genome.fa.s2685.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002685.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005549_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  67374

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307--2384	22	3.7	21	77	5	77	23	20	33	23	1.97
2452--2516	29	2.2	28	82	17	87	47	15	6	30	1.70
2463--2522	30	2.0	30	93	6	104	43	15	6	35	1.72
2887--2963	21	3.7	21	66	13	59	29	20	18	31	1.96
2957--3012	20	2.8	20	91	5	87	44	25	17	12	1.84
3031--3226	41	4.8	41	94	0	329	39	26	16	17	1.91
3069--3215	20	7.2	20	75	13	147	40	24	16	18	1.90
3760--3814	18	2.8	20	81	13	78	49	18	23	9	1.76
3773--3827	18	3.2	18	78	17	64	47	20	23	9	1.78
3854--3910	13	3.8	14	71	24	53	8	24	22	43	1.81
3840--3929	32	2.8	32	91	6	139	10	23	22	44	1.82
3896--3958	20	3.1	21	77	9	76	11	25	17	46	1.81
5651--5874	94	2.4	94	90	2	344	23	12	17	45	1.83
5971--6066	19	5.3	19	76	13	94	46	23	18	10	1.80
6008--6034	14	1.9	14	100	0	54	44	22	25	7	1.79
6062--6192	19	7.8	19	66	27	82	11	20	20	47	1.81
6067--6190	33	3.8	33	87	5	182	11	20	20	47	1.80
6067--6190	64	1.9	66	88	6	191	11	20	20	47	1.80
6161--6207	19	2.6	18	77	12	51	14	17	25	42	1.87
8038--8070	14	2.4	14	94	0	57	36	0	21	42	1.53
7979--8153	83	2.1	84	93	1	298	32	3	19	44	1.67
8121--8156	14	2.6	14	90	0	54	33	2	19	44	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8263--8373	52	2.1	52	96	0	204	45	18	22	13	1.84
8311--8406	33	2.9	33	96	0	174	46	16	22	13	1.82
8424--8478	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
8417--8546	33	3.8	33	82	12	172	12	23	18	45	1.83
8438--8535	19	5.4	19	78	14	125	14	22	17	45	1.84
8436--8575	72	1.9	72	85	2	192	13	22	20	44	1.86
9177--9251	39	1.9	39	94	0	132	45	16	22	16	1.85
9187--9251	19	3.4	19	95	4	121	46	16	21	15	1.84
9585--9621	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
9831--9906	33	2.3	34	84	9	102	15	22	18	43	1.88
12382--12427	23	2.0	24	91	4	76	39	21	15	23	1.92
13116--13236	20	6.1	20	93	0	206	21	16	22	39	1.92
13116--13236	60	2.0	60	100	0	242	21	16	22	39	1.92
13260--13287	14	2.0	14	100	0	56	50	21	14	14	1.78
13274--13387	20	5.8	20	91	3	160	45	15	23	14	1.84
13246--13387	40	3.7	39	84	9	188	45	16	22	14	1.84
13468--13594	33	3.7	33	86	6	164	14	20	17	47	1.83
13468--13594	19	7.2	19	75	18	139	14	20	17	47	1.83
13700--13736	12	2.8	13	88	12	58	45	18	0	35	1.50
13703--13875	84	2.1	83	92	3	287	45	17	2	34	1.63
13784--13817	14	2.4	14	90	0	59	44	20	0	35	1.52
15672--15812	19	7.6	19	79	13	141	46	23	18	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15712--15809	32	2.8	34	87	9	128	47	23	19	9	1.77
15809--15852	19	2.3	19	84	0	52	15	15	25	43	1.87
15818--15855	19	2.0	19	89	0	58	10	15	26	47	1.78
15824--15887	33	1.9	33	90	0	101	9	17	25	48	1.76
15857--15935	19	4.4	19	78	15	96	11	22	20	45	1.83
15819--15935	52	2.2	52	87	0	162	11	20	21	47	1.81
15838--15958	52	2.3	52	84	2	143	12	19	21	46	1.83
16030--16315	93	3.1	94	91	2	459	47	18	12	22	1.81
17901--17954	25	2.1	25	83	10	65	59	16	7	16	1.59
18010--18154	20	7.7	20	76	14	130	45	19	22	12	1.83
18008--18159	40	4.1	39	85	11	201	44	19	23	12	1.84
18008--18159	19	8.1	19	77	11	161	44	19	23	12	1.84
18056--18156	52	1.9	53	91	2	168	44	19	22	12	1.85
18201--18273	34	2.1	35	84	2	94	10	21	19	47	1.79
18445--18506	32	1.9	31	83	6	79	59	11	4	24	1.51
18811--18985	20	8.6	20	73	14	135	17	18	26	37	1.93
18808--19049	41	6.0	39	78	7	198	18	18	25	37	1.93
18808--18963	81	1.9	81	83	7	201	18	17	25	37	1.93
21640--21742	51	2.0	51	90	3	163	24	18	12	44	1.84
30778--31129	123	2.8	122	81	7	323	26	27	16	29	1.97
30858--31129	126	2.2	123	82	4	314	25	27	16	30	1.97
31055--31211	82	1.9	82	80	0	179	24	24	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31180--31259	42	1.9	42	84	0	106	27	17	17	37	1.92
30939--31427	213	2.3	207	82	6	540	25	23	16	33	1.96
33512--33633	3	40.7	3	94	0	217	63	0	1	34	1.04
33952--34154	112	1.8	112	92	2	345	29	18	12	38	1.88
34723--34960	83	2.9	83	94	1	406	37	21	13	28	1.91
36082--36115	11	3.1	11	86	0	50	0	14	0	85	0.60
46716--46752	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
46743--46793	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
48971--49092	3	40.7	3	93	0	208	63	0	2	34	1.08
52253--52390	21	6.9	21	66	14	67	35	26	17	21	1.95
57841--57897	27	2.1	27	90	0	87	50	14	5	29	1.64
59669--59698	15	2.1	14	93	6	51	50	0	6	43	1.28
59804--60117	36	8.8	36	71	20	139	40	4	10	43	1.61
59841--59899	24	2.5	24	94	5	102	44	5	8	42	1.57
59799--59936	62	2.3	61	91	5	217	43	3	9	43	1.54
59866--60170	38	8.1	36	79	11	242	40	4	10	44	1.61
60195--60243	21	2.3	21	80	16	57	22	2	6	69	1.21
63648--63697	25	2.0	25	88	0	73	26	8	22	44	1.80

Tables:   1

The End!