Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: VEPZ01000270.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000497_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 53105
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.16, T:0.33
Found at i:5503 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 5478--6013 Score: 190
Period size: 20 Copynumber: 23.6 Consensus size: 20
5468 TAGTTATCGT
*
5478 ATCATTTCAGGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
*
5498 ATCATTTCATGCATTTAATTATGGC
1 ATCATTTCATGC-CTT-A--AT-GC
5523 ATCATTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* *
5543 ATCCTTTCATGCATTAGTTATGTC
1 ATCATTTCATGCCTTA---ATG-C
*
5567 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* **
5587 ATCCTTTCATGTATTTTAGTTATGGC
1 ATCATTTCATG--CCTTA---AT-GC
*
5613 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* *
5633 ATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGTC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---ATG-C
*
5659 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
*
5679 ATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---AT-GC
*
5705 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* *
5725 ATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGAC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---ATG-C
*
5751 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* *
5771 ATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGGC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---AT-GC
* *
5797 ATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGC
1 ATCATTTCATGC--CTTA----AT-GC
*
5824 ATCTTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* *
5844 ATCATTTCATACATTTTAGTTATGGC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---AT-GC
* * *
5870 ATCCTTTCATTCATTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
*
5890 ATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---AT-GC
5916 ATCATTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
*
5936 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
* * *
5956 ATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAAC
1 ATCATTTCATGC--CTTA---AT-GC
*
5982 ATCCTTTCATGCCTTAATGC
1 ATCATTTCATGCCTTAATGC
*
6002 ATCTTTTCATGC
1 ATCATTTCATGC
6014 ATCTTTTCAT
Statistics
Matches: 420, Mismatches: 38, Indels: 116
0.73 0.07 0.20
Matches are distributed among these distances:
20 161 0.38
21 25 0.06
22 25 0.06
23 4 0.01
24 41 0.10
25 35 0.08
26 111 0.26
27 18 0.04
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (20 bp):
ATCATTTCATGCCTTAATGC
Found at i:5623 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 5468--5808 Score: 553
Period size: 46 Copynumber: 7.5 Consensus size: 46
5458 TCGTAAATTC
* * * * *
5468 TAGTTATCGTATCATTTCAGGCCTTAATGCATCATTTCATGCA-TT
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
* *
5513 TAATTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCA--T
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
* *
5557 TAGTTATGTCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGTATTT
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
5603 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
* *
5649 TAGTTATGTCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATGCATTT
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
5695 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
*
5741 TAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
5787 TAGTTATGGCATCCTTTCATGC
1 TAGTTATGGCATCCTTTCATGC
5809 ATTTTAGTTT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 17, Indels: 3
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
44 40 0.14
45 38 0.14
46 199 0.72
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (46 bp):
TAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
Found at i:5845 original size:73 final size:72
Alignment explanation
Indices: 5585--5884 Score: 309
Period size: 73 Copynumber: 4.2 Consensus size: 72
5575 ATGCCTTAAT
* * * *
5585 GCATCCTTTCATGTATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTT
1 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATACATTTT
5650 AGTTATG
66 AGTTATG
* * * * * *
5657 TCATCCTTTCATGC--CTTA---ATG-CATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATG
1 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGC--CTTA---AT-GCATCATTTCATA
*
5716 C--CTTA---AT-
60 CATTTTAGTTATG
* *
5723 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTT
1 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATACATTTT
5788 AGTTATG
66 AGTTATG
* *
5795 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGCATCTTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATACATTT
1 GCATCCTTTCATGCATTTTAG-TTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATACATTT
5860 TAGTTATG
65 TAGTTATG
*
5868 GCATCCTTTCATTCATT
1 GCATCCTTTCATGCATT
5885 AATGCATCAT
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 16, Indels: 37
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
66 39 0.20
67 7 0.04
68 9 0.05
70 9 0.05
71 7 0.04
72 59 0.31
73 63 0.33
ACGTcount: A:0.21, C:0.22, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (72 bp):
GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATACATTTT
AGTTATG
Found at i:5863 original size:165 final size:158
Alignment explanation
Indices: 5611--6115 Score: 645
Period size: 165 Copynumber: 3.1 Consensus size: 158
5601 TTTAGTTATG
*
5611 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGTCATCCTTTCATGCCTTAA
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAA
* * *
5676 TGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTT
66 TGCATCATTTCATACATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCATGCATTT
*
5741 TAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAAT
131 TAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAAT
* * *
5769 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGCATCTTTTCAT
1 GCATCCTTTCATGC--CTTA---AT-GCATCCTTTCATGCATTTTAG-TTATGACATCCTTTCAT
*
5834 GCCTTAATGCATCATTTCATACATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCATTAATGCATCATTTCA
59 GCCTTAATGCATCATTTCATACATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCA
*
5899 TGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
124 TGCATTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAAT
*
5934 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAACATCCTTTCATGCCTTAA
1 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAA
* * * *
5999 TGCATCTTTTCATGCATCTTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTCATACCTTAATGCATCA
66 TG--------CAT-CA---TTTCATACATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCA
* * * * *
6064 --TCACGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTTATGCCTTAAT
119 TTTCATGCATTTTAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAAT
6102 GCATCCTTTCATGC
1 GCATCCTTTCATGC
6116 ATTTTAGTTA
Statistics
Matches: 307, Mismatches: 21, Indels: 28
0.86 0.06 0.08
Matches are distributed among these distances:
158 37 0.12
159 21 0.07
160 5 0.02
163 5 0.02
164 21 0.07
165 123 0.40
166 3 0.01
167 2 0.01
168 48 0.16
170 42 0.14
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (158 bp):
GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAA
TGCATCATTTCATACATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCATGCATTT
TAGTTATGACATCATTTCATGCCTTAAT
Found at i:5887 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 5795--6127 Score: 251
Period size: 46 Copynumber: 7.6 Consensus size: 46
5785 TTTAGTTATG
* *
5795 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGCATCTTTTCATGCCTTAAT
1 GCATCATTTCATGCATTTTAG-TTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
* * * *
5842 GCATCATTTCATACATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATTCATTAAT
1 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
5888 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
1 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
* * * *
5934 GCATCCTTTCATGC--CTTA---AT-GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTAT
1 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGC--CTTA---AT
* * * *
5979 AACATCCTTTCATGC--CTTA---AT-GCATCTTTTCATG-C---AT
1 -GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
* * *
6016 -C-T--TTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTCATACCTTAAT
1 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
* * * *
6058 GCATCA--TCACGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTTATGCCTTAAT
1 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
*
6102 GCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATG
1 GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATG
6128 AATTCATTTT
Statistics
Matches: 239, Mismatches: 25, Indels: 45
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
32 8 0.03
34 4 0.02
35 1 0.00
37 4 0.02
38 10 0.04
39 1 0.00
40 13 0.05
41 2 0.01
42 5 0.02
43 1 0.00
44 44 0.18
45 2 0.01
46 125 0.52
47 19 0.08
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (46 bp):
GCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAAT
Found at i:5974 original size:66 final size:65
Alignment explanation
Indices: 5868--6062 Score: 251
Period size: 66 Copynumber: 3.1 Consensus size: 65
5858 TTTAGTTATG
* *
5868 GCATCCTTTCATTCATTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAA
1 GCATCCTTTCA-TCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAA
5933 T
65 T
* **
5934 GCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAACATCCTTTCATGCCTTAA
1 GCATCCTTTCAT-CCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAA
5999 T
65 T
* * *
6000 GCAT-CTTT--T-C---ATGCATCTTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTCATACCTTAAT
1 GCATCCTTTCATCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAAT
6058 GCATC
1 GCATC
6063 ATCACGCATT
Statistics
Matches: 117, Mismatches: 10, Indels: 11
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
58 47 0.40
61 1 0.01
63 1 0.01
65 5 0.04
66 63 0.54
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (65 bp):
GCATCCTTTCATCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAAT
Found at i:5987 original size:211 final size:208
Alignment explanation
Indices: 5599--6128 Score: 492
Period size: 211 Copynumber: 2.5 Consensus size: 208
5589 CCTTTCATGT
* * * *
5599 ATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGTCATCCT
1 ATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCAT
* *
5664 TTCATGCCTTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATGCATCC
66 TTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCC
* * * *
5729 TTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGC--CTTA----AT-GCATCCTTTCATGCATTT
131 TTTCATGCA-CTTA--TATGGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGCATCCTTTCATGC--CT
* *
5787 TAGTTATGGCATCCTTTCATGC
191 TA---AT-GCATCATTTCATAC
* * * *
5809 ATTTTAGTTTATGGCATCTTTTCATGCCTTAATGCATCATTTCATACATTTTAGTTATGGCATCC
1 ATTTTAG-TTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCA
* * * * *
5874 TTTCATTCATTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCATTTCATGCCTTAATGCATC
65 TTTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATC
**
5939 CTTTCATGC-CTTA-AT-GCATCCTTTCATGCATTTTAG-TTATAACATCCTTTCATGCCTTAAT
130 CTTTCATGCACTTATATGGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAAT
*
6000 GCATCTTTTCATGCATCTTTTCATGC
195 G--------CAT-CA---TTTCATAC
* * * * * *
6026 ATTTTAGTTATGGCACCCTTTCATACCTTAATGCATCA--TCACGCATTTTAGTTATGGCACCCT
1 ATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCAT
*
6089 TTTATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGA
66 TTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGA
6129 ATTCATTTTA
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 24, Indels: 34
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
205 14 0.05
206 4 0.01
207 3 0.01
209 6 0.02
210 9 0.03
211 137 0.49
213 3 0.01
214 58 0.21
216 28 0.10
217 15 0.05
ACGTcount: A:0.22, C:0.22, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (208 bp):
ATTTTAGTTATGGCATCCTTTCATGCATTAATGCATCATTTCATGCATTTTAGTTATGGCATCAT
TTCATGCCTTAATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCC
TTTCATGCACTTATATGGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTTATGGCATCCTTTCATGCCTTAATG
CATCATTTCATAC
Found at i:6015 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 5998--6027 Score: 60
Period size: 12 Copynumber: 2.5 Consensus size: 12
5988 TCATGCCTTA
5998 ATGCATCTTTTC
1 ATGCATCTTTTC
6010 ATGCATCTTTTC
1 ATGCATCTTTTC
6022 ATGCAT
1 ATGCAT
6028 TTTAGTTATG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 18 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.23, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (12 bp):
ATGCATCTTTTC
Found at i:6046 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 5952--6062 Score: 177
Period size: 58 Copynumber: 1.9 Consensus size: 58
5942 TCATGCCTTA
* *
5952 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAACATCCTTTCATGCCTTAATGCATCTTTTC
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAACACCCTTTCATACCTTAATGCATCTTTTC
* **
6010 ATGCATCTTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTCATACCTTAATGCATC
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAACACCCTTTCATACCTTAATGCATC
6063 ATCACGCATT
Statistics
Matches: 48, Mismatches: 5, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
58 48 1.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.24, G:0.10, T:0.43
Consensus pattern (58 bp):
ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATAACACCCTTTCATACCTTAATGCATCTTTTC
Found at i:6138 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 6010--6127 Score: 177
Period size: 44 Copynumber: 2.6 Consensus size: 46
6000 GCATCTTTTC
* *
6010 ATGCATCTTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTCATACCTTA
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTTATACCTTA
* * *
6056 ATGCAT-C-ATCACGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTTATGCCTTA
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTTATACCTTA
6100 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATG
1 ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATG
6128 AATTCATTTT
Statistics
Matches: 63, Mismatches: 7, Indels: 4
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
44 39 0.62
45 1 0.02
46 23 0.37
ACGTcount: A:0.22, C:0.23, G:0.13, T:0.42
Consensus pattern (46 bp):
ATGCATCCTTTCATGCATTTTAGTTATGGCACCCTTTTATACCTTA
Found at i:21045 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 21029--21088 Score: 93
Period size: 13 Copynumber: 4.6 Consensus size: 13
21019 GCAATGAGCA
21029 TCATAAATGCGCG
1 TCATAAATGCGCG
*
21042 TCATAAATGCGTG
1 TCATAAATGCGCG
*
21055 TCATAAATGCGTG
1 TCATAAATGCGCG
*
21068 TCATAAATGTGCG
1 TCATAAATGCGCG
21081 TCATAAAT
1 TCATAAAT
21089 TTATGACGTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 44 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.20, T:0.30
Consensus pattern (13 bp):
TCATAAATGCGCG
Found at i:21050 original size:26 final size:26
Alignment explanation
Indices: 21021--21088 Score: 91
Period size: 26 Copynumber: 2.6 Consensus size: 26
21011 AATGACGCGC
*
21021 AATGAGCATCATAAATGCGCGTCATA
1 AATGAGCGTCATAAATGCGCGTCATA
* * *
21047 AATGCGTGTCATAAATGCGTGTCATA
1 AATGAGCGTCATAAATGCGCGTCATA
*
21073 AATGTGCGTCATAAAT
1 AATGAGCGTCATAAAT
21089 TTATGACGTA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
26 36 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.21, T:0.28
Consensus pattern (26 bp):
AATGAGCGTCATAAATGCGCGTCATA
Found at i:29068 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 29044--29126 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 3.8 Consensus size: 22
29034 TTGGTGCAGA
29044 GGGAATCGATCCCCCCCATGA-
1 GGGAATCGATCCCCCCCATGAG
* ** *
29065 GGGAA-CTGATTCCCCCTTTGAAT
1 GGGAATC-GATCCCCCCCATG-AG
* *
29088 GGGAACCGATTCCCCCCCA-CAG
1 GGGAATCGA-TCCCCCCCATGAG
*
29110 GGGAATCGATACCCCCC
1 GGGAATCGATCCCCCCC
29127 TAGGGTTCTG
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 10, Indels: 10
0.70 0.15 0.15
Matches are distributed among these distances:
20 1 0.02
21 22 0.47
22 10 0.21
23 7 0.15
24 7 0.15
ACGTcount: A:0.23, C:0.37, G:0.23, T:0.17
Consensus pattern (22 bp):
GGGAATCGATCCCCCCCATGAG
Found at i:46432 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 46404--46450 Score: 85
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
46394 GGAAGAGATA
*
46404 CAATCGTGCTTTGCGCCGCT
1 CAATAGTGCTTTGCGCCGCT
46424 CAATAGTGCTTTGCGCCGCT
1 CAATAGTGCTTTGCGCCGCT
46444 CAATAGT
1 CAATAGT
46451 ACCATAAGCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 26 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.23, T:0.30
Consensus pattern (20 bp):
CAATAGTGCTTTGCGCCGCT
Found at i:52011 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 51976--52016 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
51966 TAGAGAGTTT
*
51976 ATTTTATGATTAATTGATTA
1 ATTTTATGATTAATTAATTA
*
51996 ATTTTATTATTTAATTAATTA
1 ATTTTATGA-TTAATTAATTA
52017 TAGAAAGACG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.44
21 10 0.56
ACGTcount: A:0.37, C:0.00, G:0.05, T:0.59
Consensus pattern (20 bp):
ATTTTATGATTAATTAATTA
Done.