genome.fa.s2552.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002552.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005179_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  180643

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2562--2601	12	3.3	12	82	10	55	20	5	5	70	1.26
3508--3555	23	2.1	23	92	0	78	37	20	14	27	1.92
3672--3715	19	2.2	20	84	4	54	61	15	6	15	1.54
6579--6635	22	2.6	23	88	5	82	22	0	35	42	1.54
7311--7368	18	3.3	18	69	26	52	39	8	0	51	1.33
7421--7959	8	71.5	8	69	24	106	34	9	2	53	1.46
7395--7487	47	2.0	44	82	10	107	39	6	2	51	1.40
7343--7501	22	7.2	22	72	18	73	40	4	1	53	1.29
7439--7997	7	77.6	7	71	20	204	34	10	2	53	1.47
7530--7555	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7397--7587	54	3.7	51	74	20	143	38	7	1	52	1.36
7563--7624	23	2.9	22	81	9	74	35	9	4	50	1.57
7668--7952	45	6.1	45	77	15	226	34	9	2	54	1.46
7637--7877	29	8.4	29	71	19	157	32	11	1	53	1.47
7739--7980	103	2.5	93	85	9	265	33	9	2	54	1.47
7816--7975	22	7.2	22	77	13	125	33	8	3	55	1.45
7631--7951	148	2.2	148	84	6	413	33	10	1	54	1.46
7870--7994	66	1.9	66	82	9	157	33	8	3	54	1.47
10949--10982	17	2.0	17	88	11	52	29	20	0	50	1.49
12141--12171	11	2.7	11	95	5	53	48	6	35	9	1.62
19152--19259	43	2.5	43	87	0	153	19	21	23	36	1.95
19156--19280	43	2.9	43	84	3	135	20	22	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29441--29471	16	1.9	16	93	0	53	38	0	3	58	1.15
31027--31083	29	2.0	28	89	3	87	33	21	26	19	1.97
33119--33143	5	5.0	5	100	0	50	20	0	80	0	0.72
33407--33447	14	2.9	14	96	3	73	21	0	12	65	1.25
40671--40709	19	2.1	19	90	0	60	43	7	20	28	1.79
41432--41476	24	1.9	23	82	13	56	37	2	11	48	1.51
41877--41914	16	2.3	16	86	13	51	10	34	0	55	1.34
45823--45861	13	3.1	13	85	3	53	35	0	10	53	1.35
45823--45861	6	6.3	6	88	5	51	35	0	10	53	1.35
47229--47305	21	3.6	22	72	8	79	27	11	27	33	1.91
47229--47325	42	2.3	42	94	0	167	25	15	25	32	1.95
49071--49106	16	2.1	17	90	10	56	47	0	5	47	1.25
49312--49577	133	2.0	133	96	0	496	39	17	11	32	1.85
56928--56986	18	3.1	19	87	9	84	28	30	20	20	1.97
60828--60869	18	2.3	18	100	0	84	33	38	7	21	1.81
67015--67065	22	2.5	20	84	12	68	29	19	17	33	1.95
69265--69289	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
70183--70231	25	2.0	25	95	0	89	59	16	12	12	1.62
77794--77881	36	2.4	36	84	3	106	29	12	5	52	1.62
77816--77902	36	2.4	36	81	5	97	31	12	8	48	1.70
86155--86192	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
86155--86205	20	2.8	18	88	11	61	39	9	27	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89505--89673	81	2.1	81	89	0	257	33	21	10	34	1.88
91972--92299	81	4.1	81	84	2	419	32	21	10	36	1.87
91972--92299	162	2.0	159	87	1	467	32	21	10	36	1.87
92716--92768	22	2.6	19	82	8	61	30	18	16	33	1.94
97274--97397	46	2.7	45	80	9	135	30	7	17	44	1.76
97616--97684	13	5.3	13	91	0	111	26	23	17	33	1.96
103837--103908	20	3.6	20	75	7	65	33	12	18	36	1.88
104413--104453	19	2.2	19	100	0	82	48	9	4	36	1.58
105737--105844	23	4.7	23	79	4	85	36	23	22	18	1.95
105787--105857	23	3.1	23	91	0	106	38	25	21	15	1.92
106572--106643	20	3.6	20	92	0	126	25	23	12	38	1.90
107212--107246	18	1.9	18	88	11	54	45	20	5	28	1.73
107358--107396	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
111378--111407	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
114000--114050	24	2.1	24	85	7	68	15	11	17	54	1.70
121756--121973	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
121980--122057	23	3.3	23	80	1	93	24	17	23	34	1.96
127891--127921	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
128278--128316	16	2.4	16	95	0	69	15	7	23	53	1.67
128746--128797	24	2.2	25	79	10	63	40	1	0	57	1.10
129515--129621	53	2.0	53	90	0	169	37	26	14	21	1.92
133005--133102	33	3.0	32	92	5	160	57	1	2	39	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133013--133122	7	16.4	7	73	14	81	59	0	1	38	1.15
133015--133120	13	7.9	14	71	17	75	60	0	1	36	1.14
133013--133122	20	5.2	20	72	19	80	59	0	1	38	1.15
133150--133323	38	4.6	38	81	9	196	45	6	2	44	1.43
133161--133287	14	10.2	13	68	23	78	44	6	3	46	1.44
133209--133277	17	4.0	17	71	3	57	44	2	2	49	1.32
136392--136478	38	2.3	38	85	0	111	40	26	10	22	1.86
136649--136738	45	2.0	45	80	4	101	37	26	10	25	1.87
139235--139464	40	6.1	40	80	11	259	23	15	25	34	1.95
139235--139464	69	3.0	80	76	11	232	23	15	25	34	1.95
146839--147041	40	5.1	40	90	0	325	24	18	24	33	1.97
149626--149659	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
151617--152122	278	1.8	278	85	1	710	25	16	27	30	1.97
151617--152126	139	3.7	138	82	3	565	25	16	27	30	1.97
152247--152487	66	3.6	67	84	3	272	37	13	17	31	1.88
152247--152487	133	1.8	132	80	5	288	37	13	17	31	1.88
152608--152676	36	1.9	36	93	0	120	43	10	21	24	1.83
155372--155437	14	4.8	14	77	17	59	3	19	4	72	1.15
160477--160525	24	2.1	23	85	11	64	6	26	2	65	1.27
161249--161294	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
162265--162374	20	5.5	20	83	4	105	29	24	21	24	1.99
162261--162374	40	2.8	40	78	5	122	28	24	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162543--162600	22	2.6	22	77	0	71	22	39	17	20	1.92
164785--164852	20	3.4	20	91	0	109	36	26	19	17	1.94
164901--164948	20	2.4	20	85	0	60	25	16	22	35	1.95
164920--164990	20	3.5	20	96	0	124	19	16	21	42	1.89
165496--165587	42	2.2	42	82	3	105	25	35	17	21	1.95
166961--167050	30	3.2	30	81	18	138	31	3	13	52	1.56
166966--167048	24	3.1	26	84	15	107	32	3	12	51	1.56
166966--167105	54	2.6	53	83	10	169	30	3	14	51	1.59
167199--167516	20	16.9	20	76	12	255	22	19	21	36	1.95
167156--167340	73	2.5	72	85	4	237	23	19	20	36	1.95
167224--167488	54	4.8	54	80	7	300	21	20	21	37	1.95
167689--167723	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
169747--169783	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
169973--170026	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
170843--170976	20	6.7	20	83	6	128	26	20	21	31	1.98
170881--170976	40	2.4	40	98	0	183	25	21	18	34	1.96
170977--171035	21	2.8	21	94	0	100	42	18	22	16	1.89
172398--172534	37	3.8	37	82	7	149	41	13	13	31	1.83
172936--172960	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
173069--173103	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
173125--173182	28	2.1	27	81	12	64	22	6	8	62	1.48
176270--176346	16	5.0	15	78	15	70	75	9	15	0	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176270--176307	8	4.9	8	81	18	53	76	10	13	0	1.02
176265--176337	15	4.7	15	73	20	53	76	9	13	0	1.01
176265--176307	15	2.8	16	89	6	63	76	9	13	0	1.01
176265--176353	16	5.6	17	71	18	50	75	8	15	0	1.04
176271--176367	7	12.7	7	72	20	70	76	8	14	1	1.07
176997--177045	22	2.2	22	92	0	80	32	24	14	28	1.94
177975--178040	15	4.1	15	70	14	51	25	22	12	39	1.89
177968--178244	36	8.0	36	76	11	274	25	20	14	40	1.90
177966--178207	100	2.4	100	82	8	276	25	19	14	40	1.90
177994--178306	136	2.3	133	82	7	380	27	20	12	38	1.89

Tables:   1   2