genome.fa.s2676.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002676.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005524_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  209796

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2449--2570	31	3.9	31	78	9	113	31	17	19	31	1.95
2562--2633	30	2.4	30	92	0	117	25	19	23	31	1.98
6620--6652	17	2.0	17	88	5	50	63	21	12	3	1.41
13126--13547	134	3.0	145	70	16	410	27	15	21	35	1.94
12978--13547	281	2.0	279	91	0	906	26	16	22	34	1.95
14613--14868	113	2.3	112	93	0	440	44	14	15	25	1.83
14842--14889	21	2.3	21	96	0	87	37	16	10	35	1.83
14722--15002	132	2.1	132	88	2	429	43	13	14	28	1.84
15708--15751	22	2.0	22	86	0	61	43	15	6	34	1.74
17139--17308	65	2.5	68	85	7	240	51	18	14	15	1.77
17670--17722	20	2.6	20	80	11	63	15	32	16	35	1.90
20635--20702	29	2.3	30	82	10	86	41	17	23	17	1.90
24380--24427	22	2.2	22	92	7	80	37	25	16	20	1.93
25233--26115	300	2.9	298	81	5	935	36	20	15	28	1.92
28178--28206	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
29696--30169	182	2.6	182	88	2	675	43	13	15	27	1.85
32357--32399	21	2.0	21	90	0	68	41	11	30	16	1.83
32434--32499	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
34292--34341	19	2.6	19	93	0	82	32	2	10	56	1.44
34459--35452	199	4.9	200	91	5	1580	37	15	17	29	1.91
34875--34930	21	2.7	21	97	0	103	37	19	16	26	1.92
34459--35433	420	2.4	402	88	7	1523	37	15	17	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36917--37039	6	20.0	6	77	8	86	39	7	32	21	1.81
36917--37037	18	6.9	18	77	9	115	38	7	32	21	1.81
36917--37037	12	10.3	12	78	5	113	38	7	32	21	1.81
36966--37039	15	4.7	15	85	9	103	37	5	33	22	1.77
38583--38645	23	2.7	23	95	0	108	36	4	19	39	1.72
38655--38697	21	2.1	21	86	4	61	30	11	6	51	1.65
39013--39085	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
39085--39127	21	2.1	21	86	4	61	25	11	11	51	1.72
38375--39682	430	3.0	431	97	0	2435	40	7	12	40	1.71
39443--39515	23	3.2	23	88	0	101	35	4	20	39	1.72
39933--40005	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
40009--40058	21	2.3	22	93	3	84	38	12	8	42	1.71
46060--46109	26	1.9	26	100	0	100	40	16	10	34	1.81
49612--49655	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
51194--51255	28	2.3	27	83	8	83	51	4	4	38	1.45
55943--55981	17	2.2	18	86	4	53	12	12	5	69	1.35
60705--60792	32	2.7	33	79	10	101	26	28	25	20	1.99
65440--65515	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
65661--65698	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
66179--66210	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
66880--66907	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
66880--66932	17	3.1	17	75	2	52	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74038--74125	45	2.0	45	90	0	140	26	27	17	29	1.97
79942--80036	21	4.4	21	77	9	77	27	25	22	25	2.00
79961--80036	21	3.5	22	80	5	91	25	23	25	26	2.00
79961--80040	23	3.6	22	81	5	108	25	23	25	26	2.00
79942--80036	44	2.2	42	88	7	138	27	25	22	25	2.00
81565--81608	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
84238--84273	12	3.0	12	100	0	72	16	16	8	58	1.61
89792--90151	39	9.5	39	84	6	406	27	19	17	35	1.95
89788--90151	118	3.2	115	80	10	446	28	19	17	34	1.95
89792--90151	79	4.8	77	81	8	386	27	19	17	35	1.95
89792--90151	157	2.4	148	82	7	372	27	19	17	35	1.95
89885--90168	143	1.9	148	81	6	339	28	19	16	35	1.93
90606--91471	132	6.5	131	83	5	918	30	19	19	30	1.96
105774--105807	17	1.9	18	88	5	52	52	14	0	32	1.42
109849--109889	20	2.0	20	100	0	82	24	4	26	43	1.74
115465--115578	50	2.3	50	81	6	140	46	8	15	28	1.76
122423--122493	27	2.6	27	95	0	133	38	15	15	30	1.89
122423--122513	27	3.7	23	84	12	80	39	16	12	31	1.85
122469--122510	21	2.1	20	91	8	68	38	19	9	33	1.84
126228--126269	21	2.1	20	91	8	68	38	19	9	33	1.84
128470--128540	36	2.0	36	94	0	124	50	7	19	22	1.71
129401--129454	28	1.9	28	100	0	108	55	9	5	29	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129551--129612	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
129769--129824	30	2.0	27	82	10	67	57	8	5	28	1.52
130630--131010	189	2.0	189	99	0	753	22	25	17	33	1.96
134353--134473	36	3.3	36	85	7	147	31	4	18	46	1.68
134366--134425	20	3.2	20	69	26	58	28	3	18	50	1.63
139003--139062	20	3.2	20	69	26	67	26	5	20	48	1.70
138990--139099	36	3.0	37	89	8	170	29	5	19	46	1.72
145748--145804	28	2.0	28	93	0	96	42	15	7	35	1.75
150522--150579	28	2.1	28	83	0	71	20	15	15	48	1.81
150530--150595	30	2.3	28	78	5	69	24	16	13	45	1.84
150812--150863	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
150852--150965	20	5.7	20	83	6	113	31	25	18	24	1.97
150849--150965	61	1.9	61	85	0	162	33	24	17	23	1.97
151485--151540	19	2.9	19	83	2	76	48	21	17	12	1.80
151485--151547	19	3.3	19	81	2	63	49	22	15	12	1.79
151552--151711	19	8.8	19	72	15	124	13	21	20	43	1.86
151588--151686	33	3.0	33	95	1	180	13	24	23	39	1.90
151651--151709	20	3.0	20	84	0	73	13	22	18	45	1.84
153397--153581	91	2.0	89	87	6	262	23	11	17	48	1.79
153803--153891	42	2.1	42	82	0	115	21	35	16	25	1.94
156455--156508	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
157281--157353	21	3.5	21	86	1	103	41	16	20	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157342--157420	20	3.9	20	75	9	61	36	22	17	22	1.95
157643--157730	20	4.4	20	77	5	106	37	25	21	15	1.93
157762--157815	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
157744--157814	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
157942--157978	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
159397--159456	21	2.9	20	73	11	59	20	13	45	21	1.85
159823--159890	20	3.5	20	81	2	75	38	22	23	16	1.93
159879--159969	14	5.9	14	72	20	74	49	23	16	10	1.77
159863--159985	33	3.8	33	92	4	205	47	22	17	12	1.80
160003--160061	14	3.9	14	72	20	55	11	16	22	49	1.78
159990--160077	33	2.7	33	94	0	158	13	18	20	47	1.82
160062--160116	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
160308--160350	21	2.0	21	100	0	86	27	27	20	23	1.99
160311--160358	21	2.3	21	92	0	78	25	33	20	20	1.97
160619--160663	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
161984--162021	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
162302--162345	22	2.0	22	90	0	70	18	18	45	18	1.86
162513--162626	41	2.8	41	82	4	142	25	17	21	35	1.95
162574--162627	20	2.7	20	94	0	90	27	18	22	31	1.97
162513--162630	61	1.9	62	84	5	159	24	16	21	37	1.94
173286--173378	12	7.8	12	71	0	69	20	12	13	52	1.73
173291--173395	24	4.4	24	82	0	102	20	12	14	52	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173419--173714	152	1.9	154	88	2	452	20	11	30	37	1.88
181677--181732	29	1.9	29	88	0	85	51	5	10	32	1.59
188994--189053	29	2.1	29	93	0	102	25	18	13	43	1.86
190227--190295	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
193782--193924	71	2.0	71	87	2	207	28	11	18	41	1.86
197226--197305	21	3.8	21	89	1	106	47	23	6	22	1.74
201156--201647	81	6.1	81	77	5	402	31	18	15	34	1.92
203822--203932	53	2.1	53	96	0	204	40	27	2	28	1.70
204889--204977	46	2.0	45	86	4	126	29	26	23	20	1.99
204912--204977	23	2.9	23	82	8	98	28	25	25	19	1.99

Tables:   1   2