14	6	1	77	1.04
31191--31222	17	1.9	17	93	6	57	46	3	12	37	1.57
39100--39145	24	1.9	24	82	8	58	63	4	0	32	1.14
56654--56920	134	2.0	134	99	0	525	37	10	8	43	1.71
58654--58686	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
58755--58815	16	3.8	16	86	0	95	59	22	9	8	1.56
59683--59735	26	2.0	26	100	0	106	22	30	18	28	1.98
59924--59970	24	2.0	24	100	0	94	57	25	8	8	1.57
60867--60981	35	3.2	34	80	7	131	34	2	18	44	1.64
60860--60977	37	3.2	36	82	7	141	34	3	17	44	1.66
65491--65551	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
65483--65602	35	3.3	36	88	6	172	31	4	20	44	1.70
70141--70205	10	6.9	9	81	16	62	76	7	1	13	1.06
70141--70205	19	3.4	19	82	15	73	76	7	1	13	1.06
80514--80823	51	6.3	51	81	8	158	40	26	16	17	1.90
80607--80745	42	3.1	42	78	16	161	39	25	17	17	1.91
80555--80837	93	2.9	98	84	7	362	41	26	15	16	1.88
80649--80857	51	4.1	51	88	2	294	40	27	13	18	1.88
81599--81699	50	2.0	50	100	0	202	35	21	19	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81971--82233	90	2.9	90	75	16	233	43	4	7	43	1.54
82146--82177	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
82106--82211	53	2.1	50	82	12	126	46	3	7	42	1.50
82161--82298	38	3.6	38	83	8	158	44	3	7	44	1.51
82251--82275	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
82276--82329	19	2.6	20	85	14	74	50	0	1	48	1.11
82343--82444	37	2.7	38	80	9	109	45	2	1	50	1.28
82420--82509	16	5.2	17	75	18	53	33	2	2	62	1.20
82437--82510	3	24.3	3	76	13	71	31	1	2	64	1.15
82417--82517	13	7.8	13	75	12	93	31	2	1	63	1.21
82437--82532	13	7.8	12	74	15	63	29	2	2	66	1.14
82437--82531	20	4.9	20	77	12	83	29	2	2	66	1.15
83700--83740	17	2.4	17	80	19	50	17	9	0	73	1.09
85725--85769	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
89162--89833	84	8.2	82	78	9	694	30	24	20	24	1.99
89162--89833	164	4.1	164	87	6	796	30	24	20	24	1.99
89143--89833	248	2.8	243	84	5	831	30	24	21	24	1.99
89134--89904	248	3.1	249	81	5	714	30	23	20	24	1.98
90614--90649	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
90577--90683	57	1.9	55	83	11	137	45	3	7	42	1.50
90633--90764	38	3.5	38	84	8	155	42	3	8	45	1.52
90723--90747	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90763--90802	19	2.0	20	95	4	73	52	0	0	47	1.00
90893--90982	16	5.2	17	75	18	53	33	2	2	62	1.20
90910--90983	3	24.3	3	76	13	71	31	1	2	64	1.15
90890--90990	13	7.8	13	75	12	93	31	2	1	63	1.21
92569--92598	12	2.5	12	94	0	51	40	3	0	56	1.16
106047--106080	18	1.9	18	88	5	52	14	26	32	26	1.95
108109--108174	34	1.9	34	87	0	96	45	21	7	25	1.78
117806--117877	6	12.0	6	90	0	90	36	5	47	11	1.63
134424--134491	3	22.0	3	88	5	100	36	0	0	63	0.95
134513--134552	21	1.9	21	85	10	55	27	22	25	25	2.00
135965--136000	13	3.0	12	92	8	56	41	0	0	58	0.98
136982--137033	20	2.6	21	76	11	56	26	7	0	65	1.20
143384--143560	88	2.0	88	94	0	309	28	14	20	36	1.91
145666--145816	54	2.8	54	88	0	221	39	15	21	23	1.92
146708--147035	165	2.0	167	88	4	491	35	13	11	38	1.82
147290--147363	3	24.0	3	83	5	76	41	0	0	58	0.98
147385--147424	21	1.9	21	85	10	55	27	22	25	25	2.00
148835--148869	11	3.2	11	91	0	52	40	2	0	57	1.14
156338--156561	35	6.1	35	73	21	117	43	4	7	44	1.53
156442--156545	34	2.9	36	81	13	117	49	4	3	42	1.42
156613--156647	3	11.3	3	93	6	61	31	0	0	68	0.90
156615--156648	16	2.1	16	100	0	68	29	0	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158008--158040	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
158121--158168	25	2.0	24	83	4	60	25	12	4	58	1.52
159815--159859	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
163208--163810	84	7.3	85	77	5	511	30	25	20	24	1.99
163208--163811	165	3.6	166	78	6	539	30	25	20	24	1.99
163208--163819	249	2.5	249	87	1	854	30	25	20	23	1.99
164430--164461	8	3.8	9	88	12	50	46	0	6	46	1.27
164546--164770	35	6.1	35	72	22	110	44	4	7	44	1.53
164651--164754	34	2.9	36	81	13	117	49	4	3	42	1.42
164822--164853	3	10.3	3	93	6	55	31	0	0	68	0.90
164822--164854	13	2.6	13	95	4	59	30	0	0	69	0.88
166218--166244	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
166329--166376	25	2.0	24	83	4	60	25	12	4	58	1.52
167851--167882	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
168067--168149	2	41.5	2	100	0	166	49	0	0	50	1.00
184281--184364	42	2.0	42	95	0	150	34	20	27	17	1.95
185091--185140	25	2.0	25	92	0	82	34	28	12	26	1.92
191308--191383	22	3.4	22	78	5	82	23	15	15	44	1.85
192208--192319	8	13.4	8	70	21	54	50	0	0	48	1.06
192222--192299	10	7.8	10	71	15	54	50	0	0	50	1.00
192217--192318	27	3.6	28	72	22	88	50	0	0	49	1.00
204125--204149	6	4.2	6	100	0	50	48	16	36	0	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213803--213849	2	24.0	2	82	4	60	55	0	0	44	0.99

Tables:   1

The End!