genome.fa.s2791.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01002791.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00005751_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  109280

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1944--2005	22	2.7	23	80	7	63	50	1	0	48	1.10
2277--2320	20	2.2	20	84	4	54	56	0	2	40	1.11
3935--3966	16	2.1	15	94	5	55	50	12	0	37	1.41
6913--6944	15	2.1	15	94	0	55	50	15	6	28	1.68
13327--13400	25	2.9	26	84	6	89	25	25	25	22	2.00
13333--13409	25	3.1	26	83	9	81	27	24	25	22	2.00
13340--13413	26	3.0	24	83	13	80	27	25	25	21	2.00
13367--13424	24	2.3	26	82	8	75	34	22	20	22	1.97
13590--13627	15	2.4	17	87	12	55	42	21	5	31	1.75
17269--17770	264	1.9	257	87	8	728	40	19	13	27	1.89
26477--26512	19	1.9	18	88	5	54	44	5	0	50	1.25
26487--26540	23	2.4	22	79	14	56	44	1	1	51	1.22
27704--27809	20	5.2	20	78	13	117	32	26	17	23	1.97
27703--27809	41	2.6	41	98	0	205	32	26	17	23	1.97
27702--27840	41	3.4	41	90	0	197	33	23	18	24	1.97
28225--28327	39	2.6	39	78	3	107	18	18	24	38	1.93
28225--28347	59	2.1	60	93	1	212	17	17	23	41	1.90
28225--28347	20	6.2	20	82	1	131	17	17	23	41	1.90
28314--28357	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
30058--30105	11	4.5	11	80	12	55	29	16	8	45	1.76
30264--30332	20	3.5	20	79	0	84	36	23	20	20	1.95
30324--30399	33	2.3	34	88	2	109	46	18	19	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30366--30403	20	1.9	20	94	0	67	47	18	21	13	1.82
30399--30443	19	2.4	19	85	3	65	13	15	26	44	1.83
30404--30457	19	2.8	19	80	2	63	11	16	22	50	1.77
30466--30514	20	2.5	20	96	0	89	14	22	26	36	1.92
30501--30544	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
31037--31148	42	2.7	42	83	8	138	23	36	17	22	1.95
31036--31148	21	5.4	21	73	2	84	23	36	17	23	1.95
33333--33359	14	1.9	14	100	0	54	7	18	29	44	1.77
33556--33609	24	2.2	24	90	0	81	40	18	18	22	1.91
34429--34517	20	4.4	20	79	8	99	24	17	26	30	1.98
34450--34658	41	5.2	41	73	6	124	28	18	23	30	1.97
34613--34658	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
34624--34660	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
34786--34839	2	30.0	2	73	26	50	50	0	1	48	1.11
36772--36884	32	3.5	32	80	4	138	30	12	16	40	1.85
38771--38815	21	2.1	22	83	4	56	44	17	6	31	1.75
51143--51196	24	2.4	24	87	9	78	31	0	50	18	1.48
51956--52025	34	2.1	32	81	5	77	32	14	28	24	1.94
54834--54859	11	2.4	11	100	0	52	19	23	26	30	1.98
57622--58039	100	4.0	104	73	20	288	31	1	11	54	1.47
59821--59980	71	2.3	71	81	5	182	35	9	3	51	1.52
60006--60054	25	2.0	25	95	0	89	34	26	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60395--60465	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
61433--61514	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
66197--66278	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
67021--67059	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
70013--70118	39	2.7	38	76	15	108	48	0	13	38	1.42
71894--71919	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
72696--72739	22	2.0	22	81	0	52	61	4	9	25	1.45
75196--75880	101	6.4	107	75	15	479	31	2	11	54	1.48
75139--75871	317	2.3	315	88	4	1045	31	2	11	55	1.48
75402--75880	216	2.3	207	78	13	490	31	2	11	54	1.48
77916--77986	23	2.9	23	79	10	70	40	11	7	40	1.68
77916--77998	27	3.2	27	85	6	102	40	12	6	40	1.67
80705--80743	16	2.4	16	91	4	60	46	0	7	46	1.31
80771--80891	43	2.7	43	88	3	170	39	13	2	44	1.57
81101--81160	27	2.4	25	81	13	77	28	6	3	61	1.37
81785--81888	39	2.7	39	84	0	136	23	25	22	28	1.99
82064--82277	106	2.0	106	97	0	401	42	9	14	33	1.78
89458--89561	30	3.5	30	82	1	129	61	7	11	19	1.53
89474--89588	30	3.8	30	82	0	104	60	6	13	20	1.56
96824--96873	3	16.7	3	76	15	50	60	2	0	38	1.09
97160--97396	40	5.6	41	70	16	137	23	18	33	24	1.97
97066--97547	131	3.7	130	80	5	508	24	18	32	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97619--97710	32	2.8	32	81	6	87	39	11	18	30	1.87
97646--97727	32	2.6	32	84	5	96	37	10	15	35	1.83
97681--97835	62	2.4	63	79	12	165	42	12	13	31	1.81
97906--97969	32	2.0	32	90	0	101	34	29	10	25	1.90
102358--102462	30	3.5	30	82	1	131	59	6	13	20	1.57
102358--102488	30	4.4	30	81	0	111	58	7	13	20	1.60

Tables:   1

The End!