genome.fa.s2583.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002583.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005229_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  130718

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11936--11974	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
13121--13344	36	6.2	36	72	21	175	17	7	4	70	1.27
13144--13177	14	2.2	16	90	10	54	11	11	2	73	1.20
13228--13281	29	1.9	29	85	7	76	16	5	3	74	1.16
13123--13274	68	2.3	69	82	14	185	18	7	3	70	1.26
13240--13304	20	3.3	19	74	20	62	13	7	3	75	1.14
13238--13287	11	4.5	11	77	5	55	14	4	2	80	0.95
13236--13288	23	2.3	23	81	9	63	15	3	1	79	0.96
13891--13928	20	1.9	20	94	0	67	26	28	21	23	1.99
13947--14070	64	1.9	65	93	4	216	29	21	17	30	1.96
14303--14337	11	3.1	11	87	4	52	62	8	20	8	1.49
17832--17856	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
21055--21114	27	2.2	27	78	0	66	13	38	20	28	1.90
21064--21118	27	2.0	27	85	0	74	12	41	16	29	1.85
22089--22146	20	2.9	20	100	0	116	25	25	20	27	1.99
23882--23983	20	5.1	20	88	8	145	17	28	38	15	1.91
23882--23983	42	2.5	40	86	9	145	17	28	38	15	1.91
26294--26364	34	2.1	33	89	2	106	21	30	15	32	1.94
26713--26812	20	4.8	20	83	10	114	16	27	36	21	1.94
26752--26823	22	3.4	22	94	3	121	18	25	40	16	1.91
26752--26835	22	3.9	22	90	3	118	17	27	36	17	1.93
29137--29380	95	2.7	94	84	9	287	30	18	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30626--30731	36	2.9	36	81	5	99	26	17	14	41	1.88
30744--31041	73	4.2	72	79	8	288	24	19	15	40	1.90
30744--30905	36	4.5	36	88	1	243	25	20	14	38	1.91
30649--31041	174	2.3	174	96	0	714	25	19	14	40	1.89
30782--31108	138	2.4	139	83	6	428	25	19	14	40	1.90
30817--31007	101	1.9	101	88	1	292	26	19	14	39	1.90
30920--31041	36	3.4	36	85	3	165	22	19	15	41	1.89
31094--31245	35	4.5	35	85	11	212	39	19	9	30	1.84
32901--33064	5	33.4	5	65	19	53	17	6	1	73	1.13
32943--32982	18	2.3	17	87	12	55	15	2	0	82	0.77
32897--33064	10	17.3	9	68	25	62	17	6	1	73	1.13
32969--33140	40	4.2	41	76	15	135	20	5	4	69	1.27
32939--33030	25	3.7	24	71	15	71	20	4	1	73	1.06
32986--33132	40	3.6	41	80	14	146	19	6	4	70	1.26
34327--34449	50	2.5	50	85	6	178	15	35	28	20	1.93
34645--34685	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
34747--34968	111	2.0	111	93	1	383	37	8	9	45	1.65
37120--37187	31	2.2	30	97	2	127	29	10	7	52	1.62
37120--37196	31	2.5	31	89	4	95	28	9	7	54	1.59
44313--44361	25	2.0	25	84	8	64	61	2	8	28	1.36
45423--45449	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
46887--46954	36	2.0	34	85	8	93	33	1	1	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46948--47021	10	7.0	10	75	18	62	16	4	1	78	0.97
46950--47063	23	5.0	23	71	15	76	14	7	1	75	1.11
46937--47017	35	2.2	36	80	10	94	19	3	1	75	1.02
46954--47064	45	2.4	45	80	15	111	16	8	1	73	1.15
49499--49562	27	2.4	27	100	0	128	43	23	3	29	1.69
50184--50234	14	3.7	14	92	7	79	74	0	19	5	1.02
50182--50258	14	6.0	12	85	10	75	75	2	16	5	1.10
52064--52104	12	3.4	12	93	0	64	2	39	29	29	1.70
53533--53571	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
53743--53803	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
59551--59686	70	2.0	69	91	1	218	40	22	11	25	1.88
61150--61320	37	4.9	36	67	17	108	32	17	12	36	1.88
61144--61383	102	2.4	102	87	0	354	32	18	12	36	1.88
61161--61600	167	2.7	159	78	7	433	31	19	11	38	1.87
61329--61499	36	4.9	36	71	13	115	28	18	12	41	1.86
61401--61499	37	2.7	36	82	3	126	28	20	12	39	1.88
61467--61520	21	2.6	21	90	0	81	27	22	11	38	1.88
61497--61657	65	2.4	66	86	5	209	31	21	9	37	1.85
61497--61667	67	2.6	66	86	5	213	32	21	9	36	1.85
62377--62643	110	2.5	106	81	7	331	33	23	19	23	1.97
63881--63920	21	2.0	21	85	5	55	27	2	5	65	1.27
63954--64039	2	44.5	2	82	11	63	37	1	1	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63989--64013	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
64050--64099	10	4.8	10	81	18	50	18	4	0	78	0.91
64119--64187	31	2.2	31	81	2	75	17	8	1	72	1.17
64134--64196	31	2.0	32	84	6	83	20	7	1	69	1.22
65604--65651	21	2.3	22	89	10	82	37	0	0	62	0.95
65607--65662	21	2.7	21	86	8	71	39	0	0	60	0.97
68587--68622	13	2.8	12	91	8	54	25	13	25	36	1.93
72261--72303	21	1.9	24	86	13	65	44	9	9	37	1.69
77512--77538	4	6.8	4	100	0	54	74	0	0	25	0.83
77549--77575	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
83972--84021	21	2.4	22	80	10	59	32	20	26	22	1.98
84122--84184	31	2.0	32	81	9	76	49	1	3	46	1.27
84236--84266	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
88718--89032	105	3.0	105	93	0	549	22	25	25	27	2.00
89423--89505	9	9.1	9	69	20	57	0	32	3	63	1.11
91863--91896	9	3.8	9	88	11	52	76	0	2	20	0.92
91862--91896	13	2.6	13	90	4	52	77	0	2	20	0.90
92235--92269	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
92456--92494	15	2.7	15	84	4	53	69	2	5	23	1.21
92358--92494	64	2.2	63	82	10	163	64	2	3	29	1.23
93493--94360	105	8.3	105	91	4	1267	22	18	26	33	1.97
93493--94360	205	4.2	206	91	3	1276	22	18	26	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93493--94360	310	2.8	308	89	5	1278	22	18	26	33	1.97
94964--95121	68	2.4	65	84	4	199	35	10	22	32	1.87
94951--95147	65	2.9	67	80	5	202	37	10	21	30	1.86
95097--95377	36	8.0	35	77	12	254	40	14	19	25	1.89
95045--95351	138	2.2	137	84	1	400	39	13	19	27	1.89
95239--95411	36	4.8	36	88	2	170	40	15	20	23	1.91
95858--95893	18	2.0	18	88	0	54	41	30	8	19	1.81
96308--96355	22	2.2	22	96	0	87	25	12	25	37	1.91
96968--97027	20	2.9	21	80	7	61	1	13	6	78	1.02
96984--97036	23	2.4	22	84	6	72	0	15	5	79	0.91
100557--100689	29	4.6	28	68	19	76	62	3	3	30	1.28
100636--100677	16	2.5	17	81	14	52	69	2	4	23	1.20
101984--102026	16	2.7	16	92	0	77	58	20	11	9	1.61
102754--102822	24	2.9	24	87	6	88	59	17	10	13	1.60
104168--104214	24	2.0	24	86	0	67	31	19	23	25	1.98
104389--104455	15	4.5	15	76	0	71	40	20	7	31	1.80
105447--105493	19	2.5	19	83	10	60	59	27	4	8	1.45
123842--123892	19	2.7	19	87	0	75	17	21	35	25	1.95
124529--124565	16	2.2	17	90	4	58	35	21	5	37	1.77
125042--125080	20	2.0	20	100	0	78	41	10	23	25	1.86
125092--125129	20	1.9	20	88	0	58	42	15	5	36	1.70

Tables:   1

The End!