Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01002637.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3156206
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.17, T:0.33
File 5 of 14
Found at i:794721 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 794683--794745 Score: 126
Period size: 31 Copynumber: 2.0 Consensus size: 31
794673 ATGAGACAAT
794683 TTTATCTTTCATAGTGTTCAAAGGGATCAAG
1 TTTATCTTTCATAGTGTTCAAAGGGATCAAG
794714 TTTATCTTTCATAGTGTTCAAAGGGATCAAG
1 TTTATCTTTCATAGTGTTCAAAGGGATCAAG
794745 T
1 T
794746 GGACTAACTC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 32 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.13, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (31 bp):
TTTATCTTTCATAGTGTTCAAAGGGATCAAG
Found at i:795246 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 795231--795616 Score: 628
Period size: 4 Copynumber: 96.2 Consensus size: 4
795221 CCCATCTGTG
* * *
795231 TGTA TATA TGTA TGTA TATA TGTA TGTA TGTA TATA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
795279 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
* * * * ** ** * * *
795327 TATA TATC TGTG TGTA ACTA TACAA TGTA TATA TCTG TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA T-GTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
*
795376 TGTA TATA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
795424 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
795472 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
795520 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
795568 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
1 TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA TGTA
795616 T
1 T
795617 ATATCTGTGT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 24, Indels: 2
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
4 354 0.99
5 3 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.23, T:0.49
Consensus pattern (4 bp):
TGTA
Found at i:795938 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 795924--796685 Score: 966
Period size: 12 Copynumber: 63.9 Consensus size: 12
795914 ATTAACATGT
*
795924 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
795936 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
795948 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
795960 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
795972 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
795984 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
795996 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796008 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796020 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796032 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796044 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796056 --GTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796066 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796078 --GCGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796088 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796100 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796112 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796124 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796136 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796148 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796160 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796172 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796184 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796196 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796208 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796220 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796232 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796244 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796256 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796268 GTGTGCGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796280 GTGTGCGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
796292 GTGCGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796304 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796316 GTGTGTGTGCGT
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796328 GTGTGTGCGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
796340 GTGTGCGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796352 GTGTGTGTGCGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796364 GTGTGTGTGCGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796376 GTGTGTGTGCGC
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796388 GTGTGTGCGCGC
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796400 GTGTGTGTGCGT
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796412 GTGCGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
796424 GCGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796436 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796448 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796460 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796472 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796484 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796496 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796508 --GTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796518 -T-TGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
* *
796528 GCGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
796540 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796552 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
*
796564 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
796576 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
796588 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
796600 GTGTGTGTTTGTGTAC
1 GTGTGTG--TGTG--C
796616 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796628 GTGTGTGTGTG-
1 GTGTGTGTGTGC
*
796639 GTGTGTGTGTGT
1 GTGTGTGTGTGC
*
796651 GTGTGTGTGTAC
1 GTGTGTGTGTGC
796663 GTGTGTGTGTGC
1 GTGTGTGTGTGC
796675 GTGTGTGTGTG
1 GTGTGTGTGTG
796686 TATGTGCATG
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 38, Indels: 24
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
10 38 0.05
11 11 0.02
12 636 0.91
14 8 0.01
16 7 0.01
ACGTcount: A:0.00, C:0.10, G:0.50, T:0.40
Consensus pattern (12 bp):
GTGTGTGTGTGC
Found at i:796750 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 796693--804909 Score: 13108
Period size: 4 Copynumber: 2060.8 Consensus size: 4
796683 GTGTATGTGC
* * * * * *
796693 ATGT ATGG ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
796741 ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
796789 ATGT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
796837 ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
796885 ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT GTGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
796933 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
796981 ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGCAT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG--T ATGT ATGT
* * * * * *
797031 ATGC ATGT ATGC ATGC ATGC ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
797079 ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
797127 ATGC ATGG ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
797175 ATGA ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797223 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797271 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
797319 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGG
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
797367 ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * *
797415 ATGC ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGC ATGT AATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -ATGT ATGT
* * * * * *
797464 ATGT ATGC ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
797512 ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
797560 ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
797608 ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
797656 ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797704 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797752 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797800 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797848 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
797896 ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797944 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
797992 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
798038 ATGT ATGT TTGT ATGT ATGT ATGT AT-T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798085 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798133 ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798179 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798227 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798275 ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGTT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG-T
798322 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798370 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798418 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798466 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
798514 GTGT GTGT GTGT ATG- -TGT ATGT GTGT GTGT GTGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
798560 ATGT GTGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
798606 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
798654 ATGC ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
798700 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
798748 ATGC ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
798796 GTGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
798844 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC ATGA ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * * *
798892 ATGC ATGC ATGT ATGC ATGC ATGC ATGC ATGC ATGT ATGC ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
798940 ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
798988 ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
799036 ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799084 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799132 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799180 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799228 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799276 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799324 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
799372 ATGT CTGT CTGT GTGT GTGT ATGT GTGT ATG- -TGT GTGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799418 ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
799464 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799512 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
799557 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATCTGT ATGC ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--TGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
799607 ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT GTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
799655 ATGC ATAT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
799703 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * *
799751 ATGA ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGC ATGC ATGC ATGT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
799799 ATGC ATGT ATGC ATGC ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
799847 ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGG ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
799895 ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGA
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799943 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
799991 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800039 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800087 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
800135 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGG ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
800181 ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGT ATCTGT ATGC ATGT ATGC ATCT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--TGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
800231 ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* **
800279 ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATAC ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
800327 ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800375 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800423 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800471 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800519 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800567 ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800614 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800662 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800710 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG- -TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800756 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-TGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800805 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800853 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800901 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
800949 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
800997 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGG ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
801045 ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
801093 ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
** * *
801141 ATGT ATGT ATGT ATAC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
801189 ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801237 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801285 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801333 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
801381 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
801429 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801477 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801525 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801572 -TGT ATGT ATGT ATGT ATGGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT AT-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801620 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801668 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801716 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
801764 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGG ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
801812 ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATCT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
801860 ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATG- -TGT ATGT ATGT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
801906 ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
801954 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802002 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -TGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802049 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802097 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802145 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802193 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802241 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802289 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802337 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
802385 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC ATGC ATG- ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * *
802432 ATGT ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
802480 ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT GTGT GATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -ATGT
802529 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802577 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802625 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802673 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
802721 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGG ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
802769 ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATCT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
802817 ATGT ATGC ATGT ATGC ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* **
802865 ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATAC ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
802913 ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
802961 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803009 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803057 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
803105 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AT-T GATGC ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT -ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
803153 ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
803201 ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT CTGT GTGT GTGT GTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
803249 ATGT GTGT ATGT GTGT GTGT GTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803297 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
803345 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803393 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
803441 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
803489 ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGC ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
*
803537 ATGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * *
803585 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT AAGG ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
803633 ATGC ATGT ATGT ATCT ATGT ATGC ATGT ATGC ATCT ATGT ATGC ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * *
803681 ATGC ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGC
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* *
803729 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803777 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803825 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803873 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803921 ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
803967 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
804015 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGC ATGC ATGT ATGT ATGC ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804063 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804111 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A-GT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804158 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT A--T ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804204 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804252 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804300 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804348 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804396 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804444 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804492 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
804540 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT GTGC ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT CTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * * * * * * * *
804588 CTGT GTGT GTGT GTGT ATGT GTGT ATGT GTGT GTGT GTGT ATGT GTGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
* * *
804636 ATGT GTGT GTGT GTGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804684 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804732 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804780 ATGT ATG- ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804827 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT
804875 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG
1 ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATGT ATG
804910 AAAACATACT
Statistics
Matches: 7673, Mismatches: 490, Indels: 100
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
2 28 0.00
3 28 0.00
4 7587 0.99
5 19 0.00
6 11 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.03, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (4 bp):
ATGT
Found at i:803241 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 803234--803272 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
803224 TATGTCTGTC
* *
803234 TG TG TG TG TG TG TG TA TG TG TG TA TG TG TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
803273 ATGTATGTAT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 33 1.00
ACGTcount: A:0.05, C:0.00, G:0.44, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:804596 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 804589--804651 Score: 90
Period size: 2 Copynumber: 31.5 Consensus size: 2
804579 TATGTCTGTC
* * *
804589 TG TG TG TG TG TG TG TA TG TG TG TA TG TG TG TG TG TG TG TA TG
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG
*
804631 TG TG TA TG TG TG TG TG TG TG T
1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG TG T
804652 ATGTATGTAT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 53 1.00
ACGTcount: A:0.06, C:0.00, G:0.43, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TG
Found at i:807100 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 807060--807102 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
807050 TCGATGTTTG
*
807060 AGTGCATGGTGGATCGATGCAGT
1 AGTGCATGGTGCATCGATGCAGT
*
807083 AGTGCA-GGTGCATGGATGCA
1 AGTGCATGGTGCATCGATGCA
807103 CTGCAGGGAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 12 0.67
23 6 0.33
ACGTcount: A:0.23, C:0.14, G:0.40, T:0.23
Consensus pattern (23 bp):
AGTGCATGGTGCATCGATGCAGT
Found at i:807117 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 807091--807146 Score: 94
Period size: 21 Copynumber: 2.7 Consensus size: 21
807081 GTAGTGCAGG
807091 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
* *
807112 TGCATGGATGCACTGTAGGGG
1 TGCATGGATGCACTGCAGGGA
807133 TGCATGGATGCACT
1 TGCATGGATGCACT
807147 TTGACACCCT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 33 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.38, T:0.23
Consensus pattern (21 bp):
TGCATGGATGCACTGCAGGGA
Found at i:807247 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 807226--807283 Score: 73
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
807216 AAACTTTGAA
807226 TAAATTCAATT-AAGTCCAAAAACATTTTG
1 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACA-TTTG
* *
807255 TAAATTTAATTCAAGTCTAAAAACCATTT
1 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAA-CATTT
807284 TGCCTTAAAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 10 0.40
30 13 0.52
31 2 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.14, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (29 bp):
TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACATTTG
Found at i:807277 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 807226--807285 Score: 86
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
807216 AAACTTTGAA
807226 TAAATTCAATTAAGTCCAAAAA-CATTTTG
1 TAAATTCAATTAAGTCCAAAAACCATTTTG
* *
807255 TAAATTTAATTCAAGTCTAAAAACCATTTTG
1 TAAATTCAATT-AAGTCCAAAAACCATTTTG
807286 CCTTAAATTG
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 2
0.87 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 10 0.37
30 10 0.37
31 7 0.26
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.07, T:0.37
Consensus pattern (30 bp):
TAAATTCAATTAAGTCCAAAAACCATTTTG
Found at i:810546 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 810514--810588 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 3.7 Consensus size: 21
810504 TGCAGCCTTC
*
810514 ATGCATGGATGCACA-ACAGG
1 ATGCATCGATGCACAGACAGG
* * **
810534 ATACATCGATGCACAGCCTTG
1 ATGCATCGATGCACAGACAGG
*
810555 ATGCATTGATGCACAGA-AGG
1 ATGCATCGATGCACAGACAGG
810575 ATGCATCGATGCAC
1 ATGCATCGATGCAC
810589 TAATTGTATT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 11, Indels: 2
0.77 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
20 27 0.63
21 16 0.37
ACGTcount: A:0.32, C:0.23, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (21 bp):
ATGCATCGATGCACAGACAGG
Found at i:810553 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 810506--810588 Score: 123
Period size: 41 Copynumber: 2.0 Consensus size: 41
810496 CTAGCCGTTG
810506 CAGCCTTCATGCATGGATGCACA-ACAGGATACATCGATGCA
1 CAGCCTTCATGCATGGATGCACAGA-AGGATACATCGATGCA
* * *
810547 CAGCCTTGATGCATTGATGCACAGAAGGATGCATCGATGCA
1 CAGCCTTCATGCATGGATGCACAGAAGGATACATCGATGCA
810588 C
1 C
810589 TAATTGTATT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 37 0.97
42 1 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.24, T:0.20
Consensus pattern (41 bp):
CAGCCTTCATGCATGGATGCACAGAAGGATACATCGATGCA
Found at i:810656 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 810623--810665 Score: 61
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
810613 ATGGATGCAC
810623 TGCATGGTGCATCAATGCACTAG
1 TGCATGGTGCATCAATGCACTAG
**
810646 TGCA-GGTGCATGGATGCACT
1 TGCATGGTGCATCAATGCACT
810666 GCAGGGATGC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
22 14 0.78
23 4 0.22
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
TGCATGGTGCATCAATGCACTAG
Found at i:810787 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 810766--810823 Score: 82
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 29
810756 AAACTTTGAA
810766 TAAATTCAATT-AACTCCAAAAACATTTTG
1 TAAATTCAATTCAACTCCAAAAACA-TTTG
*
810795 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACCATTT
1 TAAATTCAATTCAACTCCAAAAA-CATTT
810824 TTCCTTAAAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.42
30 13 0.50
31 2 0.08
ACGTcount: A:0.45, C:0.19, G:0.03, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
TAAATTCAATTCAACTCCAAAAACATTTG
Found at i:810816 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 810766--810824 Score: 93
Period size: 29 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
810756 AAACTTTGAA
810766 TAAATTCAATTAACTCCAAAAA-CATTTTG
1 TAAATTCAATTAACTCCAAAAACCATTTTG
*
810795 TAAATTCAATTCAAGTCCAAAAACCATTTT
1 TAAATTCAATT-AACTCCAAAAACCATTTT
810825 TCCTTAAATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 2
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 11 0.41
30 10 0.37
31 6 0.22
ACGTcount: A:0.44, C:0.19, G:0.03, T:0.34
Consensus pattern (30 bp):
TAAATTCAATTAACTCCAAAAACCATTTTG
Found at i:821986 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 821953--821996 Score: 54
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
821943 AGGTAATATT
821953 TCATTCATAAAAAT-ATTTAGA
1 TCATTCATAAAAATAATTTAGA
* *
821974 TCATTCTTTAAAATCAATTTAGA
1 TCATTCATAAAAAT-AATTTAGA
821997 AAATTCATTT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 2
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.63
23 7 0.37
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.05, T:0.41
Consensus pattern (22 bp):
TCATTCATAAAAATAATTTAGA
Found at i:839159 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 839141--839167 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
839131 AAGAGTTTTC
839141 TGTCATTAAATTA
1 TGTCATTAAATTA
839154 TGTCATTAAATTA
1 TGTCATTAAATTA
839167 T
1 T
839168 CTGCTCTGCT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.07, G:0.07, T:0.48
Consensus pattern (13 bp):
TGTCATTAAATTA
Found at i:845962 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 845901--846004 Score: 81
Period size: 28 Copynumber: 3.8 Consensus size: 28
845891 TCGTAAAAAA
*
845901 GAAATTTTAAATAA-TAATTCTGAAACAT
1 GAAATTTT-AATAATTAATTCTGAAACAG
*
845929 G-AATTTTAATAATTAATTATTG-AACAG
1 GAAATTTTAATAATTAATT-CTGAAACAG
** *
845956 GAAATTTTAA-AATTTAATTCCAAAATAG
1 GAAATTTTAATAA-TTAATTCTGAAACAG
* * *
845984 GAAGTTTTAAAAATCAATTCT
1 GAAATTTTAATAATTAATTCT
846005 TACTGATTAG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 9, Indels: 12
0.74 0.11 0.15
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.08
27 18 0.30
28 36 0.59
29 2 0.03
ACGTcount: A:0.47, C:0.07, G:0.09, T:0.38
Consensus pattern (28 bp):
GAAATTTTAATAATTAATTCTGAAACAG
Found at i:846116 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 846085--846177 Score: 89
Period size: 28 Copynumber: 3.3 Consensus size: 27
846075 TGAATAAAAG
*
846085 AATTAATTCTTAAACATGAATTCTTAAA
1 AATTAATTC-AAAACATGAATTCTTAAA
* * *
846113 AATTAACTTCGAAACACTAAATT-TTAGA
1 AATTAA-TTCAAAACA-TGAATTCTTAAA
* *
846141 AATTAATTCCAAAACAGGATTTCTTAAA
1 AATTAATT-CAAAACATGAATTCTTAAA
846169 AATTAATTC
1 AATTAATTC
846178 CACAGTATGA
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 8, Indels: 9
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 6 0.11
28 39 0.74
29 8 0.15
ACGTcount: A:0.46, C:0.13, G:0.05, T:0.35
Consensus pattern (27 bp):
AATTAATTCAAAACATGAATTCTTAAA
Found at i:846202 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 846164--846229 Score: 80
Period size: 25 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
846154 ACAGGATTTC
*
846164 TTAAAAATTAATTCC-ACAGTATGACAT
1 TTAAAAATTAATTCCGAC---ACGACAT
846191 TTAAAAATTAATTCCGACACGACAT
1 TTAAAAATTAATTCCGACACGACAT
*
846216 TTTAAAATTAATTC
1 TTAAAAATTAATTC
846230 AGAAGCAGGG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
25 19 0.53
27 15 0.42
28 2 0.06
ACGTcount: A:0.44, C:0.15, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
TTAAAAATTAATTCCGACACGACAT
Found at i:846254 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 846133--846419 Score: 173
Period size: 28 Copynumber: 10.5 Consensus size: 27
846123 GAAACACTAA
*
846133 ATTTTAGA-AATTAATTCCAAAACAGGA-
1 ATTTTA-ATAATTAATT-CAAAGCAGGAC
* * * * *
846160 TTTCTTAAAAATTAATTCCACAGTATGAC
1 ATT-TTAATAATTAATT-CAAAGCAGGAC
* ** *
846189 A-TTTAAAAATTAATTCCGA-CACGAC
1 ATTTTAATAATTAATTCAAAGCAGGAC
846214 ATTTTAA-AATTAATTCAGAAGCAGGGA-
1 ATTTTAATAATTAATTCA-AAGCA-GGAC
* * *
846241 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAAGAC
1 ATTTTAATAATTAATT-CAAAGCAGGAC
* *
846269 ATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCA-GAG
1 ATTTTAATAATTAATT-C-AAAGCAGGAC
*
846297 ATTTTAATAATTAATCTCAAA-AAGGAC
1 ATTTTAATAATTAAT-TCAAAGCAGGAC
* *
846324 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAGGAC
1 ATTTTAATAATTAATT-CAAAGCAGGAC
* *
846352 ATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCA-GAT
1 ATTTTAATAATTAATT-C-AAAGCAGGAC
846380 ATTTTAATAATTAATCTCAAA--ATGGAC
1 ATTTTAATAATTAAT-TCAAAGCA-GGAC
*
846407 ATTTTCATAATTA
1 ATTTTAATAATTA
846420 GTTCCGAGCT
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 32, Indels: 38
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
25 15 0.07
26 10 0.05
27 66 0.32
28 104 0.50
29 14 0.07
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (27 bp):
ATTTTAATAATTAATTCAAAGCAGGAC
Found at i:846327 original size:55 final size:56
Alignment explanation
Indices: 846133--846394 Score: 197
Period size: 55 Copynumber: 4.8 Consensus size: 56
846123 GAAACACTAA
* * * * * *
846133 ATTTTAGA-AATTAATTCCAAAACAGGA-TTTCTTAAAAATTAATTCC-ACAGTATGAC
1 ATTTTA-ATAATTAATTCCAAAACAAGACATT-TTAATAATTAATTCCGAAAGCA-GAG
* * * * *
846189 A-TTTAAAAATTAATTCC--GACACGACATTTTAA-AATTAATTCAG-AAGCAGGG
1 ATTTTAATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAATTCCGAAAGCAGAG
* *
846240 AATTTTCATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGAG
1 -ATTTTAATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAATTCCGAAAGCAGAG
* * * *
846297 ATTTTAATAATTAA-TCTCAAAA-AGGACATTTTCATAATTAATTCC-AAAACAGGAC
1 ATTTTAATAATTAATTC-CAAAACAAGACATTTTAATAATTAATTCCGAAAGCA-GAG
* * *
846352 ATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGC-AGATATTTTAATAATTAAT
1 ATTTTAATAATTAATTCC-AAAACAAGACATTTTAATAATTAAT
846395 CTCAAAATGG
Statistics
Matches: 166, Mismatches: 26, Indels: 28
0.75 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.01
52 13 0.08
53 23 0.14
54 8 0.05
55 65 0.39
56 49 0.30
57 7 0.04
ACGTcount: A:0.44, C:0.13, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (56 bp):
ATTTTAATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAATTCCGAAAGCAGAG
Found at i:846339 original size:83 final size:83
Alignment explanation
Indices: 846241--846424 Score: 332
Period size: 83 Copynumber: 2.2 Consensus size: 83
846231 GAAGCAGGGA
846241 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGAGATTTTAATA
1 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGAGATTTTAATA
846306 ATTAATCTCAAAAAGGAC
66 ATTAATCTCAAAAAGGAC
* *
846324 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAGGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGATATTTTAATA
1 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGAGATTTTAATA
*
846389 ATTAATCTCAAAATGGAC
66 ATTAATCTCAAAAAGGAC
*
846407 ATTTTCATAATTAGTTCC
1 ATTTTCATAATTAATTCC
846425 GAGCTATATT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 4, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
83 97 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.09, T:0.35
Consensus pattern (83 bp):
ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAAGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGAGATTTTAATA
ATTAATCTCAAAAAGGAC
Found at i:846407 original size:55 final size:53
Alignment explanation
Indices: 846324--846447 Score: 162
Period size: 55 Copynumber: 2.3 Consensus size: 53
846314 CAAAAAGGAC
*
846324 ATTTTCATAATTAATTCCAAAACAGGACATTTTAATAATTAGTTCCGAAAGCAGAT
1 ATTTTAATAATTAATTCCAAAACAGGACATTTTAATAATTAGTTCCG--AGC-GAT
* * *
846380 ATTTTAATAATTAA-TCTCAAAA-TGGACATTTTCATAATTAGTTCCGAGCTAT
1 ATTTTAATAATTAATTC-CAAAACAGGACATTTTAATAATTAGTTCCGAGCGAT
846432 ATTTTAATAATTAATT
1 ATTTTAATAATTAATT
846448 TCGAGCATTG
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 4, Indels: 7
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
52 16 0.26
53 4 0.06
55 24 0.39
56 18 0.29
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (53 bp):
ATTTTAATAATTAATTCCAAAACAGGACATTTTAATAATTAGTTCCGAGCGAT
Found at i:847068 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 847050--847091 Score: 57
Period size: 13 Copynumber: 3.2 Consensus size: 13
847040 GACAACTGAT
847050 ATTTTAATAATTA
1 ATTTTAATAATTA
* *
847063 ATTTTAAAAACTA
1 ATTTTAATAATTA
*
847076 TTTTTAATAATTA
1 ATTTTAATAATTA
847089 ATT
1 ATT
847092 CTAAACACTG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 6, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 23 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.02, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (13 bp):
ATTTTAATAATTA
Found at i:848974 original size:15 final size:16
Alignment explanation
Indices: 848956--848991 Score: 56
Period size: 17 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
848946 ATAGAAAATC
848956 AAAACATAA-TAATTT
1 AAAACATAATTAATTT
848971 AAAACATAATTTAATTT
1 AAAACATAA-TTAATTT
848988 AAAA
1 AAAA
848992 ACGTTCATTC
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
15 9 0.47
17 10 0.53
ACGTcount: A:0.61, C:0.06, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
AAAACATAATTAATTT
Found at i:852925 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 852879--852926 Score: 62
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
852869 TGGACTATGA
* * *
852879 TGGAAATTAATTTTAGAGTG
1 TGGAAATTGATGTTAGAATG
852899 TGGAAATTGATGTTAGAATG
1 TGGAAATTGATGTTAGAATG
852919 T-GAAATTG
1 TGGAAATTG
852927 GATTATTTTG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.28
20 18 0.72
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.27, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TGGAAATTGATGTTAGAATG
Found at i:854399 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 854339--854401 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 3.4 Consensus size: 20
854329 TTAGCACTAG
854339 AGTGTATACCCAAGACACTT
1 AGTGTATACCCAAGACACTT
* *
854359 AGTGCAT-----A-ACACTAG
1 AGTGTATACCCAAGACACT-T
854374 AGTGTATACCCAAGACACTT
1 AGTGTATACCCAAGACACTT
854394 AGTGTATA
1 AGTGTATA
854402 TGGTGGGCAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 14
0.64 0.08 0.28
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.16
15 7 0.22
20 15 0.47
21 5 0.16
ACGTcount: A:0.37, C:0.21, G:0.17, T:0.25
Consensus pattern (20 bp):
AGTGTATACCCAAGACACTT
Found at i:856014 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 855987--856037 Score: 59
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
855977 AAGTTATTGA
* *
855987 TTTT-TTTCCTTTTCAAGTTTTCTT
1 TTTTATTTCATTTT-AAGTTTTATT
*
856011 TTTTATTTTATTTTAAGTTTTATT
1 TTTTATTTCATTTTAAGTTTTATT
856035 TTT
1 TTT
856038 AACATGCTAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 2
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
24 16 0.70
25 7 0.30
ACGTcount: A:0.14, C:0.08, G:0.04, T:0.75
Consensus pattern (24 bp):
TTTTATTTCATTTTAAGTTTTATT
Found at i:860464 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 860443--860498 Score: 53
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
860433 AAAATAAGTT
860443 GAAAAGAAAAAAACATGA
1 GAAAAGAAAAAAACATGA
* ** **
860461 G-AAACAATGAAA-ATTT
1 GAAAAGAAAAAAACATGA
860477 GAAAAGAAAAAAACATGA
1 GAAAAGAAAAAAACATGA
860495 GAAA
1 GAAA
860499 CAATGAAAAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 10, Indels: 4
0.65 0.25 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 3 0.12
17 16 0.62
18 7 0.27
ACGTcount: A:0.68, C:0.05, G:0.16, T:0.11
Consensus pattern (18 bp):
GAAAAGAAAAAAACATGA
Found at i:860479 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 860441--860507 Score: 134
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
860431 AAAAAATAAG
860441 TTGAAAAGAAAAAAACATGAGAAACAATGAAAAT
1 TTGAAAAGAAAAAAACATGAGAAACAATGAAAAT
860475 TTGAAAAGAAAAAAACATGAGAAACAATGAAAA
1 TTGAAAAGAAAAAAACATGAGAAACAATGAAAA
860508 AAAAACAAAG
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 33 1.00
ACGTcount: A:0.66, C:0.06, G:0.15, T:0.13
Consensus pattern (34 bp):
TTGAAAAGAAAAAAACATGAGAAACAATGAAAAT
Found at i:860507 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 860452--860507 Score: 62
Period size: 18 Copynumber: 3.2 Consensus size: 18
860442 TGAAAAGAAA
860452 AAAACATGAGAAACAATG
1 AAAACATGAGAAACAATG
** * *
860470 AAAATTTGA-AAAGAA-A
1 AAAACATGAGAAACAATG
860486 AAAACATGAGAAACAATG
1 AAAACATGAGAAACAATG
860504 AAAA
1 AAAA
860508 AAAAACAAAG
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 8, Indels: 4
0.70 0.20 0.10
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.25
17 10 0.36
18 11 0.39
ACGTcount: A:0.66, C:0.07, G:0.14, T:0.12
Consensus pattern (18 bp):
AAAACATGAGAAACAATG
Found at i:866152 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 866127--866170 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
866117 AACTATGCTA
*
866127 GAAATTAATGTTAGAGTGT
1 GAAATTAATGTTAGAATGT
*
866146 GGAAATTGATGTTAGAATGT
1 -GAAATTAATGTTAGAATGT
866166 GAAAT
1 GAAAT
866171 GGGATTATTT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.23
20 17 0.77
ACGTcount: A:0.39, C:0.00, G:0.27, T:0.34
Consensus pattern (19 bp):
GAAATTAATGTTAGAATGT
Found at i:867625 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 867537--867638 Score: 134
Period size: 34 Copynumber: 2.9 Consensus size: 35
867527 ATAATCAGTT
* *
867537 TAACACTAGAATGTATACCCAAGACAGTTAGTGCA
1 TAACACTAGAGTGTATACCCAAGACACTTAGTGCA
** *
867572 -GGCACTAGAGTGTATACCCAACACACTTAGTGCA
1 TAACACTAGAGTGTATACCCAAGACACTTAGTGCA
* *
867606 TAACACTGGAGTGTATACCCAAGTCACTTAGTG
1 TAACACTAGAGTGTATACCCAAGACACTTAGTG
867639 TATATGGTGG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 10, Indels: 2
0.82 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
34 29 0.52
35 27 0.48
ACGTcount: A:0.34, C:0.23, G:0.20, T:0.24
Consensus pattern (35 bp):
TAACACTAGAGTGTATACCCAAGACACTTAGTGCA
Found at i:869796 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 869765--869815 Score: 68
Period size: 26 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
869755 ACTTAGTGCA
*
869765 TATGGTGGGCACG-ACATTATGTGTAT
1 TATGGTGGACACGAAC-TTATGTGTAT
*
869791 TATGGTGGACGCGAACTTATGTGTA
1 TATGGTGGACACGAACTTATGTGTA
869816 CTAGCACTTC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
26 20 0.91
27 2 0.09
ACGTcount: A:0.24, C:0.12, G:0.31, T:0.33
Consensus pattern (26 bp):
TATGGTGGACACGAACTTATGTGTAT
Found at i:871661 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 871620--871689 Score: 77
Period size: 29 Copynumber: 2.5 Consensus size: 28
871610 TAAATGAGTT
* * *
871620 TAATTGATTTTTTACTAAGTTTGAGGACC
1 TAATTAATATTTTACAAAGTTTGAGGA-C
*
871649 TAATTAATATTTTAGAAAGTTTGAGGAC
1 TAATTAATATTTTACAAAGTTTGAGGAC
* *
871677 TTATTTATATTTT
1 TAATTAATATTTT
871690 TTTTAAAATA
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 6, Indels: 1
0.83 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
28 12 0.34
29 23 0.66
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.14, T:0.49
Consensus pattern (28 bp):
TAATTAATATTTTACAAAGTTTGAGGAC
Found at i:878222 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 878198--878239 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
878188 GTCATACAAC
*
878198 TAATAATAGTTGTATAATGCA
1 TAATAATAGTT-CATAATGCA
*
878219 TAATAATGGTTCATAATGCA
1 TAATAATAGTTCATAATGCA
878239 T
1 T
878240 TGTAAGTAGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.47
21 10 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TAATAATAGTTCATAATGCA
Found at i:882871 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 882847--882888 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
882837 GTCATACAAC
*
882847 TAATAATAGTTGTATAATGCA
1 TAATAATAGTT-CATAATGCA
*
882868 TAATAATGGTTCATAATGCA
1 TAATAATAGTTCATAATGCA
882888 T
1 T
882889 TGTAAGCTGG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.47
21 10 0.53
ACGTcount: A:0.40, C:0.07, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (20 bp):
TAATAATAGTTCATAATGCA
Found at i:886232 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 886200--886264 Score: 130
Period size: 26 Copynumber: 2.5 Consensus size: 26
886190 TCATTTTTTT
886200 AAAATATTTTTAAGTTTAATAATTAA
1 AAAATATTTTTAAGTTTAATAATTAA
886226 AAAATATTTTTAAGTTTAATAATTAA
1 AAAATATTTTTAAGTTTAATAATTAA
886252 AAAATATTTTTAA
1 AAAATATTTTTAA
886265 ACATATTTTT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 39 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.03, T:0.46
Consensus pattern (26 bp):
AAAATATTTTTAAGTTTAATAATTAA
Found at i:888646 original size:23 final size:21
Alignment explanation
Indices: 888604--888677 Score: 73
Period size: 21 Copynumber: 3.5 Consensus size: 21
888594 AGTTGTGATC
888604 TATATAATTTTAAAATTATAG
1 TATATAATTTTAAAATTATAG
* *
888625 TATATAGTTTTGAAA--ATA-
1 TATATAATTTTAAAATTATAG
*
888643 TATATAGTTTTAAAACATGTATAG
1 TATATAATTTT-AAA-AT-TATAG
888667 TATATAATTTT
1 TATATAATTTT
888678 GAAGACGTGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 9
0.77 0.07 0.16
Matches are distributed among these distances:
18 11 0.26
19 5 0.12
20 1 0.02
21 13 0.30
23 3 0.07
24 10 0.23
ACGTcount: A:0.43, C:0.01, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TATATAATTTTAAAATTATAG
Found at i:888665 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 888625--888667 Score: 61
Period size: 17 Copynumber: 2.4 Consensus size: 18
888615 AAAATTATAG
*
888625 TATATAGTTTTGAAAATA
1 TATATAGTTTTGAAAACA
888643 TATATAGTTTT-AAAACA
1 TATATAGTTTTGAAAACA
*
888660 TGTATAGT
1 TATATAGT
888668 ATATAATTTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.52
18 11 0.48
ACGTcount: A:0.42, C:0.02, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (18 bp):
TATATAGTTTTGAAAACA
Found at i:888709 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 888702--888740 Score: 78
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
888692 TTTTAAAATA
888702 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
888741 GTTTTGAAAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 37 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:888760 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 888731--888807 Score: 91
Period size: 21 Copynumber: 3.8 Consensus size: 20
888721 TATATATATA
888731 TATATATATAGTTTTGAAAT
1 TATATATATAGTTTTGAAAT
*
888751 TATGATATATAATTTTGAAAT
1 TAT-ATATATAGTTTTGAAAT
* * *
888772 TATAATAAATCGTTTTGAAAA
1 TAT-ATATATAGTTTTGAAAT
*
888793 CATATATATAGTTTT
1 TATATATATAGTTTT
888808 TTTTAAAAAC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 9, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.28
21 34 0.72
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TATATATATAGTTTTGAAAT
Found at i:888941 original size:14 final size:17
Alignment explanation
Indices: 888905--888943 Score: 57
Period size: 17 Copynumber: 2.5 Consensus size: 17
888895 TTTATTTTGT
888905 AGGTCCAAAGATGTTCA
1 AGGTCCAAAGATGTTCA
888922 AGGTCCAAA-AT-TTC-
1 AGGTCCAAAGATGTTCA
888936 AGGTCCAA
1 AGGTCCAA
888944 TGTTAGTGAC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
14 8 0.36
15 3 0.14
16 2 0.09
17 9 0.41
ACGTcount: A:0.36, C:0.21, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (17 bp):
AGGTCCAAAGATGTTCA
Found at i:906092 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 906020--906478 Score: 576
Period size: 55 Copynumber: 8.3 Consensus size: 55
906010 TTTATTAAGA
* * *
906020 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTTATCAACTTATGATGAATTCCATGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* *
906075 TGCACATATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* * * * **
906130 TGAACACATAGTGCATGTACGATTATTCGTCAACTCATGATGAATTTTGTGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* * * * **
906185 TGCACACATAGTACCTATATGGTTATTTATCAACTCATGATGAATTTTGTGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* * * * *
906240 TGTACACATAGTACTTGTACGATTATTCATCAACTCATGATGAATTCCATGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* * * * * *
906295 TGCACATATAGTGTCTGTACGGTTATTCATAAACTCGTGATAAATTCCATGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* * *
906350 TGCACACATAGTTCATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTACGTGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
* * * * * * *
906405 TGAACACATAATGCATGTACTGTTATTCATCAATTTATGATGAATTCTGTGGATT
1 TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
906460 TGCACACATAGTGCCTGTA
1 TGCACACATAGTGCCTGTA
906479 GTACACATAG
Statistics
Matches: 347, Mismatches: 57, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 347 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (55 bp):
TGCACACATAGTGCCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATT
Found at i:906866 original size:19 final size:21
Alignment explanation
Indices: 906820--906873 Score: 58
Period size: 19 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
906810 TACCCCTACC
*
906820 ATGGTATCGATACTACTATGCT
1 ATGGTACCGATACTACTAT-CT
*
906842 ACGGTACCGATACT-CTAT-T
1 ATGGTACCGATACTACTATCT
*
906861 ATGGTACCAATAC
1 ATGGTACCGATAC
906874 CATTTTGCAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 3
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.43
21 4 0.14
22 12 0.43
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.17, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
ATGGTACCGATACTACTATCT
Found at i:923827 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 923591--923827 Score: 359
Period size: 55 Copynumber: 4.3 Consensus size: 55
923581 TATTAAGATA
* *
923591 CACACGTAGTGTCTGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
1 CACACATAGTGTATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
* * *
923646 CACACACAGTGTATGTACGGTTATTCATCAATTCATGATGAATTCTGTGGATTTG
1 CACACATAGTGTATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
* *
923701 CACACAGAGTGCT-TGTATGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
1 CACACATAGTG-TATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
* * *
923756 CACACATAATGCATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTTCGTGGATTTG
1 CACACATAGTGTATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
*
923811 CACACATAGTATATGTA
1 CACACATAGTGTATGTA
923828 GTACACATAT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 17, Indels: 4
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 162 0.99
56 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (55 bp):
CACACATAGTGTATGTACGGTTATTCATCAACTCATGATGAATTCCGTGGATTTG
Found at i:929263 original size:31 final size:30
Alignment explanation
Indices: 929228--929286 Score: 73
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
929218 CATGAATCTA
* * *
929228 AAATTAATAAAGCAGAGATCATGCTTTTAAG
1 AAATTAATAAAACA-AAATCAGGCTTTTAAG
*
929259 AAATTATTAAAACAAAATCAGGCTTTTA
1 AAATTAATAAAACAAAATCAGGCTTTTA
929287 GTTAGATAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
30 12 0.50
31 12 0.50
ACGTcount: A:0.47, C:0.10, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (30 bp):
AAATTAATAAAACAAAATCAGGCTTTTAAG
Found at i:934477 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 934455--934501 Score: 51
Period size: 16 Copynumber: 3.1 Consensus size: 15
934445 TATAAGGTAA
*
934455 TTTTGTTATAATT-T
1 TTTTATTATAATTAT
*
934469 TTTTATTATACTTAT
1 TTTTATTATAATTAT
*
934484 TATTTATTATGATTAT
1 T-TTTATTATAATTAT
934500 TT
1 TT
934502 GAAAAAATAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 4, Indels: 3
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
14 11 0.41
15 3 0.11
16 13 0.48
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.04, T:0.68
Consensus pattern (15 bp):
TTTTATTATAATTAT
Found at i:937488 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 937459--937500 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 3.5 Consensus size: 12
937449 ACTCCTCGCT
*
937459 GTCATCATCATC
1 GTCATCATCGTC
**
937471 ACCATCATCGTC
1 GTCATCATCGTC
937483 GTCATCATCGTC
1 GTCATCATCGTC
937495 GTCATC
1 GTCATC
937501 GTGAGCAGTT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 5, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 25 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.36, G:0.12, T:0.31
Consensus pattern (12 bp):
GTCATCATCGTC
Found at i:939593 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 939558--939637 Score: 50
Period size: 9 Copynumber: 9.6 Consensus size: 9
939548 TATATCTGTA
939558 AAATAAATT
1 AAATAAATT
*
939567 AATTAAA-T
1 AAATAAATT
939575 ACAAT--ATT
1 A-AATAAATT
*
939583 AAATAATTT
1 AAATAAATT
*
939592 AAAT-AGTT
1 AAATAAATT
939600 AAATAAATT
1 AAATAAATT
939609 AAAT--ATT
1 AAATAAATT
939616 AAAT--ATT
1 AAATAAATT
*
939623 AAATATAATA
1 AAATA-AATT
939633 AAATA
1 AAATA
939638 TACCTTAAAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 15
0.73 0.08 0.19
Matches are distributed among these distances:
7 18 0.32
8 11 0.19
9 21 0.37
10 7 0.12
ACGTcount: A:0.61, C:0.01, G:0.01, T:0.36
Consensus pattern (9 bp):
AAATAAATT
Found at i:939603 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 939564--939628 Score: 73
Period size: 16 Copynumber: 4.1 Consensus size: 16
939554 TGTAAAATAA
*
939564 ATTAATTAAA-TACAAT
1 ATTAAATAAATTA-AAT
*
939580 ATTAAATAATTTAAAT
1 ATTAAATAAATTAAAT
939596 AGTTAAATAAATTAAAT
1 A-TTAAATAAATTAAAT
939613 ATTAAAT--ATTAAAT
1 ATTAAATAAATTAAAT
939627 AT
1 AT
939629 AATAAAATAT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 6
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.20
16 18 0.41
17 17 0.39
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (16 bp):
ATTAAATAAATTAAAT
Found at i:939618 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 939577--939628 Score: 59
Period size: 7 Copynumber: 6.7 Consensus size: 7
939567 AATTAAATAC
939577 AATATTA
1 AATATTA
939584 AATAATTTA
1 AAT-A-TTA
939593 AATAGTTA
1 AATA-TTA
939601 AATAAATTA
1 AAT--ATTA
939610 AATATTA
1 AATATTA
939617 AATATTA
1 AATATTA
939624 AATAT
1 AATAT
939629 AATAAAATAT
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 1, Indels: 8
0.82 0.02 0.16
Matches are distributed among these distances:
7 19 0.47
8 8 0.20
9 12 0.30
10 1 0.03
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (7 bp):
AATATTA
Found at i:939634 original size:16 final size:14
Alignment explanation
Indices: 939577--939628 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 3.4 Consensus size: 14
939567 AATTAAATAC
939577 AATATTAAATAATTTA
1 AATATTAAAT-A-TTA
939593 AATAGTTAAATAAATTA
1 AATA-TTAAAT--ATTA
939610 AATATTAAATATTA
1 AATATTAAATATTA
939624 AATAT
1 AATAT
939629 AATAAAATAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 6
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.26
16 10 0.29
17 13 0.38
18 2 0.06
ACGTcount: A:0.58, C:0.00, G:0.02, T:0.40
Consensus pattern (14 bp):
AATATTAAATATTA
Found at i:939636 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 939590--939638 Score: 73
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
939580 ATTAAATAAT
*
939590 TTAAATAGTTAAATAAATTAAATA
1 TTAAATAGTTAAATAAATAAAATA
939614 TTAAATA-TTAAATATAATAAAATA
1 TTAAATAGTTAAATA-AATAAAATA
939638 T
1 T
939639 ACCTTAAACA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.30
24 16 0.70
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (24 bp):
TTAAATAGTTAAATAAATAAAATA
Found at i:942454 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 942447--942496 Score: 100
Period size: 2 Copynumber: 25.0 Consensus size: 2
942437 TTTTATTTTC
942447 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
942489 AT AT AT AT
1 AT AT AT AT
942497 TCATAAACAT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 48 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:943896 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 943888--943933 Score: 51
Period size: 3 Copynumber: 16.0 Consensus size: 3
943878 GGATATTTTG
* * *
943888 TTA TTA TTA TTA CTA TTA TT- TT- TTA TTT TTA TTA TTA TTT TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
943934 CAGACCTTAC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 2
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
2 4 0.11
3 32 0.89
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:943919 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 943881--943926 Score: 67
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
943871 TTCGTCCGGA
943881 TATTTTGTTATTATTATTACTAT
1 TATTTTGTTATTATTATTACTAT
* *
943904 TATTTT-TTATTTTTATTATTAT
1 TATTTTGTTATTATTATTACTAT
943926 T
1 T
943927 TTTATTACAG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
22 15 0.71
23 6 0.29
ACGTcount: A:0.24, C:0.02, G:0.02, T:0.72
Consensus pattern (23 bp):
TATTTTGTTATTATTATTACTAT
Found at i:943923 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 943891--943933 Score: 61
Period size: 19 Copynumber: 2.3 Consensus size: 19
943881 TATTTTGTTA
943891 TTATTATTACTATTATTTT
1 TTATTATTACTATTATTTT
* *
943910 TTATTTTTATTATTA-TTT
1 TTATTATTACTATTATTTT
943928 TTATTA
1 TTATTA
943934 CAGACCTTAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
18 8 0.38
19 13 0.62
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.00, T:0.72
Consensus pattern (19 bp):
TTATTATTACTATTATTTT
Found at i:950461 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 950437--950477 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
950427 AGAGCAAAAC
*
950437 AAACAGTTAGAAGA-AAAATTG
1 AAACAATTAGAAGAGAAAATTG
*
950458 AAACAATTGGAAGAGAAAAT
1 AAACAATTAGAAGAGAAAAT
950478 CAAGACTATG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 12 0.71
22 5 0.29
ACGTcount: A:0.59, C:0.05, G:0.20, T:0.17
Consensus pattern (22 bp):
AAACAATTAGAAGAGAAAATTG
Found at i:954716 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 954695--954725 Score: 62
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
954685 AACGTCTTTT
954695 AAAATCAATTTTTAAA
1 AAAATCAATTTTTAAA
954711 AAAATCAATTTTTAA
1 AAAATCAATTTTTAA
954726 GACAAAAGCT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.06, G:0.00, T:0.39
Consensus pattern (16 bp):
AAAATCAATTTTTAAA
Found at i:955193 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 955186--955239 Score: 108
Period size: 2 Copynumber: 27.0 Consensus size: 2
955176 TGAAATAATG
955186 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
955228 AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT
955240 TTAGAACCGA
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 52 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.00, T:0.50
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:955327 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 955315--955365 Score: 93
Period size: 2 Copynumber: 25.5 Consensus size: 2
955305 TAAGTGCATA
*
955315 AT AT AT TT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
955357 AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT A
955366 AAAGTAGACA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 47 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:955537 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 955496--955538 Score: 68
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
955486 ATAAACACAT
* *
955496 ATAAACACACACATATATATAG
1 ATAAACACACACACAGATATAG
955518 ATAAACACACACACAGATATA
1 ATAAACACACACACAGATATA
955539 TATATATATA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 19 1.00
ACGTcount: A:0.56, C:0.21, G:0.05, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
ATAAACACACACACAGATATAG
Found at i:957913 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 957755--957985 Score: 354
Period size: 90 Copynumber: 2.5 Consensus size: 90
957745 AAGGCTTACA
* * * * *
957755 GATGACCCGAATGATTTAAAAATCAAGATACCCCTGAAGGCTTAGTTTCTAAAATTTCATTTGAA
1 GATGGCCCGAAGGACTTAAAAATCAAGAAACCCCCGAAGGCTTAGTTTCTAAAATTTCATTTGAA
957820 AACATCCTGCACTGAAGGTCTTATG
66 AACATCCTGCACTGAAGGTCTTATG
* *
957845 GATGGCCCGAAGGACTTAGAAATCAAAAAACCCCCGAAGGCTTAGTTTCTAAAATTTCATTTGAA
1 GATGGCCCGAAGGACTTAAAAATCAAGAAACCCCCGAAGGCTTAGTTTCTAAAATTTCATTTGAA
957910 AACATCCTGCACTGAAGGTCTTATG
66 AACATCCTGCACTGAAGGTCTTATG
* *
957935 GATGGCCCGAAGGACTTAAAAAAAATCAAGAAACTCCCGAAGGCTCAGTTT
1 GATGGCCCGAAGGACTT---AAAAATCAAGAAACCCCCGAAGGCTTAGTTT
957986 GTTAATTGTC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 11, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
90 100 0.79
93 27 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.20, G:0.19, T:0.26
Consensus pattern (90 bp):
GATGGCCCGAAGGACTTAAAAATCAAGAAACCCCCGAAGGCTTAGTTTCTAAAATTTCATTTGAA
AACATCCTGCACTGAAGGTCTTATG
Found at i:958066 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 958005--958278 Score: 286
Period size: 43 Copynumber: 6.3 Consensus size: 43
957995 CACCAAGGAG
958005 CCCCTACATATCACGATGGTCCCTCAAGCTTTTCATCAAGAAA
1 CCCCTACATATCACGATGGTCCCTCAAGCTTTTCATCAAGAAA
** *
958048 CCCCTACATATCACGATGGTTTCTCAAGCTTATCATCAA-AGAA
1 CCCCTACATATCACGATGGTCCCTCAAGCTTTTCATCAAGA-AA
* * * *
958091 CTCCTACATATCACGATGGTCCTTCAAGCTTGTCATCAAGGAA
1 CCCCTACATATCACGATGGTCCCTCAAGCTTTTCATCAAGAAA
* *
958134 CCCCTACATATCACGATGGT-CCTCAAATCTTATCATCAAGAAA
1 CCCCTACATATCACGATGGTCCCTC-AAGCTTTTCATCAAGAAA
* * **
958177 CCCCTACATATCACGATGG-CCTCTTAAGTTTTTTTTTCAAGAAAA
1 CCCCTACATATCACGATGGTCC-CTCAAG-CTTTTCATCAAG-AAA
* * * ** *
958222 CCCCTGA-AGATCAGGATAGTATCTCAAGTTTTTCATCAAGAAA
1 CCCCT-ACATATCACGATGGTCCCTCAAGCTTTTCATCAAGAAA
*
958265 CCTCTACATATCAC
1 CCCCTACATATCAC
958279 AATAGTTTCT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 31, Indels: 20
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 5 0.03
43 142 0.75
44 20 0.11
45 22 0.12
46 1 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.28, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (43 bp):
CCCCTACATATCACGATGGTCCCTCAAGCTTTTCATCAAGAAA
Found at i:958414 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 958376--958416 Score: 64
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
958366 TAAATTTGTT
*
958376 TCAAGGGAAACTGTC
1 TCAAGGGAGACTGTC
958391 TCAAGGGAGACTGTC
1 TCAAGGGAGACTGTC
*
958406 TGAAGGGAGAC
1 TCAAGGGAGAC
958417 AAAATTTGTT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 24 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (15 bp):
TCAAGGGAGACTGTC
Found at i:958480 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 958408--958493 Score: 102
Period size: 36 Copynumber: 2.4 Consensus size: 35
958398 AGACTGTCTG
*
958408 AAGGGAGACAAAATTTGTTTCATGGGAAACCGTCTC
1 AAGGGAGACAAAATTTGTTT-ATGGGAAACCATCTC
*
958444 AAGGGAGACAAAATTTGTTT-TGAGAGAAACTATCTC
1 AAGGGAGACAAAATTTGTTTATG-G-GAAACCATCTC
* *
958480 AAGCGAGATAAAAT
1 AAGGGAGACAAAAT
958494 CTTATGTTTC
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
34 2 0.05
35 1 0.02
36 41 0.93
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.23, T:0.24
Consensus pattern (35 bp):
AAGGGAGACAAAATTTGTTTATGGGAAACCATCTC
Found at i:958566 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 958484--958696 Score: 340
Period size: 40 Copynumber: 5.3 Consensus size: 40
958474 TATCTCAAGC
* * *
958484 GAGATAAAATCTTATGTTTCGAGGAAAAAACAATCATGAAT
1 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGG-AAAAACAATCTTGAAT
*
958525 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTCAAT
1 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGAAT
*
958565 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGATT
1 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGAAT
958605 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGAAT
1 GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGAAT
*
958645 GAGATAAAATCTTAC-GTTTCATGG-AAAACAATCTTGAAT
1 GAGATAAAATCTT-CTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGAAT
958684 GAGATAAAATCTT
1 GAGATAAAATCTT
958697 TTGTATTAAA
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 8, Indels: 4
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
39 28 0.17
40 112 0.69
41 23 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.12, G:0.15, T:0.30
Consensus pattern (40 bp):
GAGATAAAATCTTCTGTTTCAAGGAAAAACAATCTTGAAT
Found at i:971654 original size:29 final size:27
Alignment explanation
Indices: 971620--971675 Score: 69
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
971610 AGGAAAAAAA
971620 GAAATGGAAAGATAGAAGAAA-GATTTAAG
1 GAAAT-GAAA-ATA-AAGAAATGATTTAAG
*
971649 GAAATGAAAATAAGGAAATGATTTAAG
1 GAAATGAAAATAAAGAAATGATTTAAG
971676 AATAAGGAAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
26 5 0.20
27 11 0.44
28 4 0.16
29 5 0.20
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.25, T:0.20
Consensus pattern (27 bp):
GAAATGAAAATAAAGAAATGATTTAAG
Found at i:976256 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 976247--976279 Score: 52
Period size: 4 Copynumber: 8.8 Consensus size: 4
976237 AAGAAAAAGA
976247 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT --AT AAAT AAA
1 AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAAT AAA
976280 ATGAGGTTCA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 4
0.87 0.00 0.13
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
4 25 0.93
ACGTcount: A:0.76, C:0.00, G:0.00, T:0.24
Consensus pattern (4 bp):
AAAT
Found at i:977935 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 977915--977953 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
977905 ATATACATAT
*
977915 AATAATAATAACATG
1 AATAATAATAAAATG
*
977930 AATAATAAAAAAATG
1 AATAATAATAAAATG
977945 AATAA-AATA
1 AATAATAATA
977954 TCCATATAAT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.14
15 18 0.86
ACGTcount: A:0.69, C:0.03, G:0.05, T:0.23
Consensus pattern (15 bp):
AATAATAATAAAATG
Found at i:978409 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 978366--978434 Score: 120
Period size: 34 Copynumber: 2.0 Consensus size: 34
978356 GAATCCTAGC
978366 AAAATTCTATCATATCTTTAGGAGTTTGAATCCT
1 AAAATTCTATCATATCTTTAGGAGTTTGAATCCT
* *
978400 AAAATTCTATCCTATTTTTAGGAGTTTGAATCCT
1 AAAATTCTATCATATCTTTAGGAGTTTGAATCCT
978434 A
1 A
978435 GTAGGACGAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 33 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.12, T:0.42
Consensus pattern (34 bp):
AAAATTCTATCATATCTTTAGGAGTTTGAATCCT
Found at i:979362 original size:132 final size:131
Alignment explanation
Indices: 978974--979439 Score: 449
Period size: 132 Copynumber: 3.6 Consensus size: 131
978964 AACTTTCCAT
* * * * * * *
978974 ATCTGATCTACCCTGAAACACAGTGGAGAAGATCTATTTTTCTCAGATTTGATCTTCCATAAAGA
1 ATCTGATCTACCCTGGAACACAGCGGAGCATATCCA-TTTTCTCAGATTTGATCTTCCCTGAAGA
* * *
979039 ATAGCGAAACAAATCAACCCCA-ATTCAATCTTCCTTGAATAGCAGTGAAGTGAATCAAAGTCTC
65 ATAGTGAAACAAATCAA-CCCAGATTCAATCTTCCTTGAAGAGAAGTGAAGTGAATCAAAGTCTC
*
979103 TAT
129 TAG
* * * * *
979106 ATCTAATCTA-CGT-G------GTGGAGCATATCCCTTTTTTCAGATTTGATCTTCCCTGAAGAA
1 ATCTGATCTACCCTGGAACACAGCGGAGCATATCCATTTTCTCAGATTTGATCTTCCCTGAAGAA
* *
979163 TAAT-AAAGCAAATCAACCTC-GATTTAATCTT-CTTGAAGAGAAGTGAAGTGAATCAAAGTCTC
66 TAGTGAAA-CAAATCAACC-CAGATTCAATCTTCCTTGAAGAGAAGTGAAGTGAATCAAAGTCTC
*
979225 CAG
129 TAG
* * *
979228 ATCTGATCTACCCTGGAACGCAGCGGAGCATATCCATTTTCCTCATATTTGATCTTCCTTGAAGA
1 ATCTGATCTACCCTGGAACACAGCGGAGCATATCCATTTT-CTCAGATTTGATCTTCCCTGAAGA
* * * * * *
979293 ACAGTGAAACAAATCAACCCAGATTCAACCTTCCCTGAAGAGTAGCGAAGTGAATCAAAGTCTTT
65 ATAGTGAAACAAATCAACCCAGATTCAATCTTCCTTGAAGAGAAGTGAAGTGAATCAAAGTCTCT
979358 AG
130 AG
* ** ** * *
979360 ATCTGATCTACCCTGGAACACATCAAAGCATATACC-TTTTAGCATATTTGATC-CCCCTGAAGA
1 ATCTGATCTACCCTGGAACACAGCGGAGCATAT-CCATTTTCTCAGATTTGATCTTCCCTGAAGA
979423 GA-AGTGAAACAAATCAA
65 -ATAGTGAAACAAATCAA
979440 TATCGATTTA
Statistics
Matches: 276, Mismatches: 41, Indels: 36
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
122 44 0.16
123 48 0.17
124 11 0.04
130 40 0.14
131 57 0.21
132 74 0.27
133 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.16, T:0.28
Consensus pattern (131 bp):
ATCTGATCTACCCTGGAACACAGCGGAGCATATCCATTTTCTCAGATTTGATCTTCCCTGAAGAA
TAGTGAAACAAATCAACCCAGATTCAATCTTCCTTGAAGAGAAGTGAAGTGAATCAAAGTCTCTA
G
Found at i:980765 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 980691--981218 Score: 828
Period size: 59 Copynumber: 9.0 Consensus size: 59
980681 TATATTTCCC
* * * *
980691 ATACGGAAATTCATACACCTAGTAGGAATTTCTTAACATGTTT-GCACACAAAGTGCACA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACAT-TTTAGCACACATAGTGCCCA
* *
980750 ATACAGAAATTCATACACTTAGTAT-AATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGTCCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
* *
980808 ATACGTAAATTCATACACTT-GATATGAATTTCTTAACCTTTTAGCACACATAGTGCCCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAG-TATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
*
980867 ATACGGAAATTCATACACTCAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
980926 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
* * *
980985 ATACGAAAATTCATACACTTAGTATGAATTTATTAACATTTTAGCACACATAGTGACCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
* * * *
981044 ATACGAAAATTCATATACTTAGTATGAATTTATTAACATTTTAGCACACATAGTTCCCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
* * *
981103 ATACGGAAATTCATATAATTAATATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
* *
981162 ATACGGAAATTCATACCCTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACTTAGTGCC
1 ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCC
981219 ATTTGGTAAT
Statistics
Matches: 435, Mismatches: 30, Indels: 8
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
57 4 0.01
58 47 0.11
59 383 0.88
60 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.20, G:0.11, T:0.33
Consensus pattern (59 bp):
ATACGGAAATTCATACACTTAGTATGAATTTCTTAACATTTTAGCACACATAGTGCCCA
Found at i:981671 original size:17 final size:19
Alignment explanation
Indices: 981629--981665 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 19
981619 AGATTCGATG
981629 TTACC-TGGTATCGATACCC
1 TTACCATGGTATCGATA-CC
981648 TTACCATGGTATCGATAC
1 TTACCATGGTATCGATAC
981666 TACCATACTA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.35
20 11 0.65
ACGTcount: A:0.24, C:0.27, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (19 bp):
TTACCATGGTATCGATACC
Found at i:981779 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 981762--981833 Score: 126
Period size: 20 Copynumber: 3.6 Consensus size: 20
981752 CCTTCCCTTT
*
981762 GGTATTGATACTCCCCCTTC
1 GGTATTGATACTCCCCATTC
981782 GGTATTGATACTCCCCATTC
1 GGTATTGATACTCCCCATTC
981802 GGTATTGATACTCCCCATTC
1 GGTATTGATACTCCCCATTC
*
981822 GGTATCGATACT
1 GGTATTGATACT
981834 GATTGAATCA
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 50 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.29, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
GGTATTGATACTCCCCATTC
Found at i:983783 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 983776--983808 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
983766 TGTCGTAAGG
983776 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
983809 GGAATTTTGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:990541 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 990514--990558 Score: 63
Period size: 22 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
990504 AATAAATCAC
990514 TTTTTTATAATTTTAATAATATT
1 TTTTTTAT-ATTTTAATAA-ATT
*
990537 TTTTTTATTTTTTAATAAATT
1 TTTTTTATATTTTAATAAATT
990558 T
1 T
990559 CAAAATTTTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 4 0.19
22 9 0.43
23 8 0.38
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTTATATTTTAATAAATT
Found at i:990624 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 990600--990655 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
990590 ATAGCTTTAA
990600 AATATTTTTCAAAATTTTTT
1 AATATTTTTCAAAATTTTTT
*
990620 CATATTTCTT--AAA-TTTTT
1 AATATTT-TTCAAAATTTTTT
* *
990638 AATATTTATCATAATTTT
1 AATATTTTTCAAAATTTT
990656 AATAACATTT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 8
0.70 0.10 0.20
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.04
18 11 0.39
19 5 0.18
20 9 0.32
21 2 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.00, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
AATATTTTTCAAAATTTTTT
Found at i:993971 original size:50 final size:50
Alignment explanation
Indices: 993861--994027 Score: 149
Period size: 50 Copynumber: 3.3 Consensus size: 50
993851 ATTGTTCCCT
* * * * * *
993861 AAAGAGGATCCCAAACAGAAATAAAAATCAGGATGAAGATGT-TACCCTCC
1 AAAGAGGATCCCAGACAAAAACAGAAATCAGGATGGAGATGTGT-CCATCC
* * * * *
993911 GAATAGGATCCTAGACAAAAACAGAAATGAGGATAGG-GATGTGTCCCTCC
1 AAAGAGGATCCCAGACAAAAACAGAAATCAGGAT-GGAGATGTGTCCATCC
* * * * * *
993961 AAAGATGATCCCATACAATAACATAAATCAGGATGGAGATGTTTCCATTC
1 AAAGAGGATCCCAGACAAAAACAGAAATCAGGATGGAGATGTGTCCATCC
994011 AAAGAGGATCCCAGACA
1 AAAGAGGATCCCAGACA
994028 TAAATCAAGA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 22, Indels: 6
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
49 2 0.02
50 88 0.96
51 2 0.02
ACGTcount: A:0.42, C:0.19, G:0.20, T:0.19
Consensus pattern (50 bp):
AAAGAGGATCCCAGACAAAAACAGAAATCAGGATGGAGATGTGTCCATCC
Found at i:1012328 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1012312--1012342 Score: 53
Period size: 11 Copynumber: 2.8 Consensus size: 11
1012302 ATTAGGATAG
1012312 TATTTTATTTA
1 TATTTTATTTA
*
1012323 TATTTTATTTT
1 TATTTTATTTA
1012334 TATTTTATT
1 TATTTTATT
1012343 CATCAATCAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 19 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (11 bp):
TATTTTATTTA
Found at i:1019020 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1019013--1019037 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
1019003 TCAATCTACA
1019013 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1019038 ATTTACAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1019206 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 1019057--1019214 Score: 219
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
1019047 ATATAATCAC
* * * *
1019057 GACACACGAATGTGTGTCATATTCATTTATGACGGGGGCTTCAATGACACGCAATGTAAGTCATA
1 GACACACAAATATGTGTCATATTCATTTATGACGGGGGCTTCAATAACACGCAATGGAAGTCATA
*
1019122 CATGCGTGCCATAAATTTAT
66 AATGCGTGCCATAAATTTAT
* * * *
1019142 GACACACAAATATGTGTCATCTTCATTTATGACGGGGGCTTCAATAACGCTCAATGCGCA-TCAT
1 GACACACAAATATGTGTCATATTCATTTATGACGGGGGCTTCAATAACACGCAATG-GAAGTCAT
1019206 AAATGCGTG
65 AAATGCGTG
1019215 TCACAAATGC
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 9, Indels: 2
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 62 0.98
86 1 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (85 bp):
GACACACAAATATGTGTCATATTCATTTATGACGGGGGCTTCAATAACACGCAATGGAAGTCATA
AATGCGTGCCATAAATTTAT
Found at i:1019212 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1019194--1019232 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 3.0 Consensus size: 13
1019184 AATAACGCTC
*
1019194 AATGCGCATCATA
1 AATGCGCGTCATA
* *
1019207 AATGCGTGTCACA
1 AATGCGCGTCATA
1019220 AATGCGCGTCATA
1 AATGCGCGTCATA
1019233 GATTTATGAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 5, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.23, G:0.21, T:0.23
Consensus pattern (13 bp):
AATGCGCGTCATA
Found at i:1037580 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1037539--1037580 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
1037529 AAATATCTTT
1037539 TAAAATAATTTTAAGA
1 TAAAATAATTTTAAGA
1037555 -AAAATAATTTTAAAAGA
1 TAAAATAATTTT--AAGA
1037572 TAAAA-AATT
1 TAAAATAATT
1037581 GATTTGCGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 5
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.48
17 8 0.35
18 4 0.17
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
TAAAATAATTTTAAGA
Found at i:1038769 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1038761--1038825 Score: 105
Period size: 3 Copynumber: 21.7 Consensus size: 3
1038751 CATTTTAAAA
*
1038761 ATT ATT ATT ATT ATT ATT TTT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATAT ATT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT-T ATT
1038807 ATT ATT ATT ATT -TT ATT AT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
1038826 AAATAATTAC
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 2, Indels: 4
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.03
3 53 0.91
4 3 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:1040584 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 1040543--1040581 Score: 51
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
1040533 ATTTCCTTCA
* *
1040543 ATTATTTTTTTATCTTTT
1 ATTATTTTTATATCTTAT
1040561 ATTATTTTTATATCCTTAT
1 ATTATTTTTATAT-CTTAT
1040580 AT
1 AT
1040582 ATTAATGTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 12 0.67
19 6 0.33
ACGTcount: A:0.23, C:0.08, G:0.00, T:0.69
Consensus pattern (18 bp):
ATTATTTTTATATCTTAT
Found at i:1042936 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1042913--1042957 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
1042903 TTTTTCATTA
*
1042913 CATTTGCATTTTTATGTTTG
1 CATTTGCATTTTTATATTTG
*
1042933 CATTTGCATTTTTATATTTT
1 CATTTGCATTTTTATATTTG
1042953 CATTT
1 CATTT
1042958 TATATTTGCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.11, G:0.09, T:0.62
Consensus pattern (20 bp):
CATTTGCATTTTTATATTTG
Found at i:1043014 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1042993--1043024 Score: 55
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 16
1042983 ATTTGCATTC
*
1042993 TCATTTTTGCATTTAT
1 TCATTTTCGCATTTAT
1043009 TCATTTTCGCATTTAT
1 TCATTTTCGCATTTAT
1043025 ATTACATTTT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 15 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.16, G:0.06, T:0.59
Consensus pattern (16 bp):
TCATTTTCGCATTTAT
Found at i:1045320 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 1045304--1045338 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 3.0 Consensus size: 11
1045294 TTCAAATAGC
1045304 AAAAAGAAAAA
1 AAAAAGAAAAA
1045315 AAAAAGAAAAAA
1 AAAAAG-AAAAA
1045327 AAGAAAGAAAAA
1 AA-AAAGAAAAA
1045339 GAAGATGAGA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 3
0.88 0.00 0.12
Matches are distributed among these distances:
11 6 0.27
12 12 0.55
13 4 0.18
ACGTcount: A:0.89, C:0.00, G:0.11, T:0.00
Consensus pattern (11 bp):
AAAAAGAAAAA
Found at i:1045324 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1045312--1045341 Score: 51
Period size: 9 Copynumber: 3.2 Consensus size: 9
1045302 GCAAAAAGAA
1045312 AAAAAAAAG
1 AAAAAAAAG
1045321 AAAAAAAAG
1 AAAAAAAAG
1045330 AAAGAAAAAG
1 AAA-AAAAAG
1045340 AA
1 AA
1045342 GATGAGAGAT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 1
0.95 0.00 0.05
Matches are distributed among these distances:
9 12 0.60
10 8 0.40
ACGTcount: A:0.87, C:0.00, G:0.13, T:0.00
Consensus pattern (9 bp):
AAAAAAAAG
Found at i:1045324 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 1045304--1045341 Score: 51
Period size: 10 Copynumber: 3.8 Consensus size: 10
1045294 TTCAAATAGC
1045304 AAAAAGAAAA
1 AAAAAGAAAA
1045314 AAAAA-AGAAA
1 AAAAAGA-AAA
*
1045324 AAAAAGAAAG
1 AAAAAGAAAA
1045334 AAAAAGAA
1 AAAAAGAA
1045342 GATGAGAGAT
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 4
0.83 0.03 0.13
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.04
10 23 0.92
11 1 0.04
ACGTcount: A:0.87, C:0.00, G:0.13, T:0.00
Consensus pattern (10 bp):
AAAAAGAAAA
Found at i:1045343 original size:13 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1045306--1045343 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 3.1 Consensus size: 12
1045296 CAAATAGCAA
1045306 AAAGAAAAAAA-
1 AAAGAAAAAAAG
1045317 AAAGAAAAAAAAG
1 AAAG-AAAAAAAG
1045330 AAAGAAAAAGAAG
1 AAAGAAAAA-AAG
1045343 A
1 A
1045344 TGAGAGATTG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 4
0.86 0.00 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 4 0.17
12 12 0.50
13 8 0.33
ACGTcount: A:0.84, C:0.00, G:0.16, T:0.00
Consensus pattern (12 bp):
AAAGAAAAAAAG
Found at i:1047980 original size:108 final size:108
Alignment explanation
Indices: 1047791--1048002 Score: 282
Period size: 108 Copynumber: 2.0 Consensus size: 108
1047781 TTCACTGGAA
* * * *
1047791 AACATCTGTGCAGAAGCCATAGGAAAGGATAAATGTGTTGTCAAATATATTACGAACATCTGTAC
1 AACATCTGTGCAGAAACCACAGGAAAGAATAAATGTGTTGTCAAATATATTACAAACATCTGTAC
**
1047856 AGAAGACACAAGAAATGATGAATGTGTTGTCAAATGTTTGACG
66 AGAAGACACAAGAAATGATGAATGTGTTACCAAATGTTTGACG
* * * * *
1047899 AACATCTGTGCAGAAACCACATGAAAGAATTAATGTGTTGTCAAATGTTTTACAAATATCTG-AG
1 AACATCTGTGCAGAAACCACAGGAAAGAATAAATGTGTTGTCAAATATATTACAAACATCTGTA-
* * *
1047963 TAGAAGCCACATGAAATGATGAATGTGTTACCAAATGTTT
65 CAGAAGACACAAGAAATGATGAATGTGTTACCAAATGTTT
1048003 TATGAGCCAA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 14, Indels: 2
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
107 1 0.01
108 88 0.99
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (108 bp):
AACATCTGTGCAGAAACCACAGGAAAGAATAAATGTGTTGTCAAATATATTACAAACATCTGTAC
AGAAGACACAAGAAATGATGAATGTGTTACCAAATGTTTGACG
Found at i:1048003 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1047790--1048004 Score: 227
Period size: 54 Copynumber: 4.0 Consensus size: 54
1047780 CTTCACTGGA
* * * * * * *
1047790 AAACATCTGTGCAGAAGCCATAGGAAAGGATAAATGTGTTGTCAAATATATTAC
1 AAACATCTGAGCAGAAGCCACATGAAATGATGAATGTGTTGTCAAATGTTTTAC
* * * *
1047844 GAACATCTGTA-CAGAAGACACAAGAAATGATGAATGTGTTGTCAAATGTTTGAC
1 AAACATCTG-AGCAGAAGCCACATGAAATGATGAATGTGTTGTCAAATGTTTTAC
* * * *
1047898 GAACATCTGTGCAGAAACCACATGAAA-GAATTAATGTGTTGTCAAATGTTTTAC
1 AAACATCTGAGCAGAAGCCACATGAAATG-ATGAATGTGTTGTCAAATGTTTTAC
* * **
1047952 AAATATCTGAGTAGAAGCCACATGAAATGATGAATGTGTTACCAAATGTTTTA
1 AAACATCTGAGCAGAAGCCACATGAAATGATGAATGTGTTGTCAAATGTTTTA
1048005 TGAGCCAATG
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 24, Indels: 8
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
53 1 0.01
54 131 0.98
55 1 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.20, T:0.28
Consensus pattern (54 bp):
AAACATCTGAGCAGAAGCCACATGAAATGATGAATGTGTTGTCAAATGTTTTAC
Found at i:1049129 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1049064--1049189 Score: 164
Period size: 45 Copynumber: 2.8 Consensus size: 45
1049054 TTATTTCCCA
* ** *
1049064 CATCTGTAAGCCCTTGAGTGCATGGTGTTTTCAAAGCCTTCGGGT
1 CATCTGTAAGACCTACAGTGCATGGTGTTTTCAAAACCTTCGGGT
* *
1049109 CATCTGTAAGTCCTACAGTGCATGATGTTTTCAAAACCTTCGGGT
1 CATCTGTAAGACCTACAGTGCATGGTGTTTTCAAAACCTTCGGGT
**
1049154 CATCCATAAGACCTACAGTGCA-GGATGTTTTCAAAA
1 CATCTGTAAGACCTACAGTGCATGG-TGTTTTCAAAA
1049190 ATCCTTCGAG
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 9, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
44 1 0.01
45 70 0.99
ACGTcount: A:0.25, C:0.22, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (45 bp):
CATCTGTAAGACCTACAGTGCATGGTGTTTTCAAAACCTTCGGGT
Found at i:1049257 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 1049131--1049341 Score: 325
Period size: 76 Copynumber: 2.8 Consensus size: 76
1049121 CTACAGTGCA
* ** * * *
1049131 TGATGTTTTCAAAACCTTCGGGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAATCCTT
1 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAAAGCCTT
1049196 CGAGAGCTTTT
66 CGAGAGCTTTT
*
1049207 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAAAGCCTT
1 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAAAGCCTT
*
1049272 CGGGAGCTTTT
66 CGAGAGCTTTT
*
1049283 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTAT-AGTGCATGATGTTTTCAAAA
1 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCT-TCAGTGCATGATGTTTTCAAAA
1049342 CATTCGAGTC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 9, Indels: 2
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
76 124 0.99
77 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (76 bp):
TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAAAGCCTT
CGAGAGCTTTT
Found at i:1049332 original size:121 final size:121
Alignment explanation
Indices: 1049207--1049584 Score: 569
Period size: 121 Copynumber: 3.1 Consensus size: 121
1049197 GAGAGCTTTT
* * ** * * *
1049207 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAAAGCCTT
1 TGATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTT
*
1049272 CGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTATAGTGCA
66 CGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTATAGTGCA
*
1049328 TGATGTTTTCAAAACATTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTT
1 TGATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTT
* *
1049393 CGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCT-TCAGTCCA
66 CGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTAT-AGTGCA
* *
1049449 TGATGTTATCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGTAGGATGTTTTCAAAAAAGCCT
1 TGATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTC-AAAAAGCCT
* * *
1049514 TCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCAGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGTA
65 TCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTATAGTGCA
* *
1049571 GGATGTTCTCAAAA
1 TGATGTTTTCAAAA
1049585 AGCCTTTAGG
Statistics
Matches: 234, Mismatches: 20, Indels: 5
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
120 1 0.00
121 161 0.69
122 72 0.31
ACGTcount: A:0.26, C:0.21, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (121 bp):
TGATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTT
CGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTATAGTGCA
Found at i:1049353 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1049283--1049386 Score: 136
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
1049273 GGGAGCTTTT
* * * ** * *
1049283 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTATAGTGCA
1 TGATGTTTTCAAAACATTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCA
1049328 TGATGTTTTCAAAACATTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCA
1 TGATGTTTTCAAAACATTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCA
*
1049373 GGATGTTTTCAAAA
1 TGATGTTTTCAAAA
1049387 AGCCTTCGGG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 8, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 51 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (45 bp):
TGATGTTTTCAAAACATTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGCA
Found at i:1049424 original size:197 final size:197
Alignment explanation
Indices: 1049089--1049462 Score: 685
Period size: 197 Copynumber: 1.9 Consensus size: 197
1049079 GAGTGCATGG
* *
1049089 TGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTACAGTGCATGATGTTTTCAAAACCTTCGGGT
1 TGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTACAGTGCATGATGTTTTCAAAACATTCGAGT
*
1049154 CATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAATCCTTCGAGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
66 CATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTTCGAGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
* *
1049219 AGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTT
131 AGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTCCATGATGTTATCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTT
1049284 GA
196 GA
*
1049286 TGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTATAGTGCATGATGTTTTCAAAACATTCGAGT
1 TGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTACAGTGCATGATGTTTTCAAAACATTCGAGT
*
1049351 CATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
66 CATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTTCGAGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
1049416 AGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTCCATGATGTTATCAAAA
131 AGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTCCATGATGTTATCAAAA
1049463 CCTTCGAGTC
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 7, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
197 170 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (197 bp):
TGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGTCCTACAGTGCATGATGTTTTCAAAACATTCGAGT
CATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAAAGCCTTCGAGAGCTTTTTGATGTTTTCAA
AGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTCCATGATGTTATCAAAAAGCCTTCGGGAGCTTTTT
GA
Found at i:1049499 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1049405--1049507 Score: 116
Period size: 45 Copynumber: 2.3 Consensus size: 45
1049395 GGAGCTTTTT
* * ** * * *
1049405 GATGTTTTCAAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTCCAT
1 GATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTCCAG
* **
1049450 GATGTTATCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGTAG
1 GATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTCCAG
1049495 GATGTTTTCAAAA
1 GATGTTTTCAAAA
1049508 AAGCCTTCGG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 11, Indels: 0
0.81 0.19 0.00
Matches are distributed among these distances:
45 47 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.22, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (45 bp):
GATGTTTTCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTCCAG
Found at i:1049538 original size:77 final size:77
Alignment explanation
Indices: 1049449--1049658 Score: 266
Period size: 77 Copynumber: 2.8 Consensus size: 77
1049439 CTTCAGTCCA
* * **
1049449 TGATGTTATCAAAACCTTCGAGTCATCCATAAGACCTACAGTGTAGGATGTTTTCAAAAAAGCCT
1 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGAGTCATCTGTAAGACCTACAGTGTAGGATGTTTTCAAAAAAGCCT
*
1049514 TCGGGAGCTTTT
66 TCAGGAGCTTTT
*
1049526 TGATGTTTTCAAAGCCTTC-AGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGTAGGATGTTCTC-AAAAAGCC
1 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGA-GTCATCTGTAAGACCTACAGTGTAGGATGTTTTCAAAAAAGCC
*
1049589 TTTAGGAGCTTTT
65 TTCAGGAGCTTTT
* * * * * *
1049602 TGAT-ATTT-AAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAA
1 TGATGTTTTCAAAGCCTTCGAGTCATCTGTAAGACCTACAGTGTAGGATGTTTTCAAAA
1049659 TCTTTGGGTC
Statistics
Matches: 116, Mismatches: 14, Indels: 8
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
74 38 0.33
75 6 0.05
76 24 0.21
77 48 0.41
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.20, T:0.33
Consensus pattern (77 bp):
TGATGTTTTCAAAGCCTTCGAGTCATCTGTAAGACCTACAGTGTAGGATGTTTTCAAAAAAGCCT
TCAGGAGCTTTT
Found at i:1049670 original size:45 final size:45
Alignment explanation
Indices: 1049614--1049816 Score: 246
Period size: 45 Copynumber: 4.5 Consensus size: 45
1049604 ATATTTAAAG
* * *
1049614 CCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAA
1 CCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAA
* * * * * *
1049659 TCTTTGGGTCATCTGTAAGCCCTACAGTGCATGATGCTTTCAAAG
1 CCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAA
* * *
1049704 CCTTCGGGTTATCTGTAAGACCTTCAGTGCAGGATGTTTTCAAAG
1 CCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAA
* ** *
1049749 CATTCGGGTCATCCATAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCCAAA
1 CCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAA
1049794 CCTTCGGGTCATTCT-TAAGACCT
1 CCTTCGGGTCA-TCTGTAAGACCT
1049817 CTGTACAGAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 21, Indels: 2
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
45 134 0.99
46 2 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.21, T:0.32
Consensus pattern (45 bp):
CCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCAAAA
Found at i:1049718 original size:90 final size:91
Alignment explanation
Indices: 1049610--1049816 Score: 278
Period size: 90 Copynumber: 2.3 Consensus size: 91
1049600 TTTGATATTT
* * * * **
1049610 AAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGCCCTTCAGTGCATGATGTTTTCAAAATC-TTTGGGTCATCTG
1 AAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTTCAGTGCAGGATGTTTTC-AAAGCATTCGGGTCATCCA
* *
1049674 TAAGCCCTACAGTGCATGATGCTTT-C
65 TAAGACCTACAGTGCAGGATGCTTTCC
*
1049700 AAAGCCTTCGGGTTATCTGTAAGACCTTCAGTGCAGGATGTTTTCAAAGCATTCGGGTCATCCAT
1 AAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTTCAGTGCAGGATGTTTTCAAAGCATTCGGGTCATCCAT
*
1049765 AAGACCTACAGTGCAGGATGTTTTCC
66 AAGACCTACAGTGCAGGATGCTTTCC
1049791 AAA-CCTTCGGGTCATTCT-TAAGACCT
1 AAAGCCTTCGGGTCA-TCTGTAAGACCT
1049817 CTGTACAGAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 11, Indels: 6
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
89 4 0.04
90 92 0.89
91 7 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.23, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (91 bp):
AAAGCCTTCGGGTCATCTGTAAGACCTTCAGTGCAGGATGTTTTCAAAGCATTCGGGTCATCCAT
AAGACCTACAGTGCAGGATGCTTTCC
Found at i:1049971 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1049963--1049993 Score: 55
Period size: 3 Copynumber: 10.7 Consensus size: 3
1049953 CATTTTAAAA
1049963 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT -TT ATT AT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
1049994 AAATAATTAC
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
2 2 0.07
3 25 0.93
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.00, T:0.68
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:1051107 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 1051097--1051122 Score: 52
Period size: 5 Copynumber: 5.2 Consensus size: 5
1051087 TGGTCTCATA
1051097 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT A
1 ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT ATTTT A
1051123 GTCCTTATCT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 21 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.00, G:0.00, T:0.77
Consensus pattern (5 bp):
ATTTT
Found at i:1051491 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1051478--1051513 Score: 63
Period size: 2 Copynumber: 18.0 Consensus size: 2
1051468 CATATTAGTC
*
1051478 AT AT AA AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1051514 TTGTTTAAAT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 32 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1051784 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1051777--1051801 Score: 50
Period size: 2 Copynumber: 12.5 Consensus size: 2
1051767 ATATCCTACT
1051777 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1051802 TTACTTCATT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 23 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:1051854 original size:157 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1051529--1051934 Score: 340
Period size: 157 Copynumber: 2.5 Consensus size: 154
1051519 TAAATAATAA
* * *
1051529 TATTTATTTA-TTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAATATAACTAGATGTCCTATTCTGGT
1 TATTTATATATTTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAAAATAACTAGACGTCCTATTCTGGT
* * *
1051593 ATTTTAAATAAATAAATATTATAAAAATTATATATATTTAATTTAGTTTTATTTAAATTATTTTA
66 ATTTTAAATAAATAAATATTATAAAAATTATATATATATAATTTAGCTTCATTTAAATTATTTTA
* * * *
1051658 CTTAGGAAATATTATCACCTTTTTATT
131 -TTAAGAAAAATTATCA-C-TATTACT
* *
1051685 TATTTATTTATTTTTTAAATATTAAGAAAGGGCGGTCTTAAAATAACTAGACGTCCTATTCTGGT
1 TATTTATATATTTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAAAATAACTAGACGTCCTATTCTGGT
* *
1051750 ATTTTAAAAATAAATAAATATCCTACTTATATATATATATATATATATATATTTA-CTTCATTTT
66 ATTTT--AAATAAATAAATAT--TA--TA-A-AAAT-TATATATATATA-ATTTAGCTTCATTTA
* *
1051814 TATTA-TTT-TTAAGAAAAATTATTA-TATT-CT
121 AATTATTTTATTAAGAAAAATTATCACTATTACT
** ** * *
1051844 T-TTTAATATTTATTTGTTTATTAATATTAAAGAAATGGGTTGTCTTAAAGCAACTAGAAGTCAT
1 TATTT-ATA--TATTT-TTTA--AATATT-AAGAAA-GGGCAGTCTTAAAATAACTAGACGTCCT
* **
1051908 TTTCTAATATTTTTAAATAAATAAATA
58 ATTCTGGTA-TTTTAAATAAATAAATA
1051935 CTTTATTTTA
Statistics
Matches: 206, Mismatches: 24, Indels: 31
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
156 10 0.05
157 56 0.27
158 3 0.01
159 18 0.09
160 3 0.01
161 7 0.03
162 4 0.02
163 15 0.07
164 7 0.03
165 25 0.12
166 49 0.24
167 9 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.07, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (154 bp):
TATTTATATATTTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAAAATAACTAGACGTCCTATTCTGGT
ATTTTAAATAAATAAATATTATAAAAATTATATATATATAATTTAGCTTCATTTAAATTATTTTA
TTAAGAAAAATTATCACTATTACT
Found at i:1051901 original size:166 final size:153
Alignment explanation
Indices: 1051526--1051934 Score: 394
Period size: 166 Copynumber: 2.5 Consensus size: 153
1051516 GTTTAAATAA
*
1051526 TAATATTTATTTATTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAATATAACTAGATGTCCTATTCTG
1 TAATATTTATTTATTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAA-ATAACTAGAAGTCCTATTCTG
* * *
1051591 GTATTTTAAATAAATAAATATTATAAAAATTATATATATTTAATTTAGTTTTATTTAAATTATTT
65 GTATTTTAAATAAATAAATATTATAAAAATTATATATATATAATTTAGCTTCATTTAAATTATTT
* *
1051656 TACTTAGGAAATATTATCACCTTTT
130 TA-TAAGAAAATATTATCACCTTTT
* * *
1051681 TATTTATTTATTTATTTTTTAAATATTAAGAAAGGGCGGTCTTAAAATAACTAGACGTCCTATTC
1 TA-ATATTTATTTA-TTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTT-AAATAACTAGAAGTCCTATTC
*
1051746 TGGTATTTTAAAAATAAATAAATATCCTACTTATATATATATATATATATATATATTTA-CTTCA
63 TGGTATTTT--AAATAAATAAATAT--TA--TA-A-AAAT-TATATATATATA-ATTTAGCTTCA
** *
1051810 TTTTTATTATTTT-TAAGAAAAATTATTAT-ATTCTTTT
118 TTTAAATTATTTTATAAG-AAAA-TATTATCA-CCTTTT
* ** * * *
1051847 TAATATTTATTTGTTTATT-AATATTAAAGAAATGGGTTGTCTTAAAGCAACTAGAAGTCATTTT
1 TAATATTTATTTATTT-TTAAATATT-AAGAAA-GGGCAGTCTTAAA-TAACTAGAAGTCCTATT
**
1051911 CTAATATTTTTAAATAAATAAATA
62 CTGGTA-TTTTAAATAAATAAATA
1051935 CTTTATTTTA
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 22, Indels: 32
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
155 2 0.01
156 10 0.05
157 54 0.26
158 2 0.01
159 14 0.07
161 2 0.01
163 2 0.01
164 13 0.06
165 40 0.19
166 63 0.30
167 9 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.08, T:0.47
Consensus pattern (153 bp):
TAATATTTATTTATTTTTAAATATTAAGAAAGGGCAGTCTTAAATAACTAGAAGTCCTATTCTGG
TATTTTAAATAAATAAATATTATAAAAATTATATATATATAATTTAGCTTCATTTAAATTATTTT
ATAAGAAAATATTATCACCTTTT
Found at i:1053316 original size:82 final size:82
Alignment explanation
Indices: 1053179--1053866 Score: 941
Period size: 82 Copynumber: 8.4 Consensus size: 82
1053169 GGGAAATCTA
* ** * *
1053179 CTCCACTCTTCTTTCAAAGGAGATCAGACTTGATCTATTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
*
1053244 TTTGTAAGACGAGTCTG
66 TTTGGAAGACGAGTCTG
* * * *
1053261 CTCCACTATTCTTTTAGGGGAGATCAGACATGATATATTCCTCTTTTTTGGGTAGTCAGATCAAT
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
1053326 TTTGGAAGACGAGTCTG
66 TTTGGAAGACGAGTCTG
* * * * *
1053343 CTCCACTATTCTTTCAGTGGAGATCAGAATTGATTTGTTCCTTTTTTTCGGATAGTCAGATCAAT
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
1053408 TTTGGAAGACGAGTCTG
66 TTTGGAAGACGAGTCTG
* * *
1053425 CTCCACTATTCTTTCAGTGGAGATCAGACTTGATCTGTTCCTCTTTTTCAGGTAGTCAGATCAAT
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
* *
1053490 TTTGGAAAATGAGTCTG
66 TTTGGAAGACGAGTCTG
* * * * *
1053507 CTCTACTGTTCTTTTAGGGGAGATC-GAACTTGATCTGTTCCTCTTTTTCAGGTAGTCAGATCAA
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAG-ACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAA
*
1053571 TTTTGGAAGATGAGTCTG
65 TTTTGGAAGACGAGTCTG
* * * * *
1053589 CTCCACTATTCTTTCAGGGGATATCGGACTTGATTTGTTCCTATATTTTCAGGTAGTCAGATCAA
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCT-TTTTCGGGTAGTCAGATCAA
* * *
1053654 TTTTGGAAAATGAGTTTG
65 TTTTGGAAGACGAGTCTG
* * * *
1053672 CTCTAATATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCT-TTTTTTGGGTAATCAGATCAAT
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
*
1053736 TTTTGAAGACGAGTCTG
66 TTTGGAAGACGAGTCTG
*
1053753 CTCCACTATTCTTTCAGGGGATATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
* *
1053818 TTTGGAAAACGAGTCTA
66 TTTGGAAGACGAGTCTG
* *
1053835 CTCCACTCTTCTTTCA-GGGAGATAAGACTTGA
1 CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGA
1053867 GAAATCTTTG
Statistics
Matches: 542, Mismatches: 60, Indels: 9
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
81 85 0.16
82 383 0.71
83 74 0.14
ACGTcount: A:0.24, C:0.18, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (82 bp):
CTCCACTATTCTTTCAGGGGAGATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAGATCAAT
TTTGGAAGACGAGTCTG
Found at i:1053889 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 1053818--1053921 Score: 190
Period size: 55 Copynumber: 1.9 Consensus size: 55
1053808 TCAGATCAAT
*
1053818 TTTGGAAAACGAGTCTACTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGACTTGAGAAATC
1 TTTGGAAAACGAGTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGAGAAATC
*
1053873 TTTGGAAAACGGGTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGA
1 TTTGGAAAACGAGTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGA
1053922 TTTGTTCCTC
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
55 47 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (55 bp):
TTTGGAAAACGAGTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGAGAAATC
Found at i:1054006 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 1053748--1054133 Score: 560
Period size: 136 Copynumber: 2.8 Consensus size: 136
1053738 TTGAAGACGA
* * * *
1053748 GTCTGCTCCACTATTCTTTC-AGGGGATATCAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTCGGGTAGTCAG
1 GTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATA--AGACTTGATATGTTCCTCTTTTTTGGGTAGTCAG
* * ** *
1053812 ATCAATTTTGGAAAACGAGTCTACTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGACTTGAGAAATCTTTG
64 ATCAATTTTGGAAAACGAGTCTGCTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGAATCAAGAAATATTTG
*
1053877 GAAAACGG
129 GAAAACAG
* *
1053885 GTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGATTTGTTCCTCTTTTTTGGGTAGTCATAT
1 GTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTTGGGTAGTCAGAT
* * *
1053950 AAATTTTGAAAAACGAGTCTGCTCCACT-TGTATTTCAGGGAGATAAGAATCAAGAAATATTTGG
66 CAATTTTGGAAAACGAGTCTGCTCCACTCT-TCTTTCAGGGAGATAAGAATCAAGAAATATTTGG
*
1054014 AAGACAG
130 AAAACAG
* *
1054021 GTCTACTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGACTTGATATGTTCCTCGTTTTTGGGTAGTCAGAT
1 GTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTTGGGTAGTCAGAT
*
1054086 CAATTTTGGAAAATGAGTCTGCTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGA
66 CAATTTTGGAAAACGAGTCTGCTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGA
1054134 CTTGAGAATG
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 24, Indels: 7
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
135 1 0.00
136 195 0.88
137 19 0.09
138 7 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (136 bp):
GTCTACTCCACTCTTCTTTCAAGGAGATAAGACTTGATATGTTCCTCTTTTTTGGGTAGTCAGAT
CAATTTTGGAAAACGAGTCTGCTCCACTCTTCTTTCAGGGAGATAAGAATCAAGAAATATTTGGA
AAACAG
Found at i:1054271 original size:89 final size:90
Alignment explanation
Indices: 1054173--1054417 Score: 361
Period size: 89 Copynumber: 2.7 Consensus size: 90
1054163 CAAGAAGACT
* *
1054173 AAATCTGAAATAGGAAGAATCTGCTCCACTACTTTTCCGGGGAGATCAGACTCGAGATTGATTTG
1 AAATCTGAAATAAGAAGAATCTGCTCCACTACTCTTCCGGGGAGATCAGACTCGAGATTGATTTG
*
1054238 CTTTC-CTACTCTTTCG-GGATGACA
66 CTTTCGCTACTCTTTCGAGAAT-ACA
* * *
1054262 AAATATGAAATAAGAAGAATCTGATCCACTACTCTTCCAGGGAGATCAGACTCGAGATTGATTTG
1 AAATCTGAAATAAGAAGAATCTGCTCCACTACTCTTCCGGGGAGATCAGACTCGAGATTGATTTG
*
1054327 C-TTCGCTACTCTTTCGAGAATACC
66 CTTTCGCTACTCTTTCGAGAATACA
* * * *
1054351 AAATCTGAAATAAGAAGAATTTGCCCCACTACTCTTCCGGAGAGATCATACTCGAGATTGATTTG
1 AAATCTGAAATAAGAAGAATCTGCTCCACTACTCTTCCGGGGAGATCAGACTCGAGATTGATTTG
1054416 CT
66 CT
1054418 CCATTGTCCC
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 14, Indels: 5
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
88 3 0.02
89 133 0.96
90 3 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.19, T:0.29
Consensus pattern (90 bp):
AAATCTGAAATAAGAAGAATCTGCTCCACTACTCTTCCGGGGAGATCAGACTCGAGATTGATTTG
CTTTCGCTACTCTTTCGAGAATACA
Found at i:1056396 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1056370--1056418 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
1056360 ATAAAGAACC
*
1056370 AAAATAAACT-TAAATATACCATT
1 AAAATAAACTCTAAACATA-CATT
*
1056393 AAAATAAAGTCTAAACATACATT
1 AAAATAAACTCTAAACATACATT
1056416 AAA
1 AAA
1056419 CCAACCACCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
23 16 0.70
24 7 0.30
ACGTcount: A:0.59, C:0.12, G:0.02, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
AAAATAAACTCTAAACATACATT
Found at i:1062269 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1062228--1062269 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
1062218 AACTATCTTT
1062228 TAAAATAATTTTAAGA
1 TAAAATAATTTTAAGA
1062244 -AAAATAATTTTAAAAGA
1 TAAAATAATTTT--AAGA
1062261 TAAAA-AATT
1 TAAAATAATT
1062270 GATATGCGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 5
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
15 11 0.48
17 8 0.35
18 4 0.17
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.05, T:0.33
Consensus pattern (16 bp):
TAAAATAATTTTAAGA
Found at i:1064114 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 1064106--1064160 Score: 101
Period size: 3 Copynumber: 18.0 Consensus size: 3
1064096 GGGCTTGCAT
1064106 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATAA ATA
1 ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA ATA AT-A ATA
1064152 ATA ATA ATA
1 ATA ATA ATA
1064161 TGTAAACTAG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 0, Indels: 2
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
3 48 0.94
4 3 0.06
ACGTcount: A:0.67, C:0.00, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (3 bp):
ATA
Found at i:1069210 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1069203--1069232 Score: 53
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
1069193 TTGTTTAATA
1069203 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A- AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1069233 AAATGATGAT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 2
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.04
2 26 0.96
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:1071890 original size:230 final size:227
Alignment explanation
Indices: 1071507--1071940 Score: 605
Period size: 221 Copynumber: 1.9 Consensus size: 227
1071497 AGGGCCAATT
1071507 AAATTAAGAATAAAAATGCAAATTGAGAAATTAAATATAAACAAAGACATAAAAAAATGGGAAAA
1 AAATTAAGAATAAAAATGCAAATTGAGAAATTAAATATAAACAAAGACATAAAAAAAT-GG----
*
1071572 AAAAAGAAAAATAAAAATAACAGAAATAAAATAAAAAAATACATACCCAAAAAATTATCTAAATT
61 AAAAAGAAAAATAAAAATAACAGAAATAAAATAAAAAAAGACATACCCAAAAAATTATCTAAATT
1071637 GAAAAGAGGAAAAAATAAAAAAAATAAAATCAATGAAAATAATATGAAATTGAAACAAAATAAAA
126 GAAAAGAGGAAAAAAT------AA-AAAA--AATGAAAATAATATGAAATTGAAACAAAATAAAA
1071702 ATATAAAACCCTAAAAAATTCTAGTTAATTGATTTAAAGACACAAA
182 ATATAAAACCCTAAAAAATTCTAGTTAATTGATTTAAAGACACAAA
* * * *
1071748 AAATTAAGAATAAAAAATGCCAATTGAGAAATTAAATGTAAATAAAGACA-CAAAAAAT-G-AAA
1 AAATTAAGAAT-AAAAATGCAAATTGAGAAATTAAATATAAACAAAGACATAAAAAAATGGAAAA
1071810 A-AAAAATAAAAATAACAGAAA-AAAAT-AAAAAAGACATACCC-AAAAATTATCTAAATTGAAA
65 AGAAAAATAAAAATAACAGAAATAAAATAAAAAAAGACATACCCAAAAAATTATCTAAATTGAAA
* *
1071871 AGAGGAAAAAA-ATAAAAAAATGAAATTAATATGAAATTGTAACAAAATAAAAATATAAAACCCT
130 AGAGGAAAAAATA-AAAAAAATGAAAATAATATGAAATTGAAACAAAATAAAAATATAAAACCCT
1071935 AAAAAA
194 AAAAAA
1071941 ATTTGGTACT
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 7, Indels: 24
0.86 0.03 0.11
Matches are distributed among these distances:
221 50 0.27
223 5 0.03
224 1 0.01
230 31 0.17
231 14 0.08
232 5 0.03
233 20 0.11
234 4 0.02
239 1 0.01
241 18 0.10
242 35 0.19
ACGTcount: A:0.66, C:0.07, G:0.08, T:0.19
Consensus pattern (227 bp):
AAATTAAGAATAAAAATGCAAATTGAGAAATTAAATATAAACAAAGACATAAAAAAATGGAAAAA
GAAAAATAAAAATAACAGAAATAAAATAAAAAAAGACATACCCAAAAAATTATCTAAATTGAAAA
GAGGAAAAAATAAAAAAAATGAAAATAATATGAAATTGAAACAAAATAAAAATATAAAACCCTAA
AAAATTCTAGTTAATTGATTTAAAGACACAAA
Done.